[요지] 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액 등을 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액 등을 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2015중2367 / 조심2013중3164
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2016사업연도에 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출한 후 5년 동안 그 이자수익 등을 고유목적사업인 학교운영비로 사용하였으므로 쟁점전출금을 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 봄이 타당하다. (가) 구법인세법은 법인을 영리법인과 비영리법인으로 구분하여 영리법인에 대하여는 소득 발생의 원천을 가리지 아니하고 모든 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지우지만 비영리법인에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 각 호에서 정한 특정한 발생원천에서 생긴 소득에 한하여 납세의무를 지우고 있다. 수익사업에는 임대업(제1호), 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입(제5호)이 포함되어 있다. 구법인세법 제113조는 비영리법인이 영위하는 수익사업에서 생긴 소득에 대한 과세를 위하여 비영리법인으로 하여금 자산‧부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것으로 구분경리 하도록 요구하고 있다. 위 수익사업 구분경리 원칙에 의하면 수익사업과 비수익사업 간 거래는 비영리법인 내부거래이기는 하나 제3자 간 거래와 동일하게 인식하여야 한다. 이와 관련하여 ‘비영리사업에서 수익사업으로의 자산이전 거래’에는 ‘전입’만 있더라도 거래로 인식하여 ‘자본원입(원시출자)’으로 경리하나(구법인세법 시행규칙 제76조 제3항), ‘수익사업에서 비영리사업으로의 자산 이전 거래’에는 단순한 ‘전입’에서 나아가 실제 ‘지출’이 있는 경우에 한하여 거래를 인식하여 ‘고유목적사업(준비금) 지출, 소득금액(잉여금 포함) 지출, 자본 원입액의 반환’ 중 하나로 경리하여야 한다(구법인세법 제29조 제2항, 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제4항 전문). 이와 같이 거래인식 시점에 차이를 둔 것은 과세대상이 되는 수익사업에 속하는 자산이 비과세 대상인 비영리사업에 이전되는 것을 최대한 보수적으로 파악하여 국가의 조세권 행사를 관철하기 위한 것이다. 한편, 구법인세법 시행규칙 제76조 제4항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 사립학교법에 의한 학교법인을 비롯한 각종 교육 관련 비영리법인에 대하여는 ‘수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다’고 규정하여 일반 비영리법인에 비하여 거래 인식 시점을 앞당기고 있다. 이는 교육의 공공성 및 특수성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진할 필요가 있고, 학교법인의 비영리사업회계에 대하여는 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 각종 안전장치가 확보되어 있기 때문이다(기본재산 처분 시 관할청 허가, 학교교육에 직접 사용되는 일정 재산 매도, 담보제공 금지, 매 회계연도 개시 전‧종료 후 관할청에 예‧결산 보고‧공시, 결산서 제출 시 감사 전원이 서명‧날인한 감사증명서 첨부, 독립된 공인회계사 등이 작성한 감사증명서 첨부 등). 다시 말해 구법인세법 제29조 제4항은 쟁점준비금으로 손금에 산입한 금액을 5년 내 고유목적사업에 사용할 것을 요구하고 있는데, 일반 비영리법인의 경우에는 단순한 전입이 아니라 실제로 고유목적사업에 지출하여야 고유목적사업에 사용한 것을 볼 수 있으나, 학교법인의 경우에는 일단 비영리사업회계로 전출이 이루어지면 사립학교법에 따라 사실상 고유목적사업 외의 용도로 부당 지출될 수 없으므로 비영리사업회계로 전출이 이루어진 시점에 비영리사업, 즉 고유목적사업에 사용한 것으로 간주함으로써 그 사용시점을 앞당기는 특례규정을 두고 있는 것이다. (나) ‘법인세법 기본통칙’ 113-156…3 제2항은 ‘쟁점규정을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다’고 규정하면서 제1호에서 쟁점준비금 중 법 제29조의 규정에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제3항 후단의 금액을 포함한다)을 들고 있다. 즉, 쟁점준비금으로 손금산입한 금액과 상계하여 쟁점준비금을 사용한 것으로 처리된다 할 것이다. 국세청도 매년 발간하는 ‘공익법인 세무안내’라는 제목의 책자 내지 유권해석을 통해 현재까지도 위와 같은 취지로 안내하고 있다. (다) 쟁점규정은 청구법인과 같은 ‘학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업 회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다’는 간주규정에 해당하는바, 대법원도 위 규정이 사립학교법에 의한 학교법인의 경우 일반 비영리법인이 지출한 경우에 비하여 ‘수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 단계에서 지출로 간주한다’는 의미로 해석된다고 판시한 1심 판결(서울행정법원 2015.1.30. 선고 2014구합66045 판결)을 지지하면서, “쟁점규정은 사립학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다는 것인데, 여기서의 ‘지출’은 그 문언 해석상 손익거래와 관계없는 자본원입액의 반환 등으로 해석함이 상당하고, 이때 쟁점준비금과 상계하는 자산가액은 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우와 마찬가지로 시가에 의하여 한다”고 하여 사립학교법에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 시점에 쟁점규정에 따라 쟁점준비금과 상계된다는 것을 당연한 전제로 기각한 바 있다(대법원 2016.8.18. 선고 2016두31173 판결 참조).
(2) 또한, 처분청은 정기예금 대체를 명목상 전입으로 보고 있으나, 청구법인은 쟁점부동산 처분일로부터 현재까지 수익용 부동산(상가 등)을 취득하지 아니한 채 이자수입만으로 고유목적사업인 학교 운영자금으로 사용하고 있다. (가) 대법원은 ‘학교법인의 경우에는 비영리사업회계로 명목상 전입한 것에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 이상 비영리사업회계로 전출한 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다’는 취지로 판시하면서(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결 참조) 명목상 전입에 해당하는지 여부를 비영리사업회계로 전출할 당시 전출금을 수익사업에 사용할 용도로 예정되어 있었고, 실제로 대부분의 전출금이 수익사업에 사용되었는지 여부를 고려하여 판단하고 있는바, 위 판단기준에 따르면 청구법인의 경우 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시(2016사업연도)부터 위 자산을 수익사업(상가취득 등)에 사용할 목적이 없었고 그 후 실제 5년이 지난 현재까지 정기예금에 예치하여 발생하는 이자수입 등을 고유목적에 사용하고 있을 뿐 수익사업에 사용하지 않았으므로 명목상 전입으로 볼 수 없다. (나) 학교법인의 기본재산 중 교육용 기본재산은 교육용으로 직접 사용되는 부동산만을 말하고, 수익용 기본재산은 위 교육용 기본재산을 제외한 나머지를 말한다. 청구법인이 정기예금에 대해 수익용 기본재산이라는 표현을 사용하였다고 하여 이를 이유로 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전입한 것을 명목상 전입이라고 볼 수는 없다. 청구법인이 수익용 기본재산인 쟁점부동산의 처분허가 신청 시 제출한 신청서상 처분 용도에도 ‘현금성 자산으로 대체한다’고 되어 있으며, 2014.6.26. 이사회 회의록을 보더라도 ‘토지는 감소하고 현금성 자산이 증가하는 재산 증감(안)’으로 기재되어 있다. 또한, 쟁점부동산의 경우 임차인 및 전차인들과 명도소송, 검찰고발 및 토지 인도 명령에도 임차인 등이 자진 퇴거하지 아니하여 업무 방해를 받고 있을 뿐만 아니라 개발제한구역에 해당하여 수익을 올리고자 임대를 하여도 농사업에 한정되어 있어서 은행 등에 예치 시 발생하는 이자수입만으로도 현재 조건의 임대수입보다 더 많은 수입이 예상된다는 2014.6.26. 이사회 회의록을 보아도 알 수 있는 바와 같이 수익을 극대화하여 원본을 잠식하지 않고 수입이자 등으로 고유목적사업인 학교 운영자금으로 사용하고 있는바, 청구법인은 이러한 방법을 통하여 인천광역시 33개 법인 중 법정부담금 100%를 납부하는 2개 법인 중 하나로 학교의 고유목적사업에 충실하면서도 국가 및 인천광역시 재정 부담 감소에 기여하고 있다. (다) 구법인세법 제29조 제1항 및 제2항의 입법취지는 수익사업회계에서 발생한 소득이 실제로 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 비영리법인에 대하여 조세우대 혜택을 부여하고자 하는 것이나, 쟁점규정이 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 사립학교법에 따른 각종 자금유용 방지 수단을 담보로 학교법인에 대하여 일반 비영리법인과 달리 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입하였다는 형식적인 사실만으로 비영리사업에 지출한 것으로 의제하는 특례조항을 마련한 취지에 비추어 보면 전입 후 실제 사용 용도에 따라 손금 산입 허용여부를 달리하기는 어렵다(서울고등법원 2011.11.30. 선고 2011누17297 판결 참조). (라) 결국 청구법인이 2016사업연도에 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출하여 실제로 그 이자수익 등을 5년 이상 고유목적사업에 사용한 이상 쟁점규정에 따라 그 전출 시점에 고유목적사업에 지출한 것으로 인정되고, 이 경우 ‘법인세법 기본통칙’ 113-156…3 제2항에 따라 쟁점준비금 중 손금산입된 금액과 상계처리하여야 하므로, 청구법인이 쟁점전출액을 쟁점준비금과 상계한 것은 관련 법령에 따른 정당한 세무처리로 볼 수 있다.
(1) 청구법인은 2016년 2월 쟁점준비금 설정액을 정기예금에 예치하면서 비영리사업회계로 전출하였고, 이후 5년 동안 동 예금의 이자수익을 고유목적사업인 학교운영비로 사용한 이상 쟁점규정에 따라 쟁점전출금은 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 하고, 학교법인의 경우 일반 비영리법인과는 달리 비영리사업회계로 전출이 이루어지면 사립학교법에 따라 고유목적사업에 사용한 것으로 간주하는 특례 규정을 두고 있다고 주장하나, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세된 소득에 한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 되는바, 이러한 상황을 방지하기 위하여 비영리내국법인이 수익용 자산을 처분하여 생기는 수입은 법인세법 제29조에서 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 쟁점준비금을 손금으로 계상한 경우 이를 인정하고 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 이를 익금에 산입하도록 규정하여 기 설정된 쟁점준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있는 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점규정에 따라 쟁점전출금을 쟁점준비금으로 계상하여 비영리사업회계로 전출한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 의제되어 정기예금으로 예치한 행위가 곧 고유목적사업에 지출한 것이라고 주장하나, 청구주장과 같이 쟁점준비금을 예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출한 사유만으로는 고유목적사업에 지출하였다고 볼 수는 없고, 조세심판원과 법원도 전출행위 자체를 고유목적사업의 지출로 판단하고 있지 아니하였다(조심 2015중2367, 2015.7.16., 대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결 등 참조). 또한, 법인세법 제29조의 입법취지에 비추어 비영리사업회계로 전출된 쟁점준비금은 위 시행규칙 조문에도 불구하고 향후 고유목적사업(법인세법 시행령 제56조)에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하고, 전출금을 실제 고유목적사업에 사용하였는지 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 볼 수 없으므로(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52784 판결 참조), 청구법인과 같이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수 없다(조심 2013중3164, 2013.10.22., 대법원 2016.4.15. 선고 2015누52784 판결 참조).
(3) 청구법인은 쟁점부동산 처분일로부터 현재까지 수익용 부동산을 취득하지 아니하였으나 그 이자수입을 학교 운영자금으로 사용하고 있어 이를 명목상 전입으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인의 정기예금 대체는 명목상 전입에 불과하다. 쟁점준비금으로 손금산입한 유형자산처분이익을 5년이 넘도록 정기예금에 예치한 채 고유목적사업에 직접 사용함이 없이 이자수익만을 운용소득으로 고유목적사업에 사용한 것은 명목상 전입에 해당한다(대법원 2016.4.13. 선고 2015두60198 판결 참조). 이는 청구법인이 교육부에 수익용 기본재산 처분허가 신청을 하면서 제출한 회의록(2014.6.26.)에서도 확인되는데, 동 회의록에 의하면 이자수입이 당초 임대수입보다 더 많을 것으로 예상된다는 점을 강조하면서 ‘수익용 기본재산인 토지는 감소하고 현금자산을 증가하는 재산을 증감하는(안)은 원안대로 의결되었다’는 내용이 기재되어 있으므로 청구법인은 정기예금 원본을 수익사업으로 사용할 의도가 있었던 것으로 보인다.
(4) 학교법인이 고정자산처분으로 인하여 발생된 소득을 쟁점준비금으로 손금산입한 후, 해당 금액을 수익용 기본재산인 예금으로 재예치하고 비영리사업회계로 전출한 경우라도 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다. 또한, 청구법인이 ‘쟁점준비금을 사용할 것을 전제로 하여 전입하기만 하여도 그 전입시점에서 고유목적사업 등에 지출한 것과 동일하게 보겠다는 의미이므로 전입시점에서 전액 손금산입된다’고 주장하면서 제시한 서울고등법원 2011.11.30. 선고 2011누17297 판결은 대법원에서 학교법인이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출한 당시부터 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고 그 후 실제 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 구법인세법 제29조의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로는 이를 손금에 산입할 수 없다고 판단하여 파기환송이 되었으므로(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결 참조) 청구주장의 논거가 될 수 없다.
(5) 따라서 청구법인은 쟁점규정을 근거로 기본재산 매각대금을 예금으로 예치한 행위를 쟁점준비금의 지출로 보아야 한다고 주장하나, 다수의 조세심판원의 결정례와 법원의 판결은 법인세법 제29조의 입법취지로 볼 때 전출행위 자체만으로는 쟁점준비금의 지출로 볼 수 없다고 판단하고 있고, 학교법인을 다른 비영리법인과 달리 보아야 할 특별한 사정이 확인되지 않으며, 청구법인이 구법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에서 규정한 제한적 용도로 쟁점준비금을 사용하지 아니한 사실이 명백하므로 이를 사유로 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2.소득세법제16조 제1항에 따른 이자소득
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
1. 소득세법제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
⑦ 제5항 제4호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
(2) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2016년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
(3) 사립학교법 제28조【재산의 관리 및 보호】① 학교법인이 그 기본재산에 대하여 매도ㆍ증여ㆍ교환ㆍ용도변경하거나 담보로 제공하려는 경우 또는 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항은 관할청에 신고하여야 한다.
(4) 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.
⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
(5) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. ※ 법인세법 기본통칙 113-156…3【비영리법인의 잉여금의 범위】① 규칙 제76조 제4항에서 “잉여금”이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다.
② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리 하여야 한다.
1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제3항 후단의 금액을 포함한다)
2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액
3. 법인세과세 후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)
4. 자본의 원입액
(1) 청구법인이 2016사업연도에 쟁점준비금을 손금계상하고, 쟁점전출금을 비영리사업회계로 전출한 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 1989.8.23. 쟁점부동산을 출연받아 기본재산으로 보유하다가 이를 현금성 자산으로 대체할 용도로 인천광역시교육감으로부터 처분허가를 받아 2015.11.27. 주식회사 A에게 OOO원에 양도함에 따라 유형자산처분이익 OOO원이 발생하였는바, 쟁점부동산 처분허가 공문(2014.7.17.)의 주요 내용은 다음과 같다.
1. 허가구분 수익용기본재산 (토지) 처분 허가
2. 처분예정액 OOO원
3. 처분내역 쟁점부동산
4. 처분용도 현금성 자산으로 대체
5. 처분기한 허가일로부터 6개월
6. 허가조건
(2) 처분청은 청구법인이 쟁점전출금을 비영리사업회계(학교회계)로 전출시킨 것만으로는 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다고 보아 쟁점준비금을 손금산입한 사업연도의 종료일로부터 5년 내 기간 동안 미사용한 잔액 및 이자 상당가산액을 익금에 산입하여 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 이 건 법인세를 경정‧고지하였다. ＜표1＞ 이 건 법인세 경정내역
(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 2016사업연도 쟁점준비금 지출내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인은 고유목적사업회계로 전출한 쟁점준비금을 금융자산(정기예금)으로 현재까지 운용 중인 것으로 확인된다. ＜표2＞ 쟁점준비금 지출내역 (단위: 백만원) 적요 지출처 금액 비고 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 법인세 환급금 전출 고유목적사업회계전출 대인고등학교 OOO 법인세 환급금 전출 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 법인 이자수익 전출 고유목적사업회계전출 대인고등학교 OOO 고교 이자수익 전출 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 준비금 전입액 전출 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 법인 배당수입 전출 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 유형자산 처분이익 고유목적사업회계전출 청구법인 OOO 유형자산 처분이익 합계 OOO (나) 청구법인은 쟁점부동산 임대수입보다 그 매각대금에 대한 이자수입이 더 클 것으로 예상되어 수익을 극대화하여 원본을 잠식하지 아니하고 이자수입 등으로 고유목적사업인 학교 운영자금으로 사용하고자 쟁점부동산을 처분하였다고 주장하며 다음과 같은 2014.6.26.자 이사회 회의록을 제시하고 있다. (다) 그 밖에 청구법인은 학교법인의 경우 비영리사업회계로 전출이 이루어지면 사립학교법에 따라 사실상 고유목적사업 외의 용도로 부당 지출될 수 없으므로 비영리사업회계로 전출이 이루어진 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주된다고 주장하며 인천광역시교육감이 2024.2.16. 발급한 사실증명(확인)원을 제시하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출하여 이를 모두 고유목적사업에 사용하였으므로 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 법인세법 제29조에 의하면 비영리내국법인에게 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다 하더라도 당해 법인이 이를 쟁점준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 쟁점준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그에 대한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련되지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는 데 그 입법취지가 있다 할 것인바, 청구법인이 쟁점규정에 따라 쟁점준비금을 비영리사업회계(정기예금 예치)로 전출한 사실은 있으나 법인세법 제29조의 전반적인 입법취지를 감안해 볼 때 그 전출한 사실만으로는 전출금이 향후 고유목적사업에 사용하는지 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 보기는 어려울 뿐만 아니라 쟁점준비금을 손금으로 산입해 주는 것 역시 전출금을 한정된 용도에 사용하지 않거나 용도 외에 사용할 경우에는 해제조건으로 하고 있다고 봄이 상당하므로, 쟁점준비금으로 계상되었다가 비영리사업회계로 전출된 현금성 자산은 쟁점규정에도 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점준비금을 정기예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출한 것이 설령 명목상 전입이 아니라고 하더라도 법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에서 규정한 제한적 용도로 사용되지 아니한 사실이 명백한 이상 고유목적사업에 사용한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점전출금을 비영리사업회계에 전출한 시점에 영구적으로 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 해석하지 않는 이상, 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로 청구법인이 쟁점준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 잔액 등을 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.