쟁점차량이 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용 대상인지 여부

• 가. 청구인은 2007.5.16.부터 현재까지 ‘A’이라는 상호로 서울특별시 AAA구 OOO에서 자동차수출업 및 수입대행업을 영위하는 개인사업자이다.
• 나. 청구인은 2023.8.29. A로부터 2005년경 수입된 코니세그 CCR(이하 “쟁점차량”이라 한다)을 OOO원에 매수하였고, 2023.10.26. 독일로 OOO원에 수출하였다.
• 다. 청구인은 2023년 제2기 부가가치세 확정신고 시 쟁점차량 매입과 관련하여 조세특례제한법제108조에 따른 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제 특례 규정을 적용(재활용폐자원 등 매입세액 OOO원)하여 OOO원을 환급세액으로 신고하였다.
• 라. 처분청은 2024.6.1. 청구인에게 쟁점차량이 조세특례제한법제108조에 따른 중고자동차에 해당하지 않는다는 등의 이유로 청구인의 재활용폐자원 등 매입세액 공제를 부인하고, 2023년 제2기 부가가치세 OOO원(초과환급신고가산세 OOO원 적용)을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 비사업자로부터 중고자동차를 매입하여 세금계산서를 발급받지 못한 청구인에게 재활용폐자원 등 매입세액 공제를 허용하는 것이 중고자동차매매업자의 부가가치세 부담을 경감하려는 입법 취지에 부합한다. (가) 사업자는 매출세액에서 매입세액을 공제하여 자신이 창출한 부가가치의 10%를 부가가치세로 납부하는 것이 원칙이나, 중고자동차를 매매하는 사업자의 경우 세금계산서를 발급할 수 없는 비사업자 등으로부터 중고자동차를 매입하므로 매입세액을 공제받을 수 없어 부가가치세 부담이 급격이 증가하는 문제점이 발생하게 되는바, 중고자동차 매매업자의 과도한 부가가치세 부담 문제를 해소하기 위하여 1992.12.8. 구조세감면규제법 제74조의3을 신설하여 비록 세금계산서를 교부받지 못한 경우에도 중고자동차 매입금액의 10%를 매입세액 공제하도록 허용하였다. (나) 처분청은 쟁점차량의 전 소유자인 A가 중고자동차 판매업을 영위하는 법인의 대표이사인 점과 A가 비록 사업자등록은 하지 아니하였으나 청구인 외의 다른 사업자에게도 중고자동차를 공급한 사실이 있으므로 비사업자가 아닌 사업자인 점 등을 이유로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 특례의 적용을 부인하였는바, 청구인은 위 A를 쟁점차량 매입 시 처음 만났고, 통상 법인의 대표이사는 법인의 근로자에 불과하여 사업자가 아니며, 청구인이 위 A에게 문의하니 별도의 사업자등록증도 없다고 하는 등 청구인은 위 A가 과거 중고자동차를 매매하였음을 알 수 없었고, 현재 처분청도 위 A에 대해 직권으로 사업자등록을 한 사실이 없는 것으로 알고 있다. (다) 청구인은 비사업자인 위 A로부터 쟁점차량을 취득하여 세금계산서를 발급받을 수 없었고 이에 따라 세금계산서를 통해 매입세액공제를 받지 못하였으므로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 특례의 적용을 허용하여 부가가치세 부담을 줄이고 중고자동차를 수출하는 청구인을 지원하여 수출을 촉진하도록 하는 것이 위 특례 규정의 취지에 부합한다. (2) 쟁점차량은 제조업자가 제작한 신차를 취득한 자로부터 재취득한 중고자동차로서 제작연월일부터 약 18년 뒤 수출하였으므로 매입세액공제를 허용함이 타당하다. (가) 조세특례제한법제108조 및 같은 법 시행령 제110조는 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등으 로부터 중고자동차를 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 있으나 ‘ 중고자동차’가 무엇을 의미하는지에 대해 별도로 규정하고 있지 아니하다. 다만 부가가치세법 기본통칙 108-110…3은 “영 제110조 제4항 제2호에서 규정하는 자동차관리법에 따른 중고자동차란 자동차의 제작ㆍ조립 또는 수입을 한 자로부터 자동차를 취득한 때부터 사실상 그 성능을 유지할 수 없을 때까지의 자동차를 말한다”고 규정하여 신차 제조업자로부터 자동차를 취득한 시점부터 해당 자동차를 중고자동차로 해석하고 있다. 결국 쟁점차량은 2005.12.4. 주식회사 A가 수입하였으므로 중고자동차에 해당하고, 청구인은 제작연월일부터 약 18년이 경과된 후 쟁점차량을 수출하였으므로 매입세액공제를 허용함이 타당하다. (나) 처분청은 쟁점차량이 운행된 사실이 없어 매입세액공제 적용 대상이 아니라는 의견이나, 쟁점차량의 취득계약서상 주행거리가 3km로 기재되어 있고, 쟁점차량의 수출 당시 누적거리는 계기판과 수출계약서상 102km로 기재되어 있으며, 2006.11.8.∼2008.11.7.기간 동안 임시운행허가를 받고 2007.6.5. 허가를 반납하여 실제 운행 사실이 있음을 알 수 있다. 만일 중고자동차의 운행 여부를 기준으로 매입세액 공제 여부를 판단해야 한다면 중고자동차를 몇 km 이상 운행해야 운행한 것으로 볼 것이지 등의 기준이 있어야 할 것인데 이러한 기준이 없이 과세관청의 자의적 과세가 허용된다면 선량한 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 심각히 훼손하는 결과를 초래하여 위법하게 된다. 결국 중고자동차가 매입세액공제 적용 대상인지 여부는 신차 제조업자의 제작일부터 1년이 경과하였는지 또는 신차 제조업자의 판매 이후의 자동차인지를 기준으로 판단하는 것이고, 처분청의 의견과 같이 중고자동차의 운행 여부로 판단하는 것이 아니므로 쟁점차량의 운행사실이 없다는 이유로 이루어진 이 건 처분 등은 위법하다.

(3) 청구인이 재활용폐자원 등 매입세액 공제 특례를 적용하여 부가가치세의 환급을 신고한 것은 청구인이 비사업자로부터 중고자동차를 취득하고 세금계산서를 교부받지 못한 것에서 기인하므로 청구인에게 특례 규정을 적용하지 아니한 것을 기대하는 것은 무리라고 할 것이어서 초과환급신고 가산세의 부과처분은 취소되어야 한다.

(4) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 쟁점차량의 전 소유자인 A가 미등록사업자이긴 하나 세금계산서 발급이 가능한 일반과세자로 보이므로 당초 처분이 정당하다는 의견이나 이는 부당하다. 1) 처분청은 국세청 통합전산망(이하 “NTIS”라 한다)을 활용하여 전 소유자인 A가 ○○모터스의 대표이사라는 점과 2018년부터 2023년까지 중고자동차를 매도한 점을 근거로 A가 사업자등록을 하지 아니하였지만 사실상 사업자이고, 간이과세자가 아니라 연간 OOO원 이상 매출이 발생하여 세금계산서를 발급할 수 있는 일반과세자이며, 청구인과 동종 업종에 있으므로 청구인도 A가 사업자라는 사실을 알고 있을 것으로 추정하여 청구인의 매입세액 공제를 부인하였다. 2) 청구인은 쟁점차량을 전 소유자로부터 취득할 당시 NTIS를 사용할 수 없었고, 오로지 A가 사업자등록증이 없어 세금계산서 발급이 불가능하다는 사실만 확인할 수 있었다. 만일 청구인이 NTIS를 사용할 수 있었다면, 청구인이 전 소유자에게 간이과세자가 아닌 일반과세자로 사업자등록을 할 것을 권장하고, 사업자등록을 하지 아니할 경우 쟁점차량을 매수할 수 없다고 하였을 것이다. 3) 처분청의 논리대로라면, 청구인은 뒷조사 등 어떠한 수단을 동원하여서라도 전 소유자의 과거 사업자등록 사실 및 중고자동차 매매내역, 동종업종에 속하는지 주변 탐문조사 등을 실시하여 사업성이 없는 사람으로부터만 중고자동차를 매수하여야 하며, 전 소유자의 과거 매매거래 규모까지 파악하여 간이과세자인지 일반과세자인지 여부까지 판단하여야만 이 건 매입세액을 공제받을 수 있고, 그러한 엄청난 노력을 하지 아니하고 중고자동차를 매입할 경우에는 이를 공제받지 못할 뿐 아니라 가산세도 부담하여야 한다.

4. 이러한 처분청의 의견은 비현실적이고 비상식적일 뿐만 아니라 설령 그러한 주장이 옳다 한다면, 가산세의 위험을 부담하면서까지 매입세액 공제를 적용받을 수 있을 납세자는 사실상 없을 것이어서 사실상 위 매입세액 공제 규정은 사문화되고 정부 정책도 무력화되고 말 것이다. 또한 처분청은 아직까지 A를 사업자로 직권등록하지 아니한 것으로 알고 있으며, A를 사업자로 직권등록 하지 아니한 이유에 대해 소명하여야 할 것이다. (나) 처분청은 쟁점차량의 취득계약서상 주행거리가 3km이고, 쟁점차량의 계기판 사진상 주행거리 102km는 객관적인 운행기록으로 볼 수 없으며, 주행거리가 3km이든 102km이든 미미한 수준이므로 쟁점차량은 중고자동차가 아니라 신차라는 의견이나 이는 부당하다. 1) 쟁점차량이 신차인지 중고차인지 여부는 자동차관리법과 부가가치세법 기본통칙에 의하여 자동차 제조업자로부터 취득했는지 여부로 판단하는 것이지 주행거리로 판단하는 것이 아니다. 예를 들어 일주일 전에 OOO 공장에서 출시되어 OOO에 전시된 TV를 새 제품으로 볼 수 있을지 또한 이 사건과 유사하게 18년 전에 출시되어 그동안 창고에 보관된 TV라면 이를 새 제품으로 볼 수 있을지 생각해 보면 처분청의 의견이 부당함이 자명하다. 2) 청구인은 중고자동차를 수집하고 해외에 수출하여 대외의존도가 높은 우리나라에 필수적인 외화를 획득하고 있으므로 수출지원 차원에서라도 법적 안정성을 훼손하는 일이 없도록 해야 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 (1) 재활용폐자원 등 매입세액 공제 특례 규정은 비사업자로부터 중고자동차를 매입하여 세금계산서를 발급받지 못한 경우 중고자동차 매매업자의 부가가치세 부담을 경감하려는 취지이나, 위 A는 비사업자로 볼 수 없어 당초 처분은 정당하다. (가) NTIS에 따르면 위 A는 2022사업연도 ○○법인의 주주이고, 2013년경부터 서울특별시 서초구 OOO에서 중고자동차 소매업을 영위하는 ◊◊모터스(OOO 회원사)의 대표이사로 확인된다. (나) 또한 NTIS에 따르면 위 A는 2018년부터 2023년까지 다수업체에 중고자동차를 매도하는 등 계속적이고 반복적으로 중간판매상 역할을 하였으며 연간 공급대가 OOO원 이상 부가가치를 창출해낼 수 있는 일반사업자로 보아야 한다.

(2) 쟁점차량은 제조업자가 제작한 신차를 취득한 자로부터 재취득한 중고자동차로서 제작연월일부터 1년 이후인 약 18년 뒤에 수출하였으나 사실상 운행 기록이 없는 차량으로 재활용폐자원 등 매입세액 공제 특례 규정의 제정 취지에 부합하지 않는다. (가) 쟁점차량은 2005년 12월경 주식회사 A가 국내로 수입하였고 이후 행방을 감추었다가 2011년경 △△저축은행의 부실책임에 대한 조사 중 지하 창고에서 발견되었으며 이후 예금보험공사는 △△저축은행의 파산관재인으로서 피해 예금자의 손해를 보전하기 위하여 쟁점차량의 매각을 진행하였고 2021.9.2.

○○법인에게 OOO원에 양도하였다. (나)

○○법인은 2023.8.29. 위 A에게 쟁점차량을 양도하였고 같은 날 A는 청구인에게 쟁점차량을 양도하였는바, 쟁점차량은 2005년 12월경 주식회사 A가 수입하여 2006년 임시운행 등록한 차량으로 임시운행 허가를 받은 차량은 제한된 기간 내 정해진 목적으로만 운행을 해야 하는 것이고, 청구인의 주장처럼 목적에 맞지 않게 사용된 경우에도 사실상 운행사실이 있는 중고자동차라고 볼 수는 없다. (다) 쟁점차량의 양도증명서상 주행거리는 3㎞로 기재되어 있고 청구인은 쟁점차량의 계기판 사진상 주행거리가 102㎞라고 주장하고 있으나 이는 중고자동차로 보기에 미미한 수준의 운행기록이고 객관적인 운행기록으로 보기에도 신뢰성이 부족하다. (3) 청구인은 동종업계에 종사하면서 위 A가 사업자임을 알 수 있었고 거래 규모로 보아 미등록 일반과세자임을 충분히 예측할 수 있었을 것이므로 청구인은 선의의 당사자로 볼 수 없어 청구인에게 초과환급신고 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① (주위적) 쟁점차량이 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용 대상인지 여부

② (예비적) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2005년 12월경 주식회사 A가 쟁점차량을 수입하였다며 수입신고서를 아래 <표1>과 같이 제출하였다. <표1> 수입 관련 수입신고서 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 2023.8.29. A로부터 쟁점차량을 OOO원에 매수하였다며 자동차양도증명서를 아래 <표2>와 같이 제출하였다. <표2> 자동차양도증명서 ㅇㅇㅇ (다) 청구인은 2023.10.26. 독일로 쟁점차량을 OOO원에 수출하였다며 수출계약서와 수출신고필증을 아래 <표3>․<표4>와 같이 제출하였다. <표3> 수출계약서 ㅇㅇㅇ <표4> 수출신고필증 ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 쟁점차량의 수출 당시 주행거리가 102㎞라며 계기판 사진을 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 계기판 사진 ㅇㅇㅇ

(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 청구인이 쟁점차량을 취득하게 된 경위와 관련하여 아래 <표6>과 같이 제출하였다. <표6> 쟁점차량 취득 경위 요약 ㅇㅇㅇ (나) 처분청은 NTIS에 따르면 A가 2018년부터 2023년까지 다수업체에 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 대상 중고자동차를 매도하였다며 매수인들이 제출한 신고내역과 차량등록증상의 소유권이전내역을 아래 <표7>과 같이 제출하였다. <표7> 중고자동차 매도 내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 청구인에게 쟁점차량의 운행과 관련된 소명을 요청하였고 청구인은 차량미등록 사유 등을 제출하였다며 청구인의 소명내용을 아래 <표8>과 같이 제출하였다. <표8> 쟁점차량 운행과 관련한 청구인의 소명내용 중 일부 발췌 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 쟁점차량의 차대번호로 임시허가번호를 조회한 결과를 아래 <표9>와 같이 제출하였다. <표9> 임시허가번호 ㅇㅇㅇ (마) 처분청은 쟁점차량의 세금계산서 발급 내역과 위 A의 전자세금계산서 수취 목록 등을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점차량의 양도인을 비사업자로 볼 수 없고 쟁점차량을 중고자동차로 볼 수 없으므로 쟁점차량에 대해 재활용폐자원 매입세액 공제특례를 적용하지 않는 것이 정당하다는 의견이나, 조세특례제한법제108조에 의하여 ‘중고자동차’를 포함한 재활용폐자원 등의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 주는 제도의 취지는 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품을 수집하여 판매하는 경우에 매입가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 줌으로써 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집이 보다 원활하게 이루어지게 하고 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는데 있는 것이고, 조세법률주의의 원칙상 조세 법규는 그것이 납세의무를 감면하는 요건에 관한 규정이라고 하더라도 엄격하게 해석 하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용될 수 없는바(대법원 1991.7.9. 선고 90누9797 판결，2001.2.23. 선고 98두15122 판결 등 참조), 처분청이 제출한 자료만으로는 청구인에게 쟁점차량을 매도한 거래상대방인 A가 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 부가가치세 과세사업자이면서 연간 간이과세자 기준 이상의 중고자동차를 공급하였다고 단정하기 어려워 보이고, 처분청도 위 A에 대해 직권으로 사업자등록을 하고 부가가치세를 결정․고지한 사실이 없는 점, 조세특례제한법제108조 및 조세특례제한법 시행령제110조는 ‘중고자동차’를 ‘자동차관리법에 따른 자동차 중 중고자동차’라고 규정하면서, 수출되는 중고자동차로서 제작연월일부터 수출신고수리일까지 기간이 1년 미만이거나 매입세액공제를 받은 후 중고자동차를 수집하는 사업자에게 매각한 자동차는 제외하도록 규정하고 있고, 중고자동차의 정의에 관해서는 명문의 규정이 없는 가운데, 제작연월일로부터 얼마 지나지 않은 사실상 신차를 타인을 위하여 매수하는 경우에도 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제 특례 제도의 혜택을 보게 되는 문제점을 해소하는 방향으로 법령이 정비되어 온 것 등으로 볼 때, 청구인은 쟁점차량을 제조일로부터 약 18년이 경과한 뒤 제조회사로부터 차량을 매입한 자 등을 거쳐 재취득하여 몇 개월 후 수출하였으므로, 쟁점차량을 중고자동차라고 볼 수 있으며, 이는 재활용이 가능한 중고품의 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는 위 특례 제도의 입법취지에도 부합하다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구인에 대해 재활용폐자원 등 매입세액 공제 적용을 부인하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제108조(재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례) ① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2025년 12월 31일까지, 중고자동차를 2025년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

1. 재활용폐자원: 103분의 3. 다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 105분의 5로 한다.

2. 중고자동차: 110분의 10

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제110조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제 특례) ① 법 제108조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자”란 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제36조의2 제1항 또는 제2항에 따라 영수증 발급에 관한 규정이 적용되는 기간에 재화 또는 용역을 공급하는 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. 자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자

4. 제4항 제2호의 중고자동차를 수출하는 자

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

2. 자동차관리법에 따른 자동차 중 중고자동차. 다만, 다음 각 목의 자동차는 제외한다.

• 가. 수출되는 중고자동차로서 자동차등록령제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행여부신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차
• 나. 제1항에 따른 자가 해당 자동차 구입과 관련하여 부가가치세법제38조에 따라 매입세액공제를 받은 후 중고자동차를 수집하는 사업자에게 매각한 자동차(제1항에 따른 자를 대신하여 그 밖의 다른 관계인이 해당 자동차 구입과 관련하여 매입세액공제를 받은 경우를 포함한다). 다만, 부가가치세법 제63조 제3항 에 따라 간이과세자가 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다.

(2) 자동차관리법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “자동차”란 원동기에 의하여 육상에서 이동할 목적으로 제작한 용구 또는 이에 견인되어 육상을 이동할 목적으로 제작한 용구(이하 “피견인자동차”라 한다)를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

(4) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우