청구법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 부과 받은 후 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 경정청구를 제기하여 감액경정 받은 경우, 당초 각 사업연도 소득에 대한 법인세 부과시 부과된 가산세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

가. 청구법인은 신용카드 및 할부금융업을 영위하는 사업자이고, OO 지방국세청장은 2023.6.29. 부터 2023.10.6. 까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사 (이하 “ 쟁점세무조사 ” 라 한다) 를 실시하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2023.11.7. 2018 ∼ 2020 사업연도 법인세 합계 OOO 원 (가산세 합계 OOO 원 포함) 을 경정·고지하였다. < 표 1> 쟁점세무조사로 인한 경정내역 나. 청구법인은 2024.3.29. 임금증가액의 산정방법에 대한 유권해석을 반영하여 2018 ∼ 2020 사업연도 법인세 신고시 미환류소득에 대한 법인세 합계 OOO 원 (미환류소득에 대한 가산세 포함) 을 과다 납부하였다는 취지의 경정청구 (이하 “ 쟁점경정청구 ” 라 한다) 를 제기하면서, 그 결과 쟁점경정청구로 인한 환급세액이 쟁점세무조사로 인한 추징세액을 초과하여 청구법인이 과소 신고·납부한 법인세액이 없다며 쟁점세무조사로 고지받은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 가산세 OOO 원 (과소신고가산세 OOO 원, 납부지연가산세 OOO 원으로 이하 “ 쟁점가산세 ” 라 한다) 의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 2024.6.12. 미환류소득에 대한 법인세 (미환류소득에 대한 가산세 포함) 청구는 인용한 반면, 가산세 산정에 있어 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 통산할 수 없는 것으로 보아 쟁점가산세 청구는 거부하는 내용의 부분인용 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 가산세는 납부세액을 기준으로 부과하고 납부세액은 미환류소득에 대한 법인세를 합한 금액으로 한다고 규정하고 있으므로, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 가산세와 미환류소득에 대한 법인세 가산세를 통산하여 신고·납부한 법인세액이 세법상 정당한 법인세 납부세액에 미달하는지 여부를 기준으로 가산세를 산정해야 한다. (가) 국세기본법 제2조 제4호에 따르면 가산세란 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다고 명시되어 있고, 제47조의 3 제1항은 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 ‘ 납부할 세액 ’ 을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 신고·납부하여야 할 세액과 신고·납부한 세액 간의 차액을 기준으로 신고불성실 가산세를 부과하는 것으로 규정하고 있으며, 제47조의 4 제1항은 납세의무자가 법정납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 ‘ 납부하여야 할 세액 ’ 보다 적게 납부한 경우에는 납부하여야 할 세액과 납부한 세액 간의 차액을 기준으로 납부불성실 가산세를 부과하는 것으로 규정되어 있다. 이를 종합하면 신고불성실가산세와 납부지연가산세 모두 신고·납부한 세액이 세법에 따른 정당한 세액에 미달하는 경우에 부과되는 것으로서, 결국 가산세는 “ 납부세액 ” 을 기준으로 부과 여부가 결정된다. (나) 법인세법 제55조 제1항은 법인세 납부세액에 관하여 법인세 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 토지 등 양도소득에 대한 법인세, 미환류소득에 대한 법인세를 합한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 국세기본법은 납부세액을 기준으로 가산세를 부과하는 것으로 명시하고 있으므로 이러한 문언을 종합하면 법인세 가산세는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 합산하여 신고·납부한 금액이 세법상 정당한 법인세액에 미달하는 경우에만 부과할 수 있는 것이다. (다) 법인세법과 달리 소득세법은 종합소득과 퇴직소득, 양도소득으로 구분하여 별도로 납부세액을 산정하도록 규정하고 있으므로 가산세도 별도로 산출하는 것이 타당하고, 이에 따르면 동일 과세기간에 종합소득세는 과다신고·납부한 반면 퇴직소득세는 과소신고·납부한 경우, 종합소득세와 퇴직소득세가 상쇄되지 않고 종합소득세에 대해서는 환급이, 퇴직소득세에 대해서는 가산세를 포함한 과세가 각각 이루어지게 된다. 즉, 법인세법은 소득세법과 달리 소득 유형에 따라 별도로 과세하도록 규정하고 있지 않다. (라) 그리고 현행 법인세법은 각 사업연도에 대한 법인세와 구분하여 미환류소득에 대한 법인세의 예외 사항을 규정할 필요가 있는 경우 별도의 규정을 두고 있으나 (예를 들면 법인세법 제59조 제1항이 있다.), 가산세 산정에 관해서는 이러한 예외 규정이 없다. 즉, 일반 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 구분하여 각각의 가산세를 별도로 산정해야 한다는 세법상 근거는 존재하지 않으며, 오히려 세법은 일반 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 합산한 금액을 법인세 납부세액으로 규정하고 있는 점이 조문상 명백하다. (마) 또한 법인세 신고시 미환류소득에 대한 법인세를 신고하지 않은 사례에서, 납부의무만을 규정하고 있는 토지 등 양도소득세와 달리 미환류소득에 대한 법인세는 신고의무를 별도로 규정하고 있음에도 불구하고 과세관청은 무신고 가산세가 아닌 과소신고 과산세를 부과한 사실 (조심 2017 서 2648, 2018.02.22. 참조) 에 비추어 볼 때, 과세관청 역시 일반 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 별도 세목으로 보고 있지 않은 것으로 판단된다. (2) 처분청이 제시한 서식의 상위 법령에는 가산세 계산방법에 대한 규정이 없으므로 해당 서식은 과세근거가 될 수 없다. (가) 처분청은 가산세를 구분하여 계산하여야 한다는 근거로 신고서식상 ‘ 가산세액 ’ 란이 구분되어 있기 때문이라 주장하나, 조세법률주의상 과세요건은 법률에 근거하여야 하고, 법 체계상 시행규칙은 상위 법령인 법률 또는 시행령이 위임한 사항에 대해서만 대외적인 구속력을 가질 수 있는데, 처분청이 제시한 서식인 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제3호의 상위 법령인 법인세법 제60조 제2항 제2호 및 법인세법 시행령 제97조 제4항은 신고의무만을 규정하고 있다. 즉, 해당 서식 시행규칙의 상위 법령은 가산세 계산방법과 관련하여 규정한 바가 없기 때문에, 서식은 가산세를 구분하여 계산하여 한다는 과세근거가 될 수 없다. (나) 이와 더불어 다른 신고서식인 법인세법 시행규칙 [ 별지 9 호 서식 ] 가산세액 계산서에는 별도의 신고의무가 없는 토지등 양도소득에 대하여 ‘ 신고불성실가산세 ’ 란을 두고 있다. 만약, 처분청의 주장에 따라 신고서식만을 과세요건으로 보아 과세하면 법령상 신고의무가 존재하지 않음에도 불구하고 서식에 의해 신고불성실가산세를 납부해야 하는 모순이 발생하게 된다. 현재 과세관청은 토지 등 양도소득세에 대한 법인세를 신고하지 아니한 경우 무신고가산세가 아닌 과소신고가산세가 적용된다고 해석 (서면 -2021- 징세 -8026, 2022.01.18.) 하고 있는데 이는 앞서 언급한 심판례 (조심 2017 서 2648, 2018.02.22. 참조) 와 더불어 국세기본법에 따라 전체 국세의 세액을 기준으로 법인세를 과소신고한 것으로 판단한 과세처분이며, 처분청이 주장하는 과세소득 범위별 구분과세 및 서식의 과세근거로서의 효력을 정면으로 반박하는 사례이다. (다) 법인세 서식은 과세 행정상의 편의를 위한 것일 뿐이고, 대외적인 구속력이 없어 과세 근거가 될 수 없으며, 법인세 신고서식에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세 가산세와 미환류소득에 대한 법인세 가산세를 구분하여 계산하면 청구법인과 같은 예외적인 경우에는 법률에 어긋나는 결과가 발생한다. (3) 세법 문언상 가산세는 세목을 기준으로 부과되고, 과세소득에 관한 법인세법 조항은 세목을 구분하는 기준이 될 수 없다. (가) 조세법률의 근거인 헌법 제59조는 “ 조세의 종목 (세목) 과 세율은 법률로 정한다.” 라고 규정하고 있고, 국세기본법은 가산세를 해당 국세의 세목으로 한다고 규정하고 있어, 세목을 기준으로 가산세를 부과하도록 하고 있다. (나) 처분청은 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 과세대상 및 과세방법이 상이하기 때문에 별도의 세목으로 보아야 하며, 그 근거로 과세소득에 관한 (구) 법인세법 제3조를 제시하고 있다. 우선 위 조항의 문언을 보면, 처분청 주장과 달리 오히려 미환류소득에 대한 법인세가 법인세의 일부 (즉, 하위 항목) 임을 조문에 명확히 규정하고 있는 것을 확인할 수 있다. (다) 그리고 (구) 법인세법 제3조 제1항 제4호는 2019.1.1. 시행된 개정 법인세법에서 삭제되었는데, 이는 미환류소득에 대한 법인세를 규율하는 법령이 조세특례제한법으로 완전히 이관됨에 따른 개정에 불과하고 실질에는 아무런 변동이 없으며, 미환류소득에 대한 법인세도 ‘ 각 사업연도의 소득 ’ 을 기초로 산출하도록 규정되어 있어 위 조항에 미환류소득이 열거되어 있는지 여부는 어떠한 유의미한 차이도 없음을 고려할 때, (구) 법인세법 제3조 제1항 제4호는 과세처분의 근거가 될 수 없다. (4) 미환류소득에 대한 법인세의 입법취지는 기업의 유보이익이 환원되지 않은 경우 법인세를 추가로 납부하도록 하는 것이지 별도의 세목을 창설한 것이 아니다. (가) 미환류소득에 대한 법인세 입법취지 측면에서 볼 때, 미환류소득에 대한 법인세는 임금증가 등으로 기업소득을 외부에 환원하지 않고 내부에 유보한 법인에게 법인세를 추가로 납부하게 하는 제도이지, 법인세와 별개의 새로운 세목을 창설한 것이 아니다. 미환류소득에 대한 법인세가 발생하는 경우 해당 법인세액을 추가로 납부하도록 하는 것으로 입법취지가 달성되는 것이지, 일반 법인세 가산세와 미환류소득에 대한 법인세 가산세를 구분하여 별도로 계산하는지 여부는 기업의 유보이익 환원이라는 입법취지와는 아무런 관련이 없다. (나) 처분청은 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세의 입법목적이 다르므로 별도의 세목처럼 취급하여 가산세를 별도로 계산하여야 한다고 주장하나, 법인세법은 수입배당금 익금불산입 등 익금에 관한 규정과 기부금·접대비 등 손금에 관한 규정, 유동화전문회사 등에 대한 배당소득공제 등에 관한 규정 등 법인세 산출세액에 영향을 미치는 수많은 제도를 포함하고 있고, 각각의 제도들은 고유의 입법목적을 가지고 있으므로, 입법목적을 기준으로 세목을 구분하여야 한다는 처분청 주장은 입법 목적을 달리 하는 기부금 손금불산입으로 인하여 부과되는 법인세와 접대비 한도초과로 인해 부과되는 법인세를 별도 세목으로 보아야 한다는 논리와 동일하여 아무런 근거가 없다. (다) 처분청이 제시한 판례 (대법원 2012.10.18. 선고 2010 두 12347 판결) 는 가산세의 종류별로 과세처분을 하여야 한다는 판례로 동일한 종류의 가산세를 계산할 때의 방법론에 관한 것이고, 이 건 쟁점사항과는 어떠한 유사성도 없다. 즉, 이 건의 쟁점사항은 세목을 기준으로 가산세를 산정할 것인지, 입법취지 등이 상이한 과세항목에 대하여 세목이 같더라도 이를 구분지어 가산세를 계산하여야 하는지 여부인데 반해, 처분청이 제시한 판례는 신고불성실가산세 과세처분과 납부불성실가산세 과세처분이 별도의 과세처분이라는 내용에 불과하기 때문에 이 건의 쟁점사항과는 아무런 관련이 없다. 나. 처분청 의견 (1) 미환류소득에 대한 법인세는 내국법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 추가하여 관할세무서장에게 신고･납부하는 것으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 과세소득의 범위가 상이하다. (가) 미환류소득에 대한 법인세는 기업의 유보이익이 투자 또는 임금 등을 통하여 가계의 소득으로 흘러가는 선순환 구조를 유도하려는데 그 취지가 있어 사업연도 종료일 현재 자기자본이 500 억을 초과하는 법인 등을 대상으로 한시적으로 적용하는 과세특례이다. (나) 미환류소득은 조세특례제한법제100조의 32 에 따라 내국법인이 당기 소득의 일정액 중 투자, 임금 등으로 환류하지 않은 소득이 있는 경우에 법인세액에 추가하여 관할세무서장에게 신고･납부한다. 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 같은 세목･코드를 사용하고 있으나, 이는 미환류소득에 대한 법인세 납세의무가 있는 법인들의 신고 편의를 위한 것으로 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 입법취지, 과세대상 및 과세방법이 상이하여 구별되는 것이므로 각각 별개의 과세처분이다. (다) 청구법인은 법인세법 제55조 제1항에서 법인세 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 토지 등 양도소득에 대한 법인세, 미환류소득에 대한 법인세를 합한 금액을 납부세액으로 규정하고 있다고 주장하나, 법인세법 제3조를 보면 제1호 각 사업연도의 소득, 제2호 청산소득, 제3호 토지 등 양도소득, 제4호 미환류소득은 각각 다른 종류의 소득으로 동일하게 볼 수 없어 이를 통산하여 가산세를 계산할 수 없다. (2) 청구법인이 쟁점세무조사로 납부한 가산세는 각 사업연도 소득에 대한 가산세와 미환류 소득에 대한 가산세로 나누어져 있다. (가) 법인세법 시행규칙 [ 별지 3 호 서식 ] 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 양식을 보면 각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득, 미환류소득에 대한 법인세 각 항목에 별도의 ‘ 가산세액 ’ 란을 두고 있다. 법인세법 시행규칙의 목적은 법인세법 및 법인세법 시행령에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 규정하기 위함이고, 시행규칙에 따른 신고양식은 이를 반영한 법정 서식이다. 법인세 납세의무가 있는 납세자는 상기 서식을 사용하여 법인세액을 산출하고 있으며 각 소득에 대한 가산세란이 별도로 존재함으로 이를 통산하여 계산할 수 없다. 해당 서식에서는 각 소득 (각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득 및 미환류소득) 의 과세표준에서 세율을 곱하여 산출세액을 구한 후 각 공제･감면세액을 차감하고 가산세액을 가산한 후 각 소득의 세액을 합하여 차감납부할 세액을 구하고 있다. (나) 각 법인세가 별개의 요건을 갖는 독립된 과세단위이므로 미환류소득에 대한 법인세액이 감소하였다고 하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세액이 감소하는 것이 아니다. 따라서 가산세를 감액할 수 없다. (3) 각 사업연도 소득에 대한 법인세 가산세와 미환류소득 법인세에 관한 가산세는 별개의 과세처분으로서 가산세를 통산하는 규정이 없다. (가) 청구법인은 납부하여야 할 세액과 납부세액의 차액을 기준으로 통산하여 가산세 부과여부를 결정해야한다고 주장하나, 각각의 신고･납부 불이행에 따른 가산세를 통산하여 계산하는 법률 규정은 없다. 성실신고확인서 제출 불성실 가산세를 규정한 법인세법 제75조를 보면, (각 사업연도 소득에 대한) 법인세 산출세액에 가산세율을 적용하되 토지 등 양도소득에 대한 법인세액 및 미환류소득에 대한 법인세액은 제외하도록 하고 있어 가산세 계산시 (각 사업연도 소득에 대한) 법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액은 구분하여야 하는 별개의 것임을 방증하고 있다. (나) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다 (대법원 2008.2.15. 선고 2007 두 4438 외 다수 판결). 법률의 근거 없이 가산세를 통산하여 감액하는 것은 세법을 납세자에게 유리하게 확장, 유추해석하는 것이므로 허용되지 않는 것이다. (다) 같은 세목에 관한 여러 종류의 가산세 부과처분은 종류별로 각각 별개의 처분으로 보아야한다는 것이 판례 (대법원 2012.10.18. 선고 2010 두 12347 판결) 의 입장이다. 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세의 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 한다. (4) 쟁점경정청구의 인용 여부가 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액에 영향을 미치지 않는 이상 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 관한 가산세를 환급하여야 하는 것은 아니다.

가.

각 사업연도 소득에 대한 법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액의 통산액을 기준으로 가산세 (과소신고·납부지연가산세) 를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부 나.

(1) 국세기본법 (2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. " 가산세 "(加算稅) 란 이 법 및 세법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 세법에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 제47조 (가산세 부과)

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목 (稅目) 으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의 3(과소신고·초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고 (예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다) 를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고 (이하 이 조 및 제48조에서 " 과소신고 " 라 한다) 하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고 (이하 이 조 및 제48조에서 " 초과신고 " 라 한다) 한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액 (이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 " 과소신고납부세액등 " 이라 한다) 에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1 호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100 분의 10 에 상당하는 금액 제47조의 4(납부불성실·환급불성실가산세)

① 납세의무자 (연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제 2 차 납세의무자 및 보증인을 포함한다) 가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부 (중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다) 를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부 (이하 " 과소납부 " 라 한다) 하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급 (이하 " 초과환급 " 이라 한다) 받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 (세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액 (세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납세고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100 분의 3(국세를 납세고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다) (2) 국세기본법 (2018.12.31. 법률 제 16097 로 일부개정된 것) 제47조의 4(납부지연가산세)

① 납세의무자 (연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제 2 차 납세의무자 및 보증인을 포함한다) 가 법정납부기한까지 국세 (인지세법 제8조제1항에 따른 인지세는 제외한다) 의 납부 (중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다) 를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부 (이하 “ 과소납부 ” 라 한다) 하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급 (이하 “ 초과환급 ” 이라 한다) 받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 (세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간 (납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액 (세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납세고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100 분의 3(국세를 납세고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다) (3) 법인세법 (2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제3조 (과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

(淸算所得)

55 조의 2 및 제95조의 2 에 따른 토지등 양도소득

56 조 및 조세특례제한법 제100조의 32 제2항에 따른 미환류소득 제13조 (과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100 분의 60(2018 년 1 월 1 일부터 2018 년 12 월 31 일까지 개시하는 사업연도는 100 분의 70 을 말한다) 으로 한다.

10 년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조 (각 사업연도의 소득)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금 (益金) 의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금 (損金) 의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제55조 (세율)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액 (제55조의 2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액 및 조세특례제한법 제100조의 32 에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 " 산출세액 " 이라 한다) 을 그 세액으로 한다. 제56조 (기업의 미환류소득에 대한 법인세)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득 (제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다) 에 100 분의 10 을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인 (대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나의 방법을 선택하여 산정한 금액 (산정한 금액이 양수인 경우에는 " 미환류소득 " 이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 " 초과환류액 " 이라 한다. 이하 이 조에서 같다) 을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3 개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(2017 년 12 월 31 일이 속하는 사업연도까지를 말한다) 의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득 (이하 이 조에서 " 기업소득 " 이라 한다) 에 100 분의 60 에서 100 분의 80 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자 (이하 이 조에서 " 상시근로자 " 라 한다) 의 해당 사업연도 임금증가금액에 다음의 계산 방법으로 산출된 금액을 합계한 금액 1) 해당 사업연도 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 상시근로자에 대한 임금증가금액에 100 분의 50 을 곱한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년 상시 근로자 (이하 이 조에서 " 청년상시근로자 " 라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년상시근로자 수보다 증가한 경우에는 해당 사업연도의 청년상시근로자에 대한 임금증가금액에 100 분의 50 을 곱한 금액 다. 대통령령으로 정하는 배당 합계액에 100 분의 50 을 곱한 금액 라. 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액 제60조 (과세표준 등의 신고)

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3 개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 (또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서 (이하 " 세무조정계산서 " 라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 제64조 (납부)

① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액 (가산세는 제외한다) 을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

63 조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

69 조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

73 조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액 제75조 (성실신고확인서 제출 불성실 가산세)

① 제60조의 2 제1항에 따른 성실신고 확인대상인 내국법인이 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4 개월 이내에 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

(제55조의 2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 조세특례제한법 제100조의 32 에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다. 이하 이 조, 제75조의 2 부터 제75조의 9 까지의 규정에서 같다) 의 100 분의 5

1 만분의 2 (4) 법인세법 시행령 (2018.2.13. 법률 제28640호로 일부개정된 것) 제97조 (과세표준의 신고)

① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액 (법 제55조의 2 의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

④ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (5) 법인세법 시행규칙 (2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 일부개정된 것) 제82조 (서식)

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다.

97 조 제2항의 규정에 의한 별지 제1호서식의 법인세 과세표준 및 세액신고서

97 조 제4항에 따른 별지 제3호서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 (6) 조세특례제한법 (2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것) 제100조의 32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득 (제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다) 에 100 분의 20 을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인 (대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액 (산정한 금액이 양수인 경우에는 " 미환류소득 " 이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 " 초과환류액 " 이라 한다. 이하 이 조에서 같다) 을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3 개월 (법인세법 제76조의 17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4 개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(2020 년 12 월 31 일이 속하는 사업연도까지를 말한다) 의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득 (이하 이 조에서 " 기업소득 " 이라 한다) 에 100 분의 60 부터 100 분의 80 까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자 (이하 이 조에서 " 상시근로자 " 라 한다) 의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액 다. 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제2조제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100 분의 300 을 곱한 금액

100 분의 10 부터 100 분의 20 까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목 (가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다) 의 합계액을 공제하는 방법 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 OO지방국세청장의 쟁점세무조사 결과에 따라 앞서 본 위 < 표 1> 과 같이 2018 사업연도부터 2020 사업연도까지 법인세 합계 OOO 원 (가산세 합계 OOO 원 포함) 을 경정·고지하였는데, 각 사업연도소득에 대한 법인세 및 가산세의 세부 경정내역은 아래 < 표 2> 와 같다. < 표 2> 각 사업연도소득에 대한 법인세 및 가산세의 세부 경정내역 (2) 쟁점경정청구는 미환류소득 계산시 임금증가액 산정방법에 관한 것으로 쟁점세무조사의 각 사업연도 소득 경정의 사유와는 별개의 사안임에는 양측의 다툼이 없다. (3) 이 건 쟁점과 관련한 법인세법 시행규칙 별지 1 호, 3 호 및 9 호 서식은 각 아래와 같다. < 법인세법 시행규칙 별지 제1호 서식 > < 법인세법 시행규칙 별지 제3호 서식 > < 법인세법 시행규칙 별지 제9호 서식 > (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이고, 가산세는 본세의 산정방법과 달리 거래금액·산출세액·외형금액·미납금액 등에 일정한 비율 등을 곱하여 산정되는 등 가산세의 부과처분은 별개의 독립된 부과처분에 해당한다 (대법원 2004.10.15. 선고 2003 두 7064 판결, 같은 뜻임). (나) 청구법인은 법인세 가산세는 각 사업연도소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세를 합산한 금액을 기준으로 신고·납부할 세액이 정당한 세액에 미달하는 경우에만 부과할 수 있는데, 청구법인의 경우 최초 신고·납부한 세액이 정당한 세액을 초과하므로 가산세 과세대상이 될수 없다고 주장하나, 쟁점가산세 중 신고불성실가산세의 경우 조세특례제한법 제100조의 32 에 따른 미환류소득에 대한 신고의무와는 별도로, 법인세법 제60조에 따라 법인세 신고시 ‘ 쟁점세무조사시 적출된 사항 ’ 을 포함하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고할 의무가 있었음에도 이를 누락한 것이므로 이후 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세 계산방법의 변경에 따른 경정청구로 인해 법인세가 환급되었다 하더라도, 이는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 관련이 없는 별개의 사항인 것으로 보이는 점, 미환류소득에 대한 법인세 경정청구로 인한 환급세액이 세무조사로 인한 각 사업연도 소득에 대한 법인세 추징세액을 초과한다는 사유를 들어 신고불성실가산세 부과대상에서 제외할 경우, 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세의무자에게 부과하는 행정상 제재인 가산세의 성격에 부합하지 않는 결과에 이르게 되는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구 중 신고불성실가산세의 환급을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 그러나, 쟁점가산세 중 납부지연가산세의 경우 국세기본법 제47조의 4 의 규정에 따르면, 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 과소납부분 세액을 기준으로 계산한 산식에 따라 납부지연가산세를 부과하는 것으로 규정되어 있는바, 가산세 부과 기준이 되는 법인세액은 법인세법상 납부세액을 의미한다고 보아야 하고, 법인세 납부세액은 산출세액을 기초로 계산되는데, 이때의 법인세 산출세액은 각사업연도 소득에 대한 법인세액에 미환류소득에 대한 법인세액을 포함하여 계산하도록 되어 있으므로, 이 건의 경우 과소납부한 세액은 없어 보이는 점, 청구법인이 납부하여야 할 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 과소납부하였다고 하더라도 다른 (미환류) 소득에 대한 법인세를 과다납부를 한 결과, 법인세 전체에 대한 정당한 납부세액이 같거나 이를 넘어서는 경우에 과다납부한 부분은 무시하고 과소납부한 부분만을 들어 납부지연가산세를 부과하는 것은 납세자에게 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구 중 납부지연가산세의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 (조심 2024 서 2136, 2025.3.18., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의 2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정