조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점주식이 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 따라 누진세율 적용되는 주식에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-서-5167 선고일 2025.06.17

처분청이 쟁점주식을 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따라 누진세율 적용되는 주식에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인 a 및 그의 배우자 청구인 b(이하 청구인 a과 함께 “청구인들”이라 한다)는 코스닥 상장법인인 A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 총 14,162,000주(지분율 74.82%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 소유한 주주로서, 청구인 a은 2023.4.14. 쟁점주식 중 1,200,000주를 양도하고(장내거래), 청구인들은 2023.11.10. 쟁점주식 중 나머지 12,962,000주(a 11,408,030주, b 1,553,970주)를 전량 양도(장외거래)하였다.
  • 나. 청구인들은 쟁점주식을 2024.1.31. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 ‘부동산과다보유법인의 과점주주가 보유하는 주식’(이하 “특정주식”이라 한다)으로 보고 쟁점주식 양도에 대하여 소득세법 제55조 제1항 에 따른 누진세율(최고세율 45%)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다.
  • 다. 이후 청구인들은 2024.4.30. 쟁점주식을 소득세법제104조 제1항 제11호 가목 2)에 따른 ‘대주주가 양도하는 주식’으로 보아 25%의 단일 세율을 적용하여 청구인 a은 OOO원, 청구인 b는 OOO원의 각 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 2024.6.28. 이를 거부하였다.
  • 라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.8.30. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 유가증권시장 등 금융상품이 유통되는 시장에 등록되어 기관 및 개인 투자자들이 공개적으로 매매할 수 있는 상장회사의 주식을 양도하는 경우라도 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에서 정하는 특정주식의 양도에는 소득세법 제55조 제1항 에 의하여 최고 45%의 누진세율을 적용하고, 반면에 소득세법제94조 제1항 제3호에서 정하는 일반적인 상장주식의 대주주가 보유하는 주식(이하 “일반주식”이라 한다)의 양도에는 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목에 의하여 20% 또는 25%의 세율을 적용한다. 이와 같이 상장회사의 주식 양도에 관하여 특정주식에 해당하면 세율을 다르게 적용하는 것은 합리적 근거 없이 차별 취급하는 것이므로 헌법상 조세평등주의 원칙을 위반한 것이다. 상장주식의 시장가격과 부동산의 시장가격 사이에는 객관적인 연관성이 존재하지 않는다. 상장법인의 주식 가격은 해당 법인의 부동산 자산 비율 보다는 법인의 영업이익 등 과거 실적 및 미래 전망에 기반하여 주식시장에서의 자유로운 주식거래에 따라 결정되는 것이므로 해당 법인의 자산에서 부동산 보유 비율이 높다는 이유만으로 부동산의 양도와 동일하게 보아 소득세법 제55조 제1항 에 의하여 최고 45%의 누진세율을 적용하는 것은 불합리하게 차별하는 것이다. 또한, 우리나라 부동산 가격은 경제 여건이나 정부의 부동산 정책에 따라 급변하는 경향이 있어서 법인의 자산총액에서 부동산 가액이 차지하는 비율이 급격하게 변동하는 경향이 있다. 법인의 사업 현황 이외의 우연한 사정에 의하여 주식 양도소득세에 적용되는 세율을 다르게 적용하는 것은 불합리하다.

(2) 특정주식 양도소득을 부동산 양도소득과 동일하게 취급하여 누진세율을 적용하도록 한 취지는, 조세부담의 형평을 실현함으로써 법인을 도관으로 이용하여 부동산 양도소득에 대한 조세를 회피하는 행위를 방지하려는 것이다(헌법재판소 2011.3.31. 선고 2009헌가22 전원재판부 결정). 부동산과다보유법인의 대주주가 법인의 부동산을 직접 소유하고 양도한 것과 동일하게 볼 수 있는 경우, 즉 대주주가 상장주식을 양도함으로써 얻게 되는 수익이 상장법인을 도관으로 이용하여 부동산 양도소득에 대한 조세를 회피하려는 것과 동일한 경우에 한하여 소득세법 제55조 제1항 에 의하여 최고 45%의 누진세율을 적용하여야 한다. 소득세법제94조 제2항에서 같은 조 제1항 제3호와 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다고 규정하고 있지만, 위 과세 목적에 비추어 예외적인 경우가 인정되어야 한다. 소득세법제94조 제2항의 적용에서 예외적인 경우를 인정하지 않는다면 헌법상 재산권을 침해할 여지가 있다. 이 건의 경우 쟁점법인의 사옥 임차료 비용을 줄이고자 사옥을 구입함으로써 부동산과다보유법인으로 분류하게 되었고, 청구인들은 쟁점법인을 도관으로 이용하여 부동산을 직․간접적으로 소유하였다가 양도한 경우에 해당하지 않는다.

(3) 소득세법(2000.12.29. 법률 제6292호로 개정된 것) 제94조 제2항은 2001.1.1. 시행되었는데, 개정이유를 표명하지 않았다. 이는 합리적 검토 없이 개정됨으로써 조세평등주의를 침해하는 과도한 입법권의 재량 남용에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점법인은 2022사업연도 종료일 기준 법인의 자산총액 중 부동산 등이 차지하는 비율이 72%이고, 청구인들은 쟁점법인의 지분율이 74.82%를 소유하고 있었으며, 청구인들은 2023.11.10. 과점주주 외의 자에게 12,962,000주를 양도함으로써 그 양도비율이 50% 이상이 되었다. 소득세법제94조 제2항에서는 같은 조 제1항 제3호의 일반주식 양도소득과 같은 조 제1항 제4호의 특정주식 양도소득에 모두 해당하는 경우에는 같은 조 제1항 제4호를 적용하도록 규정하고 있으므로 이 건 처분은 타당하다.

(2) 입법자는 주식 양도에 대하여 모든 과세대상을 동일하게 취급할 것인가, 특정 대상을 구별하여 중과세할 것인가는 광범위한 입법권의 재량을 갖는다. 헌법재판소 결정에서도 특정주식과 일반주식을 구별하여 주식 발행 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황, 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산에 대하여 부동산 또는 부동산에 대한 권리에 준하여 양도소득세를 과세함으로써 조세부담의 형평을 실현하기 위한 것이라고 판시함으로써 합헌 결정을 하였다(헌법재판소 2011.3.31. 선고 2009헌가22 전원재판부 결정). 또한, 대법원에서도 특정주식의 양도에 관하여 주식소유비율 요건, 부동산등보유비율 요건, 주식양도비율 요건을 규정한 소득세법 시행령 제158조 에 대하여 헌법상 과잉금지의 원칙, 과세평등의 원칙, 국세기본법상 실질과세의 원칙에 위배되지 않는다고 판시하였다(대법원 2018.1.31. 선고 2017두66114 판결). 따라서 소득세법제94조 제2항에서는 같은 조 제1항 제3호 주식등의 양도로 발생하는 소득과 같은 조 제1항 제4호 기타자산의 양도로 발생하는 소득에 모두 해당하는 경우에는 같은 조 제1항 제4호를 적용하도록 규정하였는바, 위 규정이 헌법에 위배된다는 결정이 없었으므로 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주식이 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 따라 누진세율이 적용되는 주식에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 개정된 것) 제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 종합소득 과세표준 세율 1,400만원 이하 과세표준의 6퍼센트 1,400만원 초과 5,000만원 이하 84만원 + (1,400만원을 초과하는 금액의 15퍼센트) 5,000만원 초과 8,800만원 이하 624만원 + (5,000만원을 초과하는 금액의 24퍼센트) 8,800만원 초과 1억 5천만원 이하 1,536만원 + (8,800만원을 초과하는 금액의 35퍼센트) 1억 5천만원 초과 3억원 이하 3,706만원 + (1억 5천만원을 초과하는 금액의 38퍼센트) 3억원 초과 5억원 이하 9,406만원 + (3억원을 초과하는 금액의 40퍼센트) 5억원 초과 10억원 이하 1억7,406만원 + (5억원을 초과하는 금액의 42퍼센트) 10억원 초과 3억8,406만원 + (10억원을 초과하는 금액의 45퍼센트) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (중략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, 상법 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

  • 나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제283조 에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업 (이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (중략)

  • 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 “과점주주”라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액

2. 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다. (중략)

② 제1항 제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60) (중략)

11. 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목에 따른 자산

  • 가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 주식등

1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등 양도소득 과세표준 세율 3억원 이하 20퍼센트 3억원 초과 5천만원 + (3억원 초과액 × 25퍼센트) (2) 소득세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 개정된 것) 제158조(과점주주의 범위 등) ① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주”란 법인의 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우 그 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주(이하 “과점주주”라 한다)를 말한다.

② 법 제94조 제1항 제4호 다목은 과점주주가 주식등을 과점주주 외의 자에게 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우로서 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급해 3년 내에 과점주주가 양도한 주식등을 합산해 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 양도하는 경우에도 적용한다. 이 경우 법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는지는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날 현재의 해당 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 과점주주가 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 과점주주 외의 자에게 양도한 주식등 중에서 양도하는 날(여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에는 그 양도로 양도한 주식등이 전체 주식등의 100분의 50 이상이 된 날을 말한다)부터 소급해 3년 내에 해당 법인의 과점주주 간에 해당 법인의 주식등을 양도한 경우를 말한다. 이 경우 제2항을 준용한다.

④ 법 제94조 제1항 제4호 다목ㆍ라목 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 및 사목에 따른 무형자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ대여금 및 기획재정부령으로 정하는 금융재산의 합계액

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점법인은 2005.10.26. 설립하여, IT디바이스의 커버, 무선충전기, 이어폰 케이스와 같은 웨어러블 액세서리 제품을 제조 및 판매업을 영위하고 있으며, 2022.1.3. B 주식회사(코스닥 상장회사, 합병법인)와 합병하였다. (나) 청구인 a은 2012.1.경부터 쟁점법인의 대표이사로 재직하면서, 위 합병을 통해 교부받은 주식 12,573,030주 및 2022.8.26.~2022.9.7. 장내 거래로 취득한 주식 35,000주, 합계 총 12,608,030주를 보유하여 쟁점법인의 최대주주가 되었으며, 청구인 b가 보유한 주식 1,553,970주를 합하여 청구인들의 지분비율은 74.82%[쟁점법인의 총 발행주식 18,927,000주 중 14,162,000주(쟁점주식)]이다. (다) 청구인 a은 2023.4.14. 장내거래로 쟁점주식 중 1,200,000주를 OOO원(주당 OOO원)에 매도하고, 청구인들은 2023.9.25. 특수관계없는 주식회사 C 외 3개사에 쟁점주식 중 12,962,000주를 OOO원(주당 OOO원)에 매도하는 계약을 체결하여 2023.11.10. 전량 매도하였다. 이에 청구인들은 쟁점주식을 특정주식에 해당한다고 보아 청구인 a은 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 과세표준 OOO원에 대하여 누진세율(최고세율 45%)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을, 청구인 b는 쟁점주식의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 과세표준 OOO원에 대하여 누진세율(최고세율 45%)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다. (라) 청구인들은 2024.4.30. 처분청에 소득세법제104조 제1항 제11호 가목 2)에서 정하는 ‘대주주가 양도하는 주식’에 적용되는 25% 단일세율을 위 과세표준에 적용하여 산출한 세액에서 기 신고 납부한 금액의 차액인 청구인 a은 OOO원, 청구인 b는 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. (마) 쟁점법인의 2022사업연도 재무제표에 따르면 자산총액이 OOO원이고, 토지 및 건물 가액이 OOO원으로 자산총액 중 부동산이 차지하는 비율이 72.27%이며, 2023년 1분기말 재무제표에 따르면 자산총액이 OOO원이고, 토지 및 건물 가액이 OOO원으로 자산총액 중 부동산이 차지하는 비율이 68.14%이다. (바) 청구인들이 쟁점주식을 최초 양도 당시(2023.4.14.) 쟁점법인이 부동산과다보유법인이라는 점, 청구인들이 쟁점법인의 과점주주에 해당하는 점, 쟁점주식의 양수인이 청구인들과 특수관계가 없다는 점 등에 대해서는 청구인들과 처분청 간에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제158조에서 정한 요건, 즉 ① 부동산등보유비율 요건(법인의 자산총액 중 부동산과 그에 관한 권리 가액의 합계액이 50% 이상일 것), ② 주식소유비율 요건(법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인 및 그 특수관계인이 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 50% 이상일 것), ③ 주식양도비율 요건(그 주주 1인 및 특수관계인이 그 법인의 주식 등의 합계액의 50% 이상을 타인에게 양도하는 경우일 것)을 모두 충족한 경우 최고 45% 세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우, 청구인들은 쟁점법인의 주식소유비율이 74.82%인 상태에서 2023.4.14. 쟁점주식중 120만 주를 장내거래로 매도하는 한편, 2023.11.10. 특수관계 없는 주식회사 C 외 3개사에 쟁점주식 중 나머지 12,962,000주를 매도함으로써 주식을 수회에 걸쳐 양도하였는바, 위 주식소유비율 요건(②) 및 주식양도비율 요건(③)의 판정 시점은 소득세법 시행령 제158조 제2항 에 따라 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날이므로 2023.4.14. 기준 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 등 자산가액의 합계액이 차지하는 비율은 50% 이상에 해당하므로 부동산등보유비율 요건(①)을 모두 충족하고 있는 점, 소득세법 제94조 제2항 에서 제1항 제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용하도록 규정한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주식을소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따른 특정주식으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)