[요지] 청구종중의 소유권이전등기 소송 관련 판결문상에서 종중원인 가 쟁점농지를 경작하고 시제비용을 부담한 내역이 나타나고 청구종중의 장부에서 위답논갈이 및 원두막설치장비대 지출내역 등이 나타나는 것으로 보아 청구종중이 부담해야할 시제비용 및 쟁점농지 관련 비용을 쟁점농지의 운영 수입에서 정산한 것으로 볼 수 있는 점, 장부상 주요거래내역에서 쟁점농지 경작자인 가 수령한 쌀소득등직불금이 청구종중에게 지급된 내역이 확인되는바, 이는 **가 쟁점농지 경작에 책임이 있는 청구종중에게 해당 직불금을 반환한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음
[참조결정] 조심2016중3961 / 조심2018부0846
[주 문] 파주세무서장이 2023.11.13. 청구중중에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 제69조 제1항에서 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있고, 조특법 기본통칙 69-0…3-②항에서 ‘종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 농작물을 경작하는 경우 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다’고 명시하고 있다.
(2) 조세심판원은 ‘종중농지는 그 특성상 종중농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에서 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우에는 자경농지로 보는 것이 타당해 보이는 점…쟁점농지에서 농사를 지은 종중원들이 종중에 지급한 금원은 종중의 시제비용 등에 충당하기 위한 용도로 사용되었음이 종중결산서에 나타나는 점 등에 비추어 청구종중이 쟁점농지를 대리경작하였다기 보다는 종중의 책임하에 쟁점농지를 자경하였다고 봄이 합리적인 것으로 보인다’고 해석(조심 2016중3961, 2017.1.23.)한바 있다.
(3) ① 1978.10.5.부터 현재까지 쟁점농지 소재지인 경기도 파주시에 거주하면서 농업에 전념하고 있는 청구종중의 종중원인 A가 쟁점농지를 8년 이상(2009년∼2019년) 경작한 사실이 농업소득직불금 내역, 농지대장, B OOO지점장이 발급한 거래자별 매출상세내역서(A OOO파로 구매) 등에 의하여 확인되는 점, ② 청구종중과 A가 쟁점농지의 경작과 시제, 총회 준비 등의 비용을 매년 정산한 사실이 결산장부에 의하여 확인되는 점, ③ A가 쟁점농지를 대리경작하였다면 매년 일정금액을 임차료로 지급하였을 것이나 그러한 내역이 확인되지 않는 점, ④ 농업소득직불금은 경작자의 수입임에도 불구하고 쟁점농지 경작자인 A가 자신이 받은 직불금을 종중에게 전달한 점 등을 종합하면 쟁점농지는 청구종중의 책임과 계산 하에 경작된 것이므로 쟁점농지의 양도에 대하여 조특법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 감면을 적용하여야 한다.
(1) 조특법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면과 관련하여, 종중의 책임과 계산 아래 종중원이 농지를 경작하는 경우에는 직접 경작으로 볼 수 있으나, 영농비용 등에 대한 종중의 책임과 계산 없이 단순히 대리경작, 위탁경작을 한 경우는 직접 경작에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2016.7.14. 선고 2016두38754 판결 참조).
(2) 쟁점농지는 청구종중이 종중 책임 하에 경작한 것이 아니라 청구종중의 구성원 등이 대리경작한 것으로 보이므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다. (가) 청구종중은 구입자가 ‘A OOO파’로 기재된 B의 거래자별매출상세내역을 제출하였으나, B의 직원이 ‘실제 A에게 판매하였으나, A의 요청으로 거래처명을 A OOO파 종중으로 수정하여 매출내역을 출력해 준 것’임을 확인하였고 B의 조합장이 회신한 공문에서 ‘청구종중과 거래한바 없다’는 내용이 나타나는바, 쟁점농지 영농비용은 청구종중이 아닌 A가 부담한 것으로 보인다. (나) 청구종중은 대리 경작근거가 없다고 주장하나, 쟁점농지의 농지대장에 ‘임대농지’라고 명시되어 있고, 청구종중 결산서에 2018.10.28. 위답 대여료 OOO원이라고 기재되어 있어 청구종중이 쟁점농지를 대리 경작한 것으로 보인다. (다) 청구종중은 A가 시제, 총회 준비 등의 비용을 수확물(연 OOO원)과 상계하였다고 주장하나, 쟁점농지 임차대가로 매년 OOO∼OOO원을 청구종중 측에 지급하였을 뿐, 정산근거가 확인된바 없고, 수확물 판매 수입금액이 중중계좌로 입금된 내용도 확인되지 않는다. (라) 청구종중은 논갈이, 원두막 설치비용, 굼벵이 입제 등을 이유로 쟁점농지를 유지·관리 하였다고 주장하나, 논갈이는 소액이고, 원두막 설치비용은 쟁점농지와 관련 없는 OOO대한 것이며, 굼벵이 입제 비용은 9월에 지출된 것으로 시기상 벌초의 성격 등이 있는 것을 볼 때 전체 경작기간 중 일부의 기간만 극히 소액의 영농비용만 청구종중 측에서 부담하였을 뿐이다.
(3) 조세심판원은 농산물 출하수입 정산 분배한 사실이 없는 등 달리 쟁점농지 경작에 관여하였다고 인정할 증빙이 없어 감면 배제처분은 타당하다고 결정(조심 2018부846, 2018.4.16.)하였고, 법원도 종중토지를 중중원이 경작하였다는 사실만으로 직접 경작이 성립되는 것은 아니라고 판결(대법원 2015.11.26. 선고 2015두49009 판결)하였다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)
(2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(단서생략)
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2. 소득세법 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
(1) 등기사항전부증명서 등에서 확인된 쟁점농지의 양도경위는 아래와 같다. (가) 쟁점농지는 1965.4.9. 청구종중의 종중원인 C 외 2인(지분 각 1/3) 명의로 소유권보존등기된 후, 1998.12.2. C 등의 사망으로 그 상속인들 앞으로 상속등기되었고, 2017.6.22. 일부 지분이 D에게 증여를 원인으로 하여 소유권이전등기되었다. (나) 청구종중은 2017.7.25. D 등을 상대로 ‘2017.6.22. 소유권이전등기의 말소’와 ‘명의신탁해지를 원인으로 하는 소유권이전등기절차의 이행’을 구하는 소송을 제기하여 승소OOO한 후, ‘공유물 분할을 위한 경매’ 절차를 거쳐 2023.3.14. 및 2023.4.10. 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점농지를 E에게 양도하였으며, 그 소유권은 명의신탁된 종중원들에서 매수자(E)에게로 이전등기되었다. ＜표1＞ 쟁점농지 양도내역
(2) 쟁점농지 경작과 관련하여, 청구종중과 처분청이 제출한 자료에서 확인된 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점농지를 청구종중이 종중원에게 명의신탁한 토지로 판단한 의정부지방법원 2020.1.14. 선고 OOO 판결에 의하면, ‘원고 종중(청구종중)은 쟁점농지의 소유권보존등기 명의인 중 1인인 F으로 하여금, F이 사망한 이후에는 F의 3남 A로 하여금 쟁점농지에서 농사를 짓도록 하였고, A는 그 대신 종중의 시제비용을 부담한 것으로 보인다’는 등의 내용이 나타난다. (나) 청구종중이 수기로 기재한 장부(1982.11.30.∼2023.7.17.)에 의하면, 청구종중의 수입 및 지출내역이 확인되는데, 주요거래내역과 그에 대한 청구종중의 설명은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구종중의 장부상 주요거래내역 등 (다) 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증 및 그 지급내역조회결과에 의하면, 신청인은 청구종중원의 종중원인 A, 지급대상농지는 쟁점농지 중 2023.4.10. 양도된 농지로 등록되어 있고, A가 2009년부터 2019년까지 매년 약 OOO원에서 OOO원 상당의 직불금을 수령한 것으로 나타난다. (라) B 파주지점의 거래자별매출상세내역에 의하면, 2013년, 2017년∼2020년 기간 동안 매출거래처를 ‘A OOO파’로 A로 하여 비료, 농약 등을 구매한 내역이 나타나고, B OOO지점장이 처분청의 ‘매출거래처 명의변경 및 거래자별 매출상세내역 요청’에 대한 회신(2024.1.17.) 공문에 의하면, ‘조합원 A님의 요청에 의해 OOO파 문구를 출력시 기재하였을 뿐 실제 거래자 명의를 변경한 사실은 없음’, ‘청구종중에 대한 실제 거래내역은 없음’이라고 기재되어 있다. (마) 쟁점농지의 농지대장에 의하면, 경작현황이 ‘임대’라고 기재되어 있다. (바) 한편, A의 주민등록 및 소득내역(2014년〜2019년)에서 A가 쟁점농지와 직선거리로 3km 이내에 주소지를 두고 있고, 2017년에 발생한 양도소득(OOO원) 외에는 매년 OOO원 내외의 일용근로소득 등만이 발생한 것으로 확인되는 등 A가 쟁점농지의 소재지에 거주하면서 쟁점농지를 직접 경작하였다는 것에 대하여는 청구종중과 처분청 간에 다툼이 없다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 종중이 양도한 농지가 조특법 제69조 제1항의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는지를 판단함에 있어, 종중의 경우에는 단체로서 자기의 노동력으로 경작할 수는 없으므로 종중의 책임과 계산 아래 종중원이 농지를 경작하는 경우에는 직접경작으로 보되, 영농비용 등에 대한 종중의 책임과 계산 없이 단순히 대리경작, 위탁경작을 한 경우에는 직접 경작에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다 할 것이다. 이 건의 경우 청구종중이 쟁점농지를 제3자에게 위탁경작 등을 하였다고 볼 만한 임대차계약서 또는 임대료 수수내역이 확인되지 않는 점, 청구종중의 소유권이전등기 소송 관련 판결문OOO상에서 종중원인 A가 쟁점농지를 경작하고 시제비용을 부담한 내역이 나타나고 청구종중의 장부에서 위답논갈이 및 원두막설치장비대 지출내역 등이 나타나는 것으로 보아 청구종중이 부담해야할 시제비용 및 쟁점농지 관련 비용을 쟁점농지의 운영 수입에서 정산한 것으로 볼 수 있는 점, 장부상 주요거래내역에서 쟁점농지 경작자인 A가 수령한 쌀소득등직불금이 청구종중에게 지급된 내역이 확인되는바, 이는 A가 쟁점농지 경작에 책임이 있는 청구종중에게 해당 직불금을 반환한 것으로 보이는 점, B 파주지점의 거래자별매출상세내역에서 매출거래처를 ‘A OOO파’로 하여 비료, 농약 등을 구매한 내역이 나타나는데, A가 매출거래처를 청구종중으로 기재하도록 요청한 것은 청구종중의 책임하에 비용이 지출되었음을 방증한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구종중의 책임과 계산 아래 종중원인 A가 쟁점농지를 경작한 것으로 보이므로 처분청이 청구종중에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.