조세심판원 심판청구 양도소득세

부과제척기간 만료일에 임박하여 과세함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권이 박탈되는 등 이 건 처분은 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2024-서-3155 선고일 2024.10.28

이 건 처분은 부과제척기간에 행해진 적법한 처분에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[사건번호] 조심2024서3155 (2024.10.28) [세 목] 양도 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권이 박탈되는 등 이 건 처분은 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 [결정요지] 이 건 처분은 부과제척기간에 행해진 적법한 처분에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음 [관련법령] 「국세기본법」제26조의2 [참조결정] 조심2022서7132 / 조심2023전9192 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2018.10.5. 서울특별시 금천구 OOO 소재 주택(공부상 1층 사무소, 2∼4층은 다가구주택, 이하 “쟁점겸용주택”이라 한다)을 양도한 후 2018.12.31. 쟁점겸용주택을 다가구주택으로 보아 1 세대 1주택 고가주택에 대한 특례를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 위 양도소득세 신고 내용을 검토한 결과, 쟁점겸용주택의 건축물대장상 1층의 용도가 사무소로 등재되어 있으나 실제 용도는 주택임을 확인하고 쟁점겸용주택을 건축법상 공동주택으로 보아 2024.4.9. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 국세부과제척기간의 만료일을 약 2개월 앞두고 과세예고통지를 함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈하였는바, 쟁점처분은 절차상 하자가 중대하므로 취소되어야 한다. (2) 국세기본법 제81조의15 제1항 은 ‘세무서장은 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 과세예고통지를 하여야 한다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘과세예고통지를 받은 자는 그 날부터 30일 이내에 통 지를 한 세무서장에게 과세전적부심사를 할 수 있다’고 규정하고 있으며, 제3항은 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 제2항을 적용하지 아니하도록 하고 있고, 제4항은 ‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장은 국세심사위원회의 심사를 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있는바, 처분청은 청구인이 양도소득세를 신고한 2018.12.31. 이후 5년간 청구인에게 아무런 연락도 취하지 아니하다가 부과제척기간의 만료일(2024.5.31.)을 약 두 달 앞둔 2024.3.7. 쟁점처분에 대한 과세예고통지를 하고 약 한 달 후인 2024.4.9.에 이르러서야 청구인에게 쟁점처분을 하였다.

(3) 청구인은 처분청이 쟁점처분을 부과제척기간에 임박하여 함에 따라 과세예고통지를 받은 날인 2024.3.7.부터 국세부과 제척기간의 만료일인 2024.5.31.까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사에 관한 규정을 적용받을 수 없게 되었는바, 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 청구인이 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하였으므로 쟁점처분은 부당하다(조심 2022서7132, 2023.4.10. 외 다수, 같은 뜻임).

(4) 한편, 처분청은 청구인의 양도소득세 신고를 대리한 세무사에게 과세할 예정임을 유선으로 안내하였고, 청구인이 2024.4.1. 조기결정신청서 제출을 통하여 과세전적부심사청구권을 포기하였으므로 쟁점처분이 정당하다는 의견이나, 처분청이 제시한 심판청구사건(조심 OOO, 2024.3.13.)은 부과제척기간이 5년에서 10년으로 연장되어 세무조사결과 통지 당시 부과제척기간의 잔여기간이 추가적으로 5년이나 남은 사안이고, 이 건은 과세예고통지 당시 잔여 부과제척기간이 약 2개월에 불과하여 사실관계가 상이한 이 건에 원용될 수 없다.

(5) 또한, 조기결정신청제도는 과세전적부심사 청구기간(30일) 경과 이후에 세액의 결정·고지가 이루어지는 경우 그 기간만큼 가산세 등을 추가납부 해야 하는 불합리를 해소하기 위한 제도이다. 청구인도 과도한 납부불성실가산세를 줄이기 위하여 조기결정을 신청한 것이지 처분청의 의견대로 청구인이 권리구제 절차를 임의로 포기하기 위하여 신청한 것은 아니다. (6) 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우는 과세예고통지 및 과세전적부심사청구에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있음에도 처분청은 청구인에 대한 과세자료를 장기간 방치하다가 부과제척기간 만료일을 약 2개월 앞둔 상황에서 청구인이 불복제기 시 처분청에게 불리할 수 있음을 염려하여 청구인에게 불필요한 과세예고통지를 하는 한편, 조기결정신청을 하도록 유도하는 등 청구인이 권리를 임의로 포기하였다고 하면서 처분청의 과오를 청구인의 탓으로 돌리고 있다고 볼 수밖에 없다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 양도소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부하는 국세로서 국세기본법 제26조의2 에 의하면 일반과 소 신고의 경우 부과제척기간이 양도한 날이 속하는 다음연도 6월 1일(과세표준 확정신고 기한의 다음 날)부터 5년이므로, 이 건 처분은 부과제척기간 내에 행해진 적법한 처분이다.

(2) 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생할 수 있고, 과세전적부심사에 대한 제도 및 국세부과제척기간은 국세기본법에 규정이 되어 있는바, 과세전적부심사는 청구에 대한 예외규정이 있는 반면, 국세부과제척기간에 대하여는 예외규정을 두고 있지 아니하므로 더욱 엄격하게 해석하여야 하는바, 청구인은 처분청이 부과제척기간에 임박하여 과세함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해당하였다고 주장하나, 처분청은 2024년 2월 2~3회에 걸쳐 청구인의 양도소득세 신고대리를 한 세무사에게 연락하여 1세대 1주택으로 신고한 근거, 관련 계약서 등의 제출을 요구하는 등 신고와 관련된 내용을 확인하는 통화를 하면서 청구인의 신고를 부인하고 과세할 예정임을 안내하였고, 이러한 사실을 청구인도 당해 세무사를 통해 충분히 인지하고 있었을 것이다.

(3) 한편, 청구인은 2024.3.7. 과세예고통지서를 수령한 후 2024.4.1. 조기결정신청서를 제출하였는바, 청구인이 조기결정신청서 제출을 통해 권리구제절차를 임의로 포기한 사실이 확인되는 이상 처분청이 청구인의 권리를 침해하였다고 볼 수는 없고, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사 또는 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 기회가 충분히 보장되어 있으므로 청구주장은 이유 없다.

(4) 또한, 청구인은 처분청이 불복단계에서 불리할 것을 염려하여 부과제척기간 만료를 약 2개월 앞둔 상황에서 불필요하게 과세예고통지를 하는 한편, 조기결정신청을 하도록 유도하는 등 처분청의 과오를 덮으려 하고 있다고 주장하나, 처분청은 국세기본법 제81조의15 제1항 에 따라 청구인에게 과세예고통지를 한 것으로, 이는 불필요한 통지로 볼 수 없다. 따라서 쟁점처분은 부과제척기간 내에 행한 적법한 처분이므로 위와 같은 주장은 오히려 적법하게 신고·납부 의무를 이행하지 아니한 청구인의 과오를 은폐하려는 주장으로 보일 뿐이다. (

5. 처분청은 청구인에게 조기결정신청을 하도록 유도한 사실이 없다. 과세전적부심사청구, 이의신청 등의 불복절차가 있음을 청구인에게 충분히 안내하였고 이에 따라 청구인은 2024.4.12. 이의신청을 제기하였다가 취하한 이력이 있다. 쟁점처분은 청구인의 잘못된 신고를 원인으로 행하여졌음에도 청구인은 부과제척기간에 임박하여 과세하였다는 사실만 다투고 있는바, 비록 부과제척기간이 3개월이 채 남지 않은 상황에서 과세하였다고 할지라도 부과제척기간 내에 행한 적법한 처분의 당부에 대하여 불복하는 행위 자체가 조세법률주의의 근간을 흔드는 것이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권이 박탈되는 등 이 건 처분은 절차상 하자가 중대하므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간 (이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년 으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. 제81조의15【과세전적부심사】① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다]를 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

(2) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양 도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지 로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 (3) 국세기본법 시행령 제12조의3【국세 부과제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국 세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정 신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. (4) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한 다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 제154조【1세대 1주택의 범위】③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 제155조【1세대 1주택의 특례】⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령별표1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. (5) 건축법 시행령 【별표1】용도별 건축물의 종류

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터·공동육아나눔터(괄호 생략)·작은도서관(도서관법 제4조 제2항 제1호 가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

  • 가. 단독주택
  • 나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.(중략)
  • 다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1. 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2. 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3. 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

  • 라. 공관(公館)

2. 공동주택[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터·공동육아나눔터·작은도서관·노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및 주택법 시행령 제10조 제1항 제1호 에 따른 소형 주택을 포함한다].(단서 생략)

  • 가. 아파트: 주택으로 쓰는 층수가 5개 층 이상인 주택
  • 나. 연립주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다) 합계가 660제곱미터를 초과하고, 층수가 4개 층 이하인 주택
  • 다. 다세대주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 쟁점겸용주택을 다가구주택으로 보아 1세대 1주택 고가주택에 대한 특례를 적용하여 아래 <표1>과 같이 2018년 귀속 양 도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 쟁점겸용주택을 공동주택으로 보아 4개층 중 1개 층만 1세대 1주택 비과세대상으로 하고 나머지 3개 층은 양도소득세 과세대상으로 하여 중과세율(60%)을 적용하는 한편, 장기보유특별공제 적용을 배제하여 아래 <표2>와 같이 이 건 양도소득세를 경정·고지하였
  • 다. <표1> 청구인의 이 건 양도소득세 신고 <표2> 처분청의 이 건 양도소득세 경정 (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 국세통합시스템에 의하여 확인되는 확정일자 부여현황 및 임대차계약서 등을 근거로 쟁점겸용주택의 1층이 실제로 주거용으로 사용된 것으로 검토하였는바, 쟁점겸용주택의 건축물대장상 용도와 처분청이 조사한 실제 이용 현황을 비교하면 아래 <표3>과 같고, 쟁점겸용주택 2~4층의 경우 건축물대장상 용도와 실제 이용 현황이 모두 동일하게 주택으로 확인된다. <표3> 쟁점겸용주택의 용도 등 비교 (단위: ㎡) 구분 건축물대장(청구인 신고) 건물 이용 현황(처분청 검토) 용도 면적 용도 면적 1층 사무소 69.56 주택 69.56 2층 다가구주택 110.76 주택 110.76 3층 다가구주택 110.04 주택 110.04 4층 다가구주택 71.82 주택 71.82 합계 362.18 합계 362.18 (나) 쟁점겸용주택 양도 당시 1층의 임대차현황은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점겸용주택 1층의 임대차현황 (다) 그 밖에 쟁점처분에 이르기까지의 진행 과정을 정리하면 아래 <표5>와 같고, 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. <표5> 쟁점처분 진행 과정 일자 내용 비고 2018.12.20. 청구인 양도소득세 신고 2019년 1월 처분청 과세자료 생성 신고서 검토 2023.3.7. 처분청 과세예고통지 2024.4.1. 청구인 조기결정신청서 제출 2024.4.9. 쟁점처분 2024.5.31. 부과제척기간 만료일

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세함으로써 청구인의 과세전적부심사청구권이 박탈되는 등 이 건 처분은 절차상 하자가 중대하므로 취소되어야 한다고 주장하고 있는바, 국세기본법 제81조의15 는 제2항에서 ‘과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청 장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하고, 제3항 제3호에서 ‘과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기 간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위 등을 고려하여 보면, 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 국세기본법 및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거 치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세전적부심사를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다 할 것인바(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 등 참조), 이 건의 경우 양도소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부하는 세목으로 국세기본법 제26조의2 에 의하면 일반과소신고의 경우 그 부과제척기간이 양도한 날이 속하는 다음 연도 6월 1일(과세표준 확정신고 기한의 다음 날)부터 5년이므로, 이 건 처분은 부과제척기간 내에 행해진 적법한 처분에 해당하는 점, 청구인은 2024.3.7. 이 건 과세예고통지서를 송달받은 후 2024.4.1. 처분청에 조기결정신청서를 제출한 것으로 나타나는데, 이는 청구인이 조기결정신청서 제출을 통해 과세전적부심사 절차를 임의로 포기한 것으로 볼 수 있고, 청구인으로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 충분히 보장되어 있는 점, 그 밖에 처분청 담 당자가 과세자료 검토 등의 업무처리를 지연한 것으로 보이기는 하나, 청구인의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 검토나 처리를 지연하였다고 보기는 어렵고, 오히려 2024년 2월경 이 건 양도소득세 신고에 오류가 있음을 인지한 것으로 보이는 청구인이 수정신고 등을 통하여 이를 바로잡으려 하지 아니한 책임도 간과하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 것이므로 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 처분청이 쟁점겸용주택을 공동주택으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)