처분청이 상당기간 전에 과세자료를 수보하였다가 부과제척기간 만료일에 이르러 부과처분한 것은 과세전적부심사를 통한 권리구제 권리를 박탈한 것으로 절차상 하자에 해당한다는 청구주장의 당부

가. 청구법인은 2018.6.23. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리내국법인으로 아래 < 표 1> 과 같이 경기도 용인시 처인구 OOO 외 7 필지 토지 (이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다) 를 문중회원인 B 및 OOO (이하 “ 명의수탁자들 ” 이라 한다) 에게 명의신탁하여 취득․보유하다가 2018.7.3. 이를 제 3 자에게 양도하고 쟁점토지가 3 년 이상 고유목적사업에 사용된 고정자산으로서 그 처분이익이 법인세법제4조 제3항 제4호 단서 조항에 따라 법인세법상 과세소득에 해당하지 않는 것으로 보아 2019.4.1. 처분청에 2018 사업연도 법인세를 신고하였고, 명의수탁자들의 경우 쟁점토지의 양도차익에 대하여 비과세로 관할 세무서장 (AAA세무서장 및 청주세무서장) 에게 양도소득세 예정신고를 하였다. < 표 1> 쟁점토지 상세내역

○○○ 나. 처분청은 AAA세무서장으로부터 쟁점토지가 청구법인이 명의신탁한 토지로서 청구법인이 실소유자에 해당한다는 과세자료를 통보받아, 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없고, 이를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2024.4.1. 청구법인에게 2018 사업연도 법인세 OOO 원 (처분청이 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 OOO 원을 직권으로 감액․경정) 을 경정․고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.7. 이의신청을 거쳐 2024.10.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 이 건 부과처분의 부과제척기간 만료일에 과세예고통지서와 납부고지서를 동시에 송달하여 청구법인이 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 박탈하였는바, 이 건 부과처분은 중대한 절차적 하자가 있는 처분으로서 위법․부당하다. (가) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 납세자에게 미리 알려주어 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가지고 있고, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법ㆍ부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가지고 있는 바, 사전구제절차로서의 기능과 더불어 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙에 따라 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우 반드시 지켜져야 하는 절차이다 (대법원 2016.4.15. 선고 2015 두 52326 판결 참조). (나) 이러한 과세전적부심사 제도의 기능 및 취지를 고려할 때 국세기본법상 과세예고 통지의 대상이 아니거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당하는 특별한 사정이 없는 한, 합리적인 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 한 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재하는 위법한 처분에 해당한다 (대법원 2016.4.15. 선고 2015 두 52326 판결 참조). (다) 처분청은 청구법인의 2018 사업연도 법인세 신고 이후 특별한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 2018 사업연도 법인세의 부과제척기간 만료일 당일인 2024.4.1. 청구법인에게 과세예고통지서와 함께 납부고지서를 동시에 송달하였는바, 이는 합리적 이유없이 장기간 과세권을 미행사함으로써 납세자의 사전권리구제인 과세전적부심사청구권을 침해한 중대한 하자가 있는 것이므로, 이 건 처분은 무효인 처분에 해당한다. (라) 대법원도 이와 같은 경우에 있어 ‘ 과세관청이 감사원의 감사결과 처분지시 또는 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우라도 국가기관 간의 사정만으로는 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 사유로 볼 수 없고, 처분지시나 시정요구가 납세자가 가지는 절차적 권리를 무시하면서까지 긴급히 과세처분을 하라는 취지도 아니므로 위와 같은 사유마저 과세관청이 과세예고통지를 생략하거나 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 사유에 해당한다고 할 수 없다 ’ 고 판시 (대법원 2016.4.15. 선고 OOO 판결) 하였는바, 처분청이 과세자료 수보 등을 사유로 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 법인세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (마) 한편 처분청은 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정한국세기본법제81조의 15 제3항 제3호에 따라 이 건 과세예고통지일부터 부과제척기간의 만료일까지 3 개월 이하인 이 건의 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외되는 것으로서 이 건 부과처분의 절차적 하자가 없다는 의견이나, 이에 대하여 조세심판원은 ‘ 위 예외규정 역시 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것일 뿐, 과세관청이 과세자료 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 예외 규정을 적용할 수는 없는 것이고, 이와 같은 사유로 부과제척기간이 임박한 사안에 대하여 국세기본법제81조의 15 제3항 제3호 규정이 적용된다면 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하게 되는 것이다 ’ 라고 결정 (조심 OOO, 2024.1.15.) 하였는바, 이 건과 같이 합리적인 이유없이 처분청이 장기간 과세권을 행사하지 않음으로 인해 납세자의 사전적 권리구제 수단인 과세전적부심사청구권 행사 권리가 침해당할 경우에 국세기본법제81조의 15 제3항 제3호 규정을 적용할 수 없는 것이므로, 청구법인에게 과세예고통지와 동시에 이 건 부과처분을 함으로서 과세전적부심사청구권 행사 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있는 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (2) 쟁점토지는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 토지이므로 이에 대한 처분이익은 법인세 비과세 대상에 해당한다. (가) 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO, 같은 리 1077, 같은 리 1078-1 및 같은 리 1078-2 토지 (이하 4 필지를 합하여 “ 쟁점①토지 ” 라 한다) 의 경우 청구법인이 관리하는 분묘가 소재한 경기도 용인시 처인구 OOO 및 같은 리 1077-4 토지 (이하 2 필지를 합하여 “ 쟁점선산 ” 이라 한다) 와 연접한 쟁점선산의 위토로서 시제 비용을 충당하는데 사용되는 토지이므로 이는 3 년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. 1) 청구법인의 문중회원 A 이 농지인 쟁점①토지를 경작하여 쟁점①토지에서 생산된 농산물을 청구법인이 주관하는 시제에 사용하였는바, 쟁점①토지는 분묘수호를 위하여 필요한 토지인 위토에 해당하고, 청구법인의 고유목적사업 외 수익사업에 사용된 사실이 없는 이상 이는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. 2) 민법제1008조의 3 은 분묘에 속한 600 평 이내의 묘토인 농지를 제사용 재산인 특별 자산으로 분류하고 있고, 이에 대하여 대법원은 묘토인 농지는 그 수익으로서 분묘관리와 제사의 비용에 충당되는 농지로서 당해 토지가 농지로서 거기에서 경작한 결과 얻은 수익으로 인접한 조상의 분묘의 수호 및 관리와 제사의 비용을 충당하여 온 경우 제사용 재산에 해당한다고 판시 (대법원 2006.7.4. OOO 판결) 하였는바, 쟁점선산과 연접한 쟁점①토지 중 600 평의 경우 묘토인 농지로서 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. (나) 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO, 같은 리 1077-2, 같은 리 1078-3 및 같은 리 1078-6 토지 (이하 4 필지를 합하여 “ 쟁점②토지 ” 라 한다) 의 경우 쟁점선산으로 진입할 수 있는 유일한 진입로이자 쟁점선산과 연접하여 하나의 통산을 이루어 선산의 기능을 하는 토지이므로 이는 3 년 이상 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. 1) 조세심판원은 문중이 토지를 수익사업목적으로 사용하지 아니하고 당해 토지가 문중 선산에 진입하기 위한 도로인 경우 문중의 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다고 결정 (조심 OOO, 2023.7.10.) 하였는바, 쟁점②토지의 경우 쟁점선산에 진입하는 도로로 사용된 토지로서 별도의 임대 등 수익사업에 사용된 사실이 없으므로 이는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. 2) 또한 조세심판원은 선산과 연접한 위토에 대해 이를 임대 또는 다른 용도로 사용하지 아니하고 문중 조상 분묘의 유지ㆍ보존에 공하는 종중 선산으로서 기능을 유지한 경우 문중 고유목적사업에 사용된 토지로 인정 (조심 OOO, 2022.5.30.) 하였는바, 쟁점②토지는 쟁점선산과 연접하여 하나의 통산을 이루고 있어 청구법인의 조상 분묘의 유지ㆍ보존에 공하는 문중의 선산으로서 기능을 한 토지에 해당하므로, 이는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 토지에 해당한다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 부과처분이 절차적 하자가 있는 위법․부당한 처분에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (가) 국세기본법제81조의 15 제3항 제3호는 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우 과세예고통지를 하지 않아도 된다고 규정하고 있고, 과세예고통지는 그 주된 기능이 납세자가 앞으로 있을 과세처분의 내용을 파악하여 과세처분이 있기 이전에 과세관청에게 그 적법성에 관한 심사를 청구함으로써 위법한 과세처분을 사전에 예방하고자 함에 있으므로, 과세전적부심사청구를 할 수 없는 경우에는 과세예고통지가 갖는 절차적 의미가 크지 않으며, 국세 부과제척기간의 만료일이 임박한 경우에는 과세예고통지를 하더라도 단기간 내에 과세처분을 할 수밖에 없어 과세예고통지를 하지 않고 과세처분을 한 경우와 비교했을 때 납세자의 권리보호에 유의미한 차이가 있다고 보기 어렵다. (나) 청구법인은 처분청이 장기간 과세권을 행사하지 않아 과세전적부심사청구 기회를 박탈하였으므로 이 건 처분이 중대한 절차적 하자가 있는 위법한 처분에 해당한다고 주장하나, 조세심판원은 ‘ 과세전적부심사 제도는 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리규제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 조세 부과의 제척기한이 임박한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것 ’ 이라고 결정 (조심 OOO, 2021.11.22.) 하였고, 납세의무자로서는 과세전적부심사를 거치지 않더라도 이의신청, 심판청구 및 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있어 청구법인의 경우에도 이의신청을 거쳐 이 건 심판청구를 제기하였는바, 이러한 조세심판원의 선결정례 취지와 청구법인의 심판청구 경위 등에 비추어 볼 때 과세전적부심사의 기회가 주어지지 않았다고 하여 곧바로 이 건 처분이 위법ㆍ부당한 처분에 해당한다고 볼 수 없다. (다) 처분청의 과세권 행사시기에 합리적 이유가 있고, 납세자의 법률상 사전구제 권리를 침해하였다는 이유만으로 과세처분이 중대·명백한 절차상 하자로 볼 수는 없는바, 쟁점토지의 경우 청구법인이 명의수탁자들에게 명의신탁하여 쟁점토지를 취득ㆍ양도한 명의신탁 재산에 해당하고, 명의신탁재산의 특성상 신속한 과세권 행사가 용이하지 않으며, 청구법인이 2018 사업연도 중 쟁점토지의 양도에 대하여 별도의 법인세를 신고ㆍ납부한 사실도 없으므로 이 건 처분이 중대한 절차상 하자가 있는 위법한 처분에 해당한다고 볼 수 없다. (2) 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용된 토지라고 주장하나 위 주장을 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 이상 이를 인정할 수 없다. (가) 감면요건 중 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바, 비영리법인인 종중이 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 선조 묘역의 관리, 제사 봉행 등을 수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지로 한정하여야 할 것이고, 고유목적사업에 직접 사용하였다는 근거를 납세자가 객관적으로 입증하여야 할 것이다. (나) 청구법인은 쟁점①토지에서 농작물을 경작하여 청구법인이 주관하는 시제에 사용하였으므로 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당된다고 주장하나, 종중의 경우 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘 수호, 봉제사 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업이 그 고유목적사업에 포함된다고 보기 어렵고, 종중원이 토지를 경작하여 수확한 농작물을 시제에 사용하였다고 하더라도 이는 청구법인의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과하며, 청구법인이 제출한 경작사실 확인서 만으로는 쟁점①토지에서 경작된 농작물이 시제에 사용되었다고 인정하기 어려우므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (다) 청구법인은 쟁점②토지가 쟁점선산에 연접한 토지로서 다른 수익사업에 사용된 사실이 없고, 쟁점선산에 진입할 수 있는 유일한 도로로서 기능을 하였으므로 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당된다고 주장하나, 쟁점선산에 출입을 위한 통행로 또는 주차장 등으로 사용된 것이 고유목적사업에 간접적으로 사용된 것에 불과하고, 임대사업 등 수익사업에 사용되지 않았다는 사실만으로 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당한다고 인정할 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

가.

① 부과제척기간이 임박하여 과세예고통지서 및 납부고지서를 함께 송달한 이 건 처분이 납세자의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분으로 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

② 쟁점토지가 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부 나.

: < 별지 > 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인의 규약은 아래 < 표 2> 와 같고, 청구법인 재산목록상 쟁점선산 및 쟁점토지가 포함된 것으로 확인된다. < 표 2> 청구법인 규약 및 재산목록

○○○ (나) 청구법인은 2004 년 1 월경 청구법인의 문중회원인 명의수탁자 등의 명의로 쟁점토지에 대한 소유권등기를 경료하기로 하는 내용의 명의신탁약정을 체결하였다. < 표 3> 부동산명의신탁약정서

○○○ (다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역은 아래 < 표 4> 와 같다. < 표 4> 쟁점토지 등기사항전부증명서상 소유권이전 내역 (일부 발췌)

○○○ (2) 이 건 부과처분과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.4.1. 쟁점토지의 양도에 대하여 3 년 이상 고유목적사업에 사용한 토지에 해당하는 것으로서 그 양도차익이 비과세 대상이라는 취지로 2018 사업연도 법인세 OOO 원을 신고하면서 명의수탁자들이 관할 세무서장에게 제출한 2018 년 귀속 양도소득세 예정신고서 및 쟁점토지 매매계약서 등을 첨부서류로 제출하였고, 명의수탁자들은 쟁점토지 양도에 대하여 고유목적사업에 사용된 고정자산으로서 비과세 대상에 해당하는 것으로 기재하여 관할 세무서장에게 2018 년 귀속 양도소득세 예정신고서를 제출한 것으로 확인된다. (나) 처분청은 2021.10.14. AAA세무서장으로부터 명의수탁자들 중 B 명의로 제 3 자에게 양도된 쟁점토지 중 경기도 용인시 처인구 OOO, 같은 리 1077-2, 같은 리 1078-1, 같은 리 1078-2, 같은 리 1078-3 및 같은 리 1078-6 토지의 실소유자가 청구법인이라는 과세자료를 통보받았고, 이후 2024.4.1. 청구법인에게 이 건 법인세 부과처분 납부고지서와 과세예고통지서를 교부송달하였다. (다) 청구법인이 2024.4.30. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인에게 한 과세예고통지가 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우로서 국세기본법제81조의 15 제3항에 따라 과세전적부심사청구대상이 아닌 경우에 해당하는 것으로 보아 심사제외결정을 하였다. (3) 청구법인은 쟁점토지가 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 직접 청구법인의 고유목적사업에 사용되었다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구법인은 쟁점①토지를 청구법인의 문중회원인 A 이 경작하여 생산된 농산물로 청구법인 주관 시제에 사용하였으므로 이를 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하면서 경작사실 및 이용내역 확인서를 제출하였다. (나) 청구법인은 쟁점②토지가 쟁점선산과 연접한 토지로서 쟁점선산의 유일한 진입로로서 역할을 하였으므로 이를 쟁점선산과 통산으로 보아 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하면서 지적도, 항공사진 등을 제출하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 적법절차의 원칙을 준수하여야 할 것이고 (대법원 2014.6.26. 선고, 2012 두 911 판결 참조), 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는바, 이는 납세자의 실체적 권리뿐만 아니라 절차적 권리를 보장하는 국면에서도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다 (대법원 2025.2.13. 선고 2023 두 41659 판결 참조). (나) 국세기본법제81조의 15 제1항은 과세관청이 과세에 앞서 납세자에게 과세예고통지를 하도록 규정하고 있고, 제2항은 납세자가 과세예고통지를 받은 날부터 30 일 이내 과세전적부심사를 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 할 것이다 (대법원 2016.4.15. 선고 2015 두 52326 판결 참조). (다) 한편, 국세기본법 제81조의 15 제3항 제3호는 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는데, 이는 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 후 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 규정한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 위 규정을 적용하려는 것은 아니며, 이러한 경우에도 국세기본법제81조의 15 제3항 제3호를 적용하는 것은 국세기본법상 과세전적부심사청구권을 보장한 입법취지에도 부합하지 아니하다 할 것이다 (조심 2019 중 3428, 2020.4.27. 외 다수, 같은 뜻임). (라) 처분청은 2018 사업연도 법인세 부과처분의 부과제척기간의 만료일인 2024.4.1. 청구법인에게 과세예고통지서와 이 건 법인세 납부고지서를 동시에 교부송달하였는데, 이는 부과제척기간의 만료일까지 3 개월 이하인 경우로서 국세기본법제81조의 15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 없는 경우에 해당하므로 이 건 부과처분의 절차적 하자가 없다는 의견이나, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세전적부심사 등 관련 절차를 이행할 시간적 여유가 거의 없으며 이를 생략하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 할 것인바, 처분청이 2021.10.14. AAA세무서장으로부터 쟁점토지의 양도와 관련된 과세자료를 통보받았음에도 이에 대한 과세권을 장기간 지연한 것에 대한 특별한 사정을 입증하지 못한 이상, 이 건 처분은 납세자로 하여금 사전적인 권리구제수단인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 절차상 중대한 하자가 존재한다고 볼 수 있다. (마) 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (5) 쟁점②는 쟁점①의 청구주장이 인용됨에 따라 그 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별지 >

(1) 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체 등)

① 법인 (법인세법 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다) 이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체 (이하 “ 법인 아닌 단체 ” 라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

(出捐) 된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정 (規程) 을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 제26조의 2(국세의 부과제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약 (이하 “ 조세조약 ” 이라 한다) 에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위 (이하 “ 부정행위 ” 라 한다) 로 국세를 포탈 (逋脫) 하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10 년간 [ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래 (이하 “ 국제거래 ” 라 한다) 에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15 년간 ]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10 년간 (국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15 년간) 으로 한다. 1 의

2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10 년간 가. 소득세법 제81조 제3항 제4호 나. 법인세법 제76조 제9항 제4호 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7 년간

1 호ㆍ제1호의 2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5 년간 제81조의 15(과세전적부심사)

① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지 (이하 이 조에서 " 과세예고통지 " 라 한다) 하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과 (현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다) 에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30 일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사 [ 이하 이 조에서 " 과세전적부심사 "(課稅前適否審査) 라 한다 ] 를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1 항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3 개월 이하인 경우 (2) 국세기본법 시행령 제12조의 3(국세 부과제척기간의 기산일)

① 법 제26조의 2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세 (종합부동산세법 제16조제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다) 의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한 (이하 " 과세표준신고기한 " 이라 한다) 의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날 제63조의 15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등)

④ 법 제81조의 15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보 (留保) 하여야 한다. 다만, 법 제81조의 15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 법인세법 제4조 (과세소득의 범위)

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

(淸算所得)

55 조의 2 에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 (이하 “ 수익사업 ” 이라 한다) 에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제62조의 2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례)

① 비영리내국법인 (제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 이 조에서 “ 자산양도소득 ” 이라 한다) 이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2 를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액 (이하 이 조에서 “ 양도가액 ” 이라 한다) 에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액 (이하 “ 양도차익 ” 이라 한다) 에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연 (出捐) 받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의 3 을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제3조 (수익사업의 범위)

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “ 대통령령으로 정하는 수입 ” 이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 (국가균형발전 특별법 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3 년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 (제1항에 따른 수익사업은 제외한다) 에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. (5) 민법 제1008조의 3(분묘 등의 승계) 분묘에 속한 1 정보 이내의 금양임야와 600 평 이내의 묘토인 농지, 족보와 제구의 소유권은 제사를 주재하는 자가 이를 승계한다. (6) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제8조 (종중, 배우자 및 종교단체에 대한 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세 포탈, 강제집행의 면탈 (免脫) 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 제4조부터 제7조까지 및 제12조 제1항부터 제3항까지를 적용하지 아니한다.

(宗中) 이 보유한 부동산에 관한 물권을 종중 (종중과 그 대표자를 같이 표시하여 등기한 경우를 포함한다) 외의 자의 명의로 등기한 경우