쟁점건물은 그 용도가 주택 1개층과 주택 외 부분 3개층의 복합건물이고 주택 외 부분이 주택으로 용도변경된 것 또한 특례기간 이후인 **년으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
쟁점건물은 그 용도가 주택 1개층과 주택 외 부분 3개층의 복합건물이고 주택 외 부분이 주택으로 용도변경된 것 또한 특례기간 이후인 **년으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점건물은 소득세법부칙(2008.12.26. 법률 제9270호, 이하 같다) 제14조의 양도소득세 특례세율 적용기간(2009.3.16.∼2012.12.31.)에 취득한 것으로 일반세율이 적용되어야 한다. (가) 처분청은 “1세대가 소득세법 부칙 제14조에 따른 양도소득세 특례세율 적용기간 전에 취득한 주택을 멸실하여 양도소득세 특례세율 적용기간 중에 다시 건축한 경우 해당 주택은 양도소득세 특례세율 적용기간 중에 취득한 주택에 해당하지 않는다”는 기획재정부 재산세제과-910호의 행정해석을 근거로, 부칙 제14조의 특례세율 적용기간(2009.3.16.∼2012.12.31.)에 건물을 멸실하고 신축하는 경우에는 특례세율 적용기간에 “취득”한 것으로 볼 수 없다고 보았으나, ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항 제4호 에 의하면 자기가 건설한 건축물에 있어서의 취득일은 ｢건축법｣ 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일이므로 쟁점건물의 취득일은 2011.11.16.로 보아야 한다. (나) 위 행정해석은 대법원 98두13508 판결 및 국세청 서면인터넷방문상담4팀-1423 해석 등을 기반으로 생성된 것으로 추정할 수 있는데, 이러한 사례는 재건축, 재개발 또는 비과세와 관련된 것이고 재건축, 재개발의 경우 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항 제9호 에 의하여 환지 전 토지의 취득일을 취득일로 명시하고 있으므로 “자기가 건설한 건축물”과는 취득시기가 다르다. 만약 “자기가 건설한 건축물”과 “재개발, 재건축”을 모두 포함하여 “환지 전 토지의 취득일”로 취득일을 판단하는 것으로 해석한다면 이는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항 제4호 에 위배되는 것이다. (다) 또한 위 행정해석은 “2009.3.16.부터 2012.12.31.까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 주택법에 따른 조정대상지역으로 지정된 경우로서, 해당 주택을 양도하는 경우에는 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항에 따라 소득세법 제104조 제1항 제1호 에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다”는 기획재정부의 최근 행정해석(재산세제과-1422, 2023.12.26.)과도 상충된다.
(2) 장기보유특별공제가 배제되기 위해서는 다주택 중과대상에 해당해야 하므로, 반대로 다주택 중과대상에 해당하지 않는다면 장기보유특별공제가 당연히 적용되어야 한다.
(3) (예비적 주장) 청구인들은 아래 <표1>과 같이 기존건물의 일부만 주택으로 사용하였으므로, 그 부분에 대하여는 부칙 제14조에 따른 일반세율이 적용되어야 한다. <표1> 기존건물 현황 (단위: ㎡)
(1) 쟁점건물은 2009.3.16. 이전에 취득하여 특례기간에 재건축한 것으로서 기존건물의 연장이므로 기획재정부 재산세제과-1422호 행정해석의 적용대상이 아니다. (가) 기획재정부는 소득세법부칙 제14조의 적용대상 주택에 대하여, “양도소득세 특례세율 적용기간 전에 취득한 주택을 멸실하고 양도소득세 적용기간 중에 다시 건축한 경우에는 특례세율 적용기간 중에 취득한 주택에 해당하지 않는다”고 해석하고 있으며(재산세제과-910, 2011.10.26.), 이는 국세청의 행정해석과 동일하다(부동산거래관리과-561, 2011.7.5.). (나) 쟁점건물은 특례세율 적용기간에 신축할 목적으로 취득한 것이 아니라 2002.3.11. 기존건물과 부수토지를 매매로 취득한 후 9년간 사용하다가 2011년에 단순히 기존건물을 멸실하고 쟁점건물을 신축한 것이므로 기존 주택의 연장일 뿐이다. 또한 소득세법부칙 제14조의 규정은 거래활성화를 위해 특례기간에 주택취득이 이루어지면 추후 양도시에도 다주택자 양도세 중과규정을 적용하지 않겠다는 것이다. 따라서 거래활성화와 관계 없이 ‘2009.3.16. 전에 취득하여 특례기간 적용기간에 다시 건축한 경우’는 부칙 제14조에 해당하지 않음을 기획재정부 재산세제과-910(2011.10.26.)에서 명확하게 해석하고 있다. (다) 이후 2017.8.2. 부동산대책으로 다주택자가 조정대상지역에 위치한 주택을 팔면 양도소득세를 중과한다는 내용으로, 중과규정은 2018.4.1. 이후에 양도분부터 적용하는 것으로 소득세법이 개정되었다. 기획재정부는 개정된 소득세법에 따라 특례기간에 취득한 자산도 중과세율이 적용되는 것으로 해석(기획재정부 재산세제과-852, 2018.10.10.)하였다가 법원에서 특례기간에 취득한 주택을 처분하면 중과세율이 적용되지 않는 것으로 판결(수원지방법원 2021구단15087, 2022.8.24.)하자 2023.12.26. 당초 유권해석을 변경하여 특례기간 에 취득한 자산은 중과세율을 적용하지 않고, 기본세율을 적용하는 것으로 변경하였다. 이러한 내용으로 볼 때, 최근 변경된 예규와 처분청에서 경정청구 거부사유 근거로 삼은 예규는 상충될 여지가 없다.
(2) 소득세법부칙 제14조는 세율만을 규정하고 있을 뿐, 장기보유특별공제가 당연히 적용되는 것을 의미하지 않는다. (가) 조세법률주의에 따라 조세법규를 해석할 때에는 법문대로 해석해야 하므로, 세율만을 규정하고 있는 소득세법부칙 제14조는 문언 그대로 세율에만 적용될 뿐이며 장기보유특별공제와 관련해서는 소득세법제95조 제2항이 적용되어야 한다. (나) 따라서, 소득세법제104조 제7항에 따라 양도당시 다주택자로 양도가 이루어진 청구인들은 적용세율과 관계없이 장기보유특별공제는 적용될 수 없다.
(3) 청구인들이 기존건물의 대부분을 주택 외 용도로 사용하였다면 상가건물을 멸실하고 상가건물인 쟁점건물을 다시 건축한 것이고, 쟁점건물 2∼4층은 공부상 고시원으로 되어 있으나, 2013년부터 면세(주택)로 수입금액을 수정신고하였으므로 일반세율을 적용할 수 없다.
① 소득세법부칙 제14조에 따른 일반세율의 적용 여부
② 장기보유특별공제의 적용 여부
③ (예비적 주장) 기존건물의 주택 외 사용부분에 대한 일반세율의 적용 여부
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 소득세법 제95조 (양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (3) 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항 에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다. (4) 소득세법 부칙(법률 제9270호, 2008.12.26.) 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.
1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율)
2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)
② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.
(1) 청구인들은 2002.3.11. 취득한 기존건물을 멸실하고 2011.11.16. 그 지상에 쟁점건물을 다시 건축하였다.
(2) 쟁점건물의 공부상 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물 현황 (단위: ㎡)
(3) 부가가치세 확정신고 내용에 의하면, 청구인들은 쟁점건물(OOO 119-07-3****)의 2012년 제1기 및 제2기 수입금액을 과세(고시원) 매출로 신고하였다가 2013년 제1기부터 면세(주택) 매출로 신고한 것으로 나타난다.
(4) 한편, 소득세법 부칙 제14조는 제1항에서 법 시행 후 2010.12.31.까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율을 적용하도록 규정하였고, 제2항에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였으며, 제1항은 2010.12.27. 법률 제10408호로 그 적용기간이 2012.12.31.까지로 연장되었다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인들은 쟁점건물을 2011.11.16. 취득하였으므로 소득세법부칙 제14조 제1항에 따른 특례세율(기본세율)이 적용되어야 하고, 이와 같이 쟁점건물에 대하여 중과세율이 아닌 기본세율이 적용된다면 당연히 장기보유특별공제도 적용되어야 하며, 설령 기본세율 적용대상에 해당하지 않더라도 기존건물의 주택 외 사용부분에 대하여는 기본세율이 적용되어야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 소득세법 부칙 제14조 제1항은 특례세율의 적용대상을 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택으로 규정하고 있는 반면, 쟁점건물은 그 용도가 주택 1개층과 주택 외 부분(고시원) 3개층의 복합건물이고, 주택 외 부분이 주택으로 용도변경된 것 또한 특례기간 이후인 2013년으로 나타나는 점, 동 부칙 규정은 부동산 거래 활성화를 위하여 위 특례세율 적용기간에 취득한 주택에 대하여는 그것이 다주택 양도에 해당하더라도 중과세율이 아닌 기본세율을 적용한다는 것일 뿐, 장기보유특별공제까지 적용하려는 취지는 아닌 점(조심 2024서3707, 2024.8.29.) 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.