청구법인이 법인세 신고시 법인세법 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입으로 세무조정한 쟁점보상금의 경우, 그에 대응하는 개별손금은 직접 손금불산입하여야 하고, 특정한 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통손금으로서 위 규정에 따른 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업으로 안분계산 되어야 하는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
가. 청구법인은 1995.4.1. 설립된 비영리법인으로서, 2022 사업연도에 코로나 19 전담병원 등으로 지정됨에 따라, 시설․장비․인력 등을 본 목적에 사용하지 못한 기회비용 성격의 코로나 19 손실보상금 OOO 원 (이하 “ 쟁점보상금 ” 이라 한다) 을 지급받았고, 쟁점보상금을 수익사업에서 발생한 수입금액에서 제외하여 법인세를 신고하였다. 나. OO 지방국세청장은 2023 년 8 월부터 12 월까지 청구법인에 대한 공익법인 사후관리를 실시한 결과, 청구법인이 2022 사업연도에 지급받은 쟁점보상금을 원천으로 사용한 경비에 대해 손금불산입하지 않은 사실을 확인하여 이를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2024.1.13. 법인세법 제113조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제6항에 따라 공통손금에 대한 안분계산을 통해 OOO 원을 손금불산입하여, 2022 사업연도 법인세 OOO 원을 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.1. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점보상금은 청구법인이 코로나 19 감염병 사태로 인하여 전담병원 등으로 지정됨에 따라 미사용 병상과 일반환자 감소에 대한 손실보상금 (선별진료소 설치 등의 보상금은 원천비용이 존재하여 익금산입하여 신고) 으로서, 쟁점보상금에 대한 원천비용이 없기 때문에 손금 (개별손금, 공통손금 등) 도 없다. (가) 기획재정부의 질의회신을 보면 법인세법 제4조 제3항의 손실보상금은 과세소득의 범위에 해당하지 않는다고 해석하였고, 개인 자영업자의 영업제한에 따른 손실보상금은 총수입금액에서 제외되어 비과세 처리되었다. 개인과 법인의 손실보상금은 같은 성격이므로 비과세로 판단되어야 한다. (나) 현재 병원의 영리법인 설립은 허가되지 않는바, 청구법인은 비영리 공익의료법인으로 설립되고, 100% 수익사업만을 하고 있으며, 비수익사업은 없다. 예를 들어 장학재단이 기타사업 (비수익사업) 인 장학사업을 하면서 출연된 기본재산으로 임대사업을 한다면 임대사업은 수익사업이므로 법인세법 제113조에 따라 공통손금에 대한 안분계산을 하여야 하나, 쟁점보상금은 의료법인이 수익사업을 하면서 예기치 못하게 발생한 코로나 19 감염병을 원인으로 발생한 의료법인의 손실을 일부라도 보전하기 위한 손실보상금으로서, 일시적인 영업외수익에 해당하고, 기타사업 (비수익사업) 에서 발생한 소득이 아니다. (다) 처분청이 과세근거로 제시한 기획재정부의 질의회신 (법인세제과 -586, 2023.10.12.) 은 비영리법인이 수익사업과 비수익사업이 있는 경우 개별손금은 수익사업과 비수익사업에 각각 귀속시키고 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호에 의거 수익사업과 비수익사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하라는 취지인바, 의료법인은 비수익사업이 없어 구분경리 대상이 아니며, 병실미사용, 일반환자 감소손실 등의 손실보상금은 영업외수익으로서 개별익금 및 개별손금 사항이고, 보상금을 원천으로 하는 지출된 비용이 없으므로 개별손금도 공통손금도 없다. 쟁점보상금은 이미 과세제외 소득으로 결정된 사안으로 처분청이 이를 비수익사업의 소득으로 본 것은 법리해석의 오류이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 수익사업을 영위하는 비영리의료법인으로서 구분경리 대상이 아님을 주장하고 있으나, 의료법에 따른 의료기관회계기준규칙 제3조 (회계의 구분) 에 의하면 의료기관은 병원회계 (수익사업) 를 다른 회계인 의료법인 (비수익사업) 회계와 구분하도록 명시하고 있고, 법인세법 제113조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분․기록하도록 하고 있다. (2) 쟁점보상금을 익금불산입하여 수익사업에서 발생하는 소득에서 제외하는 세무조정은 해당 금액이 그 밖의 사업 (비수익사업) 에서 소득이 발생하였음을 의미하므로, 비영리법인인 의료법인이 의료업을 영위하며 지급받은 손실보상금은 구분경리 대상이다. 쟁점보상금은 의료법인이 코로나 19 전담병원 등으로 지정되어 발생하는 직접비용과 기회비용 손실에 대한 보상으로 구성되며, 청구법인은 쟁점보상금을 손익계산서의 영업외수익으로 모두 계상하고, 직접비용에 대한 손실보상금을 제외한, 기회비용에 대한 손실보상금은 익금불산입하였다. (3) 직접비용에 대한 보상금은 감염병 관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 비용에 대한 보상이므로 발생원천이 분명한 개별익금에 해당하여 전액 익금산입하였으며, 이에 대한 청구법인과 처분청의 처리결과는 동일하고, 기회비용에 대한 보상금인 쟁점보상금은 의료법인의 시설·장비·인력 등을 원래 목적인 수익사업에 사용하지 못하도록 영업을 제한함에 따른 의료수익의 손실을 보전하는 성격으로서, 의료진 인건비, 의료장비 등의 감가상각비, 통신·전력비 등의 의료비용이 고려되어 산정되었다. 의료법인의 손익계산서상 비용은 의료비용과 의료외비용 (의료부대비용, 이자비용) 등으로 구성되며, 의료수익 (수익사업) 과 그 밖의 사업 (비수익사업) 수익에 관련된 비용은 의료비용으로 분류된다. 그 밖의 사업 (비수익사업) 수익에 해당되는 의료비용은 발생원천이 불분명한 공통손금이므로 수입금액에 비례하여 안분계산한 금액을 손금불산입한 이 건 부과처분은 타당하다. 다만, 기회비용에 대한 손실보상금에서 약품비와 진료재료비는 제외하고 보상하였으므로, 약품비 등은 의료수익의 개별손금으로 분류하여 공통손금에서 제외하였다.
가.
수입금액에서 제외되는 코로나 19 손실보상금에 상응하는 손금을 안분계산 방식에 의해 산정하여 불산입한 처분의 당부 나.
(1) 법인세법 (2021.12.21. 법률 제18590호로 일부개정된 것) 제4조 (과세소득의 범위)
① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
(淸算所得)
55 조의 2 에 따른 토지 등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 (이하 " 수익사업 " 이라 한다) 에서 생기는 소득으로 한정한다.
, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제113조 (구분경리)
① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 (2022.2.17. 법률 제32449호로 일부개정된 것) 제156조 (구분경리)
① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 (2021.10.28. 법률 제867호로 일부개정된 것) 제76조 (비영리법인의 구분경리)
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금 (공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 보건복지부는 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 의료법인이 코로나 19 전담병원 등으로 지정되어 발생하는 손실에 대해 보상금을 지급하였는데, 이러한 손실보상금은 의료기관이 감염병 관리시설의 설치 및 운영으로 발생하는 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 등 직접 소요된 비용 (직접비용) 과 미사용 병상손실, 일반환자 감소손실 등 해당시설․장비 등을 본 목적으로 사용하지 못한 비용 (기회비용) 으로 구분되었다. (2) 기획재정부는 의료법인이 지급받은 손실보상금과 관련하여 3 차에 걸쳐 유권해석을 하였다. (3) 처분청은 공통손금의 안분계산 시 손익계산서의 판매비와 관리비 중 약품비와 진료재료비는 개별손금에 해당하는 직접비용으로 판단하여 안분계산 대상에서 제외하였고, 손금불산입된 금액은 손금에 산입되지 않았으므로 역시 안분계산 대상에서 제외한 것으로 확인된다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보상금은 의료법인이 수익사업을 하면서 예기치 못하게 발생한 코로나 19 감염병을 원인으로 발생한 손실을 일부라도 보전하기 위한 손실보상금으로서, 일시적인 영업외수익에 해당하고 기타 사업 (비수익사업) 에서 발생한 소득이 아니므로 처분청의 이 건 과세처분이 부당하다고 주장하나, 기획재정부는 쟁점보상금에 대해 법인세법상 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 않는 것으로 유권해석 (법인세제과 -343, 2022.8.29.) 하여 청구법인은 위 유권해석에 따라 쟁점보상금을 수익사업에서 발생한 수입금액에서 제외하여 2022 사업연도 법인세를 신고하였고, 또한 기획재정부는 공통손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호에 따라 수입금액에 비례하여 안분하여 소득금액을 계산하는 것으로 유권해석 (법인세제과 -586, 2023.10.12.) 한바, 청구법인이 비수익사업을 영위하지 않으므로, 공통손금을 안분계산 할 수 없다는 주장은 타당하지 않은 점, 법인세법 제113조는 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조에 따르면 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한하는 것으로 규정되어 있는바, 청구법인이 법인세 신고 시 법인세법 제4조 제3항에 따른 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입으로 세무조정 한 쟁점보상금의 경우, 그에 대응하는 개별손금은 직접 손금불산입하여야 하고, 특정한 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통손금으로서 위 규정에 따른 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업으로 안분계산 되어야 하는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입으로 세무조정 한 쟁점보상금의 경우, 그에 대응하는 개별손금은 직접 손금불산입하여야 하고, 특정한 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통손금으로서 위 규정에 따른 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업으로 안분계산 되어야 하는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다