조세심판원 심판청구 법인세

항공화물혼재사인 청구법인의 매출액을 총액법으로 산정하여 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 창업중소기업 세액감면 등의 적용을 부인한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-서-4500 선고일 2025.07.03

청구법인은 포워더사의 요청에 맞게 항공화물운송을 중개하는 업무를 수행하고 화물운송에 대한 주된 책임을 부담하지 않는 등 항공화물선적중개업을 중개인 지위에서 영위한 청구법인 매출은 기업회계기준에 따라 순액법으로 인식하는 것이 타당함

[주 문] AA세무서장이 2024.5.3. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원, 2021사업연도 법인세 OOO원 합계OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2020.7.27. 서울특별시 강서구 OOO에서 설립되어 ‘국제물류주선업 외’로 사업자등록을 하여 항공화물혼재사(콘솔사)로서 사업을 영위하고 있고, 2020.12.11.~2022.12.10. 기간 동안 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업의 확인을 받았다.
  • 나. 청구법인은 OOO로부터 항공운송에 따른 운임을 받아 이 중 항공료를 항공사에 지급한 후 남은 수수료 차익(순액)을 매출로 인식 하여 2020․2021사업연도 매출액 기준 창업벤처중소기업에 해당되는 것으로 보아, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제2항에 따른 ‘창업중소 기업 등에 대한 세액감면’(감면율 50%, 이하 “쟁점감면”라 한다)과 같은 법 제29조의7에 따른 ‘고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제’(고용증가 수에 OOO원을 곱한 금액에 세액공제를 적용하고, 이하 “쟁점공제” 라 하며, 쟁점감면과 합하여 이하 “쟁점공제‧감면”이라 한다)을 적용하여 2020‧2021사업연도 법인세를 각 신고‧납부하였다.
  • 다. BB지방국세청장(감사관)은 2023.11.21.~2023.12.8. 기간 동안 처분청에 대한 정기감사를 실시한 결과, 청구법인이 신고한 2020‧2021사업연도 법인세 수입금액을 OOO로부터 항공운송에 따른 운임 중 항공사에 지급한 항공료를 제외한 차액(순액법)이 아닌, OOO로부터 받은 운임 전체(총액법)로서, 그 매출액 기준으로 하였을 때 청구법인을 중소 기업이 아닌 중견기업에 해당한다고 보아, 쟁점 감면을 부인하고, 쟁점공제를 일부 감액하는 것으로 조정할 것을 처분청에 시정지시하였다.
  • 라. 처분청은 이에 따라 2024.5.3. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원, 2021사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정‧고지하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 항공화물혼재사(콘솔사)로서 항공화물을 운송하는 항공사로부터 실을 수 있는 화물 적재량 및 운임정보를 받아, 항공기에 화물을 싣고자 하는 OOO를 대상으로 영업을 하여 항공화물 선적공간을 중개하는 용역을 제공하고 그에 따른 수수료를 받는 사업자이다. (가) OOO와 항공화물혼재사(콘솔사)는 아래 <표1>과 같이 수행하는 업무에 있어 차이가 있다. <표1> OOO와 항공화물혼재사(청구법인)의 비교 OOO의 경우, 수출‧입하는 실화주를 상대로 영업을 하고, 본인의 책임하에 운송장(실화주와 OOO간의 운송계약서)을 발행하여 실화주에게 교부하며, 수출가액이 큰 화물의 경우 화물에 대한 위험을 담보하기 위해 OOO가 직접 적하보험에 가입하고, 출발지로부터 도착지까지 모든 구간을 직접 또는 운송업체 선정을 통해 물품을 운반하는 등 광범위한 용역을 제공한다. 한편, 항공화물혼재사(콘솔사)의 경우, OOO와 달리 실화주와 직접 거래를 하지 아니하고, 항공기를 이용하여 수출하는 화물에 대하여 오직 OOO를 대상으로 OOO가 지정한 항공사의 항공화물 선적공간을 중개하며, OOO로부터 받은 소량화물을 취합하여 청구법인의 용역사 창고(인천공항 내 자유무역지역에 소재) 부터 항공사 창고까지 화물을 전달하고, 항공기의 선적 및 도착을 확인 하는 업무를 영위하고 있고, 또한, 항공사가 운송장(항공사의 운송계약서)을 작성하여 항공사에 화물을 접수하고 있고, OOO와는 달리 별도의 운송장을 발행하여 OOO 및 실화주에 교부하지 아니하고, 적하보험을 가입하지 아니한다. (나) 국토교통부에서 운영하는 국가물류통합정보센터에서도 OOO와 항공화물혼재사에 대하여 아래 <표2>와 같이 구분하고 있다. <표2> OOO와 항공화물혼재사(청구법인)의 비교(국토교통부) (다) 통계청의 통계분류포털에서 확인되는 한국표준산업분류에 따르면, 아래 <표3>과 같이 OOO는 ‘화물운송중개, 대리 및 관련 서비스업(분류코드 52992)’이고, 항공화물혼재사는 ‘그 외 기타 분류가 안 된 운송관련 서비스업(분류코드 52999)’에 해당된다. <표3> OOO와 항공화물혼재사(청구법인)의 비교(통계청) 위 분류에 의하면, 청구법인은 한국표준산업분류상 OOO와는 명백히 구분되는 업종을 영위하고 있다. (라) 결국, OOO와 항공화물혼재사는 영위하는 업무와 그 책임 범위가 상이하고 국토교통부 국가물류통합정보센터상 용어 정의 및 통계청 한국표준사업분류상 구분에 따르더라도 명백히 구분된다.

(2) 법령해석상 중소기업 해당 여부를 판단하기 위한 관련 매출액은 기업회계기준에 따라 올바르게 인식하여 작성한 손익계산서상의 매출액이고, 청구법인은 회계감사 결과 모두 적정의견을 받은 매출액을 근거로 볼 때 중소기업에 해당한다. 조특법 시행규칙 제2조에서는 ‘조특법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작 성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다’고 규정하고 있다. 청구법인은 2020‧2021사업연도 법인세 신고 시 항공화물혼재업 매출을 순액법(‘OOO로부터 받은 금액’에서 ‘항공사에 지급한 금액’을 차감)으로 신고하였고, 이는 기업회계기준에 따라 작성된 것으로서 회계감사 결과 모두 적정의견을 받았다. 청구법인의 손익계산서상 매출액을 기준으로 하면, 중소기업 요건을 충족하므로 쟁점공제‧감면을 적용하는 것이 타당하다.

(3) 일반적으로 공정‧타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용해 온 경우, 그 기업회계기준에 따라야 하는데, 일반기업회계기준에 따르면 항공화물혼재업 운영에 따른 매출액은 순액법을 적용하여 산정하는 것이 타당하다. 법인세법 제43조 에서는 ‘내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때, 그 법인이 익금과 손금의 귀속 사업연도와 자산‧부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정‧타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조특법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다’고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 OOO로부터 화물을 인수하고 이에 대한 대가를 받아 화물을 항공사에 인계하면 운임료 상당액을 지급하 는 형태이므로 OOO로부터 인수하고 받은 대가를 총액법으로 매출로 인식하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 화물에 대한 별도의 운송장을 발행하지 아니하였고, OOO로부터 화물을 공급받아 항공사에 화물을 공급하는 사업자가 아니고, 재화를 매입하여 공급하는 것이 아니고, 항공기 화물의 선적공간을 중개하는 용역을 제공하고 그에 따른 수수료를 받는 사업자에 불과하다. 다만, 항공화물혼재사(콘솔사)의 경우 OOO로부터 지급받은 대가에서 항공사에게 지급한 항공운임과의 차액이 수익이기 때문에, 청구법인은 OOO로부터 대금을 지급 받아 항공사에 항공운임을 지급한 것일 뿐, OOO로부터 받은 대금 전체를 매출로 인식하는 것은 부당하다. 일반기업회계기준 제16장(수익) 실무지침 16.19에서 기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지의 결정에 대하여 명시하고 있다. 기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지를 결정하기 위해서는 모든 관련 사실과 상황을 판단하고 고려하는 것이 필요하고, 기업이 재화나 용역의 제공과 관련된 유의적인 위험과 보상에 노출된다면 기업은 본인으로서 활동하는 것이다. 기업이 본인으로 활동하는 것을 제시하는 특성은 다음의 주요지표와 보조지표인데, 주요지표와 보조지표를 기준으로 청구법인을 살펴보면 아래 <표4>와 같다. <표4> 주요지표와 보조지표(기업회계기준) 및 청구법인 해당 여부

(4) 위 일반기업회계기준에 대하여 회계기준적용의견서 03-2에서 이를 보다 명확히 확인하고 있다. 한국회계기준원이 발표한 ‘회계기준적용의견서 03-2 수익의 총액 또는 순액(수수료) 인식(2003.3.31.)’에서 회사가 제3의 공급자로부터 재화나 용역을 구매하고 이를 고객에게 제공하는 방식으로 영업을 하는 경우, 회사가 고객과의 거래에서 당사자로서의 역할을 수행하는지 또는 공급자의 대리인으로서의 역할을 수행하는지에 따라 회계처리가 달라져야 한다. 즉, 회사가 고객에게 재화나 용역을 실질적으로 제공한 것이라면 고객에게 청구한 판매가액 총액을 수익으로 인식‧보고하여야 하고, 제3의 공급자에게 재화나 용역에 대한 위탁 및 중개용역을 제공한 것이라면 고객에게 청구한 금액에서 제3의 공급자에게 지급하여야 할 금액을 차감한 잔액(순액)을 수수료 수익으로 인식‧보고하여야 한다. 위 회계기준적용의견서에 따르더라도, 청구법인은 제3의 공급자(항공사)에게 항공화물 선적공간 중개용역을 제공한 것으로서 고객(OOO)에게 청구한 금액에서 제3의 공급자(항공사)에게 지급하여야 할 금액을 차감한 잔액(순액)을 수수료 수익으로 인식‧보고하여야 하는 것이다.

(5) OOO와 같이 자기의 책임하에 타인의 화물을 직접 운송할 것을 약정하고 다른 운송업자에게 의뢰하여 동 화물을 운송하는 경우에는 운임과 알선수수료를 합한 금액을 총수입금액으로 계상하는 것이나, 항공화물혼재사의 경우는 중개수수료만을 총수입금액으로 보는 것이 합리적이다. 기업회계기준, 조세심판원 선결정례, 국세청 예규해석, 소득세법 집행기준에 따르면, ‘책임’을 누가 어떻게 지는가가 매출인식의 판단기준으로서 이는 실질적으로 ‘금전적 책임’을 의미한다. 처분청은 아래 <표5>와 같이 청구법인이 OOO로부터 지급받은 대금 전체를 청구법인의 매출로 보아야 한다고 전제하여 이 건 처분을 하였는데, 이 대금들은 대부분(4개년 평균 95% 이상)이 항공사에게 지급한 항공료(화물운송수수료)를 구성하고 있다. <표5> 청구법인의 매출액(총액‧순액법) 각 인식 방법에 따른 비교 (단위: 백만원) OOO가 지급하는 대금(A)은 대부분이 화물운송에 대한 수수료(B)로서 운송용역에 대가이고, 운송용역의 주된 책임은 항공사에 있으며, 운송시 화물에 대한 손해배상도 항공사가 지게 된다. 운송용역과 관련해서 책임을 부담하지 않는 청구법인에게 OOO로부터 수취한 대금 전체를 청구법인의 매출로 인식해야 한다는 처분청의 의견은 일반회계기업기준, 조세심판원 결정례, 국세청 예규해석, 소득세법 집행기준과 배치된다. (6) 아래 <표6>과 같이 2022사업연도의 경우만 청구법인은 매출액을 총액법으로 인식하여 법인세를 신고하였는데, 그 이유는 선적공간 확보를 위해 전세기 계약을 진행하면서 막대한 손실이 발생하였고, 순액법으로 신고할 경우, 부(-)의 매출액을 신고하는 결과를 초래하였기 때문이다. <표6> 청구법인의 연도별 수입금액 신고내역 (단위: 백만원) 청구법인은 2022사업연도 법인세 신고 시 총액법으로 하여 매출액을 OOO원으로 계상하였다. 2021‧2022사업연도 당시 청구법인은 코로나19로 인해 항공기 운행이 중단되 기도 하는 상황에서 항공사로부터 원활한 선적공간을 확보하지 못하여 일부 지역에 대하여 전세기 계약을 맺었고, 전세기 계약으로 항공화물 선적공간은 확보하였으나, 러시아‧우크라이나 전쟁으로 인한 항공사 유류비 추가 발생, 중국 코로나 봉쇄 장기화로 수출화물 급감, 원자재 수입가격 폭등으로 인한 국내외 생산물량 감소로 수출물량 감소, 저가 항공사 재취항으로 인한 경쟁심화, 전세기계약 항공사의 고가 운임 정책 유지로 인해 막대한 손실이 발생하였다. 하지만 항공사의 운송비는 지급해야 하는 상황에서 순액법으로 신고할 경우 매출액이 OOO원으로 계상되고, 이는 매출액을 (-)의 값으로 계상하는 결과를 초래하여 부득이 2022사업연도에 한해 총액법으로 신고한 것이다.

(7) 최근 금융감독원의 OOO에 대한 제재 내용을 보더라도, 항공화물 선적공간 중개업을 영위하는 청구법인의 경우 수수료만을 순액법으로 신고하는 것이 회계정보이용자들에게 보다 적합한 정보를 제공하는 것이다. 각종 언론에 보도된 바와 같이 금융감독원은 OOO가 총액법의 매출기준을 적용하여 매출을 고의적으로 부풀려 분식회계를 한 혐의가 있다고 하여 제재하였고, OOO는 금융감독원의 판단과 지침을 존중하고 회계정보 이용자들의 혼선을 사전에 방지하려는 차원에서 매출액을 순액법으로 조정하였다. OOO는 가맹택시로부터 차량관리, 배차 플랫폼 제공 명목으로 운행매출의 20%를 받고, 대신 OOO가 제공받는 차량운행 데이터, 광고마케팅 참여 조건으로 제휴 계약 사업자에게 운임의 15∼17%를 돌려주는데, OOO는 이를 별개의 계약으로 판단해 운행매출의 20% 전체를 총액법 매출로 신고하여 왔다. 하지만 금융감독원은 2개 계약이 상호 관련성이 높은 하나의 계약이라고 보아 차액인 3∼5%를 매출로 인식해야 한다고 판단한 것이다. 청구법인도 OOO로부터 운임을 포함한 대가를 받아 이 운임을 항공사에 전달하고 있을 뿐인데, OOO로부터 받은 운임 전체를 청구법인의 매출로 인식하게 될 경우, 순매출액 대비 최소 10배에서 30배 정도의 매출 차이가 발생하게 되어 이러한 정보를 이용하는 투자자, 채권자 등 회계정보이용자에게 왜곡된 정보를 제공하는 결과를 초래하게 된다. 실질적으로 항공화물 선적공간 중개업을 영위하는 청구법인의 경우 이 용역대가에 따른 수수료만을 순액법으로 신고하는 것이 회계정보이용자들에게 보다 적합한 정보를 제공하는 것이다.

(8) 처분청은 단순히 청구법인이 중소기업으로서 받는 세액감면이나 세액공제에 초점을 두어 세제상 혜택을 부인하고 있으나, 청구법인의 입장에서는 총액법으로 매출액을 신고하여 중소기업에 해당하지 않게 된다 하더라도 동 매출액을 근거로 한 이자율 혜택, 담보 면제, IPO 기업상장 기회 등 직‧간접적인 이익이 있음을 감안할 때 청구법인이 총액법으로 신고하여 받는 혜택이 적다할 수 없는데, 중소기업으로서 세제상 혜택을 보기 위해 순액법으로 신고하였다고 보는 것은 다소 무리가 있다. 또한 OOO는 총액법으로 매출을 신고해야 하는 것이 일관된 해석으로 정리되어 있으나, 실질적으로 항공화물 선적공간 중개업을 영위하는 항공화물혼재사의 경우 매출 신고 기준에 대한 명확한 해석이 없어 업계에서도 신고방식이 상이한바 이에 대한 기준이 필요하다.

(9) 처분청의 답변에 대한 항변내용은 다음과 같다. (가) 처분청이 적시한바와 같이 과거에는 OOO에서 콘솔 작업까지 하였지만 점차 청구법인과 같이 항공화물혼재(콘솔)업무만 전문적으로 하는 업체가 생기게 되었다. 물론 OOO와 항공화물혼재사의 업무가 하루 아침에 분리된 것이 아니기 때문에 항공사와의 거래를 위해 항공화물혼재사도 OOO와 같이 국제물류주선업 등록이 필수조건이었다. OOO와 동일한 자격요건을 필요로 하는 현실 때문에 외관상 국제물류주선업을 등록하고 있으나, OOO와 업무 및 책임범위가 다른 항공화물혼재사가 OOO와 동일한 매출인식기준을 적용하는 것은 불합리하다. (나) 청구법인은 국제물류주선업 외 화물운송주선업 등록도 하였는데, 국세청 예규(서면-2015-소득-293, 2015.2.10.)에서는 “화물운송주선사업자가 제공한 용역은 화주의 운송용역의뢰에 대하여 운송업체에게 알선한 용역에 해당하고, 제공한 알선용역의 대가인 알선수수료만을 총수입금액으로 계상하는 것”이라고 해석한바, 등록한 업종으로 구분해야 한다는 처분청의 기준에 따른다면, 청구법인은 화물운송주선업에도 해당하므로, 항공운송 부분에 대한 책임은 실질적으로 항공사가 부담하는 상황에서, 청구법인이 매출액을 인식함에 있어 항공사에 지급한 운임까지 청구법인의 매출액으로 보는 것은 불합리하다. (다) 처분청은 화주(무역회사)와 OOO를 같은 개념처럼 사용하여 청구법인이 화주와 계약을 체결하는 것처럼 잘못된 표현을 하고 있으나, 화주와 계약을 체결하는 것은 OOO이고, 청구법인은 OOO와 계약을 체결한다. 처분청은 청구법인과 OOO가 맺은 계약서 샘플을 제시하면서 항공기 선적공간 중개 계약이 아닌 항공화물운송계약으로 운송에 따른 책임 또한 청구법인에게 있다는 의견이나, 청구법인이 OOO와 체결한 계약서는 일반적으로 화주와 맺는 일반 운송계약과 상이하다. 계약서 제1조 제1항에서 ‘ 동(청구법인), 행(OOO)의 책임하에 혼재화하여 항공운송하는 것에 한한다’고 청구법인과 OOO의 공동 책임을 명시하고 있어 화주와의 일반적인 운송계약과는 분명히 차이가 있고, 또한 계약서 제8조 제1항에서 손해배상을 명시하고 있지만 동 규정에서도 항공사에게도 과실이나 책임이 있음을 전제하고 있어, 운송용역에 대한 최종책임이 항공사에 있다는 청구법인의 주장을 동 계약서를 근거로 배척할 수는 없다. (라) 처분청은 보조지표⑥(기업이 신용위험을 부담한다)과 관련하여, 항공사와의 계약서 제8조에 따라 “항공사가 징수 책임을 부담하는 경우를 제외하고 청구법인은 운임 및 요금을 실제 화주로부터 운송대가를 수취하는지에 관계없이 지급”하도록 규정하고 있어 청구법인은 운송대가에 대한 신용위험을 부담한다는 의견이나, 청구법인은 동 조항에 대응하여 OOO와 체결하는 계약서 제7조 제1항에서 “혼재항공화물 운송한 것에 대한 운임을 행(OOO)이 동(청구법인)에게 정산할 정산표상의 금액 및 기타 요금은 송하인, 수하인으로부터 행(OOO)의 징수여부와 관계없이 동(청구법인)에게 지불 하여야 한다”고 규정하였고 이로 인해 운임과 관련한 신용위험은 상쇄된다. 또한, 처분청은 청구법인이 보증보험에 가입한 것으로 보아 운송대금에 대한 책임을 진 것으로 보아야 한다는 의견이나, 보증보험 가입은 OOO등록 요건으로 항공사와 계약을 위한 필수조건으로서 항공사와 계약을 원하는 항공화물혼재사나 OOO는 필수적으로 가입해야 하는 것이다. 이는 최소한의 신용을 담보하여 거래를 시작하기 위한 장치일뿐 실제 항공운송 및 운송대금에 대한 주된 책임은 항공사에게 있다. (마) 처분청은 청구법인이 항공화물 선적공간 중개용역을 제공한 것이라면 과세 매출로 세금계산서를 발급해야 되나, 부가가치세법 제23조 를 적용하여 영세율 신고를 하여 부가가치세 신고내용과 맞지 않다는 의견이나, 청구법인이 보세구역 내에서 항공사와 OOO 사이에서 항공화물 선적공간 중개업을 영위하는 것으로 보는 것이 실질에 부합하고, 이는 부가가치세법 제24조 제1항 3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제5호에 의한 부가가치세 영세율 적용대상인 ‘외국항행 항공기에 공급하는 용역’이므로 항공화물 선적공간 중개업을 영위한 것이라면 과세로 신고해야 한다는 처분청 의견은 타당하지 않다. 다만, 영세율 매출명세서 “국제복합운송계약에 의한 외국항행용역”란에 OOO에 발행한 세금계산서 전체 금액을 기재하여 부가가치세를 신고하였지만, 이는 OOO로부터 대금을 지급받아 항공사에 운임을 지급하고 남은 차액이 청구법인의 수수료가 되는 구조에서, 발행한 세금계산서 전체를 외국항행용역란에 기재한 것에 기인한 것이다. 따라서 발급된 세금계산서의 금액을 차감 기재할 수도 없고, 동 금액이 청구법인의 전체 수수료 금액이 아니므로 법인세 신고 시 부가가치세 과세표준에서 법인세 수입금액을 조정하였다. (바) 처분청은 수수료 수입이 청구법인의 주수익이고 화주의 운임은 항공사에 전달하는 역할만 수행한다면 부의 매출이 발생하기 어렵다는 의견이나, OOO로부터 수수료를 별도로 제공받는 것이 아니라 OOO로부터 받은 대가에서 항공사에 지급한 운임을 차감힌 금액을 청구법인의 수익(수수료)으로 인식하는 것이 항공화물혼재업(콘솔업)계의 구조이다. 그 당시 청구법인은 선적공간 확보를 위해 전세기 계약을 했으나 2022사업연도에 손실이 발생해서 종전과 같이 순액법으로 신고할 경우 부의 매출이 발생하는 상황이어서 2022사업연도에 한해 총액법으로 신고한 것이다. 예를 들어, 여행알선수수료의 경우 고객에게 여행상품을 팔고 받는 대가에서 항공‧숙박‧음식 요금을 제외한 나머지를 수수료로 인식하는 구조라 할 것인데, 항공‧숙박‧음식을 미리 확보할 목적으로 예약했다가 외부사정으로 여행상품이 팔리지 않는 경우 손실을 보게 되었다고 해서 수수료 목적사업이 아니라 볼 수 없는 것과 같은 이치라 할 것이다. (사) 일부 OOO에서 콘솔업무가 파생되어 콘솔전문업체가 생긴 이유로 항공화물혼재사를 OOO를 같은 기준으로 보는 시각이 있으나, 항공화물혼재사는 OOO와 업무와 책임 범위가 상이하므로 OOO의 기준으로 청구법인의 매출을 산정해서는 안된다. 이 건은 총액법으로 하든 순액법으로 하든 법인세 소득금액 및 세액에 영향이 없는데, 총액법으로 매출을 인식할 경우 매출액이 증가하여 청구법인이 중소기업이 아닌 중견기업에 해당하게 되므로 관련 세제상 혜택을 보지 못한다는 것이 처분청의 주된 과세사유이다. 그러나 일반적으로 중견기업이라 함은 종업원수 300명 이상의 기업을 말하고, 청구법인은 30~40명 인원의 임직원으로 구성되어 있으며, 사업장 규모도 120평 미만으로 협소한바, 이러한 상식적인 기준에 따르더라도 청구법인을 중견기업으로 보는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2020.7.2. 국제물류주선업을 목적으로 설립하여 2020.7.10. 물류정책기본법에 따라 국제물류주선업으로 등록한 항공화물혼재업자(콘솔사)이다. (가) 무역업체(실화주)가 해외로 화물을 보내기까지는 아래와 같이 국제물류주선업을 영위하는 OOO와 콘솔사를 거치게 된다. (나) 일반적인 OOO는 화주의 화물이 FCL(Full Container Load)이면 선사 또는 항공사로 운송의뢰하고 LCL(Less than Container Load)이면 콘솔사에 의뢰하는데, 콘솔사에서는 각 포워더가 화주로부터 받은 LCL 화물을 받아 다수의 소량화물을 CFS(Container Freight Station)구역에서 FCL화물로 만드는 작업을 진행하고 있다. 즉, 콘솔사에서는 동일한 목적지로 향하는 물품을 적재적소에 모아 여러 화물을 어떻게 하나의 컨테이너 안에 가장 효율적으로 넣을지를 결정(일명 ‘콘솔을 짠다’)하고, 항공사의 화물공간에 적재하는 업무를 수행하는데 LCL화물의 무게 및 부피, 모양 등을 고려하여 운송비용을 최소화할 수 있는 FCL화물로 만들어 항공사를 통해 운송하고 있다. (다) 콘솔사로 인하여 OOO는 소량의 제품이라도 컨테이너에 실어보낼 수 있어 운송비용을 절감할 수 있으므로 OOO는 LCL화물에 대하여 콘솔사를 이용하여 운송을 하고 있다. 청구법인과 같은 항공화물혼재사(콘솔사)는 항공사에 지불하는 중량 할인 된 FCL 화물 운송대금과 OOO로부터 받는 LCL 화물 운송대금과의 차액인 운송마진으로부터 이익을 얻는다. (라) 과거에는 포워더 업체에서 컨테이너 콘솔 작업을 하였지만, 최근 들어 콘솔업무만 전문적으로 하는 업체들이 생겨나면서 전통적인 포워더 업무와 항공화물혼재(콘솔)업무가 분리되기 시작하였고, 포워더업체는 물량확보 및 작업공간 부족 등으로 항공화물혼재(콘솔)업무로 인한 이윤 창출이 어려워진 이유로 항공화물혼재사(콘솔사)를 이용하여 LCL 소량화물을 운송하고 있다. (마) OOO와 콘솔사 모두 국제물류주선업으로 등록된 법인으로, 국제물류주선업은 한국표준산업분류 상 ‘화물운송중개, 대리 및 관련 서비스업(분류코드 52992)’에 해당한다. 청구법인은 항공화물혼재업자(콘솔사)의 경우 항공기 화물 선적공간 중개업으로 ‘그 외 기타 분류안된 운송관련 서비스업’에 해당한다고 주장하나, 항공화물혼재사(콘솔사)는 단순히 항공기의 선적공간을 항공사와 OOO에서 중개하고, 그 중개수수료를 수입으로 하는 것이 아닌 OOO의 LCL 화물을 FCL 화물로 만들어 항공사를 통해 운송하고 운임마진을 수입으로 하고 있는바, 이는 국제물류주선업에 해당한다.

(2) 청구법인은 회계감사 결과 적정의견을 받았으므로 그에 따른 매출액이 적정하다고 주장하나, 청구법인은 설립 이후 사업내용에 변동이 없는데도 동일한 회계법인에서 회계감사 시 2021사업연도에는 순액법으로 2022사업연도에는 총액법으로 매출액 인식 기준을 적용하였고, 모두 ‘적정’의견을 표명하였는바, 청구법인의 회계감사 결과로는 어느 기준이 적정한지 판단하기 어렵다. 매출액 인식기준으로 순액법과 총액법 중 어느 기준을 적용할 것인지는 외부감사인의 적정의견 표명여부가 중요한 것이 아니고, 청구법인이 OOO(화주)에게 제공하는 용역의 실질에 비추어 일반기업회계기준이 정한 판단지표에 따라 결정하는 것이 타당하다.

(3) 일반기업회계기준에 따르면 항공화물혼재업으로 인한 매출액은 총액법으로 인식하는 것이 합리적이다. 일반기업회계기준 실무지침(16.19.)에서는 기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지의 결정과 관련하여 “기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지를 결정하기 위해서는 모든 관련 사실과 상황을 판단하고 고려하는 것이 필요하고, 기업이 재화나 용역의 제공과 관련된 유의적인 위험과 보상에 노출된다면 기업은 본인으로서 활동하는 것이다”고 하면서 본인으로 활동하는 것을 제시하는 특성으로 주요지표와 보조지표를 명시하고 있다. (가) 일반기업회계기준에 따른 주요지표는 다음과 같다. 주요지표 ①항의 ‘기업이 거래의 당사자로서 재화나 용역의 제공에 대한 주된 책임을 부담한다’와 관련하여, 청구법인은 OOO와 ‘국제 혼재항공화물 운송계약서’를 작성하였는데, 해당 내용을 보면 청구법인 주장처럼 ‘항공기 선적공간을 중개하기 위한 계약’이 아닌 ‘항공화물 운송계약’이고, 운송에 따른 책임 또한 청구법인에게 있는 것을 알 수 있다. 즉, 청구법인은 OOO에 대하여 거래의 당사자로서 용역의 제공에 대한 주된 책임을 부담한다고 보아야 한다. 청구법인은 운송화물에 대한 배상책임은 실제 운송인인 항공사가 부담하므로 청구법인은 해당 지표를 충족하지 아니한다고 주장하나, 기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지의 결정은 재화 또는 용역을 해당 기업에게 공급하는 공급자(항공사)가 있음을 당연한 전제로 하는 것이어서, 항공사의 고의‧과실로 인한 손해가 발생한 경우 청구법인은 OOO에게 발생한 배상책임에 대하여 당연히 구상권 등을 통하여 최종적인 책임을 항공사에게 전가 할 수 있는 것이므로 최종책임을 항공사가 부담하더라도 청구법인과 OOO와의 계약에서 청구법인은 대리인이 아닌 거래의 당사자로 보는 것이 타당하다. 주요지표 ②항의 ‘기업이 재고자산에 대한 전반적인 위험을 부담한다.’와 관련하여, 해당 지표는 보조지표 ⑥항과도 밀접한 관련이 있는데, 한국회계기준원이 발표한 ‘회계기준적용의견서 03-2 수익의 총액 또는 순액(수수료)인식(2003.3.31.)(이하 “회계기준적용의견서”라 한다)’은 해당 주요지표에 대하여 ‘고객이 공급자에 의해 제공된 용역을 수락하지 아니하여 지불을 거절할 경우에도 회사가 공급자에게 그 대가를 지불할 의무를 부담한다면, 이는 회사가 용역의 제공에 있어 위에서 설명한 재고자산에 대한 전반적인 위험과 동일한 위험을 부담하는 것으로 볼 수 있다’고 설명하고 있다. 청구법인의 실제운송인인 항공사와의 ‘국제 항공화물 운송대리점 계약서’ 제8조를 보면, 항공사가 징수책임을 부담하는 경우를 제외하고, 청구법인은 운임 및 요금을 실제 OOO로부터 운송대가를 수취하는지에 관계없이 매월 1일부터 15일까지의 항공화물운송대금은 다음달 15일까지, 매월 16일부터 말일까지의 판매대금은 다음 달 말일까지 항공사에 정산하도록 하고 있는바, 청구법인은 운송대가에 대한 신용위험을 부담하고 있다. 청구법인이 OOO와 항공사 사이를 중개하고 그 수수료를 수입으로 하고 있다면 운송대금에 대해 책임질 필요가 없는데도 청구법인은 해당 운송대금의 정산채무를 담보하는 보증보험에 가입하여 보험증권을 항공사에 제출하고 있으므로 주요지표 ②항 및 보조지표 ⑥항을 충족한다. (나) 회계기준적용의견서에서는 총액인식의 지표는 주요지표와 보조지표로 구분되고, 보조지표는 주요지표를 판단하는 세부적인 근거가 되기도 하므로 최종판단에 있어 주요지표를 우선적으로 고려하고, 보조지표는 보충적으로 고려하여야 한다. 보조지표 ③항의 ‘기업이 가격결정의 권한을 갖는다.’와 관련하여, 해당지표에 대하여 일반기업회계기준에서는 ‘고객에게 청구한 판매대가의 결정권한이 공급자가 아닌 기업에 있다면, 이는 기업이 거래의 당사자로 위험과 보상을 갖는다는 것을 나타내는 지표가 된다. 이때 기업은 고객과의 계약과 공급자와의 계약에 의해 독립적으로 결정된 각각의 매출액과 매입액의 차이를 순이익으로 얻게 되고,이와는 반대로 기업의 순이익이 고객 한 명당 일정금액 또는 판매대가의 일정률로 결정되는 경우, 기업이 공급자의 대리인임을 나타내는 지표가 된다’고 설명하고 있다. 청구법인은 OOO에게 항공사가 중량할인을 적용하여 청구법인에 책정한 운임요금이 아닌 청구법인이 별도의 혼재요율을 적용한 운임요금을 청구하고 있는바, OOO에 대한 가격결정의 권한은 항공사가 아닌 청구법인에게 있다. 청구법인이 OOO에게 청구하는 운임은 항공사의 운임요금을 바탕으로 책정되지만, 모든 상거래에서 매입원가에 일정한 마진을 붙여서 매출액을 결정하는 것이 일반적이므로 청구법인의 매출액은 OOO에게 청구하는 운임 및 수수료 등 총액, 매입액은 항공사에 지급한 운임으로 하는 것이 타당하다. 보조지표 ④항의 ‘기업이 재화를 추가 가공하거나 용역의 일부를 수행한다’와 관련하여, 청구법인은 항공화물 선적공간 중개용역을 수행한다고 주장하나, 이에 대한 어떠한 증빙도 제출하지 아니하고 있고, 청구법인과 OOO 간 선적공간 중개용역 계약이 아닌, ‘국제 혼재항공화물 운송계약’을 체결하고 있으므로 운송용역 자체를 수행한다고 할 수 있다. 보조지표 ⑤항의 ‘고객이 요구한 재화나 용역을 제공할 수 있는 복수의 공급자가 존재하는 상황에서 기업이 공급자를 선정할 수 있는 재량은 갖는다’와 관련하여, 청구법인과 OOO와의 계약서에 해당 내용이 명확하게 명시되어 있지 아니하나, 일반적으로 생각할 때 OOO가 항공사를 직접 지정할 수도 있지만, OOO의 요구사항(비용이 가장 저렴하거나, 목적지에 가장 빨리 도착할 수 있는 항공편 등)에 따라 청구법인이 항공사를 선정할 수 있는 것이므로 청구법인은 해당 지표를 충족한다. 설령, 청구법인이 해당 지표를 충족하지 아니하더라도 보조지표는 보충적으로 고려하는 사항이므로 이 지표를 충족하지 아니한다고 하여 청구법인의 순액법에 의한 매출 인식의 근거가 될 수는 없다. 보조지표 ⑥항의 ‘기업이 고객에게 제공되는 재화나 용역의 성격, 유형, 특성, 또는 사양을 주로 결정한다’와 관련하여, 청구법인은 여러 항공사의 운행편성표 및 운송료 등을 바탕으로 하여 OOO의 요구사항에 따른 최적의 항공사를 선정하여 화물을 운송하고 있으므로 청구법인은 OOO와의 사이에서 청구법인이 운송용역의 유형 또는 사양을 결정한다고 할 수 있다. 보조지표 ⑦항의 ‘기업이 재고자산의 물리적 손상에 따른 위험을 부담한다’와 관련하여, 일반기업회계기준에서는 ‘회사가 재고자산을 보유하지 않아 재고자산에 대한 전반적인 위험은 부담하지 않으나, 운송 조건에 따라 공급자로부터 또는 고객에게 운송중인 재고자산에 대하여 물리적 손상위험을 부담하는 경우가 있다’고 설명하고 있다. 청구법인은 화물운송용역을 제공하는 사업자로 직접적인 재고자산을 보유하고 있지는 않으나, 청구법인과 OOO 간 ‘국제 혼재항공화물 운송계약서’ 제8조를 보면 청구법인이 혼재항공화물운송을 의뢰받은 후 실 수하인에게 인도하기 이전에 항공사 및 청구법인의 과실로 기인한 OOO의 손해를 청구법인이 배상하도록 규정하고 있어, 이는 운송중인 화물의 물리적 손상에 따른 위험을 부담하고 있는 것이므로 해당 지표를 충족한다고 할 수 있다. 보조지표 ⑧항의 ‘기업이 신용위험을 부담한다.’와 관련하여, 일반기업회계기준에서는 ‘기업이 고객에게 청구한 판매금액 총액에 대하여 신용위험을 부담한다면, 이는 기업이 거래의 당사자로 위험과 보상을 갖고 있다는 것을 나타내는 보조지표가 된다. 기업이 고객으로부터 판매금액 총액을 회수할 책임이 있으며 판매금액의 회수여부에 관계없이 공급자에게 대금을 지급하여야 한다면 신용위험을 부담하게 된다’고 설명하고 있다. 해당 보조지표에 대하여 상기 주요지표 ②항에서 설명한 바가 있는데, 청구법인은 OOO에게 청구하는 운송대금에 대하여 OOO로부터 징수했는지 여부에 관계없이 항공사에 지급해야 하고, 해당 지급을 보증하는 보증보험에도 가입하는 등 운송대금에 대한 전체적인 신용위험을 부담하고 있으므로 해당지표 또한 충족한다. 청구법인은 운송운임을 OOO로부터 항공사에 단순히 전달하는 역할을 하여 이로 인한 신용위험은 없다고 주장하나, 항공사는 화물에 대한 운송운임을 OOO가 아닌 청구법인에게 징수하고 있고, 대금지체로 인한 손해배상 또한 OOO가 아닌 청구법인이 부담하고 있으므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. (다) 회계기준적용의견서에는 총액인식의 지표에 근거하여 회사가 고객과의 거래에서 당사자 역할을 수행한다고 판단한 경우, 회사는 고객에게 청구한 판매가의 총액을 수익으로 인식하고, 그렇지 아니한 경우 고객에게 청구한 금액에서 재화나 용역의 실질적인 공급자에게 지급해야 할 금액을 차감한 순액을 수수료 수익으로 인식한다고 정하고 있다. 청구법인은 주요지표를 모두 충족하여 운송용역의 제공과 관련한 유의적인 위험과 보상에 노출되었다고 보아야 하므로 청구법인은 운송용역과 관련하여 운송인의 대리인으로 활동한 것이 아니고 운송인의 지위에서 본인으로 활동한 것에 해당하므로 청구법인은 OOO로부터 수취한 용역대가 전체를 매출액으로 인식하여야 한다.

(4) 청구법인은 자기의 책임과 계산하에 타인의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 OOO로부터 운임을 받는 운송주선업자에 해당함을 전제로 OOO로부터 수취한 용역대가 전체를 영세율 매출금액으로 하여 부가가치세를 신고하고 있으므로 부가가치세 과세표준 전체 금액을 매출액으로 인식하여야 한다. 부가가치세법 제23조 제1항 에서는 선박 또는 항공기에 의한 외국항행 용역의 공급에 대하여는 영세율을 적용한다고 하고 있고, 제3항에서는 제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 하면서, 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에서 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 OOO로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 OOO로부터 운임을 받는 국제운송용역’은 외국항행용역의 범위에 포함하여 영세율을 적용하도록 하고 있다. 청구법인은 부가가치세 신고 시 OOO로부터 받은 운송대금 중 ‘CONSOL HANDLING CHARGE'를 제외한 모든 대금을 영세율을 적용하고 신고하고 있다. <2021년 제2기 영세율 매출명세서 중 일부(삽입)> 청구법인이 항공화물 선적공간 중개용역을 제공하고 그로 인한 중개수수료가 수익이라면, 국제물류주선업 등록을 할 필요가 없음에도 국제물류주선업으로 등록하였고, 해당 중개수수료에 대하여 과세매출로 세금계산서를 발급했어야 함에도 청구법인은 부가가치세법 제23조 를 적용하여 ‘국제복합운송계약에 의한 외국항행용역’을 제공하는 것으로 하여 영세율로 부가가치세를 신고하였는데, 이로 볼 때 선적공간 중개업을 영위한다는 청구법인의 주장은 부가가치세 신고내용과 맞지 아니하다. 유사 사건의 조세심판원 결정례(조심 2015서5553, 2016.12.15.)에 따르면, 청구법인은 자기의 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 OOO로부터 운임을 받는 국제운송용역을 제공하고 있고, 그에 따라 부가가치세를 영세율로 신고하고 있으므로, 청구법인이 OOO로부터 받은 운임대금 전체를 당해 법인의 수익으로 계상함이 타당하다.

(5) 청구법인이 수수료를 목적으로 하는 업을 영위하였다면 2022사업연도 부의 매출액이 발생한 것이 설명되지 아니한다. COVID-19 발생 이후 항공사의 여객 수요가 급감하면서 항공사는 화물운송사업에 집중하게 되는데, COVID-19로 온라인 구매 수요가 급증하면서 항공화물업계가 호황이었고, 청구법인의 2021사업연도도 같은 상황이었던 것으로 보인다. 2022사업연도에는 우크라이나 전쟁, 항공사의 차터(전세기)운임 상승 등으로 항공사가 청구법인에게 청구하는 화물운임단가는 대폭 증가한 데 비하여, 청구법인은 OOO에게 상승된 운임전체를 청구하기 어려운 상황 등으로 2022사업연도 매출총이익이 OOO원으로 급감하였고, 청구법인은 매출액은 부(-)의 값으로 신고할 수 없어 총액법으로 신고하였다고 주장한다. 만약 청구법인의 주장과 같이 수수료 수입이 주요 수익이고 OOO의 운임은 항공사에 전달하는 역할만 수행한다면 항공사의 운임상승에 따른 부담 및 위험은 모두 OOO에게 돌아가고, 청구법인은 부의 매출이 발생할 수 없는 것인데, 청구법인은 2022사업연도 항공사의 운임상승분 등을 모두 부담하여 큰 손실이 발생한 것이다. 청구법인은 자기의 책임과 재산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 OOO로부터 운임을 받는 국제운송용역을 제공하고 있고, 그에 따라 부가가치세 영세율을 적용하고 있으며, 일반기업회계기준상으로도 거래의 당사자로서 용역의 제공에 대한 주된 책임 및 전반적인 위험을 부담하므로 OOO로부터 받은 운임전체를 매출액으로 인식하여야 한다.

(6) 청구법인의 항변에 대한 추가 답변은 아래와 같다. (가) 청구법인은 항공화물 선적공간 중개업이 아닌 국제물류주선업을 영위하고 있다. 콘솔사와 OOO는 과거와는 달리 현재는 업무를 분리하여 서로 수행하는 업무가 조금 차이가 있지만, 둘 다 사실상 OOO에 해당하고 국제물류 주선업으로 등록하여 운송용역을 제공한다는 점에서 공통점이 있다. 청구법인은 항공사 및 OOO 사이에서 항공화물 선적공간 중개계약이 아닌 운송계약서를 각각 작성하고 있으며, 국제물류주선업의 인허가 등록을 하고 사업을 영위하고 있다. 항공사는 청구법인으로부터 선적공간 대여료 또는 중개수수료가 아닌 청구법인이 기적한 화물 전체에 대한 운송대금을 청구하고 있고, 청구법인은 OOO로부터 선적공간 임차료 또는 중개수수료가 아닌 OOO의 화물중량 등에 따라 청구법인이 정한 운송요금(혼재요금)을 수취하고 있다. 청구법인이 선적공간 중개업을 영위한다면 항공화물 혼재를 위한 공간이나 혼재작업 자체가 필요하지 않을 것이나, 청구법인은 OOO로부터 운송의뢰 받은 항공화물에 대해 크기 및 모양을 고려하여 혼재화하고 있으며, 혼재화 작업을 어떻게 하는지에 따라 청구법인의 마진도 달라질 수 있다. 업종 판단에 있어 해당 법인이 수행하는 용역과 관련한 계약서는 가장 중요한 판단근거 중 하나이고, 해당 계약서에서는 계약당사자 사이의 수행 업무 및 책임 범위 등에 대하여 명시되어 있음에도 불구하고 계약서의 내용을 부인하고 이와 다른 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다. (나) 청구법인은 부가가치세법 제24조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제5호의 규정 적용대상이 아니다. 청구법인은 항공사로부터 운송용역을 제공받고 OOO에게 운송용역을 제공하고 있어 외국을 항행하는 항공기에 용역을 공급하는 것이 아닌 OOO에게 운송용역을 공급하고 있고, 해당 운송용역은 외화를 획득하기 위한 용역의 공급에도 해당하지 아니한다. 청구법인 주장대로 선적공간 중개용역을 제공한다면 해당 중개수수료는 영세율 적용대상이 아닌 과세대상에 해당하고, 청구법인은 자기의 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 OOO로부터 운임을 받는 국제운송용역을 제공하고 있으며, 이에 따라 부가가치세법 제23조 의 규정을 적용하여 부가가치세를 영세율로 신고하고 있는바, 청구법인은 OOO로부터 받은 운임 전체를 법인의 수익으로 계상함이 타당하다. (다) 중소기업기본법상 중소기업 해당 여부는 사업장 규모 또는 종업원 수가 아닌 매출액을 기준으로 판단해야 한다. 조특법 시행령 제2조 제1항 제1호 및 중소기업기본법 시행령 별표1에서 업종별 매출액 규모에 따라 중소기업 해당여부를 판단하도록 하고 있고, 청구법인의 업종인 운수 및 창고업은 매출액 800억원 이하일 경우 중소기업으로 보는 것이다. 청구법인은 위 중소기업 매출액 기준을 초과하고, 중견기업에 해당하므로, 종업원 수 또는 사업장 면적으로 중소기업 해당한다는 청구법인의 주장은 아무런 법적 근거가 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인의 항공화물혼재업 매출 인식을 총액법이 아닌 순액법으로 인정하여, 그 매출액 기준이 중소기업에 해당되는 것으로 보아 조세특례제한법제6조 및 제29조의7의 중소기업에 따른 세액감면 및 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 기본사항은 다음과 같다. (가) 청구법인의 벤처기업확인서에 의하면, 벤처기업의 유효기간이 2020.12.11.~2022.12.10. 기간 동안이고, 이후 재확인을 받지 아니한 것으로 확인된다. (나) 청구법인의 등기사항전부증명서(2024.4.22. 발급)에 의하면, 청구법인은 2020.7.2. 설립되었고, 다음과 같은 사업을 목적으로 하는 것으로 되어 기재되어 있다. (다) 청구법인의 사업자등록증(법인사업자, 655-86-01***)에 의하면, 개업연월일에 2020.7.27., 사업의 종류에 ‘서비스(업태)/국제물류주선업 외(종목)’로 기재되어 있다. (라) 청구법인 및 OOO와 관련된 통계청이 고시한 한국표준산업분류표(KSIC)에 의한 업종 분류로, ‘화물운송 중개, 대리 및 관련서비스업(52992)’과 ‘그 외 기타 분류 안된 운송 관련 서비스업(52999)’의 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 화물운송 중개업 등 업종 분류(통계청)

(2) 청구법인의 법인세 등 신고내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 아래 <표8>‧<표9>와 같이 법인세 및 부가가치세를 신고‧납부하였다. <표8> 법인세 신고내역 (단위: 천원) <표9> 부가가치세 신고내역 (단위: 천원) (나) 청구법인은 2020~2023사업연도 조정후수입금액명세서를 제출하였고, 2020․2021․2023사업연도의 경우 ‘2. 부가가치세 과세표준과 수입금액 차액 검토의 (2) 수입금액과의 차액 내역’에 대하여 ‘항공사 등 중개운임을 기재하였으나, 2022사업연도의 경우는 그 수입금액 내역이 기재되어 있지 아니하다. (다) 청구법인은 OOO로부터 받은 항공운송에 따른 운임에서 항공사에 지급한 항공료를 차감한 금액을 중개수수료로 보고 해당 수수료를 매출액으로 인식하여 2020사업연도 매출액 OOO원, 2021사업연도 매출액은 OOO원으로 산정하였고, 그 매출액 기준이 중소기업기본법 시행령 [별표1]의 중소기업 기준(운수 및 창고업은 매출액 OOO원 이하)에 해당된다고 보아 20 20·2021사업연도 법인세 신고 시 적용한 쟁점감면․공제 내역은 아래 <표10>과 같다. <표10> 쟁점감면․공제 내역 (라) 서울지방국세청장(감사관)이 처분청에 대한 이 건 감사를 실시한 결과에 따라 청구법인의 2020‧2021사업연도 쟁점공제‧감면의 조정사항은 다음과 같다.

1. 처분청은 청구법인의 2020‧2021사업연도 매출을 총액으로 인식하여, 2020사업연도 매출액을 OOO원으로 2020년 7월 설립법인으로 연환산 매출액 OOO원이고, 2021사업연도 OOO원으로 이는 해당 업종의 중소기업 매출액(OOO원)을 초과하므로 중견기업에 해당하는 것으로 보았고, 이에 따른 쟁점공제‧감면의 조정내역은 아래 <표11>과 같다. <표11> 조정 후 쟁점공제‧감면 내역 (단위: 원)

2. 처분청은 위 조정에 따라 2024.5.2. 청구법인에게 2020․2021사업연도 법인세를 부과하였다.

3. 매출인식과 관련하여, 일반기업회계기준 실무지침 16.19.에 의하면, 판단기준이 되는 주요 지표와 보조지표는 다음과 같다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 발급받은 국제물류주선업등록증(2023.7.11.)은 다음과 같다. (나) 처분청은 국제물류주선업이 한국표준산업분류상 ‘화물운송중개, 대리 및 관련 서비스업(분류코드 52992)’에 해당한다는 의견이다. (다) 청구법인이 주식회사 a과 작성한 국제항공화물운송대리점 계약서(2020.9.24.)의 주요내용은 다음과 같다. (라) 청구법인이 b 주식회사와 작성한 국제 혼재항공화물 운송 계약서(2021.9.1.)는 다음과 같다. (마) 청구법인이 가입한 지급보증보험(계약변경) 증권(2023.11.7.) 내용은 다음과 같다.

(4) 청구법인이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 항공화물혼재사(콘솔사)로서 항공화물을 운송하는 항공사로부터 화물 적재량 및 운임정보를 받아, OOO를 대상으로 영업을 하여 항공화물 선적공간을 중개하는 용역을 제공하고 수수료를 받는 사업자라고 주장한다. (나) OOO와 항공화물혼재사에 대한 내용은 다음과 같다.

1. 국토교통부에서 운영하는 국가물류통합정보센터에서는 아래 <표12>와 같이 OOO와 항공화물혼재사를 구분하고 있다. <표12> OOO와 항공화물혼재사의 비교

2. 청구법인은 항공화물혼재사에 해당한다며 OOO와의 비교 내용을 아래 <표13>과 같이 제출하였다. <표13> OOO와 항공화물혼재사 비교

3. 한국표준산업분류표의 업종 구분에 대하여, 청구법인은 ‘화물 운송 중개, 대리 및 관련 서비스업(52992)’은 OOO의 항공화물주선업이고, ‘그 외 기타 분류 안 된 운송 관련 서비스업(52999)’는 청구법인과 같은 ‘항공화물혼재사’의 영위 업종에 해당한다고 주장한다. (다) 청구법인은 아래 <표14>와 같이 총액법과 순액법의 각 인식에 따른 매출액을 제출하면서, 처분청은 청구법인이 OOO로부터 지급받은 대금 전체(A)를 청구법인의 매출로 보았으나, 그 대금 중 4개년 평균 95% 이상이 항공사에게 지급한 항공료(B)를 구성하고 있다고 주장한다. <표14> 매출액 인식 기준 비교(총액법과 순액법) (단위: 백만원) (라) 아래 <표15>의 청구법인의 연도별 수입금액 신고내역에 따르면, 2020‧2021‧2023사업연도는 순액법으로, 2022사업연도 총액법으로 하였으며, 2022사업연도의 총액법 기준으로 매출액 OOO원을 신고이유는 선적공간 확보를 위해 전세기계약을 진행하면서 막대한 손실이 발생하였고, 순액법으로 신고할 경우, 부(-)의 매출액을 신고하게 되기 때문이었다고 주장한다. <표15> 청구법인의 연도별 수입금액 신고내역 (단위: 백만원) (마) 청구법인은 실제 운송과 관련하여 분실사고가 발생하였고, 항 공사가 최종책임을 지고 보상한 사례를 아래 <표16>과 같이 제출하였다. <표16> 항공사 운송책임 사례(클레임 및 처리 내용) (바) 청구법인은 다른 항공화물혼재사의 매출신고 방식을 정리․제출하였다.

1. 항공화물혼재사 1~11순위의 매출 신고방식은 아래 <표17>과 같다. <표17> 항공화물혼재사 매출신고방식 내역

2. 청구법인은 업계 1, 2위 및 5위는 순액법으로 신고하고 있고, 하위 업체일수록 실적을 좋게 보일 목적으로 총액법으로 신고하는 경향이 있다고 주장한다. (사) 청구법인은 영세한 업종으로 중견기업에 해당되지 아니한다고 주장하며, 아래 <표18>과 같이 2020~2024사업연도 임직원 현황 및 사업장 면적을 제출하였다. <표18> 각 사업연도별 임직원 현황 및 사업장 임대면적 (아) 청구법인은 OOO(c 주식회사, 주식회사 d, 주식회사 e 투어) 3인과 작성한 ‘국제 혼재항공화물 운송 계약서’를 3부 제출하였는데, 이중 청구법인과 c 주식회사 간 작성한 ‘국제 혼재항공화물 운송계약서’ 내용은 다음과 같다. (자) 청구법인은 ‘화주와 OOO 간 작성한 물류계약서’ 중 2부를 제출하였다. 제출자료는 OOO(f) 1인과 화주(g 주식회사와 h 주식회사) 2인 간 각각 작성한 물류계약서로, 이중 ‘화주(g 주식회사)와 / 포워더사/(f) 간 작성한 물류계약서’ 내용은 다음과 같다. (차) 청구법인은 적하보험에 가입한 바가 없고, OOO가 적하보험에 가입하고 있다고 주장하며, OOO의 적하보험 가입내역서 샘플 4건을 제출하였다. (카) 청구법인이 제출한 2021‧2022사업연도 매출금액, 매입금액, 손익금액은 아래 <표19>와 같고, 2021사업연도 순액법으로 신고하였고, 2022사업연도는 총액법으로 신고하였으나, 손익은 총액법과 순액법 신고방법으로 하든 다 같다고 주장한다. <표19> 2021‧2021사업연도 손익금액 (단위: 원) (타) 청구법인은 OOO로부터 항공화물 운송 관련 예약을 요청받는 내용의 수신 이메일을 제출하였는데, 이에 대하여 OOO는 화주가 의뢰한 물량과 운송장소를 청구법인에게 알려주고 청구법인이 제시한 일정을 선택하는 방식이라는 주장이다. (5) 청구법인은 조세심판관회의(2025.4.25.) 참석 이후 한국표준산업분류표상 업종구분(52992, 52999)에 대한 통계청 질의․회신(2025.5.13.)을 다음과 같이 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 자기 책임과 계산하에 국제물류주선업을 영위한 것이므로 2020․2021사업연도 매출을 총액법에 따라 인식하여야 하고, 그러할 경우 매출액 기준이 중소기업 기준 범위를 초과하므로 중소기업에 대한 쟁점공제․감면을 적용할 수 없다는 의견이나, 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 등, 같은 뜻임). 조특법 시행규칙 제2조 제4항에서 같은 조 제1항 제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다고 규정하고 있는데, 청구법인과 같은 항공화물혼재사(콘솔사) 업계는 매출인식 방법에 있어 총액법과 순액법을 모두 사용하고 있는 것으로 볼 때 각 법인별로 선택한 계약과 거래구조에 따라 매출인식 방법을 달리 정할 수 있어 보이는 점, 청구법인은 2022사업연도 매출액이 순액법에 따르면 음수로 되어 부득이 총액법으로 인식한 것 외에 기업회계기준에 따라 각 사업연도 매출액을 순액법으로 계속하여 인식한 점, 청구법인은 OOO와 항공사 중간에 개입되어 ‘항공화물운송중개 및 서비스업’을 영위하고 있는데, 청구법인은 화주가 아닌 OOO와 ‘항공혼재화물 운송 계약’을 체결하고 있고, 청구법인의 업종은 ‘항공화물선적공간 중개업’으로 OOO의 항공화물운송업과는 책임 및 역할 범위가 같다고 단정하기 어려운 점, 청구법인이 특정 OOO와 체결한 ‘국제 혼재항공화물 운송계약’ 제1조 제1항에 “청구법인이 혼재항공화물을 직접 판매하는 행위를 할 수 없다”고 기재되어 있고, 제7조에서 “1. OOO가 항공화물운송장을 발행하고, 청구법인에 의하여 혼재항공화물 운송운임을 ‘OOO가 청구법인에게 정산할’ 정산표상의 금액 및 기타 요금은 송하인, 수하인으로부터 OOO의 징수여부에 관계없이 청구법인에게 지불하여야 한다”고 되어 있으며, “3. 청구법인은 항공화물운송장에 명기된 도착지불 항공운임을 화주를 대리하여 수하인으로부터 수금할 수 있다”고 기재되어 있는데, 이러한 계약 내용으로 보아 청구법인은 자기 책임과 계산하에 타인의 항공기 등 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 직접 운임을 받는 거래로 보기는 어려운 점, 오히려 청구법인이 OOO로부터 받은 ‘항공화물 선적공간 중개’ 관련 예약 이메일 내용에 따르면, 청구법인이 OOO에게 항공사의 운임표 및 일정을 공유하면, OOO가 선택하고, 청구법인이 OOO의 요청에 맞게 항공화물운송을 중개하는 업무를 수행한 것으로 보이는 점, 또한 청구법인은 항공화물혼재사로서 본인이 관여된 항공화물선적중개업의 운송 및 보관에 대한 책임을 부담하고, 기본적으로 지급보증에 대한 법적 책임을 지기 위한 지급보증보험에는 가입되어 있으나, 항공화물운수업의 전반적인 책임을 부담하기 위한 적하보증보험을 가입하지 아니한 점, 일반기업회계기준 제16장 실무지침 16.19에서는 ‘기업이 본인으로서 활동하는지 또는 대리인으로서 활동하는지 결정’의 판단기준(주요지표 2개와 보조지표 6개)에 있어, 주요지표 2개를 기준으로 총액법과 순액법을 구분하고 있는데, 주요지표①의 ‘기업이 거래의 당사자로서 재화나 용역의 제공에 대한 주된 책임을 부담한다.’와 관련하여, 일반적인 OOO는 화주와의 물류운송 계약을 설정하며 전반적인 책임을 부담하는 데 반해, 청구법인은 이들 OOO로부터 화물운임 등을 받아 항공사에게 지급하고, 화물운송의 손해배상책임 등을 항공사에게 부담하게 하는 것으로 보아 주된 책임을 부담하지 아니한 것으로 보이는 점, 주요지표②의 ‘기업이 재고자산에 대한 전반적인 위험을 부담한다.’와 관련하여, 청구법인은 OOO에게 항공사의 화물 운임표를 알려주어 OOO로부터 항공사를 지정받고, 청구법인은 OOO가 정한 항공사와 거래하며 항공운임 등을 정산하고 수수료를 수취해 가고 있으며, 청구법인의 재고자산에 대한 전반적인 위험을 부담하는 내용이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인은 ‘항공화물선적중개업’을 중개인의 지위에서 영위하는 것으로 보이므로 그 매출을 기업회계기준에 따라 설정한 순액법으로 인식하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인을 2020․2021사업연도에 창업벤처중소기업에 해당되지 아니한 것으로 보아 쟁점공제․감면을 부인하여 청구법인에게 2020․2021사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제53조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자”라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  • 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 “청년창업중소기업”이라 한다)의 경우: 100분의 100
  • 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

벤처기업육성에 관한 특별법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 벤처기업육성에 관한 특별법 제25조 제2항 에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

6. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다) 제7조의4(상생결제 지급금액에 대한 세액공제) ① 중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 제10조를 제외하고 “중견기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 2022년 12월 31일까지 중소기업 및 중견기업에 지급한 구매대금(제7조의2 제3항 제1호에 따른 구매대금을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 중 대통령령으로 정하는 상생결제제도(이하 이 조에서 “상생결제제도”라 한다)를 통하여 지급한 금액이 있는 경우로서 해당 과세연도에 지급한 구매대금 중 약속어음으로 결제한 금액이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 증가하지 아니하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액을 소득세[사업소득(소득세법 제45조제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자 (이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시 근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

  • 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
  • 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원 (2) 조세특례제한법 시행령 제2조(중소기업의 범위) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.
1. 매출액이 업종별로

중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29.>

3. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 “매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업”으로 본다.

4. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 “물류산업” 이라 한다)을 말한다.

1. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송업

3. 보관 및 창고업

4. 육상ㆍ수상ㆍ항공 운송지원 서비스업

5. 화물운송 중개ㆍ대리 및 관련 서비스업

6. 화물포장ㆍ검수 및 계량 서비스업

7. 선박의 입항 및 출항 등에 관한 법률에 따른 예선업

8. 도선법에 따른 도선업

9. 기타 산업용 기계ㆍ장비 임대업 중 파렛트 임대업 제6조의4(상생결제 지급금액에 대한 세액공제) ① 법 제7조의4 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 중견기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 제9조 및 제93조의4를 제외하고 “중견기업”이라 한다)을 말한다.

1. 중소기업이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 경영하지 않을 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

  • 가. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업
  • 나. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제2항 제2호 각 목의 업종
  • 다. 부동산 임대업

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조 제4항에 따른 계산 방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년 으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조(중소기업의 범위) ④ 조세특례제한법 시행령(이하 “영”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 해당 과세연도 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다. 제6조의4(상생결제 지급금액에 대한 세액공제) ① 법 제7조의4 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 중견기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 제9조 및 제93조의4를 제외하고 “중견기업”이라 한다)을 말한다.

1. 중소기업이 아닐 것

1의2. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 기관이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 경영하지 않을 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

  • 가. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업
  • 나. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제2항 제2호 각 목의 업종
  • 다. 부동산 임대업

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령 제2조 제2항 제1호 에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조 제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년 으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것

5. 법인세법 시행령 제42조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인이 아닐 것 (4) 부가가치세법 제23조(외국항행용역의 공급) ① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.

③ 제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조(외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등) ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

② 제1항에 따른 외화 획득의 증명에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 부가가치세법 시행령 제32조(선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다른 외국항행사업자가 운용하는 선박 또는 항공기의 탑승권을 판매하거나 화물운송계약을 체결하는 것

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제23조 제3항에 따라 외국항행용역의 범위에 포함된다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역 제33조(그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) ② 법 제24조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

5. 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제32조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우는 제외한다. 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령 으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

9. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

10. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

(6) 중소기업법 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

  • 가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
  • 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2024.2.20.>

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 해당 법률에서 정하는 바에 따라 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. (7) 중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  • 가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 “평균매출액등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것
  • 나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  • 가. 삭제 <2020.6.9.>
  • 나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제3항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  • 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업
  • 라. 삭제 <2017.12.29.> [별표1] 주된 업종별 평균매출액 등의 중소기업 규모 기준(제3조 제1항 제1호 가목 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모기준 ⁞
25. 음료 제조업

C11 평균매출액 등 800억원 이하 ⁞

32. 운수 및 창고업

H

33. 정보통신업

J 비고

1. 해당 기업의 주된 업종의 분류 및 분류기호는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시한 한국표준산업분류에 따른다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)