[요지] 거래대금이 쟁점매입처 또는 그 대표이사 명의의 계좌로 지급된 사실은 객관적으로 확인되지 아니하여 실제 거래가 있었는지 여부가 불분명한 점, 쟁점매입처의 사업자등록상 업종이 건설업(토목공사)으로 확인될 뿐만 아니라 청구법인은 이 건 거래대금의 구체적 산정근거도 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 제시한 ‘일일배차일지’도 그 거래일자와 쟁점세금계산서 발행시기가 서로 상이하여 거래 사실을 입증하기에는 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
[참조결정] OOOOOOOOOO
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 실제로 쟁점매입처에 원석을 운반한 대가로 대금을 지급하고 정상적으로 수취한 것이므로 쟁점세금계산서에 의한 거래를 정상거래로 봄이 타당하다. (가) 청구법인의 2014년 제1기～2016년 제2기 과세기간 동안의 매출액 및 매입액을 비교하면 2016년 제2기의 부가가치율과 다른 과세기간과의 차이는 극히 미미한 것으로 확인되는 점을 고려하여 쟁점세금계산서에 의한 거래를 실물거래를 수반한 정상거래로 보아야 한다. 즉, 실제 매입이 없었다면 다른 과세기간에 비해 이 건 과세기간의 부가가치율이 상당이 크게 산정될 것이므로 부가가치율이 유사하다는 사실 자체가 실제로 매입거래가 있었음을 반증한다 할 것이다. (나) 청구법인은 원석을 구입하여 간척사업을 하는 업체에 판매하는 사업을 영위하였는데, 여러 지방의 석산이나 폐골재 사업장에서 원석을 구매해서 바지선을 이용하여 운반하므로 업계 관행상 대부분의 거래를 현금으로 하였고, 쟁점매입처의 대표이사인 B은 쟁점세금계산서와 관련한 과세자료를 해명하는 과정에서 청구법인과 함께 처분청을 직접 방문하여 정상거래라고 진술하며 거래사실확인서 및 일일 배차일지 등을 그 증빙자료로 제출하였다. (다) 청구법인과 쟁점매입처는 영세사업자로, 폐업한 지 5년 이상이 경과되어 구체적인 증빙서류를 보관하고 있지 아니하나, 쟁점매입처의 배차일지에 차량번호, 배차시간, 원석대금 및 식사비 등이 상세하게 기재되어 있으므로 이를 통하여 쟁점매입처와의 거래가 정상임을 확인할 수 있다. 따라서 석산의 원석 구매 및 운반 거래의 관행상 현금거래가 많아서 대금지급에 대한 입증은 어렵다고 하더라도 부가가치율 및 쟁점매입처 대표이사의 진술내용 등을 통하여 이 건 거래가 정상임을 인정함이 타당하다. (라) 처분청은 쟁점매입처의 사업자등록상 업종이 토목공사임을 근거로 실물거래가 없었다는 의견이나, 당시 쟁점매입처는 토목공사를 수행하면서 부수적으로 발생한 폐골재 등을 판매하였는데, 폐골재 등의 매입액은 극히 미미한 반면, 바지선 등을 이용한 운반비가 전체대금의 대부분을 차지하므로, 청구법인은 운반비를 포함한 거래대금을 쟁점매입처에 지급하였다. 이와 같이 쟁점매입처로부터 매입한 폐골재 등은 인천 연안항만의 크루즈 부두 확장공사에 납품되어 현재 크루즈 부두가 완공되어 사용되고 있음을 보더라도 당시 실지 매입거래가 있었음을 확인할 수 있다.
(2) 처분청은 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과하였으나, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 행위를 적극적 부정한 행위로 볼 수 없으므로 청구법인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받았다고 보아 10년의 장기 부과제척기간을 적용하여 청구법인에게 부가가치세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다. (가) 국세기본법 제85조의3은 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 하고 있는 점을 감안할 때 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다(국심 2006중4069, 2007.4.27. 참조). (나) 조사청은 2018.2.27.부터 2018.4.9.까지 쟁점매입처에 대한 세무조사를 실시하였고, 처분청은 그 결과에 따라 통보된 과세자료를 정당한 사유 없이 장기간 그대로 방치하다가 5년의 부과제척기간이 경과한 2023.4.18.에서야 청구법인에게 해명 안내문을 통보하였다. 즉, 조사청은 이 건 조사 당시 거래상대방인 청구법인에 대한 조사 없이 과세자료만 통보하였고, 처분청은 당해 자료를 처리하지 아니하다가 청구법인이 2016.12.31. 폐업하여 장부 등 보존기간(5년)이 경과하여 구체적인 거래관계를 소명할 수 없는 상황에 이르러서야 청구법인에게 연락을 하게 된 것이다. 청구법인은 당시 쟁점매입처의 대표이사와 함께 처분청을 방문하여 ‘거래사실 확인서’ 및 ‘일일 배차일지’ 등을 제출하며 정상거래임을 해명하였다. (다) 한편, 처분청이 청구법인에 대한 직접조사나 쟁점세금계산서에 의한 거래가 가공거래라는 확증 없이 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 행위를 적극적 부정행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세 등을 부과한 이 건 처분은 부당하다. 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다. (라) 또한, 구국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’는 조세범 처벌법 제9조의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범 처벌법 제9조에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이고, 조세포탈죄에 있어서 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것이다(대법원 2006.6.29. 선고 2004도817 판결 참조). (마) 청구법인은 쟁점세금계산서를 포함하여 부가가치세를 정상적으로 신고‧납부하였고, 쟁점매입처도 관련 매출세액을 신고‧납부한 것으로 알고 있으며, 설령 쟁점매입처가 관련 매출세액을 신고만 하고 납부하지 아니하였다고 하더라도 그러한 상황까지 청구법인이 고려할 사항은 아니다. 따라서 청구법인이 쟁점매입처로부터 가공세금계산서를 수취하였다고 하더라도 청구법인은 쟁점매입처에 부가가치세를 모두 지급하였을 뿐만 아니라 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려고 시도하지 아니하였고, 쟁점매입처도 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서상 매출세액을 정상적으로 신고하였으므로, 청구법인이 부가가치세를 면탈하고자 하였다고 볼 수 없다. (바) 쟁점매입처가 과다 발행한 세금계산서와 관련된 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입이 감소될 것이라는 인식이 청구법인에게 있었다고 보기도 어렵다. 즉, 청구법인은 쟁점매입처가 청구법인으로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고·납부할 것이라고 인식하고 있었을 뿐이고 청구법인이 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 할 수 없다.
(1) 청구법인은 정상거래에 의하여 대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이라고 주장하나, 쟁점세금계산서에 의한 거래는 정상거래로 볼 수 없다. 쟁점매입처는 원석 운반과는 관련 없는 토공사를 주업으로 하는 업체로 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, 가공거래를 수행한 업체로 확정되었고, 청구법인은 정상거래를 주장할 만한 객관적 증빙자료도 없이 당초 진술을 번복한 쟁점매입처 대표이사의 거래사실확인서를 제시하며 정상거래를 주장하고 있으나 이마저도 거래시기와 발급시기가 상이하여 신뢰하기 어렵다. (가) 청구법인은 2016년 제2기 부가가치세 과세기간의 부가가치율이 다른 과세기간과 비교할 때 그 차이가 미미하다는 것을 정상거래의 근거로 제시하였으나, 청구법인이 제시한 각 과세기간의 부가가치율은 일관되지 못하여 이를 근거로 정상거래를 주장하는 것은 신뢰성이 떨어지고, 원석 운반비로만 OOO원의 경비가 발생한다는 것은 상식적이지 못하며, 실제로 원석을 매입하였다고 하더라도 쟁점매입처의 매입자료가 전무하여 정상거래로 볼 수 있는 근거가 없다. (나) 또한, 청구법인은 원석을 구입하여 간척사업을 하는 업체에 판매하는 사업을 영위하였고 해당 원석을 운반한 대가로 쟁점매입처에 대금을 지급하였다고 주장하나, 쟁점매입처는 사업자등록상 건설업(공사)을 주업종으로 영위하고 있는 것으로 신고되어 있는바, 조사청의 이 건 조사 시 그 대표이사 B이 ‘쟁점매입처는 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 매입 없이 매출만 OOO원의 환급세액이 발생한 반면, 쟁점매입처는 부가가치세 신고 시 쟁점세금계산서상 매출세액을 포함하였으나 관련 납부세액을 납부하지 아니하여 체납이 발생함으로써 결과적으로 부정한 행위로 국가의 조세수입 감소를 초래하였다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서에 의한 거래를 정상거래로 볼 수 있는지 여부
② 청구법인이 부정행위를 한 것으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[괄호 생략]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제85조의3【장부 등의 비치와 보존】① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.
② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.
(2) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트
(3) 국세기본법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2【부정행위의 유형 등】① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
(4) 조세범 처벌법 제3조【조세 포탈 등】① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급·공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급·공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.(각 호 생략)
⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득‧수익‧행위‧거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(1) 청구법인은 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점매입처로부터 공급가액 합계 OOO원의 쟁점세금계산서를 수취하여 아래 ＜표1＞‧＜표2＞와 같이 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제받는 한편, 법인세 신고 시 공급가액 상당액을 손금에 산입하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제하는 한편, 매입액 상당액을 손금불산입하여 아래 ＜표1＞‧＜표2＞와 같이 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 각 경정‧고지하였다. ＜표1＞ 부가가치세 신고 및 경정 내역 ＜표2＞ 법인세 신고 및 경정 내역
(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점매입처는 2017.7.31. 폐업한 업체로, 그 사업자등록상 주업종은 건설/토목공사로 신고되어 있고, 2016년 제2기 부가가치세를 신고한 후 관련 세액을 무납부하여 현재 체납상태이며, 관련 법인세는 무신고한 것으로 나타나는바, 쟁점매입처의 부가가치세 신고현황은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점매입처의 부가가치세 신고현황 (나) 조사청의 조사종결보고서에 의하면, 조사청은 쟁점매입처가 2016년 제1기～2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 공급가액 합계 OOO원의 거짓세금계산서를 발급한 혐의가 있다고 보아 조사대상자로 선정하여 2018.2.27.～2018.4.9. 기간 동안 조세범칙조사(자료상)를 실시한 결과, 쟁점매입처는 직권폐업일인 2016.6.21. 이후부터 조사일 현재까지 실제 사업을 영위한 사실이 없는 것으로 확인되고, 위 과세기간 동안 거래상대방에게 실물거래 없이 거짓세금계산서를 교부하여 부당하게 부가가치세 매입세액을 공제받도록 한 것으로 조사되었는바, 이 건 조사종결보고서상 청구법인과 관련된 내용은 다음과 같다. (다) 조사청이 이 건 조사 시 두 차례(2018.3.13. 및 2018.3.27.)에 걸쳐 작성한 쟁점매입처 대표이사인 B에 대한 심문조서의 주요 내용은 다음과 같다. OOO (라) 처분청이 제시한 금융거래내역에 의하면 C(이 건 거래의 주선자로 보임)이 쟁점매입처 대표이사의 계좌(OOO9003-228-)로 2016.12.10. OOO원, 2016.12.27. OOO원 및 2017.1.26. OOO원 합계 OOO원을 각각 입금한 것으로 나타난다. (마) 한편, 청구법인은 쟁점매입처 대표이사인 B의 거래사실확인서(2023.6.27. 작성)를 제시하였는데, 그 내용은 다음과 있다. OOO (바) 또한, 청구법인은 쟁점매입처의 ‘일일배차일지’를 제시하였는데, 동 배차일지에 의하면 차량번호, 배차시간, 배차횟수 및 식사비 등이 수기로 상세하게 기재되어 있으나, 배차일지에 나타난 거래일자(2016.4.7. 및 2016.4.9.)와 쟁점세금계산서 발급시기(2016년 제2기)가 서로 상이한 것으로 나타난다. (사) 그 밖에 청구법인은 과세기간별 부가가치율을 감안하면 쟁점세금계산서에 의한 거래를 정상거래로 보아야 한다고 주장하며 아래 ＜표4＞와 같은 과세기간별 부가가치율을 제시하고 있다. ＜표4＞ 청구법인의 과세기간별 부가가치율
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서는 실제로 쟁점매입처에 원석을 운반한 대가를 지급하고 정상적으로 수취한 것이므로 그에 따른 거래를 정상거래로 보아야 한다고 주장하나, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다 할 것인바(대법원 2013.1.10. 선고 2012두21253 판결 등 참조), 이 건의 경우 청구법인은 쟁점매입처의 대표이사가 이 건 조사 당시 조사청의 회유로 거짓 진술을 하였다고 주장하나 그에 대한 근거는 부족한 반면, 쟁점매입처의 대표이사가 C으로부터 부가가치세 상당액을 지급받은 사실이 금융증빙에 의하여 확인되므로 조사청이 작성한 심문조서의 내용에 신빙성이 없다고 보기 어렵고, 쟁점세금계산서상 부가가치세 상당액(OOO원)이 C 명의의 계좌에서 쟁점매입처 대표이사의 계좌로 입금된 사실만 확인될 뿐 나머지 거래대금(OOO원)이 쟁점매입처 또는 그 대표이사 명의의 계좌로 지급된 사실은 객관적으로 확인되지 아니하여 실제 거래가 있었는지 여부가 불분명한 점, 청구법인은 원석 운반대가로 쟁점매입처에 현금으로 거래대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취하였다고 주장하나, 쟁점매입처의 사업자등록상 업종이 건설업(토목공사)으로 확인될 뿐만 아니라 청구법인은 이 건 거래대금의 구체적 산정근거도 제시하지 못하고 있고, 조사청은 매입 내역이 없는 쟁점매입처가 발급한 매출세금계산서(쟁점세금계산서 포함)를 전부 가공으로 확정하였으며, 청구법인이 제시한 ‘일일배차일지’도 그 거래일자(2016.4.7. 및 2016.4.9.)와 쟁점세금계산서 발행시기(2016년 제2기)가 서로 상이하여 거래 사실을 입증하기에는 부족한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서에 따른 거래를 정상거래로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서 수취행위를 부정행위로 볼 수 없으므로 5년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다고 주장하나, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제1호의2 및 제3호에서 국세는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년의 기간이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없으나, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년간 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 위 규정상의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서, 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제 받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 이외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다 할 것인바, 청구법인의 경우 이 건 거래를 통해 수취한 쟁점세금계산서를 부가가치세 신고 시 매입세액을 공제받은 반면, 쟁점매입처는 관련 매출세액을 체납함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 초래한 점, 조사청은 2016.6.21. 장기간 무실적 등의 사유로 쟁점매입처를 직권으로 폐업처리하였다가 그 대표이사의 요청으로 2017.1.25. 직권폐업을 취소하였으나, 그 이후에도 실질적으로 사업을 영위하지 아니하는 것으로 확인되어 2017.7.31. 사업자등록을 직권폐업한 것으로 나타나는바, 청구법인이 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 수취할 당시(2016년 제2기) 청구법인도 쟁점매입처가 폐업된 상태임을 인지하고 있었을 것임에도 쟁점세금계산서를 수취한 이상 청구법인에게 조세탈루 의도나 목적이 없었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 행위가 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.