쟁점농지 분할거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2020.9.15. A과 세종특별자치시 OOO 답·과수원 2,207㎡와 해당 토지 위의 조립식판넬(창고) 52㎡(이하 “쟁점부동산①”이라 한다)를 OOO원에 양도하기로 매매계약(이하 “1차 계약”이라 한다)을 체결하였고, 동일 자에 동일인과 같은 리 569-1 과수원 2,207㎡(이하 “쟁점부동산②”라 하고, 쟁점부동산①과 합하여 “쟁점부동산들”이라 한다)를 OOO원에 양도하기로 매매계약(이하 “2차 계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 청구인은 쟁점부동산들에 대한 양도소득세를 아래 <표1>과 같이 신고하면서, 쟁점부동산①의 양도시기는 매매계약서상 잔금 지급일인 2020.10.30., 쟁점부동산②의 양도시기는 매매계약서상 잔금 지급 일인 2021.1.11.로 기재하였고, 쟁점부동산①·② 각각의 양도소득에 대해 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하였다. <표1> 쟁점부동산들의 양도에 따른 양도소득세 신고내역 ㅇㅇㅇ
• 다. 처분청은 2023.9.1.〜2023.9.20. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산들을 사실상 한꺼번에 양도하고도 매매잔금 지급시기를 2020 년과 2021년으로 다르게 함으로써 부당하게 쟁점감면을 추가 적용받고, 양도소득세 누진세율 적용을 회피하였다고 보아 쟁점부동산들의 양도시기를 2021년(최종 잔금수령일이 속하는 연도)로 하여 2023.11.10. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.2.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산들을 양도하고 세법에 따라 정상적으로 양도소득세를 신고하였을 뿐 부당하게 세부담을 회피한 사실이 없다.

(1) 소득세법제98조에서는 양도시기를 잔금을 청산한 때로 규정하고 있고, 조특법 제69조 및 제133조에는 1년에 OOO원을 한도로 쟁점감면을 적용받을 수 있다고 규정하고 있다. 따라서, 청구인이 쟁점부동산들의 각 잔금청산일을 양도시기로 보아 각각의 양도소득에 대하여 OOO원의 쟁점감면을 적용하여 양도소득세를 신고한 것은 적법하다.

(2) 처분청이 과세의 근거 법률로 제시한국세기본법제14조는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에 한하여 적용되어야 하고, 해당 조문이 개별 세법에 규정되어 있는 다른 조문의 효력을 상실시키거나 정지시킬 수는 없다. (가) 처분청은 청구인이 부당하게 쟁점감면을 받은 것으로 본 이유에 대해 아무런 설명도 하지 않고, 연도를 달리하여 거래를 하였다는 이유만으로 양도시기를 정한 소득세법령의 규정을 무시하고, 자의적으로 해석하여 이 건 과세처분을 하였다. (나) 2023.12.31. 개정된 조특법 제133조 제2항에서 동일인에게 2개 연도에 걸쳐 양도한 경우에는 1개 과세기간에 양도가 이루어진 것으로 보도록 하는 규정을 신설하였는데, 부칙에서 개정 법률은 2024.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 규정하였다. 따라서, 처분청이 법적 근거없이 쟁점부동산들의 개별 양도거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분은 위법하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산들을 사실상 한꺼번에 양도하고도 조세부담을 부당하게 회피하기 위해 과세기간을 달리하여 양도한 것처럼 매매계약서를 작성하였는바 처분청이 국세기본법상 실질과세원칙을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 타당하다.

(1) 청구인은 쟁점부동산들을 사실상 한꺼번에 양도하고도 분할 양도한 것처럼 가장하였다. (가) 청구인은 2020.9.15. A과 쟁점부동산①과 쟁점부동산②에 대한 매매계약을 체결하면서 계약금 OOO원을 주식회사 농업회사법인 A(대표이사 A로 이하 “A”이라 한다)이 쟁점부동산들을 일괄 양수하기 위해 2020년 7월에 청구인에게 지급한 OOO원과 대체한 사실이 나타나는바, 청구인과 A은 당초 쟁점 부동산들을 일괄 매매하기로 하였다가 이를 취소하고 쟁점부동산들을 개별적으로 양도한 것처럼 다시 매매계약을 체결한 것으로 보인다. (나) 청구인은 A과 매매계약을 체결하기 직전인 2020.9.11. 쟁점부동산①과 쟁점부동산②의 양도 면적을 동일하게 하기 위해 쟁점 부동산②의 일부 면적(1,149㎡)을 분할하여 쟁점부동산①과 합병하였다. 이에 따라 청구인은 쟁점부동산①과 쟁점부동산②의 양도가액을 동일하게 하여 2020년과 2021년 양도소득세 산출세액 대부분에 대해 쟁점감면을 적용받을 수 있었다. (다) 청구인은 같은 날 쟁점부동산들에 대한 매매계약을 체결하면서도 매수인(A)의 자금사정으로 인해 쟁점부동산①의 잔금(OOO원)은 2020.10.30., 쟁점부동산②의 잔금(OOO원)은 2021.1.11. 수령하였다고 하는데, A은 잔금 지급을 위해 쟁점부동산들을 담보로 자금을 대출받았는바, 청구인의 쟁점감면 추가 적용 외에 쟁점부동산들의 잔금지급 시기를 달리할 별다른 이유가 없다.

(2) 쟁점부동산①과 쟁점부동산②는 바로 붙어 있는 토지로 별도의 경계나 구획이 없고, 접근할 수 있는 진출입로도 1개인바 사실상 한 개의 토지로 이용되고 있다.

(3) 청구인은 앞서 살펴본 바와 같이 A과 쟁점부동산들에 대한 매매계약을 체결하기 직전에 토지분할·합병을 통해 양도 면적을 조정하고, 잔금 지급시기를 달리 함으로써 상당한 세부담을 회피할 수 있었다. 청구인이 당초 신고한 양도소득세 총액은 OOO원인 반면, 쟁점부동산들이 한꺼번에 양도되었을 경우 부담해야 할 양도소득세는 OOO원이므로 청구인은 잔금 지급시기 조정 등을 통해 약 OOO원의 양도소득세를 회피할 수 있었다.

(4) 상기와 같이 청구인은 오로지 조세부담의 회피 목적으로 쟁점부동산들을 2회에 걸쳐서 양도한 것처럼 가장하였는바, 실질과세의 원칙을 적용하여 청구인이 쟁점부동산들을 일괄 양도한 것으로 보아 양도소득세를 경정함이 타당하다. (가) 대법원은 국세기본법 제14조 제3항 을 그 자체로 규범력을 가지지 못하고 개별적·구체적인 부인규정이 마련되어야만 비로소 적용될 수 있다고 보아서는 안 되고, 개별 세법을 적용함에 있어 일정한 요건을 갖춘 경우 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하고 그 거래를 재구성할 수 있는 근거 규정으로서 규범력을 가진다고 판시(대법원 2022.8.25. 선고 OOO 판결) 하였다. (나) 청구인은 2023.12.31. 개정된 조특법 제133조 제2항의 적용시기가 2024.1.1. 이후이므로 2020·2021년에 양도된 쟁점부동산들의 거래를 하나의 거래로 볼 수 없다고 주장하나, 개정된 조특법은 요건에 해당되면 과세기간을 달리하여 양도된 거래를 무조건 하나의 거래로 보겠다는 것으로, 청구인의 경우와 같이 쟁점부동산들을 사실상 한꺼 번에 양도하고도 분할 양도한 것처럼 가장한 경우에는 2023.12.31. 개정된 조특법 제133조 제2항이 적용되기 전이라도 국세기본법상 실질 과세원칙을 근거로 과세할 수 있다.

• 가. 쟁점 분할양도된 쟁점부동산들이 실질적으로 일괄양도되었다고 보아 실질과세원칙을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본에서 확인되는 청구인의 쟁점부동산들 취득 및 양도 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산들의 취득 및 양도 당시 현황 (단위: ㎡) 구분 지번 1) 지목 취득 분할 (2020.9.7.) 합병 (2020.9.11.) 양도 일자 면적 일자 면적

부동산① 569 2) 답 1993.3.31. 251

2020. 10.30. 251 570 과수원 1993.3.19. 807 +1,149 1,956

부동산② 569-1 과수원 1993.3.31. 3,356 △1,149

2021. 1.11. 2,207

1. 세종특별자치시 OOO

2. 569에 청구인이 1995.11.21. 취득한 미등기건물(창고 52㎡)이 위치하고 있었음

(2) 청구인이 2020.9.15. A과 체결한 1차 계약 및 2차 계약상 대금지급시기와 A으로부터 실제 매매대금을 지급받은 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 매매계약서상 잔금지급 시기 및 대금수수내역 비교 * A은 A이 2019.5.22.∼2022.10.7. 기간 동안 대표이사로 있던 법인으로 A이 입금한 OOO원은 청구인이 A과 1차 계약 및 2차 계약을 체결할 당시의 ‘계약금, 중도금’과 대체됨

(3) 청구인(매도인)이 A(매수인)과 2020.9.15. 작성한 쟁점부동산①에 대한 매매계약서의 주요 내용은 아래 <표4>와 같고, 해당 계약서상 공인중개사는 B(OOO부동산공인중개사사무소), C(공동 개업 공인중개사)인 것으로 기재되어 있다. <표4> 쟁점부동산①에 대한 매매계약서의 주요 내용

소재지 세종특별자치시 연서면 신대리 569, 570 토지 지목 답, 과수원 면적 2,207㎡ 건물 구조 조립식 판넬 용도 창고시설 (농산물간이저장고) 면적 52㎡

제1조[목적] 위 부동산의 매매에 대하여 매도인과 매수인은 합의에 의하여 매매대금을 아래와 같이 지불하기로 한다. 매매대금 OOO원정 계약금 OOO원정은 계약시에 지불하고 영수함 중도금 금 OOO원정은 2020년 9월 15일에 지불한다. 잔금 금 OOO원정은 2020년 10월 30일에 지불한다. 제2조 [소유권 이전 등] 매도인은 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권 이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하여야 하며, 위 부동산의 인도일은 2020년 10월 30일로 한다. [ 특약사항]

1. 현 시설 상태에서의 매매 계약이며, 현장확인 및 등기사항증명서를 확인하고, 계약을 체결함

2. 잔금 지급시까지의 각종 공과금은 매도자 부담으로 한다.

3. 본 건은 공부(대장)상의 면적을 기준으로 한 계약이며, 향후 실측 면적과 차이가 있더라도 매수인 및 매도인은 일체의 이의를 제기하지 않기로 한다.

4. 매매대상 필지는 총 2필지이다. * 세종특별자치시 연서면 OOO 답 251㎡ / 건물: 연면적 52㎡(현재 건물은 미등기상태이며 잔금 전까지 소유권보존등기하기로 함) ** 세종특별자치시 연서면 OOO 과수원 1,956㎡

5. 매매대금에는 본 건 부동산 위에 존재하는 수목 등 일체를 포함한다(단, 과수나무 쇠파이프 지지대, 농기구자재는 제외한다).

6. 본 토지의 사용, 수익을 위한 모든 인·허가 사항 및 관계 법률의 규제사항 등은 매수인의 책임으로 한다.

(4) 청구인이 신고한 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역을 비교하면 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역 비교 * 총 결정세액에 포함된 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실 가산세 OOO원

(5) 처분청이 제시한 과세처분에 대한 입증자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 쟁점부동산들은 사실상 하나의 토지로 이용되고 있다며 쟁점부동산들의 지적도 및 카카오맵 위성사진을 아래 <그림>과 같이 제시하였다. <그림> 쟁점부동산들의 지적도 및 위성사진 ㅇㅇㅇ 세종특별자치시 연서면 OOO이 쟁점부동산①이고, 같은 리 569-1이 쟁점부동산②임 (나) 처분청은 ‘청구인이 쟁점부동산들을 일괄 양도한 경우’, ‘거래시기만을 조정하여 양도한 경우’, ‘양도면적과 양도시기를 조정하여 양도한 경우’에 부담해야 할 세액을 비교하여 아래 <표6>과 같이 제시하였다. <표6> 청구인이 부담해야 할 양도소득세 비교 ㅇㅇㅇ 처분청은 양도 단위 면적당 양도가액이 동일하다고 가정함

(6) 국세청 개정세법해설책자에 나와 있는 2023.12.31. 개정된 조특법 제133조의 개정취지 및 개정내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 2023.12.31. 개정된 조특법 제133조의 개정취지 및 개정내용

• 가. 개정취지

○ 조세회피 방지

• 나. 개정내용 종전 개정

□ 조특법에 따른 양도소득세 감면의 종합한도 감면세액 총계에 적용

○ 1개 과세기간 1억원, 5개 과세기간 2억원 해당 과세기간 및 직전 4개 과세기간 <단서 신설>

□ 감면제도 합리화

○ (좌 동)

• 다만, 다음 요건에 모두 해당하는 경우, 1개 과세기간 내 양도로 봄

• 분필한 토지(해당 토지의 일부를 양 도한 날부터 소급하여 1년 내 토지를 분할한 경우) 또는 토지지분의 일부를 양도

• 토지(또는 지분) 일부 양도일부터 2년 내 나머지 토지(또는 지분)를 동일인 또는 그 배우자에게 양도

• 다. 적용시기 및 적용례

○ 2024.1.1. 이후 양도분부터 적용

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구인은 A과 체결한 쟁점부동산① 및 쟁점부동산②의 매매계약 내용대로 잔금을 지급받고, 각각의 잔금청산일이 속하는 날을 양도일에 하여 양도 소득세를 신고한 것은 소득세법령상 적법하다고 주장한다. (나) 국세기본법제14조 제2항에서 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”라고, 같은 조 제3항에서 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”라고 각각 규정하고 있다. 한편 국세기본법제14조 제3항을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래 형식이나 과정이 처음부터 조세회피 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 하고, 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것(대법원 2022.8.25. 선고 OOO 판결 참조)이다. (다) 살피건대, 청구인은 당초 A이 대표이사로 재직하던 A으로부터 지급받은 OOO원을 쟁점부동산들에 대한 계약금으로 대체하고, 같은 날 쟁점부동산들에 대한 매매계약을 체결하면서 쟁점부동산들 전체 매매대금의 잔금일을 조정하여 1개의 계약서를 작성해도 될 것을 별다른 이유없이 쟁점부동산①·②의 잔금지급일을 다르게 하여 2개의 계약서를 작성함으로써 쟁점감면을 추가 적용받은 점, 청구인은 A에게 쟁점부동산들을 양도하기로 예정된 상황에서 쟁점부동산② 중 일부 토지를 분할하여 쟁점부동산①과 합병한 후 양도하는 등 비정상적인 거래방법을 취함으로써 부담해야 할 양도소득세를 감소시킨 점 등에 비추어 청구인은 오로지 조세부담을 감소시키기 위한 목적에서 비합리적이고, 비정상적인 형식을 취하여 A과 쟁점부동산들에 대한 매매계약을 체결한 것으로 보이므로 처분청에서 국세기본법제14조를 적용하여 쟁점부동산① ㆍ

② 의 양도를 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2021.8.10. 법률 제18370호로 일부개정되기 전의 것) 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령(2021.11.9. 대통령령 제32104호로 일부개정되기 전의 것) 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법(2021.8.10. 법률 제18371호로 일부개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액