청구법인이 부동산을 양도하고 그 대가로 취득한 벤처주식 발행주식과 관련하여, 지배주주에 해당하여 조특법 제13조의2소정의 벤처기업등에의 출자에 대한 과세특례 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[참조결정] 조심2021서3712

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.3.11. 설립하여 목재 표면가공업을 영위하는 법인으로서, 2021.12.10. 청구법인 소유 경상남도 사천시 용현면 OOO 등 총 6필지(총 96,753.7㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 A(소프트웨어 개발업을 영위하는 벤처기업으로서, 이하 “대상법인”이라 한다)에 OOO원에 매도하면서 이 중 OOO원은 대상법인의 주식으로 지급받기로 하였고, 이에 따라 2021.12.23. 대상법인이 발행하는 신주 40만주를 OOO원(주당 OOO원)에 인수한 후 2021.12.30. 대상법인의 대표이사 B에게 위 40만주 중 8만주(20%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(주당 OOO원)에 매도하였으며, 그 기간(2021.12.23.∼2021.12.30.) 동안 대상법인의 주식을 최대비율(29.53%)로 보유하였다.
• 나. 청구법인은 대상법인에 출자한 OOO원에 대하여 조세특례제한법 제13조의2(내국법인의 벤처기업등에의 출자에 대한 과세특례, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 세액공제 대상이라고 보아 2023.4.28. 처분청에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 환급해 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인이 2021.12.23. 신주 40만주를 인수함에 따라 대상법인의 최대주주로서 지배주주에 해당하므로 쟁점규정 제3항의 사후관리 요건을 위배한 것으로 보아 2023.6.23. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.22. 이의신청을 거쳐 2023.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 형식상 일시적으로 대상법인의 지배주주의 위치에 있었으나 실질은 대상법인의 대표이사인 B가 계속하여 지배주주의 위치에 있었으므로, 처분청이 쟁점주식을 청구법인의 소유로 보아 청구법인을 지배주주로 판단하여 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이다. 청구법인은 당초 이 건 거래 이전 청구법인 관계회사 ㈜C의 2022.5.31.자 쟁점부동산 인근 부동산의 매각거래 사례와 마찬가지로 매매대가로 신주인수권부사채를 인수하되 대표이사 B의 지분이 희석될 경우 대상법인의 상장이나 대출에 발생할 어려움을 해소하기 위해 신주인수권을 분리하여 20%를 B에게 양도하기로 하였다. 그러나 신주인수권부사채로 투자를 할 경우 대상법인의 부채비율이 급증하여 경영상의 애로가 우려됨에 따라 대상법인의 요청으로 제3자 배정 유상증자 방식의 투자로 전환하기로 합의하였고, 이에 따라 그 중 20%를 B에게 양도하기로 약정하였다. 청구법인이 B에게 유상증자 주식 중 20%를 매도하는 거래구조를 구성한 이유는 ① 대상법인이 이월결손금이 OOO원에 이르고 벤처캐피탈 등으로부터 자금을 유치하여 비용 및 연구개발비를 충당하는 전형적인 초기 벤처기업의 모습으로 운영되다 보니 B가 최대주주가 아닐 경우 대출을 유지하거나 추가 투자 유치 시 심각한 어려움이 예상되었고, ② 청구법인은 대상법인의 ‘자율주행셔틀’에 대하여 비전을 가지고 있었고 대상법인이 3년 이내에 상장예비심사가 예정되어 상장후 주식 매도를 목표로 하고 있었는데, B가 최대주주가 아닐 경우 상장적격 심사에서 불리할 가능성이 높았던 점을 감안하였던 것이다. 이에 청구법인은 지배주주(최대주주)의 지위를 확보하지 않고 B의 지배주주 지위를 보장하여 책임경영을 유도하도록 명시적으로 합의하였다. 쟁점주식의 매매계약서에는 쟁점주식의 거래경위에 관하여 향후 문제 발생의 여지가 있음을 인지하여 관련 사실관계를 상세히 기재하였고, 또한 ‘매매일자: 2021년 12월 30일(신주발행일)’로 기재하여 신주발행일과 같은 날 동시에 쟁점주식을 매매함으로써 B를 계속하여 지배주주로 하고자 하는 의사를 분명히 하였다. 처분청은 투자방식의 변경 및 사전에 쟁점주식을 매도하기로 한 부분에 대하여 합의문 등이 없어 이를 인정하기 어렵다는 의견이나, 선행 매도거래에서의 사례, 투자방식의 변경 경위, 대상법인 이사회의 결의와 이에 따른 절차 진행, 주식매매계약서 및 B의 확인서 등에 의하여 청구법인이 처음부터 쟁점주식의 양도를 약정하여 쟁점주식은 실질적으로 청구법인의 소유가 아니고 지배주주는 B로 유지하려고 한 당사자 간 진정한 의사가 입증된다. 달리 부당한 조세환급을 위해 각 문서가 통모에 의하여 사후 소급작성되었다거나 거짓이라는 사정 또는 청구법인이 지배주주로서 권한을 행사하였다는 등의 사정은 처분청이 입증하여야 할 것이나 처분청은 입증책임을 다하지 못하였으므로, 쟁점주식을 청구법인의 소유로 보아 청구법인을 지배주주로 판단하여 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 당초부터 대상법인의 대표이사 B에게 신주 40만주의 20%인 쟁점주식을 양도하기로 예정되어 있었고, 청구법인이 일시적으로 대상법인의 지배주주 지위에 있었지만 실질 지배주주는 B이므로, 처분청이 청구법인을 대상법인의 지배주주로 보아 경정청구를 거분한 처분은 부당하다고 주장한다. 먼저, 청구법인은 대상법인에 대한 투자를 신주인수권부사채의 인수방식에서 대상법인의 권유로 유상증자 방식으로 변경하였다고 주장하나, OOO원이라는 대규모 투자를 진행하면서 투자방식 변경에 따른 상호 간 공문이나 합의문 등 이를 입증할 증빙자료를 제시하지 못하고 있다. 다음으로, 청구법인은 쟁점주식 상당을 당초부터 대상법인 대표이사 B에게 양도하기로 예정되어 있었다고 주장하나, 사후에 작성된 대상법인 대표이사의 확인서를 제외하면 이를 입증할 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. 반면, 청구법인은 주금납입일인 2021.12.23. 유상신주 40만주를 인수함으로써 대상법인의 지분 29.53%를 보유하게 되어 법인세법 시행령 제47조 제7항에 따른 지배주주에 해당하고, 청구법인이 취득한 유상신주에 대해서 의결권을 제한하는 등의 규정이 없는 한 청구법인은 주금납입일부터 지분을 매각한 2021.12.30.까지의 기간 동안 의결권을 가진 대상법인의 지배주주에 해당한다. 또한 청구법인은 대상법인에 출자한 OOO원 전체에 대하여 취득 주식의 5%인 OOO원을 공제액으로 하여 법인세 경정청구를 한바, 이는 청구법인이 2021.12.23.자로 취득한 주식(40만주, 29.53%) 전체가 청구법인의 지배하에 있는 주식임을 자인하는 것이다. 이와 같이 처분청이 청구법인을 대상법인의 지배주주에 해당하는 것으로 보고 쟁점규정 제3항에 따른 사후관리 요건을 위배한 것으로 판단하여 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인은 벤처기업의 지배주주가 아니므로 조세특례제한법상 벤처기업 등에 대한 출자특례에 따른 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 청구법인과 대상법인의 기본적인 사항에 관하여는 아래 ＜표1＞과 같이 나타난다. ＜표1＞ 청구법인 및 대상법인 개요 청구법인 대상법인 개업일 2014.3.11. 2017.7.6. 소재지 충청북도 청주시 서원구 OOO 경기도 성남시 수정구 업종 목재 표면가공업 소프트웨어 개발업(자율주행) 대표이사 D B 비고 2019.9.2. 벤처기업 확인

(2) 청구법인이 대상법인의 주식을 취득하고 그 중 일부인 쟁점주식을 양도한 과정은 다음과 같이 나타난다. (가) 청구법인은 2021.12.10. 청구법인 소유 경상남도 사천시 용현면 OOO 등 총 6필지(총 96,753.7㎡)를 대상법인에게 OOO원에 매도하는 계약을 체결하고, 이 중 OOO원은 대상법인이 보통주를 발행하여 지급하기로 하였으며, 계약서에 기재된 대금 지급방법은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 부동산 매매계약서(2021.12.10.) 내용 (나) 대상법인은 2021.12.15. 신주인수권부사채 OOO원(권면액 OOO원)을 ㈜E부동산중개법인 및 ㈜F에 발행하였는데, 이해관계인(B) 또는 발행인(대상법인)은 사채납입일부터 3년 이내에 투자자로부터 신주인수권 권면금액의 20%를 인수할 권리를 가지도록 규정되어 있고, 대상법인은 위 사채 발행으로 조달된 자금으로 청구법인에게 매매대금 중 현금지급 약정분 OOO원을 지급하였으며, 같은 날 쟁점부동산에 대하여 대상법인으로의 소유권이전등기가 마쳐졌다. (다) 청구법인은 2021.12.23. 대상법인이 발행하는 신주 40만주를 OOO원(주당 OOO원)에 인수한바, 쟁점부동산 매매계약(2021.12.10.) 이전 2021.12.8. 작성된 대상법인의 이사회 회의록(2021.12.8.)상으로 제1호 의안에는 ① 신주의 배정방법은 제3자 배정, ② 청약기간은 2021.12.9.∼2021.12.22., ③ 주금납입일은 2021.12.23.로 기재되어 가결되었고, 제2호 의안에는 청구법인과 대상법인 간 부동산 매매계약의 체결 필요성이 기재되어 가결되었다. (라) 청구법인은 2021.12.30. 아래 ＜표3＞과 같이 위 40만주 중 20%인 8만주(쟁점주식)를 대상법인 대표이사 B에게 OOO원(주당 OOO원)에 매도하는 주식매매계약서를 작성하면서 같은 날 주권을 이전하였고, 해당 계약서상 매매일자인 2021.12.30.은 신주발행일로 기재되어 있다. ＜표＞ 쟁점주식 매매계약서(2021.12.30.) (마) 주주명부, 주식인수 금액 등에 의하면 청구법인은 대상법인 주식 40만주를 보유한 2021.12.23.～2021.12.30. 기간 동안 아래 ＜표4＞와 같이 대상법인의 지배주주(최대주주)에 해당하였던 것으로 나타나고, 청구법인 보유 주식에 대하여 의결권이 제한되었다거나, 청구법인이 주주로서의 권한을 행사하였다는 사정은 나타나지 아니한다. ＜표4＞ 대상법인 지배주주 변동 내역

(3) 이 건 경정청구 거부처분의 경위는 다음과 같이 나타난다. (가) 청구법인은 대상법인에 출자한 OOO원에 대하여 쟁점규정에 따라 취득 주식 가액의 5%를 공제액으로 하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 환급해 줄 것을 2023.4.28. 처분청에 경정청구하였다. (나) 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, ① 대상법인은 2019.9.2. 벤처기업 확인서를 발급받아 쟁점규정 제1항 피투자법인 벤처기업 요건을 충족하였고, ② 대상법인의 설립(2017.7.6.) 후 7년(2021.12.23.) 이내 유상증자방식으로 출자하여 쟁점규정 제2항 피투자법인 출자방식 요건을 충족하였으나, ③ 청구법인이 유상증자 시 신주 40만주를 인수함에 따라 지분율 29.53%로 대상법인의 지배주주에 해당하여 쟁점규정 제3항 사후관리 요건을 위배한 것으로 보아 2023.6.23. 경정청구 거부 통지를 하였다.

(4) 청구법인의 구체적인 주장 및 제출 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인의 관계회사로서 쟁점부동산에 연접한 부동산(경상남도 사천시 용현면 OOO 등 4만평)을 소유한 ㈜C은 이 건 이전인 2021.5.31. 해당 부동산을 ㈜G에게 OOO원에 매도하였는데, ㈜G은 매도인 ㈜C 및 개인투자자에게 신주인수권부사채 OOO원을 발행(㈜G에 신주인수권 15% 부여)하여 매매를 종료하였던바, 경상남도 사천시 출신으로 해당 부지를 잘 알고 있던 B가 대상법인의 자율주행 테스트베드 조성을 위해 청구법인을 찾아와 당초 위 선행거래와 동일한 구조로 거래를 하고 싶다고 제안하였다. (나) 청구법인은 당초 신주인수권부사채 방식으로 투자(다만 B의 지분 희석방지를 위해 신주인수권의 20%를 B에게 부여)하려고 하였으나 대상법인이 부채비율 상승으로 인한 상장 심사 차질, 지방자치단체에의 입찰 곤란 등의 어려움으로 변경요청을 하여 제3자 배정 유상증자 방식의 보통주 투자로 전환하였고, 한편 최대주주의 지위 변경은 상장규정상 제약요인이므로 B의 지배주주 지위를 유지시켜 주기 위해 신주인수권부사채 방식 투자와 동일하게 신주의 20%를 B에게 매도하기로 합의하였다. (다) 이와 같이 당사자들의 의사가 주식을 발행할 당시 그 중 일부인 쟁점주식을 B에게 매도하는 것이었음은 쟁점주식 매매계약서에 진행경과가 구체적으로 기재된 점(매매계약서는 처분문서이므로 그 문언대로 인정하여야 한다), 간접적으로 대상법인 이사회 회의록(2021.12.8.)이 쟁점부동산 잔금지급일(2021.12.15.) 이전에 작성되었고, 더욱이 제3자 배정으로 OOO원에 40만주를 발행하겠다고 특정한 점 등에 비추어 알 수 있다. (라) 청구법인의 유상증자 방식의 투자가 조세회피(이 건 조세감면혜택)를 하기 위해 처음부터 계획된 가장행위에 해당한다거나 위법하다고 볼 특별한 사정은 없다. 특히 ㈜C의 연접 부동산 매각 거래 및 청구법인의 쟁점부동산 매각 거래과정에서 발행된 신주인수권부사채에 투자한 개인투자자들은 매입부동산에 대하여 2순위 근저당권을 설정하여 안전한 투자를 하였음에 반하여 굳이 청구법인이 보통주 형식으로 투자하여 회수기회를 스스로 포기한 것이 이례적인 점을 감안하면 더욱 그러하다. (마) 쟁점규정의 입법취지가 벤처기업 투자활성화를 위해 위험을 부담한 초기투자자에게 조세혜택을 부여하기 위한 것임을 감안하면, 청구법인 입장에서는 유상감자 등이 아니면 자본을 환급할 방법이 사실상 없는 직접 투자 방식에 비하여 신주인수권부사채 방식의 투자가 훨씬 안전함에도 불구하고 위험을 부담하면서 대상법인의 직접 투자 방식으로의 변경요청을 받아들인 사정을 고려하여야 한다. (바) 신주인수권부사채는 이사회 결의만으로 즉시 발행 가능하나, 제3자 배정 유상증자의 경우 상법상 절차를 준수하여야 하므로 불가피하게 쟁점주식의 매매시기(2021.12.30.)가 매매종결시점(2021.12.15.) 보다 늦추어질 수밖에 없었던 점도 고려되어야 한다. (사) 청구법인이 지배주주라면 응당 하였어야 할 지배력의 행사(이사선임, 재무관리, 경영판단 및 결제)에 대한 어떠한 증거도 없다. (아) 대상법인 대표이사 B의 확인서(2023.2.21.)는 아래 ＜표5＞와 같이 청구주장과 같이 쟁점주식을 처음부터 자신이 매입하기로 약정하였다는 사실, 그러한 약정 경위 및 불가피한 사정, 전체 거래의 흐름을 구체적으로 진술하는데, B는 청구법인과 특수관계나 이해관계가 없고, 그 확인서는 진정성립이 추정되므로 배척할 수 없다. ＜표5＞ 대상법인 대표이사 B의 확인서(2023.2.21.) (자) 이상과 같이 주주명부상 청구법인이 지배주주로 등재되어 있었다고 하더라도, 당사자 간의 관계, 거래에 이르게 된 경위와 목적, 지배주주로서의 권리행사 내용 등을 종합적으로 보면 청구법인을 지배주주로 볼 수 없다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대상법인 대표이사 B의 지배주주 지위를 유지시키기 위해 대상법인의 주식 40만주를 취득할 당시부터 B에게 8만주 상당의 쟁점주식을 양도하기로 합의하였으므로 자신이 대상법인의 지배주주가 아닌바, 쟁점규정상 세액공제 대상이라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합할 것인바(조심 2021서3712, 2021.10.6., 같은 뜻임), 내국법인의 벤처기업등에의 출자에 대한 과세특례로서 세액공제를 규정한 쟁점규정 역시 이에 해당하는 점, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부 등 자료에 의하여 이를 입증하면 될 것으로서, 청구법인은 대상법인 주주명부 등에 따라 2021.12.23.∼2021.12.30. 기간 동안 29.53%의 최대주주로 나타나는 점, 청구법인이 쟁점주식을 포함하여 대상법인의 주식 40만주를 취득한 것은 청구법인의 쟁점부동산 매도에 대한 대가이므로 청구법인이 주금을 납입한 것이고 또한 취득한 주식에 대하여 의결권 등이 제한된 사정은 나타나지 아니하는바, B에게 그 중 일부인 쟁점주식을 양도하기로 약정하였다고 하더라도 이는 당사자 간의 채권적인 효력에 불과할 뿐 청구법인의 쟁점주식 소유를 부인하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인을 대상법인의 지배주주로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 데에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제13조의2【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례】① 대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.

1. 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의23에 따른 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(이하 "창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구"라 한다) 또는 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항 각 호의 규정을 적용할 때 출자는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

③ 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 주식 또는 출자지분을 취득한 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주 등에 해당하는 경우에는 지배주주 등이 되는 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 주식 또는 출자지분에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 더하여 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 법인세법 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

④ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 지배주주 등의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제12조의2【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제13조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 내국법인"이란 다음 각 호의 자를 제외한 내국법인을 말한다.

1. 법 제13조 제1항 제1호에 따른 중소기업창업투자회사

2. 법 제13조 제1항 제2호에 따른 신기술사업금융업자

3. 법 제13조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 따른 벤처기업출자유한회사

4. 법 제13조 제1항 제4호에 따른 기금운용법인등

② 법 제13조의2 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인세법 시행령 제2조 제5항에 따른 특수관계인을 말한다.

③ 법 제13조의2 제3항에 따른 이자상당가산액은 공제받은 세액에 제1호의 기간 및 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 공제받은 사업연도의 과세표준신고일의 다음 날부터 법 제13조의2 제3항의 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고일까지의 기간

2. 1일 10만분의 25

④ 법 제13조의2 제3항에 따른 지배주주 등의 범위는 법인세법 시행령 제43조 제7항에 따른 지배주주등의 범위로 한다.

⑤ 법 제13조의2 제1항을 적용받으려는 내국법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손급불산입】⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.