조세심판원 심판청구 양도소득세

고가주택 초과분에 대해 다주택자 중과규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2024-서-2661 선고일 2024.08.01

이 건 양도에 대해 관련 법령상 다주택 중과를 배제하겠다는 명문규정이 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기 각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2003.10.2. 서울특별시 서초구 OOO(면적: 84.97㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고, 2015.9.18. 서울특별시 서초구 OOO(면적: 21.39㎡, 이하 “임대주택”이라 한다)를 취득하여 2015.9.3. 서울특별시 서초구청장에게 임대사업자등록(장기임대주택)을 하였으며, 2017.7.24. 서울특별시 서초구 OOO(면적: 84.61㎡, 이하 “대체주택”이라 한다)를 취득하였다.
  • 나. 청구인은 2020.7.23. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 장기임대주택 및 일시적 2주택(대체주택) 보유에 대한 1세대 1주택 비과세특례를 적용하면서 양도가액 중 OOO원 초과분에 대하여는 1세대 3주택자로 하여 소득세법제104조 제7항 제3호 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에 따라 기본세율에 20% 추가세율(이하 “중과세율”이라 한다) 적용 및 장기보유특별공제 적용을 배제하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가 2023.12.18. 실질적인 1세대 1주택자이므로 소득세법제55조 제1항에 따른 기본세율과 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다며 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.1.25. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.4.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 쟁점주택, 임대주택, 대체주택을 취득하게 된 경위는 다음과 같은바, 청구인은 투기목적 없이 어머니 봉양이나 생계를 위해 대체주택, 임대주택을 취득하였다. (가) 청구인은 2003년 5월 이혼을 하면서 재산분할에 따른 자금으로 2003.10.2. 서울특별시 서초구 OOO를 OOO에 취득하여 실거주하였고, 동 아파트는 도시 및 주거환경정비법에 따라 관리처분계획인가를 받아 2011년 1월 쟁점주택으로 재건축되었다. 청구인의 아버지가 심장마비로 갑작스럽게 사망하자 어머니는 외출을 기피하고 불면과 우울, 불안 등의 증세가 심해지셨고, 이에 청구인이 2011.3.18.부터 2012.9.13.까지 어머니가 거주하고 있는 경상북도 안동시에서 함께 생활하였으나, 계속 경상북도 안동시에 생활할 수가 없어 거동이 불편한 어머니를 쟁점주택으로 모시고 와서 2012.9.14.부터 2014.11.13.까지 동거하였으며, 이후 어머니는 공기 좋은 청계산 근처의 OOO으로 이사하기를 희망하여 쟁점주택을 타인에게 임대한 후 2014.11.14.부터 2017.9.12.까지 어머니 소유의 서울특별시 서초구 OOO, 이하 “어머니소유주택”이라 한다)로 함께 전입하여 매일 산책을 하는 등 돌봐드렸다. 청구인은 어머니와 같은 단지에 아파트를 매입하여 어머니를 부양하는 것이 효율적이라 판단하고, 2017.7.24. 대체주택을 OOO원에 취득한 후 2017.9.13. 대체주택에 전입하여 2021.4.5.까지 거주하며 동거하거나 지근거리에서 어머니를 봉양하였다. 쟁점주택과 어머니소유주택은 차량으로 30분 거리로, 고령의 노인에게 위급한 상황이 생겼을 때 긴급히 조치를 취할 수 있는 근거리라 할 수 없고, 동거를 하지 않는 상태에서 고령의 부모님을 부양하는 경우 적어도 도보로 이동이 가능한 곳에 거처를 마련하는 것이 일반적이므로 고령의 어머니를 근거리에서 부양하기 위한 새로운 거소, 즉 대체주택을 취득할 수 밖에 없었다. 청구인의 어머니는 허리와 다리통증으로 혼자 앉거나 일어서는 것이 어려웠고, 밤에도 잠을 자면서 소리를 지르고 악몽에 시달리는 섬망증세가 매우 심해서 몸부림을 치다 다치는 경우가 적지 않아 청구인은 수면시간에도 어머니와 같은 방을 사용하였다. 즉, 청구인이 어머니를 부양해야 하는 사정이 없었다면, 쟁점주택에 거주하던 청구인이 어머니소유주택 등으로 전입하거나 학군, 교통 및 편의시설에 대한 선호도가 쟁점주택보다 떨어지는 대체주택을 취득할 이유가 없다. 청구인이 경제적 손해를 감수하면서도 위와 같은 결정을 한 것은 오로지 어머니의 부양을 위한 것이었다. 청구인의 어머니는 건강상 독립생활이 불가능하여 청구인이 2011년 경상북도 안동시에 내려가 부양하기 시작한 이후부터 현재까지 홀로 생활을 한 적이 없다. 청구인이 2011년부터 2020년 6월까지 약 10년 동안 어머니와 동거하면서 부양하였고, 이후부터 현재까지 청구인과 청구인의 남동생이 교대로 어머니를 부양하고 있다. 소득세법상 조정대상지역 내 주택 양도시 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과하는 것은 부동산 투기를 억제·방지하는데 그 입법취지가 있는데, 투기 목적 없이 오로지 고령의 어머니를 봉양하기 위해 대체주택을 취득하는 과정에서 3주택자가 된 청구인에게 획일적으로 동 법령을 적용하여 중과세율로 과세하는 것은 위 입법취지와 효친사상에 반한다. (나) 또한, 청구인은 대학원에서 박사학위를 준비하면서 시간강사로 일하고 있어 수입이 적은 관계로 생계를 위해 월세를 받을 목적으로 2015.9.3. 임대주택을 OOO원에 취득하여 주택임대사업자로 등록하고 임대를 하다가 2020년 9월 취득가액보다 OOO원 낮은 OOO원에 임대주택을 매도하였는바, 임대주택 보유 또한 생계를 위한 것이지 투기 또는 투자 목적이 전혀 아니다.

(2) 청구인은 위와 같이 3주택 이상의 주택을 보유하게 된 특별한 사정이 있었고, 대체주택을 취득한 후 쟁점주택을 매도하고자 수차례 시도하였으나 여러 사정으로 인해 쉽게 매도가 이루어지지 아니하였다. 청구인은 대체주택을 취득하기 전부터 공인중개사사무소에 쟁점주택의 매도를 의뢰하였고, 대체주택을 취득한 후 2017년 10월경에는 “내년에 OOO원 이상으로 매매를 진행해달라”는 구체적인 의사를 전달한바 있으며, 쟁점주택에 거주하던 세입자의 전세기간 만료일에 맞추어 쟁점주택을 매도하려고 하였으나 매매는 쉽게 이루어지지 아니하였다. 이후 청구인은 2018년 1월부터 다시 매매를 시도하였으나 2018년 쟁점주택이 소재한 단지는 매매거래가 두 건에 불과하였고, 청구인은 호가를 OOO원이나 낮추며 급매를 시도하기도 하였으나 세대수가 적고 초등학교가 멀다는 이유 등으로 단지 자체의 선호도가 떨어져 매매는 쉽게 이루어지지 아니하였다. 더욱이 쟁점주택은 아파트 단지 정문에서도 계단을 올라가 거의 끝 쪽에 있는 동이고 수리를 하지 못한 상태여서 매매가 어려웠고, 2020년경부터는 코로나19로 인하여 쟁점주택의 세입자가 매수의뢰인에게 집을 보여주기를 꺼려하는 등의 문제로 매매가 이루어지지 아니하다가 결국 청구인은 더 이상 매매를 미를 수 없는 시점에 이르러 시세보다 OOO원 이상 낮은 가격으로 간신히 매도하였는바, 청구인에게는 쟁점주택을 조속히 매도할 수 없었던 특별한 사정이 존재한다.

(3) 2021.2.17. 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제13호가 신설되어, 2021.2.17.부터는 임대주택과 일시적 2주택을 가지고 있다가 고가주택을 양도하여도 중과세율이 적용되지 않게 되었는데, 동 규정은 임대주택을 보유하면서 거주이전 목적으로 대체주택을 취득한 일시적 2주택인 납세자가 고가주택을 양도하였다는 이유로 막대한 재산권 침해를 입는 경우가 많이 있어 이를 바로잡기 위하여 합목적적 해석 내용을 명확하게 한 확인적 규정에 불과하므로 쟁점주택의 양도에도 동 개정규정이 적용되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점주택의 양도는 관련 법령에 중과세율 제외 대상으로 열거되어 있지 아니하므로 중과세율 적용대상에 해당한다. 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제104조 및 같은 법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제167조의3에 따르면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데 1세대가 소유하는 주택 수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때 포함되고, 다만 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억원 이하의 주택)만이 주택 수 산정에서 제외될 뿐이다. 소득세법 시행령제167조의3 제1항 및 제167조의10 제1항 제1호를 제외한 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당되는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 아니한다. 한편, 일시적 2주택의 경우 종전 주택에 대하여는 소득세법 시행령제167조의10 제1항에서 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있으나(제8호), 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 아니하다. 따라서, 쟁점주택 양도시 청구인이 소유하고 있는 주택들은 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도 대상인 쟁점주택이 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로 1세대 3주택 이상의 ‘예외’에 해당하지 아니하는바, 쟁점주택의 양도는 소득세법제104조 제7항 제3호에서 정한 ‘조정대상 지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다 할 것이다.

(2) 청구인은 어머니 봉양을 위해 어머니가 거주하는 단지에 대체주택을 취득하였다고 주장하나, 쟁점주택은 대체주택과 같은 서초구에 소재하여 차량으로 30분 이내에 도달할 수 있는 점, 2022년 말부터 2023년 중반까지 어머니가 청구인과 다른 지역인 서울특별시 서초구 OOO, 경상북도 안동시 등으로 전입한 점 등을 보면, 청구인에게 대체주택을 취득할 불가피한 사유가 있었다고 보기 어렵다. 또한, 청구인은 2017.7.24. 대체주택을 취득하고 3년에서 1일이 부족한 2020.7.23.(1,094일)에서야 비로소 쟁점주택을 양도하였는데, 쟁점주택과 대체주택을 함께 보유한 2017년부터 2020년까지는 부동산 가격이 폭등하여 매도자 우위 시장이 형성된 시기로 같은 기간 동안 쟁점주택과 동일 평수의 아파트 거래가 활발하게 이루어졌고, 이에 청구인은 대체주택을 취득할 무렵 곧바로 쟁점주택을 양도하였을 때보다 약 OOO원 이상의 추가적인 시세차익을 얻었다. 따라서, 청구인이 1세대 3주택자가 된 것이 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있었다고 보기 어렵다.

(3) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 는 2012.2.17.부터 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 보유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것으로 규정하고 있는데, 동 규정은 이를 소급 적용하는 규정을 마련하지 아니하였다. 국가의 조세정책은 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수 밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정규정이 소득세법 시행령제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기 보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보이므로, 이를 확인적 규정에 불과하다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우, OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구인의 주택보유현황 자료 등을 보면, 청구인의 주택 취득․양도 현황은 아래 <표1>과 같은바, 청구인은 양도 당시 1세대 3주택을 보유하고 있었다. <표1> 청구인의 주택 취득․양도 현황 부동산소재지 취득일 양도일 쟁점주택 (서울특별시 서초구 OOO) 2003.10.2. 2020.7.23. 대체주택 (같은 곳 OOO) 2017.7.24. 2020.12.30. 임대주택 (서울특별시 서초구 OOO) 2015.9.18. 2020.9.28.

(2) 청구인은 2020.7.23. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, 양도차익 중 OOO원 초과분에 대하여는 1세대 3주택자로 하여 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 적용을 배제하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가 2023.12.18. 실질적인 1세대 1주택자이므로 소득세법제55조 제1항에 따른 기본세율과 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다며 아래 <표2>와 같이 경정청구를 제기하였다. <표2> 경정청구 내역

(3) 처분청의 경정청구 검토보고서(2024년 1월)에 따르면, “임대주택 외 일시적 2주택자가 고가주택을 양도하는 경우 소득세법 시행령 제167조의3 개정으로 2021.2.17. 이후 양도분부터 중과배제 대상이나 청구인의 경우 법률 개정 전인 2020.7.23. 양도하여 중과배제 대상에 해당하지 아니하고, 관련 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결 등)에 따르면, ‘주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 거주자에게 투기목적이 없고, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 양도소득세를 중과할 수 없다’고 판시되어 있는데, 판례상 일시적인 기간이란 약 6일에서 113일 정도인데 반해, 청구인의 경우에는 중복보유기간이 3년에서 1일이 부족한 1,094일로 확인되므로 이를 사회통념상 일시적이라고 인정한 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다”고 기재되어 있다.

(4) 처분청이 제출한 국토교통부 실거래가 공개시스템 자료에 의하면, 쟁점주택이 소재한 단지(총 435세대, 84㎡형 177세대)에서 쟁점주택과 유사한 전용면적(84㎡형)의 매매사례는 2017년 7월(대체주택 취득월)부터 2020년 7월(쟁점주택 양도월)까지 20건(2017년 10건, 2018년 2건, 2019년 3건, 2020년 5건)인 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 대체주택을 취득한데 투기목적이 없고, 쟁점주택을 조속히 매도하고자 노력하는 등 특별한 사정이 있다고 주장하며, 주민등록등본, 임대주택 매매계약서, 청구인의 어머니 진료기록 등을 제출하였다. (가) 청구인과 어머니의 주민등록초본(아래 <표3> 참조)에 의하면, 청구인은 2011년부터 장기간 어머니와 같은 주소지에 전입하거나 인근에 거주하고 있는 것으로 나타난다. <표3> 청구인과 어머니 주민등록초본 내역 (나) OOO병원에서 발급한 청구인의 어머니 진료기록의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 진료내역 일자 내용 2015.10.12. x-ray상 잘 보이지 않는 실금이 있을 수 있습니다. 2015.10.12. 엉덩이 아래부위가 아파요. 2015.10.11. 주저 앉았어요. 2016.5.28. 2016년 1월부터 바닥에 앉아있다가 일어설 때, Rt. hip쏟아지는 느낌이 난다. 아프다. 2016.7.26. 아픈 것은 별로 2017.10.12. 우측 다리 통증, 우측엉치 뒤허벅지 통증 2017.10.12. 일어서면 쏟아진다. 2달전에 넘어진적 있다. 며칠전부터 아프다가 어제부터 심하다. (다) 청구인은 임대주택은 생계를 위해 취득한 것이라고 주장하며, 자신의 소득확인증명서(청구인이 2016년부터 2018년까지 OOO대학교, OOO대학교, OOO전문대학에서 연 OOO원의 급여를 수령함), 임대사업자등록증(임대시작일 2015.9.3.), 임대주택 분양계약서(취득대금: OOO원) 및 양도계약서(양도대금: OOO원)를 제출하였다. (라) 청구인은 대체주택을 취득한 직후인 2017년 7월부터 쟁점주택을 양도하기 위하여 지속적으로 노력하였으나, 거래가 성사되지 못하여 부득이하게 2020년 7월경 양도하게 되었다고 주장하며, 청구인이 거래하였던 OOO부동산공인중개사사무소의 내부 전산망에 기록된 상담자료를 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 공인중개사사무소의 내부전산망에 기록된 상담내용 일자 메모기록 내용 2017.7.29. “세통화 전화옴, 애기학교문제로 다녀가셨던 분으로 34평 물건 있나 물어보고 리체도 알아보려고 함” 청구인이 대체주택을 취득한 직후 공인중개사사무소에 연락하여 매도의사를 알림. 이후 광고를 올리자 관심 있는 매수자가 쟁점주택에 대해 전화로 문의한 내용임. 2017.10.18. “OOO원 이상으로 내년에 진행 예정” 세입자가 내년에 전세가 만기되므로 이 시기까지(2018년 5월) 매매할 수 있도록 해달라고 요청함. 2018.1.16. “OOO원 매매진행해달라 함” 세입자가 만기가 다가오자 청구인이 다시 부동산에 연락해서 시세에 맞춰서 매매를 진행해달라고 요청함. 2018.1.19. “OOO원 갭투자 상담해줌” 쟁점주택을 광고하자 다른 부동산(뉴강남부동산)에서 연락이 와서 상담한 내용임. 2019.5.20. “매매 OOO원으로 진행” 세입자가 나간다고 해서 이 기회에 급매로라도 가격을 낮춰서 매매해줄 것을 요청함. 2020.6.23. “현 세입자: 평일 집보여주겠음(주말×), 2~3일 전에 연락, 최소인원만 들어와줄 것” 세입자의 비협조로 급한 상황에도 불구하고 집을 볼 수가 없어서 매매가 힘들어짐.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 투기 목적 없이 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 것이므로 청구인을 1세대 3주택자로 보아 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제 적용을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 소득세법제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제2항에서 “장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상자산에서 제104조 제7항 각 호에 따른 자산(조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택)을 제외하도록 규정하고 있는 점, 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 1세대 3주택에 대한 중과세율 적용 대상을 규정하면서 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 포함되지 않는 주택을 규정하고 있는데, 청구인과 같이 쟁점주택, 대체주택 및 임대주택을 보유하고 있다가 쟁점주택을 양도하는 경우 주택 수 계산에 있어 제외되는 주택에 관한 규정이 없는 점, 설령 청구인이 대체주택을 투기목적 외의 사유로 취득하였다 할지라도 청구인의 3주택 보유기간은 약 3년가량으로 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정 또는 부득이한 사정이 있었던 것으로 보기 어려운 점, 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 규정은 시행일 이후 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 2020.7.23. 양도된 쟁점주택의 경우에는 소급적용이 불가한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(단서 생략).

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다(단서 생략). 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

  • 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우
  • 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다. 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)(단서 생략).

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 부칙 <대통령령 제31442호, 2021.2.17.> 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)