2005.5.31. 이전에 사업시행인가를 받은 재건축단지의 아파트를 취득하여 재건축을 거쳐 양도한 경우, 신축아파트의 취득시기는 종전아파트의 잔금청산일임

[주 문]

○ ○ 세무서장이 2024.5.17. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 합계 OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2005.5.16. 사업시행인가를 받은 OO시 OO구 OOO(이하 “종전아파트”라 한다)를 2010.3.5. 매매로 취득하였고, 종전아파트는 2016.8.29. 관리처분계획인가 후 재건축되어 2020.4.29. 사용승인되었고, 청구인은 OO시 OOO(이하 “신축아파트”라 한다)를 배정받았다.
• 나. 청구인은 2020.12.29. 신축아파트를 OOO원에 양도한 후, 소득세법제55조 제1항에 따라 일반세율에 10%를 할증한 세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다가, 재건축된 신축아파트는 2010.3.5. 취득한 것이므로, 2009.3.16.부터 2 012.12.31.까지 취득한 자산에 해당하여 일반세율을 적용하여야 한다면서 (2010.12.27. 개정 소득세법 부칙 제14조, 법률 제10408호), 기신고한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은, 이 건 재건축 사업시행인가일이 2005.5.16.이므로, 그 이후에 취득한 종전아파트는 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항에 의해, 주택이 아닌 조합원입주권을 승계취득한 경우에 해당하므로, 양도한 신축아파트의 취득시기를 사용승인일인 2020.4.29.로 보아 2024.5.17. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.15. 이의신청을 거쳐 2024.10.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 재건축된 종전아파트는 다음과 같이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산(2010.3.5.)에 해당하므로 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다. 처분청이 처분근거로 제시하는 소득세법 시행령 (2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항은 도시 및 주거환경정비법(이하 “ 도시정비법”이라 한다)에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원으로 선정된 지위를 양도한 경우, 주택이 아님에도 일정 요건 하에서 이를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 혜택을 부여하는 취지의 규정으로, 재건축의 경우 적용되는 일반적인 취득시기와 무관한 규정이다. 재건축조합에 기존아파트를 제공하고 사업계획에 따라 재건축아파트를 취득한 것은 별개의 아파트를 취득한 것이 아니므로, 재건축으로 신축된 아파트의 취득시기는 종전아파트 취득일로 보아야 한다. 따라서 청구인이 주택으로서 취득하여 임대하다가 재건축 후 양도한 신축아파트의 취득시기는 종전아파트를 취득한 2010.3.5.로 보아야 한다.

(2) 청구인이 종전아파트를 취득한 시기는 2010.3.5.이고 당시 법령에 의하면 관리처분계획인가일에 조합원입주권을 취득하게 되므로 사업시행인가일에 조합원입주권을 취득(청구인이 조합원입주권을 승계취득)하였다는 처분청 의견은 잘못이다. 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법제89조 제2항에서 도시정비법에 따른 관리처분계획인가를 받아야 조합원입주권으로 전환된다는 내용을 규정하였고, 청구인은 종전아파트의 관리처분계획인가일(2016.8.29.) 이전에 취득하였으므로, 조합원입주권 자체가 발생하지 않은 상태의 아파트 취득에 해당한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 다음과 같이 재건축 조합원입주권을 취득한 것으로 보아야 하므로, 양도한 신축아파트의 사용승인일을 취득일로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다. 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항에서는 조합원입주권의 전환 기준을 주택재개발사업은 관리처분계획인가일, 주택재건축사업은 사업시행인가일로 구분하고 있다가, 이후 개정된 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조 제16항에서 주택재개발사업과 주택재건축사업의 구분 없이 관리처분계획의 인가일로 통일된 점, 소득세법 시행령 부칙(2005.5.31. 제18850호)에서 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 2005.5.16. 사업시행인가일 이후 청구인이 취득한 종전아파트는, 위 개정전의 시행령을 적용하여 조합원입주권을 승계취득한 것으로 보는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 2005.5.31. 이전에 사업시행인가를 받은 재건축단지의 아파트를 취득하여 재건축을 거쳐 양도한 경우, 이러한 신축 아파트의 취득시기를 종전아 파트의 잔금청산일로 볼 것인지, 신축아파트의 사용승인일로 볼 것인지
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전아파트의 취득 및 신축아파트의 양도 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 생략

(2) 처분청은 현재는 부동산이 입주권으로 전환되는 시기를 재건축·재개발사업 모두 관리처분계획인가일로 보고 있으나, 2005.5.31. 이전 사업의 경우 아래 <표2>와 같이 권리변환일을 달리 판단하고 있다는 의견이다. <표2> 생략

(3) 종전아파트의 등기사항전부증명서 및 OOO아파트재건축사업 관련 OO시 OO구청장의 고시 내용은 다음과 같다. (가) 종전아파트의 등기사항전부증명서(말소사항 포함)를 보면, 2010.3.5. 매매를 원인으로 청구인에게 소유권이 이전된 것이 확인되며, 2016.11.22. 신탁을 원인으로 OOO아파트재건축조합에게 소유권이 이전된 것이 확인된다. (나) OO시 OO구청장의 고시(제2005-43호, 2005.5.19.)를 보면, OOO아파트재건축사업의 사업시행인가일이 2005.5.16.인 것으로 확인된다. (다) OO시 OO구 고시(제2020-76호, 2020.5.1.)를 보면, OOO아파트주택재건축정비사업의 준공인가일이 2020.4.28.인 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항에서 조합원입주권의 전환기준을 주택재건축사업의 경우 사업시행인가일로 규정하였으므로, 청구인이 취득한 종전아파트는 취득 당시 조합원입주권에 해당하여 청구인이 양도한 신축아파트의 취득시기는 종전아파트의 잔금지급일(2010.3.5.)이 아니라 신축아파트의 사용승인일(2020.4.29.)에 해당한다는 의견이나, 2002.12.30. 법률 제6852호로 제정되어 2003.7.1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 주택재건축사업의 경우 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가까지 받아야 비로소 기존 건물을 철거하고 조합원에게 정비사업으로 조성된 토지와 축조된 건축시설에 대한 권리로 변환시켜 줄 수 있게 되므로, 관리처분계획인가를 받지 않는 이상 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권을 취득한 것으로 보기는 어려운바, 청구인은 종전아파트가 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일(2016.8.29.) 이전인 2010.3.5.에 잔금을 지급하여 종전아파트를 주택 상태에서 취득하였으므로, 청구인이 양도한 신축아파트는 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 부칙 제14조에서 규정한 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산에 해당하는 것으로 보이는 점, 2006.1.1.부터 시행된 소득 세법 제89조는 도시정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획인가를 받아야 조합원입주권으로 전환된다고 명확히 규정하고 있는 점, 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 소득세법 시행령의 부칙 제4조에 이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다고 명시하고 있는 점 등을 종합하면, 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에 한정적으로 적용되는 규정으로서, 주택재건축 조합원 중 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것일 뿐, 위 규정을 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도하는 경우에 대해서까지 그 취득시기를 일반적으로 규정한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 양도한 신축아파트의 취득시기를 사용승인일로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(서울고등법원 2024.10.17. 선고 2023누58345 판결, 서울고등법원 2020.8.21. 선고 2020누33260 판결 등, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 (2005.12.31. 법률 제7837호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 부칙 제12조 (조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례) ① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 주택건설촉진법(법률 제6852호 도시 및 주거환경정비법으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다. (2) 소득세법 시행령 (2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조(1세대 1주택의 특례) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. (3) 소득세법 시행령 (2005.5.31. 대통령령 제18850호로 일부개정된 것) 제155조(1세대 1주택의 특례) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (각호 생략) ※ 부칙<대통령령 제18850호, 2005.5.31.> (2005.5.31. 대통령령 제18850호로 일부개정된 것) 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. 제4조(주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

(4) 소득세법((2008.12.26. 법률 제9270호로 일부개정된 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

1. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

2. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택 ※ 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> (2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(5) 도시 및 주거환경정비법 제28조(사업시행인가) ① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장·군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관 등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다.

② 시장·군수는 제4조 제1항의 규정에 의한 정비구역 외에서 시행하는 주택재건축사업의 사업시행인가를 하고자 하는 경우에는 건축물의 높이·층수·용적률 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여 건축법 제4조 의 규정에 의하여 시·군·구(자치구를 말한다)에 설치하는 건축위원회(이하 “건축위원회”라 한다)의 심의를 거쳐야 한다.

③ 시장·군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장·군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경·중지 또는 폐지하는 경우에는 건설교통부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 사업시행자(시장·군수 또는 주택공사 등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 정관등이 정하는 바에 따라 토지등소유자(주택재건축사업인 경우에는 조합원을 말하며, 이하 이 항에서 같다)의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역 안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 한다. 제48조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 신고하여야 한다.

3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액

4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격

5. 정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기

6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

7. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항