사실과 다른 세금계산서 수취행위에 대한 10년의 부과제척기간 적용 여부

[주 문] AA세무서장이 2024.6.20. 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 스위스에 본사를 두고 있는 OOO 그룹의 한국지사인 청구법인은 1999년 6월 설립되어 인력파견, 아웃소싱, 채용 대행 등 사업을 영위하고 있고, 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)와 택배 분류 업무를 수행하는 도급계약을 체결하여 이에 필요한 인력을 주식회사 B(이하 “B”이라 한다) 등 외주업체로부터 공급받은 후, 동 과세기간에 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)의 세금계산서를 교부받고 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. BB세무서장은 2018.1.23.⁓2018.4.9. 기간 동안 B에 대한 거래질서 관련 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서가 실제 용역의 공급 없이 발급한 가공세금계산서 혐의가 있다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2024.3.14.⁓2024.5.28. 기간 동안 청구법인의 세금계산서 수수의무 위반 혐의에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실제 용역의 공급처가 사실과 다른 세금계산서로 보고, 국세기본법 제26조의2 제2항 에 따른 10년의 부과제척기간을 적용하여 2024.6.20. 청구법인에게 2017년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2017사업연도 법인세 OOO원(증빙미수취 가산세)을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점거래는 가공거래가 아닌 실지거래로서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. (가) ‘가공거래’라 함은 실질적인 재화나 용역의 공급 없이 정상적인 거래의 외관을 만들어 낸 거래를 의미하며, 통정에 의한 사실과 다른 세금계산서 수수와 같은 조세 포탈 행위를 수반하고 이를 통해 부당한 부가가치세 매입세액 공제 또는 법인세 손금 인정과 같은 조세 탈루의 결과를 의도하는 것이나, 청구법인과 B의 쟁점거래는 가공거래가 아닌 실지거래이다. 청구법인이 쟁점거래를 수행한 이유는 청구법인과 A간에 체결한 원도급계약에 따른 물류중계 용역을 공급하기 위해서인데, 화물분류 및 상하차 용역의 특성상 청구법인의 자체 인력으로 용역 소요 인력 전체를 상시 충당하기 어렵기 때문에 청구법인은 B을 포함한 다수의 위탁업체와 도급계약을 체결하였다. 구체적으로, A과의 원도급계약과 관련하여 해당 용역 건을 담당했던 청구법인의 OOO지사에는 OOO 인근의 관련 위탁 업체들을 접촉하여 인력 공급 가능 여부를 타진하였고, 이에 B을 포함한 11개 업체와 위탁 인력을 공급받기 위한 도급계약을 체결하였다. 계약체결 과정에서 A과의 원도급계약 상 소요 인력의 적시 공급 여부가 가장 핵심적인 고려사항이었을 뿐, B이나 여타 업체와의 거래에 있어 어떤 특정 고려 요소가 있을 수 없는 상황이었다. 종합하면, 청구법인과 B 간의 쟁점거래는 청구법인과 A과의 원도급계약을 전제로 하는 것이며, 청구법인이 B과 가공거래를 만들어 조세를 탈루할 하등의 이유가 없다. (나) 쟁점거래가 가공거래가 아니라는 점은 용역제공의 사실을 입증하는 관련 증빙에 의해서도 쉽게 확인된다. 청구법인이 A에 공급한 물류중계 용역은 적시에 적정의 인력이 투입되는 것이 가장 핵심적인 요소인데, 이를 위해 청구법인 및 위탁업체의 일별 용역투입 인원 및 투입 인원별 용역 제공시간이 정확하게 측정되며, 이러한 증빙 기록을 토대로 청구법인은 A에 도급비를 청구할 수 있다. 이러한 용역 공급의 증빙 기록은 청구법인이 처분청에 기 제출한 월별 ‘OOO근태내역서’에 의해 상세히 입증되며, 이를 근거로 A에 도급비를 청구하였음은 ‘도급비 청구서’에 의해 확인된다. A과의 원도급계약 및 이에 따른 용역공급 증빙 기록은 청구법인과 B간 쟁점거래에 있어 B이 그 거래당사자로, 가공거래가 아닌 실지거래라는 것을 입증하는 객관적인 자료라 할 수 있다. 결론적으로 이러한 실지거래에 의해 실제 용역 공급 주체인 B에 도급비(부가가치세 포함)를 지급한 후 발급받은 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’로 볼 근거가 없으며, 관련 매입세액은 적법하게 공제되어야 한다. 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 선의의 거래당사자로서의 주의 의무를 다하였다. (가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우, 매입세액을 공제․환급 받을 수 있는 요건 및 그 입증책임에 대하여 대법원은 “실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제․환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다”라고 판시하고 있는데(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277판결, 조심 2019광4339, 2020.9.17., 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 일치한다는 것을 확인하기 위한 최선을 다하였고, 이와 관련한 과실이 없다. (나) 청구법인은 B과 도급계약을 체결함에 있어 수원세무서장이 발급한 사업자등록증 및 납세증명서, 대표자 신분증 사본, 법인등기부등본, 인감증명서, 법인 명의 통장 사본 등 거래당사자로서 B의 법적 실질을 확인할 수 있는 일체의 증빙을 징구하여 B이 가공 또는 위장의 거래처가 아니며, 체납사실 또한 없다는 것을 확인하였다. (다) 또한 A에 물류중계 용역을 공급함에 있어 앞서 기술한 바와 같이 도급비 정산의 목적을 위해 B 파견인력의 신원 및 출퇴근 시간을 근태내역서에 의해 상세히 기록하고 이를 근거로 A에 도급비를 청구하였다. 이러한 근태내역 기록은 청구법인에게 도급비를 지급하여야 할 원도급업체인 A이 확인하고 관리하는 것으로 청구법인 또는 B이 임의로 조작할 수 있는 여지가 없는 객관적인 자료이다. (라) 한편, 처분청이 부과처분의 근거로 제시한 B에 대한 사실관계는 청구법인이 전혀 파악하거나 관리할 수 없는 사항이다. B이 폐업하였다는 사실은 도급계약 기간이 종료한 뒤에 발생하였고, 청구법인과의 도급계약 기간 중에는 정상적인 일반과세 사업자 상태를 유지하고 있었으며, 물류중계 용역의 공급도 정상적으로 이루어졌다. 또한 청구법인이 B과 체결한 도급계약서 제14조 제2항에 따르면, “파산, 가압류, 가처분, 압류, 경매, 조세체납처분, 주소 변경, 기타 경영상의 중대한 변동이 발생하였을 경우” B은 즉시 청구법인에 통지하도록 되어 있으나, 도급계약 기간 중 청구법인은 B의 폐업 또는 폐업 예정사실에 대해 어떠한 통보도 받은 바가 없다. 청구법인은 B과 도급계약에 따른 위탁 용역을 제공받고 도급비를 지급함으로 족하고, 그 투입인력에 대한 관리 책임은 전적으로 B에 있으며, 그 인력에 대한 급여 원천징수와 같은 사실은 청구법인이 파악하거나 관리할 수 있는 위치에 있지 아니하다. 주지하다시피 B의 투입인력은 B이 사용자의 위치에 있으며, 그에 대한 급여는 B이 세법에 따른 원천징수의무자이기 때문에 청구법인이 이에 대한 어떠한 확인 요청을 하는 것도 불가능하다. 청구법인이 B에 지급한 도급비가 즉시 현금 인출되었다는 사실과 관련하여 청구법인은 도급계약에 따라 B이 청구한 도급비를 지급함으로써 그 의무를 다하는 것이고, 그 이후의 사항은 전적으로 독립된 계약 당사자인 B의 자금관리 영역에 속하는 것으로서 청구법인이 파악하거나 관여할 수 있는 위치에 있지 아니하고 그러한 의무를 갖지도 아니한다. (라) 대법원도 “그 유통구조 및 거래의 특성상 해당 물품을 공급받는 자에게 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무까지 있다고 볼 수는 없으므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계에 비추어 상대방을 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 대하여 과실이 있다고 할 것이다”라고 판시(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결)한 바 있다. 따라서, 위 사실관계 및 대법원 판례에 비추어, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 일치한다는 것을 확인하기 위한 최선을 다하였다. 즉, B의 거래당사자로서 선의의 주의의무를 다하였고 이에 대한 과실이 있다고 볼 수는 없다. 가사 쟁점세금계산서를 처분청 의견과 같이 사실과 다른 세금계산서로 본다고 하더라도, 청구법인은 B과 거래할 당시 B이 국세를 납부하지 아니하거나 체납할 것으로 전혀 예상을 할 수 없어 국가 조세수입의 감소를 가져올 것이라 인식할 수 없었고, 청구법인이 거래상대방을 확인할 의무를 다하였으므로 이에 대하여 어떠한 “부정한 행위”가 있다고 할 수 없으므로 5년의 국세 부과제척기간이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 B로부터 세금계산서의 필요적 기재사항인 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’이 실질과 다른 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 탈루하였다. (가) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 청구법인의 대전지사에서 B을 포함하여 용인 인근에 사업장을 두고 있는 11개 위탁업체와 인력을 공급받기 위한 도급계약을 체결하였고, 인력공급과 관련한 증빙자료로 ‘OOO근태내역서’를 제출하였으며, 청구법인이 제출한 ‘OOO근태내역서’에는 B 외에도 ㈜C, ㈜D 등 다수의 인력공급업체가 확인되는데, 청구법인이 제출한 근태내역서에 따르면, 쟁점거래 기간인 2017년 4월부터 6월까지 710명의 인원이 B 소속으로 3,413번 근무한 것으로 기재되어 있고, 해당 근태내역서의 신뢰성 확인을 위해 B 소속의 인력들에 대한 일용지급명세서 신고 내용을 검토한 결과, 710명의 인원 중 B 명의로 일용근로지급명세서가 한 번이라도 제출된 인원은 57명에 불과하며, ㈜E, ㈜D 등 관련 업체의 명의로 지급명세서가 제출된 인원은 100명, 나머지 553명은 쟁점거래처 및 관련업체 명의로 지급명세서가 제출된 바가 전혀 없는 것으로 확인되었다. (나) 또한, 근태내역서 상 B 외 소속으로 되어 있는 인력 중에서 B 명의로 지급명세서가 제출된 경우가 다수 확인되는 등 근태내역서 상 인력공급 내용이 실제 국세청에 신고한 사실과 달라 B이 청구법인에 인력을 공급하였다는 것을 확인할 수 없었다. 부가가치세법상 적법한 매입세금계산서가 되려면 필요적 기재사항인 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등이 사실과 일치하여야 함에도 불구하고, 제출된 자료만으로는 B로부터 용역을 제공받았음이 확인되지 않아 쟁점세금계산서는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’이 실질과 달리 기재된 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다. (다) B의 대표이사인 A은 건설현장에서 일용직으로 근무하는 자로서 직업 이력 및 재산상태 등으로 볼 때, 인력공급 사업을 영위할 수 있는 능력이 없었으며, 수원세무서장의 조사 당시 본인 의지가 아닌 지인들의 지시로 법인을 설립․운영하였다고 진술한 바 있다. 또한, B은 파견근로자에 대한 일용근로소득 신고 외에 내부 직원에 대한 원천징수 신고 내용이 전혀 없으며, 소호사무실에서 2016년 11월에 개업한 후, 단기간에 청구법인 등 7개 업체에 총 OOO원의 세금계산서를 발급하는 한편 관련 세금을 체납하고 2017년 10월에 폐업하였다. 따라서, B은 세금계산서 발급만을 위해 만들어진 페이퍼 컴퍼니로 보이며, 청구법인은 B을 이용하여 부가가치세를 탈루하였다. (다) 위에서 본 바와 같이 B은 청구법인이 필요로 하는 인력을 공급할 능력이 없었고, 서류상으로 B이 청구법인에게 인력을 공급한 것처럼 작성되어 있으나, 이를 인정할 수 없다. 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다. (가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 하는데(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등 참조), 청구법인은 B과의 거래계약 시점에 확인하였다는 사업자등록 관계 서류, 납세증명서, 대표자 신분증, 법인등기부등본 등을 선의의 거래당사자의 증거로 제시하고 있으나, 이는 통상적인 거래관계에 있어서 주고 받는 기본적인 서류 및 대금결제 증빙일 뿐, 선량한 관리자로서의 주의의무를 기울인 근거 서류로 보기 어렵다. 오히려 청구법인은 신규 개업 법인인 B의 사업장을 직접 방문하거나 대표자를 대면하지 않고 단순히 물류창고 근처인 대전지사에 거래계약 및 현장관리를 일임하였을 뿐, 본사 자체적으로 신규 거래처 확인 및 실제 용역제공 현장에 대한 관리 없이 대전지사의 요청에 따라 대금을 지급하고 세금계산서를 수취하였으므로 선량한 관리자로서의 주의의무를 소홀히 한 것이다. (나) 다수의 일용근로자가 존재하고, 다수의 인력공급업체가 존재하는 물류창고 현장 특성상 더 세심한 주의가 필요한 점, B은 신규사업자로서 대표자 외 등록된 직원이 없으며 사무실도 소호사무실인 점 등을 보아 청구법인이 주의의무를 다하였다면 B이 정상적인 사업자가 아님을 알 수 있었을 것이다. 청구법인이 주장하는 것처럼 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였음에도 국가 조세수입의 감소를 인식하지 못한 경우에는 5년의 부과제척기간이 적용되는 것인바, 본 사건의 경우 청구법인은 선의의 거래당사자로서 주의의무를 충분히 다한 것으로 볼 수 없어 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

② 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

• 가. 소득세법 제81조의10 제1항 제4호
• 나. 법인세법 제75조의8 제1항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항 (2) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법 제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청과 청구법인이 제출한 업무위탁(도급) 계약서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2017.4.3. B과 업무위탁(도급)계약(계약기간 2017.4.3.⁓2017.6.30.)을 체결하여 인력을 공급받았다. <표1> 업무위탁(도급) 계약서 일부 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 B과 계약체결 및 대금지급 시 법인등기부등본, 사업자등록증, 납세증명서(2017.4.13.), 지방세납세증명서(수원시 팔달구청장 2017.4.13.), 주민등록증(A), 법인 인감증명서(2017.3.30.), 법인통장 사본 등을 확인하여 거래하였다고 주장한다. (다) 청구법인은 2017.4.3.⁓2017.6.30. 기간의 쟁점거래 관련 OOO물류센터 현장근무자의 근태내역서를 아래 <표2>와 같이 제출하였다. <표2> OOO근태내역서 일부 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 위 <표2>의 근태내역서 등을 근거로 A에 아래 <표3>과 같이 인건비와 기타 비용 등 도급비를 청구하였다. <표3> 청구법인의 도급비 청구내역 일부 ㅇㅇㅇ 청구법인의 2017년 제1기 부가가치세 신고내용과 처분청의 세무조사 내용을 보면, 처분청은 청구법인이 거래한 11개 인력도급 업체 중 B 거래분인 쟁점세금계산서에 대해서만 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 경정하였고, 법인세의 경우 지급한 인건비를 손금으로 인정하여 증빙미수취 가산세만을 부과한 것으로 나타난다. <표4> 부가가치세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ 처분청이 제출한 자료에 따르면, B은 2016년 10월⁓2017년 10월 기간 동안 공급가액 약 OOO원 상당의 세금계산서를 발급한 후, 관련 세금을 체납하고 폐업한 것으로 나타나고, 대표자 B은 수원세무서장의 2018년 1월경 조사 당시 본인 의지가 아닌 지인들의 지시로 법인을 설립하고 운영하였다고 진술한 사실이 확인된다. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 납세자가 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제2항 에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015.2.26. 선고 2014두42001 판결 등 참조). (나) 그리고, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277판결 등 참조). 또한, 세금계산서에 재화 또는 용역을 공급하는 자로 기재된 자가 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때라도 알지 못한데 대하여 과실이 없는 경우에 한하여 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이지만, 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 한다(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결 등 참조). (다) 이 건에서 청구법인은 B과의 계약체결 및 대금 지급 시 법인등기부등본, 사업자등록증, 납세증명서(2017.4.13.), 지방세납세증명서(수원시 팔달구청장 2017.4.13.), 주민등록증(A), 법인 인감증명서(2017.3.30.), 법인통장 사본 등을 확인하여 거래한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 B이 투입한 인력에 대해 근태관리 등을 해왔고 이를 근거로 원청사(A)에게 도급비 등을 청구한 것으로 보이는 점, 청구법인의 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 총 매입금액(OOO원) 중 전체 거래에서 쟁점세금계산서는 OOO원으로 차지하는 비중이 적고(9.1%), 작업일자별로 근태내역 등을 관리한 것으로 나타나 청구법인의 입장에서 B이 정상적인 사업자가 아닌지 의심하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 인력공급이 있었다는 사실은 인정하면서도 청구법인이 거래상대방에 대한 주의의무를 게을리 한 과실이 있다거나, 쟁점거래 당시 청구법인이 실제 거래처를 알고 있음에도 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 볼 수 있다는 객관적인 조사내용은 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인은 B에게 거래대금을 지급하면서 국세 및 지방세 체납 내역 등을 확인한 것으로 보여 B이 국세를 납부하지 아니하거나 체납하여 결과적으로 국가 조세수입의 감소를 가져올 것으로 인식할 수 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.