쟁점분양권에 대한 취득가액 산정 시 종전주택의 쟁점취득가액에 시간의 경과에 따른 현재가치를 감안하여 증액하여야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구인은 2005.10.10. 서울특별시 동작구 OOO소재 제10호 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 a으로부터 OOO원(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)에 취득한 후 2016.11.28. 종전주택의 소유권을 OOO 지역주택조합(이하 “쟁점조합”이라 한다) 시행사인 ㈜b에 이전하면서 보상금 OOO원을 수취하고 쟁점조합의 조합원 자격(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 부여받았다.
• 나. 청구인은 쟁점조합 사업계획승인일(2017.9.22.) 이후인 2019.9.30. c과 쟁점분양권에 대한 매매계약(매매대금: 분담금 OOO원, 업무추진비 OOO원, 프리미엄 OOO원 합계 OOO원)을 체결하면서 프리미엄 OOO만을 수취한 후, 쟁점분양권에 대한 양도소득세 예정신고 시 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 종전주택의 쟁점취득가액(OOO원)으로 각각 계산하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.
• 다. 청구인은 2024.3.14. 쟁점분양권에 대한 필요경비를 과소신고하였다는 이유로 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 위 경정청구내용을 검토한 결과, 청구인이 쟁점분양권의 취득가액으로 인정할 만한 자료 등을 제시하지 아니하여 2024.5.20. 위 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.31. 이의신청을 거쳐, 2024.7.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 세무대리인을 통해 쟁점분양권에 대한 양도소득세 예정신고 시 양도가액을 OOO원, 취득가액을 쟁점취득가액(OOO원)으로 각각 계산하였으나, 종전주택을 취득한 후 약 14년간 보유하였기에 그 시간경과에 따른 현재가치를 감안할 때 쟁점분양권의 취득가액은 양도가액(OOO원)을 훨씬 초과하여 양도차익 등이 없음에도 양도소득세를 과다납부한 것인바, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 관련 법령 등에 따르면, 종전주택은 재건축이나 재개발사업의 경우와 같이 환지처분 등에 의한 입주권으로 변환된 것이 아니고, 청구인이 쟁점조합 시행사인 ㈜b에 종전주택의 소유권을 이전해 주고 보상금을 수취하면서소득세법제95조 제2항에서 규정한 조합원입주권이 아닌 쟁점분양권을 취득한 것인바, 사업계획승인일 이후 쟁점분양권 양도 시 그 필요경비 및 양도소득금액을 계산함에 있어서는 종전주택 취득시부터 쟁점분양권 양도시까지의 보유기간에 따른 현재가치요소(장기보유특별공제액 등)를 적용할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점분양권에 대한 취득가액 산정 시 종전주택의 쟁점취득가액에 시간의 경과에 따른 현재가치를 감안하여 증액하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. "조합원입주권"이란도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업,빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

10. "분양권"이란주택법등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 주택에 대한 공급계약을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(해당 지위를 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 것을 포함한다)를 말한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제104조(세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

4. 제94조 제1항 제2호에 따른 자산 중주택법제63조의2 제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다) 내 주택의 입주자로 선정된 지위(조합원입주권은 제외한다): 양도소득 과세표준의 100분의 50 (2) 주택법 제2조(정의) 이 조에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. "주택조합"이란 많은 수의 구성원이 제15조에 따른 사업계획의 승인을 받아 주택을 마련하거나 제66조에 따라 리모델링하기 위하여 결성하는 다음 각 목의 조합을 말한다.

• 가. 지역주택조합: 다음 구분에 따른 지역에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합

1. 서울특별시ㆍ인천광역시 및 경기도

• 나. 직장주택조합: 같은 직장의 근로자가 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합
• 다. 리모델링주택조합: 공동주택의 소유자가 그 주택을 리모델링하기 위하여 설립한 조합 제11조(주택조합의 설립등) ⑥ 주택조합(리모델링주택조합은 제외한다)은 그 구성원을 위하여 건설하는 주택을 그 조합원에게 우선 공급할 수 있으며, 제5항에 따른 직장주택조합에 대하여는 사업주체가 국민주택을 그 직장주택조합원에게 우선 공급할 수 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 양도소득세 예정신고서(세무대리인 기재되지 않음) 등에 의하면, 청구인은 쟁점분양권에 대한 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 계산한 후 조정대상지역 내 분양권에 대한 세율 50%를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부한 것으로 나타난다. (나) 쟁점조합 관할 지방자치단체장(서울특별시 동작구청장)의 회신문(제2024-1)에 의하면, 쟁점조합의 사업계획승인일은 2017.9.22.인 것으로 확인된다. (다) 언론자료OOO에 의하면, 쟁점조합 시행사인 ㈜b은 OOO 소유의 토지에 소재하던 건물 소유주(청구인 포함)에게 보상 및 조합 가입자격을 부여하면서 조합비를 받지 않고 후분양으로 주택건설사업을 추진하였다는 내용 등이 보도되어 있는 것으로 나타난다. (라) 청구인과 a 간 체결된 종전주택에 대한 매매계약서(취득)를 보면, 청구인은 2005.10.10. 종전주택을 a으로부터 OOO원에 취득한 것으로 나타난다. (마) 청구인과 쟁점조합 시행사인 ㈜b 간 체결된 종전주택에 대한 매매계약서(양도)를 보면, 청구인은 2016.11.28. 종전주택을 쟁점조합 시행사인 ㈜b에 OOO원에 양도한 것으로 나타난다. (바) 청구인과 c 간 체결된 쟁점분양권에 대한 매매계약서(양도)를 보면, 청구인은 2019.9.30. 쟁점분양권을 c에게 분담금 OOO원, 업무추진비 OOO원, 프리미엄 OOO원 합계 OOO원에 양도한 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점조합의 시행사인 ㈜b로부터 쟁점분양권 자격을 부여받은 후 분담금(OOO원) 중 얼마를 납부하였는지 여부는 확인되지 않는다.

(2) 처분청의 이 건 양도소득세 경정청구 검토서상 주요내용은 다음과 같다.

(3) 처분청이 제시한 국세청 및 기재부 해석사례는 다음과 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2005년경 종전주택을 OOO원에 취득한 후 약 14년간 보유(2016년 쟁점분양권 전환)하다가 2019년경 쟁점분양권을 OOO원에 양도하였는바, 보유기간에 따른 현재가치를 감안할 때 쟁점분양권의 취득가액은 적어도 양도가액인 OOO원을 훨씬 초과하여 양도차익등이 없으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점분양권은소득세법제88조 제9호에서 규정한도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업의 관리처분계획 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)에 해당하지 않는 점, 쟁점분양권은주택법제2조 제11호의 지역주택조합 조합원으로서 우선적으로 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(분양권)에 해당하므로소득세법제95조 제2항에서 규정한 장기보유특별공제 적용대상이 아닌 점, 양도차익 등 계산 시 장기보유특별공제 등을 규정하고 있으나, 장기간의 투자기간에 따른 현재가치요소(취득가액 등)를 필요경비에 가산하는 내용 등은 열거되어 있지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.