[요지] 청구인과 계약상대자가 제기한 소송에서 법원은 청구인이 계약상대자에게 손해배상채권액 원에서 계약상대자가 미지급한 교환대금 원을 공제한 나머지 금액을 지급하여야 하고 계약상대자는 청구인에게 **부동산의 소유권을 이전하라고 판결하였던 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[요지] 청구인과 계약상대자가 제기한 소송에서 법원은 청구인이 계약상대자에게 손해배상채권액 원에서 계약상대자가 미지급한 교환대금 원을 공제한 나머지 금액을 지급하여야 하고 계약상대자는 청구인에게 **부동산의 소유권을 이전하라고 판결하였던 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인이 쟁점부동산 양도대가는 OOO원에 불과하고 이는 취득가액에도 미치지 못하는 금액이므로 양도차익이 있다고 보아 과세한 처분은 타당하지 아니하다. (가) 쟁점교환계약에 의하면 청구인은 쟁점부동산을 2016.5.24.부터 2016.6.30.까지 사이에 계약상대자에게 소유권이전등기 자료를 넘겨주고 쟁점부동산을 인도하되, 계약상대자는 청구인에게 C부동산을 2년간 임차하여 주고, D부동산을 2016.6.30.까지 청구인에게 소유권이전등기를 해주며, 그 차액인 OOO원 중 잔금 OOO원을 2016.6.30.까지 지급키로 하였다. 이에 청구인은 2016.5.26. 쟁점부동산을 모두 계약상대자에게 소유권이전을 하였고 임대차를 설정한 C부동산을 제외한 B부동산을 계약상대자에게 인도하였으나, 계약상대자는 쟁점교환계약에서 정한 OOO원 중 OOO원만을 청구인에게 지급하였을 뿐 잔금을 지급하지 아니하였고, 쟁점교환계약에서 정한 기일인 2016.6.30.을 도과하여 현재까지도 청구인에게 D부동산에 관한 소유권이전을 해주지 않고 있다. (나) 계약상대자가 청구인에게 D부동산을 양도하지 아니한 사실은 부동산등기사항전부증명서에서 확인되고, 잔금 OOO원을 지급하지 아니한 사실은 청구인과 계약상대자가 소송을 진행한 서울고등법원 2018나OOO 사건 판결문에서도 확인되며, 청구인이 D부동산에 설정되어 있던 피담보채무 OOO원 중 OOO원을 계약상대자에게 지급하지 아니하여 현재까지 D부동산에 대한 소유권을 이전받지 못한 상황인바, 현재 청구인은 쟁점부동산의 취득당시 시가 합계액은 OOO원이고 쟁점교환계약에 의한 양도대가로 청구인이 지급받은 금액은 OOO원에 불과하므로 청구인은 쟁점교환계약으로 인한 양도차익이 전혀 존재하지 않는 상황이다. (다) 대법원은 소득세법 제4조 제3항의 양도라 함은 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 말하고, 같은 법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제1호는 자산의 유상양도가 이루어진 경우에 그 양도차익의 계산에 있어서 양도나 취득의 시가를 의제하는 규정에 불과하고 대금이 전혀 지급되지 않았거나 그 후 매매계약이 해제되었는데도 양도가 있은 것으로 의제하는 규정은 아니므로 토지의 매매에 있어서는 그 토지의 대가가 사회 통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되어야만 유상양도로 볼 수 있다고 판시(대법원 1989.7.11. 선고 88누8609 판결)하였는바, 청구인이 쟁점교환계약으로 인하여 취득한 가액은 OOO원에 불과하여 이는 쟁점부동산의 취득가액에도 현저히 미치지 못하여 그 양도차익이 전혀 없음에도 불구하고 처분청은 쟁점부동산을 소유권이전등기사실에 기초하여 청구인이 OOO원의 양도차익을 얻었다고 잘못 과세하였으므로 이 건 처분은 타당하지 아니하다.
(2) 처분청은 정당한 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하여 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해하였으므로 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있는 처분에 해당한다. (가) 조세심판원(조심 2023인9719, 2024.1.11. 결정)은 처분의 결정에 장시간이 소요될 만한 합리적인 이유가 확인되지 않는 경우 처분청이 정당한 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자의 과세전적부심사 청구권을 침해한 경우 절차상 중대한 하자가 있다고 결정하고 있는바, 이 건 처분의 경우 처분청은 쟁점교환계약에 따라 부동산 소유권이전등기를 한 2016.5.26.부터 과세예고 통지한 2024.3.12.까지 별도의 조사행위를 하거나 절차를 이행한 사실이 없고, 부과제척기간이 만료되기 약 2개월 전 청구인에게 과세예고통지를 하여 청구인은 2024.3.29. 과세전적부심사청구서를 제출하였으나, 청구인은 국세기본법제81조의15 제3항 제3호에 따라 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사 청구를 할 수 없으므로 부득이 과세전적부심사청구를 취하하게 되었다. (나) 더욱이 이 건 처분은 부동산 양도로 인한 소득으로 보아 양도소득세를 부과하였는데 공부상 부동산 보유내역이 쉽게 확인되고 이 건 처분에 장기간 소요될 만한 합리적인 이유가 확인되지 않았는바 이건 처분은 처분청이 정당한 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자의 과세전적부심사청구권을 침해한 것이므로 이는 절차상 중대한 하자가 있는 처분에 해당한다.
(1) 쟁점교환계약은 유효한 계약이고, 쟁점교환계약서상 쟁점부동산 평가액은 OOO원이므로 이를 근거로 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다. (가) 서울고등법원은 2019.4.17. 쟁점교환계약에 대하여 ‘원고 계약상대자는 피고 청구인으로부터 이 사건 대출금 채무의 대위 변제로 인한 손해배상채권액 OOO원에서 원고가 미지급하였음을 자인하는 교환대금 OOO원을 공제한 나머지 OOO원을 지급받음과 동시에 피고에게 D부동산에 관하여 이 사건 교환계약을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행할 의무가 있다’라고 판시하였는바, 쟁점교환계약은 아직 유효하므로 청구인의 양도대가는 계약내용에 의해 수령할 권리가 확정된 금액으로 보아야 하고, 양도대금의 실제 수령여부를 떠나 계약서상 양도금액에 따라 과세하는 것이 타당하다. (나) 또한 계약상대자는 쟁점교환계약에 따라 청구인이 인수했어야 할 D부동산에 설정한 근저당권 피담보 채무 OOO원을 대위 변제하였기 때문에 청구인에게 양도대가가 충분히 지급되지 않았다고 볼 수 없다. 즉 청구인이 받아야 할 양도대가는 청구인이 쟁점교환계약과 고등법원의 판결에 따라 이행해야 할 계약서 상 대금지급의무에 따라 당연히 계약상대자에게 받게 될 권리로 청구인이 후에 계약해제를 하거나 소유권 반환청구 소송을 통해 쟁점부동산을 반환받게 되지 않는 이상 청구인이 쟁점교환계약에 따라 쟁점부동산을 양도한 사실을 현재 부정할 수 없다.
(2) 이 건 처분은 부과제척기간 내 과세한 정당한 처분이다. (가) 또한 청구인은 처분청이 오랜 기간 과세권을 행사하지 않은 것에 대하여 중대한 절차적 하자가 있다고 주장하나, 이 건 과세처분은 부과제척기간 7년 이내에 이루어진 정당한 과세처분이고, 양도소득세는 신고납부세목으로 납세자의 성실한 신고납부를 전제로 하여 일차적으로 납세자에게 확정권을 부여하며, 과세관청의 부과처분은 납세자의 양도소득세 신고에 대한 보충적 지위에 있다고 보아야하므로 본 건 부과처분이 지연되었다는 사실만으로 과세관청의 부과처분에 중대한 절차적 하자가 있다는 것은 불합리한 주장이다. (나) 또한 같은 기간 동안 청구인에게도 양도소득세를 신고할 기회가 있었음에도 청구인은 신고하지 아니하였고, 청구인이 과세전적부심사의 기회를 받지 못한 데는 청구인에게도 책임이 있으므로 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.
3. 심리 및 판단
① 청구인이 쟁점부동산을 쟁점교환계약에 따라 양도한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 이 건 처분이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자있는 처분에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년) 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
1. 국세징수법 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
(2) 소득세법 제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
(3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2016.5.24. 계약상대자와 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산과 D부동산을 교환하는 계약(교환대금 OOO원, 계약금 OOO원은 계약시 지불, 잔금 OOO원은 2016.6.30. 지불)을 체결하였고, 계약상대자는 계약일 청구인에게 계약금으로 OOO원을 지급한 것으로 나타나며, 쟁점교환계약 특약사항 제12조는 청구인이 2016.5.24.부터 계약상대자가 쟁점부동산에 소유권이전등기한데 동의한다고 기재되어 있고, 계약상대자는 2016.5.26. 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였으나, D부동산에 설정된 OOO원의 대출금을 갚지 못하여 계약상대자가 2018년 6월 이를 모두 변제한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 쟁점교환계약서 내용(일부 발췌) (나) 쟁점부동산 등기사항전부증명서에 의하면 2016.5.24. 교환을 등기원인으로 하여 2016.5.26. 계약상대자 명의로 소유권이전등기접수된 것으로 나타나고, 2017.4.24. 서울동부지방법원의 가처분결정(2017가합OOO)에 따라 채권자는 청구인, 피보전권리는 교환계약 해제에 따른 소유권이전등기 말소등기절차 이행청구권으로 하여 가처분 등기접수되었다가 2017.10.13. 취소결정으로 인해 위 가처분등기가 말소된 것으로 나타난다. 또한 D부동산 등기사항전부증명서에 의하면 계약상대자는 2013.8.1.매매로 소유권이전등기접수된 이후 청구인에게 소유권이전된 사항이 없는 것으로 나타난다. (다) 계약상대자는 청구인을 상대로 자신이 D부동산 대출금채무 대위변제로 인한 손해배상채권 또는 부당이득반환청구권을 청구원인으로 하여 지연손해금 지급을 구하는 소송을 제기하였고, 청구인은 D부동산에 관한 소유권이전등기절차의 이행을 구하는 소를 제기하였으며, 2019.4.17. 서울고등법원[2018나OOO(본소), 2018나OOO(반소)]은 계약상대자는 청구인으로부터 OOO원(OOO원 - OOO원)을 지급 받음과 동시에 청구인에게 부동산에 대하여 2016.5.24.자 부동산 교환계약을 원인으로 한 소유권이전 등기절차를 이행하라고 판결하였다. (라) 청구인은 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세를 무신고하였고, 처분청은 2024.3.18. 청구인에게 과세예고통지를 하였으며, 2024.4.16. 양도가액 OOO원(쟁점부동산의 평가액 합계액), 취득가액 OOO원으로 하여 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원(무신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다. (마) 처분청 조사관은 과세가 늦어진 사유에 관하여 당초 강동세무서장이 쟁점부동산 양도에 대하여 청구인에게 해명안내 자료를 발송한바 있고, 이후 청구인은 주소지를 이전(2023.5.30.)하여 관할이 처분청으로 변경되는 등의 사정이 있었다고 소명하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 양도로 수취한 금액은 OOO원에 불과하고 계약상대자가 청구인에게 양도대가를 지불하지 않았으며 교환대상인 D부동산을 소유권 이전을 받지 못하였으므로 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과하는 것은 타당하지 않다고 주장하나, 소득세법제88조 제1항은 자산에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산의 소유권이 유상으로 사실상 이전되는 것을 양도라고 규정하고 있는바, 청구인과 계약상대자는 쟁점교환계약을 체결하여 쟁점부동산을 양도(평가액 합계 OOO원)하면서 그 대가로 D부동산을 양수받기로 하였고, 청구인은 2016.5.24. 계약상대자로부터 계약금 OOO원을 지급받았으며, 2016.5.26. 계약상대자 명의로 하여 쟁점부동산의 소유권이 이전등기된 것으로 나타나고, 청구인의 사정으로 D부동산의 채무를 인수하지 못하여 D부동산의 소유권 이전등기를 하지 못하였으나, 쟁점교환계약은 아직 유효하고, 청구인의 양도대가는 쟁점교환계약 내용에 의해 수령할 권리가 확정된 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점교환계약서상 쟁점부동산 평가액인 OOO원을 양도금액으로 보는 것이 타당한 점, 청구인과 계약상대자가 제기한 소송에서 2019.4.17. 서울고등법원은 청구인이 계약상대자에게 손해배상채권액 OOO원에서 계약상대자가 미지급한 교환대금 OOO원을 공제한 나머지 OOO원을 지급하여야 하고, 계약상대자는 청구인에게 D부동산의 소유권을 이전하라고 판결하였던 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점부동산이 OOO원에 양도된 것으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 정당한 이유없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 약 2개월을 앞두고 과세하여 청구인의 과세전적부심사권을 박탈하였으므로 이 건 처분은 절차상 하자가 있다고 주장하나, 국세기본법제26조의2 제2항은 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 과세할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 제81조의15 제3항 제3호는 과세예고통지를 하는 날부터 국세의 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사를 생략할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세를 무신고하였고, 이에 대하여 처분청은 2024.3.24. 청구인에게 과세예고통지를 하고 2024.4.16. 양도소득세를 부과하였는데, 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우에는 과세전적부심사를 생략할 수 있도록 하고 있어 이 건의 경우 과세전적부심사가 과세처분의 필수적 전제가 되는 것으로 볼 수 없는 점, 이 건 과세처분이 일부 지체되었다고 하더라도 그 과세처분 과정을 보면 강동세무서장이 청구인에게 해명안내 자료를 발송하였다가 청구인의 이사로 처분청이 중랑세무서장으로 변경되는 등의 사정이 있었던 것으로 보이므로 처분청이 과세자료를 장기간 방치하여 청구인의 과세전적부심사 기회를 박탈하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.