조합원입주권 양도차익 산정시 적용할 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’은 소득령§166④1에 따라 조합원입주권의 양도일 현재 인가된 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격(그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격)을 말하는 것으로 여기에 조합원 입주권의 양도 이후 변경 인가된 관리처분계획에 따른 가격까지 포함된다고 보기 어렵고 위 법령에서 그 가격이 변경된 때의 의미는 양도 당시를 기준으로 그 전에 변경된 때로 보는 것이 양도자산의 양도차익 산정 관련 법리에 비추어 합리적이라 보이는바, 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 이 건 부과처분은 처분청이 청구인에게 사전적 권리구제 절차인 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않고 이루어진 것이므로 절차상 중대한 하자를 이유로 취소되어야 한다. (가) 국세청 유권해석(서면-2015-부동산-0008, 2015.4.30.)에 의하면 조합원 입주권 양도차익에 대한 장기보유공제 시 장기보유공제의 계산은 관리처분계획인가일까지 적용하는 것이라고 이미 문서화되어 있었는바, 처분청이 이 건에 대한 검토를 5년 6개월여 동안 한번이라도 했었다면 청구인이나 세무대리인은 언제든지 수정신고를 할 수 있었을 것이고, 수정신고를 통하여 최초 신고서상 환산취득금액이 OOO원으로 계산이 된다면, 장기보유공제금액이 OOO원으로 수정되었을 것이고, 산출세액이 OOO원으로 신고되었을 것인데, 이 경우 기한 내 신고를 통해 과소신고가산세 OOO원(감면 전 과소신고 가산세 10% 기준)와 약간의 납부불성실가산세를 부담하는 선에서 종결이 되었을 것이다. 그럼에도 당초 관할 관서인 반포세무서에서는 해당 내용에 대한 검토가 전혀 없었고, 청구인의 주소지가 서울특별시 관악구로 이전되면서 관할 관서가 처분청으로 바뀐 후에도 국세부과제척기간 종료일(2024.5.31.)부터 3개월 전까지 별도의 검토 및 소명요청이 전혀 이루어지지 않았다. 그러던 중 2023년 국정감사에서 부과제척기간이 임박한 과세처분이 이슈가 되었고, 이에 국세청 내부에서는 일제조사가 이루어졌으며, 2024년 1월에서야 이 건 양도소득세 신고분에 대한 과세자료가 생성되었는바, 처분청은 이 건 양도소득세 신고분에 대하여 오류사실을 인지하지도 못한 채 정당한 과세권을 무려 5년 6개월여 동안 행사하지 아니하다가 국세부과제척기간에 임박하여 이 건에 대한 서면조사를 진행한 후, 2024.3.19. 과세예고통지를 하였다. 이에 청구인은 납세자로서 정당한 권리를 행사하기 위하여국세기본법제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청에서는 해당 과세전적부심사청구에 대한 심사 진행없이 같은 조 제3항 제3호의 예외 조건을 근거로 심사대상에서 제외하였고(OOO, 2024.4.22.), 이후 2024.5.3. 이 건 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지 하기에 이르렀다. 이에 청구인은 정보공개청구(정보공개 접수번호 OOO, 접수일시 2024.5.28.)를 통하여 양도소득세사무처리규정에 따라 과세자료 생성시기, 처분경과 등을 확인하고자 하였으나, 양도소득세 결정결의서만을 수령하였고, 그 외의 정보공개 청구내용은 법률 및 운영지침 등에 의하여 비공개 처분을 받았다(OOO, 2024.6.10.). 이와 같은 경위를 보면, 청구인이 당초 양도소득세 예정신고를 한 후, 신고가 종료된 것으로 오해하기에 충분하고, 처분청에서 신고서의 오류를 인지하지 못하고 있었다고 봄이 타당하다. (나) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 납세자의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가지고 있는 반면, 과세처분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 사실을 비교하여 볼 때, 과세전적부심사제도는 과세관청이 위법, 부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가지고 있다고 할 것이다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174판결, 대법원 2020.4.9. 선고 2018두57490 판결, 대법원 2016.4.15, 선고 2015두52326 판결 등 참조). (다)국세기본법제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용 대상에서 제외하도록 한 것은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보(생성)등을 통해 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일이 임박하게 된 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아니므로, 이 건에 대하여국세기본법제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하므로(조심 2023중9600, 2024.1.15.), 이 건 양도소득세 부과처분은 절차상 하자를 이유로 취소됨이 타당하다.
(2) 이 건 양도소득세는 양도 후 변경된 관리처분계획변경인가를 기준으로 비례율 245%를 적용하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다. (가) 소득세법 시행령제166조에서는 조합원 입주권을 양도하는 경우 양도차익을 계산하는 방법을 규정하고 있는데, 조합원 입주권 양도에 따른 양도차익의 계산은 종전주택에 대한 양도차익 부분과 프레미엄에 해당하는 차익을 나누어 계산하도록 하고 있고, 그 기준은 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격을 기준으로 하고 있으며, 같은 조 제4항 제1호에서는 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격이 변경되는 경우에는 그 변경된 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있는바, 양도 전에 관리처분계획 등이 변경되는 경우, 가장 최근의 관리처분계획변경인가를 기준으로 가격을 적용하는 것은 당연하고, 양도일 이후에 관리처분계획이 변경된 경우에도 동 조항의 적용이 가능하므로 처분청의 이 건 처분은 부당하다. (나) 쟁점주택이 소재한 OOO 주택재건축사업구역의 경우 최 초 관리처분계획인가 시 비례율을 133.01%로 하여 관리처분계획인가(2016.7.14., 서초구 고시 OOO)를 받았으나, 2023년 관리처분계획변경인가를 통하여 비례율을 245%로 변경승인(2023.8.31. 서초구 고시 OOO) 받았다. 통상도시 및 주거환경 정비법에 따라 비례율이 변경되는 경우에는 그 변동폭이 크지 않고, 소득세법 시행령제166조의 적용에 따라 변동되는 가격 또한 크지 않으며, 관련 심판례로는 국심 2005서2810(2006.2.7.) 정도만이 확인될 뿐이다. 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호에는 기존건물과 그 부수토지의 평가액에 대해 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격으로 하되 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다고 규정하고 있을 뿐, 최초 관리처분계획인가 시 금액으로 한다고 규정되어 있지 아니하는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2021.9.9. 선고 2019두35695 판결 참조), 이 건 과세자료 생성시기인 2024년 1월 시점에 존재하는 위 심판례를 적용하여 이 건 양도소득세 과세표준과 세액을 OOO원과 OOO원으로 경정하는 것이 타당하다.
(3) 처분청은 청구인이 2018년에 신고한 양도소득세 예정신고분의 오류사실을 2024년 초까지도 인지하지 못한 상태였고, 정당한 과세권도 행사하지 않았는바, 청구인으로서는 세법상 정하여진 신고의무와 납부의무를 성실히 완료한 반면, 처분청은 무려 5년 6개월여 동안 아무런 연락이 없었고, 세무대리인을 통하여 신고하였기에 오류가 있을 수도 있다는 사실을 알 수도 없었으므로 설령 이 건 양도소득세 부과처분을 정당한 것으로 본다 하더라도 청구인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었으므로 이 건 가산세는 취소되어야 한다.
(4) 청구인이 처분청 답변에 대하여 제시한 추가항변서의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인 추가 항변서 주요 내용 <쟁점①> 관련 (가) 이 사건 주요 경위는 아래 <참고자료>와 같고, 이 건 양도소득세의 부과제척기간은 확정신고일로부터 5년이 도래하는 2024.5.31.인바, 법률에서 국세부과제척기간을 5년이나 두게 된 사유는 과세자료가 다른 사건의 결과로 추가로 생성되거나 하는 등의 사유가 있어 과세예고통지, 과세전적부심사, 고지서 통지를 진행하는 경우, 고지서 송달이 되지 않을 위험 등 정당한 과세처분을 하지 못할 위험이 있기에 극히 제한된 경우에 한하여 고려하여 예외 사항을 두는 것이지 이 건과 같은 개별 양도소득세 신고 건에 대하여 부과제척기간의 종료일까지 맞추어 과세처분을 미루어 할 수 있다는 입법 취지는 아니다. <참고자료> 일시 청구인 처분청 비고 2018.8.6. 쟁점입주권 양도 2018.8.10. 양도소득세 신고 OO세무서(당초) 신고 접수 2019.5.31. 확정신고 기한 2024.3.6. OO세무서 과세예고통지 2024.5.1. OO세무서 고지서 발급 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우를 과세전적부심사의 적용대상에서 제외토록 하고 있는 것은 과세전적부심사의 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 할 수 없는 불가피한 경우에 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것이지, 과세관청이 국세행정을 장기간 해태하는 경우까지 동 규정을 적용할 수 있게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적 권리구제절차를 박탈할 수 있게 되고 이는 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 않는다고 하였다(조심 2021서1583, 2021.6.22., 조심 2023중9600, 2024.1.15. 외 다수). 이 건 양도소득세 신고 건과 같이 쟁점(장기보유특별공제)이 단순한 신고서의 경우 청구인을 포함한 일반 납세자가 확정신고 기한(이 건의 경우 2019.5.31.)에 종결되는 것으로 인식하는 것이 당연한 것이고, 실제 행정 업무는 그 일정에 맞추어 진행되어야 하는 것이 며, 실제 검토 완료된 신고서가 사후 검토 절차 등에 따라 추가적인 검토가 이루어진다고 하더라도 2020.5.31.에는 종결되었다고 기대하는 것이 일반적일 것이다. 추측하건대, 세무대리인이 신고를 진행하였고, 환산취득가액에 대한 검토, 고가주택에 대한 과세대상 양도차익의 계산, 장기보유특별공제의 계산 등이 이루어져 외관상 오류가 없는 신고서가 접수되었기에 당초 관할 관서인 반포세무서에서는 검토 대상 신고서 중 우선순위에서 밀려 있었을 것이고, 신고서에 오류가 있다는 사실조차 인지하고 못하고 있었을 것으로 보이며, 처분청에서는 내부검토과정에서 상당한 시일이 소요되는 양도 건이라고 하고 있으나 이 건 쟁점은 관리처분계획인가일 이후 프레미엄부분에 대하여 장기보유특별공제가 가능한지 여부로 이와 같은 단순한 내용조차 처분청에서는 신고서 제출이후 무려 5년 6개월여 동안 인지하지 못하고 있다가 뒤늦게 처분한 것으로 보인다. (나) 처분청에서 언급한 대로 내용이 복잡하여 검토과정에 많은 시일이 소요되었다는 의견은 양도일 이후 비례율이 변경되는 경우에 양도소득금액을 변경하는 것이 가능한지 여부로 보이는데, 이 부분에 대하여 추가적인 검토가 필요해서 처분이 늦어진 것이라면, 그간의 검토내역이 있어야 할 것이고, 2024.3.29. 이전에 검토내역이 있다면 그 내역을 제출할 수 있어야 할 것이며, 이러한 사유로 청구인이 정보공개 청구에서 검토내역을 요청하였음에도 단지 법률상 비공개항목이라는 이유로 아무런 내용도 확인하지 못하였는바, 이는 처분청이 이 건 부과처분을 위하여 아무런 검토조차 하지 않았다는 사실을 뒷받침하는 내용인 것이다. 실제로 쟁점주택이 속하는 정비사업구역의 경우 사업진행과정의 특수한 사유로 인하여 비례율이 큰 폭으로 변경(변경 전 133.01%, 변경 후 245%로 통상 정비사업구역 내에서 비례율은 100% 이상 변경되지 아니함)되었기에 검토는 필요하였을 것으로 보이는데, 이러한 사정은 오히려 최초 양도소득세 과세표준 신고서의 확정기한인 2019.5.31.부터 관리처분계획변경인가일인 2023.8.31.까지는 이 건 양도소득세 신고건에 대하여 그 어떤 검토조차도 이루어지지 않았다는 청구인의 주장을 뒷받침하는 것이다. (다) 쟁점입주권 매도계약서에는 재건축 추진중인 구역이라서 현재 주민들이 이주 중이라는 내용이 명시되어 있는바, 그렇다면[도시 및 주거환경 정비법에 따른 관리처분계획인가일 이후 매도 건이라는 것이고, 처분청이 여러 유권해석 사례(국세청 서면-2015-부동산-0008, 2015.4.30. 외 다수) 등을 통하여 조합원 입주권의 프레미엄 부분에 대해서는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 것을 알 수 있어 신고내용에 오류가 있다는 것을 파악할 수 있었을 것임에도 아무런 이유 없이 과세권을 행사하지 않다가 제척기간 3개월 이 내인 2024.3.19.에서야 과세예고통지를 진행하였고, 최초 예고통지서 에 OOO원(가산세 포함)으로 기재되어 있어야 할 세액이 OOO원(가산세 포함)으로 기재되어 통지되는 오류도 있었다. (라) 양도소득 과세표준 및 산출세액 계산에서 오류가 있는 처분청의 고지서는 불복청구 절차(과세전적부심사 및 이의신청)를 거치지 않더라도 당연히 수정되어야 하는 것으로 일부금액을 감액 경정하였기에 납세자의 권리가 충분히 반영되었다는 처분청 의견은 타당하지 아니하다. 오히려 적절한 시기에 양도소득세사무처리규정에 따라 업무가 진행되었다면, 관리처분계획변경인가일 이전에 이 건 양도소득세의 결정이 이루어졌을 것이고, 오히려 양도일 이후 변경된 비례율이 반영 가능한지 여부가 쟁점이 되었을 것이다. (마) 결국, 처분청에서 업무를 해태하였기 때문에 부과제척기한이 임박해서야 이 건 양도소득세 신고서에 오류가 있다는 것을 확인하게 된 것이고, 납세자의 정당한 권리인 과세전적부심사청구권도 침해당하게 된 것이다. <쟁점②> 관련 (가) 이 건 양도주택이 소재한 서울특별시 서초구 OOO 일대는 OOO 주택재건축정비사업이 진행되는 재건축구역으로,도시 및 주거환경 정비법에 따른 관리처분계획인가일 이후 양도하는 조합원 입주권의 경우 소득세법 시행령제166조에 따라 양도차익을 관리처분계획인가일의 평가금액 기준으로 구분하여 계산하고, 종전주택에 대한 양도차익 부분에 대해서는 장기보유특별공제를 반영하지만, 매도금액과 관리처분계획인가일의 평가금액의 차이금액인 프레미엄 부분에 대해서는 장기보유특별공제를 반영하지 않는 것이며, 같은 조 제4항 제1호에서는 평가금액을 관리처분계획에 따라 정하여진 가격으로 하고, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 금액으로 한다고 되어 있다. 2024.3.29. 국세청 유권해석(사전-2023-법규재산-0864)에서 양도일 이후 관리처분계획이 변경되는 경우에는 소득세법 시행령제166조 제1항 제4호를 적용하지 않는다고 하였는바, 통상 유권해석이 생산되면, 이후 결정, 경정하는 부분부터 적용함이라는 단서조항이 언급되지만, 위 유권해석에서는 그런 부분이 없다. 확정신고기한인 2019.5.31. 또는 2023.5.31. 까지라도 처분청의 양도소득세 경정이 이루어졌다면, 2023.8.31. 관리처분계획변경인가일 이후 사후적 경정청구가 이루어졌을 것이고, 통상의 처리 절차(경정청구 60일, 이의 신청 30일)를 고려한다면 2024.5.31. 이전에 최종 결정이 이루어졌을 것이며, 또한 이 과정에서 위 유권해석은 처분청의 양도소득세 결정 후에 발표되었을 것인바, 그렇다면 2006년 국세심판례는 적용이 가능한 것이고, 처분청도 인지하고 있는 대로 오히려 2018.8.10. 신고된 금액에서 일부 환급이 발생하여야 하는 것으로, 그 사유는 급격한 비례율 변동(종전 133.01% ⇒ 변경후 245.00%)에 기인하는 것이며, 해당 사업의 특수성을 감안하는 경우 충분히 인용이 가능하다고 판단된다(아래 <참고자료> 참조). <참고자료> 비례율을 245%로 계산하는 경우 금액 기준 <쟁점③> 관련 (가) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고서를 접수하고 난 후, 2019.6.01.부터 2024년 2월경 까지 양도소득세사무처리규정에 따른 그 어떤 행정절차도 진행하지 않았는바, 이렇듯 정상적으로 신고 접수된 과세표준 신고서에 대하여 오류임을 인지조차 하지 못한 채 정당한 과세권을 행사하지 않고 있다가 국세부과제척기간이 임박하여 가산세까지 부과한 것은 부당하다.
(2) 청구인은 기존 건물과 그 부수토지의 평가액에 대한 비례율이 양도 후 관리처분계획변경인가에 따라 달라졌으므로 소득세법 시행령제166조 제4항 제1호에 의거 변경된 가격을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점입주권의 양도일은 2018.8.6.이고 관리처분계획변경인가일은 2023.8.31.으로 양도일 이후 관리처분계획이 변경되었으므로 양도일 이후 변경된 관리처분계획인가에 따른 가격을 적용할 수 없다. 조합원 입주권의 양도차익 산정시 적용할 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’은 소득세법 시행령제166조 제4항에 따른 해당 조합원 입주권의 양도일 현재 인가된 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격을 말하는 것으로, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 하는 것이나, 조합원 입주권 양도 후 변경 인가된 관리처분계획에 따른 가격은 적용하지 않는 것이므로(국세청 사전-2023-법규재산-0864, 2024.3.29.) 당초 비례율(133.01%)에 따라 양도차익을 산정한 것은 정당하다.
(3) 청구인은 설령 이 건 양도소득세 부과처분이 정당하다 하더라도 당초 양도소득세 예정신고 사항에 오류가 있다는 사실을 인지하지 못하였고, 납세자로서 신고·납부 의무를 성실히 완료하였으므로 이 건 가산세가 감면되어야 한다고 주장하고 있으나,소득세법제80조 제2항 제1호에 의하면 납세지 관할 세무서장은 과세표준확정신고를 한 자가 ‘신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정할 수 있다고 규정되어 있고,국세기본법제26조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서는 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간 국세를 부과할 수 있다고 규정되어 있으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 또한 납부지연가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법의 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로(국세청 심사부가 2013-0025, 2013.5.15. 참조), 처분청이 이 건 가산세를 포함하여 양도소득세를 경정·고지한 것은 타당하다.
① 이 건 부과처분에 청구인의 과세전적부심사청구 권리를 박탈한 절차상 하자가 존재하는지 여부
② 쟁점입주권 양도에 따른 양도차익 계산시 양도일 이후 변경된 관리처분계획인가에 따른 비례율을 적용할 수 있는지 여부
③ 가산세 면제의 정당한 사유 존재 여부
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액 등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의15(과세전적부심사)
① 세무서장 또는 지방국세청장은 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. 1.국세징수법제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우 2.조세범 처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정
2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.
3. 청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 심사하지 아니한다는 결정
⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득
2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 소득세법시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. 1.도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일 전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다.
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간
2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 과세예고통지 및 부과처분 경위는 다음과 같다. (가) 처분청은 청구인이 쟁점주택과 쟁점입주권의 양도차익 전부에 대하여 소득세법제95조 제2항 <표2>의 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 양도소득세를 예정신고·납부(OOO원)한데 대하여 2016.7.14.자 OOO 주택재건축정비사업에 대한 관리처분계획인가에 따라 쟁점주택이 쟁점입주권으로 변경되었음을 이유로 쟁점주택의 양도차익과 쟁점입주권의 양도차익을 분리한 후, 쟁점주택의 양도차익에 대해서만소득세법제95조 제2항 <표2>의 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 과세하겠다는 내용의 과세예고통지(2024.3.6.)를 한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 위 과세예고통지에 불복하여 2024.3.28. 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 2024.4.22. 청구인의 과세선적부심사청구가국세기본법제81조의15 제3항 제3호 등에 따라 청구대상이 아니라고 보아 심사제외 결정통지(OOO)한 것으로 나타난다. (다) 다만, 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 처분청 의견서에 의하면, 청구인이 과세대상 부동산은 조합원 입주권으로 조합원 입주권 양도의 경우 관리처분인가일을 기준으로 관리처분계획인가 전·후를 구분하여 양도차익을 계산하게 되어 있으므로 이를 기준으로 인가 전 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 계산하여야 한다는 청구주장은 이유가 있다고 보아 이를 반영하여 인가 전 양도차익과 과세대상차익(비과세양도차익 제외)을 계산하여 장기보유특별공제 OOO원(80%)를 적용한 후, 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·결정한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점주택이 소재한 OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획 내역서 등에 의하면, 2016.7.14. 최초 관리처 분 계획인가 당시 쟁점입주권으로 변경된 쟁점주택(기존건물 및 부 수토지)의 평가액의 비례율이 133.01%였다가 2023.8.31.자 관리처분계획변경인가에 따라 비례율이 245%로 변경된 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. (가)국세기본법제81조의15 제2항 제2호에서 ‘과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다’라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제3호에서 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위 등을 고려하여 보면, 과세예고통지 후 과세전적부심사청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있어 그와 같은 과세처분은 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이나, 위 법령에서 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세전적부심사를 생략하고 과세처분을 하였다하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 등 참조). (나) 청구인은 처분청이 이 건 부과처분에 앞서 사전적 권리구제 절차인 과세전적부심사청구의 기회를 주지 아니하고 이루어진 것이므로 절차상 중대한 하자를 이유로 취소되어야 한다고 주장하나, 2018년에 양도가 이루어진 이 건의 경우 양도소득세 국세부과제척기간의 만료일은 2024.5.31.이고, 과세예고통지일은 2024.3.6.이므로국세기본법제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사청구를 할 수 없는 예외적 사유에 해당한다고 보이는 점, 청구인은 처분청이 5년 6개월 동안 신고내역을 검토하지 않았다고 하고 있으나, 이 건 과세자료가 생성된 것은 청구인도 인정하는 바와 같이 2024년 1월경으로 처분청이 장기보유특별공제 과다신고여부 검토를 위해 과세예고통지 전 OOO 주택재건축정비사업조합에 관리처분계획 인가 관련 자료를 재차 요구하여 2024.2.27. 이후 변경된 관리처분계획인가내역서를 회신받아 내부검토를 거쳐 단기일 내에 처리를 한 것이므로 처분청이 청구인의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 검토나 처리를 지연한 것으로 보기 어려운 점, 일부 과세전적부심사청구 쟁점의 경우 청구주장이 받아들여져 부과제척기간 만료일 전에 과세표준 및 세액 계산에 반영된 것으로 나타나는 점 등을 고려하면, 이 건 부과처분에 과세전적부심사청구를 거치지 아니한 중대한 절차적 하자가 있었다고 단정하기는 어렵다고 판단된다.
(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세는 양도 후 변경된 관리처분계획변경인가를 기준으로 비례율 245%를 적용하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다고 주 장하나, 조합원 입주권의 양도차익 산정시 적용할 ‘기존건물과 그 부수토지의 평가액’은 소득세법 시행령제166조 제4항에 따른 해당 조합원 입주권의 양도일 현재 인가된 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격을 말하는 것으로, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 하는 것이나, 여기에 조합원 입주권의 양도 이후 변경 인가된 관리처분계획에 따른 가격까지 포함된다고 보기는 어렵고, 위 법령에서 그 가격이 변경된 때의 의미는 양도 당시를 기준으로 그 전에 변경된 때로 보는 것이 양도자산의 양도차익 산정 관련 법리에 비추어 합리적이라 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(5) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 청구인은 이 건 양도소득세 신고와 관련하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 주장하나, 청구인이 세무대리인을 통하여 당초 양도소득세 예정신고·납부의무를 이행하였고, 처분청이 신고내역에 오류가 있었다는 사실을 나중에 인지하였다 하더라도 이러한 사정만으로 청구인의 신고의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하였다고 보기 어려운 점, 청구인의 양도소득세 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 처분청이소득세법제80조 제2항 제1호에 따라 부과제척기간 내에는 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 점을 고려하면, 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한
결정 내용은 붙임과 같습니다.