1세대3주택(쟁점주택, 대체주택, 장기임대주택)을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인들은 2010.6.10. 서울특별시 OO구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매매로 취득(각 지분 1/2씩 취득)하여, 2018.9.18. 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2018.10.29. 청구인들은 양도가액 중 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 대해 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 규정된 ‘일반세율’을 적용하고, 같은 법 제95조 제3항에 따른 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 이후 청구인들은 양도일(2018.9.18.) 현재 아래 <표1>같이 주택들을 보유한바, 소득세법 제104조 제7항 에 따른 조정대상지역 내 다주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것으로 보아, 일반세율에 20%를 더한 ‘중과세율’을 적용하는 한편, ‘장기보유특별공제’도 배제하여 2020.7.20. 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부하였다. <표1> 쟁점주택 양도일(2018.9.18.) 현재 청구인들의 주택보유 현황
• 다. 이후 청구인들은 2023.9.4. 수정신고 전 당초 신고한 내용과 동일하게 쟁점주택의 양도차익에 대해 일반세율을 적용하고, 장기보유특별공제도 적용하여 수정신고시 추가 납부한 양도소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 2024.5.2. 일반세율의 적용은 적정하나, 장기보유특별공제는 적용할 수 없는 것으로 보아, 청구인들의 경정청구를 일부인용(환급세액 OOO원)하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 양도세 중과대상 규정과 장기보유별공제 규정은 별개의 규정이므로 양도세 중과대상도 장기보유특별공제 적용배제대상 자산으로 열거되어 있지 않으면, 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유특별공제를 적용받을 수 있고, 이러한 사례는 비사업용토지 사례를 통해 확인할 수 있다. 개정 전에는 소득세법 제95조 제2항 에서 비사업용토지에 대한 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 있었기 때문에 양도세 중과세율이 적용되고, 장기보유특별공제도 적용받지 못했었다. 하지만 양도 당시 소득세법 제95조 제2항 에서 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 없어 같은 법 제104조 제1항 제8호에 해당하는 비사업용토지의 경우라도 세율은 제55조 제1항에 따른 세율에 10%를 가산하여 중과 하지만 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 따라서 쟁점주택은 소득세법 시행령 제167조의3 에 의한 양도세 중과대상이 맞지만 양도세 중과대상이라도 장기보유특별공제 배제대상 자산으로 열거되어 있지 않으면 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. (2) 소득세법 제95조 제2항 의 적용대상과 같은 조 제3항의 적용대상은 겹치지 않는 별개의 자산이므로 소득세법 제95조 제2항 의 차용규정 없이 같은 법 제95조 제3항의 규정을 적용할 수 없다. 소득세법 제95조 제3항 의 적용대상은 같은 법 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권만이 대상이므로 소득세법 제95조 제3항 의 적용자산 여부가 먼저 선택되고, 적용대상이 아니면 같은 법 제95조 제2항의 적용대상 여부를 검토하게 되므로 소득세법 제95조 제3항 의 적용자산이면서 동시에 같은 법 제95조 제2항의 적용자산이 되는 경우는 없다. 즉, 소득세법 제95조 제3항 의 적용자산과 같은 법 제95조 제2항의 적용자산은 겹치지 않는 별개의 자산이다. 따라서 소득세법 제95조 제2항 의 적용대상자산과 다른 별개의 자산인 같은 법 제95조 제3항의 적용자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제할 수 없다. (3) 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유특별공제에 관한 부분만을 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 양도차익과 장기보유특별공제를 함께 규정하고 있어, 제3항의 본문에서 양도세 중과대상에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 사실을 명확하게 규정하지 않는다면, 대통령령에 의한 양도차익 계산대상에서도 배제되는 문제가 발생한다. 만약 같은 법 제104조 제7항 각호의 자산을 제95조 제3항의 장기보유특별공제 대상에서 배제하려면, 제3항에서 적용자산에서 제외하는 규정을 두었어야 한다. 그런데, 제3항 본문의 적용대상 자산은 “제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산”이고 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 양도세가 중과되지 않으므로 “제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택”과 같이 제한하면 되는데, 이렇게 제한할 경우, 소득세법 제95조 제3항 은 양도차익 및 장기보유특별공제액을 계산을 함께 대통령령으로 위임하고 있으므로 장기보유특별공제 계산대상에서 제외되는 것이 아니라 양도차익 및 장기보유특별공제액의 위임대상에서 모두 배제되게 된다. 따라서 장기보유특별공제 계산 산식인 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호 의 적용배제뿐만 아니라 양도차익 계산 산식인 같은 조 제1항 1호의 산식도 적용배제되는 문제가 발생한다. 이 문제를 해결하려면 소득세법 제95조 제3항 의 본문의 적용대상 자산 중 같은 법 제104조 제7항 각호에 해당하는 다주택 중과대상에 대해서는 장기보유특별공제만 적용 배제하는 규정을 두어야 하나 현행 제95조 제3항은 이러한 규정이 없다. (4) 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 따른 장기보유특별공제 적용배제 대상자산은 장기보유특별공제 계산 산식 자체를 적용하지 않으므로 같은 조 제3항의 계산위임 대상도 될 수 없다. 제95조 제3항이 대통령령에 위임한 것은 계산방식 만이다. 그런데 장기보유특별공제 배제대상은 장기보유특별공제 계산산식 자체를 적용하지 않고 장기보유특별공제를 배제하는 것이므로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산하는 위임 대상이 될 수 없다. 따라서 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호의 산식은 소득세법 제95조 제3항 의 위임대상 만이 적용할 수 있는 것이므로 위임대상이 아닌 양도세 중과대상인 쟁점주택에 대하여 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호의 산식에 의하여 쟁점주택의 장기보유특별공제를 배제할 수 없다. (5) 소득세법 제95조 제3항 에 미등기 양도자산에 대한 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 없어도 장기보유특별공제 배제는 가능하다. 미등기양도자산은 같은 법 제91조 제1항에서 “제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있어 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산이 될 수 없으므로 소득세법 제95조 제3항 에 의한 양도차익 및 장기보유특별공제 계산대상이 아니다. 따라서 미등기 양도자산은 제95조 제3항에 미등기양도자산을 제외한다는 규정이 없어도 소득세법 제95조 제2항 에 의하여 장기보유특별공제가 배제되고 제1항에 의하여 양도차익을 계산한다. (6) 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유특별공제 배제대상은 양도차익을 “자산의 양도차익= 양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있고 같은 조 제3항의 적용대상인 쟁점주택처럼 비과세 요건을 충족한 고가주택에 대해서는 처음부터 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었다. (가) 소득세법 제95조 제3항 은 “고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 = 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 ”에 의해 계산하고 “과세대상 양도차익=자산의 양도차익 ”에 의하여 계산하므로 같은 법 제95조 제2항이 전제하고 있는 장기보유특별공제 배제대상이 될 수 없다. 이러한 대상에도 장기보유특별공제를 배제하고 싶었다면 반드시 장기보유특별공제 배제대상을 선정하는 규정을 두었어야 한다. 본문에서 장기보유특별공제 배제대상을 선정하고 있지 않고 장기보유특별공제를 적용배제하는 대상 규정을 차용하는 규정도 없다면 반드시 장기보유특별공제 배제대상을 선정하기 위한 위임규정이 있어야 장기보유특별공제의 적용을 배제할 수 있는데도 불구하고 장기보유특별공제의 적용을 배제하기 위한 위임규정이 없다는 것은 제95조 제3항의 적용자산에 대해서는 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었거나 입법미비에 해당한다고 보아야 할 것이다. (나) 2021.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제155조 및 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택으로서 소득세법 시행령 제154조 제1항 을 충족한 경우 양도세 중과세율도 적용되지 않도록 개정 보완하였다. 개정 보완의 방식은 같은 법 시행령 제167의3 제1항 제13호와 제167조의10 제1항 제15호에서 “법 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”을 1세대 3주택 및 1세대 2주택 양도세 중과세율 적용대상에서 제외하도록 열거하는 방식이다. 정부도 쟁점주택과 같은 상황에 있는 주택에 대해 양도세를 중과하는 것이 당초 중과세 취지와 맞지 않다고 보고 입법적으로 보완한 것이다. (다) 당초 부터 1세대 2주택 중과 또는 1세대 3주택이상 양도세 중과에서 제외하려면 소득세법 시행령 제167조의3 또는 제167조의10에서 중과에서 제외하는 주택으로 열거하였어야 하나, 이를 입법적 미비에 의하여 열거하지 못했던 것이다. 반대로 소득세법 제95조 제3항 의 적용자산에 대해 장기보유특별공제의 배제를 하고 싶었다면 명백히 장기보유특별공제 배제대상으로 열거하였어야 한다. 배제규정이 없는 현행 세법은 입법적 미비에 해당한다. 장기보유특별공제 배제는 납세자의 권리를 제한하는 규정이므로 법률에 명백히 규정되어야 하고 명백한 장기보유특별공제 배제 규정이 없다면 제95조 제3항의 적용자산에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인들은 쟁점주택의 경우 소득세법 제95조 제3항 에 해당하는 자산으로서 제3항에는 장기보유특별공제 제외되는 자산이 열거되어 있지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 제1항 에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용 할 수 있는 대상자산에서 소득세법 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)을 제외하도록 명확히 규정하고 있다. 소득세법 제95조 제3항 에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 위 규정은 양도자산이 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제 대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정일 뿐, 제95조 제1항 및 제2항과 별개의 자산을 규정 한 것이라고 보기 어려우므로, 쟁점주택(9억원 초과분)이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 소득세법 제95조 제2항 의 장기 보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 제95조 제3항을 적용 할 여지가 없으며, 법문언에 따라 장기보유특별공제가 배제되는 것이 당연하다 할 것이다. (2) 소득세법 제95조 제2항 및 2008.12.26. 신설된 소득세법 부칙 제14조의 개정연혁에 비추어 보아도 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 것이 타당하다. (가) 정부는 2009년경 부동산 시장 여건 등을 감안하여 2009.3.16.부터 2010.12.31.까지 주택의 양도분에 대하여 중과세를 유예하였고, 이와 동시에 수요를 진작시키기 위해 같은 기간 동안 취득분에 대하여는 기본세율을 적용하는 소득세법 부칙 제14조를 신설하였다. 당초 부칙 제14조의 취지는 특례기간 동안 취득한 주택을 추후 양도할 경우 일반세율을 적용해주되, 같은 조 제2항에서는 장기보유특별공제의 적용은 배제되도록 하여 부칙 제14조와 관계없이 일반세율을 적용받는 주택과는 차등을 두었다. (나) 2012.1.1. 주택시장 활성화를 위한 양도소득세 완화 조치로 소득세법 제95조 제2항 을 개정하여 중과세대상 주택에도 장기보유특별공제를 전면적으로 허용하여 그 개정 취지에 맞춰 부칙 제14조 제2항도 삭제되었고, 2017년 이후 주택 시장이 과열되면서 각종 부동산 대책이 발표되었으며, 이에 따라 양도소득세도 강화되었는데, 그 일환으로 소득세법 제104조 제7항이 신설되어 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도할 경우 10% 또는 20%가 가산되는 중과세가 2018.4.1.부터 시행 되었고, 위 규정 에 따라 중과세되는 주택은 장기보유특별공제가 배제되도록 소득세법 제95조 를 개정 하였다. (다) 따라서 소득세법 제104조 제7항 에 따라 중과세되는 주택은 부칙 제14조 제1항에 따라 일반세율을 적용할 수는 있을지라도 당초 부칙 제14조의 신설 취지에 맞게 장기보유특별공제는 배제 되어야 한다. 게다가 소득세법 제95조 제2항 이 2012.1.1. 개정되면서 장기보유특별공제의 배제와 관련하여 “세율을 적용받는 자산”이라는 문구가 삭제되고, 이후에는 장기보유특별공제 배제대상 자산을 구체적으로 열거하여 명시하고 있다. 이와 관련하여 대법원은 “조세법률주의에 의하여 조세법규를 해석할 때는 법문대로 해야 할 것이고 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것 이라 판시하고 있는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 특례규정으로서 세율만을 규정하고 있는 부칙 제14조는 문언 그대로 세율에만 적용될 뿐이며, 장기보유특별공제와 관련해서는 소득세법 제95조 제2항 이 적용되어야 하는 것이다. 따라서 부칙 제14조에 따라 일반세율이 적용되는 주택을 제104조 제7항(다주택자 중과세)에 따른 자산이 아닌 것으로 보아, 장기보유특별공제까지 적용해주어야 한다는 청구인의 주장은 그 근거를 찾을 수 없는 것이다.

• 가. 쟁점 조정대상지역내 1세대 3주택(쟁점주택, 대체주택 및 장기임대주택)을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우, 소득세법 제95조 제3항 의 적용대상이고 장기보유특별 공제를 배제하는 규정을 두고 있지 않으므로, 위 규정에 따라 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 소득세법 제95조 제3항 의 적용자산은 장기보유특별공제 배제대상이 규정되어 있지 않으므로, 같은 법 시행령 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도차익을 계산하고, 제2호에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것이며, 소득세법 제95조 제2항 의 적용대상이면 장기보유특별공제액을 계산하고, 적용대상이 아니면 장기보유특별공제액도 계산하지 않고 적용배제하면 되는 것이라고 주장하며, 순서도를 제출하였다.

(2) 처분청이 제출한 소득세법 제95조 제2항 및 부칙 제14조의 개정연혁은 다음과 같다. (가) 소득세법 제95조 제2항 의 개정연혁은 다음과 같다. 연 혁 소득세법 제95조 2008.12.26. 개정 법률 제9270호 (2009.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 <후략> 2012.1.1. 개정 법률 제11146호 (2012.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 <후략> 2015.12.15. 개정 법률 제13558호 (2016.1.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산은 제외한다)으로서 <후략> 2017.12.19. 개정 법률 제15225호 (2018.4.1. 시행)

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산은 제외한다)으로서 <후략>

1. 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 소득세법 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다.

2. 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 소득세법에서는 장기보유특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

3. 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 소득세법에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

4. 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된 소득세법에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되도록 규정하였다. (나) 부칙 제14조의 개정연혁은 다음과 같다. 연 혁 부칙 제14조 2008.12.26. 신설 법률 제9270호

① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각호에 따른 세율을 적용한다.

1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45 (괄호 생략)

2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정 규정에 따른 세율 (괄호 생략)

② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 2009.5.21. 개정 법률 제9672호

① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율 (괄호 생략) 을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. 2010.12.27. 개정 법률 제10408호

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(괄호 생략)을 적용한다.

② 변동 없음 2012.1.1. 개정 법률 제11146호

① 변동 없음

② 삭제

1. 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙은 제1항에서 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 쟁점부칙 제2호에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다.

2. 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙은 제1항에서 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다.

3. 2010.12.27. 법률 제10408호(시행 2011.1.1.)로 개정된 쟁점부칙 제1항은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다.

4. 2012.1.1. 법률 제11146호(시행 2012.7.1.)로 개정된 쟁점부칙에서는 제2항을 삭제하였다. (3) 기획재정부의 개정 세법 해설 내용은 다음과 같다. (가) 2008년 개정세법 해설(쟁점부칙 신설 시) Ⅲ. 다주택자 중과제도 개선 및 보완

1. 다주택자 중과 한시적 완화(소득법§104, 부칙§14)

(1) 개정내용 종 전 개 정

□ 다주택자 양도세 중과 ㅇ 1세대 2주택: 50% ㅇ 1세대 3주택 이상: 60% ※ 다주택자는 장기보유특별공제 적용배제

□ 2년간(’09.1.1～’10.12.31) 양도 하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과완화 ㅇ 1세대 2주택: 기본세율 * 기본세율: 6%∼33% ('09: 6%∼35%) ㅇ 1세대 3주택 이상: 45% ※ 장기보유특별공제는 현행과 같이 적용배제 (2) 개정이유 ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2009.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용 (나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시) Ⅱ. 부동산 거래활성화 1. 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용(소득법 §95) (1) 개정내용 종 전 개 정

□ 장기보유특별공제 적용배제 연 3%, 최대 30% ㅇ 1세대2주택 이상 ㅇ 비사업용 토지 ㅇ 미등기 양도자산 <삭 제> (좌동) (좌동) (2) 개정이유 ◦주택거래 활성화 지원 (3) 적용시기 및 적용례 ◦2012.1.1. 이후 양도분부터 적용 (다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입 시) 2. 주택시장 안정화대책 관련 양도소득세 중과 신설 등 (소득법 §64, §95, §104, §104의2) (1) 개정내용 종 전 개 정

□ 장기보유특별공제 적용 배제대상 자산 ㅇ 부동산을 취득할 수 있는 권리 (원조합원의 조합원입주권은 제외) ㅇ 미등기양도자산 <추 가>

□ 다주택자 양도소득세 중과

□ 중과대상 주택 양도시 장기보유 특별공제 적용 배제 (좌 동) ㅇ양도소득세 중과 대상 주택 2주택자 혹은 3주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택

□ 다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과 ㅇ 2주택자 또는 1주택 조합원 입주권 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 10% 가산 ㅇ 3주택 이상 보유자 또는 주택과 조합원입주권의 수가 총 3개 이상인 자가 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 20% 가산 ◦ (중과대상 주택 양도시 장기보유특별공제 배제) 부동산 투기 억제를 위해 양도소득세가 중과되는 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제도 적용을 배제함 ◦ (다주택자의 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과) 부동산투기 억제를 위해 2주택 이상 보유자가 주택법상 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 기본세율(제55조제1항에 따른 세율)에 10%p를 가산함 (3) 적용시기 및 적용례 ◦ (중과대상 주택양도시 장기보유 특별공제 배제) ‘18.4.1. 후 양도하는 분부터 적용 ◦ (다주택자의 조정대상지역내 주택양도시 양도소득세 중과) ‘18.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인은 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용과 관련하여, 소득세법 제95조 제2항 의 적용대상 자산과 같은 조 제3항의 적용대상 자산은 겹치지 않는 별개의 자산에 해당하고, 제3항의 본문에서 양도세 중과대상에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 사실을 명확하게 규정하고 있지 않으므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 제1항 에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상자산에서 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)을 제외하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 소득세법 제95조 제3항 은 양도자산이 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제 대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정이지 제95조 제2항의 적용대상자산과 다른 별개의 자산에 적용하는 규정에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점주택(9억원 초과분)이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 제95조 제3항을 적용할 여지가 없어 보이는 점(조심 2022서5663, 2022.10.12. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "讓渡價額"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "讓渡差益"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (이하생략)

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60

④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

1. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

2. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 10분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항 제2호의2에 따른 세율) 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27>

② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것) 제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “讓渡價額”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “讓渡差益”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조 (양도소득세의 세율) ①거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다. 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> (2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득 과세표준의 100분의 60

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> (2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.

(4) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득 과세표준의 100분의 60

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. 부칙<법률 제9270호, 2008.12.26.> (2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② <삭 제>

(5) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

4. 삭제 <2014. 1. 1.>

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑤ 해당 과세기간에 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에서 규정한 자산을 둘 이상 양도하는 경우 양도소득 산출세액은 다음 각 호의 금액 중 큰 것으로 한다.

1. 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 대하여 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액

2. 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 계산한 자산별 양도소득 산출세액 합계액

⑥ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

4. 제94조 제1항 제2호에 따른 자산 중 주택법 제63조의2 제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다) 내 주택의 입주자로 선정된 지위(조합원입주권은 제외한다). 다만, 1세대가 보유하고 있는 주택이 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. 양도소득 과세표준의 100분의 50

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 삭제 <2017.12.19.>

4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑤ 해당 과세기간에 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에서 규정한 자산을 둘 이상 양도하는 경우 양도소득 산출세액은 다음 각 호의 금액 중 큰 것으로 한다. 이 경우 제2호의 금액을 계산할 때 제1항 제8호 및 제9호의 자산은 동일한 자산으로 보고, 한 필지의 토지가 제104조의3에 따른 비사업용 토지와 그 외의 토지로 구분되는 경우에는 각각을 별개의 자산으로 보아 양도소득 산출세액을 계산한다.

1. 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 대하여 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액

2. 제1항부터 제4항까지 및 제7항의 규정에 따라 계산한 자산별 양도소득 산출세액 합계액

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제64조 제1항(제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 세율을 적용받는 자산에 한정한다), 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문, 제104조 제4항제1호 및 제2호, 같은 조 제5항 제2호, 같은 조 제7항ㆍ제8항 및 제104조의2 제2항의 개정규정: 2018년 4월 1일 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다. (6) 소득세법 시행령(2017.12.19. 대통령령 제28511호로 일부개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.