조세심판원 심판청구 부가가치세

부가가치세 납세의무자가 수탁자라는 이유에서 위탁자인 청구법인에 대하여 신탁사업 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-서-3705 선고일 2024.09.10

청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 쟁점매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 보기는 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 건설업 및 부동산매매ㆍ임대업을 주업으로 영위하는 법인으로, 2014.3.31. 등 서울특별시 강서구 마곡동, 경기도 구리시 갈매동, 경기도 용인시 기흥구 및 인천광역시 연수구 송도동의 개발사업을 위하여 주식회사 A 등 신탁회사 4개사(이하 “쟁점수탁자”라 한다)와 관리형 토지신탁 계약(이하 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 각 체결하였고, 쟁점신탁계약에 따른 신탁재산을 처분하면서 본인(위탁자)의 명의로 매출세금계산서를 발급하고 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 관련 매입세액의 공제 등을 하여 2017년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.
  • 나. 청구법인은, 대법원이 2017.5.18. 전원합의체 판결(2012두22485, 이하 “전합판결”이라 한다)로 신탁재산 처분에 대한 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라고 하자, 2022.7.20. 본인이 납세의무자가 아니라는 이유로 2017년 제1기 부가가치세(매출세액) OOO원(관련 매입세액은 그대로 공제된 금액이다)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.12.1. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.9. 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원이 2023.12.6. ‘(전합판결 전후와 상관없이) 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보아야 한다’는 취지로 인용결정(2023서6794)을 하자, 처분청은 2023.12.20. 경정청구세액인 OOO원의 환급결정을 하는 한편, 그 후속처분으로서 납세의무자가 수탁자인 신탁회사들로 변경된 이상 청구법인이 관련 매입세액을 공제받을 수 없다고 보아 그 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여, 2024.4.4. 청구법인에게 2017년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 대법원의 전합판결에 따라 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자가 위탁자에서 수탁자로 변경되었으나, 신탁재산 관련 재화ㆍ용역을 공급받는 자까지도 위탁자에서 수탁자로 변경된 것은 아니다. 이에 대한 직접적인 별도의 판례가 나오지 아니하는 한, 종전 해석에 따라 위탁자를 재화 등을 공급받는 자로 보는 것이 타당하고, 전합판결의 내용을 자의적으로 확대해석하여 신탁재산 관련 재화 등을 공급받는 자까지 수탁자로 변경되었다고 보는 것은 위법ㆍ부당하다.

(2) 신탁계약의 특성을 고려할 때 위탁자인 청구법인이 부담한 매입세액을 불공제하는 것은 부가가치세 과세체계의 근간을 훼손하는 것으로, 처분청은 대법원의 전합판결에 따라 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 과세하면 된다. (가) 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 것에 대하여 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않는 신탁계약의 특성을 고려할 때, 신탁재산과 관련하여 매출세액은 수탁자가 납부하되, 매입세액공제는 위탁자가 받는 것이 정상적이다. 기획재정부는 전합판결과 관련하여 수탁자가 위탁받은 신탁재산을 매각하는 경우 신탁유형에 관계없이 부가가치세 납세의무자는 수탁자인 것으로 유권해석을 하면서, 신탁계약에 따라 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우에는 관련 세금계산서를 발급하지 아니한다고 명시한 바 있는데(기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.9.1.), 이는 정부 또한 위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우 부가가치세법령상 재화의 공급이 아니라고 보아, 수탁자는 단지 신탁계약을 통해 금융기관 등 채권자를 보호하고 수분양자ㆍ임차인들이 안정적으로 부동산을 분양받거나 사용ㆍ수익할 수 있도록 보장하는 역할을 수행할 뿐, 수탁자에게 그 부동산의 소유권이 실질적으로 귀속되는 것은 아니라는 입장임을 나타내는 것이다. (나) 만약 이 건 과세처분과 같이 위탁자에게 신탁재산 관련 매입세액을 불공제한다면, 전단계세액공제법을 채택하는 부가가치세법의 근간을 훼손하는 결과가 초래되므로, 처분청은 청구법인의 매입세액 공제분은 그대로 유지하되, 감액된 매출세액만큼을 수탁자에게 부과하여야 한다. 수탁자인 이 건 신탁회사들에게 매출세액을 부과하지 않으면서 위탁자인 청구법인의 매입세액을 불공제한다면, 위탁자와 수탁자 모두 매입세액 공제를 받을 수 없게 되는바, 이는 결국 신탁재산 처분으로 인하여 창출된 부가가치뿐만 아니라 신탁계약 이전에 창출된 부가가치에 대해서도 과세를 하는 결과가 되어 부당하다.

(3) 쟁점매입세액은 청구법인의 책임과 계산에 따라 목적사업인 건설업과 부동산매매업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액이므로, 부가가치세법령에 따라 공제되는 매입세액에 해당할 뿐만 아니라, 법령에 열거된 매입세액 불공제 대상에도 해당되지 않는다. (가) 공제되는 매입세액을 규정한 부가가치세법 제38조 에서의 “자기의 사업”이란 자기 계산에 의해 부가가치를 창출하는 사업으로 권리ㆍ의무의 귀속 주체를 의미하는 “자기명의”와는 구별되는 개념으로, “자기의 계산”이란 자기가 손익귀속의 주체가 된다는 것을 의미하는데, 수탁자는 신탁계약에 따라 신탁재산을 분양ㆍ관리ㆍ운용하는 업무를 수행하고 이에 대한 대가로 수수료를 받을 뿐, 부동산 개발사업의 손익귀속 주체가 아니므로 신탁재산 관련 건설업 등을 수탁자의 사업이라고 볼 수 없다. (나) 위탁자인 청구법인의 매출구조, 사업내용 등 제반 사정을 고려할 때 쟁점매입세액의 사업 관련성을 부인할 수 없으므로, 쟁점매입세액의 공제 여부를 매출세액과 관련한 조세심판원의 결정 전후로 달리 보아서는 안 된다. 대법원은 사업관련성 유무에 관하여 지출목적, 사업내용 등에 비추어 사업수행이 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단해야 한다는 입장(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결 참고)인데, 청구법인의 감사보고서 및 법인등기부등본에 의하면, 청구법인이 건설업, 부동산매매 및 임대업을 주요사업으로 영위하는 사실이 확인되고, 청구법인의 2017년 매출액은 전부 분양수익에서 발생하고 있을 뿐만 아니라, 청구법인이 쟁점매입세액과 관련하여 제공받은 재화 등도 모두 청구법인의 재고자산(건설중인자산)으로 계상되어 있는바, 이는 건설업 등이 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 있고, 도급공사와 설계ㆍ감리용역 등에 따른 매입세액 또한 당연히 청구법인의 사업과 직접적인 관련이 있음을 보여준다. 따라서, 부동산 신탁사업의 위험을 부담하면서 책임과 계산의 주체가 되는 것은 위탁자이므로, 매입세액 공제 또한 신탁재산 관련 도급공사 등의 계약상 용역 등을 공급받는 위탁자가 받아야 한다. (다) 부가가치세법 제39조 는 공제하지 아니하는 8가지 매입세액을 규정하고 있는데, 해당 규정이 예시적 규정이 아닌 열거 규정이라는 대법원의 입장(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 판결)에 의하면, 이 8가지에 속하지 아니하는 쟁점매입세액은 당연히 공제되는 매입세액이라고 보아야 한다.

(4) 부가가치세법령상 매출세액과 매입세액은 별도 조문으로 규정되어 있는바, 부가가치세법령의 전체 체계를 고려할 때 매출세액을 납부하는 자와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 일치하여야 하는 것은 아니다. (가) 법인세법령이 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 뺀 금액에서 결손 등을 재차 차감하여 과세표준을 산정하도록 하는 것과 달리, 부가가치세법령은 공급한 재화ㆍ용역의 공급가액을 합산하여 과세표준을 산정한 뒤 세율을 곱하여 계산한 금액을 매출세액으로 하고, 납부세액은 매출세액에서 부가가치세법 제38조 에 따른 매입세액 등을 차감하여 계산하는 것으로 명시되어 있는 등 매출세액과 매입세액을 별도로 규정하고 있는바, 매출세액과 매입세액 간 대응을 그 조건으로 하고 있지 않다. (나) 또한, 부가가치세법 제38조 는 자기 사업에 관련된 재화ㆍ용역의 구입 시 부담한 부가가치세액을 공제하는 매입세액으로 규정하면서 직접 사용 여부에 대해서는 규정하고 있지 않다. (다) 따라서, 수익ㆍ비용을 대응시켜 손익을 계산하는 회계와 달리 매출세액에서 매입세액을 공제하는 경우에는 과세사업과의 관련성이 있는 것으로 충분하고, 매출세액과 매입세액이 대응하여야 한다는 조건을 충족할 필요는 없으므로, 청구법인이 심판청구를 통해 매출세액을 환급받았더라도 그에 대응하여 무조건으로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 타당하지 아니하다. (라) 특히, 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 는 사업의 포괄적 양도를 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 이에 따라 사업의 포괄양수도 시 해당 사업 관련 매입세액 공제는 양도자가 받되, 양도 이후 양도된 사업에서 발생하는 매출세액은 사업 양수자가 부담하는바, 부가가치세법령상 매출세액을 부담하는 자와 매입세액을 부담하는 자가 반드시 일치하여야 하는 것은 아니다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 조세심판원은 2023.12.6. 수탁자를 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무의 귀속주체로 보아 위탁자인 청구법인이 당초 신고한 신탁재산 처분(분양)에 따른 매출액 전액을 감액하는 결정을 하였는바, 그에 따르면 신탁재산 처분(분양)과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 권리ㆍ의무의 귀속주체 또한 청구법인이 아니다. 수탁자(신탁회사)를 부가가치세 납세의무자로 본 이상 도급공사, 설계용역, 감리용역 등의 매입내역은 수탁자가 사업의 주체이자 계약당사자로서 공급받은 것이고, 위탁자(청구법인)는 해당 사업과 관련한 사업자가 아니므로 쟁점매입세액을 공제받을 수 없는 것은 당연하다.

(2) 청구법인은 신탁계약의 특성을 고려할 때 위탁자의 매입세액을 불공제하는 것은 부가가치세법의 근간을 훼손하는 것이고, 처분청이 전합판결에 따라 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 과세하면 해결될 사안이라고 주장하나, 사업자는 재화ㆍ용역을 공급하는 경우 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수해 납부하여야 하고, 이 때 사업자가 납부하여야 할 부가가치세는 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 기존에 지급한 매입세액을 공제한 금액인바, 이와 같은 전단계세액공제방식 하에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 되므로 매출세액에 대한 부담 없이 매입세액을 공제받겠다는 청구주장이 오히려 부가가치세법의 근간을 훼손하는 것이다. 또한, 청구주장과 같이 수탁자들에게 부가가치세를 부과하고자 하여도 청구법인이 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 규정하고 있는 경정청구 기한과 부과제척기간이 임박한 시점인 2022.7.20.에서야 이 건 경정청구를 제기한 결과, 부과제척기간의 만료로 더 이상 수탁자인 신탁회사들에게 2017년 제1기 부가가치세를 부과할 수 없는 상황이다. 청구법인은 2020.7.27. 처분청에 2015년 제1기 부가가치세와 관련한 경정청구를 하면서 그 이후 과세기간분에 대한 경정청구도 함께 제기할 수 있었음에도 불구하고, 각각의 과세기간에 대한 부과제척기간에 임박하여서야 경정청구를 제기하여, 처분청이 수탁자들에게 각 과세기간에 대한 부가가치세를 부과하는 것을 원척적으로 불가능하도록 만들었다.

(3) 청구법인은 쟁점매입세액의 경우 청구법인의 목적사업인 건설업과 부동산매매업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액이고, 부가가치세법에 열거된 매입세액 불공제대상에도 해당되지 않는다고 주장하나, 부가가치세법은 ‘영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 납세의무자로 정하고, ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 규정하고 있으며, 이러한 매입세액은 ‘재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다’고 하여 사업관련성과 매입세액 및 매출세액이 대응할 것을 매입세액 공제요건으로 삼고 있는데, 신탁재산의 관리·처분에 관하여 재화를 공급하는 사업자 및 납세의무자는 수탁자이므로 사업관련성은 수탁자를 기준으로 인정하여야 할 것인바, 위탁자인 청구법인이 쟁점매입세액을 공제받을 요건을 갖추었다고 볼 수 없다. 조세심판원이 쟁점신탁계약에 따라 사업주체의 지위를 수탁자에게 모두 이전하였다는 청구법인의 주장을 수용한 결과, 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체가 수탁자로 변경되었음에도 불구하고, 청구법인은 신탁재산 처분과 관련하여 재화를 공급하는 경우 귀속주체는 수탁자라고 하면서 신탁재산 처분과 관련해 재화·용역을 공급받는 경우 귀속주체는 위탁자라는 비일관적이고 모순된 주장을 계속 하고 있다.

(4) 청구법인은 부가가치세법상 매출세액과 매입세액은 별개의 규정이고, 매출세액을 납부하는 자와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 일치하여야만 하는 것은 아니라고 주장하나, 앞서 설명한 바와 같이 ‘매출세액에서 공제하는 매입세액’은 ‘사업자’가 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 말하므로, 청구주장에서 수탁자(신탁사)가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약의 당사자가 되어 신탁업무를 처리하였음을 이유로 부가가치세 납세의무자가 수탁자임을 주장하고 있는 이상, 위탁자인 청구법인이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과 별도로 매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 사용된 것으로 볼 수는 없다.

(5) 참고로, 청구법인이 다른 과세기간의 과세처분과 관련하여 동일ㆍ유사한 쟁점으로 제기한 심판청구사건 및 위탁자에 대한 신탁재산 처분 관련 매입세액 불공제가 문제된 다른 심판청구사건에 대하여, 조세심판원은 일관되게 신탁재산 처분에 대한 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본 이상, 위탁자에게 그와 관련한 매입세액 공제를 인정할 수 없다는 결정을 하였고, 법원도 동일한 취지의 판결을 내리고 있다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 부가가치세 납세의무자가 수탁자라는 이유에서 위탁자인 청구법인에 대하여 신탁사업 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014.3.31. 서울특별시 강서구 마곡지구 OOO 사업용지 개발사업을 위하여 주식회사 A과, 2015.3.30. “구리갈매지구 OOO블록 공동주택 개발사업”을 위하여 B 주식회사와, 2015년 4월경 “용인 기흥 역세권 OOO 주상복합 신축산업”을 위하여 C 주식회사와 그리고 “인천광역시 연수구 송도동 OOO번지 일원 공동주택 신축사업”을 위하여 D 주식회사와, 위탁자를 청구법인으로, 수탁자를 신탁회사들로, 수익자를 금융기관 등으로 하는 ‘관리형 토지신탁 계약(쟁점신탁계약)’을 각 체결하였다. (나) 종래 신탁과 관련하여서는 과세실무상 주로 실질을 고려하여 부가가치세의 납세의무자를 위탁자로 보면서도, 신탁의 종류에 따라 달리 보는 경우도 있었는바, 청구법인도 마찬가지로 본인을 부가가치세 납세의무자로 하여 쟁점신탁계약의 신탁재산 처분과 관련한 매출세액 및 관련 매입세액을 반영하여 2017년 제1기 부가가치세를 신고하였다. (다) 그런데 대법원이 2017.5.18. 전합판결로 ‘신탁재산 처분 시의 부가가치세 납세의무자는 수탁자’라고 그 입장을 변경하자, 청구법인은 본인이 종래 부담한 매출세액에 대한 납세의무자가 아니라는 이유에서 그 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청이 이를 거부하자, 심판청구를 제기하였다. 이에 대하여 우리 원은 아래와 같은 이유로, 인용결정(조심 2023서6794, 2023.12.6.)을 하였고, 이에 처분청은 청구법인이 신고한 2017년 제1기분 매출세액 중 쟁점신탁계약에 따른 신탁재산 처분과 관련된 OOO원을 차감하는 것으로 감액경정(환급)을 하는 한편, 이와 관련한 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 과세처분을 하였다. 처분청은 청구법인이 경정청구의 근거로 한 대법원 판결은 담보신탁의 경우로서 수탁자가 실질적 통제권을 취득한 것으로 보아 납세의무자를 수탁자로 판시한 것이므로 이 건에 적용할 수 없고, 쟁점신탁계약의 사업내용으로 보아 신탁재산에 대한 사실상 소유자 지위(실질적 통제권)가 수탁자에게 이전되었다고 볼 수 없으며, 이 건 경정청구 대상 기간인 2017년 제1기는 기획재정부 질의회신 적용 대상(2017.9.1. 이후 공급 분부터 적용)에도 해당하지 아니하므로 이 건 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 청구법인으로 보아야 한다는 의견이다. 그러나, 신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음 그 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점(조심 2017서1078, 2018.10.30. 조세심판관합동회의 등, 같은 뜻임), 기획재정부는 위 대법원 판결 취지에 따라 신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 본다고 하면서 예규 생산일인 2017.9.1. 이후 공급 분부터 적용하도록 하였으나, 질의회신일을 기준으로 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리할 이유는 없어 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 신탁재산 처분과 관련하여 처분청이 청구법인의 공제받은 매입세액을 불공제하여 과세할 수 있음은 별론으로 하더라도 신탁재산 처분에 따른 납세의무자를 청구법인으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (라) 처분청이 쟁점매입세액(OOO원)을 산정한 내역은 아래 <표>와 같다. < 표> 처분청의 사업별 매입세액 불공제분 산정 내역 (단위: 원) OOO (마) 한편, 대법원의 전합판결 이후 부가가치세법령은 몇 차례에 걸쳐 개정되었는데, 당초 쟁점신탁계약과 유사한 경우에 대하여 위탁자가 부가가치세의 납세의무자임을 명확하게 하는 것으로 개정되었으나, 최근에는 그 입장을 변경(2022.1.1.부터 적용)하여 원칙적으로 수탁자를 납세의무자로 하되, 예외적으로 신탁재산과 관련한 재화ㆍ용역을 위탁자 명의로 공급하거나 위탁자가 실질적으로 신탁재산을 통제ㆍ지배하는 경우에는 위탁자를 납세의무자로 하는 것으로 규정하면서, 그에 대한 특례로 일정한 경우에는 수탁자(위탁자)도 위탁자(수탁자)를 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서로 매입세액 공제를 받을 수 있도록 재개정되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세액의 경우 본인의 사업을 위하여 지출ㆍ부담한 것이므로 대법원의 전합판결과 관계없이 부가가치세법령에 따라 당연히 공제되어야 하는 것이고, 매출세액을 납부하는 자와 매입세액을 공제받는 자가 반드시 일치하여야 하는 것도 아니며, 처분청으로서는 변경된 납세의무자인 수탁자에게 부가가치세를 부과하면 된다는 취지로 주장하나, 부가가치세법령에 의하면, 매출세액에서 공제하는 매입세액은 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 말하는데, 앞서 본 바와 같이 우리 원이 이 건 관련 매출세액의 납세의무자와 관련하여 쟁점신탁계약상 신탁회사들(수탁자)이 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무의 귀속주체로서 계약의 당사자가 되어 신탁 업무를 처리하였음을 전제로 부가가치세의 납세의무자를 신탁회사들(수탁자)로 판단한 이상, 청구법인(위탁자)이 관련 사업을 영위하였음을 전제로 매출세액과는 별도로 쟁점매입세액만을 청구법인의 사업을 위하여 부담하였다고 보기는 어려운 점, 부가가치세법령의 최근 개정 내용에 의하면, 이 건과 같은 관리형 토지신탁의 경우에는 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 보되, 다만 특례로 수탁자로 하여금 위탁자 명의로 발급받은 매입세금계산서를 이용하여 매입세액 공제를 받을 수 있도록 하였는바, 이를 종합적으로 해석하면, 수탁자가 납세의무자인 경우에는 위탁자가 아닌 수탁자가 그 매입세액을 공제받는 것이고, 다만 실무상 공급받는 자의 명의가 달라 발생하는 문제를 해결하기 위하여 특례를 둔 것으로 봄이 타당한 점, 비록 개정 전 부가가치세법령이 적용되는 이 건에서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 등의 이유에서 신탁회사(수탁자)들 또한 매입세액 공제를 받는 것에 어려움이 있을 수도 있겠지만, 2017년 제1기분의 경우에는 부과제척기간(2022년 7월 말)의 도과로 신탁회사들에게 대하여 매출세액과 관련한 과세처분이 추가로 이루어지지도 않아 크게 형평에 반하는 것으로 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정된 것) 제38조 [공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(3) 부가가치세법(2020.12.22. 법률 제17653호로 일부개정된 것) 제3조 [납세의무자] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

2. 재화를 수입하는 자

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 “신탁재산”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 신탁법 제2조 에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 “수탁자”라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신탁법 제2조 에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 “위탁자”라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우

2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 제10조 [재화 공급의 특례] ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
  • 나. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
  • 다. 수탁자가 변경되어 새로운 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부 칙 제1조 [시행일] 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제36조 제1항ㆍ제4항, 제36조의2, 제46조 제1항ㆍ제3항, 제63조 제1항ㆍ제3항ㆍ제5항, 제65조, 제66조 제1항ㆍ제3항부터 제6항까지, 제67조 제2항ㆍ제3항, 제68조 제2항 및 제68조의2 제1항ㆍ제2항 제1호ㆍ제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하고, 제3조, 제3조의2, 제8조 제6항부터 제12항까지, 제10조 제8항, 제50조, 제52조의2 및 제58조의2의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. (4) 부가가치세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 일부개정된 것) 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

11. 법 제3조 제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

12. 법 제3조 제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우 부 칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

2. 제5조의2, 제5조의3, 제8조 제7항, 제12조 제1항, 제13조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제2항, 제16조, 제21조의2 및 제75조 제11호ㆍ제12호의 개정규정: 2022년 1월 1일 제2조 [일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(5) 신탁법(2014.1.7. 법률 제12193호로 일부개정된 것) 제2조 [신탁의 정의] 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁자”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)