제1차조사인 양도소득세 조사만으로 증여혐의에 대해 과세가 가능하였다고 한다면 처분청에서 증여세 조사인 제2차조사를 착수할 이유가 없어 보이고, 청구인에게 발송한 제2차조사 관련 세무조사 사전통지서상 조사사유로 국기법에 따른 “무자료거래, 위장가공거래” 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당한다고 되어 있어, 청구인으로서는 처분청의 구체적인 질문 및 장부, 서류 그 밖의 물건을 조사하거나 제출을 명하기 전까지는 어떠한 혐의에 대해서 조사를 실시하는지 몰랐을 것으로 보이므로,이후 처분청의 질문조사권이 행사되었기에 청구인이 납세자보호위원회에 중복조사에 따른 권리보호요청을 한 것으로 보이며, 청구인도 처분청이 이 건 부동산의 양도 관련 금융이체 자료 등을 요청하였다고 진술한 점 등을 종합하면, 제2차조사 시 실질적인 질문조사권이 행사된 것으로 보이는 등 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
(1) 처분청의 이 건 처분은 OOO 납세자보호담당관의 권리보호요청 시정결정을 위반하여 이루어진 위법·부당한 처분이다. (가) OOO 납세자보호담당관은 “청구인에 대한 증여세(자금출처)조사는 중복조사에 해당한다”는 청구인의 권리보호요청에 대하여 중복조사라고 판단하여 시정결정을 하였으며, 이에 따라 증여세(자금출처)조사는 철회되었다. 권리보호요청 시정결정에 따라 증여세(자금출처)조사가 중복조사로 철회된 이후, 처분청은 OOO 감사관실의 감사결과 처분지시에 따라 단순 무신고 자료를 구축하여 이 건 증여세를 고지하였다. (나) 권리보호요청제도는 과세관청의 위법·부당한 행정집행으로 납세자의 권리가 부당하게 침해되어 결과적으로 위법한 처분이 있는 경우 이를 사전에 구제함으로써 납세자가 불복 등의 절차에 따라 그 취소를 구하는 과정에서 발생하는 피해를 최소화하기 위한 “사전적 권리구제제도”에 해당한다. ‘납세자보호사무처리규정’ 제91조에서는 납세자보호위원회 심의결과에 따라 권리보호요청에 대한 결정이 있은 후에는 즉시 결정내용에 따른 필요한 조치를 하여야 한다고 규정하고 있다. 권리보호요청 시정결정에 따라 증여세(자금출처)조사가 중복조사로 철회되었음에도 불구하고, 처분청은 이를 위반하고 국세청 감사관의 감사결과 처분지시에 따라 단순 무신고 자료를 구축하여 고지하였다. “감사결과 처분지시에 따른 무신고 자료 구축 고지 처분”은 국세기본법에서 정한 재조사의 예외사유 중 그 어느 것에도 해당하지 않으며, 중복조사 이후 이루어진 처분으로써 그와 동일한 사실관계에 대한 처분이므로, 사실상 중복조사에 기한 과세처분에 해당하여 그 자체로 위법하다. (다) 또한, ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다고 해석함이 타당(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257, 판결 참조)하며, 감사결과 처분요구가 종전 세무조사에서 이미 작성하거나 취득한 자료를 토대로 하면서도 사실관계 인정 여부에 대한 판단만을 달리하여 이루어진 것은 재조사 허용 사유의 하나인 과세자료로 볼 수 없고(대법원 2020.10.15. 선고 2020두53, 판결 참조), 금지되는 재조사에 기한 처분은 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼았는지 또는 이를 배제하고서도 가능한지를 따질 것도 없이 위법(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421, 판결 참조)하다. 법원의 판단에 따른 다수의 선결정례(조심 2015중1566, 2017.3.21., 조심 2019전1938, 2019.10.24. 등) 또한 존재한다. (라) 만일 청구인이 권리보호요청 없이 조사종결 후, 중복조사를 이유로 불복하여 중복조사로 인용되었다면, 이와 같이 증여세를 고지처분하는 것은 불가능하였을 것이다. 권리보호요청에 따라 납세자의 권리가 침해된 것으로 시정결정이 된 경우 권리보호요청 없이 권리침해를 주장하는 불복청구 인용의 결과와 동일한 효력이 있는 것으로 보아야 하며, 과세관청에 대한 기속력 및 불가쟁력의 효력 또한 동일하게 유지되어야 한다. 사전구제제도의 기속력과 불가쟁력이 인정되지 않는다면 납세자는 권리보호요청제도를 활용할 이유가 없어 제도의 취지에 정면으로 배치되는 것은 물론, 국세기본법에서 정한 납세자권리보호제도를 형해화하는 결론에 이르게 된다. 처분청의 처분은 권리보호요청 시정결정을 부인한 것과 다름이 없으며, 권리보호요청제도를 무력화한 위법·부당한 처분에 해당한다. (2) 일괄양도에 대한 간주규정인 소득세법 제100조 제3항 과는 달리, 쟁점가액이 증여세 과세대상에 해당하는지 여부에 대해서는 법령으로 명확히 규정된 바가 없기에 그 판단을 함에 있어서 정당한 사유 여부가 필수적으로 고려되어야 한다. (가) 양도된 쟁점건물과 토지의 실제 거래가액은 객관적이고 합리적인 가액으로서, 정당한 사유가 존재한다. 청구인과 그의 모친이 양도한 이 건 부동산은 공동의 단일목적(병의원용 특수목적건물의 신축 및 매각)을 위하여 사용된 일체의 부동산으로서, 매각자금 또한 당초 투입된 투자비율로 배분하는 것이 합리적이다. 청구인과 모친은 2003년 투자비율을 6:4(모친: 당시 예상 토지 순매각대금 OOO원, 청구인: 당시 예상 공사비 OOO억)로 정하고, 모친은 토지를 청구인은 자금을 투입하였다. 청구인은 모친으로부터 토지에 대한 일체의 권한(사용, 유지관리 및 처분)을 위임받아 총괄적 책임하에 사업을 진행하고, 추후 이 건 부동산이 매각될 경우 투자비율대로 매각대금을 나누기로 하였다. (나) 이는 소득세법에서 규정한 지주가 토지를 제공하고 시행사가 건물을 올려 약정된 비율(약정된 비율이 없을 경우 투자비율)에 따라 수익을 정산하는 “지주공동사업”과 동일한 형태로서, a은 지주, 청구인은 시행사에 해당한다. 이 건 토지와 쟁점건물은 청구인 등이 투자를 합의한 시점부터 공동의 단일 사업목적(병의원용 특수목적 건물의 신축 및 매각)을 위해 사용되었다. 즉 매각이 되어 투자비율대로 대금을 정산하는 시점까지 분리매각 또한 불가능한 일체의 부동산에 해당한다. 청구인과 청구인의 모친은 이 건 부동산의 매각으로 사업이 종료됨에 따라 당초 투입된 투자비율로 매매대금을 안분하였으며, 이는 객관적이고 합리적인 금액에 해당한다. (다) 청구인은 이 건 부동산의 매각가치 상승에 상당한 기여를 하였다. 청구인은 모친으로부터 토지에 대한 일체의 권리(사용, 유지관리 및 처분)를 위임받아 토목공사를 진행하여 사실상 맹지였던 토지 일부를 대지로 전환하고, 본인의 총괄적인 책임 하에 고부가가치인 병의원 전문 건물을 신축함으로써 이 건 부동산을 일체화하여 관리하였다. 또한 매각이 이루어질 때까지 부동산의 사용, 유지관리, 보수는 청구인이 하였으며, 보유기간 중 많은 중개업소의 임차 요구에도 불구하고 공실 유지를 감내하면서까지 부동산 가치상승을 위하여 부단히 노력하였다. 청구인의 노력으로 OOO원에 부동산을 매각함으로써 공동사업이 막대한 수익을 얻는 데 기여하였다.
(3) 처분청이 조정한 양도가액은 경제적 실질과 전혀 부합하지 않는 비합리적인 금액이다. (가) 처분청은 “투자에 이르게 된 경위”와 “매각 및 분배과정”에 대한 이해 없이 단순히 기준시가로 안분된 양도가액을 근거로 청구인에게 증여세를 과세하였는데, 이는 경제적 실질과 전혀 부합하지 않는 비합리적인 금액이다. 아래 <표1>과 같이 실제 거래가액과 조정된 양도가액에 따른 투자수익, 투자수익률을 각각 비교하여 보면, 실제 거래가액 기준 투자수익(투자수익률)은 모친 OOO원(164%), 청구인 OOO원(152%)인 반면, 처분청이 조정한 양도가액 기준 투자수익(투자수익률)은 a OOO원(250%), 청구인 OOO원(28%)으로 투자비율(6:4) 및 투자가액(a OOO원, 청구인 OOO원)에 비하여 현저한 차이가 있음을 알 수 있다. <표1> 투자 수익률 비교 (단위: 억원, %) (나) 또한, 이 건 토지의 2019년 양도 당시 기준시가는 약 OOO원(OOO원 × 829.9㎡)으로, 당시 국토교통부의 개별공시지가 현실화율 개선으로 인해 대도시 상가부동산 현실화율이 80%에 이르렀던 점을 감안하면 실제 시세는 OOO원으로 추정된다. 해당 추정시세 또한 처분청이 조정한 양도가액인(OOO원)보다 실제 거래가액(OOO원)에 가까운 점으로 미루어 보았을 때, 실제 거래가액이 현실적인 시세를 더욱 반영한 금액임을 알 수 있다. (다) 이 건 부동산의 매각은 단순한 임대부동산의 매각이 아니라 처음부터 개발수익을 이루고자 매각을 목적으로 건물을 신축한 투자부동산의 매각에 해당하므로 매각시에도 투자개념을 적용하여 ① 각 투자자의 투자가액, ② 부동산의 가치상승에 대한 기여 등을 감안하여 매각대금을 배분하는 것이 합리적이다. 그러나 처분청은 이를 고려하지 않고 소득세법에 따라 양도가액이 조정되었다는 사실만으로 증여세를 부과함으로써 경제적 실질에 맞지 않는 위법·부당한 처분을 하였다.
(4) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 이전 답변서에서 OOO 감사관의 증여세 무신고자 자료 구축 과세지시에 따라 “증여세 과세자료를 생성”하였다고 하였으나, 청구인이 해당 처분의 위법·부당성을 주장하자, 당초 보유하고 있던 “증여세 과세자료를 확인”하였다고 하면서 입장을 바꾸었다. OOO 납세자보호담당관의 권리보호요청 시정결정 내용에서 확인할 수 있듯, 처분청은 제1차조사에서 이미 증여세 과세여부에 대하여 실질적으로 조사하였다. 청구인은 제1차조사에서 정당한 사유에 대하여 각종 증빙자료를 제출하여 소명을 하였고, 처분청은 청구인의 소명내용을 받아들여 양도가액 조정만 하고 증여세는 과세하지 않았다. 처분청은 제1차조사 시 증여세를 과세하지 않았기 때문에 당연히 과세자료 또한 생성한 사실이 없다. 처분청은 기존에 보유하고 있던 과세자료를 활용하여 증여세 무신고자 결정을 하였다고 하나, 처분청의 답변서 확인할 수 있듯, 증여세 과세자료가 최초로 생성(구축)된 시점은 OO 세무서장이 모친의 과세를 결정한 시점인 2021년 9월경이다. (나) 해당 증여세 과세자료는 권리보호요청 시정결정으로 제2차조사가 중복조사로 철회되었기 때문에 더 이상 활용이 불가능한 자료이다. 그럼에도 불구하고 처분청은 “감사지적”이라는 편법으로 우회하여 이 건 증여세를 과세하고, 제1차조사 시에는 생성하지도 않았던 과세자료를 활용하였다며, 앞뒤가 안 맞는 억지 주장을 하고 있다. 처분청의 이 건 증여세 무신고 결정은 처분청이 기존에 보유하고 있던 과세자료를 처리한 것이 아니라, 중복조사와 사실관계가 모두 동일하여 중복조사의 후속 처분으로 볼 수밖에 없는 위법·부당한 처분에 해당한다. (다) 처분청은 제1차조사 시의 형식적인 자료만으로도 증여세 과세가 가능하다는 의견이나, 처분청의 논리대로라면 제2차조사는 진행될 이유가 전혀 없는 조사이다. 처분청은 단지 증여세를 과세하기 위하여 제2차조사와 감사에 의한 고지에서 서로 상반되는 행태를 보였는데, 이는 명백하게 논리적 모순이 존재한다. 권리보호 심의요청 처리결과 통지서에서 확인할 수 있듯, 처분청은 제1차조사 시 과세하지 않은 증여세의 과세대상여부를 확정하기 위하여 제2차조사를 하였다. 증여세는 부과과세방식 세목에 해당하므로 납세자가 증여세를 신고하지 않은 경우 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정하여야 한다. 처분청이 중복조사를 한 것은 정당한 사유에 대한 사실관계 확인 등 추가 조사 없이는 과세하기 어려웠다는 사실을 반증한다. (라) 처분청은 불복청구 및 행정소송 결과가 모두 OOO 납세자보호담당관의 결정과 동일할 것이라고 예단할 수 없다고 하나, 권리보호요청제도는 과세전적부심사와 더불어 “사전적 권리구제제도”에 해당한다. 사전적 권리구제제도는 사후적 권리구제제도인 심판청구·심사청구·행정소송과 마찬가지로 과세관청의 위법·부당한 처분을 사전에 바로잡아 납세자의 권리를 구제하는 데 그 목적을 두고 있고(서면인터넷방문상담1팀-1352, 2005.11.8.), 대법원은 권리보호요청과 동일한 사전적 권리구제제도인 과세전적부심사에 대하여 사실상의 기속력을 인정하고 있으며, 과세전적부심사위원회에서의 결정된 내용이 명백히 위법·부당한 경우가 아니라면 설령, 그 판단근거가 부분적으로 잘못이 있다 하더라도 그 결정내용은 존중되어야한다는 심사례(심사양도 203-36, 2013.6.20.) 또한 존재한다. 즉 권리보호의 시정결정은 불복청구 인용의 결과와 동일한 효력이 있는 것으로 보아야 하며, 과세관청에 대한 기속력 및 불가쟁력의 효력 또한 동일하게 유지되어야 한다. (마) 처분청은 OOO 납세자보호담당관의 시정결정이 단지 ‘조사를 철회하도록 결정을 한 것’에 불과하다는 의견이며, 정작 왜 그러한 결정이 내려졌는지에 대한 사유는 고려하지 않고 있다. 즉, 해당조사가 중복조사 금지의 원칙에 위배되는 위법한 재조사이기 때문이다. 처분청은 단지 ‘보유한 과세자료를 처리’한 것이 아니라, 금지되는 재조사에 기한 처분이기에 그 자체로 위법(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421, 판결 참조) 한 처분을 하였다. 또한 처분청은 “청구인이 처분청에서 이미 과세자료를 보유하고 있다는 사실을 모르고 잘못된 믿음을 가졌다”는 의견이나, 처분청이 이미 과세자료를 보유하고 있었다는 주장은 사실이 아니고, 처분청의 증여세 무신고 결정은 권리보호요청 시정결정 이후 감사결과 처분지시하여 생성된 과세자료를 근거로 이루어진 것이며, 따라서 “청구인이 처분청에서 이미 과세자료를 보유하고 있다는 사실을 모르고 잘못된 믿음을 가졌다”는 의견 또한 성립되지 않는다. 그럼에도 불구하고 처분청은 납세자가 잘못된 믿음을 가졌다고 매도함으로써 책임을 회피하고 있다. 나. 처분청 의견
(1) 처분청의 이 건 증여세 결정은 OOO 납세자보호담당관의 권리보호요청 시정결정을 위반한 처분이 아닌, 처분청이 보유하고 있던 과세자료를 활용한 증여세 무신고자 결정이다. (가) 신고내용의 정확성 검증 등 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않는다고 판시(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360, 판결 참조)하고 있고, 제1차조사에서 이미 취득하여 조사한 자료만을 근거로, 질문이나 검사‧조사 등이 없이 경정하는 것은 적법하다고 판결하였다(서울고등법원 2018.12.21. 선고 2018누59962, 판결 참조). (나) 청구인에 대한 이 건 처분은 제2차조사에 의한 결정이 아닌 제1차조사에서 이미 확인된 내용을 근거를 활용하여 결정을 한 것으로 제2차조사에 기한 처분이 아니다. 또한, OOO 납세자보호담당관의 권리보호 심의요청 처리결과 통지서에서, 처분청에서는 이미 제1차조사에서 청구인이 소득세법 100조 에 따른 양도가액을 초과하여 수취한 현금은 증여세 과세대상이며, 이를 무신고하였다는 사실을 인지하고 있었으므로 추가적인 조사가 필요없음을 결정한 것이지, 처분청에서 보유하고 있는 과세자료를 처리하면 안된다는 결정이 아니다. 처분청에서는 기존의 과세자료를 활용하여 청구인에 대한 질문이나 검사‧조사없이 증여세 무신고자 결정을 한 것일 뿐, 권리보호요청 시정결정을 위반하여 이루어진 결정이 아니며, 처분청의 증여세 무신고자 결정이 중복조사에 해당하지도 않는다. (다) OOO 감사관이 처분청에게 증여세 무신고자 자료를 구축하여 과세하도록 지시한 것은 기존의 과세자료를 재산제세 신고관리부서로 파생하여 증여세 무신고자 결정을 하도록 한 것이지 새로운 자료를 구축하거나 조사를 지시한 것이 아니며, 처분청 또한 기존의 과세자료를 근거로 청구인의 증여세를 결정하였다. 청구인은 권리보호요청 없이 조사 종결 후, 중복조사를 이유로 불복하여 중복조사로 인용되는 것을 가정하여 증여세 고지처분은 불가능하다고 주장하고 있으나, 행정심 및 소송 결과가 모두 OOO 납세자보호담당관의 결정과 동일할 것이라고 예단할 수 없으므로, 청구인의 주장은 이유가 없다. (2) 상속세 및 증여세법 제2조 제7호 에서 “증여”란 “그 행위 또는 거래의 명칭·형식·목적 등과 관계없이 직접 또는 간접적인 방법으로 타인에게 무상으로 유형·무형의 재산 또는 이익을 이전”하는 경우로 규정하고 있고, 국세기본법 제14조 에서는 거래의 명칭·형식과 관계없이 실질에 따라 과세를 하여야 한다고 명시하고 있다. (가) 소득세법 제100조 제2항 및 제3항에서 양도가액이 불분명한 것으로 보는 경우를 정한 것은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하려는 것이 그 입법취지로, 이는 자산별 적정 가액을 계산하고자 하는 것이고, 법원의 판례(서울고등법원 2022.1.26. 선고 2021누41411 판결, 대법원 심리불속행) 등에서 부동산 공유지분 일괄양도 시 계약서상 매매가액과 기준시가 안분가액의 차액에 대하여 다른 공유자로부터 금원을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한 처분은 정당하다고 판결하였다. (나) 청구인과 모친이 지주공동사업을 하였다는 주장은 근거가 없는 청구인의 일방적 주장에 불과하다. 공동사업에 대한 약정서가 없으며, 모친이 이 건 토지 출자에 따른 양도소득세 신고를 한 내역이 확인되지 않는다. 청구인은 쟁점건물을 임대하면서 모친에게 토지사용료 명목으로 월 OOO원을 지급하였는바, 청구인이 모친과 공동사업을 하였다면 부동산 임대수입 또한 수익비율로 안분하여 수취하는 것이 정당한 것이나, 부동산 임대수입은 수익비율로 안분하지 않았다는 것은 청구인과 모친이 지주공동사업을 하지 않았다는 반증이 될 것이다. (다) 청구인은 2003년 모친과 6:4의 투자비율로 쟁점건물을 신축하여 양도하기로 하였다고 주장하나, 6:4라는 투자비율은 계약서 등의 객관적 증빙은 확인되지 않는 임의의 투자비율이다. 설령, 그 투자비율이 맞다고 하더라도 이 건 토지의 기준시가가 상호 계약시점에 비해 186% 상승한 반면, 청구인의 쟁점건물은 신축시점부터 30% 상승하는데 그쳤으므로, 쟁점건물의 신축 후 12년이 흐른 시점까지 6:4의 비율로 수익을 배분하는 것은 청구인에게만 유리한 문제가 있는 계약이다. 청구인은 2003년 당시 토지의 시가를 OOO원으로 보았는데, 당시 기준시가가 시가의 60% 정도를 반영하는 사정을 보았을 때 토지의 시가는 OOO원 정도로 봄이 타당하므로, 6:4의 비율은 청구인에게 유리한 수익분배율이다. (라) 청구인이 쟁점건물의 양도시 책정한 OOO원은 객관적이고 합리적인 근거가 없는 임의의 금액이다. 특수관계가 없는 자들끼리 이 건 부동산과 동일한 방식으로 건물과 토지를 보유하였다가 양도하는 경우, 통상적으로 본인의 수익을 계산하기 위해 감정인의 감정을 받아 양도가액을 계산하여야 하나, 청구인은 감정을 받은 내역도 확인되지 않는다. 청구인은 조사청의 양도소득세 결정 이후, 감액된 건물분 부가가치세를 경정청구의 절차를 거쳐 처분청으로부터 환급을 받은 것은 청구인이 조사청에서 결정한 양도가액을 적정가액으로 인정하는 것으로 봄이 타당하므로, 적정 양도가액을 초과하여 수취한 금원을 증여로 보아 증여세 무신고자 결정을 한 처분은 정당하다.
(4) 청구인의 항변에 대한 처분청의 추가 답변은 다음과 같다. 해당 과세자료는 처분청의 재산제세 조사부서에 이관된 국세기본법 제26조의2 제4항 제2호 에 따른 부과제척기간이 15년이 적용되는 과세자료로, 처분청의 재산제세 조사부서에서 해당 과세자료를 처리하는 방식을 세무조사로 선택하였으나, OOO 납세자보호담당관이 조사가 필요하지 않을 정도의 사실관계가 확인이 되었으므로, 시정결정을 내린 것이다. 이에 OOO 감사관은 과세자료가 조사 착수 전부터 구축(생성)된 재조사에 기인한 자료에 해당하지 않고, 증여세 세무조사 시 조사팀에서는 질문‧조사가 이루어지지 않았으므로, 재산제세 신고관리 부서로 자료를 이관하여 처리하도록 하였다. OOO 감사관은 동일한 과세자료에 대해 세무조사가 필요 없으므로 재산제세 신고관리 부서에서 처리하도록 처분지시하였고, 처분청에서는 해당 과세자료를 활용하여 청구인에게 증여세 무신고자 결정을 한 것이므로, 중복조사의 후속처분으로 볼 수 없다.
① (주위적 청구) 이 건 처분은 사실상 중복조사에 의한 처분에 해당하여 위법·부당하다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 토지 및 건물의 양도가액을 임의구분하여 양도함으로서, 청구인에게 양도대금을 과도하게 배분한 것으로 보아 이 건 증여세를 과세한 처분의 당부
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인과 모친은 2019.10.17.(2019.7.19. 계약) 매수법인 주식회사 b에게 쟁점건물 및 토지를 양도하였고, 부동산매매계약서는 제2조(매매목적물), 제3조(매매대금과 지급조건), 제17조(특약사항)를 제외하고는 모두 동일한 내용으로 작성되었다. (나) 쟁점건물 및 토지의 양도가액을 양도 당시의 기준시가로 안분한 가액과 비교하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물 및 토지 양도가액 (단위: ㎡, 백만원) (다) 청구인 및 모친에 대한 양도소득세 경정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 양도소득세 경정내역 (단위: 백만원) (라) 청구인은 쟁점건물에 대한 처분청의 양도소득세 감액 경정 이후, 2021.1.30. 쟁점건물의 양도가액이 감액되었으므로 당초 납부한 건물분 부가가치세 과세표준을 감액하고, 과다납부한 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 2021.3.24. 처분청은 부가가치세 OOO원을 환급결정하였다.
(2) OO세무서장은 처분청의 제1차조사 결과에 따라 통보된 자료를 검토하여, 2021년 9월경 청구인이 쟁점가액에 대해 증여세를 무신고한 것으로 보아, 자료를 생성하여 처분청에 다시 통보(처분청 재산제세 조사부서)하였고, 모친 a에게는 토지분 양도가액을 과소신고한 것으로 보아, 2021.12.6. 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. (가) 모친 a은 토지 양도가액의 증액에 따른 OO세무서장의 과세처분에 대해 2022.3.2. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2022.10.19. 기각 결정(조심 2022중5791, 2022.10.19.)하였다. (나) 제2차조사 시 처분청이 청구인에게 송달한 세무조사 사전 통지는 다음과 같다. <제2차조사 관련 세무조사 사전 통지 내용(일부 발췌)> (다) 처분청은 OO세무서장이 통보한 자료에 따라, 2023.4.22.부터 2023.5.31.까지 청구인에 대한 제2차조사를 실시하였으나, 2023.6.21. OO 청 납세자보호담당관은 제1차조사와 중복되는 조사로 보아 시정 결정하였다. < OOO 권리보호 심의요청처리결과통지서(일부 발췌)> (다) OOO 감사관은 위 시정 결정에 따라 2024.2.16. 증여세 무신고자료를 구축하여 처분청의 재산제세 신고관리 부서에서 처리하도록 지시하였다.
(3) 청구인은 이 건 부동산의 매각은 지주공동사업에 해당한다고 주장하며, 비교 그림을 제시하였다.
(4) 청구인은 처분청이 제시한 판례 등은 이 건과 사실관계 및 쟁 점, 적용된 법규정 등이 다르다고 주장하며, 관련 비교표를 제시하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 하고(대법원 2017.4.13. 선고 2016두64043 판결 등, 같은 뜻임), 또한 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하는바(대법원 2015.3.26. 선고 2012두14224 판결 등, 같은 뜻임), 처분청은 기존에 보유하고 있던 과세자료를 활용하여 이 건 처분을 하였고, 제2차조사는 납세자의 권리보호요청에 의해 중단되었기에 실질적으로 질문조사권이 행사된 사실이 없으므로 이 건 처분은 중복조사에 따른 처분에 해당하지 않는다는 의견이나, 제1차조사인 양도소득세 조사만으로 증여혐의에 대해 과세가 가능하였다고 한다면 처분청에서 증여세 조사인 제2차조사를 착수할 이유가 없어 보이고, 청구인에게 발송한 제2차조사 관련 세무조사 사전 통지서에는 조사사유로 국세기본법 제81조의6 제3항 제2호 의 규정에 따른 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당한다고 되어 있어, 청구인으로서는 처분청의 구체적인 질문 및 장부, 서류 그 밖의 물건을 조사하거나 제출을 명하기 전까지는 어떠한 혐의에 대해서 조사를 실시하는지 몰랐을 것으로 보이므로, 이후 처분청의 질문조사권이 행사되었기에 청구인이 납세자보호위원회에 중복조사에 따른 권리보호요청을 한 것으로 보이며, 청구인 또한 처분청에서 이 건 부동산의 양도관련 금융이체 자료 등을 요구하였다고 진술한 사실 등을 종합하면, 처분청의 의견과 같이 제2차조사 시 질문·조사가 이루어지지 않았다고 단정하기는 어려워 제2차조사는 처분청의 의견과 달리 실질적인 질문조사권이 행사된 것으로 보인다. 또한 OOO 납세자보호담당관은 제1차조사 당시 양도가액을 경정하면서 쟁점가액만큼 청구인이 모친으로부터 증여를 받게되는 혐의 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이고, 제2차조사는 제1차조사 결과를 근거로 증여세 과세대상 여부를 추가적으로 판단하기 위한 것으로서, 관련 세목이 다르다는 이유만으로 중복조사에 해당하지 않는다고 보기 어렵다고 시정결정한 점으로 보아, 선행조사인 제1차조사에 따라 청구인에게 증여세 과세처분이 이루어지지 않았다고 하더라도 제1차조사가 양도소득세 조사에만 그친 것으로 보기는 어려우며, 양도가액의 임의 배분에 따른 증여혐의까지 염두에 둔 증여세에 대한 실질적인 조사까지 이루어진 것으로 보인다. 따라서, 청구인에 대한 제2차조사는 세목만 달리하였을 뿐, 과세기간은 물론 그 조사대상과 범위가 중복된다고 봄이 타당하므로 제2차조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 원칙적으로 금지하고 있는 재조사에 해당하고, 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사 금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 처분청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니므로((대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결, 같은 뜻임), 이 건 처분은 제2차조사가 OOO 납세자보호담당관에 의해 중복조사로 판단되어 중단된 후 동일한 과세자료에 대해 과세가 이루어져, 사실상 중복조사인 제2차조사에 기한 과세처분에 해당하여 그 자체로 위법하다고 할 것이므로 처분청이 청구인에게 증여세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부개정된 것) 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의18(납세자보호위원회) ① 납세자 권리보호에 관한 사항을 심의하기 위하여 세무서, 지방국세청 및 국세청에 납세자보호위원회(이하 "납세자보호위원회"라 한다)를 둔다.
② 제1항에 따라 세무서에 두는 납세자보호위원회(이하 "세무서 납세자보호위원회"라 한다) 및 지방국세청에 두는 납세자보호위원회(이하 "지방국세청 납세자보호위원회"라 한다)는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
4. 위법·부당한 세무조사 및 세무조사 중 세무공무원의 위법·부당한 행위에 대한 납세자의 세무조사 일시중지 및 중지 요청
③ 제1항에 따라 국세청에 두는 납세자보호위원회(이하 "국세청 납세자보호위원회"라 한다)는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 제2항 제1호부터 제4호까지의 사항에 대하여 세무서 납세자보호위원회 또는 지방국세청 납세자보호위원회의 심의를 거친 세무서장 또는 지방국세청장의 결정에 대한 납세자의 취소 또는 변경 요청 제81조의19(납세자보호위원회에 대한 납세자의 심의 요청 및 결과 통지 등) ① 납세자는 세무조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장 또는 지방국세청장에게 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 사항에 대한 심의를 요청할 수 있다.
② 세무서장 또는 지방국세청장은 제81조의18 제2항 제1호부터 제5호까지의 사항에 대하여 세무서 납세자보호위원회 또는 지방국세청 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 결정을 하고, 납세자에게 그 결과를 통지하여야 한다. 이 경우 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 대한 결과는 제1항에 따른 요청을 받은 날부터 20일 이내에 통지하여야 한다.
③ 납세자는 제2항에 따라 통지를 받은 날부터 7일 이내에 제81조의18 제2항 제1호부터 제4호까지의 사항으로서 세무서 납세자보호위원회 또는 지방국세청 납세자보호위원회의 심의를 거친 세무서장 또는 지방국세청장의 결정에 대하여 국세청장에게 취소 또는 변경을 요청할 수 있다.
④ 제3항에 따른 납세자의 요청을 받은 국세청장은 국세청 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 세무서장 및 지방국세청장의 결정을 취소하거나 변경할 수 있다. 이 경우 국세청장은 요청받은 날부터 20일 이내에 그 결과를 납세자에게 통지하여야 한다.
⑤ 제81조의16 제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관은 납세자가 제1항 또는 제3항에 따른 요청을 하는 경우에는 납세자보호위원회의 심의 전까지 세무공무원에게 세무조사의 일시중지 등을 요구할 수 있다. 다만, 납세자가 세무조사를 기피하려는 것이 명백한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 납세자보호위원회는 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 따른 요청이 있는 경우 그 의결로 세무조사의 일시중지 및 중지를 세무공무원에게 요구할 수 있다. 이 경우 납세자보호위원회는 정당한 사유 없이 위원회의 요구에 따르지 아니하는 세무공무원에 대하여 국세청장에게 징계를 건의할 수 있다.
(2) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것) 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 일부개정된 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
(5) 상속세 및 증여세법(2018.12.31. 법률 제16102호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. "증여"란 그 행위 또는 거래의 명칭·형식·목적 등과 관계없이 직접 또는 간접적인 방법으로 타인에게 무상으로 유형·무형의 재산 또는 이익을 이전(移轉)(현저히 낮은 대가를 받고 이전하는 경우를 포함한다)하거나 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다. 다만, 유증과 사인증여는 제외한다.
7. "증여재산"이란 증여로 인하여 수증자에게 귀속되는 모든 재산 또는 이익을 말하며, 다음 각 목의 물건, 권리 및 이익을 포함한다.
1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익
OO세무서장이 2024.4.17. 청구인에게 한 2019.10.17. 증여분 증여세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.