4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2013.4.4. 개업하여 전문건설하도급을 주업종으로 하는 쟁점사업장의 대표자로 체납액이나 자료상 범칙내역은 나타나지 않고, 쟁점사업장의 2017년 대차대조표, 손익계산서에 의하면 급여와 임금, 제수당이 0원, 일용급여가 0원으로 나타나며, 건설과 관련한 장비는 없고, 고정자산으로 승용차 2대를 보유하고 있으며, 청구인은 쟁점세금계산서 공급가액을 매입금액에서 제외하여 2017년 제1기 부가가치세를 수정신고(2019.10.30. OOO원, 2021.12.3. OOO원 합계 OOO원)하면서 부당과소신고가산세를 적용하여 신고·납부한 것으로 나타난다. (나) 쟁점사업장의 주요 매출처인 ㈜C, D(주) 등의 자료상 이력은 없는 것으로 확인되고, 쟁점매입처의 대표자 E는 인테리어를 주업종으로 2016.9.28. 인천광역시 남동구 OOO를 소재지로 하여 쟁점매입처를 개업하였으며, 사업부진을 이유로 2017.11.14. 폐업하였다. (다) 청구인은 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 수취하였고, 이에 대하여 쟁점매입처 계좌로 아래 <표3>과 같이 송금하였다. <표3> 쟁점세금계산서 내역 및 쟁점매입처 송금내역 (라) 청구인이 ㈜C와 D(주)에 발행한 매출세금계산서 내역과 이에 대한 쟁점매입처의 매입견적서는 아래 <표4>와 같다. <표4> 매출세금계산서와 쟁점매입처 매입견적서 비교
(2) 조사청의 쟁점매입처 조사결과 및 처분청의 종합소득세 경정내역은 아래와 같다. (가) 조사보고서에 의하면 조사청①은 2019.10.30.부터 2019.11.29.까지 쟁점매입처의 2017년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시하였고, 세무조사 당시 쟁점매입처는 폐업된 상태였으며, 조사종결시까지도 대표자 E와 연락이 되지 않았다고 기재되어 있으며, 쟁점매입처 조사결과 쟁점매입처의 2017년 제1기 매출과 매입중 가공확정비율은 매출 97.7%, 매입 98.7%이고, 쟁점사업장 조사에 대하여 ‘쟁점매입처는 쟁점사업장(청구인)에 총 4매, 공급가액 OOO원의 세금계산서를 미장‧판넬작업 등의 품목으로 발급하였으나, 쟁점매입처는 해당 공사에 필요한 인력 등을 고용한 증빙이 전혀 없고, 청구인은 거래사실확인서 요청에 쟁점매입처로 이체한 내역만을 제출하였으나, 청구인이 쟁점매입처로 대금을 입금한 후 현금 출금되거나 F, G으로 전액 이체된 것으로 볼 때 A이 직접 해당 공사를 수행한 것으로 볼 수 없어 가공으로 확정’하였다고 기재되어 있다. (나) 처분청이 청구인에 대한 2017년 귀속 종합소득세 경정내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인에 대한 2017년 귀속 종합소득세 경정내역
(3) 청구인이 ㈜C와 D(주)에 건설용역을 제공하였다며 증빙으로 제시한 자료는 아래와 같다. (가) 청구인은 ㈜C의 공장 및 사무실(3층 건물)을 기초부터 건물 외곽공사까지 마무리하였고, D㈜의 공장 신축 및 기숙사 리모델링 작업을 하였다며 각 건물 사진을 아래 <표6>과 같이 제출하였다. <표6> 청구인이 쟁점매입처로부터 용역을 제공받아 건설한 건물 (나) 청구인은 ㈜C로부터 지급받은 공사수입금 내역과 공사원가내역을 아래 <표7>과 같이 제출하였고, 원가내역서에는 쟁점매입처 공사비 외 청구인이 판넬 원재료를 구입한 것으로 보이고, 쟁점매입처가 제출한 견적서(4매)에는 품목마다 단위, 수량, 자재비, 노무비, 경비 등이 구분되어 기재되어 있다(<별지> 쟁점매입처의 견적서 일부). <표7> 청구인의 공사수입금 내역과 공사원가내역(발췌)
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 매출처에 건설용역을 제공하여 공사를 완료하였으므로 쟁점세금계산서상 매입금액인 OOO원을 필요경비로 인정하여야 하고, 적어도 쟁점매입처에 송금한 공급가액인 OOO원을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있는바, 청구인의 주요 매출처들이 자료상의 이력이 없고, 청구인이 발급한 매출세금계산서는 모두 인정이 되었으며, 청구인이 제시한 공사원가내역서에 판넬 등 공사자재를 구입한 사실이 나타나는 점 청구인은 매출에 대응하는 용역을 공급받았던 것으로 보이고, 해당 매입에 대하여 쟁점매입처에 용역제공의 대가를 지급한 것으로 보이며, 청구인이 제시한 금융거래 증빙자료를 보면 청구인이 쟁점매입처에 쟁점세금계산서 금액과 유사한 OOO원을 송금한 것으로 나타나고, 쟁점매입처 계좌에서 현금으로 인출된 금액은 실제 공급자의 인건비로 지급되었을 가능성이 있어 보이며, 현금으로 인출된 금액을 청구인이 돌려받았다는 내용이 확인되지 않은 점, 청구인의 매출은 정상거래로 인정되어 쟁점거래가 위장거래로 보임에도 처분청은 청구인에 대한 별도의 조사없이 쟁점거래를 가공매입으로 보아 과세한 점, 이 건은 종합소득세 과세처분으로 청구인의 매출에 대응하여 발생한 매입을 모두 부인하는 것은 무리가 있어 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점매입처 계좌로 입금한 공급가액 OOO원은 필요경비로 인정하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 쟁점매입처에서 발급한 쟁점세금계산서 공급대가와 쟁점매입처 계좌에 입금된 금액이 OOO원의 차이가 발생함에도 청구인이 이러한 차이가 하자에 따른 매입금액 감액이라고만 주장할 뿐 이에 대한 근거를 제시하지 못하고 있어 이 부분은 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단된다.