조세심판원 심판청구 양도소득세

당초 매매계약에 따라 1세대1주택에 해당하는 쟁점주택을 멸실하고 이를 승계한 매매계약에 따라 그 부수토지인 쟁점토지를 양도한 것이므로 1세대1주택 비과세가 적용되어야 한다는 청구구장의 당부

사건번호 조심-2024-서-4878 선고일 2024.11.12

당초 매매계약서에 따르면 잔금지급일인 ...까지 사업이 이행되지 않은 때에는 매매계약을 무효로 한다고 되어 있고 실제 사업이 이행되지 않았으며 ..**. 매매계약을 다시 체결한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2023.3.20. 주식회사 a(이하 “a”이라 한다)에게 서울특별시 관악구 OOO 토지(신탁재산, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도하고, 2023.5.31. 토지의 양도세율 45%를 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
  • 나. 한편, 청구인은 2008.5.25. b, 2018.10.11. 주식회사 c(이하 “c”이라 한다)과 사이에, 쟁점토지와 그 지상에 있는 주택(1세대 1주택, 이하 “쟁점주택”이라 하고, 쟁점주택과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 매매하는 내용의 부동산 매매계약을 각 체결하였고, 2023.3.15. a과 쟁점토지를 OOO원(계약금 OOO원, 잔금 OOO원)에 매매하기로 하면서, 잔금은 전시행사가 집행한 금액(OOO원)을 차감하고, 양도소득세 중 OOO원은 매수인이 부담하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하였다.
  • 다. 청구인은 ① 위와 같이 부동산 매매계약에 따라 쟁점주택을 멸실하고 그 부수토지인 쟁점토지를 양도한 것이므로 토지의 양도가 아닌 1세대 1주택 비과세(고가주택) 규정이 적용되어야 하고, ② 매수인이 부담하기로 한 양도소득세 중 OOO원도 지급받지 못하였으므로 양도가액에서 제외되어야 한다며, 2024.4.5. 양도소득세 OOO원의 환급을 경정청구하였으나, 처분청은 청구인이 신탁재산(쟁점토지)의 수익권을 양도한 것으로 보고(세율 25%) 2024.6.21. 그 차액인 양도소득세 OOO원을 환급결정하고 나머지 경정청구는 거부통지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2008년에 최초로 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였으나 매매대금을 정산하지 못하였고, 그 과정에서 쟁점주택을 멸실하고 부수토지인 쟁점토지를 양도하게 된 것이므로, 신탁수익권의 양도가 아닌 1세대 1주택 비과세(고가주택) 대상으로 보아야 한다. (가) 청구인은 쟁점부동산을 개발하기로 하고 2016.9.26. d, e 등과 공동사업자로 등록하였고, 이에 따라 2018년말 쟁점부동산에 대하여 담보신탁 계약이 진행되었으며, 이후 쟁점주택이 멸실됨에 따라 담보신탁은 관리신탁으로 변경되었다. 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 신탁 계약관계를 정리하기 위하여 신탁수익권 양도 계약서 등을 작성한 것일 뿐, 신탁수익권을 양도한 것이 아니다. (나) 쟁점부동산과 관련하여, 청구인(매도인)은 2008.5.25. 최초로 b(매수인)과 사이에 매매계약을 체결하고, 아래 <표>와 같이 매매대금 OOO원 중 OOO원을 지급받았다. <표> 매매대금 수령 내역 (단위: 천원) (다) 당시, OOO 사태 등으로 자금조달이 원활하지 나머지 매매대금을 지급받지는 못하였지만, 건축관련 행정절차는 진행되었고, 2015.9.25. 쟁점부동산과 그 주변 부지 위에 근린생활시설과 오피스텔 165호를 신축하는 내용의 건축허가를 받았다. (라) 2018.10.11. 시행사를 c으로 변경하고 쟁점부동산을 시행사에 OOO원에 양도하는 내용의 매매계약을 체결하면서, 기존에 매수인으로부터 지급받은 금액(OOO원)은 계약금으로 대체하기로 하였고(중도금 OOO원, 잔금 OOO원), 2018.10.11. 중도금을 청구인 계좌로 지급받았다. (마) 2018.12.31. c, 청구인 및 d, e 등을 신탁원본 및 신탁수익의 수익자 및 위탁자로 하는 담보신탁계약을 체결하였고, 청구인은 사업의 진행을 위하여 쟁점주택을 멸실하였다. (바) 그러나, c도 여러 사정으로 사업을 종결하지 못하였으며, 이에 청구인과 a은 2020.12.18. 공동사업 약정을 체결하면서, 기존에 매수인으로부터 지급받은 OOO원을 매매대금 일부로 인정하였다. 즉, a은 건축허가 등의 행정절차 및 자금 정산의 편의를 위하여 c의 지위를 승계하였다. (사) 2023년 3월 쟁점토지 등 사업부지에는 오피스텔 154세대가 신축되었고, 이해당사자들은 권리관계를 정리하기 위하여 매매계약서 및 신탁수익권 변경 계약서를 작성하였다. (아) 기획재정부 재산세제과-1322(2022.10.21.)에 따르면, 1세대 1주택 비과세 주택을 판단하는 기준일은 개정 전 소득세법 집행기준 89-154-12에 따라 계약서 작성일을 기준으로 판단할 수 있다고 되어 있으므로, 쟁점토지의 양도에 대하여는 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다.

(2) 2023년 매매계약서를 작성할 당시의 부동산 현황은 토지였으므로 매매거래 신고 등을 위하여 토지의 양도로서 계약서를 작성하였고, 이에 따라 양도소득세 중 OOO원을 매수인이 부담하기로 하였으나, 이를 현재까지도 지급받지 못하였다. 따라서 동 금액은 청구인이 신고한 양도가액에서 제외되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 매매계약이 승계된 것이라고 주장하나, 당초 매매계약서상 특약사항에는 매도인의 책임 하에 쟁점건물을 철거한다는 특약사항이 없을 뿐만 아니라, 2018년 c과 작성한 계약서 특약사항에는 “2019.10.30.까지 별도 공동사업계약서의 내용이 이행되지 않으면 무효(해제)되며 계약금 및 중도금은 매수인에게 반환한다”고 되어 있으므로 청구인이 c에게 지급(반환)할 금액을 a이 대신 변제하였을 가능성을 배제할 수 없는 점, 매수인이 잔금 지급채무를 이행하지 아니하여 매도인이 매매계약을 해제하였다면 그 매매계약은 효력이 소급하여 상실되었다고 할 것이고(대법원 2014.7.24. 선고 2014두6739 판결), 사업의 양수란 양수인이 양도인으로부터 그의 모든 사업시설뿐만 아니라 영업권 및 그 사업에 관한 채권, 채무 등 일체의 인적, 물적 권리와 의무를 양수함으로써 양도인과 동일시되는 정도로 법률상의 지위를 그대로 승계하는 것을 의미하는 것이므로(대법원 2014.11.27. 선고 2011두9904 판결) 단지 계약서 상에 이전에 받은 계약금을 인정하기로 했다는 사실만으로 계약의 주체인 a이 c의 권리와 의무를 포괄적으로 승계하였다고 보기도 어려운 점 등을 고려하면, 청구인의 주장은 이유 없다. 당초에 사실관계를 오인하여 쟁점토지의 신탁수익권을 양도한 것으로 보았으나, 쟁점토지 자체를 양도한 것으로 보아야 한다.

(2) 양도소득세 등을 매수자가 부담하기로 약정하고 이를 지급하였을 경우 매도자는 그 상당액을 포함한 금액을 양도가액으로 보는 것이며, 해당 금액을 수령하지 못하였다 하더라도 장래에 회수하는 것이 불가능한 경우 양도가액에서 공제하는 것인데, 경정청구 시 제출한 a 대표자 진술서와 a 회계감사 시 청구인에게 보낸 채권채무 조회서(2023.12.31. 현재)의 내용만으로는 청구인이 해당 금액을 지급받지 못하였거나 장래에 회수불가능함이 객관적으로 확인된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 당초 매매계약에 따라 1세대 1주택에 해당하는 쟁점주택을 멸실하고 이를 승계한 매매계약에 따라 그 부수토지인 쟁점토지를 양도한 것이므로 1세대 1주택 비과세(고가주택)가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

② 매수인이 부담하기로 한 양도소득세액 OOO원을 지급받지 못하였으므로 동 금액은 양도가액에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법률 등 (1) 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

6. 신탁의 이익을 받을 권리(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제110조 에 따른 수익증권 및 같은 법 제189조에 따른 투자신탁의 수익권 등 대통령령으로 정하는 수익권은 제외하며, 이하 “신탁 수익권”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득. 신탁 수익권의 양도를 통하여 신탁재산에 대한 지배ㆍ통제권이 사실상 이전되는 경우는 신탁재산 자체의 양도로 본다. 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. (2) 소득세법 집행기준 89-154-12(매매특약이 있는 주택의 1세데 1주택 비과세 판정) 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인(매도인)과 b(매수인)은 2008.5.25. 쟁점부동산을 OOO원에 매매하기로 하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하였으나 계약 미이행을 원인으로 동 매매계약은 해제되었다. 매매계약서에 의하면 계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원으로 되어 있으며, 청구인은 매매대금 중 OOO원을 지급받았다고 주장한다(위 <표> 참고).

(2) 한편, 청구인(갑)은 2016.9.26. d(을) 및 e(병)와 사이에, 쟁점토지 등 일원에 오피스텔을 신축하는 사업을 공동으로 영위하기로 하는 동업계약을 체결하고, 공동사업자로 등록하였다(지분: 갑 40%, 을 30%, 병 30%).

(3) 이후 청구인은 2018.10.11. c과 공동사업 계약을 체결하였고, 같은 날 쟁점부동산을 OOO원에 매매하기로 하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하였으나, 동 매매계약 또한 계약 미이행을 원인으로 해제되었다. 매매계약서에 의하면 계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원으로 되어 있으며(청구인은 중도금 OOO원을 지급받았다고 주장함), 특약사항에는 잔금지급일인 2019.10.30.까지 공동사업계약이 이행되지 않는 때에는 매매계약을 무효(해제)로 하고, 매도인은 계약금과 중도금을 매수인에게 반환한다고 되어 있다.

(4) 건축물 철거·멸실 신고필증(2024.3.7. 서울특별시 관악구청장)에 의하면, 청구인은 2019.3.4.부터 2019.4.30.까지의 기간에 쟁점주택을 철거하는 것으로 신고하였고, 폐쇄등기부등본상 쟁점주택의 멸실등기일은 2021.5.26.로 기재되어 있다.

(5) 한편, a(갑)과 청구인(을)은 2020.12.18. 공동사업 계약을 체결하였고, 동 사업계약서에 의하면, 을은 사업지 소유 토지를 제공하고 갑은 위 사업을 시행 및 시공하며(제1조), 공사비는 갑 또는 을이 지정한 자가 금융권으로부터 프로젝트 파이낸싱으로 조달하고(제3조), 갑은 본 계약과 동시에 본 사업을 원할히 진행하기 위하여 중도금으로 OOO원을 을에게 지급하되, 본 건에 관련된 매매계약 및 공동사업 계약이 해지(해제) 되었을 때에는 을은 계약금 및 중도금을 갑에게 반환한다고 되어 있다(특약사항 제2조 및 제4조).

(6) 청구인(매도인)은 2023.3.15. a(매수인)과 쟁점토지를 OOO원에 매매하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하였는데, 동 매매계약서에 의하면, 매매대금은 계약금 OOO원, 잔금 OOO원으로 되어 있고(제1조), 특약사항에는 잔금은 사업추진을 위하여 전시행사가 기집행한 금액(OOO원)을 차감하여 지불하고, 잔금일은 상호 협의하에 조정할 수 있으며, 본 매매로 인해 발생하는 양도소득세 중 OOO원은 매수자가 부담한다고 되어 있다.

(7) 청구인은 2024.5.17. 위 잔금 미납과 관련하여 내용증명을 발송하였고, 이에 대한 a의 답변 내용은 다음과 같다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구인은 c과의 매매계약에 따라 1세대 1주택에 해당하는 쟁점주택을 멸실하였고 동 계약을 승계한 a과의 매매계약에 따라 그 부수토지인 쟁점토지를 양도한 것이므로 1세대 1주택 비과세(고가주택)가 적용되어야 한다고 주장하나, 청구인과 c은 2018.10.11. 쟁점토지 등 일원에 오피스텔을 신축하는 내용의 공동사업계약을 체결하면서 쟁점토지가 포함된 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결한 점, 동 매매계약서에 의하면 잔금지급일인 2019.10.30.까지 공동사업계약이 이행되지 않은 때에는 매매계약을 무효(해제)로 한다고 되어 있는데, c과의 공동사업계약은 이행되지 않은 점, 이후 청구인은 2020.12.18. a과 공동사업계약을 다시 체결하였고, 동 사업을 추진하는 과정에서 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 점, 동 매매계약을 보면 공동사업의 추진을 위하여 전시행사가 기집행한 금액(OOO원)을 잔금에서 차감하여 지불하기로 합의한 것으로 되어 있을 뿐, 계약금액 감액의 사유가 객관적으로 나타나지 않는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 청구인은 매수인(a)이 부담하기로 한 양도소득세 상당액 OOO원을 지급받지 못하였으므로 동 금액은 양도가액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 양도대금 중 일부를 미수령하였다고 하더라도 장래에 회수가 가능하다면 이를 양도가액에서 제외할 수는 없다고 할 것인데, 위 내용증명 내용에 의하면 매수인이 당초 부담하기로 약정한 금액에 대한 지급 의사를 가지고 있는 것으로 나타나므로, 동 금액이 회수불능이 됨으로써 종국적으로 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)