청구법인의 202ㅇ년 제1기 부가가치세 과세표준(매출)으로 신고한 금액은 세금계산서 착오발급에 의한 것으로 과세표준에서 차감하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] OO세무서장이 2024.2.8. 청구법인에게 한 2023년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인이 신고한 2023년 제1기 부가가치세의 매출이 가공매출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2022.9.8.부터 OO 광역시 OO 구 OOO에서 사업시설 유지․관리업을 주업종으로 영위하는 법인으로, 2023.7.25. 2023년 제1기분 부가가치세 OOO원을 신고․무납부하였고, 처분청은 2023년 9월경 청구법인에게 2023년 제1기 부가가치세 OOO원을 무납부고지하였다.
• 나. 청구법인은 2023.11.28. 당초 신고한 2023년 제1기 부가가치세 매출 및 매입은 AAA 주식회사(이하 “AAA-주”라 한다)의 매출․매입을 청구법인의 매출․매입으로 착오로 신고한 것이라고 주장하며 <표1> 기재와 같이 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구를 하였고 같은 날 AAA-주는 2023년 제1기 부가가치세 OOO원을 기한 후 신고하였으나 처분청은 2024.2.8. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표1> 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 과세표준(매출)으로 신고된 금액은 모두 가공매출로 청구법인이나 AAA-주의 매출에 해당하지 않는다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 경정청구 당시 AAA-주의 매출을 착오로 청구법인의 매출로 신고하였다고 주장하였다가, 심판청구 시 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 과세표준(매출)으로 신고된 금액은 모두 가공매출로 청구법인이나 AAA-주의 매출에 해당하지 않는다고 주장을 변경하였다. 청구법인은 2023년 제1기 부가가치세 정기신고 시 부가가치세 OOO원을 신고․무납부하였고, AAA-주의 2023년 제1기 부가가치세는 무신고하였다가 2023.11.28. 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세를 경정청구(OOO원)하면서 청구법인의 대표이사가 대표자로 있는 AAA-주의 2023년 제1기 부가가치세를 기한 후 신고․무납부(OOO원)하였다. 청구법인의 부가가치세 신고서상 매출은 OOO원, 매입은 OOO원임에 비해, 국세통합전산망상 확인되는 전자세금계산서 수수금액은 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 매출 OOO원, 매입 OOO원의 차이가 확인되나, 이에 대하여 청구법인은 거래 또는 무거래 사실을 확인할 수 있는 장부 등 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다. 청구법인은 개업일 이후 법인세는 무신고, 부가가치세는 신고ㆍ무납부 상태이고, 체납으로 인하여 예금채권이 압류되자 해당 매출이 AAA-주의 매출이라고 주장하는 것으로 보이나 이를 입증할 증빙을 제출하지 못하고 있으며, AAA-주 역시 개업일 이후 법인세를 신고하지 아니하였고 그 외에도 국세납부 실적이 거의 없다. 감액경정청구의 입증책임은 납세자에게 있는바 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 매출이 가공매출이라거나 AAA-주의 매출ㆍ매입이라는 청구주장이 충분히 입증되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 과세표준(매출)으로 신고된 금액은 세금계산서 착오발급에 의한 것으로 과세표준에서 차감하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2022.9.8. 개업한 이후 2022․2023사업연도 법인세를 무신고하였고, 2023년 제1기 부가가치세는 신고․무납부한 것으로 확인된다.

(2) 청구법인의 주주현황은 다음과 같다. <표2> 청구법인 주주현황 ㅇㅇㅇ

(3) AAA-주는 2021.3.25. 충청남도 천안시 서북구 OOO에서 aaa․bbb을 대표자로 하여 설립된 법인으로 aaa이 100% 주주(자본금 OOO원)로 확인된다. (4) 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 신고서에 의하면 아래 <표3> 기재와 같이 매출은 OOO원, 매입은 OOO원으로 확인되나, 국세통합전산망(NTIS)상 확인되는 전자세금계산서 발행 및 수취금액은 매출 OOO원, 매입 OOO원으로 매출 OOO원, 매입 OOO원의 차이가 확인된다. 이와 관련하여 청구법인은 거래 또는 무거래 사실을 확인할 수 있는 장부 등 증빙을 제출하지 아니하였다. <표3> 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 신고내역 ㅇㅇㅇ <표4> 청구법인의 2023년 제1기 전자세금계산서 수수내역(NTIS) ㅇㅇㅇ

(5) AAA-주는 부가가치세 정기신고를 하지 아니하였다가 2023.11.28. 기한 후 신고ㆍ무납부(OOO원)한 것으로 확인된다. AAA-주의 2023년 제1기 부가가치세 신고내역은 <표5> 기재와 같고, 전자세금계산서 수수내역은 <표6> 기재와 같다. <표5> AAA-주 2023년 제1기 부가가치세 신고내역 ㅇㅇㅇ <표6> AAA-주 2023년 제1기 전자세금계산서 수수내역 ㅇㅇㅇ

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 경정청구 당시 2023년 제1기 부가가치세 신고 시 AAA-주의 매출을 착오로 청구법인의 매출로 신고하였다고 주장하였다가, 이 건 심판청구에서 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 과세표준(매출)으로 신고된 금액은 모두 가공매출로 청구법인이나 AAA-주의 매출에 해당하지 않는다고 주장을 변경하였다. 이에 처분청은 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 매출이 가공매출이라거나 AAA-주의 매출ㆍ매입이라는 청구주장이 충분히 입증되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 그러나 국세기본법 제14조 제2항 은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제57조 제3항 은 사업장 관할 세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정하도록 규정되어 있는바, 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 신고서상 세금계산서 내역에 의하면 위 <표3> 기재와 같이 매출은 OOO원, 매입은 OOO원으로 확인되나, 국세통합전산망상 확인되는 전자세금계산서 내역은 매출 OOO원, 매입 OOO원에 불과한 것으로 확인되는 점, 위 <표3>, <표4> 기재에 의하면 청구법인의 2023년 제1기 전자세금계산서 발행이 확인되는 매출 은 OOO원인데 청구법인은 2023.7.11. 이에 대하여 모두 수정세금계산서를 발행한 것으로 확인되는 점, 2022.9.8. 설립되어 사업시설 유지․관리업 을 영위하는 청구법인이 2023년 제1기에 OOO원의 매출을 신고한 것은 다소 이례적인 것으로 보이고, 청구법인이 심판청구 단계에서 청구주장을 변경함에 따라 처분청은 청구법인의 경정청구서 검토시 해당 매출이 가공매출에 해당하는지 여부에 대해서는 검토하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 2023년 제1기 부가가치세 매출이 가공매출에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 국세기본법 제14조[실질과세]

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 부가가치세법 제3조[납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제4조[과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제34조[장부의 작성･보관] ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부에 기록하여 사업장에 갖추어 두어야 한다.

② 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제42조 제1항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항에 따라 기록한 장부와 제32조, 제35조 및 제36조에 따라 발급하거나 발급받은 세금계산서, 수입세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 후 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제32조에 따라 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 사업자가 ｢법인세법｣ 제112조 및 ｢소득세법｣ 제160조 에 따라 장부기록의무를 이행한 경우에는 제1항에 따른 장부기록의무를 이행한 것으로 본다. 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다.