쟁점건물의 등기사항전부증명서에는 .*.. 쟁점건물이 멸실되어 등기기록이 폐쇄된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
쟁점건물의 등기사항전부증명서에는 .*.. 쟁점건물이 멸실되어 등기기록이 폐쇄된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점부동산의 양도 경위는 다음과 같다. (가) 쟁점건물(공장)은 1979.9.19. 준공되어 40년이 넘은 건물인데, 청구인 등이 2005.10.7. 공동으로 경매취득 하였고, 2021.3.12. 쟁점부동산을 1차 양수인에게 ‘쟁점토지가액 OOO원, 쟁점건물가액 OOO원으로 하고, 쟁점건물은 철거(실질적으로는 건물가액과 철거비용의 상계, 또는 건물과 철거비용의 교환임)한 후 쟁점토지만 이전’하기로 하였으며, 그 철거비용 등은 1차 양수인이 부담하는 조건으로 1차 매매계약을 체결하였다. (나) 청구인 등은 1차 매매계약 후 계약을 이행하기 위하여 1차 양수인이 쟁점건물 내부의 철거를 시작할 수 있도록 하였고, 2021.5.6. 기존임차인에게 이전 비용 등을 보상하여 명도를 완료하였다. (다) 1차 양수인은 2021.6.9.까지 청구인 등에게 계약금 및 중도금 OOO원을 지급하고, 쟁점건물의 철거작업에 착수하였으나, 쟁점부동산이 인천지방산업단지 내 소재하여 제조업 외 업체는 단지 내 입주가 불가능하다는 사실을 뒤늦게 알게 되어 청구인 등에게 1차 매매계약의 해제를 요청하였다. (라) 청구인 등은 계약해제에 따른 손해배상 문제를 언급하였고, 이에 1차 양수인은 본인이 책임지고 당초 계약을 승계할 새로운 매수인을 확보하여 1차 매매계약서의 내용대로 일체의 손실 없이 매매가 완료되도록 할 것이며, 약속을 이행하지 못할 시 지급한 계약금 OOO원을 손해배상금으로 배상하겠다고 하여, 청구인 등은 1차 양수인의 제안을 수용하였다. 청구인 등과 1차 양수인은 2021.7.1. 계약금 OOO원을 약속이행보증금으로 유치하는 조건으로 1차 매매계약을 해제하였다. (마) 쟁점부동산의 철거는 그대로 진행되는 가운데 1차 양수인은 당초 계약을 승계할 2차 양수인을 확보하였고, 청구인 등은 2021.8.20. 최초 계약 조건들을 모두 승계하는 형태의 2차 매매계약을 2차 양수인과 체결하였다. 2차 양수인과의 2차 매매계약은 1차 매매계약서와 같은 내용으로 이루어졌고, 2021.9.10. 2차 양수인이 잔금을 지급하면서 쟁점부동산의 소유권이전등기가 이루어졌다. (바) 쟁점부동산의 양도는 1차 매매계약서와 동일한 조건과 1차 양수인 및 중개인들의 주도하에 이루어진 것으로, 1차 매매계약의 해제와 2차 양수인과의 2차 매매계약은 이 건 쟁점부동산의 양도를 원활하게 종결하기 위한 형식적인 요건에 불과하다.
(2) 쟁점부동산의 양도차익 계산에는 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 산입할 수 있다. (가) 쟁점부동산의 양도는 1차 매매계약서(공장매매계약서)의 내용과 같이 매매대상 물건은 쟁점토지와 쟁점건물임을 확인할 수 있다. 2021.3.12. 1차 매매계약이 된 후 매매계약 해제라는 변수가 있었으나, 1차 양수인이 마지막까지 계약이행의 책임을 다하기 위하여 1차 양수인 본인을 대신하여 매매계약을 승계할 2차 양수인을 구하였고, 1차 매매계약서의 내용과 같이 2차 매매계약이 이루어졌으며, 결과적으로 청구인에게 손익의 차이가 없었으므로 청구인은 1차 양수인에게 1차 매매계약의 불이행에 대한 위약금을 요구하지 아니하였다. (나) 양도소득세 집행기준 97-163-42에 따르면, 매도자는 건물과 토지를 모두 매각하고자 하는 의도가 분명하고 매수자의 요구로 매매계약조건에 따라 건물을 멸실한 때에는 토지뿐만 아니라 건물도 매매된 것으로 보아 건물의 양도차익도 계산하게 된다. (다) 쟁점건물의 멸실은 청구인 등의 자발적인 의도나 필요성에 의한 것이 아니고, 쟁점부동산의 양도에 따른 1차 매매계약서에 명시된 조건에 따라 이루어진 것으로 쟁점부동산의 양도가액에는 쟁점건물가액을 포함하고 있는 것이 [중개대상물 확인, 설명서(Ⅱ)]에서 확인된다. 그러므로 쟁점부동산의 양도차익 계산 시 양도소득세 집행기준 97-163-42에 따라 쟁점건물 취득가액을 필요경비에 산입하여야 한다. (라) 처분청의 의견과 같이 쟁점부동산의 매각이 1차 양수인과 매매계약이 해지된 후 2차 양수인에게 쟁점토지의 매매만 이루어진 것으로 본다면, 양도에 따른 수익은 동일하나 중간에 매수자가 변동되었다는 이유만으로 양도소득세 과세금액이 달라지는 모순이 발생한다. 1차 매매계약이 변질되어 2차 양수인에게는 쟁점토지의 양도만 이루어졌다 하더라도, 쟁점건물은 1차 매매계약에 따라 명도 후 이전되었으므로 쟁점건물은 1차 양수인, 쟁점토지는 2차 양수인에게 매매가 이루어진 것이기에 쟁점토지와 쟁점건물의 양도차익을 모두 계산하는 것은 정당하다.
(3) 쟁점부동산의 취득가액은 구분기장한 쟁점건물가액과 기준시가로 안분계산한 쟁점건물가액의 차이가 30%이상으로, 이는 소득세법 제100조 제3항 에 따라 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하므로 양도소득세의 산출은 소득세법 제100조 제2항 에 따라 2005년도 취득당시의 기준시가로 안분계산한 가액을 기준으로 하여야 한다.
(1) 청구인은 쟁점부동산을 일괄양도한 것이 아니고, 쟁점토지만을 양도하였다. (가) 청구인 등이 2021.3.12. 1차 양수인과 1차 매매계약서(공장매매계약서)를 작성하였고, 계약내용에 따라 쟁점건물의 철거를 진행하던 중 1차 양수인의 계약불이행이 발생함에 따라 2021.8.20. 2차 양수인과 2차 매매계약서(토지매매계약서)를 작성하였고, 잔금청산일인 2021.9.10. 쟁점부동산을 양도하였다. (나) 2021.8.20. 작성한 2차 매매계약서의 특약사항에는 ‘계약일 현재 위 지상 쟁점건물(공장 3,406.25㎡)이 존재하고 있으나, 쟁점건물은 철거 멸실한 후 전체 쟁점토지면적 공장용지 2,058.2㎡ 중 661㎡를 공유지분으로 이전하는 조건(쟁점토지가액 금OOO원, 쟁점건물가액 금“OOO”원)’이라고 기재되어 있다. 청구인이 1차 양수인과 계약하였을 당시에는 쟁점건물(공장)이 존재하였으나, 이후 2021.8.30. 쟁점건물이 멸실되었고, 위와 같은 사실은 등기사항전부증명서에서 확인된다.
(2) 쟁점부동산의 양도와 관련한 1차 매매계약 시점에는 쟁점건물과 쟁점토지를 함께 양도하는 것으로 계약하였더라도 이후 1차 매매계약은 합의해제 하였고, 2차 양수인과 2차 매매계약을 체결하였으며, 2차 매매계약서의 내용에는 쟁점부동산의 일괄양도가 아닌 쟁점건물 철거 후 쟁점토지만을 양도한다는 내용이 기재되어 있는 사실에 비추어, 쟁점건물의 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 에서 규정한 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 아니한다. 따라서 청구인 등과 2차 양수인과 2차 매매계약서를 작성하고 쟁점부동산을 양도한 이 건은 쟁점건물과 쟁점토지의 일괄양도가 아닌 쟁점토지만을 양도한 것이므로, 멸실된 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 산입하지 아니한 이 건 처분은 잘못이 없다. (3) 소득세법 제97조 제1항 에서 규정한 양도가액에서 공제할 필요경비는 해당 자산과 관련된 취득가액, 양도비 등이다. 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련한 필요경비를 공제받을 수 있는 것으로, 멸실된 쟁점건물 등의 취득가액은 필요경비에 해당하지 아니한다.
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다) 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따른 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인 등은 2005.10.7. 쟁점부동산을 공동으로 경매 취득한 후, 2005.10.10. 부동산임대업으로 관할 세무서에 사업자등록 하였고, 2021.9.10. 양도로 인한 폐업 전까지 부동산임대 수입 등에 대하여 부가가치세를 신고하였으며, 폐업 전 부가가치세 신고내용은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점부동산의 임대소득에 대한 부가가치세 신고내역 (단위: 원) (나) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서(건물)에는 2021.8.30. 쟁점건물이 멸실된 것으로 나타나고, 등기사항전부증명서(토지)에 쟁점토지의 거래가액은 OOO원인 것으로 나타난다. (다) 청구인 등은 2021.3.12. 1차 양수인과 쟁점부동산의 1차 매매계약을 체결하였는데, 1차 매매계약서(공장매매계약서)의 일부 특약사항은 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산의 1차 매매계약서(특약사항) (라) 청구인 등은 2021.7.1. 1차 양수인의 사정으로 1차 매매계약 해제를 하였는데, 해제계약서에는 <표3>과 같이 ‘기존 작성한 매매계약서를 폐기하기로 한다’고 되어있다. <표3> 부동산매매계약 해제계약서(일부) (마) 1차 양수인은 청구인 등에게 1차 매매계약의 조건을 승계할 새로운 매수인을 확보하여 당초 내용대로 매매가 완료되도록 약속하였고, 매매계약금 OOO원을 약속이행보증금으로 유치하는 조건으로 1차 매매계약을 해제하였으며, 청구인 등은 2021.9.10. 2차 양수인에게 쟁점부동산을 양도한 후, 매매계약금 OOO원을 1차 매수인(b)에게 반환한 것으로 나타난다. (바) 청구인 등은 2차 양수인과 2021.8.20. <표4>와 같이 2차 매매계약서를 작성하였다. <표4> 쟁점부동산의 2차 매매계약서(토지매매계약서) (사) 청구인은 2021.11.25. 쟁점부동산 양도에 대하여 양도소득세를 예정신고·납부(청구인 지분 100분의 30)하였고, 처분청은 이와 관련하여 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물의 취득가액 등이 소득세법상 필요경비에 해당하지 아니한다고 보았다(<표5> 참조). <표5> 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역 (아) 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물가액 안분 없이 전체 양도가액에서 경매 취득가액 등 차감하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 쟁점건물이 소유권이전등기일 전 멸실되어 실질적으로 쟁점토지만 거래된 사실을 확인하였으며, 청구인이 제출한 2020년 귀속 종합소득세 재무상태표에서 확인된 쟁점건물 취득가액(청구인 지분 100분의 30)을 필요경비에서 부인한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 소득세법에서는 양도차익의 계산에 있어 양도가액에서 공제할 필요경비를 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등으로 규정하고 있는데, 이는 양도가액에 대응하는 필요경비를 취득 당시 소요되는 비용, 취득 이후 자산의 내용연수의 연장 또는 자산의 가치의 현실적 증가와 양도 관련 직접 지출비용 등의 취득·보유·양도 단계별로 발생비용 중 양도가액에 직접 대응하는 비용을 공제하는 것이다. 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 장기간 임대사업을 하였고, 1차 매매계약(공장매매계약서)을 체결할 당시부터 쟁점건물을 철거·멸실할 예정이었으며, 특약사항에는 쟁점건물을 멸실한 후 쟁점토지만 이전하기로 하면서 쟁점건물가액을 “OOO원”으로 하여 1차 매매계약서를 작성한 점, 1차 매매계약이 해제된 후 2021.8.20. 체결한 2차 매매계약서(토지매매계약서)에도 위와 동일한 내용으로 작성되어 있는 점, 쟁점건물의 등기사항전부증명서에는 2021.8.30. 쟁점건물이 멸실되어 등기기록이 폐쇄된 것으로 나타나는 점, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 후에 쟁점건물과 쟁점토지를 구분하여 기장하였고, 처분청은 재무상태표에 나타난 쟁점토지의 장부가액을 기초로 하여 청구인의 지분에 대하여 쟁점토지의 취득가액을 산정한 점 등에 비추어, 청구인이 양도일 현재 쟁점토지만을 양도한 것으로 보아 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득관련 비용을 부인하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.