[요지] 조특법§97의4에 따라 양도차익에서 차감하는 장기보유특별공제액 산정시 추가 공제율 10%를 적용하는 과세특례도 소득공제와 유사한 것으로서 조세감면에 해당한다고 해석함이 타당
[요지] 조특법§97의4에 따라 양도차익에서 차감하는 장기보유특별공제액 산정시 추가 공제율 10%를 적용하는 과세특례도 소득공제와 유사한 것으로서 조세감면에 해당한다고 해석함이 타당
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 신축주택 과세특례규정(조특법 제99조의3)은 쟁점중복배제규정에서 중복적용 배제 대상으로 규정한 양도소득세의 ‘감면규정’에 해당하나, 장기임대주택 과세특례규정(조특법 제97조의4)은 장기보유특별공제로서 조세감면 유형 중 하나인 ‘소득공제’가 아니므로 ‘감면규정’에 해당하지 않는다. (가) 처분청은 조특법 제2조(정의) 제1항에서 ‘조세특례’를 ‘일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다’고 정의하고 있고, 장기임대주택 과세특례규정(조특법 제97조의4) 또한 양도소득금액을 줄이는 효과를 가지고 있으며 그 실질이 양도소득세가 경감되는 ‘소득공제’로서 쟁점중복배제규정이 적용된다는 주장이다. (나) 그러나 위 같은 조 제2항은 “제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다.” 규정되었으므로, 위에 열거되지 않은 ‘장기보유특별공제’는 소득세법 제95조 제1항을 따라야 할 것이며, 같은 법 제90조(양도소득세의 감면)에서는 위 조특법의 조세감면 중 ‘세액감면’은 제1항, ‘소득공제’는 제2항에서 ‘양도소득세 감면’으로 명확하게 규정하고 있다. (다) 따라서 처분청이 소득세법의 명문 규정과 달리 자의적으로 장기보유특별공제를 ‘소득공제’로 간주하여 조특법 제2조 ‘조세감면’과 소득세법 제90조 ‘양도소득세 감면’에 해당한다고 주장하는 것은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 허용되지 아니한다는 세법해석의 원칙에 위반한 것이다.(대법원 2004.5.28. 선고 20023두7392 판결 참조) (라) 조특법에서는 조세부담을 줄이는 효과를 통칭하여 ‘과세특례’라 하고, 그 하위범주로 과세이연, 분할납부, 세율, 장기보유특별공제, 감면 등을 규정하여 ‘감면’과 ‘장기보유특별공제’는 별개로 구분하고 있다. 즉 과세특례규정 각 조의 제목에서 ‘감면’으로 표기된 경우에는 그 내용에서 ‘세액감면’과 ‘소득감면’만 포함하고 장기보유특별공제는 포함되지 않는 것을 확인할 수 있다. 예컨대 제98조의3(미분양주택 취득자 양도세 과세특례)은 세액(소득)감면과 장기보유특별공제 모두 지원하는데, 제목이 ‘감면’이 아닌 점에 비추어 감면은 장기보유특별공제를 포괄하지 않는 것이다. 한편 제127조 제9항은 제98조의2와 제98조의3 중 하나를 선택 적용하도록 규정하는데, 납세자가 제98조의3을 선택한 경우 ‘소득감면’과 ‘장기보유특별공제’를 동시에 적용받을 수 있으며, 제98조의2 선택 시 장기보유특별공제와 특례세율(조세감면)도 동시 적용 가능한 사례이다. ＜표1＞ 조특법상 양도소득세 과세특례규정(청구인 제시) 제43조 구조조정대상 부동산 취득자에 대한 양도세 감면 → 세액감면, 소득감면 제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도세 감면 → 세액감면 제77조의2 대토보상에 대한 양도세 과세특례 → 세액감면이나 과세이연 선택 제77조의3 개발제한구역 지정 매수대상 토지등에 대한 양도세 감면 → 세액감면 제97조의2 신축임대주택에 대한 양도세 감면 특례 → 세액면제 제97조의3 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도세 과세특례 → 장특공제 제97조의4 장기임대주택에 대한 양도세 과세특례 → 장특공제 제97조의5 장기임발임대주택에 대한 양도세 감면 → 세액감면 제97조의7 임대사업자에게 양도한 토지에 대한 과세특례→ 세액 감면 제98조의2 지방미분양주택 취득 양도세 등 과세특례 → 장특공제, 세율 제98조의3 미분양주택 취득자 양도세 과세특례 → 세액(소득)감면, 장특공제 등 (중략) 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도세 과세특례 → 소득감면
(2) 양도소득세 계산구조상 장기보유특별공제는 감면대상소득금액에서 차감하는 형식의 소득공제인 ‘감면’에 해당하지 않는다. (가) 소득세법제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)에 규정된 장기보유특별공제 계산시 ‘양도차익’에서 보유기간별로 일정비율을 공제하여 양도소득금액을 산정하는 형식으로 이는 양도소득금액 산정 이전 단계이므로, 이미 산정된 양도소득금액에서 차감하는 형식인 소득공제의 ‘소득감면’과 다름을 알 수 있다. (나) 소득세법제90조(양도소득세액의 감면)는 양도소득세의 감면에 대하여 2가지 유형으로 나누어 산출세액에서 감면 대상의 세액을 공제하는 ‘세액감면’과 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 형식인 소득공제 방식의 ‘소득감면’을 규정하고 있다. (다) 소득세법집행기준 90-0-1(양도소득세 감면을 세액감면과 소득공제 방식으로 이원화)에서도 양도소득금액에서 차감하는 조특법상 소득공제 방식의 양도소득세 감면 적용대상에 조특법 제99조의3은 열거되어 있으나, 같은 법 제97조의4(장기임대주택 과세특례규정)는 열거되어 있지 않은 점을 볼 때 장기임대주택 과세특례규정은 ‘소득공제’ 방식의 ‘감면규정’이 아님을 알 수 있다.
(3) 장기보유특별공제는 농어촌특별세가 부과되지 않는다는 점을 보더라도 ‘감면규정’에 해당하지 않는다. (가) 농어촌특별세법제5조 제1항 제1호는 조특법에 따라 감면을 받는 소득세의 ‘감면세액’을 과세표준으로 하여 100분의 20세율을 적용하고, 제3호는 ‘비과세’ 및 ‘소득공제’를 받는 경우 대통령령으로 계산한 방법에 의해 제1호를 적용하도록 규정되어 있어서, 감면세액, 비과세, 소득공제만을 과세대상으로 한다. 실무에서도 감면규정인 신축주택 과세특례규정의 경우 농어촌특별세가 부과되고 있으나, 장기임대주택 과세특례규정은 농어촌특별세가 부과되지 않고 있다. (나) 처분청의 주장과 같이 장기임대주택 과세특례규정을 감면규정으로 본다면 농어촌특별세가 과세되어야 마땅하나 과세되지 않는 점을 볼 때 장기임대주택 과세특례규정은 ‘소득공제’에 해당하지 않아 쟁점중복배제규정에 따른 ‘감면규정’에 해당하지 않는 것이다.
(4) 쟁점중복배제규정인조특법 제127조 제7항은 양도소득세의 감면규정 중복배제를 포괄규정하고 있으나, 동시에 같은 제127조 별도 항인 제9항, 같은 법 제97조의3 제2항, 같은 법 제97조의5 제2항의 개별규정에서 장기보유특별공제와 관련하여 중복적용을 배제한다고 별도 규정하고 있는 점을 감안할 때 포괄규정인 쟁점중복배제규정만을 근거로 장기보유특별공제를 감면규정으로 보아 중복적용을 배제할 수 없기 때문이다. 앞서 주장대로 제127조 제9항은 제98조의2와 제98조의3 중 하나를 선택 적용하도록 규정되어 있는데, 장기보유특별공제는 제98조의2에서는 세율(조특법상 조세감면), 그리고 제98조의3에서는 소득감면과 동시적용이 가능한 것을 의미하는데, 이 역시 장기보유특별공제가 소득공제인 감면규정이 아닌 것을 증명하는 것이다. ＜표2＞ 조특법상 양도소득세 중복적용 배제 조항 비교(청구인 제시) 조특법 규정 대상자산 중복적용 배제 대상 조문 과세특례형식 제127조 제7항 토지등 포괄조항 감면규정 제8항 토지등 제77조 감면규정 제85조의7 세액이연 제9항 주택 제98조의2 특례세율·장특공제 제98조의3 감면규정·장특공제 제97조의3 제2항 주택 제97조의3 장특공제 제97조의4 장특공제97조의5 제2항 주택 제97조의5 감면규정 제97조의3 장특공제 제97조의4 장특공제
(5) 조세심판원도 심판례에서 ⅰ) 지원목적이 다른 별개의 제도로서, ⅱ) 중복을 배제하는 명문의 규정이 없고, ⅲ) 설령 양 규정이 중복적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세 되어 중복되지 않는 경우에는 중복적용이 가능하다고 판단한 바(국심 2006서2199, 2007.1.25.) 있다.
(1) 청구인은 장기임대주택 과세특례규정과 신축주택 과세특례규정을 함께 적용하는 것이 조특법 제127조(중복지원 배제)에 위배되지 않는다고 주장하나, 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 조특법 제127조 제7항은 ‘거주자 토지 등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다’고 명문화 하고 있고, 조세법률주의에 따라 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수). (나) 조특법 제127조 제7항은 중복적용 배제와 관련한 일반규정이고, 이와 달리 조특법 제97조의3 제2항과 제97조의5 제2항은 당초 중복적용이 배제됨에도 이를 명시적으로 확인하는 예시적인 규정으로 보아야 한다. 청구인의 주장과 같이 개별적인 중복적용배제 규정을 근거로 그 외의 중복적용 배제를 부인한다면, 조특법 제127조 제7항은 형해화 될 수 밖에 없다. 이에 따라 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-182, 2019.2.20.)와 심판례(조심 2022소2455, 2022.12.29.)에서도 장기임대주택 과세특례규정에 대하여 중복적용 배제규정을 적용하여야 하는 것으로 판단하였다.
(2) 또한, 청구인은 감면계산 형식이나 농어촌특별세 부과여부와 관련하여 조특법 제127조 적용여부를 다투고 있는데 이는 단순히 계산방식의 차이일 뿐이고, 양도소득세 과세특례가 유사한 성질을 가지고 결과적으로도 양도소득세 감면이라는 결과를 가져온다면 법률에 규정된 중복지원이 배제되어야 하는 것이다.
(3) 마지막으로 청구인은 장기보유특별공제는 조특법 제127조 제7항에 따른 감면규정 대상이 아니라고 주장하나, 조특법 제2조에서 ‘조세특례’를 ‘일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다’고 정의하고 있고, 장기임대주택 과세특례규정(조특법 제97조의4) 또한 양도소득금액을 줄이는 효과를 가지고 있으며 그 실질이 양도소득세가 경감되는 소득공제로서 조특법 제127조 제7항이 적용되는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인이 쟁점부동산 양도와 관련하여 신고 및 경정청구 한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점부동산 양도 관련 신고 및 경정청구 내역 (나) 쟁점부동산의 양도거래는 조특법 제97조의4(장기임대주택 과세특례규정)와 같은 법 제99조의3(신축주택 과세특례규정)의 요건을 충족하는 것으로 보이고 이에 대하여 청구인과 처분청간 다툼이 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법 제97조의4와 같은 법 제99조의3은 같은 법 제127조 제7항에도 불구하고 중복하여 적용되어야 한다고 주장하나, 조특법 제2조(정의) 제8호는 ‘조세특례’는 조세감면과 중과세를 말한다고 정의하면서 조세감면의 범위에 ‘특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등’을 열거하고 있는 바, 조특법 제97조의4에 따라 양도차익에서 차감하는 장기보유특별공제액 산정시 추가 공제율 10%를 적용하는 과세특례도 위 규정의 소득공제와 유사한 것으로서 조세감면에 해당한다고 해석함이 타당하므로, 처분청이 조특법 제127조 제7항에 따라 조세감면의 중복적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞
(1) 조세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “조세특례”란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입(損金不算入) 등의 중과세(重課稅)를 말한다.
② 제1항에 규정된 용어외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다. 제97조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의4(장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택, 공공주택 특별법 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 임대기간 추가공제율 6년 이상 7년 미만 100분의 2 7년 이상 8년 미만 100분의 4 8년 이상 9년 미만 100분의 6 9년 이상 10년 미만 100분의 8 10년 이상 100분의 10
② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의5(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 감면) ① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 2018년 12월 31일까지 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호의 민간매입임대주택 및 공공주택 특별법 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것
2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것
3. 임대기간 중 제97조의3 제1항 제2호의 요건을 준수할 것
② 제1항에 따른 세액감면은 제97조의3의 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 및 제97조의4의 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제98조의2(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례) ① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “지방 미분양주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조 제1항 제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.
1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액
2. 세율: 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따른 세율
② 법인이 지방 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 법인세법 제55조의2 제1항 제2호 및 제95조의2를 적용하지 아니한다. 다만, 미등기양도의 경우에는 그러하지 아니하다.
③ 부동산매매업을 경영하는 거주자가 지방 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 종합소득산출세액은 소득세법 제64조 제1항에도 불구하고 같은 법 제55조 제1항에 따른 종합소득산출세액으로 한다.
④ 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 과세표준확정신고와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택
2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택
③ 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제1항 제3호의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.
1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 소득세법 제95조 제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액
2. 세율: 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따른 세율
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제127조(중복지원의 배제) ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.
⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.
(2) 소득세법 제90조(양도소득세액의 감면) ① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 다음 계산식에 따라 계산한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 감면한다.
② 제1항에도 불구하고 조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다.
(3) 농어촌특별세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자 제5조(과세표준과 세율) ①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 조세특례제한법,관세법,지방세법및지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액: 세율 100분의 20
(4) 소득세법 제90조(양도소득세의 감면) 집행기준 90-0-1(양도소득세 감면을 세액감면과 소득공제방식으로 이원화) (원칙-세액감면) 소득세법 및 다른 법률에 규정된 감면소득금액에 대해서는 먼저 산출세액을 구한 후 그 세액에 감면소득금액에서 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 과세표준에서 차지하는 비율 및 감면율을 각각 곱한 금액을 감면세액으로 계산 (예외-소득공제)조세특례제한법1)에 따른 소득공제 감면방식2)은 소득공제상 감면세액 계산방식에 우선하여 적용3)됨
1. 조세특레제한법§43, §98의3, §98의5, §98의6, §98의7, §99, §99의2, §99의3
2. 소득공제 감면방식: 감면소득을 양도소득 과세표준에서 직접 차감 * 과세표준 = 양도소득금액-기본공제-조특법상 소득공제
3. 2013.1.1. 이후 신고, 결정 또는 경정하는 분부터 적용