처분청은 계약서상 토지‧건물 가액이 감정평가액 기준 30% 이상 차이가 있어, 쟁점조항에 따라 토지‧건물 가액을 안분계산 하여 건물의 공급가액 및 VAT를 산정하였고, 법원이 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분하여야 하는 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움
처분청은 계약서상 토지‧건물 가액이 감정평가액 기준 30% 이상 차이가 있어, 쟁점조항에 따라 토지‧건물 가액을 안분계산 하여 건물의 공급가액 및 VAT를 산정하였고, 법원이 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분하여야 하는 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움
[ 세 목 ] 부가 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 조심-2024-서-4547(2025.03.27.) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 철거예정 건물·토지 일괄양도시 안분계산 여부 [ 요 지 ] 처분청은 계약서상 토지‧건물 가액이 감정평가액 기준 30% 이상 차이가 있어, 쟁점조항에 따라 토지‧건물 가액을 안분계산 하여 건물의 공급가액 및 VAT를 산정하였고, 법원이 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분하여야 하는 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어려움 [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [
] 부가가치세법 제29조 [참조결정 ] [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산 매매계약 체결 경과는 아래와 같고, 건물은 재개발사업 추진으로 인해 멸실이 예정되어 있어 그 가치를 OOO원으로 계약하였으므로 이를 건물분 공급가액으로 인정하는 것이 타당하다. (가) 청구법인은 ㈜B에게 2019.8.6. 부동산①을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였고, 이어 2020.2.8. 부동산②를 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였는데, ㈜B는 OOO구역 도시정비형 재개발사업을 진행하기 위하여 쟁점부동산을 매수하기를 원했고, 이 당시 ㈜B는 재개발사업의 시행자를 구체화하지 않았던 상황으로 이후 ㈜B가 ㈜A를 재개발사업의 시행자로 결정하면서 청구법인에게 쟁점부동산 계약의 상대방을 ㈜A 등 매수인으로 변경할 것을 요청하였고, 청구법인은 이에 응하여 2020.8.3. 매수인과 쟁점 부동산에 관한 양도계약을 체결하였다. (나) 매수인은 재개발사업을 위하여 쟁점부동산 중 건물을 철거할 예정이었고, 그에 따라 ㈜B와 처음 계약할 당시 건물가액을 감정평가를 근거로 산정한다고 명시하였다가 건물은 매입 후 철거될 예정이므로 그에 따라 최종 계약시 건물분 매매대금과 건물분 부가가치세는 OOO원이라는 점을 기재하여 계약하였으며, 감정평가기관이 청구법인 등에 회신한 문서 내용에 의하면 쟁점부동산의 건물의 가치는 OOO원이라고 평가한 바 있다. (다) 매수인은 계약이후 2020.11.6. 건물주변에 경계펜스를 설치하여 출입을 제한하였고, 2023.2.1. 부동산① 지상층 건축물 해체 허가를, 2023.2.6. 부동산② 건축물 해체 허가를 각 받았으며, 2023.8.25. 부동산① 지하층 건축물 해체 허가를 받아 2023.5.18. 부동산②의 멸신신고 후 2023.6.8. 멸실등기를, 2024.6.11. 부동산①의 멸실신고 후 2024.7.12. 멸실등기를 각 경료하였다.
(2) 쟁점개정조항의 개정취지 등을 고려하여 쟁점부동산의 양도에 대하여 쟁점개정조항을 소급적용하는 것이 타당하다. (가) 부가가치세법상 토지는 부가가치세 과세대상에서 제외되는 면세 재화이고, 건물은 과세대상 재화에 해당하므로 토지와 건물을 일괄 공급하는 경우 공급가액을 따로 구분하여야 할 필요가 있으나 부가가치세법제29조 제9항은 토지와 건물 등을 함께 거래하는 경우 전체 공급가액 안분방법을 정하고 있는데, 쟁점조항은 원칙적으로 건물과 토지의 공급가액은 실지거래가액에 의하고 예외적으로 가액 구분이 불분명한 경우에 한하여 기준시가 등에 비례하여 안분계산하도록 하는 것으로, 쟁점조항은 자산별 가액의 임의적 구분을 통한 조세회피 방지를 기한다는 명목으로 토지와 건물 등의 가액 구분이 당사자의 진정한 합의에 기한 것으로 인정되는 예외적인 상황의 경우까지도 안분계산한 금액을 기준으로 과세하는 불합리한 결과를 초래하였고, 실질적으로 건물의 가치가 고려되지 않아 해당 건물의 가액을 낮게 책정하는 것이 당사자들의 의사에 부합하는 경우에도 실지거래가액까지 부인하는 결과를 초래하였는바, 이는 법에 의하여 실제와 다른 사실관계를 강제로 전제하여 기계적으로 과세하는 것으로 실질과세원칙에 정면으로 반하는 것이다. (나) 이를 해결하기 위하여 2021.12.8. 개정된 부가가치세법은 제29조 제9항 제2호의 단서를 신설(이하 “쟁점개정조항”이라 한다)하였고, 부가가치세법 시행령제64조 제2항 제2호로 “토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 할 수 있도록 하여 과세기준을 합리화하여 쟁점조항의 문제점을 보완하였다. (다) 대법원은 “법령이 단순한 정책변경에 따라 개정된 것이 아니라 개정전의 구 법령에 위헌적 요소가 있어 이를 해소하려는 반성적 고려에서 개정된 것이고, 그 개정을 통하여 개정 전의 구 법령보다 행정상대방의 법적 지위를 유리하게 하는데 그 입법취지가 있다면, 법원은 마찬가지의 이유에서 예외적으로 위헌성이 제거된 개정법령을 소급적용하는 것이 타당한 경우가 있다”고 판시(대법원 2021.3.11. 선고 2020두49850 판결, 대법원 2013.7.25. 선고 2010두23804 판결 등 참조)하였는바, 쟁점부동산의 양도에 대하여 쟁점조항을 적용하는 것은 쟁점개정조항 시행 이후 동일하게 토지와 건물을 양도하는 자와 합리적인 이유없이 차별하는 것으로 이는 조세평등주의에 위배되므로 쟁점개정조항을 마련한 취지를 고려하여 쟁점조항을 수정하여 해석하거나, 쟁점개정조항을 소급적용하여 이 건 처분을 취소하는 것이 타당하다 할 것이다.
(3) 쟁점조항의 해석과 관련하여 견해의 대립이 있었으므로 이는 청구법인이 건물분 부가가치세를 신고하지 않은데 정당한 사유가 있다고 보아 가산세를 감면하여야 한다. (가) 대법원은 과세여부에 대하여 제1심과 항소심 법원의 판결이 갈리는 등 세법 해석의 어려움이 있는 경우라면 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정될 수 있다고 판결(대법원 2008.12.11. 선고 2006두17840 판결)한바 있고, 이 건과 동일하게 쟁점조항이 예외규정을 마련하고 있지 않음에도 쟁점개정조항처럼 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 실지거래가액에 따라 과세표준을 산정하도록 해석할 수 있는지가 문제된 사건에서 1심과 항소심의 결론이 갈린바 있다. (나) 쟁점부동산의 양도에 대하여 쟁점개정조항을 소급적용할 수 없다 하더라도 쟁점조항이 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 예외적인 경우에도 실지거래가액을 부인할지 여부에 대하여 법원의 해석이 갈릴 정도로 쟁점조항의 해석과 관련하여 견해의 대립이 있었는바, 이를 두고 단순한 법률의 부지나 오해라고 단정할 수 없고, 이는 청구법인에게 납세의무를 이행하지 아니한데 청구법인의 책임을 돌리기 어려운 정당한 사유라 할 것이므로 이 건 가산세 처분은 취소하는 것이 타당하다.
(1) 쟁점부동산 양도에 대하여 당시 시행되는 쟁점규정을 적용하여 부가가치세를 과세하였으므로 이 건 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 쟁점조항을 수정해석하여 청구법인에게 적용하거나 쟁점개정조항의 소급 적용을 주장하나, 쟁점부동산 매각 당시 적용되는 쟁점조항은 토지와 건물 등을 함께 공급할 때 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 하며, 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용하도록 규정하고 있고, 쟁점개정조항은 쟁점거래 이후 신설이 되어 그 부칙 제7조에 쟁점개정조항 시행일(2022.1.1.) 이전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있으며, 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 은 2022.2.15. 신설되어 2020년 8월에 이루어진 쟁점부동산의 양도에 위 개정된 부가가치세 법령이 적용된다고 해석할 수 있는 여지가 없어 쟁점부동산에는 쟁점 개정 조항이 적용될 이유가 없으므로, 쟁점조항을 적용한 처분이 위법하거나 부당하다고 볼 수 없다. (나) 청구법인은 쟁점개정조항의 시행일 이전까지 토지와 함께 철거 예정인 건물을 매도하는 자를 쟁점개정조항 시행 이후 동일하게 토지와 건물을 매도하는 자와 합리적 이유 없이 차별하여 조세평등주의에 위반된다고 주장하나, 쟁점개정조항 부칙 제7조는 개정된 부가가치세법의 시행일(2022.1.1.) 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우 종전의 규정에 따르도록 명시하고 있고, 이에 대해 최근 판례에서 “입법자는 위 예외 규정을 그 시행 이전으로 소급하여 적용하는 것을 허용하게 되면 조세행정의 원활한 운영이 어려워질 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 위 예외규정의 적용시기를 위 개정 법률 규정 시행 이후 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우부터 적용하도록 규정한 것이므로, 이를 두고 합리적인 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수는 없으며, 이 사건 부가가치세법 규정이 원고의 평등권과 재산권을 침해하여 헌법에 위반된다고 할 수 없다”고 판시한 바(서울고등법원 2023.6.30. 선고 2023누30989 판결) 쟁점조항을 적용하여 과세한 처분이 합리적인 이유 없이 차별하여 조세평등주의에 위반하였다고 볼 수 없고, 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 축소‧확장해석하거나 허용되지 아니하는바, 2020.8.5. 양도한 쟁점부동산의 경우에는 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 할 것으로 쟁점개정조항 부칙에서 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상, 쟁점개정조항이 적용될 여지가 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다.
(2) 법령의 부지나 오인은 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없으므로 이 건 가산세 처분은 타당하다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고‧납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제제로서, 납세자의 고의‧과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829판결), 청구법인이 쟁점부동산 중 건물 공급과 관련하여 부가가치세를 과소신고‧납부한 것은 부가가치세법제29조 제9항에 대한 법령의 부지 또는 오인에 불과하여 그 의무이행을 게을리 한 것은 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어려운바, 청구법인은 2020.8.3. 쟁점부동산의 재화인 건물을 매수인에게 공급하고도 부가가치세법상 적법한 공급시기 내에 세금계산서를 발급하거나, 2020년 제2기 부가가치세 과세표준 신고시 건물분 공급가액를 과세표준에 반영하여 신고한 사실이 없어 청구법인에게 세금계산서 미발급가산세, 과소신고가산세 등을 부과한 처분은 타당하다.
① 철거예정된 건물과 토지를 일괄양도 시 건물의 가액은 개정된 부가가치세법(제29조 제9항 제2호 단서)을 소급적용하여 건물의 실제거래가액을 공급가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 제60조(가산세) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트
2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트 부칙 <제16101호, 2018.12.31.> 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. ※ 쟁점개정조항(2021.12.8. 법률 제18577호 일부개정된 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. 부칙 <제18577호, 2021.12.8> 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 제7조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우의 공급가액에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. ※ 2022.2.15. 대통령령 제32419호 일부개정된 것 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.
1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분하는 경우
2. 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
(3) 국세기본법 제21조(납세의무의 성립시기) ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다
4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다. 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자 에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(1) 쟁점부동산의 계약 경과는 아래와 같다. (가) 청구법인은 ㈜B에게 2019.8.6. 부동산①을 OOO원에 매도하기로 하는 1차 매매계약을 체결(건물분 부가가치세 별도로 기재)하였고, 이후 2020.2.8. 부동산②를 OOO원에 매도하기로 하는 2차 매매계약(건물가액과 건물분 부가가치세 OOO원으로 기재)을 체결하였다가 이후 청구법인은 ㈜B의 요청에 따라 2020.8.3. ㈜B에서 ㈜A 등으로 매수자를 변경하여 1차 매매계약에 대한 건물가액을 OOO원으로 변경하여 최종 계약을 체결하였다. <표3> 쟁점부동산 최종 계약 전‧후 ㈜B와 매수인 현황 <표4> 부동산① 매매계약 및 최종 계약 내용 비교 (나) 청구법인은 2020.8.3. 매수인과의 계약에 따라 건물분 부가가치세 과세표준을 OOO원으로 산정하여 쟁점부동산에 대한 매각대금 OOO원 전액에 대하여 계산서를 발급하였고, 쟁점부동산 매각과 관련 하여 2020년 제2기 부가가치세를 신고·납부하지 아니하였다.
(2) 처분청은 C증권이 ㈜A 담보물에 대하여 감정평가를 의뢰하여 작성된 감정평가서(평가기준 시점 2020.6.26., 평가기관 ㈜D감정평가법인 북부지사)에 위 <표2> 및 아래 <표5>와 같이 기재된 쟁점부동산의 감정평가액을 기준으로 건물의 가액을 안분계산(OOO원)하여 2020년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다. <표5> 쟁점부동산 감정평가 내용
(3) 청구법인은 쟁점부동산 중 건물의 멸실과 관련하여 아래와 같은 자료를 제출하였다. (가) ㈜B, ㈜A 및 청구법인은 ㈜D감정평가법인 북부지사에게 쟁점부동산 중 건물분 감정평가 의견조회를 하였고, 이에 대한 ㈜D감정평가법인 북부지사의 회신문(2020.7.23.)에 의하면 ‘부동산① 건물분에 대하여 운영상태 및 관리상황, 임대수입 상태 등 감안시 대상토지 가치 대비 이용에 상당히 미달된 것으로 판단되고, 개발사업에 따라 철거예정이라고 계약서에 명시된 상태이며, 실제 사업계획에 따라 철거가 확실시 되는 경우 건물의 가치는 OOO원이며, 건물이 존재함으로 인하여 토지가치에 오히려 (-)요인, 즉 철거비 등으로 판단될 수 있다. 부동산①의 경우 건물의 가치수준은 별론으로 하고 매매금액 분석시 거래금액은 평당 OOO원/3.3㎡수준으로 인근 유사 거래사례 및 평가사례에 의해 지지되는 가격으로 거래시점 당시 토지만의 가치수준으로 판단함이 합리적이라고 사료된다. 부동산② 중 건물은 부동산①의 부속주차장으로 부동산①의 효용이 없는 경우 부속주차장으로서 효용도 없다고 판단된다’고 기재되어 있다. (나) 2021.4.8.자 서울특별시 고시 제2021-180호 OOO구역 도시정비형 재개발사업 정비구역 지정 및 정비계획 결정 및 지형도면 고시에 의하면 정비사업의 명칭은 OOO구역 도시정비형 재개발사업, 위치는 OOO 일원이고, 획지 및 건축물 등에 관한 계획에 쟁점부동산의 지번이 포함되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2020.11.6.부터 부동산① 주변 휀스설치 및 출입차단을 하였다는 증빙으로 부동산①의 사진자료를 제시하였다. (라) 건물 등기사항전부증명서에 따르면 부동산①은 2024.6.11. 멸실되어 2024.7.12. 등기접수되었고, 부동산② 은 2023.5.18. 멸실되어 2023.6.8. 등기접수된 것으로 나타난다. (4) 부가가치세법제29조(과세표준) 제9항의 개정 내용은 아래 <표6>과 같고 처분청이 청구법인에게 적용한 쟁점조항에 대하여 헌법재판소나 대법원이 헌법에 위배된다거나 무효라고 판단한 사실이 확인되지 아니한다. <표6> 부가가치세법제29조(과세표준) 제9항 개정 내용 2018.12.31.이전 쟁점 조항 (2019.1.1.이후) 쟁점개정조항 (2022.1.1.이후) 일괄 공급된 토지․건물 등 가액의 안분기준 보완, 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지 일괄 공급된 토지․건물 등 가액의 안분기준 보완, 토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
⑨ －－－－－－－－－－－－(단서개정) 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우
⑨ －－－－－－－－－－－(단서개정) 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다. (부칙 제1조 및 제2조) 2019.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용 (부칙 제1조 및 제2조) 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용 (부칙 제7조) 이 법 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따름 (5) 부가가치세법 시행령제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산)의 개정 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 부가가치세법 시행령제64조 개정 내용 2021.12.31. 이전 (대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 2022.1.1. 이후 (대통령령 제32419호로 개정된 것)
① 법 제29조제9항 각 호외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
① －－－－－－－－－－－－－－－－－－－
② (신설) 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.
1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우
2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 건물이 멸실예정이어서 그 가치를 OOO원으로 하여 계약하였으므로, 이를 건물분 공급가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것 으로 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용하도록 하고 있고, 부가가치세법제29조 제9항 각호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있으며, 쟁점개정조항은 2022.1.1. 이전 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여 적용하지 않도록 규정하고 있는데, 청구법인과 매수인이 매매계약서에 명시한 쟁점부동산의 건물가액은 OOO원으로 토지와 쟁점건물의 가액이 감정평가액으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 처분청이 감정평가기관의 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산 양도가액에서 토지와 건물의 가액을 안분계산하여 OOO원을 건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 산정한 점, 법령이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부는 헌법재판소나 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가지고 있고, 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분을 하여야 하는 것인바, 처분청은 쟁점부동산 양도당시 시행 중인 쟁점조항을 적용하여 부가가치세를 과세한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산의 감정평가액을 기준으로 건물과 토지가액을 안분계산하여 부가가치세를 부과한 이 건은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점조항의 해석과 관련하여 견해의 대립이 있었으므로 청구법인이 건물분 부가가치세를 신고하지 않은데 정당한 사유가 있다고 보아 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 국세기본법제21조는 부가가치세는 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립하고, 가산세는 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때 납세의무가 성립한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제47조는 세법에 규정한 의무를 위반한 자가 세법에 정하는 바에 따라 가산세를 부과하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 당초 세법에 정한 신고기한 내 쟁점부동산 중 건물분의 부가가치세 과세표준 신고를 누락하였고, 이에 대하여 처분청이 세금계산서 미발급 가산세, 과소신고가산세, 납부지연가산세를 부과한 점, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정한 신고·납부의무 등을 위반하는 경우 당해 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로 납세자의 고의 또는 과실은 고려되지 아니하므로, 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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