조세심판원 심판청구 양도소득세

일부 세대원이 가정불화로 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 보아 거주기간에 포함하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2024-서-2734 선고일 2025.04.08

일부 세대원이 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 보아 이를 거주기간에 포함하여 장기보유특별공제액을 산정함이 타당함

[주 문] AAA세무서장이 2024.2.26. 청구인들에게 한 2023년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인 B와 그 배우자인 청구인 A(청구인 B와 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)는 2006.11.1. 서울특별시 AAA구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 공동 명의(각 1/2 지분)로 취득하여 2023.8.3. 이를 양도한 후, 2023년 귀속 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제율 48%[보유기간공제율 40%, 거주기간공제율 8%(2년)]를 적용하였다.
  • 나. 이후 청구인들은 2024.2.1. 일부 세대원(청구인 B와 그 자녀 C)이 가정불화로 인하여 쟁점주택에 미거주한 기간(2014.6.27.〜2020.11.10.)을 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제 거주기간별 공제액 계산 시 거주기간에 포함되는 것으로 보아 거주기간공제율을 36%(9년)로 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다.
  • 다. 처분청은 청구인들의 위 경정청구를 검토한 결과, 일부 세대원이 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 인정할 수 없다고 보아, 2024.2.26. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.
  • 라. 청구인들은 이에 불복하여 2024.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 배우자는 거주자와 사실상 동거하고 생계를 같이하는 경우에만 거주자와 동일한 세대를 구성하는 것이 아니라 배우자라는 사실만으로 거주자와 1세대를 구성하므로 부부관계에 있는 청구인들은 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 1세대를 구성하고 있고(대법원 1998.5.29. 선고 97누19465 판결 참조), 1세대 1주택의 양도에 대하여 국가가 비과세 등 혜택을 주는 취지는 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것으로서 1세대가 국내에 소유하고 있는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻기 위함이거나 단기적인 투기를 목적으로 일시적으로 거주 또는 소유하다가 양도하는 경우가 아닌 한 그 양도소득에 대하여 혜택을 줌으로써 국민 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는데 있다. 이 건의 경우 쟁점주택 취득과정과 경매 위기 등을 고려하면 청구인 B가 배우자인 청구인 A 모르게 퇴사하고 대출을 받는 등의 이유로 가정불화가 발생하여 별거하였음이 확인되는데, 부부가 별거하였다고 하여 거주요건을 충족하지 못한 것으로 보는 것은 국가가 국민의 사생활을 지나치게 간섭하는 면이 있어 불합리하므로 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 쟁점주택 취득 시 청구인 A가 무리하게 주택구입을 추진하여 청구인 B는 어쩔 수 없이 쟁점주택을 취득하게 되었다. 기존전세금 OOO원을 포함하여 OOO원에 쟁점주택을 구입하였는데 대출이자와 원금이 매월 OOO원씩 지출되어 쟁점주택 구입 시부터 의견 차이가 있던 것이 가정불화의 원인으로 작용하였다. 쟁점주택 전소유자가 2008.9.24. 세입자와 체결한 전세계약서에 의하면, 만기 전이라도 퇴거 3개월 전 통보하면 3개월 내에 보증금을 반환해야 하는 의무가 있어서 세입자는 이에 근거하여 퇴거 후 3개월이 지나자 임의경매를 신청하였고, 2008.11.3.부터 2009.1.22.까지 전세금을 반환한다는 합의를 통해 임의경매를 취하할 수 있었으며, 청구인들은 2009.1.23. 전세보증금(지연보상금 포함)을 반환하기 위해 OOO은행으로부터 OOO원을 차입하였다. 또한, 청구인 B는 2010.3.17. 청구인 A의 동의도 없이 다니던 직장까지 그만두고 당시 전세보증금에 상당하는 OOO원을 일방적으로 대출받아 사업자금으로 사용하였는데, 청구인 A는 이 건 대출이 실행된 이후 그 사실을 알게 되어 배신감으로 가정불화가 심화되게 되었다.

(3) 한편, 청구인 B가 대표이사로 있는 ㈜D은 2010.9.24. OOO은행에서 쟁점주택을 담보로 OOO원의 대출을 받게 되었고, 이후 2014.6.27. 추가대출을 받음으로써 부부간의 불화는 더욱 심화되어 별거를 시작하게 되었으며, 이로 인하여 청구인 A는 우울증으로 정신과 치료까지 받게 되었다. 즉, 쟁점주택을 취득하는 과정에서의 불협화음, 취득 후 대출이자 부담과 경매위기, 청구인 B가 청구인 A 모르게 퇴사 후 쟁점주택을 담보로 대출을 받는 등의 사유로 불화가 지속되자 청구인들은 별거를 선택하고 청구인 A만 쟁점주택에서 거주하게 된 것이다. 이후 청구인 B의 사업이 어느 정도 안정되고 기존에 받았던 대출금을 2020.3.4. 최종적으로 상환함에 따라 청구인 B와 자녀의 적극적인 제안으로 청구인 B 등은 2020.11.11. 쟁점주택으로 전입하고 양도 당시까지 청구인들 가족은 전원 함께 거주하였다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제 거주기간별 공제액 계산 시 “일부 세대원(청구인 B와 자녀)”이 “가정불화” 등 부득이한 사유로 본래의 주소 또는 거소에서 “일시퇴거 중인 기간(6년 4개월)” 동안 나머지 세대원(청구인 A)이 쟁점주택에 거주하였으므로 이를 거주기간에 포함하여야 한다고 주장하나, 세대원 3명 중 2명(66.6%)이 쟁점주택에 거주하지 않아 일부 세대원으로 보기 어렵고, 부득이한 사유에 대한 객관적 입증이 없어서 가정불화로 인한 별거로 볼 수 없으며, 쟁점주택 총거주기간(9년 1개월) 중 별거기간(6년 4개월)이 상당기간(70.3%) 지속되어 일시퇴거 기간으로 보기도 어렵다.

(2) 청구인들의 주민등록등본을 조회한 결과, 청구인 A는 2014.6.27. 쟁점주택에 전입하였고, 청구인 B와 그 자녀인 C은 2014.11.17. 당시 임차하던 거주아파트(서울특별시 AAA구 OOO)와 동일 단지 내 다른 주택(같은 아파트 OOO호)으로 전입함으로써 별거가 시작된 것으로 확인되며, 이후 청구인 B와 C이 2020.11.11. 쟁점주택에 전입함으로써 가족의 별거기간은 총 6년 4개월(2014.6.27.〜2020.11.10.)로 나타나는바, 청구인들 세대 전원이 쟁점주택에 거주한 기간은 2020.11.11.부터 쟁점주택 양도일인 2023.8.3.까지로 총 2년 9개월이고, 세대원 3명 중 1명(청구인 A)만 쟁점주택에서 총 9년 1개월을 거주하였을 뿐 세대원들의 66.6%인 나머지 2명은 총 2년 9개월 동안만 거주하였다.

(3) 한편, 청구인들은 가정불화에 대한 증빙으로 등기부등본상 근저당이력, 임의경매 개시결정 내역 등을 제시하면서 부부싸움 및 청구인 A의 정신과 치료에 관하여 주장할 뿐 그 밖의 객관적 증빙을 제시하지 못하였다. 청구주장과 같이 가정불화로 인한 별거로 본다 하더라도 소득세법 시행규칙 제71조 제3항 에 따르면 ‘부득이한 사유란 세대의 구성원 중 일부 또는 세대전원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다’고 규정하고 있는바, 이때 “부득이한 사유”는 “가정불화” 자체가 아닌 “가정불화 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우”를 의미하는데, 청구인 B와 그 자녀는 다른 시·군으로 주거를 이전한 사실이 없다. 즉, 청구인들 세대원 모두 쟁점주택 보유기간 동안 서울특별시(AAA구)에 주소를 두고 있었다. 따라서 청구인들의 경정청구에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제 거주기간별 공제액 계산 시 세대 전원이 쟁점주택에 거주하지 아니한 기간(6년 4개월, 2014.6.27.〜2020.11.10.)을 거주기간에 포함되지 아니하는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 일부 세대원이 가정불화로 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 보아 장기보유특별공제액 계산 시 거주기간에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조【양도소득금액】② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호 생략)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간건설임대주택이나 공공주택 특별법에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우 제159조의4【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 (3) 소득세법 시행규칙 제71조【1세대 1주택의 범위】③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(괄호 생략)·군으로 주거를 이전하는 경우(괄호 생략)를 말한다.

1. 초·중등교육법에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 고등교육법에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 학교폭력예방 및 대책에 관한 법률에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 쟁점주택을 양도한 후 2023년 귀속 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제율 48%(보유기간공제율 40%, 거주기간공제율 8%)를 적용하였다가 이후 일부 세대원이 가정불화로 쟁점주택에 미거주한 기간을 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 장기보유특별공제 거주기간별 공제액 계산 시 거주기간에 포함되는 것으로 보아 거주기간 공제율을 36%로 적용하여 아래 <표1>과 같이 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인들의 위 경정청구를 검토한 결과, 일부 세대원이 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 볼 수 없다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였다. <표1> 이 건 양도소득세 신고 및 경정청구 내용

○○○

(2) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인들 세대의 주민등록등(초)본상 쟁점주택 거주기간은 아래 <표2>와 같이 등재되어 있는바, 청구인 A는 2014.6.27. 쟁점주택에 전입하였으나, 청구인 B와 그 자녀 C(당시 만 7세)은 2014.11.17. 청구인들 세대 전원이 당초 거주하던 서울특별시 AAA구 OOO(거주기간: 2009.6.18.~2014.11.16.)에서 전출하여 같은 단지 OOO에 전입하였다가 2020.11.11. 쟁점주택으로 전출하여 청구인 A와 합가한 것으로 신고되어 있다. <표2> 쟁점주택 거주기간

○○○ (나) 청구인들이 제시한 쟁점주택 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점주택에 대한 근저당권 설정 등 소유권 이외의 권리에 관한 사항 등은 아래 <표3>과 같이 등재되어 있고, 채무자로 등재된 주식회사 D은 청구인 B가 2010.3.18. 설립하여 사내이사로 재직하고 있는 법인으로 확인된다. <표3> 쟁점주택의 소유권 이외의 권리에 관한 사항 변동내역 등

○○○ (다) 청구인들이 제시한 진단서 및 진료내역에 의하면, 청구인 A는 2020년 6월 당시 ‘기타 우울병 에피소드’라는 병명으로 서울특별시 AAA구 OOO 소재지에 위치한 ‘OOO신경과의원’에서 진료받은 것으로 나타난다. (라) 그 밖에 청구인들이 제출한 카카오톡 메시지 일부는 다음과 같다.

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 일부 세대원이 가정불화로 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 보고 거주기간에 포함하여 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였으나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인들이 제시한 문자 내역 등에 따라 가정불화가 있었다는 사실이 어느 정도 드러나는 이상, 처분청이 이를 부인하려면 청구인들에게 조세회피 목적이 있었다거나 그 외 다른 목적으로 청구인들 세대원 중 일부가 일시퇴거한 사정이 있었다는 등을 입증하여야 할 것이고, 그렇게 보는 것이 부동산의 장기보유를 유도하여 투기를 억제하려는 장기보유특별공제의 입법취지에도 부합한 것으로 보이는 점, 그런데 청구인들은 장기간 1주택만을 소유하면서 실거주한 반면, 달리 주택을 수시로 매매하는 등의 사례는 나타나지 아니하여 쟁점주택을 주거목적 외 투기목적 등으로 보유하였다고 단정하기 어려워 보이는 점, 한편, 처분청은 청구인 B와 그 자녀가 다른 시‧군으로 주거를 이전한 사실이 없음을 이유로 일부 세대원의 별거기간을 장기보유특별공제 시 거주기간에 포함하지 아니하였으나, 소득세법 제95조 제2항 에 따르면, 같은 법 제94조 제1항에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1(기재 생략)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하고, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 다음 표2(기재 생략)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 한다고 규정하고 있을 뿐 소득세법령상 장기보유특별공제의 거주기간별 공제율 산정과 관련하여 거주기간 산정방법에 대한 명문규정이 없는 상황에서, 1세대 1주택의 거주기간 판정에 관한 규정인 같은 법 시행규칙 제71조 제3항을 원용하여 부득이한 사정에 의하여 세대원이 일시퇴거한 경우라 하더라도 다른 시‧군으로 주거를 이전한 경우에 해당하지 아니한다면 동 기간을 거주기간으로 인정하지 아니하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 청구인 B 등이 쟁점주택에 미거주한 기간을 부득이한 사유로 인한 일시 퇴거기간으로 보아 이를 거주기간에 포함하여 장기보유특별공제액을 산정함이 타당하므로, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)