① 이 건 부과처분은 B에 대한 양도소득세 부과처분 및 쟁점법인에 대한 법인세 납부(위 양도소득세 부과 당시 대응조정을 실시하지 않음에 따른 것)와 이중과세 여부② 쟁점양도를 통해 쟁점법인에게 이익을 분여하지 않았고 B와 쟁점법인 간의 직접 거래가 없는 등 쟁점양도가 쟁점증여조항*의 적용 대상이 아니라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 1979.3.25. 설립되어 주택 건설업 등을 영위하고 있고, 2018.12.31. 현재 B가 최대주주(발행주식의 50% 보유)이며, B의 각 자녀 및 배우자인 청구인 C과 청구인 D(이하 합하여 “청구인들”이라 한다)이 그 발행주식 각 25%씩을 보유 중이었다.
• 나. B(이하 쟁점법인과 합하여 “양도인들”이라 한다)는 BBB특별시 동작구 OOO 토지(이하 “B토지”라 한다)를 소유하고 있었고, 쟁점법인은 B토지와 연접한 같은 동 147-13 토지(이하 “쟁점법인토지”라 하며, B토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 소유하고 있었으며, B와 쟁점법인, 주식회사 E(이하 “E”이라 한다) 및 F(이하 “F”라고 한다)는 2016.5.13. 쟁점토지를 E에 신탁하여 지상에 도시형 생활주택, 근린생활시설 및 교육연구시설(지하3층, 지상19층, 연면적 17,994.82㎡규모로, 이하 “쟁점건축물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 쟁점부동산을 F에 양도하는 매매계약서[이하 “쟁점매매계약(서)”이라 하고, 관련한 사업을 “쟁점신축사업”이라 한다]를 작성하였다.
• 다. 2018.9.17. B와 쟁점법인, E 및 F는 2018.9.14. B토지에 OOO원을, 쟁점법인토지에 OOO원을, 쟁점건축물에 OOO원을 각각 배분하고 매매대금을 OOO원(이하 “쟁점양도대금”이라 한다)으로 하여 거래를 종결한다는 거래종결합의서[이하 “쟁점종결합의(서)”라 한다]를 작성하고 양도인들이 쟁점부동산을 F에 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)하였으며, B는 B토지의 위 배분받은 금액을 양도가액으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 및 납부하였다.
• 라. BBB지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.6.28.∼2024.3.9. 기간 동안 B에 대한 양도소득세 조사 등를 실시한 결과, B가 신고한 쟁점토지와 쟁점건축물의 양도가액 구분은 합리적인 가액 구분으로 볼 수 없다고 하여 처분청에 기준시가 등으로 안분하여 재계산하라는 취지의 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청(AAA세무서장)은 쟁점부동산의 매매대금을 기준시가로 안분하여 산출한 가액인 OOO원[당초 B에게 배분된 금액(양도가액)에서 OOO원이 증액되었고, 이하 그 증액된 금액을 “쟁점금액”이라 한다]을 B토지의 양도가액으로 하여 2024.4.24. B에게 2018년 귀속 양도소득세을 경정·고지하였다. 한편 처분청은 상속세 및 증여세법제45조의5(이하 “쟁점증여조항”이라 한다)에 따라 B가 특정법인인 쟁점법인을 통하여 특수관계인인 청구인들에게 이익을 분여한 것으로 보아 2024.7.8. 청구인 C과 청구인 X에게 2018.9.17. 증여분 증여세 각 OOO원 및 OOO원 합계 OOO원을 결정‧고지하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들이 쟁점법인을 통하여 B로부터 쟁점금액 상당액을 증여받은 것으로 본 이 건 처분은 위법‧부당하다.

(1) 쟁점금액에 대한 이 건 증여세 부과는 이중과세에 해당한다. 처분청은 소득세법 제100조 제2항 (이하 “쟁점양도조항”이라 한다)에 따라 양도인들이 쟁점양도대금을 쟁점토지와 쟁점건축물에 배분한 것이 불합리하다고 보아 기준시가를 적용하여 B에게 쟁점금액만큼 추가로 배분하면서 쟁점법인의 배분액을 감액하지 않아 쟁점법인에게 법인세가 부과되었는바, 결과적으로 처분청이 결정한 쟁점거래의 양도가액(OOO원 상당)은 쟁점금액(OOO원 상당)만큼 실제양도가액(쟁점양도가액 OOO원)을 초과하게 된다. 나아가 쟁점증여조항은 증여가 아님에도 증여로 간주하는 것이므로 그 요건을 엄격하게 적용하여야 하고 그 과세요건에 해당하는 ‘이익분여거래’는 당사자 간의 실질적인 거래만을 의미한다 할 것임에도, 처분청은 B에게 추가 배분한 쟁점금액만큼 쟁점법인의 당초 신고액을 감액하지 않아 실제양도가액을 초과하는 쟁점금액 상당액이 실제로도 쟁점법인에게 귀속된 것으로 봄으로써 B가 A에게 이익을 분여한 것으로 의제하고 있는데 이는 양도인들 간에 존재하지 않는 양도가액을 거래하였다는 논리적 모순이 발생한다는 점에서 불합리할 뿐만 아니라 쟁점증여조항의 적용으로 청구인들에게 증여세까지 부과되는 등 쟁점금액에 대해 양도소득세(B), 법인세(쟁점법인) 및 증여세(청구인들)가 부과되어서 이중과세가 발생하므로 위법하다.

(2) 이 건 과세처분은 쟁점증여조항의 과세요건을 충족하지 않았다. (가) 쟁점양도조항에 따라 B에게 안분된 금액이 쟁점금액만큼 증액된 것으로 보더라도, 이를 근거로 쟁점증여조항에 따라 B가 쟁점법인에게 이익을 분여한 것으로 볼 수 없다. 쟁점증여조항은 특수관계인 간의 거래로서 그 거래가액이 시가보다 낮게 거래되는 등을 통해 특정법인에게 이익을 분여하는 경우에 적용된다 할 것이므로, 쟁점거래의 경우 처분청이 양도인들(B와 쟁점법인) 간에 쟁점부동산을 시가보다 낮게 거래하였는지 여부를 입증할 필요가 있고(대법원 2011.12.22. 선고 2011두22075 판결 등 다수, 같은 뜻임), 쟁점양도조항은 적정 양도차익의 계산을 위해 시가에 대한 규정 없이 일괄양도한 부동산을 배분하는 내용의 규정만 두고 있으므로 쟁점양도조항에 따라 안분한 금액이 실제거래가액과 다르더라도 과세관청이 시가에 관한 입증 없이는 이를 근거로 거래당사자 간에 이익분여가 있었다고 단정할 수 없는바, 쟁점거래가액에 대하여 B가 당초 신고한 배분금액(즉 양도가액)을 부인하고 쟁점양도조항에 따라 그 배분금액이 증액되었다 하더라도 이는 B에 대한 양도소득세 부과처분의 근거가 될 뿐, 쟁점증여조항의 적용 요건을 당연히 충족한 것으로 볼 수 없다. 한편 쟁점증여규정에 따라 청구인들이 쟁점법인을 통해 B로부터 이익을 증여받았다고 보기 위해서는, 즉 쟁점법인이 B로부터 이익을 분여받았다고 보기 위해서는 쟁점거래를 통하여 쟁점법인에 이익이 발생해야 한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무의 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부를 판단하되 비특수관계인 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등을 고려하여야 하는 것인바(대법원 2010.5.13. 선고 2007두14978 판결, 같은 뜻임), 비록 쟁점매매계약서 등에는 B가 쟁점신축사업을 주도한 것처럼 기재되어 있으나, 실제로는 쟁점법인이 그 건축비를 모두 부담하는 등 쟁점신축사업의 시행 주체(시행사의 역할)를 하여서 쟁점금액만큼 정당하게 쟁점신축사업의 이익을 얻은 것이지, B로부터 이익을 분여받은 것이 아니므로 당초 B와 쟁점법인 간에 쟁점양도대금을 배분한 것은 경제적 합리성이 있는 것으로 보아야 한다. 즉 아래와 같은 과정을 통해 쟁점법인이 B보다 쟁점금액만큼 더 배분받은 것이고 이는 경제적 합리성이 있다 할 것이므로, 쟁점증여규정에 따라 쟁점법인이 B로부터 이익을 배분받은 것으로 볼 수 없다.

1. B와 쟁점법인이 당초 쟁점신축사업을 통해 임대수익 및 청산소득(쟁점토지 위에 쟁점건축물을 신축하고 10년 동안 임대수익을 얻은 후 제3자에게 쟁점부동산의 양도로 수익을 얻는 것)을 얻고자 했으나, 쟁점법인은 쟁점매매계약 당시 자본잠식 등으로 쟁점신축사업의 사업자금을 조달할 능력(금융기관의 차주 요건 미충족)이 없어서 그 조달 능력이 있는 B(위 차주 요건 충족)가 형식상 쟁점신축사업의 차입자 명의만 제공하는 등 도관 역할만을 하고 쟁점법인은 쟁점신축사업의 실질적 시행사로서의 이익(분양수익 등)만을 얻기로 하였다. 2) 쟁점매매계약 당시 쟁점신축사업의 대출금에 보증하였던 주택도시보증공사가 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 결정하고 이외에 쟁점토지 및 쟁점부동산의 배분금액 및 배분율(각 OOO원 63.4% 및 OOO원 36.6%)이 결정되었고, 쟁점종결합의 당시 초과 지출한 공사비(OOO원)와 시행이익(OOO원)을 쟁점건축물에 배분하여야 했으나 쟁점매매계약시 주택도시보증공사에 의해 결정된 쟁점건축물의 가액을 초과할 수 없어 그 합계액(OOO원)을 실질적인 단독 사업시행자인 쟁점법인토지에 배분하고 나머지 부분에는 쟁점계약대로 배분(쟁점건축물에는 OOO원을, B토지에는 OOO을 각 배분)하였다. 이러한 사실은 2021.10.25. H 주식회사가 작성한 확인서(B가 자신이 주주인 G을 통해 F로부터 매년 배당을 받은 사실을 통해 B가 시행 이익을 얻었던 쟁점법인과 다른 투자수익을 목적으로 쟁점신축사업에 참여한 사실을 알 수 있다) 및 관할 행정관청에 대한 쟁점신축사업의 허가 내용(2015.12.8.에는 쟁점신축사업의 주체가 쟁점법인이었다가 2016년 5월경 E으로 변경되었다), 주택도시보증공사와 B의 투자 내역(해당 공사는 OOO원 상당의 우선주를, B는 OOO원 상당의 보통주를 매입하는 투자함으로써 쟁점신축사업의 투자이익을 향유하고자 하였다) 등을 통하여 입증된다. 3) 쟁점법인이 실질적인 단독 시행사의 역할을 수행하였다는 사실은 B(50년 이상 학원사업만 운영하였다)가 부동산개발의 시행 업력이 전무한 반면에 쟁점법인은 쟁점신축사업 외에 다른 부동산개발의 시행 경험이 있었다는 점, 쟁점신축사업에 관한 금융기관 대출금(OOO원)의 형식적 채무자인 B가 그 대출을 받아서 이 중 일부(OOO원)를 개인 용도(개인대출금의 상환, 양수자인 F의 보통주 취득자금 등으로 사용)로 사용한 반면에 쟁점법인은 그 잔액(OOO원)과 자기 자금의 합계인 OOO원을 재원으로 쟁점신축사업의 시행사 역할을 수행하였다(이는 쟁점법인 소속 직원과 F 등 관계인 간에 수수된 이메일을 통해 입증된다). (나) 이 건 과세처분은 “특정법인의 주주(청구인들)와 특수관계에 있는 자(B)가 특정법인(쟁점법인)과의 직접적인 거래가 있어야 한다”라는 쟁점증여조항의 요건을 미충족하였다. 앞서 제시하였듯이 쟁점증여조항 등 증여세 의제규정은 조세 부과의 조세 부과의 본질적 근거인 담세력의 징표가 되는 행위 또는 사실의 존재와 무관하게 과세하는 것이자 조세회피 방지 등의 정책적 목표 달성을 위해 증여의 실질이 없음에도 증여세를 부과하는 것이므로 관련 법령을 해석‧적용할 때 유추‧확장해석을 엄격히 배제하여야 하며(대법원 2017.1.12. 선고 2014두43653 판결, 같은 뜻임), 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는바, 이러한 증여의제규정에 관한 원칙은 쟁점증여의제 규정을 해석‧적용시에도 적용된다 할 것이다. 쟁점증여조항의 제1항 및 제2항에서 특정법인의 주주와 특수관계에 있는 자가 그 특정법인과 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 현저히 낮은 대가로 양도‧제공받는 것 등의 거래를 하는 경우에 그 특정법인의 이익에 위 주주의 주식보유비율을 곱한 금액을 해당 주주가 증여받은 것으로 규정하고 있는바, 쟁점거래가 이에 해당하려면 쟁점법인(특정법인)의 주주인 청구인들의 특수관계인인 B가 쟁점법인(특정법인)과 쟁점부동산 저가거래 등의 거래, 즉 이익의 분여로 볼 만한 실질적인 거래가 있어야 하는데, B와 쟁점법인은 F에 각 소유부동산인 쟁점부동산을 양도하였을 뿐 B와 쟁점법인 간에는 쟁점증여조항에서 열거하는 어떠한 거래도 없었으므로 쟁점거래에 대해서는 쟁점증여조항을 적용할 수 없다. 그럼에도 처분청이 쟁점거래에 대하여 쟁점증여조항을 적용한 것은 쟁점증여조항을 유추‧확대해석한 것에 해당한다.

• 나. 처분청 의견 청구인들이 쟁점법인을 통하여 B로부터 쟁점금액 상당액을 증여받은 것으로 본 이 건 처분은 적법‧정당하다.

(1) 쟁점금액에 대한 이 건 증여세 부과는 이중과세에 해당하지 않는다. 증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 과세관청이 각 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로, 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것이어서 이를 이중과세로 보기는 어렵고(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결 등, 같은 뜻임), 어떤 소득이 쟁점증여조항 등 증여의제규정의 과세요건에 부합되는 경우는 물론이고 상속세 및 증여세법 제2조 제6호 에 따른 증여의 정의에 부합하고 제4조 제1항 각 호의 증여세 과세대상에 해당되면 증여세의 과세대상이 되며, 다수의 양도인들 중 감정가액에 대비하여 수취한 양도대금이 일부는 과다하고 나머지 일부는 과소한 경우에는 과다수취한 일부가 과소수취한 나머지 일부로부터 그 감정가액 초과분만큼 증여받은 것으로 보는 것이되, 그 소득이 소득세법에 따른 소득세의 과세대상인 경우에는 소득세도 부과되는 것인바, 결국 양도자가 본인의 지분보다 더 배분받은 경우에는 그 배분액과 당초 신고한 양도가액의 차액에 대한 양도소득세를 추가로 납부해야 하고 본인의 지분보다 과소하게 받은 경우에는 당초 신고한 양도가액과 그 배분액과의 차액만큼 양도소득세를 환급하되 증여세를 납부해야 하는 것이다(다만 법인의 경우 양도소득세와 증여세의 구분 없이 모두 법인세를 부담한다). 그러므로 처분청에서 쟁점금액에 대하여 쟁점양도조항 등 소득세법에 따라 B가 추가로 양도소득세를 부담해야 한다고 봄과 동시에, 쟁점법인이 본인 배분액보다 초과로 귀속받은 것에 대해 법인세를 부담한 것이 법인세법에 따른 과세소득에 해당하고, 나아가 청구인들이 쟁점증여규정에 따라 쟁점법인을 통해 B로부터 쟁점금액의 법인세 상당액 중 자기 지분율만큼 증여받은 것으로 보아 이 건 처분 등을 한 것은 이중과세에 해당하지 않는다.

(2) 이 건 과세처분은 쟁점증여조항의 과세요건을 충족한다. (가) 양도인들이 쟁점양도대금을 비합리적으로 안분함으로서 B가 쟁점법인에게 쟁점금액만큼 이익을 분여한 것으로 보아야 한다.

① 쟁점매매계약서 및 쟁점종결합의서상 양도인들(B와 쟁점법인)이 공동위탁자이고 그렇다면 쟁점신축사업도 공동으로 수행하는 것임에도, 쟁점신축사업에 관한 문서(토지신탁 사업약정서, 공사도급계약서 및 대출약정서)를 보면 B가 단독으로 쟁점신축사업에 관한 의무 부담, 업무 수행 및 의사표시, 권한행사 등을 하는 반면에 수익금 수령의 권한에서 제외되었을 뿐만 아니라 쟁점신축사업에 관한 자금조달시 B가 단독으로 채무자가 됨으로써 사업시행 과정에서의 금융리스크 등 위험을 단독으로 부담하였는데 이를 두고 사회통념 또는 상관행에 부합한다고 보기 어려운 점, ②나아가 2014.11.19. 쟁점토지를 담보목적으로 감정평가시 B토지와 쟁점법인토지의 각 비율이 ‘68.3% 대 31.7%(각OOO원 및 OOO원 상당)이었음’에도 2018.9.17. 쟁점양도시 각 배분율이 ‘34.3% 대 65.7%’(각 OOO원 및 OOO원)이었던 것(쟁점법인에게 배분된 금액은 쟁점법인이 쟁점건축물의 가액OOO원 상당의 세금계산서를 수취하여 쟁점건축물의 가액을 배분대상에서 제외하고, 쟁점신축사업의 시행 이익 OOO원 상당을 쟁점법인에만 배분한데 기인한다)은 앞서 제시한 B의 역할을 감안했을 때 합리적인 배분으로 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, B가 쟁점양도조항에 따라 기준시가로 안분한 정당한 배분액에 미달하게 당초 신고한 쟁점금액만큼 쟁점법인에게 이익을 분여한 것으로 보아야 한다. (나) 청구인들이 제시한 쟁점증여조항의 ‘거래’ 요건에 간접적인 거래도 포함되고, 설령 ‘직접 거래’에 한정되더라도 양도인들(B와 쟁점법인)은 쟁점거래의 직접 당사자에 해당된다.

① 쟁점증여조항에서 특정법인의 주주와 특수관계에 있는 자가 “특정법인과 일정한 거래를 하는 경우”를 과세요건으로 규정하고 있는바 해당 문언 어디에도 “직접” 거래하는 경우로 한정하고 있지 않은 점, ②설령 직접 거래로 한정되었다고 보더라도 쟁점신축사업에 관한 쟁점매매계약서과 쟁점종결합의서를 보면 양도인들 모두 쟁점부동산의 양도자로서 각 계약에 참여함으로써 양자 간에 직접 쟁점거래를 한 것으로도 볼 수 있는 점 등을 감안하면, 쟁점거래는 쟁점증여조항의 적용 요건에 부합한다.

• 가. 쟁점 상속세 및 증여세법 제45조의5 에 따라 청구인들이 특정법인인 쟁점법인을 통하여 B로부터 쟁점금액의 이익을 증여받은 것으로 본 처분과 관련하여,

① 쟁점금액에 대한 이 건 증여세 부과처분은 B에 대한 양도소득세 부과처분 및 쟁점법인에 대한 법인세 납부(위 양도소득세 부과 당시 대응조정을 실시하지 않음에 따른 것)와 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부

② 쟁점법인이 사실상 쟁점신축사업의 시행사 역할을 단독으로 수행하여 쟁점금액만큼 정당한 이익을 배분받아야 함을 감안하면 B가 쟁점신축사업의 종료에 따른 쟁점양도를 통해 쟁점법인에게 이익을 분여하지 않았고 B와 쟁점법인 간의 직접 거래가 없는 등 쟁점양도가 쟁점증여조항의 적용 대상이 아니라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가) 쟁점법인은 1979.3.25. 주택 등 종합건설의 시행을 영위할 목적으로 설립되었고, 주택건설면허를 보유하고 있으며, BBB시 용산구에서 해당 시행업을 영위한 사실이 있다. 한편 쟁점법인의 대표이사는 당초 B였으나 2015년 중 청구인 D으로 변경되었고, 2018년 현재 주주로는 B가 발행주식(6만주) 중 50%를 보유하여 지배주주에 해당하며 청구인들이 각 25%씩 보유 중이었다. (나) 2016.5.13. 작성된 쟁점매매계약서 및 2018.9.17. 작성된 쟁점종결합의서를 보면, 양도인들(B와 쟁점법인)은 2016.5.13. B토지와 쟁점법인토지에 쟁점신축사업으로 복합건축물을 신축(도시형생활주택 207개호 등의 신축)하여 F에게 OOO원에 양도하는 것을 내용으로 하는 쟁점매매계약을 체결한 후, 2018.9.14. 위탁자인 양도인들에게 각 OOO원(B토지에 대한 것) 및 OOO원(쟁점건축물 및 쟁점법인토지에 대한 것)을 각 매매대금으로 배분한다는 내용으로 쟁점종결계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) B가 2014.11.19. 금융기관에 쟁점토지 등을 담보로 제공할 목적으로 실시한 2건의 감정평가 내역은 아래 <표1> 기재와 같고, 이를 보면 B토지의 감정가액은 OOO원이고, 쟁점법인토지는 OOO원 상당인 것으로 나타난다. <표1> 2014.11.19. 쟁점토지 등에 대한 2건의 감정평가액의 평균액

○○○ (라) B는 2018.9.17.자 쟁점종결합의에 따른 쟁점부동산의 전체 양도가액 OOO원 상당 중 B토지에 대해 배분받은 OOO원 상당을 양도가액으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 쟁점법인은 아래 <표2> 기재와 같이 양수인 F에게 계약금과 중도금(각 4.5% 상당인 OOO원 상당) 및 잔금(91% 상당인 OOO 상당) 등 쟁점양도대금(합계 OOO원 상당) 중 쟁점법인에게 배분된 금액(OOO원 상당)에 대한 세금계산서(쟁점부동산분) 및 계산서(쟁점토지분)를 발급하고 2016년 제1기 및 2018년 제2기 부가가치세 신고를 하였다. <표2> 쟁점법인의 쟁점양도대금에 관한 (세금)계산서 발급 내역

○○○ (마) 처분청은 아래와 같은 사유로 B가 단독으로 쟁점신축사업에 관한 자금을 조달하고 관련 업무를 수행한 것으로 보았다. 1) 양도인들(B와 쟁점법인)은 2016.3.24. 쟁점신축사업을 위해 주식회사 I과 공사도급계약(2016.5.13.자 토지신탁 사업약정에 승계되었다)을 체결하였고, 해당 계약서를 제4조에서 계약 당사자의 업무범위를 규정하면서 도급인인 양도인들의 각 업무범위와 비용부담의 범위를 정하고 있는데 쟁점신축사업의 사업비를 B가 조달하는 것으로 나타난다. 2) 양도인들은 2016.5.13.(쟁점매매계약의 체결일과 같다) 쟁점토지에 쟁점신축사업을 영위하기 위하여 시공사(주식회사 I), 수탁자(E), 금융기관(주식회사 OOO은행 등 4곳) 및 매수예정자(F)와 관리형 토지신탁 방식의 토지신탁 사업약정을 체결하였고, 이를 보면 제3조(업무분담 및 협력의무)에서 B가 쟁점법인의 대리인으로서 쟁점신축사업의 주요 업무(인허가 등 대관청 업무, 자금의 집행, 관련 계약의 체결, 분양 업무 등)를 단독으로 행사하는 것으로 규정되어 있고, 제17조의2(대출금입금계좌 및 대출금입금신탁계좌)와 제18조(신탁자금의 관리)에서 B가 쟁점신축사업에 필요한 자금의 조달 및 집행‧관리를 하는 것으로 규정되어 있다. 3) 양도인들은 2016.

5. 13 B를 채무자로 하여 금융기관(OOO)으로부터 쟁점신축사업의 자금을 대출받는 내용의 약정을 체결하였고, 이를 보면 제4-2조(이자의 지급 규정)에서 채무자인 B가 위 금융기관에 이자를 지급하도록 규정되어 있다. 한편 위 약정서의 사업수지표에 쟁점신축사업의 총투자비 및 재원조달 방법을 세부적으로 명시하였는데, 이를 보면 공사비 등으로 OOO원 상당이 소요되는 것으로 기재되어 있고, 처분청은 이를 통해 쟁점매매대금(OOO원 상당)과 수익(OOO원 상당)의 규모를 추정할 수 있는 것으로 보았다. 4) 처분청은 B가 2017.8.30. 시공사인 주식회사 I과 금전소비대차계약을 체결하고, 다음 날인 2017.8.30. B 명의의 계좌로OOO원을 송금받은 다음, 2017.

9.

15. 전도금으로 사용한 사실을 확인하였다. 5) 처분청은 쟁점건축물이 2018.7.24. 사용승인된 후인 2018.9.17. 쟁점종결합의를 통해 쟁점거래가 종결된 후 쟁점신축사업의 사업비를 조달하여 주요 업무를 단독으로 행사한 B가 신탁사(E)로부터 쟁점신탁사업의 시행 수익 등을 송금받은 사실이 없음에도, 2017년∼2019년 기간 동안 쟁점법인이 위 신탁사로부터 OOO원 상당을 송금받았음을 확인하였고, 해당 금액이 위 3) 기재의 사업수지표로 추정 가능한 쟁점신축사업의 시행 수익(OOO원)과 유사한 수준으로 보았다. (2) 청구인들은 쟁점신축사업의 사실상 시행주체가 쟁점법인이라고 주장하면서 아래와 같은 심리자료를 제출하였다. (가) 청구인들은 쟁점신축사업의 기획자인 F가 당초 주택도시보증공사에게 사업제안을 할 때에는 해당 공사가 사업자금 대출시 보증하고 F에 우선주주로, 양도인들이 보통주주로 투자하여 10년 동안의 임대수익 및 청산시 매매차익을 향유하기로 하였으나, 양도인들 중 쟁점법인이 F에 보통주주로 참여하지 않고 그 대신에 쟁점신축사업의 시행 주체가 되어 시행 이익(분양수익 등)을 향유하였다고 주장하면서 2021.10.25. H 주식회사가 작성한 확인서를 제출하였다. (나) 청구인들은 B가 50년 이상 학원사업만 운영하여 부동산개발의 시행업력이 전무하였으나 쟁점법인은 쟁점신축사업 외에도 다른 부동산개발의 시행 경험이 있는 등 부동산 시행사업에 필요한 조직을 갖췄다고 주장하면서 2016년∼2018년 기간의 쟁점법인 원천징수부 및 조직도를 제출하였고, 이 중 조직도를 보면 쟁점법인에는 대표이사(청구인 D) 및 부사장(청구인 C)을 포함하여 연간 16∼23명의 임직원이 재직 중이었던 것으로 나타난다. (다) 청구인들은 쟁점법인 소속의 임원(J 상무)이 쟁점신축사업을 직접 수행하였다고 주장하면서 시공사, 신탁사 등 관계사들과 주고받은 이메일 내역을 제출하였고(청구인들은 B는 해당 이메일에 참조자 등으로도 기재되어 있지 않다고 주장한다), 이를 보면 위 임원이 2016.6.29.∼2019.6.5. 기간 중 18차례에 걸쳐 등기멸실, 재무관리, 지적측량, 허가‧사용승인, 시공, 인테리어‧설계, 투자유치, PM, 민원처리‧분쟁조정, 정산‧거래종결 및 등기 업무와 관련한 이메일을 수수한 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 B가 쟁점양도조항의 적용에 따라 B토지에 추가로 배분된 쟁점금액에 대한 양도소득세를 부담하였음에도, 처분청이 쟁점금액만큼 쟁점법인의 익금을 감액해 주지 않아서 이에 대한 법인세 상당이 추가 부담된 상태인 데다가, 처분청이 쟁점증여조항에 따라 쟁점법인의 주주인 청구인들에게 청구인들의 특수관계인인 B가 특정법인인 쟁점법인을 통하여 쟁점금액에 관한 이익을 분여하였다고 보아 이 건 증여세까지 부과한 것은 이중과세라고 주장하나, 아래와 같은 사유로 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 1) 증여세와 양도소득세 및 법인세 등 국세의 세목은 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 과세관청이 각 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로, 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것이어서 과세 요건에 해당하는 국세가 모두 부과되었다 하여 이를 이중과세로 보기는 어려운바(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결 등, 같은 뜻임), 쟁점금액은 쟁점종결합의의 당사자들이 쟁점신축사업에 따른 쟁점부동산의 매매대금을 B토지와 쟁점법인토지 및 쟁점건축물에 배분한 것이 쟁점양도조항에 따른 ‘토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명한 경우’에 해당하여 처분청이 쟁점양도대금을 기준시가로 안분하여 B토지에 추가로 배분한 ‘소득세법상 양도소득’에 해당되어서 B에게 이에 대한 양도소득세를 부과하였고, 쟁점금액만큼 쟁점양도대금을 과다하게 배분받은 쟁점법인의 ‘법인세법상 익금’에 해당되어서 처분청에서 쟁점법인이 법인세법에 따라 부담한 법인세를 환급하지 않았으며, 특정법인의 주주인 청구인들의 특수관계인인 B가 쟁점법인과의 거래를 통하여 청구인들이 증여받은 것으로 보는 ‘쟁점증여조항상 이익’이 해당되어서 처분청이 청구인들에게 이 건 증여세를 부과하였다. 2) 달리 소득세법, 법인세법 및 상속세 및 증여세법에서 이 건과 같은 경우로서 다른 법률에 따른 국세가 부과된 경우에는 해당 법률에 따른 국세를 부과하지 않는다는 내용의 규정을 두고 있지 않다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점법인이 사실상 단독으로 쟁점신축사업을 영위하고자 하였으나 자본잠식 등으로 필요한 자금의 조달 능력이 없어서 그 조달능력이 있는 B를 형식상의 차입자 등 도관 역할만 하도록 하고 시공사의 선정, 설계, 투자유치 등 시행사의 역할은 쟁점법인이 하면서 추가 공사비(OOO원)를 지출하였으므로 주택도시보증공사에 의해 결정된 쟁점건축물의 가액을 기초로 하여 B, 쟁점법인, E 및 F가 참여하여 작성된 쟁점종결합의에 따른 배분을 적정한 것으로 보아야 하고, B와 쟁점법인은 각 소유토지를 쟁점신축사업에 신탁하여 각각 투자이익과 부동산신축사업의 시행이익을 얻고자 하였을 뿐 B와 쟁점법인 간에 쟁점증여조항에서 열거하는 거래를 직접 한 사실이 없다는 이유로 쟁점양도에 대하여 쟁점증여조항을 적용할 수 없다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 위 청구주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 1) 쟁점증여조항에 따라 쟁점법인의 지배주주인 B가 쟁점법인의 주주인 청구인들에게 쟁점법인을 통하여 쟁점증여조항에 따른 이익을 증여한 것으로 보려면 쟁점종결합의에 따라 쟁점양도대금을 B토지와 쟁점법인토지 및 쟁점건축물에 각 배분한 것이 그 배분기준이 불명확한 등 불합리하여서 처분청에서 쟁점양도조항에 따라 배분한 결과 B가 쟁점금액만큼 쟁점법인에게 분여한 것으로 본 것이 적법‧정당하여야 하는바, 쟁점종결합의에 따른 배분은 B가 쟁점금액에 대한 양도소득세 부과처분에 관하여 제기한 심판청구(조심 OOO)에서 우리 원이 2024.10.30. 그 배분기준이 불명확하고 적정하지 않아서 처분청이 쟁점양도조항에 따라 B에게 쟁점금액만큼 추가로 배분하여 위 양도소득세를 부과한 처분이 잘못 없다고 결정한 점, 설령 쟁점종결합의에 따른 배분의 정당성에 대한 청구인들의 주장이 위 심판청구에서 다투어지지 않았다 하더라도, 쟁점신축사업에 관한 문서(토지신탁사업약정서, 공사도급계약서 및 대출약정서)에서 B가 쟁점신축사업에 관한 의무 부담, 업무 수행 및 의사표시 등을 한다는 내용이 확인되는 반면에 쟁점법인이 사실상 쟁점신축사업의 시행사 역할을 하였다는 청구주장이 구체적‧객관적으로 입증되지 않아서 그대로 받아들이기는 무리가 있는 점(청구인들이 제출한 증빙은 F의 자산관리업무를 담당하였다는 H 주식회사의 확인서 및 쟁점법인이 인적‧물적 시설을 갖췄다는 내용의 증빙이다) 등에 비추어, 쟁점종결합의에 따라 쟁점양도대금을 B토지와 쟁점법인토지 및 쟁점건축물에 각 배분한 것이 그 배분기준이 불명확한 등 불합리하여서 처분청에서 쟁점양도조항에 따라 B에게 쟁점금액만큼 쟁점양도대금을 추가로 배분하고 B가 반환되지 않은 그 상당액만큼 쟁점법인에게 이익을 분여한 것으로 본 것은 잘못이 없는 것으로 보인다. 2) 쟁점증여조항에서 이 건과 다르게 특정법인과 특정법인 주주의 특수관계인 간 거래의 당사자를 양도자와 양수자으로 대별하지 않았고, B와 쟁점법인이 쟁점토지의 양도자로서 쟁점매매계약에 따른 쟁점신축사업의 당사자로 참여한 점 등에 비추어, 쟁점양도는 쟁점증여조항에서 열거하는 ‘특정법인과 특정법인의 주주와 특수관계에 있는 자가 거래하는 경우’에 해당한다고 보는 것이 타당해 보인다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "증여"란 그 행위 또는 거래의 명칭·형식·목적 등과 관계없이 직접 또는 간접적인 방법으로 타인에게 무상으로 유형·무형의 재산 또는 이익을 이전(移轉)(현저히 낮은 대가를 받고 이전하는 경우를 포함한다)하거나 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다. 다만, 유증과 사인증여는 제외한다. 제4조(증여세 과세대상) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대해서는 이 법에 따라 증여세를 부과한다.

1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익

6. 제4호 각 규정의 경우와 경제적 실질이 유사한 경우 등 제4호의 각 규정을 준용하여 증여재산의 가액을 계산할 수 있는 경우의 그 재산 또는 이익 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인(이하 이 조 및 제68조에서 "특정법인"이라 한다)의 대통령령으로 정하는 주주등(이하 이 조에서 "특정법인의 주주등"이라 한다)과 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자가 그 특정법인과 제2항에 따른 거래를 하는 경우에는 거래를 한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 주주등이 증여받은 것으로 본다.

1. 대통령령으로 정하는 결손금이 있는 법인

2. 증여일 현재 휴업 또는 폐업 상태인 법인

3. 증여일 현재 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 법인으로서 제45조의3제1항에 따른 지배주주와 그 친족의 주식보유비율이 100분의 50 이상인 법인

② 제1항에 따른 거래는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 재산이나 용역을 무상으로 제공하는 것

2. 재산이나 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도·제공하는 것

3. 재산이나 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 높은 대가로 양도·제공받는 것

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 거래와 유사한 거래로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항에 따른 증여일의 판단, 특정법인의 이익의 계산, 현저히 낮은 대가와 현저히 높은 대가의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29533호로 일부개정되기 전의 것) 제19조(금융재산 상속공제) ② 법 제22조제2항에서 “대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자”란 주주등 1인과 그의 특수관계인의 보유주식등을 합하여 그 보유주식등의 합계가 가장 많은 경우의 해당 주주등 1인과 그의 특수관계인 모두를 말한다. 제34조의2(특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ① 법 제45조의3 제1항에 따른 지배주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조, 제34조의3 및 제34조의4에서 “지배주주”라 한다)로 하되, 이에 해당하는 자가 두 명 이상일 때에는 수혜법인[괄호 생략]의 임원에 대한 임면권의 행사와 사업 방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력이 더 큰 자로서 기획재정부령으로 정하는 자를 지배주주로 한다. (단서 생략)

1. 수혜법인의 최대주주등 중에서 수혜법인에 대한 직접보유비율[괄호 생략]이 가장 높은 자가 개인인 경우에는 그 개인

2. 수혜법인의 최대주주등 중에서 수혜법인에 대한 직접보유비율이 가장 높은 자가 법인인 경우에는 수혜법인에 대한 직접보유비율과 간접보유비율을 모두 합하여 계산한 비율이 가장 높은 개인. (단서 및 각목 생략)

⑪ 법 제45조의3 제1항의 증여의제이익은 사업연도 말 현재 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 지배주주와 그 친족(이하 이 조에서 “지배주주등”이라 한다)의 수혜법인에 대한 출자관계(간접보유비율이 1천분의 1 미만인 경우의 해당 출자관계는 제외한다)별로 각각 구분하여 계산한 금액을 모두 합하여 계산한다. 이 경우 법 제45조의3 제1항 제2호가목 및 나목의 계산식 중 “한계보유비율을 초과하는 주식보유비율” 또는 “한계보유비율의 100분의 50을 초과하는 주식보유비율”을 계산할 때 수혜법인에 대한 간접보유비율이 있는 경우에는 해당 간접보유비율에서 각 한계보유비율 또는 한계보유비율의 100분의 50을 먼저 빼고 간접출자관계가 두 개 이상인 경우에는 각각의 간접보유비율 중 작은 것에서부터 뺀다. 제34조의4(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ① 법 제45조의5제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 주주등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

2. 법 제45조의5 제1항 제3호에 해당하는 특정법인의 경우: 그 특정법인의 지배주주등

② 법 제45조의5 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

2. 법 제45조의5 제1항 제3호에 해당하는 특정법인의 경우: 그 특정법인의 지배주주등과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

• 가. 배우자 또는 직계존비속

④ 법 제45조의5 제1항에서 "특정법인의 이익"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다.

1. 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 재산을 증여하거나 해당 법인의 채무를 면제·인수 또는 변제하는 경우: 증여재산가액 또는 그 면제·인수 또는 변제로 인하여 해당 법인이 얻는 이익에 상당하는 금액
• 나. 가목 외의 경우: 제7항에 따른 시가와 대가와의 차액에 상당하는 금액

2. 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액

• 가. 특정법인의 법인세법 제55조 제1항 에 따른 산출세액(같은 법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에서 법인세액의 공제·감면액을 뺀 금액
• 나. 제1호에 따른 이익이 특정법인의 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득금액에서 차지하는 비율(1을 초과하는 경우에는 1로 한다)

⑤ 법 제45조의5 제1항을 적용할 때 특정법인의 주주등이 증여받은 것으로 보는 경우는 제4항에 따른 특정법인의 이익에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액이 1억원 이상인 경우로 한정한다.

2. 법 제45조의5 제1항 제3호에 해당하는 특정법인의 경우: 그 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율

⑥ 법 제45조의5 제2항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인의 채무를 면제·인수 또는 변제하는 것. 다만, 해당 법인이 해산(합병 또는 분할에 의한 해산은 제외한다) 중인 경우로서 주주등에게 분배할 잔여재산이 없는 경우는 제외한다.

2. 시가보다 낮은 가액으로 해당 법인에 현물출자하는 것

⑦ 법 제45조의5 제2항 제2호 및 제3호에서 "현저히 낮은 대가" 및 "현저히 높은 대가"란 각각 해당 재산 및 용역의 시가와 대가(제6항 제2호에 해당하는 경우에는 출자한 재산에 대하여 교부받은 주식등의 액면가액의 합계액을 말한다)와의 차액이 시가의 100분의 30 이상이거나 그 차액이 3억원 이상인 경우의 해당 가액을 말한다. (후단 생략)

⑧ 제7항을 적용할 때 재산 또는 용역의 시가는 법인세법 시행령 제89조 에 따른다.

(3) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정되기 전의 것) 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (5) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[괄호 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액