쟁점계약에 의해 청구법인의 쟁점지분을 포함한 전체주식 취득에 관한 주요 거래조건이 확정되고, 이에 따른 거래당사자 간 구속력 있는 합의 및 이행이 이루어진 경우까지 대금의 지급연도가 다르다는 이유만으로 동일한 원인으로 취득한 주식에 대해 세액공제의 적용 여부를 달리 보는 것은 형평에도 어긋나는 것으로 보임
쟁점계약에 의해 청구법인의 쟁점지분을 포함한 전체주식 취득에 관한 주요 거래조건이 확정되고, 이에 따른 거래당사자 간 구속력 있는 합의 및 이행이 이루어진 경우까지 대금의 지급연도가 다르다는 이유만으로 동일한 원인으로 취득한 주식에 대해 세액공제의 적용 여부를 달리 보는 것은 형평에도 어긋나는 것으로 보임
OO 세무서장이 청구법인에 한 2022사업연도 법인세 경정청구에 대한 부작위 처분은 청구법인이 2021년에 취득한 A의 발행주식이조세특례제한법제13조의3 제3항에 따른 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2021년 쟁점지분(A 총 지분의 20%)을 취득할 당시 조특법 제13조의3 제3항에 따른 쟁점세액공제①의 공제요건을 전부 충족하였다. (가) 처분청은 청구법인이 2021년에 쟁점지분을 인수할 당시 이미 80%의 A 지분을 보유하고 있어 청구법인과 투자대상기업(A) 간에 특수관계가 성립하므로 쟁점세액공제①의 적용대상이 아니라는 의견이나, 특수관계 여부를 판단하는 기준 시점은 주식 취득의 원인행위인 쟁점계약 체결일(2019.10.18.)이어야 하고, 그 당시 청구법인은 A주식을 전혀 보유하고 있지 아니하였는바, 청구법인과 투자대상기업(A) 간에 특수관계가 성립하지 아니한다.
1. 내국법인이 당초 특수관계가 없는 외국법인과 지분양수도계약을 체결하여 확정적인 주식 취득의 의사표시를 함으로써 지분인수 의무가 발생하였고, 그 지분인수계약 조건에 따라 사후적으로 주식이 인수됨으로써 주식의 양도가 이루어졌다면, 설령 사후적으로 주식을 인수할 당시 내국법인과 외국법인 간에 특수관계가 성립하게 되었다고 하더라도, 이는 내국법인의 당초 특수관계가 없는 외국법인에 대한 모험적 투자의 의사결정에 따른 출자이므로 원인행위에 해당하는 계약 체결 당시를 특수관계 판단의 기준 시점으로 삼아야 한다. 이러한 판단 기준은 관련 산업을 영위하는 국내기업이 해외 기업을 직접 인수하여 핵심기술 확보를 촉진하고자 하는 쟁점세액공제①의 취지에도 부합한다.
2. 법원은 쟁점세액공제①과 입법 취지 및 그 규정방식이 매우 유사한 창업기업 등에의 출자에 관한 과세특례(조특법 제14조)에 대한 법해석에서 “출자의 원인행위일을 기준으로 특수관계가 존재하는지 여부를 판단해야 한다”[서울고등법원 2020.11.26. 선고 2020누42776 판결로 대법원 심리불속행 판결(2020두57813)로 확정됨, 같은 뜻임]고 보았다. 즉 법원은 특수관계가 없는 기업인지를 판단하는 시점은 출자에 따른 주식취득의 원인행위일이 되어야 한다고 보았는바, 쟁점세액공제①의 적용 시에도 주식취득계약 등과 같이 의무를 발생시키는 원인행위(계약 체결 시점)를 기준으로 내국법인과 외국법인(피인수법인) 간의 특수관계 여부를 판단하는 것이 타당하다.
3. 청구법인이 A의 지분 100%를 취득하기로 한 시점은 명백하게 A의 80% 지분과 20%의 잔여 지분(쟁점지분)을 동시에 인수하기 위해 쟁점계약을 체결한 2019.10.18.이고, 청구법인의 A 지분 전부 인수에 대한 확정적·구속적 의사가 표시된 위 계약체결 당시에는 청구법인과 A 간에 특수관계가 존재하지 않았음은 분명하다.
4. 청구법인은 A의 기존주주 중 설립자(B를 소유하고 있는 C과 D)들에게 Earn out 기간 동안의 성과에 따라 주식인수대가를 차등 지급하기 위하여 쟁점지분의 대가 산정방법에 대하여 별도로 정하였을 뿐 청구법인이 쟁점계약 및 종결합의에 따라 A의 지분 100%를 인수한 것은 하나의 거래(합의)에서 비롯되었다.
1. 쟁점세액공제①과 관련된 조특법 제13조의3 제3항 제1호 나목에서 내국법인이 소재·부품·장비 외국법인의 발행주식 총수 또는 출자 총액의 기준지분비율 이상을 직접 또는 간접적으로 취득하고, 해당 내국법인이 해당 주식 등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것을 세액공제의 요건으로 하고 있다. 즉, 관련 조문에서 기준지분비율 이상의 주식을 직접 또는 간접적으로 취득할 것만을 규정하고 있을 뿐, 반드시 개별주식 취득 거래로 한정하여 기준 지분비율 이상의 주식을 동시에 인수하여야 한다거나 당해 사업연도 내에 기준 지분비율 이상의 주식을 인수하도록 규정하고 있지는 아니하다.
2. 청구법인은 A의 지분 80%에 대한 지분양수도계약과 쟁점지분 양수도계약을 2019.10.18. 동시에 체결하여 하나의 계약으로써 A의 지분 100%를 인수한바, 2021년 중 인수가 완료된 잔여지분(쟁점지분)은 전체 지분 100% 거래에 포함되어 자연스럽게 지분 취득 요건을 충족하였다. 즉, 청구법인이 2021년도 중 쟁점지분을 취득할 당시 이미 청구법인은 A의 지분 80%를 보유하고 있었고, 쟁점지분 취득을 통해 A의 지분 100% 취득이 완료되었으므로 청구법인은 쟁점지분 취득 당시 기준지분비율 이상 취득요건을 충족한 것으로 보아야 한다. (나) 처분청은 Earn out 기간 중 인수한 쟁점지분 중 2021.8.17.자 종결합의 전에 인수한 5%와 그 후에 인수한 15%를 달리 취급하여 쟁점세액공제①의 적용 여부를 판단하여야 한다는 의견이나, 종결합의는 쟁점계약에서 정해진 조건에 따른 의무이행 행위(인수대가의 지급 및 주식이전 완료)에 따른 것이다.
1. 매매계약의 본질은 재산권의 이전과 매매대금지급에 관한 당사자 쌍방의 합의에 있는 것이지, 매매대금의 확정여부는 매매계약의 성립에 본질적인 영향을 주는 사안이 아니다(대법원 1996.4.26. 선고 94다34432 판결, 참조). 종결합의는 A의 잔여 지분(20%) 인수의 원인행위인 쟁점계약에서 정한 조건에 따른 의무이행으로서 당초 계약 시 확정할 수 없었던 사후적 발생요건을 반영하여 당초 계약 내용대로 정리하여 서류화한 것에 불과하다.
2. 상기와 같이 종결합의에서 도출된 거래 가격 및 인수 시기는 쟁점계약 당시 예정하였던 인수 가격 및 인수 기간 내에서 당사자 간의 합의에 따른 것으로서 이는 쟁점계약을 이행하기 위한 과정에 해당하고, 새롭게 특수관계 여부를 판단하는 주식취득의 원인 행위에 해당하지 아니한다.
(2) G은 E에 대하여 실질적 지배권이 없어 ‘지배주주 등’에 해당하지 않으므로 청구법인이 G으로부터 취득한 E주식은 쟁점세액공제② 대상에 해당한다. (가) 조특법 제12조의4 제1항 제4호에서 쟁점세액공제②의 요건 중 하나로 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주가 해당 주식을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 ‘인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등’에 해당하지 아니할 것”을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제6항에서 “인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등의 범위에 관하여는 법인세법 시행령제43조 제3항 및 제7항을 준용한다”고 되어 있다. 이에 따르면 ‘지배주주 등’이란 법인의 발행주식 총수의 100분의 1 이상의 주식을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 합계가 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우에 해당하는 주주등을 말하며, 해당 주주가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원도 해당 주주와 특수관계에 있는 사람에 해당한다. (나) G의 경우 2021년에 피인수법인(E)의 발행주식 총수의 100분의 1 이상을 소유하며, 청구법인의 기업집단에 소속된 계열회사인 E의 대표이사 및 주주로서 E의 지배주주 등에 해당하므로 세액공제 대상이 아니라는 것이 처분청의 의견이나, 법원은 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2017.10.12. 선고 2016 다212722 판결, 참조)는 입장이다.
1. 쟁점세액공제②는 인수ㆍ합병을 통한 기술거래, 벤처투자 등을 활성화하기 위하여 마련된 제도로서 형식상 혹은 외형상의 주식양수도 거래가 이루어진 경우에 대해서는 세액공제 혜택을 배제하고, 기술혁신형 중소기업의 주식의 지배력이 실질적으로 이전된 경우에 한하여 이를 적용받을 수 있도록 규정을 두고 있는데, 이는 ‘주식양수도 거래에 따라 피인수법인의 경영권 및 지배권이 주식의 양수인에게 실질적으로 이전·변동되는 경우’에 한하여 세액공제의 혜택을 적용하기 위한 것으로 이해된다. 그렇다면, 피인수법인의 주주 등이 해당 주식 등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 ‘지배주주 등’에 해당하지 아니하여야 한다는 요건 역시 피인수법인의 경영권 및 지배권의 이전이라는 취지와 목적을 고려하여 해석되어야 한다.
2. 만약, 양도인이 주식의 양도 이후에도 계속해서 피인수법인에 대하여 지배력을 행사하고 있거나, 주식을 양수한 인수법인에 대하여 지배력을 행사하고 있는 경우라면 외형상 주식양수도 거래가 발생하였을 뿐, 피인수법인에 대한 실질적인 지배력의 이전 또는 변동이 발생하지 아니하고 피인수법인의 종전 주주 등이 계속하여 피인수법인을 지배하고 있는 것으로 볼 수 있고, 이러한 경우에는 기술혁신형 주식취득에 대한 세제혜택에서 제외되어야 할 것이다. 그러나, G은 E주식을 양도한 이후 E에 대한 어떠한 지배력을 갖고 있지 않으므로 E의 지배주주 등에 해당한다고 볼 수 없다.
(1) 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점은 2021년이므로 쟁점세액공제①의 적용 시 2021년 상황을 기준으로 판단하여야 하고, 이 경우 청구법인은 쟁점세액공제①의 요건인 특수관계인 요건, 주식취득 요건(30% 내지 50% 이상 주식 취득)을 충족하지 못한다. (가) 세법상 주식의 취득시기는 대금청산일이므로 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점은 대금을 청산한 2021년이고, 조특법 제13조의3에서 쟁점세액공제①은 주식을 취득하는 경우 ‘주식 등 취득가액의 100분의 5’에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제하도록 하고 있는바, 청구법인이 쟁점지분을 취득한 2021년을 기준으로 세액공제 요건의 충족 여부를 판단해야 한다.
1. 청구법인은 쟁점계약에 따라 2020년에 A의 지분 80%를 우선 취득하고, 나머지 지분 20%에 대한 대가는 2021년에 지급하여 그 지분을 취득하였다. 일반적으로 부동산은 대금을 분할 지급(계약금, 중도금, 잔금)하여 취득하므로 분할 납부방식으로 취득하지만, 주식은 대금을 지급한 금액만큼만 취득하므로 분납에 의한 주식취득이라는 용어가 적절하지 아니하다.
2. 청구법인은 A의 지분 80%를 인수하지 않을 경우 쟁점지분도 인수하지 아니하므로 두 개의 취득 행위가 유기적으로 연결되어 분리될 수 없다고 주장하나, 쟁점지분을 인수하지 않는다고 하여 이미 성립한 A의 지분 80% 취득 행위가 취소되는지가 불분명하므로 두 개의 취득행위를 각각 별개로 보아야 한다. 청구법인이 쟁점지분을 취득하지 않는다고 하여 이미 취득한 A의 지분(80%) 취득계약이 해제된다는 사실을 확인할 수 없고, 청구법인은 총 3차례에 걸쳐서 A의 지분 80%, 5%, 15%를 취득하였는데, 1%의 지분 취득에 대한 대가가 첫 번째는 OOO원, 두 번째는 OOO원, 세 번째는 OOO원으로 각각 달랐다. (나) 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점(2021년)을 기준으로 청구법인이 A과 특수관계가 있는지를 판단해야 한다.
1. 조특법 제13조의3에서 외국법인과 특수관계에 있는 법인이 소재·부품·장비 관련 외국법인의 지분을 취득하는 경우 쟁점세액공제①의 대상이 아니라고 규정하고 있는데, 청구법인은 2020년에 이미 A의 지분 80%를 취득하여 A과 특수관계가 있었으므로 2021년 추가 취득한 쟁점지분에 대해서 쟁점세액공제①을 적용받을 수 없다.
2. 청구법인은 쟁점지분의 취득대가를 추정하여 2020년에 A의 지분 100%를 취득한 것으로 회계처리를 하였다고 하나, 회계상 발생주의에 따라 아직 취득을 완료하지 않는 주식에 대해서도 취득한 것으로 회계처리할 수도 있겠지만, 세법은 권리의무확정주의에 따라 권리의무가 확정된 사항에 대해서만 인식을 하여야 하고, 임의적 판단은 엄격히 제한되어 있다.
3. 조특법 제13조의3 제3항에서 취득 당시 외국법인과 특수관계 가 있는 법인인 경우 세액공제를 배제한다고 되어 있기 때문에 특수관계 여부의 판단은 문언에 따라 청구법인이 쟁점지분을 취득한 시점을 기준으로 하여야 한다. 청구법인은 쟁점계약 당시 A과 특수관계가 없으므로 쟁점세액공제①의 적용대상이라고 주장하나, 조특법 제13조의3 제3항은 인수대상법인과 특수관계가 있는 상태에서 취득한 주식에 대해서 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로 특수관계가 있는 상태에서 취득한 쟁점지분은 적용대상이 아니고, 소재·부품·장비의 안정적인 수급목적을 이미 달성한 상태에서 추가로 취득하는 주식에 대해서는 세액공제를 배제함이 타당하다.
4. 청구법인이 2021년에 쟁점지분을 취득하였음에도 청구주장과 같이 특수관계 여부 판단을 2019년(쟁점계약 시점)을 기준으로 한다면, 세액공제의 적용(공제율, 적용요건)은 취득시점으로 하면서 적용요건 중 하나인 특수관계 여부는 계약 시점을 기준으로 판단하게 되어 법 적용 시점에 차이가 발생한다. 만약 계약 이후 오랜 시간이 지나 대금을 지급하여 주식을 취득하였고, 그 사이 세액공제 관련 법령이 개정되었다면 법 적용 시점과 적용 상황이 서로 달라져 법 제정 취지와 괴리된 해석 결과를 가져올 수도 있는바, 쟁점세액공제①과 관련된 조문에서 특수관계 여부는 계약 당시를 기준으로 한다고 명시하고 있지 않았으므로 취득일을 기준으로 특수관계 여부를 판단함이 타당하다.
5. 청구법인은 2020년에 이미 A의 지분 80%를 인수하여 A의 경영에 사실상 영향력을 행사하였기 때문에 이후 취득한 주식까지 비과세혜택을 부여할 유인도 없다. (다) 청구법인이 2021년에 취득한 A의 지분은 20%에 불과하므로 쟁점세액공제①을 적용받기 위한 주식취득요건을 충족하지 못하였다.
1. 조특법 제13조의3 제3항에서 내국법인이 소재·부품·장비 관련 외국법인의 지분을 100분의 50(내국법인이 최대주주로서 외국법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우 100분의 30) 이상 취득하는 경우 쟁점세액공제①을 적용하도록 규정하고 있는데, 청구법인이 2021년에 취득한 쟁점지분은 20%에 불과하므로 공제 요건을 충족하지 못하였다. 법인세는 사업연도 단위로 과세함이 원칙인바, 취득한 지분 비율이 얼마인지는 사업연도 단위로 판단함이 타당하고, 청구주장 같이 여러 해에 걸쳐 취득한 누적 지분비율을 기준으로 ‘지분 취득요건’ 충족 여부를 판단하기 위해서는 법령상 명문 규정이 필요하다.
2. 기획재정부 보도자료를 보면 쟁점세액공제①의 도입취지는 전략물자 등 국내 벨류체인 핵심품목 중 기술확보가 어려운 분야는 M&A를 통해 기술확보를 촉진하기 위함임을 알 수 있는바, 내국법인이 주주로서 실질적 경영권을 행사할 수 있는 상태에서 추가로 취득한 주식에 대해서는 세액공제를 적용할 정책적 합리성도 없다.
3. 쟁점세액공제①(조특법 제13조의3)과 법 구조와 취지가 유사한 기술혁신 주식취득 세액공제(조특법 제12조의4)의 경우 2021.12.28. 개정되기 전까지 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 한번에 50%(경영권 인수 시 30%)를 초과하여 취득할 경우에만 세액공제를 적용하도록 규정하였다가, 한 번에 취득하라는 부분을 완화하여 동일한 사업연도 내에서 피인수법인의 주식을 분할하여 취득한 경우에도 세액공제를 적용하도록 변경하였는데, 이와 관련하여 기획재정부에서 발표한 ‘2021년 세법개정안 문답 보도자료’를 보면 아래 <표2>와 같은 사실관계가 나타난다. <표2> 기술혁신 주식취득 세액공제 관련 세법개정안 보도자료
□ 기술혁신형 주식취득 세액공제 요건 완화 및 적용기한 연장 - 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식을 한번에 50%(경영권 인수 시 30%) 초과하여 취득(특수관계인으로부터 취득하는 경우 제외)할 경우 기술가치금액의 10% 세액공제
□ 개정내용 및 개정취지 - (개정내용) 동일한 사업연도 내에서 피인수법인의 주식을 분할하여 취득한 경우에도 특례를 적용 받을 수 있도록 요건 완화 - 특수관계인 여부는 피인수법인의 주주별로 해당 주주로부터의 최초 취득일을 기준으로 판단
□ (개정취지) 일반적으로 다수의 주주로부터 주식을 순차적으로 취득 → 제도 요건 완화를 통한 벤처투자 회수시장의 활성화 유도 그런데, 청구법인은 A의 지분 80%와 쟁점지분(A의 총 지분 중 20%)을 한꺼번에 취득한 것이 아닐 뿐더러 취득한 연도 또한 다르므로 각각의 취득을 별개의 거래로 보아야 한다. 4) 청구주장과 같이 외국법인의 지분을 80%, 20% 만큼 취득하는 경우와 70%, 30% 만큼 취득하는 경우 조세혜택이 달라지는 불합리가 발생하지 아니한다. 청구주장이 성립하려면 외국법인의 지분을 70%, 30% 나누어 취득하는 경우 그 취득거래 전부에 대하여 쟁점세액공제①이 적용되어야 하나, 내국법인이 이미 지분을 보유하여 특수관계가 있는 외국법인의 주식을 추가 취득하는 경우 쟁점세액공제①의 적용대상이 아닌바, 조세혜택의 적용여부가 달라지지는 아니한다. (라) 청구법인은 2021.8.17. 쟁점계약과 별개의 종결합의를 체결하여 A의 지분 15%를 취득하였는바, A의 지분 15%의 취득에 대해서는 쟁점계약과는 별개의 계약이 존재하고, 쟁점계약과 종결합의에 일괄매매계약이라는 특약사항이 언급되어 있지 아니한바, A의 지분 15%의 취득계약(종결합의)은 쟁점계약과는 별개의 계약으로 봄이 타당하다. (마) 청구법인이 청구주장의 근거로 내세운 판결(서울고등법원 2020.11.23. 선고 2020누42776 판결)은 이 건과 다투는 근거 법조항이 다르고, 그 입법목적 및 취지가 달라 원용할 수 없다. (2) G(E주식의 양도인)은 E주식을 양도한 이후에도 E의 대표이사로서 E에 대하여 실질적 지배권이 있었고, 법인세법령상 청구법인은 같은 기업집단에 있는 계열회사인 E의 임원인 G과 특수관계가 있으므로 청구법인이 취득한 E주식은 쟁점세액공제②를 적용받기 위한 요건을 충족하지 아니한다. (가) 조특법 제12조의4 제1항 제4호에서 쟁점세액공제②의 요건 중 하나로 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주가 해당 주식을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 ‘인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등’에 해당하지 아니할 것”을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4에서 지배주주 등이란 법인세법 시행령제43조 제3항 및 제7항에 해당하는 자를 말한다고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 시행령제43조 제7항은 지배주주 등이란 법인의 발행주식 총수의 100분의 1 이상의 주식을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 합계가 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우에 해당하는 주주 등을 말한다고 규정하고, 같은 영 제2조 제5항 제7호는독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원도 특수관계인에 해당한다고 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우 G은 E주식을 청구법인에게 양도한 이후에도 E의 지분 6.7%를 보유하며 계속해서 E의 대표이사직을 맡고 있고, E은 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 청구법인의 기업집단에 속하는 법인이므로 E의 임원인 G과 청구법인은 법인세법령에 따른 특수관계인에 해당한다. (다) 따라서, G은 E의 지배주주 등에 해당하여 쟁점세액공제②를 적용받기 위한 조특법령상 요건을 명시적으로 충족하지 못한다. (라) 청구법인은 조특법 제12조의4의 입법취지와 목적을 고려하여 해석할 것을 주장하고 있지만, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 것이 원칙이며 규정이 없거나 규정의 내용이 불확실한 경우에 한하여 보충적인 방법으로 입법취지와 목적을 고려하여 해석하는 것으로 G이 지배주주 등에 해당하는 것이 명백한 이상 이를 달리 해석할 이유는 없다. 또한 대표이사는 법인의 경영을 하는 자로 인정 가능하기 때문에 대표이사인 G이 실질적인 경영권을 행사하지 아니하였다는 청구주장을 받아들일 이유도 없다.
① 청구법인이 취득한 쟁점지분이 조특법 제13조의3에 따른 내국법인의 소재·부품·정비전문기업 등에의 출자에 대한 과세특례 요건을 충족하는지 여부
② 청구법인이 취득한 E주식이 조특법 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 과세특례 요건을 충족하는지 여부
(2) 청구법인은 쟁점계약에 따라 A의 지분 100%를 인수하였다고 주장하는데, 쟁점계약의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점계약 중 쟁점지분 취득에 대한 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점계약 중 쟁점지분에 대한 내용 OOO (나) 청구법인이 제출한 쟁점계약(2019.10.18. 체결) 번역본의 주요 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점계약의 주요 내용 OOO
(3) 청구법인이 주장하는 쟁점지분 인수과정은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구법인이 주장하는 쟁점지분 인수과정 OOO
(4) 청구법인은 2021.8.17. 종결합의를 체결하여 A 지분의 15%의 거래가액을 OOO달러로 확정하였는데, 종결합의의 주요 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 종결합의의 주요 내용 OOO
(5) 쟁점세액공제①은 조특법이 2019.12.31. 법률 제16835호 개정될 때 신설되었는데, 기획재정부에서 발간한 2019년 간추린 개정세법에 나와 있는 주요 내용 및 신설 취지는 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점세액공제①의 주요 내용 및 신설 취지 OOO
(6) 쟁점②와 관련된 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 2021년에 E주식(E의 발행주식)을 취득함으로써 2021년 10월말 기준 청구법인은 E의 지분 43.99%를 보유하고 있고, G은 2021년 10월말 기준 E의 지분 6.7%를 보유하고 있다. (나) G은 E의 개업일부터 심판청구일 시점까지 E의 대표이사로 재직 중인 것으로 나타난다. (다) E은 OOO 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제31조에 따른 상호출자, 채무보증제한 기업집단으로서 청구법인이 속해 있는 ‘I 기업집단’에 편입되었다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
1. 조특법 제13조의3 제3항에서 내국법인이 각 호의 구분에 따른 요건을 갖추어 대통령령으로 정하는 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국법인의 주식 등을 취득하는 경우 주식 등 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제하도록 하면서, 같은 항 각 호 외의 부분에서 외국법인이 내국법인과 특수관계인에 해당하지 아니할 것과 내국법인이 소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(내국법인이 소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인의 최대주주 또는 최대출자자로서 그 소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30) 이상을 직접 또는 간접적으로 취득할 것 등을 요건으로 규정하고 있다.
2. 이 건의 경우 처분청은 청구법인이 2020년과 2021년으로 나누어서 A 지분 80%와 쟁점지분을 각각 취득하였으므로 청구법인이 2021년에 쟁점지분을 취득할 당시 A과 특수관계인에 해당하거나 기준지분비율 이상 취득 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점세액공제①의 적용 요건을 충족하지 못하였다는 의견이다.
3. 그러나, 청구법인이 A 주주들로부터 취득한 주식의 인수가 한 번에 이루어지지 않고 순차적으로 이루어졌다고 하더라도 청구법인은 2019.10.18. A 주주와 최초로 A주식에 대한 매매계약(쟁점계약)을 체결하여 A 지분 80%와 20%의 잔여지분(쟁점지분)을 인수하기로 하였고, 쟁점계약에서 쟁점지분 대가의 산정방법 및 쟁점지분 인수시기에 대해 합의하였으며, 청구법인은 A의 주주들과 종결합의를 통해 당초 쟁점계약에서 정한 거래조건의 범위 내에서 A 지분 15%의 거래가액을 OOO달러로 확정하여 대금을 지급하였는바, 이러한 청구법인의 A 전체 지분 인수는 쟁점계약부터 대금을 지급하고 소유권을 취득할 때까지 하나의 계약으로부터 이루어진 것으로 보이므로 청구법인의 각각의 주식 취득 행위를 별개가 아닌 하나의 취득행위로 봄이 타당해 보이는 점, 주식의 취득은 통상적으로 원인 행위인 주식인수계약과 그의 이행으로 이루어지는데, 조특법 제13조의3 제3항 등에서 인수법인과 피인수법인 간의 특수관계 여부 판단의 기준 시점 및 기준지분비율 이상 취득의 기준 시점에 관하여 문언상 분명하게 규정하고 있다고 보기 어렵고, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피한바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 참조), 쟁점세액공제①의 입법 취지를 고려하면 내국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국법인에 대한 M&A 의사가 명확히 확정되는 주식 취득계약 시점을 기준으로 쟁점세액공제① 공제 요건의 충족여부를 판단하는 것이 타당해 보이는 점, 쟁점세액공제①을 규정한 제13조의3 제3항에서 내국법인이 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국법인의 발행주식총수의 일정 지분 이상을 취득할 것을 지분 취득의 요건으로 하고 있을 뿐, 그 지분의 취득시기를 쟁점세액공제②를 규정한 제12조의4와 같이 ‘취득일(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부 개정되기 전의 조특법 제12조의4 제1항 제2호)’ 내지 ‘취득일이 속하는 사업연도(2021.12.28. 법률 제18634호로 일부 개정된 조특법 제12조의4 제1항 제2호)’로 한정하고 있지 아니한 점, 쟁점계약에 의해 청구법인의 쟁점지분을 포함한 전체 A주식 취득에 관한 주요 거래조건이 확정되고, 이에 따른 거래당사자 간 구속력 있는 합의 및 이행이 이루어진 경우까지 대금의 지급연도가 다르다는 이유만으로 동일한 원인으로 취득한 주식에 대해 세액공제의 적용 여부를 달리 보는 것은 형평에도 어긋나는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 2021년에 취득한 쟁점지분에 대해 쟁점세액공제①을 적용할 때 쟁점계약을 기준으로 청구법인과 A 간의 특수관계인 해당 여부 및 기준지분비율 이상 취득요건 충족 여부를 판단하는 것이 타당해 보이고, 이 경우 청구법인은 쟁점계약을 통해 특수관계가 없는 A의 발행주식 전체를 취득한 것이어서 2021년에 취득한 쟁점지분도 조특법 제13조의3 제3항에서 규정한 과세특례 요건을 갖추고 있는 것으로 보인다. 따라서, 청구법인이 2021년에 취득한 쟁점지분에 대하여 조특법 제13조의3 제3항에 따른 세액공제를 적용함이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
1. 조특법 제12조의4 제1항은 내국법인이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업의 주식 또는 출자지분을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다고 하면서, 같은 항 제4호에서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자가 해당 주식 등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하지 아니할 것을 요건으로 규정하고 있는바, 청구법인이 2021년에 취득한 E주식에 대해서 쟁점세액공제②를 적용받기 위해서는 G이 청구법인에게 E주식을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 피인수법인인 E의 지배주주 등에 해당하지 아니하여야 할 것이다.
2. 청구법인은 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인으로서 E은 같은 기업집단에 소속되어 있으므로 E의 대표이사인 G은 법인세법 시행령제2조 제5항 제7호에 따라 청구법인의 특수관계인에 해당하고, 청구법인과 그의 특수관계인인 G이 보유한 E주식의 합계가 E의 주주 중 가장 많으므로 G은 법인세법 시행령제43조 제7항에 따른 지배주주 등에 해당하여 청구법인은 조특법 제12조의4 제1항 제4호에 따른 세액공제 요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점, G이 E의 임원으로 등재되어 있는 이상 객관적인 증빙 없이 G이 E에 대한 실질적인 경영권을 행사하지 아니하였다는 청구법인의 주장만으로 G이 청구법인의 특수관계인이 아니라고 판단하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 E주식에 대하여 쟁점세액공제②를 적용해 달라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단 된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것
2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 “기준지분비율”이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것
4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하지 아니할 것
④ 제1항 및 제2항에 따른 매입가액 및 피인수법인의 순자산시가의 계산, 지배주주등의 범위, 종전에 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조의3【내국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비전문기업 등에의 출자ㆍ인수에 대한 과세특례】③ 내국법인[외국법인이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 항에서 “특수관계인”이라 한다)인 법인과 금융 및 보험업을 영위하는 법인은 제외한다. 이하 이 항 및 제4항에서 같다]이 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 모두 갖추어 2022년 12월 31일까지 국내 산업 기반, 해외 의존도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 외국법인(내국법인이 특수관계인인 경우는 제외하며, 이하 이 조에서 “소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인”이라 한다)의 주식 등을 취득하거나 소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비 사업의 양수 또는 사업의 양수에 준하는 자산의 양수(이하 이 조에서 “인수”라 한다)를 하는 경우[소재ㆍ부품ㆍ장비외국법인을 인수할 목적으로 설립된 대통령령으로 정하는 특수 목적 법인(이하 이 조에서 “인수목적법인”이라 한다)을 통해 간접적으로 인수하는 경우를 포함한다] 주식 등 취득가액 또는 사업ㆍ자산의 양수가액(이하 이 조에서 “인수가액”이라 한다)의 100분의 5(중견기업의 경우에는 100분의 7, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 인수건별 인수가액이 5천억원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 주식 등을 취득하는 경우: 다음 각 목의 요건
1. 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척
2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 제12조의3【내국법인의 소재ㆍ부품ㆍ장비전문기업 등에의 출자ㆍ인수에 대한 과세특례】④ 법 제13조의3 제1항 제3호 본문 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 각각 법인세법 제2조 제12호 에 따른 특수관계인을 말한다. (3) 법인세법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제2조【정의】⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 “비소액주주등”이라 한다)와 그 친족
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
7. 해당 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원 제43조【상여금 등의 손금불산입】⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주 등(이하 “지배주주 등”이라 한다)을 말한다.
⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주 등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
2. 해당 주주 등이 법인인 경우에는 제2조 제5항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날
2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.
3. 상품 등 외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. (5) 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.
④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.