조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점가액은 취득당시 실지거래가액이 아니므로 환산가액이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심2024서3329 선고일 2024.12.23

청구인이 검인계약서 내용대로 신고한 취득세 과세표준액이 확인되는 반면 청구인이 제출한 자료의 내용만으로는 그 외에 매매대금을 추가로 지급하였다는 등 실제 매매가액이 사실과 다르다는 사정은 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1986.1.20.부터 인쇄업OOO을 영위하고 있다.
  • 나. 청구인은 1999.7.2. a으로부터 서울특별시 AAA구 OOO 공장용지 1,115㎡ 및 건물 1,508.91㎡를 매입한 다음, 1999.9.1. 동 공장건물로 사업장을 이전하였고, 2002.2.4. 그 건물 중 8.63㎡(수위실)를 멸실하고 202.48㎡를 증축하였다.
  • 다. 청구인은 2023.5.10. b 주식회사에게 위 토지 및 건물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매도하고, 2023.6.20. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원(토지 OOO원 및 건물 OOO원, 이하 “쟁점가액”이라 한다)으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
  • 라. 청구인은 2023.10.10. 쟁점가액은 실지취득가액이 아니다는 사유로 환산가액을 적용하여 양도소득세 OOO원을 환급해 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2024.1.15. 이를 거부하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.20. 이의신청을 거쳐 2024.5.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 쟁점가액은 장부가액으로서 취득당시 실지거래가액이 아니다.

(1) 청구인은 이 건 토지와 건물을 23년 전에 매입하였고 그 당시의 매매계약서 원본은 보관하고 있지 않았으므로 실지취득가액을 확인할 수 없었다. 이에 매도인(a)을 수소문하였으나 사망하여 당시 거래가액을 알 수 없었다. 차선책으로 취득세 신고 시 제출한 검인계약서라도 확인하고자 하였으나(당시에는 취득세를 줄이기 위해 다운계약서를 작성하는 것이 일반적이었음), 관할구청도 보관하고 있지 않았다.

(2) 양도소득세 신고기일이 임박함에 따라, 청구인은 신고불성실가산세 등을 피하기 위하여 일단 장부가액을 취득가액으로 신고하였을 뿐 이는 실지거래가액이 아니다.

(3) 처분청은 취득세 신고가액이 실제 매입가액이고, 동 신고가액에 부대비용을 합한 것이 장부가액인 쟁점가액이라는 의견이나, 취득세 신고가액은 검인계약서를 승인받기 위한 금액일 뿐, 실제 매입가액이 아니다. (가) 소득세법제88조 제5호의 실지거래가액이란 “자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액”으로서, 같은 법 시행령 제169조 제1항 제1호 라목의 “매입에 관한 계약서 사본”에 의하여 확인된다. 그런데, 처분청은 매매계약서 등 증빙을 확인하지도 않은 채, AAA구청 전산자료에 기재된 취득세 신고가액(OOO원)을 실제 매입가액으로 보았다. (나) 장부가액은 기준시가와 비슷하므로(기준시가 대비 102%) 실지거래가액이 아님을 알 수 있다(아래 <표1>). 취득세 신고가액도 기준시가와 비슷한데, 이는 지방세법제111조 제2항 단서에 의거, 취득자가 신고한 가액이 시가표준액 이상이면 그 신고가액을 취득세 과세표준으로 인정함으로 인한 것이다. <표1> 취득당시 장부가액 내역 (단위: 천원, %) (다) 따라서, 납세자가 장부가액을 실지거래가액으로 신고하더라도 그 장부가액은 제증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 실지거래가액으로 인정되어야 한다. 대법원도 1988.2.9. 선고 87누536 판결에서, “납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자신의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다”고 하면서, “과세관청이 자산의 실지취득가액으로 인정한 가액은 원고가 작성한 각 장부에 자산의 가액으로 기재되어 있기는 하나 그 외에는 위 가액이 실지취득가액이라고 인정할 만한 아무런 자료도 나타나 있지 아니하므로 위와 같은 사정 아래서는 장부가액을 실지취득가액으로 단정하기는 어렵다 할 것이고, 따라서 위 장부가액을 취득가액으로 하여 자산의 양도차익을 산정한다는 것은 허용될 수 없다 할 것이다”라고 판단하였다.

(4) 처분청이 매매사례가액으로 비교한 인근 부동산은 이 건 토지OOO와 연접해 있지 않고 지목도 다르며, 토지 면적당 매매가액도 개별공시지가 대비하여 75.5%에서 113.3%로 많은 차이가 나는 등 유사하다고 볼 수도 없다(아래 <표2>). <표2> 인근 토지의 매매가액 (단위: ㎡, 천원)

  • 나. 처분청 의견 쟁점가액은 실지취득가액으로 보아야 한다.

(1) 관할지방자체단체로부터 확인한 청구인의 취득세 신고가액은 OOO원이다. (가) 부동산등기 특별조치법 에 따라 관할구청장에게 매매계약서 원본을 제출하여 검인을 받은 후 관할등기소에 제출하여야 소유권이전등기가 이루어지므로, 청구인이 AAA구청장에게 신고한 검인가액은 특별한 사정이 없는 한 매매계약의 내용과 같다고 보아야 하고, 이와 다르다는 점은 청구인이 입증하여야 하나, 실제 매매계약서와 대금지급 내역 등을 제출한 사실이 없다. (나) 또한, 취득세 과세표준은 매입가액과 시가표준액을 비교하여 높은 가액을 적용하도록 되어 있으므로, 당연히 매입가액으로 보아야 한다. 청구인은 취득세 과세표준을 OOO원으로 신고하였고 이에 따른 취득세 OOO원, 등록세 OOO원을 납부한 것으로 확인된다.

(2) 쟁점가액은 매입가액에 부대비용을 가산한 것이다. (가) 청구인은 경정청구 시 토지 장부가액(OOO원)이 기준시가에 취득세 OOO원을 합한 금액이라고 주장하였으나, 일치하지 않고(아래 <표3>), 취득세와 등록세를 안분한 근거나 토지와 건물을 기준시가로 산정한 사실도 확인되지 않는다. <표3> 장부가액 등 (단위: 원) (나) 청구인은 2022년까지 부동산의 취득가액을 재무제표에 계상하고 감가상각비를 필요경비 산입해 왔으며, 이와 같이 장부에 계상한 부동산 매입가액, 자본적지출액 및 감가상각비를 근거로 종합소득세를 신고하였으므로, 명백한 근거 없이 쟁점가액을 부인할 수는 없다.

(3) 검인가액은 취득당시 인근 부동산의 거래가액과 유사하다. (가) 부동산 거래가액은 당시의 시세를 반영한 것인데, 인근 부동산의 토지 면적당 가액(OOO원)은 이 건 부동산의 취득세 과세표준(토지 면적당 OOO원)과 유사하다.

(4) 청구인이 AAA구청에 신고한 검인가액이 확인되고, 쟁점가액을 취득가액으로 하여 종합소득세 및 양도소득세를 신고하였으므로, 쟁점가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는 상당한 사정이 증명되었다고 볼 수 있다(대법원 2013.4.11. 선고 2013두406 판결 등).

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점가액은 취득당시 실지거래가액이 아니므로 환산가액이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각호의 자산의 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 제114조(양도소득 과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. (3) 지방세법 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장‧군수가 동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 지가를 말한다)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준 적용비율을 곱하여 산정한 가액 (4) 부동산등기 특별조치법 제3조 (계약서등의 검인에 대한 특례) ① 계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때에는 다음 각 호의 사항이 기재된 계약서에 검인신청인을 표시하여 부동산의 소재지를 관할하는 시장‧군수 또는 그 권한의 위임을 받은 자의 검인을 받아 관할등기소에 이를 제출하여야 한다.

4. 대금 및 그 지급일자등 지급에 관한 사항 또는 평가액 및 그 차액의 정산에 관한 사항

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 아래 <표4>와 같이 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하였다. <표4> 양도소득세 신고내역 (단위: 천원)

(2) 환산취득가액을 적용한 청구인의 경정청구 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 경정청구 내역 (단위: 천원)

(3) AAA구청의 지방세 세무시스템 자료에 의하면, 청구인이 신고한 이 건 부동산의 취득세(등록세) 과세표준은 OOO원이고, 시가표준액은 OOO원이며, 취득세 OOO원, 등록세 OOO원을 납부한 것으로 기재되어 있다.

(4) 이 건 부동산의 취득당시(1999년) 기준시가와 장부가액은 아래 <표6>과 같다. <표6> 기준시가와 장부가액 (단위: 백만원)

(5) 한편, 청구인은 2024.10.30. 이 건 부동산 주변의 중개업소 2곳을 방문하여 다음과 같은 중개인의 진술내용을 제시하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 취득가액으로 신고한 쟁점가액은 장부가액으로서 이는 실지거래가액이 아니므로 환산취득가액이 적용되어야 한다고 주장하나, 당사자들이 매매계약서를 작성하여 시장ㆍ군수 등의 검인을 받은 경우 그 검인계약서는 매매계약 내용대로 작성된 것으로 추정되므로, 그 거래내용이 사실과 다르다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 하는 바, 이 건의 경우 서류 보존기한의 경과로 인해 관할지방자치단체에서 검인계약서를 보관하고 있지는 않으나 당시 청구인이 검인계약서의 내용대로 신고한 취득세 과세표준액이 확인되는 반면, 청구인이 제출한 자료의 내용만으로는 그 외에 매매대금을 추가로 지급하였다는 등 실제 매매가액이 사실과 다르다는 사정은 확인되지 않는 점, 청구인의 장부가액은 취득세 신고가액과 취ㆍ등록세 등 취득 부대비용을 합한 금액과 유사한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)