쟁점주식 양도 시 주식발행법인이 벤처기업요건을 충족하지 않는다는 이유로 「조세특례제한법」 제117조에 따른 증권거래세 면제대상에서 제외하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2024.4.4. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. ㈜A와 B 및 C OOO은행 기술금융투자펀드(이하 “양도자들”이라 한다)는 증권업을 영위하는 청구법인을 통해 2013년 3월부터 2017년 2월까지 D 주식회사(이하 “쟁점주식발행법인”이라 한다)의 주식 145,300주(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 취득한 후 2023.10.13. 쟁점주식을 OOO원에 양도하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2023.11.7. 2023년 10월 원천징수분 증권거래세 OOO원을 신고납부하였으나, 2024.2.5. 기납부한 증권거래세가 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제117조(증권거래세의 면제) 제1항에 따라 면제대상(쟁점주식이 창업기업 또는 벤처기업의 주식)에 해당한다고 보아 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 경정청구를 검토한 결과 쟁점주식 양도시점에 쟁점주식발행법인이 창업기업 또는 벤처기업에 해당하지 않아 조특법 제117조 제1항에 따른 증권거래세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 2024.4.4. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.10. 이의신청을 거쳐 2024.10.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주식의 양도거래는 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3에서 규정한 요건을 충족하므로 증권거래세 면제대상에 해당한다. (가) 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3에 따르면 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 출자지분을 양도하는 경우 증권거래세를 면제받을 수 있도록 규정하고 있다. (나) 여기서 ‘창업자’란 구 중소기업창업지원법제2조 제2호의 정의에 따라 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날로부터 7년이 지나지 아니한 자를 말하며, ‘직접 출자’란 설립 시 자본금으로 납입하거나, 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금자본전입, 채무의 출자전환 등의 방법으로 창업기업 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 조특법 제13조 제2항에서 열거하고 있다. (다) 쟁점주식 취득 당시 양도자들은 관련 법에 따라 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합에 해당하고 쟁점주식발행법인은 2012년 중소기업으로 설립된 법인으로 투자조합들의 투자시점에 설립 후 7년이 경과되지 않은 창업자 또는 벤처기업 요건을 충족하는바, 투자조합들은 조특법 제13조 제2항의 ‘직접 출자’요건에 해당하는 유상증자 신주 교부 방법으로 쟁점주식을 취득하여 조특법 제117조 제1항 제1호에 따른 증권거래세 면제대상에 해당한다. (라) 한편, E 벤처투자조합은 2021년 10월 만기로 인하여 해산하였으며, 주식회사 A는 E 벤처투자조합이 보유한 쟁점주식을 출자지분에 따라 현물로 배분받은 바 있으므로 관련 유권해석(법규부가 2010-141, 2010.5.20.)에 따라 중소기업창업투자회사가 중소기업창업투자조합의 해산 시 현물로 배분받은 주식을 제3자에게 양도하는 경우 그 해산된 중소기업창업투자조합이 당초에 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자하였다면 증권거래세는 면제되는 것이므로 주식회사 A가 양도한 쟁점주식 중 일부도 증권거래세 면제대상에 해당한다.

(2) 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3은 주식의 양도시점까지 주식발행법인이 창업자 또는 벤처기업의 지위에 있을 것을 요구하지 않는다. (가) 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3 규정의 입법취지는 ‘창업자 또는 벤처기업 등의 창업과 육성을 활성화’하는 것이며, 자금조달 능력이 부족한 창업자 또는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 해당기업에 투자하는 중소기업창업투자회사, 중소기업창업투자조합 및 한국벤처투자조합에게 지분양도 단계에서 증권거래세를 면제해 주는 세제상 혜택을 부여한 것이다. (나) 처분청은 ‘창업자 또는 벤처기업’에 해당하지 않게 된 기업의 주식을 양도하는 경우까지 특례를 인정해줄 경우 투자자들이 단순히 주식양도차익만 얻고자 할 경우에도 면세혜택을 누리게 되므로 입법취지에 부합하지 않는다는 의견이나, 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다.

1. 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3 규정은 양도 시점에 주식발행법인이 창업기업 또는 벤처기업 등의 지위에 있어야 한다고 명시적으로 규정하고 있지 않으며, 관련 유권해석(서면-2019-자본거래-3856, 2020.1.22., 서면-2019-자본거래-4675, 2020.1.22.) 역시 취득시점에 주식발행법인이 창업자 또는 벤처기업 등에 해당하는 경우 증권거래세가 면제된다고 해석한 바 있다.

2. 증권거래세 면세적용 조건으로 주식발행법인이 양도시점까지 ‘창업자 또는 벤처기업’에 해당할 것을 요구하는 경우 투자자가 세제상 혜택을 받기 위해서는 출자지분을 7년 이내에 양도하거나 벤처기업 이상의 규모로 성장하기 전에 양도하여야 하는바, 이는 투자자가 건실한 기업에 투자하고 장기적으로 그 기업의 육성을 지원하는 데 도움이 되지 않으며 불확실한 시점에 투자를 종료하여야 할 수도 있는 환경이 조성되어 투자활동을 위축시키고 나아가 ‘창업자 또는 벤처기업’에 자금을 원활하게 공급하고자 하는 해당 규정의 입법취지를 퇴색시킬 우려가 있다.

3. 처분청이 주요 근거자료 사용한 법원 판례(대법원 2022.3.8. 선고 2022두63751 판결)은 ‘벤처기업 또는 신기술창업전문회사 주식 취득자가 양도시점까지 신기술사업금융업자의 지위를 유지한 경우 조특법 제13조 제1항 제2호에 따른 양도소득세 비과세를 적용할 수 있다’는 내용으로 양도시점의 주식발행법인이 아닌 주식 취득자의 지위와 관련된 판례인바, 이 건 처분에서 쟁점주식 양도에 따른 증권거래세 면제 적용과는 전혀 무관하고, 해당 판례의 취지를 보면 양도자들은 쟁점주식의 양도시점에 중소기업창업투자회사 또는 한국벤처투자조합의 지위에 있으므로 오히려 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로 해석된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 벤처기업 등에 대한 투자를 지원하기 위한 조특법 규정은 투자, 보유, 양도단계에서 각각의 세제 혜택을 두고 있고, 조특법 제117조는 벤처기업등에 대한 원활한 자금 공급을 위한 것이므로 양도시점에도 주식발행법인이 벤처기업의 지위에 있을 것을 요건으로 한다고 보아야 한다. (가) 만일 양도단계에서 벤처기업의 지위에 있을 필요가 없다고 해석할 경우 벤처기업 주식을 취득한 후 벤처기업 등록이 취소 또는 말소된 주식을 양도하더라도 주식양도에 대해 비과세 및 증권거래세 면제혜택을 받게 되는데, 이는 결과적으로 벤처기업에 대한 건전한 투자보다는 주식양도차익만 얻게 되는 결과가 발생하여 모험자본 회사의 건실한 육성을 통한 모험자본의 조성을 지원하는 입법취지와 맞지 않는다. (나) 이 건의 경우 쟁점주식발행법인이 2018년 12월 벤처기업 지위를 상실하였는데 양도자들은 2023년에 이르러서야 쟁점주식을 양도함으로써 상당한 양도차익을 얻은 사실이 있고, 기획재정부와 국세청 예규에서도 벤처기업주식을 양도하는 시점에 해당주식발행법인이 벤처기업 상태를 유지하여야 한다고 해석한 바 있다.

(2) 최근 법원(대법원 2022.3.8.자 2022두63751 심리불속행 판결, 서울고등법원 2022.10.20. 선고 2022누33219 판결)은 주식의 양도차익 비과세 요건과 관련하여 취득시점의 요건에 국한하지 않고 취득요건과 양도요건으로 구분하여 판단하여야 한다고 하면서 해당 조문을 적용함에 있어서 취득시점뿐만 아니라 양도시점에도 요건을 충족하여야 하는지도 함께 판단하여야 한다고 판시하였다.

• 가. 쟁점 쟁점주식 양도 시 주식발행법인이 벤처기업요건을 충족하지 않는다는 이유로 조세특례제한법 제117조 에 따른 증권거래세 면제대상에서 제외하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 구 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16385호로 개정되기 전의 것) 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

3. 중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다) 및 창업기획자(이하 “창업기획자”라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 “창업자”라 한다), 벤처기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사(중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 “신기술창업전문회사”라 한다)에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)가 기술보증기금법에 따른 신기술사업자(이하 “신기술사업자”라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

5. 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처기업육성에 관한 특별조치법제4조의3 제1항 제3호에 따른 상법상 유한회사(이하 이 조에서 “벤처기업출자유한회사”라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느하나에 해당하는 조합(이하 “창투조합등”이라 한다)을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

• 가. 중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)
• 나. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제4조의3에 따른 한국벤처투자조합(이하 “한국벤처투자조합”이라 한다)

② 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 창업기확자, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법

4. 해당 기업이 설림된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법 제14조(창업기업 등에의 출자에 관한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 소득세법제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 중소기업창업투자회사 또는 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으써 취득한 주식 또는 출자지분 2의2. 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

7. 증권거래세법제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식 제117조(증권거래세의 면제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다.

1. 중소기업창업투자회사, 창업기획자 또는 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 2의3. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우

(2) 구 중소기업창업지원법(2020.2.11. 법률 제16998호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

2. “창업자”란 중소기업을 창업하는 자와 중소기업을 창업하여 사업을 개시한 날부터 7년이 지나지 아니한 자를 말한다. 이 경우 사업 개시에 관한 세부 사항은 대통령령으로 정한다.

3. “중소기업”이란 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업을 말한다.

4. “중소기업창업투자회사”란 창업자에게 투자하는 것을 주된 업무로 하는 회사로서 제10조에 따라 등록한 회사를 말한다.

5. “중소기업창업투자조합”이란 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 것을 주된 목적으로 하는 조합으로서 제20조에 따라 등록한 조합을 말한다.

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법법(2018.3.13. 법률 제15463호로 개정되기 전의 것) 제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

• 가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 목에서 “투자금액의 합계”라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

1. 벤처투자촉진에 관한 법률제2조 제10호에 따른 벤처투자회사(이하 “벤처투자회사”라 한다)

2. 벤처투자촉진에 관한 법률제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(이하 “벤처투자조합”이라 한다

3. 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자(이사 “신기술사업금융업자”라 한다)

4. 여신전문금융업법에 따른 신기술사업투자조합(이사 “신기술사업투자조합”이라 한다)

6. 벤처투자촉진에 관한 법률제66조에 따른 한국벤처투자

7. 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자

8. 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

• 나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3 제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 “벤처기업확인기관”이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업, 다만, 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 문화산업진흥기본법제17조의3 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 기업창작전담부서

• 다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가 받은 기업 제4조의3(한국벤처투자조합의 결성 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 모태조합으로부터 출자를 받아 중소기업과 벤처기업에 대한 투자와 제6항 제3호에 따른 투자조합에 대한 출자 등을 목적으로 조합(이하 “한국벤처투자조합”이라 한다)을 결성할 수 있다. 중소기업 또는 벤처기업을 인수합병하거나, 다른 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합이 보유하고 있는 주식 등의 자산 매수 등 중소기업청장이 정하는 목적과 기준에 부합하게 조합을 결성하고자 하는 자는 모태조합으로부터 출자를 받지 아니하고 한국벤처투자조합을 결성할 수 있다.

(4) 증권거래세법 제3조(납세의무자) 증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우에는 주식·사채 등의 전자등록에 관한 법률제2조 제6호에 따른 전자등록기관(이하 “전자등록기관”이라 한다) 또는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원

• 가. 증권시장에서 양도되는 주권
• 나. 증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

2. 제1호 외에 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 “금융투자업자”라 한다)를 통하여 주권등을 양도하는 경우에는 해당 금융투자업자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 양도자들의 쟁점주식 취득 및 양도 내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인은 양도자들이 쟁점주식 취득 당시 쟁점주식발행법인이 창업자 또는 벤처기업에 해당하였기 때문에 구 조특법 제117조 제1항에 따라 증권거래세 면제대상에 해당한다고 주장한다. <표1> 쟁점주식 취득 양도내역

○○○ (나) 양도자들은 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합에 해당하고 등록번호 등은 아래 <표2>와 같으며, 쟁점주식 양도시까지 양도자들이 중소기업창업투자조합 등에 해당한다는 사실에 대하여 다툼이 없다. <표2> 양도자들의 중소기업창업투자조합 등 해당 여부

○○○ (다) 양도자들은 쟁점주식의 양도차익과 관련하여 조특법 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)에 따라 비과세로 신고한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 조특법 제117조 제1항 제1호 및 제2호의3에서는 중소기업창업투자조합과 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 증권거래세를 면제한다고 규정하고 있는바, 이는 창업자 또는 벤처기업 등에 대한 투자를 활성화하여 이들 기업의 창업 및 육성을 촉진하는 것이 그 입법취지라 할 것인 점, 양도시점에 주식발행법인이 창업자 또는 벤처기업에 해당하여야 한다는 별도의 규정이 존재하지 아니하는 점, 그럼에도 불구하고 주식발행법인에 출자함으로써 취득한 주식에 대하여 양도시점에 주식발행법인이 창업기업 또는 벤처기업에 해당하지 않는다는 이유로 증권거래세 면제규정을 배제한다면 주식발행법인의 주식을 취득한 투자자들의 신뢰에 반하는 불합리한 결과가 초래될 것으로 보이는 점, 양도자들이 쟁점주식을 취득할 당시 쟁점주식발행법인은 창업일로부터 7년이 경과하지 않은 창업기업에 해당하거나 벤처기업인가를 받은 기업에 해당하고, 쟁점주식을 양도하는 시점에 양도자들이 모두 중소기업창업투자조합 또는 한국벤처투자조합에 해당하여 쟁점주식 취득 당시 증권거래세 면제요건을 충족한 것으로 보임에도 양도시까지 쟁점주식발행법인이 벤처기업 등에 해당할 것을 요구하는 것은 벤처기업 등의 성장시까지 주식을 양도하지 않은 장기투자자들에게 오히려 불이익이 발생하여 당초 입법취지에도 맞지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 양도인들의 쟁점주식 양도가 조특법 제117조 제1항에 따른 증권거래세 면제 대상에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.