기획재정부 예규(법인세제과-44, 2024.1.22.) 등에서도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
기획재정부 예규(법인세제과-44, 2024.1.22.) 등에서도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점규정의 문언 및 체계에 따르면, 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 기존 주주로부터 구주 인수뿐 아니라 유상증자를 통한 신주 인수도 포함된다고 해석하는 것이 합리적이다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하며 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석은 허용되지 않고 법문대로 해석되어야 하지만, 해당 법률에서 특정한 용어의 개념을 별도로 정의하고 있지 않다면 해당 법률 내의 다른 조문과의 체계에서 그 개념을 확정할 수 있는지 살펴보아야 할 것이고, 이마저도 어렵다면 해당 법률의 체계적인 해석을 위하여 해당 법률과 직접 관련되거나 전제가 된 법률에서 사용된 용어나 개념을 전제로 그 의미를 해석하여야 한다(서울고등법원 2007.1.26. 선고 2006누9650 판결). (나) 쟁점규정은 ‘주식 등의 취득’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않으므로, 이를 해석하기 위하여는 쟁정규정의 문언 및 다른 조문과의 체계를 살펴볼 필요가 있다. 쟁점규정에서 “인수법인이 2021년 12월 31일까지 피인수법인의 주식 등을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ‘취득’하는 경우 세액공제를 받을 수 있다”라고 규정하고 있고, 제2호에서 “인수법인이 취득일에 ‘취득’한 주식 등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과”하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, ‘주식 등의 취득’의 범위에 기존 주주로부터 구주 인수만이 포함된다거나 유상증자를 통한 신주 인수가 제외된다고 규정하고 있지 않았다. 반면, 조특법 제13조, 제13조의2, 제14조는 ‘출자함으로써 취득’한 주식 등의 경우에 한하여 각 조세특례를 적용받을 수 있다고 규정하여, 주식 등의 취득 방식을 구체적으로 한정하였다. (다) 조특법 제13조 제1항 각 호는 ‘출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’에 한하여 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등의 비과세 특례를 적용받을 수 있다고 명시적으로 규정하여, 주식 등의 취득 방식을 구체적으로 한정하였다. (라) 조특법 제13조의2 제1항 각 호는 ‘출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’에 한하여 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례를 적용받을 수 있다고 명시적으로 규정하여, 주식 등의 취득 방식을 구체적으로 한정하였다. (마) 조특법 제14조 제1항 제1호 내지 제6호는 ‘출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’에 한하여, 제7호는 ‘ 증권거래세법 제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식’에 한하여 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례가 적용된다고 규정하여, 주식 등의 취득 방식을 구체적으로 구분하여 규정하였다. (바) 이처럼 조특법 제2절(제9조 내지 제19조)에서 ‘연구 및 인력개발에 대한 조세특례’를 규정하면서, 제13조, 제13조의2, 제14조의 경우에는 조세특례를 적용받기 위한 주식 등의 취득 방식을 ‘출자함으로써 취득한 주식 등’으로 구체적으로 제한하였으나, 동법 제12조의4의 경우에는 조세특례를 적용받기 위한 주식 등의 취득 방식을 구체적으로 한정하지 않았다. 따라서, 쟁점규정의 ‘주식 등의 취득’에는 기존 주주로부터 구주 인수 뿐만 아니라 유상증자를 통한 신주 인수도 포함된다고 해석하는 것이 조특법의 문언 및 체계에 부합하는 합리적인 해석이다.
(2) 다수의 판례, 조세심판원 결정, 국세청 예규를 살펴보더라도 ‘주식 등의 취득’에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함된다고 보아야 한다. (가) 판례는 유상증자를 통해 인수한 신주의 취득가액이 문제된 사안에서, “ 법인세법 제41조 제1항 제1호 는 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 더한 금액’을 취득가액”으로 하는데, “원고는 이 사건 유상증자금액을 지급하고 이 사건 주식을 취득하였으므로, 이 사건 유상증자금액에 부대비용을 더한 금액이 법인세법 제41조 제1항 제1호 에 따라 취득가액이 된다”라고 판시하였는데, 이는 ‘주식 등의 취득’에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함된다는 입장이다. 또한, 판례는 지방세법 제7조 제5항 에서 말하는 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때’에 ‘유상증자를 통한 신주를 인수하여 과점주주가 되었을 때’도 포함되는지 여부가 문제된 사안에서, “① 지방세법 제7조 제5항 의 ‘취득’에서 유상증자로 인한 주식 취득을 제외할 이유가 마땅하지 아니한 점, ② 지방세법 시행령 제11조 제1항은 과점주주가 될 수 있는 원인으로 ‘증자’를 명시하고 있는 점에 비추어 보면, 관련 법리는 기 발행 주식의 일부 또는 전부가 이전되는 경우뿐만 아니라 유상증자를 통한 새로 발행되는 주식을 취득하는 경우에도 적용된다고 봄이 타당하다”라고 판시하였다(제주지방법원 2021.2.9. 선고 2019구합6165 판결). (나) 조세심판원 결정도 ‘주식 등의 취득’에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함된다는 전제 하에, 유상증자로 취득하는 신주의 경우 그 취득가액은 법인세법 제41조 제1항, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제1호에 따라 매입가액(유상증자 인수가액)에 부대비용을 가산한 금액 으로 하는 것이 타당하다고 판단하였다(조심 2014서1119, 2017.7.24.). (다) 이처럼 판례, 조세심판원 결정은 세법상 ‘주식 등의 취득’에 기존 주주로부터 구주 인수 뿐만 아니라 유상증자를 통한 신주 인수도 포함된다는 입장으로, 쟁점규정의 경우에도 마찬가지로 ‘주식 등의 취득’에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.
(1) 쟁점규정이 달성하고자 한 정책적 목표, 위 법이 의도한 계획, 법체계 등을 법 해석의 원칙에서 볼 때, 쟁점규정의 ‘주식 등의 취득’의 범위에는 기존 주주로부터 구주 인수만을 의미하고 유상증자로 인한 신주 인수는 포함되지 않는다. (가) 법령의 해석은 어디까지나 법적안정성을 해치지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 방향으로 이루어져야 한다. 원칙적으로 법령에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하고, 나아가 당해 법령의 입법 취지와 목적, 제정 및 개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원할 수 있다(대법원 2019.11.15. 선고 2018두35155 판결). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법대로 해석하여야 한다. 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2002.4.12. 선고 2001두741 판결). (나) 쟁점규정은 기술혁신형 중소기업의 인수를 촉진시켜 벤처 창업자 등의 투자금 조기 회수를 지원하고, 그 회수자금이 벤처자금으로 재투자되는 선순환을 유도하기 위하여 도입되었다. 입법취지의 핵심은 ‘벤처 창업자 등의 투자금 회수를 통한 새로운 벤처기업에 대한 투자’이다. 기존 주주로부터 구주를 인수하는 경우, 주식 매매대금은 벤처 창업자 등에게 귀속되고, 이에 벤처 창업자 등은 투자금을 회수할 수 있다. 그러나, 유상증자를 통한 신주 인수의 경우, 신주 인수대금은 벤처 창업자 등이 아닌 피인수법인에게 귀속되어 벤처 창업자 등은 투자금을 회수할 수 없다. 즉 쟁점규정의 입법취지에 비추어 보면, ‘주식 등의 취득’은 투자금 회수가 가능한 기존 주주로부터 구주를 인수한 경우로 보아야 하고, 투자금 회수가 불가능한 유상증자를 통한 신주 인수는 해당되지 않는다고 보아야 한다.
(2) 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’은 유상증자를 통한 신주 인수를 제외한 기존 주주로부터 구주를 인수하는 경우로 해석하는 것이 조특법의 문언 및 체계에 부합하는 합리적인 해석이다. (가) 쟁점규정 본문 및 제3호는 “인수법인이 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식 등의 ‘매입가액’이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것”으로 규정되어 있다. 유상증자를 통한 신주 인수의 경우, 신주 ‘인수가액’이라고 표현할 뿐, 신주 ‘매입가액’이라고 표현하지 않는다. 만약 쟁점규정을 제정할 때, ‘주식 등의 취득’ 범위에 유상증자를 통한 신주 인수를 포함됨을 전제로 하였다면 매입가액이라는 표현을 사용하지 않았을 것이다. 따라서, 쟁점규정의 문언상 ‘주식 등의 취득’의 범위에는 기존 주주로부터 구주 인수만을 의미한다고 해석하여야 한다. (나) 또한, 조특법 제13조의2 제1항 및 제3항에서 “내국법인이 설립 시 자본금을 납입하거나 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입”하여 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 취득금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 세액공제하도록 규정되었다. 다만, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외하여 신주 인수만을 세액공제 대상으로 하였다. 한편, 쟁점규정과 같은 법 제13조의2 제1항은 중복적용이 가능하다(조특법 제127조). (다) 이처럼 쟁점규정과 같은 법 제13조의2 제1항이 중복적용이 가능한 이유는 쟁점규정에서 ‘주식 등의 취득’ 범위에 유상증자에 의한 신주 인수가 제외되는 것을 전제로 입법되었기 때문이다. 만약 쟁점규정에서 ‘주식 등의 취득’ 범위에 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되었다면, 동일한 벤처기업 등 주식취득분에 대해 쟁점규정과 같은 법 제13조의2 제1항이 중복으로 적용되는 문제점이 생긴다. 따라서, 쟁점규정의 문언과 다른 조문과의 체계적 해석에 의하면 쟁점규정의 ‘주식 등의 취득’ 범위에는 유상증자를 통한 신주 인수를 제외하여야 한다.
(3) 기획재정부 예규를 살펴보더라도, 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’ 범위에는 유상증자를 통한 신주 인수는 포함되지 않는다. (가) 기획재정부는 쟁점규정의 주식취득요건 적용 시 신주도 포함되는지와 관련하여, “내국법인이 유상증자로 인수한 신주는 조특법 제12조의4 제1항(쟁점규정)의 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식 등의 취득에 포함되지 않는 것입니다(법인세제과-44, 2024.1.22.)”라고 해석하였고, 국세청 유권해석도 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(쟁점규정)의 주식취득요건 적용 시, 유상증자로 인수한 신주는 포함되지 아니한다(서면-2023-법규법인-683, 2024.1.24.)’고 회신하였다. (나) 나아가, 청구법인이 제시한 판례와 예규 등은 법인세법과 지방세법에 관한 것으로, 이 건에서 문제되는 조특법과 입법목적과 취지를 서로 달리하므로, 법인세법과 지방세법의 판단기준을 조특법에 적용할 수 없다.
(1) 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 “인수법인”이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 “피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 “기준지분비율”이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주등”이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것
5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것 제13조(벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다. 1.벤처투자 촉진에 관한 법률에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다) 및 창업기획자(이하 “창업기획자”라 한다)가 중소기업창업 지원법에 따른 창업자(이하 “창업자”라 한다), 벤처기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사(중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 “신기술창업전문회사”라 한다)에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)가 기술보증기금법에 따른 신기술사업자(이하 “신기술사업자”라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
3. 중소기업창업투자회사, 창업기획자, 벤처투자 촉진에 관한 법률 제50조 제1항 제5호 에 따른 상법상 유한회사(이하 이 조에서 “벤처기업출자유한회사”라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 “창투조합등”이라 한다)을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “기금운용법인등”이라 한다)이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
5. 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 코넥스시장(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 및 같은 법 시행령에 따른 코넥스시장을 말한다)에 상장한 중소기업(이하 이 조, 제16조의2, 제46조의7 및 제117조에서 “코넥스상장기업”이라 한다)에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
6. 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 창투조합등을 통하여 코넥스상장기업에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 제13조의2(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.
1. 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의23 에 따른 창업ㆍ벤처전문 사모집합투자기구(이하 “창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구”라 한다) 또는 벤처투자조합등(민간재간접벤처투자조합은 제외한다)을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 제14조(창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도로 발생하는 소득은 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 따른 양도소득에 포함하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
1. 벤처투자회사 또는 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
2. 벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의2. 민간재간접벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 2의3. 농식품투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분
5. 창업기획자에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분
6. 전문투자조합이 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 제127조(중복지원의 배제) ① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산 또는 출자로 취득한 지분에 대하여 제8조의3 제3항, 제24조, 제26조 및 제104조의15 제1항을 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액, 출자금액 또는 취득금액에서 차감한다.
② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제8조의3 제3항, 제24조 및 제26조가 동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제19조 제1항과 제29조의4, 제26조와 제29조의5, 제26조와 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제8조의3 제3항, 제24조, 제26조, 제29조의5, 제29조의7, 제29조의8 제1항, 제30조의4, 제104조의14 및 제104조의15를 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.
④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항 및 제121조의33 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제8조의3, 제13조의2, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의35, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7 또는 제29조의8을 동시에 적용하지 아니한다.
⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항, 제121조의33 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제121조의2 및 제121조의4에 따른 취득세 및 재산세의 감면규정이 모두 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “최초취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 법인세법 시행령 제50조 제2항 에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.
② 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.
벤처기업육성에 관한 특별법 제25조 에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업
중소기업 기술혁신 촉진법 제15조 와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업
3. 최초취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업
4. 최초취득일까지 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조문의 문언 및 체계, 판례 등을 보더라도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자로 인한 신주도 포함된다고 주장하나, 쟁점규정의 입법취지는 벤처 창업자 등의 투자금 회수를 통한 새로운 벤처기업에 대한 재투자인데, 유상증자를 통한 신주인수로는 벤처 창업자가 투자금을 회수할 수 없는 점, 쟁점규정은 취득한 주식가액을 매입가액이라 규정하고 있으나, 유상증자를 통한 신주 인수는 매입가액이 아닌 신주가액으로 표현하는 점, 쟁점규정과 조특법 제13조의2는 중복하여 적용이 가능하다는 점에서 쟁점규정에서 유상증자를 통한 신주 인수도 포함된다고 본다면 중복세액공제가 발생하는 점, 기획재정부 예규(법인세제과-44, 2024.1.22.) 등에서도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
기획재정부 예규(법인세제과-44, 2024.1.22.) 등에서도 쟁점규정에서 말하는 ‘주식 등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주 인수가 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨