쟁점보수와 관련된 매입세액을 토지, 건물 취득 관련 공통매입세액으로 보아 안분하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 A 주식회사를 집합투자업자로 하고, 주식회사 B을 신탁업자로 하여 2020.12.29. 설정된 투자신탁으로, 자본투자업과 금융투자업에 관한 법률에 따른 전문투자형 사모집합투자기구이다.
• 나. 청구법인은 2021년 3월경 주식회사 C 제2호 기업구조조정 부동산 투자회사로부터 AAA특별시 강서구 OOO에 소재한 D OOO 외 9개 지점의 건물 및 토지 등 부동산(이 중 D OOO의 건물 및 토지를 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매입한 후, 집합투자업자에게 위 부동산 전체에 대한 매입보수로 OOO원을 지급하고 이에 대한 매입세액을 공제하여 2021년 예정 부가가치세 신고를 하였다.
• 다. AAA지방국세청장(감사관실)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 집합투자업자에게 지급한 매입보수 OOO원 중쟁점부동산 매입에 해당하는 금액 OOO원(이하 “쟁점보수”라 한다)에 대해, 관련 매입세액은 토지·건물 취득 관련 공통매입세액에 해당하므로, 취득가액 비율로 안분하여 토지분(84.83%) 매입세액을 불공제해야 한다는 감사결과를 통보하였고, 처분청은 2024.3.8. 청구법인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점보수는 부동산 매입에 따른 보수가 아닌 펀드 설정에 대한 보수이다. 신탁계약서 제6조 제1항에 따르면 집합투자업자는 투자신탁의 설정·해지, 투자신탁재산의 운용·운용 지시 업무를 수행하는바, 투자신탁재산을 운용하는 기간 동안 취득하는 설정 및 운용 보수의 일부분을 선급받는 것이다. 집합투자업자가 취득하는 쟁점보수는 청구법인, 집합투자업자, 신탁업자 간 체결된 신탁계약에 따라 부동산의 매입을 완료하는 시점에 지급하는 보수여서 매입보수라는 용어를 쓰는 것이며, 부동산 매입에 따른 보수가 아닌 신탁계약서에 따른 펀드 설정에 대한 보수이다. 집합투자업자에 대한 운용보수는 “투자신탁재산 총 자산가액의 일정 비율(0.3%)”이라는 기준으로 보수를 산정하고 있는바, 쟁점보수 또한 운용보수와 같은 성격이어서 보수 산정 시 (매입부동산 가액이 아닌) “투자신탁재산 총 자산가액의 일정 비율(0.7%)”이라는 운용보수와 동일한 방법으로 평가하고 산정한다. 청구법인은 쟁점부동산 취득과 관련하여 지출한 금융자문 수수료 및 법률자문 수수료, 감정평가 수수료 등은 공통매입세액으로 보아 토지 관련 매입세액을 안분하여 불공제하는 것으로 신고 시 반영하였는데, 쟁점보수는 위와 같은 수수료와는 구분되는 것이다. 위와 같은 부동산 투자신탁의 업무수행을 고려할 때 투자신탁 설정과 관련한 지출로서 매입보수는 과세사업을 위해 사용된 매입비용으로 공제 대상에 해당된다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에 의하면, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점보수가 과세사업인 임대사업과 관련한 펀드의 설정·운용·관리 보수의 선납분이므로 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 청구법인은 집합투자기구로서 명목회사에 불과하고 집합투자업자가 쟁점부동산 매매계약의 당사자로 참여하여 쟁점부동산을 일괄 취득하였으며, 신탁계약서에 의하면 기본(운용)보수와 구분하여 특별보수의 성격으로서 쟁점보수 및 매각성과보수를 지급하도록 되어 있다. 또한, 쟁점보수는 투자신탁재산으로 매입하는 부동산의 매매계약상 거래종결일로부터 5 영업일 이내 투자신탁 총 자산액의 0.7% 상당액을 집합투자업자에게 지급하도록 명시하고 있으므로, 쟁점보수를 임대차 사업 관련 업무 수행 등에 대한 대가로 지급한다는 약정 등 객관적인 증거가 없는 한, 쟁점보수는 쟁점부동산 취득과 관련한 중개수수료 성격의 취득부대비용으로 보는 것이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점보수를 토지와 건물의 취득부대비용으로 보아 관련 매입세액을 토지와 건물의 취득가액 기준으로 안분계산하여 토지분 매입세액을 불공제한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점보수와 관련된 매입세액을 토지, 건물 취득 관련 공통매입세액으로 보아 안분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2020.12.30. 아래 <표1>과 같이 쟁점부동산을 포함하여 D 지점 10개 지점의 건물 및 토지 등 부동산을 매입하는 계약을 체결한 것으로 나타난다. <표1> 청구법인의 쟁점부동산 관련 매매내역 (나) 청구법인은 신탁계약서에 따라 아래 <표2>와 같이 매입보수를 산정하였고, 각각의 부동산별로 안분하여 집합투자업자에게 아래 <표3>과 같이 지급한 것으로 나타난다. <표2> 집합투자업자에게 지급한 매입보수 산정 식 <표3> 매입보수 배분 내역 (다) 집합투자업자(A 주식회사), 신탁업자(주식회사 B) 사이에 체결된 신탁계약서에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. <신탁계약서 일부 발췌>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보수에 쟁점부동산 중 토지의 취득과 관련된 비용이 포함된 것으로 보아 관련 매입세액을 부인한 처분이 부당하다고 주장하나, 부가가치세법제39조 제1항 제7호는 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 이에 따라 규정된 같은 법 시행령 제80조 제1호는 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액이라고 규정하고 있는바, 집합투자업자 및 신탁업자 사이에 체결된 신탁계약서 제36조 제3항에 의하면 쟁점보수와 관련하여 “이 투자신탁재산으로 매입하는 부동산의 매매계약상 거래종결일(매매대금 지급이 완료된 날을 말한다)로부터 5 영업일 이내 이 투자신탁 총 자산액의 0.7% 상당액을 집합투자업자에게 지급한다”고 명시하고 있어 쟁점보수는 부동산의 취득과 관련된 비용으로 보이는 점, 쟁점보수와는 별도로 청구법인은 집합투자업자에게 운용보수(투자신탁 총 자산액의 0.3%), 매각성과보수 등을 지급하고 있는 점, 청구법인은 쟁점보수는 집합투자업자가 신탁재산을 운용하는 기간 동안 취득하는 설정 및 운용 보수의 일부분을 선급받은 금액이라고 주장하나, 신탁계약서상에는 그러한 내용을 찾을 수 없고 이를 입증할 만한 객관적·구체적 증빙이 부족한 점 등에 비추어 쟁점보수에는 토지의 취득과 관련 있는 비용이 포함되어 있는 것으로 보는 것이 합리적이므로, 처분청이 쟁점보수 관련 매입세액을 토지와 건물의 취득가액 비율로 안분하여 토지분 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.