이 건 처분이 중복조사에 의한 것인지 여부 등

가. 청구법인은 가락농수산물종합도매시장에서 농산물을 유통하는 사업자로, 2013 년부터 2014 년까지 농업회사법인 주식회사 A(이하 “ 쟁점매입처 ” 또는 “A” 이라 한다) 으로부터 합계 OOO 원 상당의 계산서를 각 수취하였고, A 및 농업회사법인 주식회사 B(이하 “B” 이라 하고, A 과 합하여 “ 쟁점거래처 ” 라 한다) 에게 합계 OOO 원 상당의 계산서를 각 발급하였다 (이하 매입․매출 계산서를 모두 합하여 “ 쟁점계산서 ” 라 하고, 관련 거래를 “ 쟁점거래 ” 라 한다). 나. AAA지방국세청장 (이하 “ 조사청 ” 이라 한다) 은 2017.10.16. 부터 2018.1.28. 까지 A 과 B 에 대하여 거래질서 관련 조사를 실시한 후, 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세자료를 파생하였다. 다. 처분청은 이에 따라 2022 년 10 월 및 2023 년 8 월경 청구법인에게 해명자료의 제출을 안내한 후, 아래 < 표 1> 과 같이 2024.3.7. 법인세 합계 OOO 원을 각 경정․고지하였고, 2024.3.20. 합계 OOO 원을 대표자 상여로 소득처분하여 각 소득금액변동통지를 하였다. < 표 1> 처분내역 OOO 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 건 처분은 중복조사에 의한 것이어서 위법하다. (가) 과세관청의 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다 (대법원 2017.3.16. 선고 2014 두 8360 판결). (나) 위 사건에서 대법원은 세무공무원이 국세청 훈령에 따라 ‘ 현지확인 ’ 의 절차를 수행한 것이더라도, 실질적으로 원고의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 원고의 사업장에서 원고나 그 직원들을 직접 접촉하여 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하였으므로 세무조사에 해당한다고 판단하였다. (다) 본 건의 경우도 아래와 같이 1 차 조사에서 각종 자료의 제출을 요구하는 한편, 직접 청구법인의 사업장을 방문하여 상당기간 동안 포괄적인 질문조사권을 행사하여 관련 자료를 확보하였으므로 이는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다. 1) 조사청은 B 에 대한 세무조사 과정에서 2017 년 10 월경 청구법인에게 ‘ 법인세 조사자와 거래내역 조회 ’ 라는 제목으로 거래사실을 증빙할 서류의 제출을 요구하였고, 또한 쟁점매입처와 관련하여 2017 년 11 월경 ‘ 자료상 혐의자 조사를 위한 거래사실 조회 ’ 를 통해 거래내용 확인서를 작성하여 제출할 것을 요구하면서 “ 회신내용이 사실과 다를 경우 국세청 자료상 행위자 근절대책에 의하여 관할 세무서로부터 세무조사를 받을 수 있다 ” 고 하였으며, 위와 같은 과정에서 청구법인은 조사청이 교부한 거래내용 확인서의 서식에 따라 거래처원장, 거래명세표, 영수증 (입금표) 등을 성실히 제출하였다. 2) 처분청은 그 후 다시 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하였는바, 처분청은 2022.10.27. 청구법인에게 쟁점계산서가 가공계산서로 의심된다는 이유로, 해명자료의 제출을 요구하면서 회신이 없거나 제출자료가 불충분할 경우에는 세금이 부과될 수 있다고 통지하였으며, 청구법인은 처분청에 수차례 출석하여 거래사실에 관한 처분청의 구체적인 질문에 대하여 답변하는 문답 조사를 받았고, 쟁점거래 관련 증빙자료와 함께 임의형식으로 작성된 문답서도 제출하였다. (2) 쟁점거래는 가공거래가 아니다. (가) 청구법인은 쟁점거래에서 각 거래별로 품목, 수량, 단가 등 구체적인 내용이 기재된 거래내역서를 주고받았고, 거래내용을 구글스케쥴표로 관리하였으며, 쟁점매입처의 이사와 청구법인의 직원들도 실제 거래사실을 확인해주고 있다. (나) 쟁점거래는 청과시장의 특성상 현금거래로 이루어졌고, 거래 이후 장시간이 경과한 시점에 조사가 진행됨에 따라 거래증빙이 많이 남아 있지 않아 입증에 어려움이 있으나, 이와 같은 사정만으로 가공거래로 단정하는 것은 부당하다. (3) 매입금 OOO 원이 사외유출되었다고 본 이 건 소득처분은 위법하다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점매입처에게 지급한 매입대금 OOO 원이 사외유출되었다고 보아 대표자 상여로 소득처분하였다. (나) 쟁점거래를 가공거래로 가정하면, 청구법인은 처음부터 쟁점계산서 상당의 대금을 보유하지 않았거나, 보유하더라도 이를 사외유출하지 않은채 그대로 보유하고 있는 것으로 보아야 하나, 처분청은 가공매입대금이 사외유출된 것으로 소득처분하였으므로 이는 법인세 부과처분과 모순된다. (다) 한편 가공매입금액을 대표자 상여로 소득처분하는 것이 타당하다고 보더라도, 가공매입금액과 가공매출금액이 서로 상계되어 실질적인 자산의 유출이 없는 것으로 보는 경우에는 사외유출에 따른 상여처분을 할 수 없다 할 것이다 (조심 2019 서 3742, 2020.2.18.). 나. 처분청 의견 (1) 처분청은 재조사가 금지되는 세무조사를 실시한 사실이 없다. (가) 청구법인은 조사청의 2017 년 10 월 및 2017 년 11 월경 거래사실확인 요청을 세무조사에 해당한다고 주장하나, 이는 조사대상자를 조사하는 과정에서 거래상대방인 청구법인에게 거래사실을 확인하기 위하여 거래처를 특정하여 매출․매입 사실을 확인한 것이며, 청구법인이 자발적으로 제출한 자료를 수령하고 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문을 한 것에 불과하므로 이는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 아니한다 (대법원 2017.3.16. 선고 2014 두 8360 판결). (나) 또한 처분청이 2022 년 10 월 및 2023 년 8 월경 실시한 조사의 경우도 조사청에서 파생한 과세자료를 처리하기 위해 청구법인에게 거래처를 특정하여 거래사실을 확인한 것에 불과하므로 세무조사로 볼 수 없다. (2) 쟁점거래는 가공거래이다. (가) 청구법인은 청과시장의 특성상 매입대금 OOO 원을 현금으로 지급하였다고 주장하나, 객관적인 금융증빙을 제시하지 못하고 있고, 물품거래계약서나 운송장 등의 증빙도 제시하지 못하고 있으므로 쟁점거래는 가공거래에 해당한다. (나) 청구법인이 거래증빙으로 제시한 거래내역서는 세무조사 이후에 재작성된 것이어서 신뢰할 수 없고, 청구법인이 제시한 구글 스케쥴표의 경우도 쟁점거래에 대한 거래시작일, 선결제일 등이 기재되어 있으나, 이는 언제든지 소급하여 입력이 가능한 것이므로 객관적인 증빙으로 볼 수 없다. (다) 한편 쟁점매입처는 쟁점거래를 포함하여 가공확정에 따른 과세처분에 부가가치세 부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 기각되었다 (조심 2019 중 153, 2019.6.26.). (3) 이 건 소득처분은 적법하다. (가) 쟁점거래는 가공거래이므로 가공매입대금에 상당하는 금원이 사외에 유출된 것으로 추정된다. (나) 또한 청구법인은 사업연도별로 가공매입과 가공매출을 상계하여 잔액에 대해서만 상여처분하여야 한다고 주장하나, 두 거래가 직접 대응된다는 사실이 확인되지 아니하므로 통산․상계할 수밖에 없을 뿐 아니라, 소득처분은 사업연도별 익금산입시 귀속에 따라 소득처분하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 (조심 2010 서 1977, 2011.10.18.).

가.

① 이 건 처분이 중복조사에 의한 것인지 여부

② 쟁점거래가 가공거래에 해당하는지 여부

③ 가공매입액 상당액이 사외유출되었다고 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부 나.

(1) 국세기본법 제81조의 4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사 (조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2 개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

65 조 제1항 제3호 단서 (제66조 제6항과 제80조의 2 에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의 15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우 (결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

81 조의 11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

1 호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다. (2) 법인세법 제67조 (소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여 (賞與) ㆍ배당ㆍ기타사외유출 (其他社外流出) ㆍ사내유보 (社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

60 조에 따른 신고

66 조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조에 따른 수정신고 제121조 (계산서의 작성ㆍ발급 등)

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증 (이하 “ 계산서등 ” 이라 한다) 을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서 (이하 “ 전자계산서 ” 라 한다) 를 발급하여야 한다.

⑤ 법인은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표 (이하 “ 매출ㆍ매입처별 계산서합계표 ” 라 한다) 를 대통령령으로 정하는 기한까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계산서의 합계표는 제출하지 아니할 수 있다.

3 항에 따라 계산서를 발급받은 법인은 그 계산서의 매입처별 합계표

1 항 후단에 따라 전자계산서를 발급하거나 발급받고 제7항에 따라 전자계산서 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우에는 매출ㆍ매입처별 계산서합계표

⑧ 계산서등의 작성ㆍ발급 및 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 제출에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제106조 (소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

(법 제27조의 2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다) 이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자 (소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100 분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2 명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다) 에게 귀속된 것으로 본다. 가. 귀속자가 주주등 (임원 또는 직원인 주주등을 제외한다) 인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①과 관련한 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 조사청은 2017.10.16. 부터 2018.1.28. 까지 A 및 B 에 대하여 거래질서 관련 조사를 실시하였고, 그 과정에서 거래처인 청구법인에 대하여 거래사실 조회를 요구하였다. 청구법인은 조사청의 거래사실 조회에 대하여 거래명세표, 거래처 원장, 입금표 등을 제출한 것으로 나타나고, 조사청에서 청구법인의 사업장을 방문하여 조사를 하였다며 30 분 분량의 녹취록 (2017.12.12.) 을 증빙으로 제시하였다. (나) 처분청은 조사청이 파생한 과세자료에 따라, 2022 년 10 월 및 2023 년 8 월경 청구법인에게 해명자료의 제출을 안내하였다. 청구법인은 처분청에 거래내용확인서, 거래명세표, 거래처 원장, 입금표 등을 제출한 것으로 확인되고, 처분청에 출석하여 문답조사를 받았다며 문답서 (2023.8.21.) 를 증빙으로 제출하였다. 이에 대해 처분청은 문답서의 경우 과세사실판단자문위원회 (2023.11.23. 자문 2023- 송파 -4) 의 심리를 위해 청구법인의 주장을 조사한 것이라는 의견이다. (2) 쟁점②와 관련한 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 가공으로 확정한 계산서는 아래 < 표 2> 와 같다. < 표 2> 가공 계산서 내역 OOO (나) 청구법인은 쟁점거래가 정상적인 거래라며 거래일자별로 거래내용이 기재된 거래내역서, 구글 스케쥴표, 관련인 (쟁점매입처의 이사, 청구법인의 소속 직원) 의 확인서를 제시하였다. (다) 처분청은 청구법인이 객관적인 금융증빙과 거래증빙을 제시하지 못하고 있고, 쟁점거래를 뒷받침하는 증빙이 부족하다는 점 등을 근거로 들고 있다. (3) 쟁점③과 관련한 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점매입처와의 거래금액을 장부에 계상한 후 손금에 산입하였고, 처분청은 쟁점거래와 관련한 매입대금 (합계 OOO 원) 이 사외유출되었고 그 귀속이 불분명하다고 보아 대표자 상여로 소득처분하여 각 소득금액변동통지를 하였다. (나) 청구법인은 쟁점거래처와의 매출거래금액을 장부에 계상한 후 익금에 산입하였고, 처분청은 쟁점거래와 관련한 매출대금 (합계 OOO 원) 을 익금불산입하고 기타로 소득처분하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 조사청이 2017 년 10 월부터 2018 년 1 월까지 쟁점거래처를 조사할 당시에 청구법인에 대하여 거래사실 조회를 요구하면서 세무조사를 실시한 바 있고, 처분청이 2022 년 10 월 및 2023 년 8 월경 청구법인에게 해명자료의 제출을 요구하면서 또다시 세무조사를 실시하였으므로 이 건 처분은 국세기본법에서 정하고 있는 중복조사 금지 원칙에 반하는 위법한 처분이라고 주장하나, 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘ 세무조사 ’ 에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 할 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘ 세무조사 ’ 로 보기 어렵다 할 것인바 (대법원 2017.3.16. 선고 2014 두 8360 판결, 같은 뜻임), 이 건에서 조사청 및 처분청이 청구법인에게 거래사실의 확인을 요청하면서 해명자료를 제출받은 것은 청구법인의 자발적인 협력에 기초한 것으로 보이고 청구법인의 영업의 자유 등이 침해되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분이 중복조사 금지 원칙에 반한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래에서 현금으로 거래한 것일 뿐 실제 거래가 있었다고 주장하나, 청구법인이 제시한 증빙은 거래내역서 등과 같이 형식적으로 구비하기 용이한 것이 대부분인 점, 청구법인과 쟁점매입처 (A) 간의 거래금액이 약 16억원에 달하나, 이를 모두 현금으로 처리하였다는 주장은 사회통념상 일반적이라고 보기 어렵고, 해당 현금의 원천도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가공매입액이 사외유출되었다고 볼 수 없고, 설령 사외유출되었다고 보더라도 가공매출액과 상계하여 사외유출금액을 산정하여야 한다고 주장하나, 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 가공비용 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증할 필요가 있으나 (대법원 2002.1.11. 선고 2000 두 3726 판결 등, 같은 뜻임), 쟁점거래에서 가공매입액이 사외유출되지 않았다고 볼 만한 증빙이 제시되지 아니한 점, 또한 가공매입과 가공매출이 직접 대응된다는 사실도 확인되지 아니하므로 이를 통산․상계하여야 한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.