조세심판원 심판청구 종합소득세

고용증대세액공제 및 사회보험료 세액공제를 적용함에 있어 근로계약서가 없더라도 관련 자료들을 바탕으로 상시근로자수를 계산하여 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2024-서-5382 선고일 2025.03.20

제출된 근로계약서상 계약기간, 날인 등이 누락되어 있거나 일괄 날인된 계약서를 제출하는 등 청구인이 제출한 자료만으로는 세액공제요건 충족여부를 확인하기 충분하지 아니한 것으로 보이는바, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2018.12.27.부터 경기도 부천시 원미구 OOO에서 ‘A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)’이라는 상호로 청구 외 B과 공동으로 웨딩업체를 운영하고 있는 사업자로, 2024.3.11. 처분청에 2022년 귀속 종합소득세에 대하여 조세특례제한법 제29조의7 에 따른 고용증대 세액공제 및 같은 법 제30조의4에 따른 중소기업 고용증가인원에 대한 사회보험료 세액공제를 적용하여 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점사업장 소속 근로자들의 상시근로자 해당 여부를 확인하기 위하여 근로계약서 등의 제출을 요구하였으나, 제출된 서류로서 이를 확인할 수 없어 2024.6.28. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점사업장 이전에 운영하던 사업장인 D(2015.12.16. 개업~2021.6.30. 폐업) 건물에 A과 관련된 자료를 모두 보관하고 있었는데 해당 건물의 부동산 양수자가 건물을 철거할 당시 관련 자료를 챙기지 못하여 모두 소실되었고 그로 인하여 A의 소속 근로자들의 근로계약서 원본은 존재하지 않는다. 다만 노무법인 E의 전산매체에 날인 전 근로계약서가 남아있어 이를 출력하여 임의로 사인한 후 처분청에 제출하였는바, 경정청구시 처분청에 제출한 계약서는 근로계약서 원본과 동일한 내용이다. 해당 근로자들의 상시근로 여부는 청구인이 처분청에 제출한 근로자 고용현황, 보수총액 신고내역, 근로소득원천징수부, 4대보험사업장 가입내역 확인서, 4대보험사업장 가입명부(퇴사자 포함), 4대보험 납부내역 등과의 비교를 통해 확인할 수 있다. 한편, 청구인은 처분청의 경정청구거부처분 이후 상시근로자 수를 재계산하여 본 바, 당초 상시근로자 수에서 제외하였던 ‘근로계약서상 약정된 근로계약기간은 1년 이상이나 실제 근무기간은 1년 미만인 근로자’를 상시근로자에 추가하여 재계산한 고용증대세액공제 및 사회보험료 세액공제를 적용하여 환급세액 합계 OOO원은 환급되어야 할 것이다.
  • 나. 처분청 의견 청구인은 2024.3.11. 2022년 귀속분 고용증대․사회보험료 세액공제 환급신청을 하면서 근로계약서, 상시근로자수 계산내역, 사회보험료 납부내역 등을 제출하였으나, 필수 확인서류인 근로계약서에 중요기재사항에 해당하는 날인, 주소, 날짜 등의 기재가 누락되어 있어 해당 근로계약서에 대한 보정을 요청하였다. 이에 청구인은 일괄 날인된 근로계약서를 다시 제출하였고, 처분청은 청구인에게 실제 근로계약서의 제출을 요청하였으나 청구인은 이를 제출하지 아니하였으며 이를 확인할 수 있는 다른 서류도 제출하지 아니하였다. 고용증대․사회보험료 세액공제 요건인 상시근로자란 고용증대세액공제 및 기타 조세특례제한법이 규정하는 고용관련 세액공제를 적용하는데 기본이 되는 개념으로 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 의미한다. 고용증대 세액공제는 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에만 그 공제 적용이 가능하고, 상시근로자에 포함되는 경우는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로서 근로계약기간이 1년 미만인 근로자 중 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자와 근로기준법 제2조 제1항 제9호 에 따른 단시간 근로자 중 1개월간의 소정 근로시간이 60시간 이상인 근로자(단, 근로계약기간이 1년 이상)를 말한다. 또한 근로기준법 제2조 제1항 제9호 에 따른 단시간근로자는 상시근로자에서 제외되지만 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자에 포함되고, 월 60시간 이상근로자는 0.5명으로, 월 60시간의 근로시간과 특정요건[해당기업 상시근로자 수가 감소하지 않았을 것, 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결, 차별되는 처우 없을 것, 시간당 임금이 최저 임금의 130%(중소기업은 120%)이상] 충족시 0.75명으로 계산된다. 즉, 상시근로자 판단은 근로기준법에 따라 체결한 실제 계약서를 토대로 계산해야 하므로 실제 근로계약서의 제출은 필수적인데 청구인은 존재하지 않는 계약서를 임의로 작성하여 세무서에 제출하였기 때문에 처분청은 이를 신뢰할 수 없는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다. 신고납세방식의 과세에 있어 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고한 경우 납세의무자 자신이 사후에 그 신고가 잘못된 것임을 주장하면서 신고된 과세표준과 세액의 감액을 청구하기 위해서는 납세의무자 자신이 그 주장을 뒷받침할 자료를 제출하여야 하는바, 근로계약서의 제출 없이 이루어진 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 고용증대세액공제 및 사회보험료 세액공제를 적용함에 있어 근로계약서가 없더라도 관련 자료들을 바탕으로 상시근로자수를 계산하여 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 제출한 경정청구서에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 경정청구서상 세액공제 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 공제세액 및 이월액 계산내역(2022년) 000 (나) 경정청구서상 2020년부터 2022년 사이에 쟁점사업장에서 근무하던 상시근로자의 구체적 내역은 아래 <표2>~<표7>과 같다. <표2> 1차년도(2022년) 상시근로자 인원 (단위: 명) 1월 2월 3월 4월 5월 6월 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합계 월평균 상시 16.15 16.15 14.25 13.30 16.15 14.25 14.25 14.25 14.25 15.20 15.20 15.20 178.60 14.88 <표3> 1차년도(2022년) 상시근로자 내역 000 <표4> 2차년도(2021년) 상시근로자 인원 (단위: 명) 1월 2월 3월 4월 5월 6월 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합계 월평균 상시 17.45 16.10 19.50 16.15 16.15 16.15 16.15 16.15 16.15 15.20 15.20 16.15 196.50 16.37 <표5> 2차년도(2021년) 상시근로자 내역 000 <표6> 3차년도(2020년) 상시근로자 인원 (단위: 명) 1월 2월 3월 4월 5월 6월 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합계 월평균 상시 14.85 16.75 16.35 15.00 14.60 14.60 15.55 16.50 16.50 16.50 18.40 18.40 194.00 16.16 <표7> 3차년도(2020년) 상시근로자 내역 000

(2) 청구인이 제출한 근로계약서는 당초 날인, 주소, 날짜 등의 기재가 누락되어 있었는데, 처분청이 해당 기재사항의 보정을 요청하자 일괄 날인된 것처럼 보이는 근로계약서 총 12매를 제출하였다.

(3) 청구인은 제출된 근로계약서가 원본이 아닌 사실은 인정하였고, 실제 근로계약서는 소실되었으며 제출된 근로계약서는 노무법인이 보유하고 있는 근로계약서 초안에 임의로 서명한 것이라고 소명하였다. (4) 처분청은 청구인 사업장 소속 근로자들의 상시근로자 해당 여부를 확인하기 위하여 2차례에 거쳐 근로계약서 등의 제출을 요구하였으나, 제출된 서류로서 이를 확인할 수 없어 2024.6.28. 이를 거부하였다.

(5) 청구인은 경정청구서상 상시근로자 수가 근로지급명세서에 기재한 상시근로자 수와 상이하다 하더라도 과다계상된 상시근로자 수에 상당하는 세액을 제외한 나머지는 환급되어야 한다고 주장하며 이 건 심판청구시 환급세액을 재계산하여 제출하였다. (가) 당초 상시근로자 수에서 제외하였던 ‘근로계약서상 약정된 근로계약기간은 1년 이상이나 실제 근무기간은 1년 미만인 근로자’를 상시근로자에 추가하고, F, G, H 등 특수관계자는 상시근로자에서 차감하여 상시근로자 수를 재산정한 후 환급세액을 계산하였고, 재산정한 환급세액은 OOO원이라는 의견이다. 다만 청구인이 재계산한 세액은 2020년부터 2022년까지의 자료가 아닌 2019년부터 2021년까지의 자료를 바탕으로 한 것으로 확인된다. <표8> 쟁점사업장 고용현황(상시근로자, 청구인 주장) (단위: 명) 1월 2월 3월 4월 5월 6월 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합계 월평균 2019 12 18 18 17 18 19 15 18 17 17 17 17 203 16.91 2020 18 17 18 16 16 15 15 19 19 18 19 20 210 17.5 2021 18 15 20 18 18 18 18 18 18 17 16 17 211 17.58 ※ 2020~2022년 자료가 아닌 2019~2021년 자료를 제출함 <표9> 2021년 상시근로자 내역(청구인 주장) 000 <표10> 2020년 상시근로자 내역(청구인 주장) 000 (나) 경정청구서상 기재된 상시근로자 외에 이 건 심판청구에서 추가한 상시근로자(근로계약서상 약정된 근로계약기간은 1년 이상이나 실제 근무기간은 1년 미만인 근로자)는 위 <표9> 및 <표10> 기재 내역과 같다. 다만 이 건과 무관한 2019년 상시근로자는 기재하지 아니하였다. (다) 청구인이 제출한 근로계약서 중 청구인이 이 건 심판청구에서 추가로 상시근로자로 주장하고 있는 근로자의 근로계약서는 C(2020년 1개월 근무)의 근로계약서 1매만 확인된다. 다만 해당 근로계약서에는 C의 이름 등이 출력되어 있을 뿐 계약기간이나 서명이 기재되어 있지 않은 것으로 확인된다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 경정청구 당시 상시근로자 수에서 제외하였던 ‘근로계약서상 약정된 근로계약기간은 1년 이상이나 실제 근무기간은 1년 미만인 근로자’를 상시근로자에 추가하여 재계산한 고용증대세액공제 및 사회보험료 세액공제금액 환급세액 합계 OOO원은 환급되어야 한다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 에 따라 감액경정청구를 하는 납세의무자는 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는’ 사실을 객관적으로 뒷받침할 자료를 제시함으로써 자신이 위 규정에 의한 정당한 청구권자라는 점과 감액을 구하는 과세표준과 세액이 정당함을 주장·증명하여야 하고, 조세특례제한법 제29조의7 에 따른 고용증대세액공제 등을 적용하기 위해서는 근로계약 체결, 내국인 근로자, 근로계약기간(1년 이상), 근로자당 1개월 근로시간, 단시간근로자 등 상시근로자 요건 충족여부를 확인하여야 하므로 이를 위해서는 근로계약서를 필수적으로 확인할 필요가 있는 것으로 보이는데 청구인은 근로계약서 초안 출력본 12매만을 제출하였고 제출된 근로계약서상 계약기간, 날인 등이 누락되어 있거나 일괄 날인된 계약서를 제출하는 등 청구인이 제출한 자료만으로는 세액공제요건 충족여부를 확인하기 충분하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제29조의7[고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제]

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)(각 목 생략)

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 제30조의4[중소기업 사회보험료 세액공제]

① 중소기업이 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 및 경력단절 여성(이하 이 조에서 "청년등"이라 한다) 상시근로자고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 100

2. 청년등 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년등 외 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년등 외 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 50(대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 100분의 75)

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도에 대하여 같은 항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 중소기업 중 대통령령으로 정하는 기업이 2020년 1월 1일 현재 고용 중인 대통령령으로 정하는 근로자 중 2020년 12월 31일까지 사회보험에 신규 가입하는 근로자에 대하여 신규 가입을 한 날부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액(대통령령으로 정하는 국가 등의 지원금은 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

④ 제1항 및 제3항에 따른 사회보험이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 국민연금법에 따른 국민연금

2. 고용보험법에 따른 고용보험

3. 산업재해보상보험법에 따른 산업재해보상보험

4. 국민건강보험법에 따른 국민건강보험

5. 노인장기요양보험법에 따른 장기요양보험

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용받으려는 중소기업은 해당 과세연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자, 청년등 상시근로자의 범위, 사회보험 신규 가입 및 제29조의3에 따른 세액공제를 적용받은 경우 청년등 상시근로자 고용증가인원의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제23조[상시근로자]

⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

2. 근로기준법 제2조 제1항 제9호 에 따른 단시간근로자. 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.

3. 법인세법 시행령 제40조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원

4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자

5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 국세기본법 시행령제1조의2 제1항에 따른 친족관계인 사람

6. 소득세법 시행령 제196조 에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자

  • 가. 국민연금법 제3조 제1항 제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금
  • 나. 국민건강보험법 제69조 에 따른 직장가입자의 보험료 제26조의7[청년등 상시근로자]

③ 법 제29조의7 제1항 제1호에서 "청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자"란 상시근로자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)을 말한다.

1. 15세 이상 29세 이하인 사람 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 사람. 다만, 해당 근로자가 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.

  • 가. 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자
  • 나. 파견근로자보호 등에 관한 법률에 따른 파견근로자
  • 다. 청소년 보호법 제2조 제5호 각 목에 따른 업소에 근무하는 같은 조 제1호에 따른 청소년

2. 장애인복지법의 적용을 받는 장애인, 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 따른 상이자, 5ㆍ18민주유공자예우 및 단체설립에 관한 법률 제4조 제2호 에 따른 5ㆍ18민주화운동부상자와 고엽제후유의증 등 환자지원 및 단체설립에 관한 법률 제2조 제3호 에 따른 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람

3. 근로계약 체결일 현재 연령이 60세 이상인 사람

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)