장기임대주택(5호 이상, 10년 이상)에 해당하므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서 규정에 따라 양도소득세가 전액 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2021.1.18. ○○시 ○○구 OOO(이하 “이 건 주택①”이라 한다)를 직계비속에게 임대보증금 부담부증여하였고, 2021.2.3. ○○시 ○○구 OOO(이하 “이 건 주택②”라 한다)를 OOO원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 이 건 주택①･②주택의 임대기간을 10년 이상으로 보고, 이 건 주택①에 대하여 조세특례제한법 제97조의3 제1항 단서에 따른 장기보유특별공제율(70%)을 적용하고, 이 건 주택②에 대하여 조세특례제한법 제97조의3 제1항 단서에 따른 장기보유특별공제율(70%)과 같은 법 제97조의5 제1항에 따른 세액감면(100%)을 적용하여 양도소득세를 각 신고한 다음, 2022.5.25. 이를 합산하여 양도소득세를 OOO원으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 이 건 주택①･②의 임대기간을 8년 이상으로 보고, 조세특례제한법 제97조의3 제1항 본문에 따른 장기보유특별공제율(50%)을 적용하여, 2023.3.8. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1995.1.27. ○○시 ○○구 OOO 소재 2층 단독주택(이하 “구주택”이라 한다)을 매입하여 임대하다가, 2003.5.6. 건축허가 후 그 지상에 이 건 주택①･②가 포함된 4층의 다세대주택(5호)을 신축하였다.

(2) 청구인은 1995.1.1.~2000.12.31. 기간에 구주택을 매입한 즉시 5호 이상을 임대하였고, 그로부터 총 10년 이상 주택을 장기임대하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서 규정에 따라 양도소득세가 면제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 5호 이상 임대를 개시하여 10년 이상 장기임대를 하였다는 사실을 확인할 수 없다.

(1) 청구인은 1995.1.27. 구주택을 매매로 취득하여 임대를 시작하였다고 주장하나, 구주택의 폐쇄등기부등본을 보면, 최초등기일이 1959.3.30.로 확인되므로 동 주택은 조세특례제한법 제97조 의 감면대상주택인 1986.1.1.~2000.12.31. 기간에 신축한 주택에 해당하지 않는다.

(2) 또한, 청구인은 구주택을 a, b 및 c 등에게 임대하였다고 주장하나, 구주택은 2층의 단독주택으로서 4호 이상은 확인되지 않고, 임차인이라고 주장하는 b과 c도 청구인의 친족(모, 형제)으로 확인되는 등 임대 여부도 불분명하다. 주민등록상 청구인이 1999.5.21.부터 2003.6.13.까지 구주택에서 거주한 것으로 되어 있다.

• 가. 쟁점 5호 이상 주택을 10년 이상 장기임대하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서 규정에 따라 양도소득세가 전액 면제되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. 제97조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(민간임대주택에 관한 특별법제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지민간임대주택에관한 특별법제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 민간임대주택에 대한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서“장기일반민간임대주택”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 제97조의5(장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 감면) ① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 2018년 12월 31일까지 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호의 민간매입임대주택 및공공주택 특별법제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것

2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것

3. 임대기간 중 제97조의3 제1항 제2호의 요건을 준수할 것

② 제1항에 따른 세액감면은 제97조의3의 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 및 제97조의4의 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조 제5항 에 따른 임대사업자 등록증 또는 공공주택 특별법 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 주민등록법 제29조 제1항 에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 임대사업자 등록사항에 의하면, 청구인은 2004.2.9. 이 건 주택①･②를 포함한 신축주택 5호를 임대주택으로 최초 등록한 다음, 임대의무기간(5년) 종료시점인 2009.5.26. 5년 임대주택으로 재등록하였고, 2017.10.12. 이를 준공공임대주택으로 변경하였다.

(2) 청구인은 1995.1.27. 구주택을 매입하여 5호 이상을 임대하였다며, 구주택의 폐쇄등기부 및 주민등록기록 등을 제출하였다. (가) 폐쇄등기부에 의하면, 구주택은 1959.3.30. 최초로 등기가 접수되었으며, 그 구조는 2층 단독주택으로서 1층 면적은 71.90㎡, 2층 면적은 29.75㎡이고, 1995.1.27. 현재 1층 47.94㎡에는 전세권(a, 전세금 OOO원)이 설정되어 있다. (나) 한편, 주민등록 기록에는 b이 1995.10.23.부터 2002.12.12.까지, c이 1999.9.27.부터 2003.10.10.까지 구주택에 주소를 둔 것으로 되어 있다.

(3) 청구인은 2024.12.5. 개최된 조세심판관 회의에 참석하여, 이 건 주택①･② 외에 주택 1가구를 추가로 임대하였다며 그에 관한 보충자료를 제출하였으며, 이에 의하면, 청구인은 1998.3.21. ○○시 ○○구 ○○동 OOO를 취득하였고, 동 주택에서 d이 1998.4.3.부터 2000.3.2.까지 거주한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1995.1.27. 구주택을 매입하여 임대하는 등 5호 이상을 10년 이상 장기임대하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서 규정에 따라 양도소득세가 전액 면제되어야 한다고 주장하나, 동 규정은 거주자가 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간에 신축된 국민주택 규모(전용면적 85㎡, 다가구주택은 가구당 전용면적 기준) 주택 5호 이상을 2000.12.31. 이전에 임대개시하고, 이를 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우를 그 적용대상으로 삼고 있는데, 구주택은 감면대상 주택에 해당하지 아니하고, 달리 청구인이 국민주택 규모 주택 5호 이상을 10년 이상 임대하였다고 볼 만한 객관적 입증자료가 제시되지 아니하였으므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.