조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 전후로 양도차익을 구분하여 계산하고 그 중 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 대하여야만 장기보유특별공제를 적용하여 이 경우 양도차익 등은 거주자가 해당 조합원입주권을 취득 및 양도한 사실에 기초하여 계산하는 것이어서 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 말하는 가격이 변동된 때라 함은 양도일 이전에 한하는 것으로 봄이 타당하므로 청구주장은 받아들이기 어려움
조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 전후로 양도차익을 구분하여 계산하고 그 중 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 대하여야만 장기보유특별공제를 적용하여 이 경우 양도차익 등은 거주자가 해당 조합원입주권을 취득 및 양도한 사실에 기초하여 계산하는 것이어서 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 말하는 가격이 변동된 때라 함은 양도일 이전에 한하는 것으로 봄이 타당하므로 청구주장은 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (이하 생략) 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액+납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획등 인가 후 양도차익”이라 한다)+[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비]](이하 이 조에서 “관리처분계획등 인가 전 양도차익”이라 한다)
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.
1. 관리처분계획등 인가 전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간 (3) 도시 및 주거환경정비법 제74조 (관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.
5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격) 제86조(이전고시 등) ① 사업시행자는 제83조 제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 해당 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전이라도 완공된 부분은 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 분양받을 자에게 소유권을 이전할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항에 따라 대지 및 건축물의 소유권을 이전하려는 때에는 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장ㆍ군수등에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득한다. 제89조(청산금 등) ① 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 제86조 제2항에 따른 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액(이하 “청산금”이라 한다)을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급하여야 한다.
(1) OOO 주택재건축정비사업의 관리처분계획 내역서에 의하면, 종전주택의 권리가액은 아래 <표1>과 같이 변경되었다. <표1> 분양기준가액(권리가액) (단위: 원, %)
(2) 청구인은 조합원입주권 양도 후 그 권리가액이 OOO원에서 OOO원으로 변경되었다는 사유로, 아래 <표2>와 같이 양도차익과 장기보유특별공제액을 재계산하여 양도소득세를 경정청구하였다. <표2> 경정청구 내역 (단위: 천원)
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법 시행령제166조 제4항에 의하면 조합원입주권의 양도차익을 계산하는 경우 기존 건물과 부수토지(종전주택)의 평가액(권리가액)은 관리처분계획에 따라 정하여진 가격으로 하고 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다고 되어 있으므로, 조합원입주권 양도 후 변경된 권리가액을 기준으로 양도차익과 장기보유특별공제액도 계산되어야 한다고 주장하나, 조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획 인가 전·후로 양도차익을 구분하여 계산하고 그 중 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하며, 이 경우 양도차익 등은 거주자가 해당 조합원입주권을 취득 및 양도한 사실에 기초하여 계산하는 것이어서, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 말하는 “가격이 변동된 때”라 함은 양도일 이전에 한하는 것으로 봄이 타당하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2024서3353, 2024.9.4. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.