청구인의 이 건 경정청구는 개정된 국세기본법상 경정청구기간 내에 있어 당초 처분에 대한 경정청구가 가능하다고 보아야 함
청구인의 이 건 경정청구는 개정된 국세기본법상 경정청구기간 내에 있어 당초 처분에 대한 경정청구가 가능하다고 보아야 함
[주 문] 서초세무서장이 청구법인에게 한 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 충청북도 진천군 OOO 등 토지 307,346.8㎡를 분리과세대상토지로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 경정청구를 제기한 경위는 아래와 같다. (가) 현재 서울고등법원(서울고등법원 2023누OOO 사건)에 소송중인 청구법인에 대한 종합부동산세 등 부과처분은 청구법인에 대한 2017년 귀속분부터 2019년 귀속분까지의 종합부동산세 등 부과처분으로 위 소송에서는 2020년 귀속 종합부동산세 등 부과처분은 다툼의 대상이 아니고, 이 건 심판청구는 2020년 귀속 종합부동산세 등 경정청구 거부처분에 대한 것으로 현재 서울고등법원에 소송중인 처분과는 다른 별개의 처분이다. (나) 위탁회사는 2011.2.8. 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 “산업입지법”이라 한다) 제16조 제1항 제3호 등에 따라 충청북도 진천군 OOO 등을 사업부지로 하는 OOO일반산업단지 조성사업(이하 “이 사건 사업”이라 한다)의 시행자로 선정되었고, 사업부지에서 산업단지를 조성하고 있으며, 청구법인은 쟁점토지에 관하여 2017.2.9. 위탁회사를 위탁자 및 수익자로, 청구법인을 수탁자로 하는 쟁점신탁계약을 체결하였고, 2017.2.9.부터 2017.2.15.까지 쟁점신탁계약을 원인으로 하여 쟁점토지의 소유권이전등기를 마쳤다.
(2) 종합부동산세법제11조에 의하면 지방세법 제106조 제1항 제3호 에 따른 재산세 분리과세대상토지는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니하는바, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상 토지에 해당한다. (가) 종합부동산세법제11조 및 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다) 제106조 제1항 제3호 사목 및 같은 법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법 시행령”이라 한다) 제102조 제7항 제4호에 의하면도시개발법제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 산업입지법 제21조 제1항 제1호 (이하 “쟁점의제규정”이라 한다)는 산업단지지정권자가 산업입지법 제18조 및 제19조의2에 따라 산업단지개발실시계획을 승인 또는 변경승인한 경우, 해당 산업단지 조성사업시행자는 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로 의제된다고 규정되어 있다. 이에 쟁점의제규정에 따라 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로 의제된 위탁회사에 의하여 도시개발사업에 제공된 쟁점토지는 재산세 분리과세대상이라고 보아야 한다. (나) 조세심판원은 이미 이 건과 사실관계 및 쟁점이 유사한 사안에서 합동회의를 개최하여 산업단지 조성용 토지를 재산세 분리과세대상으로 분류해 온 입법취지, 지방세법령의 개정 연혁, 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제4호 및 쟁점의제규정의 문언, 국토개발 관련 인허가의제대상에 대한 세법상 취급에 관한 조세심판원의 선결정례 및 불합리한 과세문제 해소의 필요성 등 제반사정을 종합적으로 고려하여 쟁점의제규정에 따라 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로 의제된 자가 도시개발사업에 제공한 토지는 재산세 분리과세대상에 해당한다고 판단(조세심판관 합동회의 2021지893, 2022.10.21.)하였고, 위 합동회의 결정 이후에도 같은 취지로 거듭 판단(조심 2021지2405, 2023.3.31., 조심 2021지844, 2023.4.11. 등)하였음에도 처분청은 합리적인 이유없이 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
(3) 이 건 거부처분은 아래와 같은 사유로 위법하다. (가) 신탁회사에 위탁된 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 재산세 분리과세대상으로 분류되어 오던 중 입법불비로 인하여 불합리하게 재산세 분리과세대상에서 제외되어 있어 조세심판원은 쟁점의제규정을 적용하여 이러한 과세상 불합리를 시정하였다. (나) 당초부터 산업단지 조성용 토지가 그 사업시행자가 소유하고 있는 토지인지, 혹은 신탁된 토지인지를 막론하고 재산세 분리과세대상으로 취급되어야 한다는 것이 재산세 분리과세제도의 입법취지에 부합함에도 각 지방자치단체장들은 대법원 판례(대법원 2019.10.31. 선고 2016두50754 판결)를 기계적으로 적용하여 과세를 하였는데, 이러한 불합리를 개선하기 위하여 행정안전부는 2020.12.31. 대통령령 제31343호로 지방세법 시행령제102조 제7항 제5호를 개정하면서 산업단지개발사업시행자가 소유하고 있는 토지에 한하여 재산세 분리과세대상으로 분류하도록 한 시행령 문언을 삭제하였고, 이러한 개정취지에 비추어 보더라도 산업단지 개발사업을 위하여 신탁회사에 신탁된 토지를 종합부동산세 과세대상으로 보아서는 아니된다. (라) 이를 구체적으로 살펴보면 산업단지지정권자가 산업입지법 제18조 및 제19조의2에 따라 산업단지개발실시계획을 승인 또는 변경승인한 경우 해당 산업단지 조성사업시행자는 쟁점의제규정에 따라 도시개발법제11조에 따른 사업시행자로 의제되고, 산업단지지정권자로부터 산업단지개발실시계획을 승인·변경승인 받은 사업시행자가 사업에 제공한 토지는 도시개발법제11조에 따른 도시개발사업자가 도시개발사업에 제공하는 토지로서 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 사목 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제4호에 따라 재산세 분리대상에 해당하며, 위탁회사는 도시개발법제11조의 사업시행자로 의제된 자이므로 쟁점토지는 구 지방세법 시행령 제102호 제7항 제4호에 따른 재산세 분리과세대상 토지에 해당한다. (마) 이 사건 사업의 당초 산업단지지정권자였던 충청북도 진천군수는 2010.1.29. 이 사건 사업에 관한 개발실시계획을 승인·고시하였고, 사업면적이 확대됨에 따라 산업단지지정권자인 충청북도지사는 2014.5.23. 개발실시계획을 변경승인·고시하였으며, 조세심판원은 합동회의에서 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인·허가에 대하여 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 지방세법이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단하여 왔는데 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점의제규정 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보인다고 판단한 바 있다. 또한 이 건의 경우 산업단지 지정권자와 도시개발법 제11조 의 사업시행자 지정권자가 동일하여 관계 행정기관장 간의 협의를 상정할 수 없고, 충청북도지사가 두 권한을 가지고 있는 상황에서 협의할 둘 이상의 행정기관 자체가 없는 상황이었으므로 명시적인 협의절차가 없어도 위탁회사는 도시개발법상 사업시행자로 의제되는 것으로 보아야 할 것이며, 조세심판원 역시 쟁점의제규정에 따른 산업단지지정권자와 도시개발법 제11조 의 사업시행자가 같았던 사안(조심 2021지2405, 2023.3.31.)에서 쟁점토지와 마찬가지로 쟁점의제규정에 따라 도시개발사업 시행자로 의제된 자가 부동산신탁사에 제공한 토지는 관계 행정기관간의 명시적인 협의절차 없이도 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제4호 에 따른 재산세 분리과세대상에 해당한다고 판단하였다. (바) 이 사건 사업은 대단위 토지의 형질변경을 수반하는 국토개발사업에 해당하므로 국토계획법제56조의 개발행위허가를 얻거나 면제받아야만 추진할 수 있고, 산업단지 개발사업 실시계획 승인과 도시개발사업시행자 지정의 요건이 상당부분 동일하다는 점, 위탁회사는 쟁점의제규정에 따라 도시개발사업시행자로 의제되었음을 전제로 개발행위허가를 면제받아 토지형질변경을 수반하는 이 사건 사업을 추진해 왔다는 점 등을 보더라도 쟁점토지는 재산세 분리과세대상임이 명백하다. (사) 처분청은 관련 부서간 협의가 있어야 쟁점의제규정에 따른 인허가 의제효과가 발생한다는 의견이나, 조세심판원은 산업단지지정권자가 의제되는 인허가에 대한 명시적 협의요청을 하지 않았더라도 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 쟁점의제규정에 따라 인허가의제의 효력도 발생한 것으로 보아야 한다고 판단하면서 인허가의제사항에 대한 관계 행정기관과의 협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 내부절차에 불과한 것이므로 주된 인허가 결정 및 고시되었다면 주된 인허가 당시 이미 인허가가 의제되는 사항에 대한 관계 행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관이 공식적인 의견을 제출하지 않은 것으로 보는 것이 타당하다고 판단하였고, 이 건의 경우 산업단지지정권자인 충청북도지사는 도시개발사업 시행자 지정 관련 부서인 충청북도 균형발전과에 주된 인허가인 산업단지개발실시계획에 대한 협의요청을 하였고, 쟁점의제규정에 따라 위탁회사는 도시개발사업시행자로 의제된 것으로 보는 것이 타당하므로 쟁점토지는 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니한다.
① 본안심리 대상인지 여부
② 쟁점토지는 위탁회사에 의하여 도시개발사업에 제공된 토지로서 쟁점의제규정에 따라 재산세 분리과세대상이므로 부동산신탁회사인 청구법인이 제기한 종합부동산세 등에 대한 경정청구 거부처분(부작위)은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로 개정된 것) 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.
④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.
⑥ 종합부동산세법 제7조 및 제12조에 따른 납세의무자로서 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자” 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”는 “과세기준일이 속한 연도에 종합부동산세를 부과ㆍ고지받은 자”로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “종합부동산세의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “납부고지서에 기재된 과세표준 및 세액”으로 본다. 제55조(불복) ⑨ 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다. 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
1. 제45조의2 제1항이 준용되는 경우: 이 법 시행 전에 종합부동산세 납세의무가 성립한 자로서 이 법 시행 당시 종합부동산세 납부기한이 지난 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우
2. 제45조의2 제2항이 준용되는 경우: 이 법 시행 당시 종합부동산세 납부기한이 지난 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우로서 이 법 시행 이후 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우
(2) 종합부동산세법(2020.12.29. 법률 제17760호로 개정되기 전의 것) 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자
(3) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
③ 신탁법에 따른 신탁재산에 속하는 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지의 합산 방법은 다음 각 호에 따른다.
1. 신탁재산에 속하는 토지는 수탁자의 고유재산에 속하는 토지와 서로 합산하지 아니한다.
2. 위탁회사별로 구분되는 신탁재산에 속하는 토지의 경우 위탁회사별로 각각 합산하여야 한다. 제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.
3. 신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우: 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다. (4) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것) 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다.
4. 도시개발법 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 토지구획정리사업법(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.
5. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조 에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지
(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2016.12.20. 법률 제14449호로 개정된 것) 제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.
3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자
5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의2에 따라 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자
③ 제1항에 따른 사업시행자는 산업단지개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 산업단지개발사업의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 대행하게 할 수 있다. 다만, 제1항 제2호부터 제6호까지의 규정에 따른 사업시행자는 해당 산업단지지정권자의 승인을 받아야 한다. 제21조(다른 법령에 따른 인ㆍ허가등의 의제 등) ① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 “실시계획승인권자”라 한다)이 제17조, 제17조의2, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다.
1. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 및 도시개발법 제11조 에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가
(6) 산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법(2020.6.9. 법률 제17453호로 개정되기 전의 것) 제10조(관계 기관 협의) ① 지정권자는 산업단지계획을 수립 또는 승인하기 위하여 관계 행정기관의 장과 협의하는 경우 산업단지계획 승인에 필요한 관련 분야의 협의절차를 동시에 착수하여야 한다. 다만, 제8조 제3항 각 호 외의 부분 단서에 따라 지정권자가 제출기한을 정하여 따로 제출받은 서류에 관하여는 민간기업등으로부터 제출받은 경우 지체 없이 이를 협의하여야 한다.
② 관계 행정기관의 장은 협의를 요청받은 날부터 10일(근무일 기준) 이내에 의견을 회신하여야 한다. 다만, 군사기지 및 군사시설 보호법에 따른 협의기간은 15일(근무일 기준) 이내로 한다.
③ 관계 행정기관의 장이 제2항의 기한 내에 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다.
④ 관계 행정기관의 장은 지정권자에게 관련 서류의 보완을 1회에 한하여 요청할 수 있으며, 지정권자가 관련 서류를 보완하는 기간은 협의기간에 포함하지 아니한다.
(7) 신탁법(2014.1.7. 법률 제12193호로 개정된 것) 제2조(신탁의 정의) 이 법에서 “신탁”이란 신탁을 설정하는 자(이하 “위탁회사”라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 “수탁자”라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁회사가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 “수익자”라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.
(8) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
11. “도시ㆍ군계획사업”이란 도시ㆍ군관리계획을 시행하기 위한 다음 각 목의 사업을 말한다.
1. 건축물의 건축 또는 공작물의 설치
2. 토지의 형질 변경(경작을 위한 경우로서 대통령령으로 정하는 토지의 형질 변경은 제외한다)
(1) 쟁점토지와 관련된 이 사건 사업의 진행경과는 다음과 같다. (가) 위탁회사는 충청북도 진천군 OOO 일원 123,288㎡에 OOO산업단지 조성을 위하여 2011.2.8. 충청북도 진천군수로부터 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지조성사업의 시행자로 지정받은 후[2014.5.23. 충청북도지사로부터 산업단지 면적 변경(123,288㎡ → 611,283㎡) 및 유치업종의 변경 등에 관한 승인을 받았음], 2015.11.20. 쟁점토지에 대한 수용재결을 신청하고, 순차적으로 수용재결이 이루어져 2017년 4월경 수용재결이 완료되었다. (나) 위탁회사는 2017.2.9. OOO산업단지 조성을 위한 자금대출을 위하여 쟁점토지를 청구법인에 신탁하는 계약(아래 <표2> 참조)을 체결하고, 이에 따라 2017.2.9.부터 2017.2.15.까지 청구법인에 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 경료하여 주었다. <표2> 쟁점신탁계약의 주요내용
(2) 청구법인에 대한 종합부동산세 등 부과처분 경과는 아래와 같다. (가) 삼성세무서장과 처분청이 쟁점토지에 대하여 종합부동산세 등을 부과한 내역은 아래 <표3>과 같고, 청구법인은 이에 대하여 심판청구를 제기하였으나 우리 원은 종합부동산세 2020년 귀속분은 심판청구기간이 경과하였음을 이유로 각하결정을, 나머지 귀속분에 대해서는 기각결정(2021서5792, 2022.5.30.)을 하였다. <표3> 청구법인에 대한 종합부동산세 등 부과처분 내역 (나) 청구법인은 종합부동산세 등 2017년 귀속분부터 2020년 귀속분까지 과세처분에 대한 행정소송(서울행정법원 2023.9.12. 선고 2022구합OOO 판결)을 제기한 결과, 법원은 이 사건 각 토지의 수탁자이자 소유자로서 납세의무자인 원고가 이 사건 사업의 시행자가 아닌 이상, 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 사목, 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호 가 적용된다고 볼 수 없고, 이 사건 위탁회사가 도시개발법 제11조 에 따른 사업시행자로의 지정이 의제되었다고 보기 어려우므로 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제4호 가 적용된다고 볼 수 없다고 판결하여 패소하였고, 현재 서울고등법원에서 2심 소송진행 중(2020년 종합부동산세 부과처분에 대한 소는 취하)이다. (다) 청구법인은 2022.12.31. 법률 제19189호로 개정된국세기본법에서 신설된 제45조의2 제6항(종합부동산세 납세의무자로서 법 시행일인 2023.4.1. 당시 종합부동산세 납부기한으로부터 5년이 경과하지 않은 납세자에게 경정청구를 허용)을 근거로 하여 2017년 귀속분부터 2020년 귀속분 종합부동산세 등 부과처분에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 경정청구 처리결과를 통지하지 아니하였다. (라) 이에 대하여 청구인은 2020년 귀속 종합부동산세 등에 대한 심판청구를 제기하면서 이 건 심판청구는 경정청구 거부처분에 대한 심판청구이므로 당초 처분과 다른 처분에 대한 심판청구라며 심판청구를 제기하였는데, 심판청구대상인 과세표준과 세액과 쟁점토지가 분리과세대상이라는 청구취지는 동일하다. (3) 지방세법령 등 개정 연혁은 아래와 같다. (가) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법제107조 제2항 제5호는 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우에는 위탁자가 재산세를 납세할 의무가 있다고 규정하고 있었는데, 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 지방세법제107조 제1항 제3호는 신탁재산의 수탁자가 재산세를 납세할 의무가 있다고 규정하였다가, 2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 지방세법제107조 제2항 제5호는 다시 위탁자가 재산세를 납부할 의무가 있고 당해 신탁재산을 소유하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있다. (나) 재산세 분리과세대상 토지에 대하여 규정한 지방세법 제106조 제1항 제3호 에 따라 위임된 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호 는 2020.12.31. 대통령령 제31343호로 아래 <표4>와 같이 개정되었다. <표4> 지방세법 시행령 제102조 제7항 제5호 개정 사항 2020.12.31. 개정 전 2020.12.31. 개정 후
5. 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지
5. 산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지
(4) 조세심판관 합동회의 (2021지893, 2022.10.21.) 결정의 주요내용을 보면, 2016〜2019년 재산세 과세기준일 현재 신탁회사인 법인이 신탁받아 소유하고 있던 토지에 부과한 재산세에 관하여, ① 인허가와 관련하여 어떠한 문제도 없이 이 건 산업단지 조성사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 동 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라, 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 지방세법 시행령제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다고 판단, ② 쟁점토지는 주식회사 00이 청구법인에게 신탁하여 도시개발사업에 제공되고 있는 토지로서 재산세 분리과세대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 우리 원은 당초 처분에 대하여 청구인이 제기한 심판청구 시 심판청구기간이 경과하였다는 이유로 각하결정을 하여 그에 대한 본안판단을 한바 없고, 당초 처분과 경정청구에 대한 심판청구를 중복청구로 보아 각하하는 것은 정부부과세목인 종합부동산세에 대하여 납세자의 권리구제를 확대하기 위하여 5년의 경정청구기간을 부여하는 것으로 개정된국세기본법(제45조의2 제6항 신설, 2022.12.31. 개정)의 취지와도 부합하지 않는 점, 청구인의 이 건 경정청구는 개정된 국세기본법상 경정청구기간 내에 있어 당초 처분에 대한 경정청구가 가능하다고 보아야 할 것인 점 등에 비추어 이 건은 본안심리 대상이라고 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 위탁회사가 산업단지지정권자로부터 산업단지개발실시계획 변경승인을 받을 때 산업단지 지정권자가 쟁점의제규정의 도시개발법 제11조 의 사업시행자의 지정 등에 관하여 미리 협의하거나 승인을 받은바 없어 위탁회사가 도시개발법 제11조 의 사업시행자로의 지정이 의제되었다고 보기 어려우므로 쟁점토지는 도시개발사업에 제공된 토지라고 볼 수 없어 재산세 분리과세대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 지방세법 제106조 제1항 제3호 는 제산세 분리과세대상 토지를 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제102조 제7항 제4호 는 도시개발사업의 시행자가 도시개발사업에 제공하는 토지는 재산세 분리과세대상이라고 규정하면서, 토지의 소유가 아닌 도시개발사업에 제공되고 있는지의 여부에 따라 분리과세대상인지 여부를 판단하도록 하고 있는바, 위탁회사는 산업입지법에 따라 산업단지개발실시계획을 승인받았고, 이 건의 경우 산업단지개발실시계획 변경승인 당시 산업단지 지정권자(충청북도지사)와 도시개발사업시행자 지정권자가 동일하여 쟁점의제규정상 관계기관이 존재하지 않으며, 산업단지지정관련 소관부서인 산업단지관리과는 도시개발사업시행자 지정 관련 소관부서인 충청북도 균형발전과에 주된 인허가인 산업단지개발실시계획에 대한 협의요청을 한 것으로 보이고, 산업단지지정관련 소관부서인 산업단지관리과가 의제되는 인허가에 대하여 명시적 협의요청을 하지 않았다 하더라도 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 쟁점의제규정에 따라 인허가 의제의 효력도 발생한 것으로 보아야 할 것이므로 위탁회사는 쟁점의제규정에 따라 도시개발사업 시행자로 의제되었고 도시개발사업 시행자인 위탁회사에 의하여 도시개발사업에 제공된 쟁점토지는 재산세 분리과세대상에 해당하는 점, 우리 원은 산업단지조성용 토지를 재산세 분리과세대상으로 한 입법취지, 지방세법령 개정연혁, 국토개발 관련 인허가의제대상에 대한 우리원의 선결정례, 불합리한 과세문제 해소 등을 들어 쟁점의제규정에 따라 도시개발사업시행자로 의제된 자가 도시개발사업에 제공한 토지는 재산세 분리과세대상에 해당한다고 결정하면서 산업단지지정권자가 의제되는 인허가에 대한 명시적 협의요청을 하지 않았더라도 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 쟁점의제규정에 따라 인허가의제의 효력도 발생한 것으로 보아야 한다고 판단하였던 점(조심 2021지893, 2022.10.21. 합동회의) 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.