쟁점➀에 대하여 살피건대, 2012년 조특법 제38조의2 제1항이 과세이연 종료사유로 정하고 있는 ‘처분’에는 ‘증여’도 포함된다고 봄이 타당하고, 따라서 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 쟁점➁에 대하여 살피건대, 과세이연제도는 기업구조개편을 지원하고 현물출자의 대가로 지주회사 주식을 취득한 경우 당장의 양도소득세를 납부할 수 없는 사정 등을 고려하여 ‘납세자 스스로의 선택’에 따라 위 지주회사 주식 처분시에 비로소 양도소득세를 납부할 수 있도록 해주겠다는 취지이지 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 현물출자 당시의 세율을 적용하여 양도소득세를 산정하는 것이 타당하다는 청구인들의 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청들 의견
(1) 과세이연 중단사유가 발생한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. (가) 2012년 조특법 및 2012년 조특법 시행령은 현물출자로 취득한 지주회사 주식을 “양도”한 경우에 한하여 양도소득세를 부과하도록 규정하고 있고, “증여”에 대하여 양도소득세를 부과하는 규정은 두고 있지 아니한바, 처분청들의 경정청구 거부처분은 법규정의 문언상 해석가능한 범위를 명백히 벗어난 처분으로서 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이다.
1. 구조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “2010년 조특법”이라 한다) 제38조의2 제3항 제2호는 “지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 ‘증여’하거나 그 주식의 ‘상속’이 이루어지는 경우에 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다”고 규정하고 있었고, 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “2010년 조특법 시행령”) 제35조의4 제2항은 주식을 “증여”하거나 “상속”하는 경우의 양도소득세의 과세 방식을 규정하고 있었으나, 해당 규정이 개정되면서 주식을 “증여”하거나 “상속”하는 경우에 양도소득세를 과세할 수 있도록 하는 규정은 삭제되었다. 즉, 2012년 조특법 시행령은 그 어디에도 “증여”나 “상속” 등 양도 이외의 처분이 있는 경우에 과세이연의 법률효과를 중단시키고 과세를 할 수 있도록 하는 규정은 두고 있지 아니하다. 따라서 “양도” 이외의 경우에는 과세이연된 양도소득세 내지 법인세를 중단시킬 어떠한 법적 근거도 존재하지 아니한다.
2. 또한, 2012년 조특법 시행령 제35조의4 제1항은 주식과세이연금액을 과세함에 있어 주식회사 주식의 “취득가액에 반영”하는 방법을 따르도록 하고 있다는 점에서도 주식과세이연금액의 추징 사유인 “처분”은 양도소득세 과세대상인 “양도”로 제한된다고 해석함이 타당하다. 즉, 2012년 조특법 시행령은 ‘주식과세이연금액에 대한 양도소득세액을 추징하는 것’이 아니라, 지주회사 주식의 양도소득세 계산의 기준이 되는 취득가액을 “당초 취득가액(= 지주회사 주식의 취득가액 – 주식과세이연금액)”으로 하향조정하여 지주회사 주식 양도에 따른 양도차익을 크게 인식하는 방식으로 과세하는 구조이다. 현물출자 당시 과세이연된 양도소득세액을 추징하는 것이 아니라(양도소득세액을 그대로 과세이연하는 것이 아니라), 지주회사 주식 양도 시점에 이르러서야 미실현이익을 과세하겠다는 것으로, “증여”와 같이 지주회사 주식에 대한 양도소득 자체가 없어 양도소득세 납세의무가 성립하지 아니하는 경우 주식과세이연금에 대한 과세는 불가한 구조이다. 이는 2010년 조특법 제38조의2 제3항이 “... 이연받은 양도소득세를 납부해야 한다”라고 규정하였던 것(과세이연된 양도소득세 자체를 과세하는 방식)과는 명백히 다른 규정 형식이다. 이와 같이, 2010년 조특법 및 2010년 조특법 시행령과 달리 2012년 조특법 및 2012년 조특법 시행령은 양도 시점에 이르러서 “지주회사 주식의 취득가액을 조정”함으로써 미실현이익을 과세하는 방식만을 두고 있고, 과세이연이 이미 이루어진 이후 중단 시점에 이르러 과세이연된 양도소득세를 그대로 납부하도록 하는 과세 방식은 허용하고 있지 아니한바, 처분청들과 같은 과세를 허용하고자 하였다면 양도 이외의 처분에 대하여는 ‘과세이연된 양도소득세’를 ‘납부’하도록 하는 과세방식에 관한 규정을 별도로 두었을 것이다. 따라서 이 건 처분은 2012년 조특법 및 2012년 조특법 시행령이 허용하지 아니하는 과세이연 중단시의 과세방식을 아무런 법적 근거 없이 가능하다고 해석하는 것으로써 조세법률주의에 위배된다. (나) 이 건 “증여”는 2012년 조특법 제38조의2 제5항에서 정한 “과세이연이 계속되는 ‘부득이한 사유’에 해당”한다는 점에서도 처분청들의 경정청구 거부처분은 위법하다.
1. 2012년 조특법 제38조의2 제1항은 각 호의 요건을 갖춘 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 주주가 해당 지주회사 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세이연을 허용하고 있고, 제5항은 같은 조 제1항 각 호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다고 규정하고 있다. 그리고, 2012년 조특법 시행령 제35조의3 제12항은 위 규정에서 정한 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”에 관하여 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 각 목 및 같은 항 제2호 각 목을 준용하도록 하고 있다. 구 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법 시행령”이라 한다) 제80조의2 제1항은 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우” 중 하나로 가목에서 “제5항에 따른 주주등[...]이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우”를 열거하면서, “합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다”라고 규정하고 있다. 이러한 규정 내용을 종합하면, 구 법인세법 시행령 제80조의2 제5항 에서 정하는 주주등이 현물출자로 교부받은 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분하는 경우는 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유”가 있는 경우로서, 처분이 있더라도 과세이연이 허용된다.
2. 이 건 증여는 청구인이 ‘현물출자로 교부받은 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분하는 경우’에 해당하므로 ‘부득이한 사유’로서 과세이연이 계속되어야 한다. 이 건에서 청구인 a이 A에 현물출자하여 교부받은 A의 주식 수는 1,464,801주(= D 주식의 현물출자로 취득한 주식 641,813주 + C 주식의 현물출자로 취득한 주식 822,988주)이고, 그 외에 청구인 a이 이 사건 증여 이전에 현물출자와 무관하게 취득한 A 주식은 673,451주로서, 청구인 a은 이 건 증여 이전에 A 주식 합계 2,138,252주를 보유하고 있었다. 그리고, 청구인 b이 A에 현물출자하여 교부받은 A의 주식 수는 744,280주(= D 주식의 현물출자로 취득한 주식 115,691주 + C 주식의 현물출자로 취득한 주식 628,589주)이고, 그 외에 청구인 b이 이 사건 증여 이전에 현물출자와 무관하게 취득한 A 주식은 493,153주로서, 청구인 b은 이 건 증여 이전에 A 주식 합계 1,237,433주를 보유하고 있었다. 한편, 청구인들은 A의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 수 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 둥 가장 많은 경우의 해당 주주등으로서, 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 에서 정한 “제5항에 따른 주주등”에 해당한다(구 법인세법 시행령 제80조의2 제5항, 제43조 제3항, 제7항). 청구인 a이 증여로 처분한 주식은 250,000주이고, 청구인 b이 증여로 처분한 주식은 240,000주인바, 이 건 증여로 청구인들이 각각 교부받은 주식의 2분의1 이상을 처분한 것인지를 살펴보면 다음과 같다.
(2) 설령 이 건 증여로 인하여 현물출자시 과세이연된 양도소득세를 납부해야 한다고 하더라도, 양도소득세율은 현물출자 시점에 시행되는 소득세법령에 따른 세율(20%) 및 지방세법령에 따른 세율(2%)을 적용해야 한다. 2010년 조특법 제38조의2 제3항 제2호는 ‘증여’의 경우 과세이연이 중단되는 것으로 규정하였고, 2010년 조특법 시행령 제35조의4 제2항은 ‘증여’의 경우 양도소득세 과세 방식에 관한 구체적 규정을 두고 있었는바, “해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법 제104조 제1항 의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부”하도록 함으로써 과세이연 중단사유가 발생하는 경우 현물출자 당시 세율을 적용하여 과세이연된 양도소득세를 납부하도록 규정하고 있었다. 이는 2010년 조특법에서는 현물출자에 따른 과세이연은 현물출자시에 주주로 하여금 양도소득세를 부담하였어야 할 것을 현물출자 이후의 시점으로 미루어 주는 것이므로 과세이연 중단시 “현물출자 당시 과세이연된 양도소득세”를 납부하는 것이 자연스러운 것이기에 이를 확인적으로 규정한 것이다. 따라서 2010년 조세특례제한법이 개정된 이후로도 증여를 이유로 현물출자시 과세이연된 양도소득세를 납부하는 것으로 해석한다면 이 때 납부할 양도소득세의 세율 역시 “현물출자 당시”에 시행되던 소득세법에 따른 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하다. 그렇다면 이 건 증여 당시의 양도소득세율 25% 및 지방소득세율 2.5%가 아니라, 본 건 현물출자 시점의 양도소득세율 20% 및 지방소득세율 2%가 적용되어야 하고, 적어도 그 범위 내에서는 이 건 심판청구가 인용되어야 한다.
(1) 강남세무서장 의견 (가) 과세이연 기간 중 주식을 일부라도 처분하는 경우에는 양도소득세 납부 사유에 해당한다.
1. 청구인들은 해당 주식의 2분의1 미만 처분이므로 과세이연 중단 사유에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구인이 주장하는 대통령령으로 정한 부득이한 사유는 2012년 조특법 제38조의2 제1항 전단 부분인 ‘내국인 주주가 다음 각 호의 요건을 갖추어’에 대한 판단시 적용하는 규정이지 같은 항 후단 부분인 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다’에 대한 판단시 적용하는 규정이 아니므로 단 1주의 주식을 양도한 경우에도 양도소득세는 납부해야 한다.
2. 청구인들은 ‘증여’의 경우는 과세이연 중단 사유에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법원 판결 및 조세심판원 결정은 지주회사에 현물출자를 하고 취득한 주식의 ‘증여’를 ‘처분’으로 보아 과세이연 중단 사유에 해당한다고 판단하였다.
3. 청구인들은 증여한 주식이 전부 현물출자로 교부받은 주식 이외의 주식에 해당하므로 과세이연 중단 사유가 아니라고 주장하나, 국세청 예규(부동산거래관리과-99, 2012.2.13.)에 의하면 현물출자로 교부받은 주식을 먼저 처분한 것으로 보고 있어 과세이연 중단 사유에 해당한다. (나) 청구인들은 ‘증여’를 과세이연 중단사유로 보더라도 적용되는 양도소득세율은 현물출자 시점의 양도소득세율인 20%가 적용되어야 한다고 주장하나, 기획재정부 예규(금융세제과-110, 2020.4.20.)는 현물출자 당시가 아닌 과세이연 중단 사유 발생시의 양도소득세율(25%)을 적용하도록 하고 있고, 조세심판원도 조심 2021부1368(2021.6.16.) 결정에서 과세이연제도가 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기 어려운 점 등을 종합할 때 현물출자 당시 세율을 적용해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단하였다.
(2) 서울특별시 강남구청장 의견 지방세법 제103조 는 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세의 과세표준은 소득세법 제92조 에 따라 계산한 소득세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 또한 지방세법 제103조의9 및 제97조 제3항은 납세지 관할 지방자치단체의 장은 같은 조 제1항과 제2항에 따라 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다. 그러므로 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세는 지방세법 제97조 에 따라 양도소득세가 권한 있는 기관에 의하여 결정‧경정이 있기 전까지는 적법하게 부과된 것으로 보아야 하고, 권한 있는 기관에 의하여 양도소득세가 결정‧경정된 경우 그에 따라 거주자의 지방소득세도 결정‧경정되는 것이므로, 양도소득세 부과처분이 적법하게 유지되고 있는 이상 지방소득세 부과처분은 적법하다.
① 지주회사 전환에 따른 현물출자로 발생한 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세이연 받은 후 그 지주회사의 주식을 증여한 것이 양도소득세 과세이연 중단 사유에 해당하는지 여부
② 증여를 양도소득세 과세이연 중단사유로 보더라도 현물출자 당시의 양도소득세율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구인 a이 2012년 조특법 제38조의2 및 2012년 조특법 시행령 제35조의4 제6항에 따라 2013년 2월 과세관청에 제출한 현물출자등 과세특례신청서 내역은 <별지4>와 같고, 청구인 b이 제출한 현물출자등 과세특례신청서 내역은 <별지5>와 같다.
(2) 기획재정부가 발간한 ‘2010 간추린 개정세법’에 따르면, 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 조세특례제한법제38조의2의 개정내용 및 개정이유는 다음과 같다.
10. 주식의 포괄적 교환 등을 통한 지주회사 설립ㆍ전환시 조세특례 정비(조특법 §38의2, 대통령령 제22812호 부칙 제8조)
(1) 개정내용 종전 개정
□ 주식의 포괄적 교환 등을 통해 지주회사 설립ㆍ전환시 해당 지주회사 주식 처분시까지 양도세ㆍ법인세 과세이연 ◦ 과세이연 대상 - ㉠ 내국법인의 주주(현물출자는 내국인 주주에 한정)가 주식의 현물출자, 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 통해 지주회사 설립ㆍ지주회사로 전환시 - ㉡ 내국법인의 내국인 주주가 전환지주회사에 주식을 현물출자 또는 전환지주회사의 자기주식과 교환시 현물출자, 적격분할, 주식의 포괄적 교환을 통해 지주회사로 전환한 법인 ◦ 과세이연 요건 - (㉠) 별도 없음 - (㉡) 다음 요건을 모두 갖출 것 ㆍ지분비율미달자회사 주식에 한정 ㆍ전환지주회사가 된 날부터 2년 내 현물출자 등을 할 것 ㆍ자기주식교환은 지분비율미달 회사의 모든 주주가 교환에 참여할 기회를 줄 것
□ 지주회사 설립ㆍ전환 관련 과세특례 정비 ◦ 과세이연 대상 - ㉠ 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 특례 삭제 (현물출자는 존치) - ㉡ 좌 동 ◦ 일반적 요건 추가 - 사업 계속성 및 지분 연속성 (합병, 분할 등 일반적 기업구조개편 세제에 준하여 규정) 다만, '10.12.31 현재 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 사업계속성 요건 등을 갖춘 것으로 봄 ◦ 사후관리 - 다음 사유 발생시 과세이연 중단 (과세를 이연받은 자회사 주주에게 과세) 이연받은 양도세ㆍ법인세 상당액에 대해 과세 ※ ㉢, ㉣은 이자상당액 가산 ㉠ 지주회사에 해당하지 않게 되는 경우 ㉡ 지주회사 주식 등을 증여ㆍ 상속시 ㉢ 지주회사 전환후 2년내 자회사 지분비율 미충족시 ㉣ 자기주식교환일 현재 전환 지주회사의 최대주주가 자회사 임원으로 취임시 <신 설> ◦ 사후관리 - 다음 사유 발생시 과세이연 중단 (자회사 주식을 취득한 지주회사에 과세) 장부가액으로 계상했던 자회사 주식을 시가로 조정하고 차액을 익금산입 ※ ㉢은 이자상당액 가산 ㉡ 삭 제 (처분에 포함) ㉣ 삭 제 ㉤ 현물출자ㆍ자기주식교환일이 속한 사업연도 종료 후 3년내 다음 사유 발생시 ㆍ대통령령으로 정하는 자회사 주주(지배주주 등) 및 지주회사가 현물출자ㆍ자기주식교환으로 취득한 주식을 처분(단, 1/2이상 처분시 한정할 예정) 다만, '10.12.31 현재 금융지주회사 설립을 위한 인가를 신청한 경우에는 이를 적용하지 않고, 과세이연을 계속함 ㆍ자회사가 사업을 폐지 * 단, ｢법인세법 시행령｣ §80의2 ① 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(파산, 사망, 적격 기업구조개편 등)는 과세이연을 계속함 (2) 개정이유
○ 합병, 분할 등 여타 기업구조개편 지원세제와 동일하게 정비
(3) 적용시기 및 적용례
○ 2011.1.1. 이후 현물출자하거나 교환하는 분부터 적용
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인들은 지주회사 전환에 따른 현물출자로 발생한 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세이연받은 후 주식과세이연금액의 추징 사유인 “처분”은 양도소득세 과세대상인 “양도”로 제한된다고 해석함이 타당하므로 그 지주회사의 주식을 증여한 것은 양도소득세 과세이연 중단 사유에 해당하지 아니한다고 주장하나, 2012년 조특법 제38조의2 제1항은 내국법인의 내국인 주주가 일정 요건을 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하였는바, 지주회사 주식이 증여되는 경우에는 기업구조조정 촉진이라는 목적이 상실되었을 뿐만 아니라 현물출자된 주식에 대한 간접적 소유‧지배가 더 이상 존재하지 않으므로 원칙으로 돌아가 기존에 과세이연된 양도차익을 과세하는 것이 합리적으로 보이는 점(대법원 2015.8.13. 선고 2015두40569 판결 참조), 2010.12.27. 조세특례제한법제38조의2 제3항이 개정되어 지주회사 전환 후 과세이연 중단사유에서 ‘지주회사 주식 등을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우’를 삭제하였으나, 기획재정부가 발간한 ‘2010 간추린 개정세법’에 따르면 이는 ‘처분에 포함’됨에 따라 삭제하는 것으로 설명하고 있는 점, 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 조세특례제한법제97조의6 제2항 제1호에서 ‘처분(거주자가 증여하거나 거주자의 사망으로 상속이 이루어지는 경우는 제외한다)’과 같이 규정하는 등 조세특례제한법의 다른 조항에서는 원칙적으로 처분에 증여나 상속을 포함하는 것을 전제하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 2012년 조특법 제38조의2 제1항이 과세이연 종료사유로 정하고 있는 ‘처분’에는 ‘증여’도 포함된다고 봄이 타당하고, 따라서 이 부분 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2021서2878, 2022.11.21. 등, 같은 뜻임). (나) 한편 청구인들은 이 건 증여가 2012년 조특법 제38조의2 제5항에서 정한 “과세이연이 계속되는 부득이한 사유”인 “주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우”에 해당한다는 점에서도 과세이연이 계속되어야 한다고 주장하나, 2012년 조특법 제38조의2 제5항은 “제1항 각 호 및 제3항 제3호‧제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다”라고만 규정하고 있는바 “과세이연이 계속되는 부득이한 사유”는 그 문언상 과세특례의 성립에 관한 규정인 “제1항 각 호”에만 적용되는 것으로 보아야 하고, 과세특례 성립 후 사후관리에 관한 규정인 “제1항 본문”에는 적용되지 아니하는 것으로 봄이 타당하므로 이 부분 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 설령 이 건 증여가 과세이연 중단사유에 해당하여 과세이연된 양도소득세를 납부해야 한다고 하더라도, 양도소득세율은 현물출자 시점에 시행되는 소득세법령에 따른 세율(20%) 및 지방세법령에 따른 세율(2%)을 적용해야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 등 참조), 조세특례제한법제2조는 이월과세와 과세이연의 개념을 구분하여 ‘이월과세’의 경우 개인이 사업용고정자산 등을 법인에 현물출자하였다면 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않고 해당 법인이 위 사업용고정자산을 양도할 때에 법인세로 납부하여야 하는데, 이때 납부할 세액은 개인이 사업용고정자산의 현물출자할 당시의 소득세법제104조에 따른 세율을 적용하는 것이고, ‘과세이연’의 경우 공장의 이전 등을 위하여 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등을 대체취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도하는 때에 취득가액을 별도로 계산하여 양도소득세를 과세하는 것이라고 각각 별도로 규정하고 있는 점, 위 정의규정과 마찬가지로 조세특례제한법 시행령제35조의4 제1항은 지주회사 주식의 양도에 대하여 지주회사 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있는 점, 과세이연제도는 기업구조개편을 지원하고 현물출자의 대가로 지주회사 주식을 취득한 경우 당장의 양도소득세를 납부할 수 없는 사정 등을 고려하여 ‘납세자 스스로의 선택’에 따라 위 지주회사 주식 처분시에 비로소 양도소득세를 납부할 수 있도록 해주겠다는 취지이지 현물출자 이후 발생한 상황변화에도 불구하고 현물출자 당시를 기준으로 양도소득세를 과세하겠다는 의미까지 내포하고 있다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 현물출자 당시의 세율을 적용하여 양도소득세를 산정하는 것이 타당하다는 청구인들의 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2023서7818, 2023.12.22., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구인들 상세 OOO <별지2> 세목 및 고지세액(경정청구 거부내역) 상세
① 양도소득세(강남세무서장) OOO
② 지방소득세(서울특별시 강남구청장) OOO <별지3> 관련 법령
(1) 2010.12.27. 개정 前 조세특례제한법 및 같은 법 시행령 (가) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것) 제38조의2(주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 주주(현물출자의 경우에는 내국인 주주에 한정한다)가 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자, 상법 제360조의2 의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우(주식의 포괄적 교환에 의하여 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호 에 따른 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 기존의 금융지주회사의 자회사로 편입시키는 경우를 포함한다) 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것
③ 제1항 또는 제2항에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 양도소득세 또는 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항의 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우
3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
4. 전환지주회사의 발행주식총수 중 해당 주주 및 그 친족이 소유한 주식 수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 주주 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우
④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정되기 전의 것) 제35조의4(지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례) ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.
② 거주자등은 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법 제104조 제1항 의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2 제3항 제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의3 제6항을 준용한다.
③ 거주자등이 법 제38조의2 제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액
2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2 제3항 제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율
④ 법 제38조의2 제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.
⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다. 이 경우 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 현물출자의 경우: 주주인 거주자등의 취득가액
2. 주식의 포괄적 교환 또는 이전의 경우: 제35조의2 제10항에 따른 금액
⑥ 법 제38조의2 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 제5항에 따라 자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자법인 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(2) 청구인들 현물출자 당시(2012.10.22./2012.12.24.) 적용 법령 (가) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.
7. “과세이연(課稅移延)”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것
③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우
4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우
④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.
⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호‧제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 일부개정되기 전의 것) 제35조의3(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례) ⑫ 법 제38조의2 제5항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제38조의2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제3항에 따른 주주등이 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 법 제38조의2 제1항 제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 제35조의4(지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례) ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.
② 삭제 <2010.12.30>
③ 삭제 <2010.12.30>
④ 법 제38조의2 제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.
⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다.
1. 삭제 <2010.12.30>
2. 삭제 <2010.12.30>
⑥ 법 제38조의2 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 제5항에 따라 자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자법인 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (다) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 일부개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 법 제44조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
(3) 청구인들 증여 당시(2020.9.9.) 적용 법령 (가) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정되기 전의 것) 제38조의2(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) ① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사법에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(법인세법 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2021년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것
3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것
③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우
4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우
④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2021년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.
⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호‧제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 조세특례제한법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31086호로 일부개정되기 전의 것) 제35조의3(지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례) ⑬ 법 제38조의2 제5항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제38조의2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 법 제38조의2 제1항 제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 제35조의4(지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례) ① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.
② 삭제 <2010. 12. 30.>
③ 삭제 <2010. 12. 30.>
④ 법 제38조의2 제4항에 따른 양도소득세의 과세의 이연에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 과세의 이연을 받는 금액은 제1항에 따라 과세의 이연을 받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 때에 양도소득세를 과세한다.
⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다.
1. 삭제 <2010. 12. 30.>
2. 삭제 <2010. 12. 30.>
⑥ 법 제38조의2 제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 거주자등은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 제5항에 따라 자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자법인 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 부칙 <대통령령 제30390호, 2020. 2. 11.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제105조 제2항, 제109조의2 제7항, 제109조의3 제9항 및 제12항의 개정규정은 2020년 7월 1일부터 시행하고, 제121조의2의 개정규정(신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다)은 2021년 1월 1일부터 시행하며, 제35조의3 및 제35조의4의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. (다) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 일부개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
11. 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목에 따른 자산
1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등 양도소득 과세표준 세율 3억원 이하 20퍼센트 3억원 초과 6천만원 + (3억원 초과액 × 25퍼센트)
1. 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (라) 법인세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31084호로 일부개정되기 전의 것) 제80조의2(적격합병의 요건 등) ① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 법 제44조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
(4) 지방소득세 관련 법령 (가) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
7. 지방소득세: 과세표준이 되는 소득에 대하여 소득세ㆍ법인세의 납세의무가 성립하는 때 (나) 지방세법 제86조(납세의무자 등) ① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.
② 제1항에 따른 지방소득세 납부의무의 범위는 소득세법과 법인세법에서 정하는 바에 따른다. 제87조(지방소득의 범위 및 구분 등) ① 거주자의 개인지방소득은 다음 각 호와 같이 구분하고, 각 호의 소득의 범위는 소득세법제16조부터 제22조까지, 제94조 및 제95조에서 정하는 바에 따른다.
제97조(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 거주자가 제95조에 따른 신고를 하지 아니하거나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.
② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.
③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. 제103조(과세표준) 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조 에 따라 계산한 소득세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의3(세율) ① 거주자의 양도소득에 대한 개인지방소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 제103조의9(수정신고·결정·경정·수시부과·징수·환급·환산취득가액 등) ① 양도소득에 대한 개인지방소득세의 수정신고ㆍ결정ㆍ경정ㆍ수시부과ㆍ징수 및 환급에 관하여는 제96조부터 제98조까지 및 제100조의 규정을 준용한다. (다) 지방세법 시행령 제94조(과세표준과 세액의 결정 및 경정) ① 법 제97조에 따른 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사(實地調査)에 따름을 원칙으로 한다. <별지4> 청구인 a의 현물출자등 과세특례신청서 내역 (단위: 주/원) ◦ 2012.10.22.자 현물출자에 따른 과세특례신청서 OOO ◦ 2012.12.24.자 현물출자에 따른 과세특례신청서 (단위: 주/원) OOO <별지5> 청구인 b의 현물출자등 과세특례신청서 내역 (단위: 주/원) ◦ 2012.10.22.자 현물출자에 따른 과세특례신청서 OOO ◦ 2012.12.24.자 현물출자에 따른 과세특례신청서 단위: 주/원) OOO
결정 내용은 붙임과 같습니다.