과세전적부심사의 기회를 부여하지 않는 등 중대한 절차적 하자가 있어 무효인 처분인지 여부 등

• 가. 청구인은 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 직원이었던 거주자로, 2016.3.31. 쟁점법인으로부터 1주당 OOO원을 행사가격으로 하는 주식매수선택권(부여 주식수: 25,000주, 이하 “쟁점스톡옵션”이라 한다)을 부여받았고, 2018.4.12. 쟁점스톡옵션을 행사하여 쟁점법인 발행주식 25,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 교부받고 행사일 현재 시가(주당 OOO원)와 행사가격의 차액인 OOO원[(OOO원)×25,000주]의 행사이익(이하 “쟁점행사이익”이라 한다)에 대하여 구 ｢조세특례제한법｣(2017.12.19. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법”이라 한다) 제16조의3에 따라 소득세 대신 쟁점스톡옵션 행사로 취득한 주식을 양도 시점에 양도소득세로 납부하는 과세특례(이하 “이 사건 과세특례”라 한다)를 신청하였고, 2019.12.24. 등 쟁점주식을 양도 및 증여한 후 2019.12.31. 쟁점법인을 퇴사하였으며, 2020.2.17. 이 사건 과세특례에 따라 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 가. 국세청장은 2022.6.27.∼2022.7.15. 역삼세무서를 대상으로 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적정 여부를 점검한 결과, 쟁점스톡옵션은 부여일 기준 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣(이하 “상증세법 시행령”이라 한다) 제54조를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가보다 행사가격이 낮은 비적격주식매수선택권에 해당하여 이 사건 과세특례의 적용이 불가하다고 보아 역삼세무서장에게 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세를 부과할 것을 지시하였고, 이에 역삼세무서장은 2022.12.22. 쟁점법인에게 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원(가산세 포함)에 대한 과세예고통지를 하였으며, 2023.4.5. 과세전적부심사 결과 청구인의 퇴사로 원천징수 이행이 어렵다는 취지로 쟁점법인의 과세전적부심사청구가 채택(이하 “쟁점 법인과적결정”이라 한다)되어 2023.5.9. 처분청에 과세자료로 통보되었다.
• 나. 이에 따라 처분청은 2024.3.12. 청구인에게 쟁점행사이익에 대한 2018년 귀속 종합소득세(근로소득) OOO원에 대한 과세예고통지(이하 “이 사건 과세예고통지”라 한다)를 하였고, 청구인은 2024.4.12. 과세전적부심사청구를 하였으며, 국세청장은 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제3항 제3호 에서 규정한 과세예고통지일부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사청구 대상이 아니라고 보아 2024.4.23. 심사제외결정을 하였으며, 이에 처분청은 2024.5.1. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 결정‧고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) (주위적 청구) 이 사건 처분은 무효이므로 취소되어야 한다. (가) 청구인의 2018년 귀속 종합소득세 과소신고 여부는 국세청장이 이 사건 과세특례를 조사하는 과정에서 처분청이 청구인의 쟁점스톡옵션 행사가 구 조특법 제16조의3 제1항 제2호(해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행 사가액의 합계가 5억원 이하일 것)에 위배된다고 본 것에서 시작되었다. 청구인은 2022.5.6. 및 2022.5.11. 처분청에 해명자료를 제출하면서 처분청이 청구인에게 납세고지를 미리 해주거나 예고통지나 수정신고를 지도하여 줄 것을 요청하였으나, 처분청은 청구인에게 구체적인 안내를 하지 않았다. 청구인은 2022.6.13. 종합소득세 기한후신고서를 제출하면서 가산세 부분을 공란으로 비워둘 수밖에 없었으며, 동시에 양도소득세 경정청구를 하였다. 이후 처분청은 구 조특법 제16조의3 제1항 제2호 중 ‘행사가액’을 ‘행사이익’과 오인하였기 때문이고, 쟁점스톡옵션의 행사가액은 5억원 이하이므로 이 사건 과세특례 대상에 해당한다고 보아 기존 양도소득세 신고와 근로소득 신고 부분이 적정하므로 2022.6.29. 청구인에게 양도소득세 경정청구의 취하와 종합소득세 기한후신고의 철회를 안내하였고, 감사가 종결되면 청구인이 제출한 해명자료에 대한 답변 형식으로 결과통보서를 보내주겠다고 하였기 때 문에 청구인은 2022.7.14. 종합소득세 기한후신고를 철회하게 된 것이다. 이후 국세청장은 쟁점법인의 과세전적부심사 청구에 따라 쟁점스톡옵션 행사이익에 대한 근로소득세 납부의무자 대한 내부적인 다툼 끝에 2023.4.5. 납부의무자가 청구인이라는 취지의 쟁점법인과적결정을 하였고, 이로부터 11개월이나 지나 부과제척기간을 불과 두 달 앞둔 2024.3.15.이 되어서야 청구인에게 이 사건 과세예고통지를 하였는데, 처분청은 이 사건 처분에 대하여 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 약 1년이라는 장기간 동안 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 하였고, 이후 국세청장은 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제3항 제3호 를 적용하여 과세전적부심사제외 결정을 하였다. 그러나, 이 사건 과세예고통지는 국세청장의 업무감사 및 조사에 따라 처분청이 과세자료 등을 확인한 후 이루어진 것으로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제1항 의 과세전적부심사 대상이다. 청구인은 처분청이 해명자료를 요청한 이후 잠정적으로 종합소득세 기한후신고를 하였다가 처분청의 안내를 받고 그 신고를 철회하게 된 것이므로 청구인으로서는 2018년 귀속 종합소득세가 확정될 때까지 처분청의 사후 과세처분 지시를 기다릴 수밖에 없었다. 그런데도 처분청은 과세할 수 있는 사정에도 불구하고 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 종합소득세 부과제척기간 만료일에 임박하여서야 청구인에게 이 사건 과세예고통지를 한 것이다. 과세관청이 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우에도 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제3항 제3호 를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니한다 할 것인바(조심 2019중3428, 2020.4.27. 참조), 처분청이 오랜 기간 동안 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않고 과세한 이 사건 처분은 그 절차적 하자가 객관적으로 명백하여 당연무효에 해당한다. (나) 청구인에게는 종합소득세 총결정세액 전체에 대한 가산세가 부과되었고 현재 징수절차가 진행 중이다. 청구인은 납부기한 연장 허가를 받기 위하여 처분청 징수과 담당자의 요청에 따라 기 납부한 양도소득세에 대하여 경정청구를 하고 그 환급액을 종합소득세로 납부하고자 하였으나, 처분청 소득세 담당자는 청구인에게 법적 근거를 제시하지도 않고 현재 본 사건이 진행 중이라는 이유만으로 환급을 해 줄 수 없다고 안내하였다. 이처럼 이 사건 처분과 양립할 수 없는 양도소득세에 대한 환급 신청도 받아들이지 않는 처분청의 모순된 판단으로 청구인은 납부기한 연장 신청 절차조차 진행하지 못하였고, 절차적 권리를 계속하여 침해당하는 상황이다. (2) (예비적 청구 1) 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. (다) 쟁점행사이익은 근로소득이고, ｢국세기본법 시행령｣ 제12조의3 제2항 제1호 및 제3호에서 원천징수의무자에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액의 법정 납부기한의 다음 날을, 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날을 각각 부과제척기간의 기산일로 규정하고 있으므로, 이 사건 처분의 부과제척기간은 2019.2.11.(연말정산일의 다음날)부터 기산하여 5년이 경과한 2024.2.10. 만료하였으므로, 이를 도과하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다. (라) 구 조특법 제16조의3 제1항은 이 사건 과세특례의 적용이 가능한 적격주식매수선택권의 요건으로 제1호에서 “｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣(이하 “벤처기업육성특별법”이라 한다) 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것“을 규정하고 있는바, 쟁점스톡옵션은 쟁점법인이 중소기업청장에게 신고하는 등 벤처기업육성특별법령에 따라 적법하게 부여되었고, 구 조특법 시행령(2016.12.1. 대통령령 제27649호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조의3 제5항 제4호는 2016.12.1. 신설되었고 그 부칙 제2조에 따라 2016.12.1. 이전에 부여된 쟁점스톡옵션에는 적용될 수 없음에도, 쟁점스톡옵션의 행사가격이 부여 당시 시가보다 낮은 가액이라는 이유로 이 사건 과세특례의 적용을 부인하여 과세한 이 사건 처분은 소급과세금지 원칙을 위반한 것으로 위법하다. (마) 설령, 이 사건 과세특례에 “주식매수선택권 행사가격이 ｢상속세 및 증여세법｣(이하 “상증세법”이라 한다)상 부여 당시 시가 이상일 것”이라는 요건이 적용되더라도, 이 규정은 회사의 자본충실과 관련하여 벤처기업육성특별법 시행령이 규정한 강행규정으로, 이를 위반한 쟁점스톡옵션 계약은 무효이고, 일부무효의 법리 내지 무효행위의 전환의 법리에 따라 쟁점스톡옵션의 행사가격은 상증세법상 시가와 행사가격의 차액의 범위에서만 일부무효라 할 것이므로, 쟁점스톡옵션은 당사자의 가정적 의사에 따라 상증세법상 시가로 체결된 것으로 보아 적격주식매수선택권이라 할 것이므로, 이와 달리 쟁점스톡옵션을 비적격주식매수선택권으로 보아 과세특례를 배제한 이 사건 처분은 위법하다. (바) 관할관청이 이 사건 과세특례의 적정성에 대한 공적인 견해를 표명하였고 쟁점스톡옵션의 부여와 그 행사절차는 모두 쟁점법인의 주도 하에 이루어졌으며, 청구인은 귀책사유 없이 쟁점법인과 관할관청을 신뢰하여 쟁점스톡옵션을 행사하였고 과세특례 신청 과정에서도 행사가격 조정의 기회를 얻지 못하였으므로 이 사건 과세처분은 신뢰보호 원칙에 위배되는 위법한 처분이다. 1) 쟁점스톡옵션 부여 시부터 중소기업청장, 분당세무서장 및 처분청은 이 사건 과세특례의 적정성을 판단해야 할 의무가 있었고, 쟁점스톡옵션 행사가격과 다른 직원들의 주식매수선택권 행사가격이 기재된 신고서류를 여러 차례 제출받음으로써 행사가격의 문제점을 확인해 볼 충분한 시간이 있었음에도 장기간 아무런 조치를 취하지 아니함으로써 청구인에게 이 사건 과세특례의 적정성에 관한 신뢰를 부여하였으므로 청구인에게 공적인 견해를 표명한 것이다. 가) 중소기업청장은 쟁점법인의 쟁점스톡옵션 부여 신고에 대하여 보완 요구나 반려 없이 수리하였다. 나) 쟁점법인은 쟁점스톡옵션의 행사에 대하여 청구인이 이 사건 과세특례를 적용받을 수 있도록 행사가격(OOO원)이 기재된 특례적용대상명세서와 행사주식지급명세서를 2018.5.3. 분당세무서장에게 제출하여 국세청장의 감사가 있기 전까지 행사가격이 부여 당시 시가 이상인지 여부를 확인할 수 있는 충분한 기회가 있었음에도, 분당세무서장은 이를 검토하지 아니하였다. 다) 또한, 청구인은 2019년 귀속 양도소득세를 신고하면서 쟁점법인이 발급한 특례신청확인서를 함께 처분청에 제출하였는데, 처분청 역시 청구인에게 특례신청확인서에 기재된 행사가격 1주당 OOO원이 상증세법상 시가 이상인지 여부를 확인할 수 있는 자료 등을 별도로 요구하지 않았다. 2) 청구인은 쟁점스톡옵션의 행사가격을 법령에 위반할 고의가 전혀 없이 쟁점법인과 관할관청이 표명한 의사를 신뢰하여 과세특례신청을 하고 그 정정기회를 놓치게 된 것이므로, 청구인은 쟁점스톡옵션의 행사가격에 관한 공적인 견해 표명에 대하여 아무런 귀책사유 없다고 할 것이다. 라) 쟁점스톡옵션 부여 당시부터 2022년 경까지 2016.1.1.자 쟁점법인 발행주식의 상증세법상 시가가 1주당 OOO원이라는 사실을 알고 있었던 당사자는 오로지 쟁점법인뿐이다. 쟁점스톡옵션의 행사가격이 계약으로 정해졌다 하더라도 청구인은 쟁점법인이 주주총회 특별결의에서 정한 가격을 회사 인사팀을 통하여 일방적으로 통보받았을 뿐이고, 행점스톡옵션의 행사가격이 상증세법상 시가보다 높은 것이라는 쟁점법인의 안내를 믿고 그 구체적인 가격을 확인하지 못한 채 주식매수선택권부여계약을 체결하였다. 마) 청구인은 2021년 8월 경 쟁점법인으로부터 원천세수정신고의 안내를 받고서야 과세특례에 문제가 있다는 점을 인지하고, 쟁점법인과의 민사소송 도중 문서제출명령신청을 통하여 2022.12.21. 경이 되어서야 2016.1.1. 쟁점법인 발행주식의 상증세법상 시가를 실제로 확인하였으며, 중소기업청장, 분당세무서장 및 처분청 역시 쟁점법인 발행주식의 상증세법상 시가를 요청하지 않다가 2022년 경 감사 및 세무조사 과정에서 국세청과 처분청이 회사에 자료를 요청하여 확인한 것으로 보인다. 바) 청구인과 쟁점법인이 관할관청에 관련 서류를 제출하는 것은 관련 요건의 적정성을 검토 받고 필요한 경우 보완 서류를 제출하여 권리를 보장받기 위한 것이다. 이 사건 과세특례 적용과 관련된 서류가 여러 관할관청에 제출되었는데도 그 행사가격에 대한 검토가 실제로 이루어진 것은 2022년 이후이므로 청구인은 쟁점법인 또는 관할관청 어느 곳을 통해서도 이 사건 과세특례에 관한 적정성을 검토 받을 실질적인 기회가 주어지지 않았다. 사) 무엇보다 쟁점법인은 단순히 청구인의 과세특례신청서를 받아 이를 처분청에게 전달하는 역할에 그친 것이 아니라, 청구인이 근로소득 대신 양도소득으로 과세하도록 모든 선택을 주도하였고, 스스로 법인세 계산 시 손금을 부인하여 세무상 보상비용을 포기하였다. 만약 이 사건 처분이 정당한 것으로 결론 난다면, 쟁점법인은 법인세 수정신고를 통하여 스스로 부인한 손금을 산입하고 법인세 환급을 받게 될 것이므로 이 사건 처분은 국고수입의 관점에서도 효과가 없는 과세이다. (3) (예비적 청구 2) 청구인에게 근로소득 원천징수 누락분에 대한 근로소득세(본세)가 부과‧징수되어야 한다고 가정하더라도, 납부지연가산세는 ｢소득세법｣ 제85조 제3항 제2호, ｢국세기본법｣ 제47조의5 제1항 및 제47조의4 제4항에 따라 원천징수의무자가 부담하여야 하는 것이므로, 청구인에게 납부지연가산세의 납부의무는 존재하지 않는다. 청구인이 2016.3.25. 쟁점법인 인사팀으로부터 받은 메일에는 주식매수선택권의 행사가격이 상증세법상 시가라고 기재되어 있고, 부여 계약서 작성을 위해 개별적으로 연락을 받게 될 것이며, 메일은 전달 금지로 비밀사항이라는 점이 기재되어 있었다. 쟁점법인은 2016.3.30. 오전에 청구인을 포함한 53명의 주식매수선택권 부여 대상자에 대한 주주총회 특별결의를 진행하였고, 회사 인사팀은 같은 날 오후 청구인에게 쟁점스톡옵션의 행사가격이 1주당 OOO원이라는 사실을 안내하였으나, 부여 시점에 쟁점법인이 평가되는 가치 즉, 상증세법상 시가를 알려주지는 않았다. 이에 청구인은 쟁점스톡옵션 행사가격이 위법함을 알지 못하고 2016.3.31. 주식매수선택권 부여 계약을 체결하게 된 것이다. 그 이후에도 쟁점법인은 중소기업청에 쟁점스톡옵션 부여 신고를 하였고, 중소기업청장은 이를 수리하였다. 쟁점법인은 중소기업청장의 수리를 신뢰하여, 청구인이 쟁점스톡옵션을 행사할 때에도 그 행사가격이 상증세법상 시가인지 여부를 확인하지가 않은 채 과세관할 분당세무서에 청구인을 포함한 6명의 주식매수선택권 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 제출하면서 청구인이 과세특례를 받을 수 있도록 하고, 그 행사이익을 법인세 계산 시 손금으로 산입하지 않았다. 이처럼 쟁점스톡옵션의 행사가격은 쟁점법인이 일방적으로 정하였고, 그 이후에도 2016년도 쟁점법인 발행주식의 상증세법상 시가를 알고 있는 것은 쟁점법인뿐인데도 쟁점법인은 청구인의 과세특례 신청 서류 제출 과정에서도 행사가격의 적법성을 확인하지 않은 채 신고하였고, 관할 과세관청 역시 쟁점법인과 청구인이 제출한 관련 서류에 기재된 행사가격을 확인하고도 보완 요청을 하지 않았다. 더욱이 청구인은 2022년 4월 경 처분청의 해명자료 제출 요청에 대하여 2022.5.6.과 2022.5.11. 납세자 해명자료를 제출함으로써 근로소득세 본세와 가산세가 청구인이 아니라 쟁점법인에 부과되어야 한다는 의견을 표시하였고, 이에 따라 관할 세무서장은 청구인이 아니라 쟁점법인에 본세와 가산세를 부과하였기 때문에 청구인으로서는 자발적으로 납세의 의무를 이행할 것을 기대하는 것이 상당히 무리한 상황이었다. 청구인은 쟁점법인이 청구한 쟁점법인과적결정이 난 2023.4.5.이 지나서야 비로소 납세의무가 있다는 것을 인지하게 되었다. 그런데 처분청은 정당한 이유 없이 2023.4.5.로부터 11개월이나 과세권을 행사하지 않다가 이 사건 처분의 부과제척기간이 2개월 남짓 남은 2024.3.12. 과세예고통지를 한 후 이 사건 처분을 하였다. 청구인은 2022년 5월 경 해명자료를 제출한 지 2년이 지나 이 사건 처분을 받은 것이다. 따라서 청구인에게는 근로소득세의 납세의무의 이행을 기대할 수 없는 사정과 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 사건 처분 중 가산세 부과 처분은 청구인에게 지나치게 가혹한 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) (주위적 청구 관련) 종합소득세 신고대상 주식매수선택권행사이익에 대해 청구인이 신고하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 정당하다. (가) 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 대상에서 제외하는 것은 정당하다. 1) ｢국세기본법｣ 제81조의15 제2항 은 “과세예고통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 통지내용의 적법성에 관한 과세전적부심사를 청구할 수 있다”고 규정하면서, 제3항은 “세무조사 결과통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 2) 과세전적부심사 청구의 처리에 관하여 규정한 ‘과세전적부심사사무처리규정’ 제5조에서는 “세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구 대상이 아니므로 제4조(과세전적부심사청구를 할 수 있는 자)의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있고, 이러한 경우 제24조 제3항 및 제33조 제4항에서는 ‘심사제외결정을 한다’고 규정하고 있다. (나) 쟁점행사이익에 대한 소득세는 청구인의 주소지 관할세무서장인 처분청이 과세해야 한다는 취지의 쟁점법인과적결정 이후 11개월 동안 과세예고통지를 하지 않은 것은 청구인의 사전권리구제 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자에 해당하지 아니한다. 청구인은 과세관청이 장기간 과세권을 행사하지 아니하여 청구인의 사전권리구제 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자가 있다고 주장하나, 청구인은 쟁점법인으로부터 근로소득세 수정신고 협조요청을 받아 2021년 8월 경부터 쟁점행사이익에 대해 근로소득세를 수정신고 해야 한다는 것을 이미 알고 있었고, 2022.6.13. 청구인이 종합소득세 기한후신고를 하였으나 돌연 이를 취소하였다. 역삼세무서장은 2022.12.22. 쟁점법인에 청구인의 근로소득세 추가 원천징수의무를 과세예고 통지하여 쟁점행사이익에 대하여 과세권을 행사하였다. 청구인은 이 건과 관련하여 쟁점법인과 손해배상 소송을 진행하고 있어 청구인의 근로소득세 납부의무를 이미 알고 있으 면서 자신에게 주어진 종합소득세 자진 신고의무를 다하지 아니하였다. 또한 쟁점법인과 손해배상 소송을 진행하고 있어 청구인이 자진신고 의무가 있다는 2023.4.5.자 쟁점법인과적결정의 내용도 인지하고 있었다. 청구인이 종합소득세 자진신고 의무를 인지하고도 이행하지 않은채, 과세관청이 과세권을 장기간 행사하지 아니하였다 하여 청구인의 사전권리구제 기회를 박탈했다는 청구주장은 이유 없다. (사) 종합소득세와 양도소득세는 과세체계가 달라 기 납부세액으로 공제할 수 없는바(서울고등법원 2023.2.1. 2022누37341 판결 등 다수, 참조), 청구인 기 납부한 양도소득세는 경정청구를 통해 국세환급가산금 포함하여 환급받을 수 있는바, 이를 이유로 이 사건 처분의 위법을 주장하는 청구주장은 이유 없다. (4) (예비적 청구 1 관련) 이 사건 처분은 적법하다. (다) 이 사건 처분의 부과제척기산일은 2019.6.1.이다. 원천징수대상 근로소득은 소득을 지급하는 자가 근로소득세를 원천징수하여 신고‧납부한 경우 ｢소득세법｣ 제73조 (과세표준확정신고의 예외) 제1항에 의거 종합소득세 확정신고의 예외에 해당되나, 2018년 귀속 쟁점행사이익에 대하여 원천징수의무자인 쟁점법인은 원천징수납부를 하지 아니하여, 청구인에게 종합소득세 신고의무가 있는 것이므로, 이 사건 처분의 부과제척기간 기산일은 2018년 종합소득세 신고기한인 2019.5.31.의 다음 날인 2019.6.1.인바, 이 날부터 5년 이내인 2024.5.1. 한 이 사건 처분은 적법하다. (라) 청구인은 구 조특법 시행령 제14조의3 제5항 제4호가 신설된 2016.12.1. 이전에 부여된 쟁점스톡옵션에 위 규정을 적용하는 것은 소급과세금지 원칙을 위반하는 것이라고 주장하나, 벤처기업육성특별법 시행령 제11조의3은 2016.12.5. 이전까지는 주식매수선택권의 행사가격을 선택권이 부여된 날을 기준으로 상증세법 제54조를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가 이상으로 정하도록 규정하다가, 2016.12.5. 벤처기업육성특별법 시행령 제11조의3 제3항이 신설되면서 시가보다 낮은 행사가격도 부여가 가능해졌고, 구 조특법 시행령 제14조의3 제5항 제4호는 이에 따라 시가보다 낮은 행사가격의 주식매수선택권의 행사에 대하여 이 사건 과세특례의 적용을 배제하기 위해 신설된 것이다. 즉, 청구인이 쟁점스톡옵션을 부여받은 2016.3.31. 당시에는 해당 주식의 부여 당시 시가보다 낮게 행사가격을 부여하는 것이 금지되어 있었음에도, 청구인은 시가 미만의 행사가격으로 쟁점스톡옵션을 부여받았는바, 쟁점스톡옵션은 구 조특법 제16조의3 제1항 제1호에서 규정한 벤처기업육성특별법 제16조의3에 따른 주식매수선택권이라는 이 사건 과세특례의 적용 요건을 충족하지 아니하여 배제된 것일뿐, 개정된 규정을 소급 적용하여 과세한 것이 아니다. (1) (예비적 청구 2 관련) 청구인은 쟁점행사이익에 대한 종합소득세 신고‧납부의무의 이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 주식매수선택권 계약 시 당사자인 청구인이 행사가액과 특례신청에 충족하는 모든 조건을 확인할 의무가 있음에도 이를 행하지 않은 채 종합소득세 신고‧납부의무를 해태한 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

① (주위적 청구) 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않는 등 중대한 절차적 하자가 있어 무효인 처분인지 여부

② (예비적 청구 1) 이 사건 처분은 부과제척기간 도과, 소급과세금지원칙․신뢰보호원칙 위반 등 위법 사유로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구 2) 청구인에게 가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부

• 가. 관련 법령: <별지> 기재
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 법인등기부 등에 의하면, 쟁점법인은 서비스/소프트웨어개발을 업종으로 하여 2007.3.26. 개업하였고, 2018.11.30. 상호를 ‘주식회사 b’에서 ‘주식회사 a’로 변경한 것으로 나타난다. (나) 쟁점법인의 주식가치평가서에 의하면, 쟁점법인의 1주당 평가액은 2016.1.1. 기준 OOO원으로 나타난다. (다) 청구인과 쟁점법인은 2016.3.31. 아래와 같이 쟁점스톡옵션 부여와 관련한 계약을 체결하였다. (라) 구 조특법 제16조의3은 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권에 대하여 행사함으로써 얻은 이익에 대하여 발생하는 소득세를 부여받은 주식의 양도 시 발생하는 양도소득세로 이연할 수 있도록 규정하고 있었고, 제1항 제1호에서 이 사건 과세특례 적용 요건의 하나로 “벤처기업육성특별법 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것”을 규정하고 있었는데, 이와 관련한 구 조특법 시행령 및 벤처기업육성특별법 시행령은 2016.12.1. 및 2016.12.5. 각각 아래와 같이 개정되었다. <2016.12.1.자 구 조특법 시행령 제14조의3 제5항 개정 내용> 개정 전 개정 후 제14조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ⑤ 법 제16조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것 제14조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ⑤ 좌 동

4. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제11조의3 제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것 <신설2016.12.1.> 부 칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조의3 제5항 제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 부여하는 주식매수선택권부터 적용한다. <2016.12.5.자 벤처기업육성특별법 시행령 제11조의3 제1항∼제3항 개정 내용> 개정 전 개정 후 제11조의3(주식매수선택권의 부여방법 등) ① 법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권의 부여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따른다.

1. 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 신주를 발행해서 주거나 자기주식을 주는 방법

2. 주식매수선택권의 행사가격과 시가(時價)와의 차액(행사가격이 시가 보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금이나 자기주식으로 주는 방법

② 제1항 각 호에 따른 주식매수선택권의 행사가격(주식매수선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)은 다음 각 호의 가액(價額) 이상이어야 하며, 제1항 제2호에 따른 시가는 주식매수선택권을 행사한 날을 기준으로 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가로 한다.

1. 새로 주식을 발행하여 주는 경우에 는 다음 각 목의 가액 중 높은 금액

• 가. 주식매수선택권을 부여한 날을 기준으로 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가
• 나. 해당 주식의 권면액(券面額)

2. 현금이나 자기주식으로 주는 경우에는 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가

③ 법 제16조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 ｢상법 시행령｣ 제30조 제2항 에 규정된 자를 말한다. 제11조의3(주식매수선택권의 부여방법 등) ① 좌 동

② 제1항 각 호에 따른 주식매수선택권의 행사가격(주식매수선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)은 다음 각 호의 가액(價額) 이상이어야 하며, 제1항 제2호에 따른 시가는 주식매수선택권을 행사한 날을 기준으로 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가로 한다.

1. 새로 주식을 발행하여 주는 경우에 는 다음 각 목의 가액 중 높은 금액

• 가. 주식매수선택권을 부여한 날을 기준으로 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가 (이하 이 조에서 "부여 당시 시가"라 한다)
• 나. 해당 주식의 권면액(券面額)

2. 현금이나 자기주식으로 주는 경우에는 부여 당시 시가

③ 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 주식을 발행하여 주는 방법으로 주식매수선택권을 부여하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제2항 제1호에도 불구하고 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 할 수 있다. <신설 2016.12.5>

1. 주식매수선택권의 행사가격이 해당 주식의 권면액 이상일 것

2. 부여 당시 시가보다 낮은 행사가격으로 부여받았거나 부여받을 각 주식매수선택권에 대하여 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계가 1명마다 5억원 이하일 것 (부여 당시 시가-행사가격)×주식매수선택권 행사 대상 주식 수 부 칙 제2조(주식매수선택권의 행사가격에 관한 적용례) 제11조의3 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식매수선택권을 부여하는 경우부터 적용한다. 1) 청구인은 구 조특법 시행령 제14조의3 제5항 제4호는 청구인이 쟁점스톡옵션을 부여받은 이후 적용되는 것이고, 청구인은 벤처기업육성특별법 제16조의3에 따라 적법하게 쟁점스톡옵션을 부여받았으므로 구 조특법 시행령 제14조의3 제5항 제4호를 적용하여 쟁점스톡옵션을 비적격주식매수선택권으로 보는 것은 소급과세금지 원칙을 위반하는 것이라고 주장한다. 2) 이에 대하여 처분청은 청구인이 쟁점스톡옵션을 부여받은 2016.3.31. 당시 벤처기업육성특별법 시행령 제11조의3은 시가 미만으로 행사가격을 부여할 수 있는 근거가 없었으므로, 이를 위반하여 부여된 쟁점스톡옵션은 개정 규정과 관계없이 비적격주식매수선택권이므로 소급과세금지원칙을 위반한 것이 아니라는 의견이다. (마) 청구인은 2018.4.12. 쟁점스톡옵션을 행사하면서 쟁점법인에게 구 조특법 시행규칙 [별지 제6호의4서식]의 특례적용신청서를 제출하였고, 쟁점법인은 2018.5.3. 같은 시행규칙 [별지 제6호의7서식]의 특례적용대상명세서에 청구인의 쟁점스톡옵션 행사 내역을 기재하여 분당세무서장에게 제출하였다. (바) 청구인은 2019.12.24. 등 쟁점주식을 양도하고, 2020.2.17. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다. (사) 쟁점법인은 2021.6.14. 시가에 미달하는 행사가액으로 주식매수선택권을 부여받은 청구인 등 3명에 원천징수분 근로소득세 수정신고를 진행하는데 협조해 줄 것과 각 개인이 납세의무자로서 부담하여 야 할 근로소득세 본세를 쟁점법인에게 입금해 줄 것으로 요청하였다. (아) 청구인은 2021.8.9. 서울중앙지방법원에 쟁점법인을 상대로 조정신청을 하였으나, 2021.9.24. 조정이 불성립되었고(서울중앙지방법원 OOO), 2021.9.30. 손해배상소송으로 이행되었다. (자) 처분청은 2022.4.20. 청구인에게 쟁점스톡옵션 행사이익 과소신고 혐의 등에 대한 해명자료 제출 안내를 하였고, 청구인은 2022.5.11. 처분청에 해명자료를 제출하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다. (차) 청구인은 2022.6.13. 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한후신고하였다가, 2022.7.14. 이를 철회하였다. (카) 국세청장은 2022.6.27.∼2022.7.15. 기간 동안 역삼세무서장에 대한 감사를 실시한 결과 쟁점스톡옵션의 행사가격이 부여 당시 시가보다 낮아 비적격주 식매수선택권에 해당한다고 보아 근로소득세를 부과할 것을 지시하였다. (타) 역삼세무서장은 2022.12.22. 쟁점법인에게 2018년 귀속 원천징수분 근로소득세 과세예고통지를 하였고, 쟁점법인의 과세전적부심사청구 결과, 국세청장은 2023.4.5. 쟁점법인과적결정을 하였는바, 그 판단의 주요내용은 아래와 같다. (파) 이에 따라 처분청은 2024.3.12. 청구인에게 이 사건 과세예고통지를 하였고, 청구인은 2024.4.12. 과세전적부심사청구를 하였다. (하) 국세청장은 청구인의 과세전적부심사청구에 대하여 과세예고통지일부터 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다고 보아 2024.4.23. 심사제외결정을 하였고, 처분청은 2024.5.1. 이 사건 처분을 하였으며, 이 사건 처분 세액에는 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원이 포함되어 있는 것으로 나타난다. (거) 청구인과 쟁점법인 간 이행된 손해배상소송 결과, 청구인은 원고 패소 판결을 받았고, 해당 판결은 대법원 심리불속 행기각 판결(대법원 OOO 판결)로 2024.6.25. 확정되었다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 이 사건 처분을 함에 있어 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니하여 중대한 절차적 하자가 있고, 양도소득세를 경정하지 아니하여 이중과세의 문제가 있어 이 사건 처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 아래와 같은 사정을 종합하면 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. (가) 이 사건 과세예고통지는 2018년 귀속 종합소득세 부과제척기 간인 2024.5.31.로부터 3개월이 채 남지 않은 2024.3.12.에 이루어져 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하는 점, 처분청은 이 사건 처분에 앞서 2022.4.20. 종합소득세 수정신고를 권장하고 해명자료 제출을 안내하였고, 이에 청구인은 처분청에 최대한 협조할 뜻임을 밝히는 등 사전에 소명할 기회를 충분히 보장받은 것으로 보이는 점, 과세관청이 우선적으로 원천징수의무자인 쟁점법인에 징수권을 행사하는 과정에서 이 사건 처분에 이르기까지 다소 시간이 지체되기는 하였으나, 처분청이 이 사건 처분 절차의 진행을 게을리하였다거나 고의로 장기간 방치한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구인이 과세전적부심사의 기회를 보장받지 못하였다 하더라도 그것만으로 이 사건 처분에 중대한 절차적 하자가 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. (나) 근로소득이 속하는 종합소득과 양도소득은 과세단위를 달리하는 것으로 과세표준을 구분하여 계산하여야 하고 그 세액도 별도의 절차에서 이루어지는 신고 또는 결정‧경정에 따라 과세단위별로 정하여지는 것이므로, 청구인이 경정청구를 통하여 쟁점행사이익에 대한 양도소득세를 환급받을 수 있음을 별론으로 하더라도, 양도소득세가 경정되지 않은채 이 사건 처분이 이루어졌다는 이유로 이와 과세단위를 달리하는 2018년 귀속 종합소득세에 대한 이 사건 처분이 이중과세로 위법하다고 보기는 어렵다 할 것이다. (2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (다) 청구인은 부과제척기간 도과, 소급과세금지원칙 위반, 신뢰보호원칙 위반을 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하나, 아래와 같은 사정을 종합할 때, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 1) 청구인이 주장하는 부과제척기간의 기산일(2019.2.11.)은 원천징수의무자에게 원천징수세액을 징수하는 경우를 전제로 하는 것이나, 원천납세의무자인 청구인에게 부과권을 행사한 이 사건 처분은 일반 부과제척기간을 규정하고 있는 ｢국세기본법 시행령｣ 제12조의3 제1항 에 따라 신고기한의 다음 날(2019.6.1.)부터 부과제척기간을 기산하여야 하는 것으로 보이므로 부과제척기간을 도과한 것으로 보기는 어렵다. 2) 쟁점스톡옵션 부여 당시 구 조특법 제16조의3 제1항은 소득세를 과세하지 아니할 수 있는 적격주식매수선택권의 요건 중 하나로 벤처기업육성특별법 제16조의3에 따른 주식매수선택권일 것을 규정하고 있고, 벤처기업육성특별법 제16조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제11조의3은 주식매수선택권의 부여방법으로 행사가격이 상증세법 제54조를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가 이상이어야 할 것을 규정하고 있었으며, 이에 대한 예외는 규정되어 있지 아니하였던바, 시가 미만으로 부여된 쟁점스톡옵션은 당시 시행되고 있던 법령에 의하여 부여 당시부터 적격주식매수선택권의 요건을 갖추지 못하여 구 조특법 시행령의 개정과 관계없이 이 사건 과세특례의 적용 대상이 아니므로 이 사건 처분이 소급과세금지원칙 위반하였다는 청구주장은 이유 없다. 3) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 ｢국세기본법｣ 제15조 의 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 또한 ｢국세기본법｣ 제18조 제3항 에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 한편 위와 같은 공적 견해나 의사는 묵시적으로도 표시될 수 있지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것인바(대법원 1993.2.23. 선고 92누12919 판결 등, 참조), 과세관청이 청구인에게 쟁점행사이익이 근로소득세 비과세 대상이라는 공적인 견해표명을 한 사실이 나타나지 아니하는 점, 청구인이 쟁점스톡옵션을 행사한 후 쟁점법인이 과세관청에 이 사건 특례의 적용을 신청하고 약 6년이 경과한 후 처분청이 이 사건 과세처분을 하였다 하더라도, 그 사실만으로 이 사건 과세처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나, 비과세관행이 성립되었다고 보기는 어려운 점(대법원 1993.2.23. 선고 92누12919 판결, 참조) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. (라) 한편, 청구인은 쟁점스톡옵션이 관련 법령을 위반한 비적격주식매수선택권으로 인정된다면, 쟁점스톡옵션의 행사가격과 시가의 차액 부분이 무효이므로 일부무효의 법리 내지 무효행위의 전환의 법리에 따라 쟁점스톡옵션이 당사자의 가정적 의사에 따라 상증세법상 시가로 체결된 것으로 보아 적격주식매수선택권으로 보아야 한다고 주장하나, 부여 당시 관련 법령을 따르지 않은 채 시가 미만의 행사가격으로 주식매수선택권 계약을 체결한 것이 무효인지 여부는 별론으로 하더라도, 시가 이하의 행사가격으로 체결된 쟁점스톡옵션계약이 유효한 것으로 취급되어 청구인이 쟁점주식을 취득하고 이후 제3자에게 양도하였으며, 청구인이 양도대금을 수수하여 그대로 보유하고 있어 종국적으로 쟁점스톡옵션 행사와 관련한 경제적 이익이 청구인에게 귀속되었으므로 쟁점행사이익에 대하여는 이 사건 특례를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다 할 것이다(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결, 참조). (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 납부지연가산세의 납부의무가 존재하지 않는다고 주장하나, 쟁점법인이 쟁점스톡옵션이 비적격주식매수선택권에 해당한다는 사실을 인지한 후 청구인에게 원천징수분 근로소득세 수정신고의 협조를 구하였음에도 청구인은 이를 이행하지 아니하였고, 쟁점행사이익에 관한 종합소득세 기한후신고를 하였다가 철회하는 등 청구인이 자기 나름의 해석에 의하여 납세의무 여부를 잘못 판단한 것으로 보이는바, 단순한 법령의 부지 내지 오해는 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (2) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, ｢교육세법｣ 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 ｢농어촌특별세법｣에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(｢인지세법｣ 제8조 제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, ｢감사원법｣ 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 (1) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(｢종합부동산세법｣ 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해 당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날

3. 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 "공제세액등"이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날 제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 제70조(종합소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제73조(과세표준확정신고의 예외) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. 제85조(징수와 환급) ③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 ｢국세기본법｣ 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 ｢국세기본법｣ 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다.

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득 (단서 및 각 목 생략) (3) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것) 제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) (생략) [제16조의3에서 이동 <2017.12.19.>] 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조의2의 개정규정(도서ㆍ공연사용분과 관련된 부분에 한정한다)은 2018년 7월 1일부터 시행하고, 제106조의10의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제9조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 부여받은 분에 대해서는 제16조의4의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제16조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 벤처기업의 임직원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권 으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사(벤처기업 임직원으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

1. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제1호 에 따른 취득가액으로 한다.

④ 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣ 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 ｢소득세법｣ 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일

2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조 제1항 제7호를 적용하지 아니한다.

⑧ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.12.1. 대통령령 제27649호로 개정된 것) 제14조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ② 법 제16조의3 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 ｢자본시장과 금융투자 업에 관한 법률｣ 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌"라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제16조의3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

4. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령｣ 제11조의3 제3항에 따라 부여받은 주식매수선택권이 아닐 것 <신설 2016.12.1.> 부 칙 <제27649호, 2016.12.1.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조의3 제5항 제4호의 개정규정은 이 영 시행 이후 부여하는 주식매수선택권부터 적용한다. (3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것) 제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권) ① 주식회사인 벤처기업은 ｢상법｣ 제340조의2 부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술·경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 "주식매 수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 ｢상법｣ 제434조 를 준용한다.

1. 벤처기업의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

2. 기술이나 경영능력을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는 자

3. 대학 또는 대통령령으로 정하는 연구기관

4. 벤처기업이 인수한 기업(발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 경우만 해당한다)의 임직원

③ 제1항에 따른 주주총회의 특별결의에서는 다음 각 호의 사항을 정하여야 한다.

1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명이나 명칭

3. 주식매수선택권의 행사 가격과 행사 기간

4. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 내줄 주식의 종류와 수

④ 제3항에도 불구하고 제2항 제2호에 따른 주식 총수의 100분의 20 이내에 해당하는 주식을 해당 벤처기업의 임직원 외의 자에게 주식매수선택권으로 부여하는 경우에는 주주총회의 특별결의로 제3항 제1호 및 제4호의 사항을 그 벤처기업의 이사회에서 정하게 할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.

⑤ 주식매수선택권을 부여하려는 벤처기업은 제3항과 제4항에 따른 결의를 한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업청장에게 그 내용을 신고하여야 한다. (4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2016.12.5. 대통령령 제27663호로 개정되기 전의 것) 제11조의3(주식매수선택권의 부여방법 등) ① 법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권의 부여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따른다.

1. 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 신주를 발행해서 주거나 자기주식을 주는 방법

2. 주식매수선택권의 행사가격과 시가(時價)와의 차액(행사가격이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금이나 자기주식으로 주는 방법

② 제1항 각 호에 따른 주식매수선택권의 행사가격(주식매수선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)은 다음 각 호의 가액(價額) 이상이어야 하며, 제1항 제2호에 따른 시가는 주식매수선택권을 행사한 날을 기준으로 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가로 한다.

1. 새로 주식을 발행하여 주는 경우에는 다음 각 목의 가액 중 높은 금액

• 가. 주식매수선택권을 부여한 날을 기준으로 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제54조 를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가
• 나. 해당 주식의 권면액(券面額)

2. 현금이나 자기주식으로 주는 경우에는 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가

⑦ 주식매수선택권을 부여하려는 벤처기업이 법 제16조의3 제5항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 주주총회 의사록과 이사회 의사록(법 제16조의3 제4항에 따라 이사회에서 주식매수선택권의 부여에 관한 사항을 정한 경우만 해당한다)을 첨부하여 제출하여야 한다. (5) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2016.12.5. 대통령령 제27663호로 개정된 것) 제11조의3(주식매수선택권의 부여방법 등) ③ 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 주식을 발행하여 주는 방법으로 주식매수선택권을 부여하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제2항 제1호에도 불구하고 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 할 수 있다. <신설 2016.12.5>

1. 주식매수선택권의 행사가격이 해당 주식의 권면액 이상일 것

2. 부여 당시 시가보다 낮은 행사가격으로 부여받았거나 부여받을 각 주식매수선택권에 대하여 다음 계산식에 따라 계산한 금액의 합계가 1명마다 5억원 이하일 것 부 칙<제27663호, 2016.12.5.> 제2조(주식매수선택권의 행사가격에 관한 적용례) 제11조의3 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식매수선택권을 부여하는 경우부터 적용한다.