당초 법인세 신고 시에 포함하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 적법히 신고할 의무가 있었음에도 누락하였으므로 신고불성실가산세 부과대상에 해당하나, 결과적으로 과소납부한 세액이 없으므로 납부지연가산세 부과대상에는 해당하지 아니함
당초 법인세 신고 시에 포함하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 적법히 신고할 의무가 있었음에도 누락하였으므로 신고불성실가산세 부과대상에 해당하나, 결과적으로 과소납부한 세액이 없으므로 납부지연가산세 부과대상에는 해당하지 아니함
[주 문] AAA세무서장이 2024.2.27. 청구법인에게 한 2018∼2020사업연도 법인세(가산세) OOO원의 환급 경정청구 거부처분은 납부지연가산세는 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법은 ‘신고·납부하여야 할 세액’보다 적게 신고·납부한 경우에 가산세를 부과하는 한편, 법인세법은 미환류소득에 대한 법인세 등을 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 포함하여 신고·납부하도록 규정하고 있으므로, 가산세 부과기준인 ‘신고·납부하여야 할 세액’에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세 등이 통산되는 것이 명확하다. (가) 현행 국세기본법은 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 과소신고·납부세액의 10%를 일반 과소신고가산세로 부과하고(제47조의3), 납부하여야 할 세액보다 적게 납부할 경우 과소납부세액에 대하여 납부지연가산세를 부과하도록 규정하고 있는바(제47조의4), 국세기본법상 가산세 부과기준은 ‘신고·납부하여야 할 세액’이다. 이때의 ‘신고·납부하여야 할 세액’은 개별 세법(법인세법)에 따라 판단되는바, 현행 법인세법은 미환류소득에 대한 법인세 등을 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 포함하여 신고·납부하도록 규정하고 있다. (나) 현행 법인세법 제55조 제1항 은 ‘각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 과세표준과 세율을 적용하여 계산한 금액(토지등 양도소득에 대한 법인세액, 미환류소득에 대한 법인세액을 합한 금액으로 이하 ‘산출세액’이라 한다)을 그 세액으로 한다.’라고 규정하고 있고 조특법 제100조의 32 제1항은 미환류소득에 대한 법인세를 ‘ 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부’하도록 규정하고 있는바, 법인세법은 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 ‘법인세 산출세액’으로 정의하면서 미환류소득에 대한 법인세 등을 포함하고 있다. 1) 법인세법 제60조 제1항 은 법인세 과세표준과 세액 신고의무를 규정하고, 제64조 제1항은 미환류소득에 대한 법인세액 등을 포함한 각 사업연도 소득에 대한 법인세 산출세액에서 감면세액·세액공제액 등을 차감한 금액을 ‘법인세 납부세액’으로 규정하고 있다.
2. 즉, 현행 국세기본법의 가산세 부과기준은 납세의무자가 ‘신고·납부하여야 할 법인세액’을 의미하는바, 법인세법 제55조 제1항 의 문언상 법인세 산출세액 계산시 미환류소득에 대한 법인세액 등이 포함되므로, 법인세법 제60조 및 제64조에 기초한 ‘신고·납부하여야 할 법인세액’에는 미환류소득에 대한 법인세액 등이 포함됨이 분명하다.
3. 나아가, 가산세는 신고하여야 할 ‘세액’보다 적게 신고한 경우에 적용되므로, 미환류소득에 대한 법인세를 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 구분하여 별도로 가산세를 부과하기 위해서는 개별세법상 미환류소득에 대한 법인 ‘세액’ 신고의무가 존재하여야 하나, 조특법 제100조의32 제2항은 미환류소득 ‘금액’의 신고를 논할 뿐, 미환류소득에 대한 법인‘세액’ 신고의무를 별도로 규정하고 있지 않으므로 별개의 가산세 부과 대상에 해당하지 않는다.
(2) 처분청이 제시한 판례 등에 근거할 때 동일 세목 내 별도의 과세단위를 판단하는 기준은 ‘과세표준 신고의무 및 결정·경정 규정이 별도로 존재하는지 여부’인데, 현행 법인세법상 토지등 양도소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세의 경우 ‘과세표준 신고의무 및 결정·경정 규정’이 별도로 존재하지 않으므로, 이를 각 별개의 과세단위라고 볼 수 없다. (가) 처분청도 과세단위의 판단기준으로 제시한 판례에 따르면 가산세는 과세단위별로 부과되는 것이고, 과세단위의 판단기준은 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정이 별도로 존재하는지 여부이다(서울행정법원 2022.2.8. 선고 2021구합52112 판결 참조). 위 기준에 따르면 토지등 양도소득, 미환류소득의 경우 별도의 ‘과세표준 신고, 결정·경정 규정’이 별도로 존재하지 않으므로 각 별개의 과세단위로 볼 수 없고, 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 함께 하나의 과세단위를 구성하므로 가산세는 모두 통산하는 것이 타당하다. 소득세법은 종합소득, 퇴직소득, 양도소득별로 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정을 각 별도로 규정하고 있어 모두 별개의 과세단위로 구분된다. 반면, 현행 법인세법은 미환류 소득에 대한 법인세, 토지등 양도소득에 대한 법인세의 경우 각 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정을 별도로 규정하고 있지 않아 이를 각 별개의 과세단위로 볼 수 없다. 현행 법인세법 체계 아래에서는 미환류소득에 대한 법인세, 토지등 양도소득에 대한 법인세는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 함께 하나의 과세단위를 구성할 뿐이다. <소득세법과 법인세법의 과세단위 판단> 구분
① 과세표준신고
② 결정·경정
소득 세법 종합소득 제70조 제1항 제80조 별개의 과세단위 퇴직소득 제71조 제1항 제80조 별개의 과세단위 양도소득 제110조 제1항 제114조 별개의 과세단위 법인 세법 각 사업연도 소득 제60조 제66조 하나의 과세단위 미환류소득, 토지등 양도소득
• - 청산소득 제84조 제87조 별개의 과세단위 (나) 한편, 미환류소득에 대한 법인세, 토지등 양도소득에 대한 법인세 등을 별도의 과세단위로 취급하는지 여부는 입법에 관한 사항이다. <토지등 양도소득 법인세, 미환류소득 법인세의 입법 연혁> 구분 과세표준신고, 결정·경정 규정 별도 존재 여부(과세단위 판단) 산출세액 포함 여부(제55조) 토지등 양도소득 2001.12.31. 개정 전: 별도 규정 존재함(구 법인세법 제102조) 포함되지 않음 2001.12.31. 개정 후: 별도 규정 없음 포함됨 미환류소득 2001.12.31. 개정 전: 별도 규정 없음(적정유보초과소득) 포함됨 2014.12.31. 개정 후: 별도 규정 없음(미환류소득) 포함됨
1. 2001.12.31. 개정 전 구 법인세법 제102조 는 특별부가세에 대하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 구분되는 별도의 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정을 별도로 규정한바, 당시 법령에 따르면 특별부가세는 별개의 과세단위에 해당하였다. 구 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제102조 (신고·납부·결정·경정 및 징수)
① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다.
2. 그 이후 2001.12.31. 세법 개정 시 특별부가세는 감면비중이 높아 세제로서의 실효성이 없는 점을 감안하여 이를 폐지하고 현재와 같이 법인세에 추가하여 납부하는 제도로 개정하면서, 특별부가세에 대한 관련 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정을 삭제하였는바, 현행 법인세법상 토지등 양도소득에 대한 법인세는 별도의 과세단위에 해당하지 않는다. (다) 처분청은 특별부가세를 별도의 과세단위로 판단한 과거 대법원 판례(대법원 2005.11.10. 선고 2003두681 판결) 등을 근거로 미환류소득에 대한 법인세도 별도의 과세단위라는 의견이나, 처분청이 제시한 판례 등은 모두 과세표준 신고규정, 결정·경정 규정이 각 별도로 존재해 특별부가세를 별도의 과세단위로 규정하던 과거 법령(2001.12.31. 개정 전 구 법인세법)에 근거한 것이므로, 이 건에 적용할 수 없다.
1. 처분청은 납세의무자가 각 사업연도 법인세를 신고하였으나, 특별부가세를 신고하지 않은 경우 특별부가세 무신고에 대하여 무신고가산세를 부과할 수 있는지가 쟁점인 사안에서, 특별부가세는 별도의 과세단위를 구성하므로 무신고가산세를 부과하는 것이 적법하다고 본 대법원 판례를 근거로 특별부가세와 유사하게 규정된 미환류소득에 대한 법인세도 마찬가지로 별도 과세단위를 구성한다는 의견이나, 위 대법원 판례는 특별부가세에 대하여 과세표준 신고의무와 경정·결정을 별도로 두고 있던 2001.12.31. 개정 이전인 구법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)에 근거한 것으로 개정 이후에는 적용될 수 없는 것인데, 처분청은 특별부가세 개정연혁을 고려하지 않고 결론만을 근거로 현행 법인세법하에서도 특별부가세가 별도의 과세단위라고 오인하고 있다.
(3) 대법원, 기획재정부, 국세청은 모두 가산세 근거법령 문언을 엄격히 해석하여 가산세 부과 여부를 판단하고 있고, 현행 국세기본법 및 법인세에 의하면 ‘신고하여야 할 법인세액’보다 적게 신고납부한 경우에 가산세가 부과되는데, 청구법인이 경정청구를 통해 환급받은 법인세 금액이 세무조사시 추가로 부과·고지한 각 사업연도 소득에 대한 법인세 금액보다 커서, 결과적으로 신고·납부하여할 세액보다 적게 신고한 바가 없으므로 가산세 부과 대상에 해당하지 않는다. (가) 대법원은 가산세 부과 근거법령의 문언을 엄격히 해석하여 산출세액은 정당하게 신고하였으나, 감면세액을 잘못 적용하여 최종납부세액을 과소하게 신고한 사례에서 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제121조, 제151조의 취득세와 등록세의 신고불성실 가산세 부과기준이 ‘산출세액’인 경우 신고불성실 가산세를 부과할 수 없고, 같은 법 제260조의5의 지방교육세 신고불성실 가산세 부과기준이 ‘납부세액’인 경우 신고불성실 가산세 부과는 적법하다고 판시하였다(대법원 2015.5.28. 선고 2014두12505 판결 참조). <대법원 2015.5.28. 선고 2014두12505 판결 요약> 구분 신고불성실 가산세 규정
대법원 판단 취득세, 등록세 산출세액 기준 산출세액:정상, 납부세액:과소 가산세X 지방교육세 등록세 납부세액의 20% 납부세액:과소 가산세O (나) 한편, 기획재정부는 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 신고하였으나 토지등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 않은 경우, 토지등 양도소득에 대한 과세표준 신고의무 규정이 없고, 각 사업연도 소득에 대한 과세표준을 적법하게 신고하였으므로 과소신고가산세를 부과하지 않는 것으로 해석하였고(조세정책-339, 2011.3.18.), 국세청은 동일한 사실관계지만 과소신고가산세 부과기준이 과세표준에서 ‘납부할 세액’으로 변경된 법령하에서 과고신고가산세를 부과한다고 해석하였다(징세-8026, 2022.1.18.). <가산세 부과 근거법령 차이에 따른 사례 비교> 구분 기획재정부 조세정책-339, 2011.3.18. 국세청 서면-2021-징세8026, 2022.1.18.
각 사업연도 소득 신고 O, 토지등 양도소득 신고 X 당시 가산세규정 무신고가산세: 과세표준 과소신고가산세: 과세표준 무신고가산세:과세표준 과소신고가산세:납부할 세액 당시 법인세법규정 토지등 양도소득에 대한 과세표준신고규정 없음 → 별개의 과세단위 아니므로 무신고가산세 부과대상X
무신고가산세X 과소신고가산세X 무신고가산세X 과소신고가산세O
(4) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변 및 추가 항변은 다음과 같다. (가) 처분청의 의견과 같이, 만약 법인세를 구성하는 ‘각 사업연도소득 법인세에 대한 가산세’와 ‘토지등 양도소득 법인세에 대한 가산세’, ‘미환류소득 법인세에 대한 가산세’가 모두 구분되는 별개의 것이라고 가정한다면, 위 별개의 각 소득 중 특정 소득을 신고하지 않은 경우, 과소신고가산세가 아닌 무신고가산세를 부과되어야만 할 것이다. 하지만, 국세청은 현행 법인세법상 ‘내국법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 법정신고기한까지 신고하였으나, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 않은 경우, 국세기본법 제47조의3 에서 정하는 과소신고가산세가 적용된다’고 답변하여(징세-8026, 2022.1.18.), 처분청의 의견과 정반대의 결론을 제시한바, 처분청의 의견은 논리적 타당성이 없다. 즉, 국세청은 현행 법인세법상 가산세 계산시 동일한 법인세 하에서 구체적인 소득의 종류를 구분하지 않고, 정당하게 신고·납부하여야 할 정당한 ‘법인세’ 하나의 항목으로만 계산하는바, 이는 앞서 살펴본 바와 같이 현행 법인세법이 ‘각 사업연도 소득’, ‘토지등 양도소득’, ‘미환류 소득’을 모두 하나의 과세단위로 판단하는 것과 같은 논리이다. (나) 또한, 처분청은 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 서식을 근거로 법문에 따라 가산세를 통산하여 계산할 수 없다는 의견이나, 서식은 신고절차의 일관성, 세무행정의 투명성 등을 목적으로 신고세액의 정확성을 유도하기 위한 수단일 뿐, 법인세법의 문언보다 우선시 될 수는 없다.
1. 한편, 법인세 신고의무를 규정한 법인세법 제60조 제1항 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제97조 제2항에서 법인세법 제60조 제1항 에 의한 신고서는 ‘법인세 과세표준 및 세액신고서’로 규정하고 있다. 이때 각 사업연도 소득 및 청산소득의 경우 별도의 ‘과세표준 및 세액신고서’가 존재하나, 토지등 양도소득 및 미환류 소득의 경우 별도의 ‘과세표준 및 세액 신고서’가 존재하지 않는바, 이는 법인세 과세단위 판단과도 일치한다. 참고로 소득세법의 경우 과세단위별로 종합소득, 퇴직소득, 양도소득에 대한 각 과세표준 및 세액신고서가 존재한다. (다) 처분청은 조특법 제100조의32 제2항이 미환류소득에 대한 별도의 신고의무를 규정한 것이라는 의견이나, 이는 신고 대상을 잘못 이해한 것이다.
1. 과세단위의 판단은 ‘과세표준’ 신고규정에 근거해야 하나, 위 규정은 ‘금액’을 신고하도록 규정할 뿐, ‘과세표준’ 신고에 관한 규정이 아니므로 가산세 부과기준 관점에서 별도의 신고의무 규정이 아닌 점이 명확하며, 미환류소득 계산 방법의 신고에 관한 규정이다.
2. 미환류소득의 경우 별도의 과세표준 신고의무가 존재하지 않는다는 것은 미환류소득 법인세의 연혁을 볼 때 더욱 분명하다. 현행 미환류소득 법인세는 1990년대 구법인세법에서 적정유보초과소득에 대한 법인세에 기초를 두고 있는데, 당시 구법인세법(1998.9.16. 제5553호로 일부 개정되어 1998.10.1. 시행된 것) 제22조의2는 ‘적정유보초과소득에 대한 법인세와 과세표준에 일반 법인세율을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 당해 법인의 각 사업연도에 대한 법인세로 한다’라고 규정할 뿐, ‘적정유보초과소득에 대한 법인세’에 대한 별도의 과세표준 신고의무를 규정하지 않았다.
3. 위 적정유보초과소득에 대한 법인세가 1990년대 말 구법인세법(1998.12.28. 제5581호로 전부 개정되어 1999.1.1. 시행된 것)상 제56조로 이전되었을 당시에도 여전히 적정유보초과소득 법인세에 대하여 별도의 ‘과세표준 및 세액’ 신고의무 규정을 두고 있지 않았다. 즉, 미환류소득 법인세는 과거부터 현재까지 별도의 과세표준 신고의무가 존재하지 않는다. (라) 한편, 구법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것)은 별도로 법인세에 대한 가산세를 규정하였으나, 2006.12.30. 국세기본법의 개정으로 모든 국세에 공통적으로 적용되는 가산세 규정이 신설되었다. 구법인세법, 국세기본법의 과소신고가산세 및 납부지연가산세 판단 기준을 살펴보면, ‘산출세액(과소신고가산세)’ 및 납부하여야 할 세액(납부지연가산세)’으로 규정하였던 반면, 현행 국세기본법은 ‘신고·납부하여야 할 세액’으로 규정하고 있다. <과소신고가산세 및 납부지연가산세의 판단 기준 변경> 구분 구 법인세법 제76조 국세기본법 제47조의3, 제47조의4 과소신고가산세 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고, 산출세액의 00/100금액 신고하여야 할 세액보다 적게 신고 납부지연가산세 납부하여야 할 세액에 미달 납부하여야 할 세액보다 적게 납부 즉, 현행 국세기본법은 정당하게 ‘신고·납부하여할 법인세액’ 보다 적게 신고한 경우를 가산세 부과대상으로 규정한다. 청구법인은 경정청구를 통해 미환류소득에 대한 법인세를 환급받아 현행 국세기본법 문언상 당초 신고·납부하여야 할 정당한 법인세액에 미달하여 법인세를 신고·납부한 사실이 없음이 분명하므로, 국세기본법상 가산세 부과 요건에 해당하지 않는다.
(1) 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 관한 가산세와 미환류 법인세에 관한 가산세는 구별되는 것이며, 법인세 과세표준 및 세액에 영향이 없는 이상 일반 법인세에 관한 가산세를 환급하여야 하는 것은 아니다. (가) 미환류소득에 대한 법인세, 즉 투자·상생협력촉진세제는 자기자본이 OOO원을 초과하는 법인 등에 대해 한시적으로 적용하는 과세특례로 (각 사업연도 소득에 대한)법인세와 같은 세목·코드를 사용하고 있으나, 이는 미환류소득에 대한 법인세 납세의무가 있는 법인들의 신고 편의를 위한 것으로 여겨질 뿐이며, 기업의 소득이 투자, 임금 등을 통해 가계의 소득으로 흘러 들어가는 선순환 구조의 정착에 취지가 있는 미환류소득에 대한 법인세는 (각 사업연도 소득에 대한)법인세와는 입법 취지, 과세대상 및 과세방법이 상이하다. 법인세법 제3조 는 법인세목으로 부과하는 소득에 대한 내용으로 각 사업연도의 소득, 청산소득, 토지 등 양도소득, 미환류소득에 대해 법인세를 부과한다는 내용으로, 청구법인의 주장처럼 제1호 각 사업연도의 소득과 제4호 미환류소득을 동일하게 볼 수 없으며, 제2호 청산소득, 제3호의 토지 등 양도소득은 각각 다른 종류의 소득이며, 이를 통산하여 가산세를 계산할 수는 없다. (나) 청구법인은 자의적으로 법령을 해석하여 가산세를 통산하여 계산한다고 주장하고 있으나, 각각의 신고·납부의무 불이행에 따른 가산세를 통산하여 계산한다는 법률 규정은 없다. 성실신고확인서 제출 불성실 가산세를 규정한 법인세법 제75조 에서도 (각 사업연도 소득에 대한)법인세 산출세액에 가산세율을 적용하되 토지 등 양도소득에 대한 법인세액 및 미환류소득에 대한 법인세액은 제외하도록 하고 있어 가산세 계산시 (각 사업연도 소득에 대한)법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액은 구분하여야 하는 별개의 것임을 반증하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 외 다수 판결 참조). (다) (각 사업연도 소득에 대한)법인세, (토지 등 양도소득에 대한)법인세 및 미환류소득 법인세는 각각 별도의 ‘가산세’ 항목을 두고 있다. 법인세법 시행규칙[별지 3호 서식]이 정한 법인세 과세표준 및 세액조정계산서 양식을 보면, 엄연히 (각 사업연도 소득에 대한)법인세, (토지 등 양도소득에 대한)법인세 및 미환류소득 법인세 항목에 별도의 ‘가산세액’(, , )란을 두고 있고, 신고양식은 세법개정 및 시행령에서 위임한 사항과 주요 개정사항 등을 반영한 법률서식이며, 법인세 신고서식의 경우 각 소득(각 사업연도 소득, 토지 등 양도소득, 미환류소득)의 과세표준에서 세율을 곱하여 산출세액을 구한 후 감면·공제세액을 차감하고 가산세액을 가산하여 각 소득의 차감납부할 세액( ＋ + )을 구하고 있다. (라) 같은 세목에 관한 여러 종류의 가산세 부과처분은 종류별로 각각 별개의 처분으로 보아야 한다는 것이 판례의 입장으로, 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분이 각 별개의 과세처분인 것처럼(대법원 2005.9.30. 선고 2004두2356 판결) 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세과 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 할 것이다.
(2) 청구법인의 항변 및 추가항변에 대한 답변은 아래와 같다. (가) 기납부세액 공제가 되기 위해서는 원래부터 조세채권의 확정과 더불어 해당 세액으로 납부하였어야 하고, 그렇지 아니한 경우에는 다른 세목으로 신고된 세액을 감액경정하여 환급금채권을 발생시키고 환급금충당 조치를 하는 것이 원칙이다. 이중 ‘원래부터 조세채권의 확정과 더불어 해당 세액으로 납부’하였다고 함은 이미 세액을 납부하였으나 납세신고나 당초처분에 대한 경정처분이 있는 경우 등을 의미하는 것으로, 경정처분에 납세신고나 당초처분이 흡수될 수 있는 경우, 즉, 경정처분과, 납세신고나 당초처분이 동일한 과세단위인 경우에나 적용될 수 있는 것으로 대법원 판례도 일관하여 과세단위 이론에 입각하여 신고의무의 이행 여부나 기납부세액 공제 여부의 문제를 판정하고 있다.
1. 과세단위는 ‘강학상의 개념’인데, 납세자가 어떤 명목으로 세금을 신고·납부하거나 과세관청이 부과하였을 때, 그것이 같은 세금인지를 식별하는 기준이 되는 개념이 ‘과세단위’이다. 예를 들어 소득세를 납부했는데, 증여세를 납부한 것으로 취급할 수는 없고, 같은 소득세라도 연도가 다르면 과세단위가 달라지며, 동일인의 같은 연도 소득세라도 양도소득세와 종합소득세(사업·이자·배당·기타소득 포함)는 과세단위가 달라 별개의 세금으로 보게 된다. 과세단위는 보통 과세기간(시간적 과세단위), 납세자(인적 과세단위), 과세물건(과세대상이 되는 물건, 소득, 거래 등)을 기준으로 구분되는 것으로, 현행 소득세법은 이자소득, 배당소득, 사업소득, 근로소득, 연금소득, 기타소득으로 구성되는 종합소득세, 퇴직소득세 및 양도소득세로 구분하여 이를 별개의 과세단위로 보아 과세하고 있고, 현행 법인세법도 형식적으로는 ‘법인세’라는 하나의 명칭으로 묶여있는 것으로 보이나, 그 내용으로는 법인세법 제4조 제1항 에서 각 사업연도의 소득에 대한 법인세와 제2호의 청산소득에 대한 법인세, 제3호의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 따른 법인세(이하 ‘특별부가세’라 한다), 조특법 제100조의 32에 따른 미환류소득 법인세 등으로 구분하여 이를 별개의 과세단위로 취급하고 있고, 법인세법 시행규칙 별지 제1호의 ‘법인세 과세표준 및 세액신고서’도 위 각 법인세를 구분하여 기재한 후 신고하도록 되어 있다.
2. 미환류소득에 대한 법인세 과세는 기업의 소득을 투자ㆍ배당재원 등으로 활용하도록 하여 기업소득, 가계소득 간 선순환 효과를 발생시키기 위한 목적에서 마련된 것으로서, 국가가 일정한 정책목표를 달성하거나 납세자 행위를 일정한 방향으로 유도하기 위해 부과하는 정책적·유도적 조세에 해당한다. 이와 달리 각 사업연도 법인세는 법인의 각 사업연도의 소득 자체를 대상으로 하고, 국가의 재원조달을 주된 목적으로 한 전형적인 국고적 조세에 해당한다. 한편, 소득세법에서는 토지와 건물의 양도로 인한 양도차익에 대해 양도소득세를 과세하고 있고, 법인세법은 위 양도차익에 대해 순자산증가설에 따라 각 사업연도의 소득으로 보아 과세하지만, 일정한 투기지역 안에 있는 토지와 건물의 양도차익에 대해서는 양도소득세와 법인세의 세율 차이로 인한 조세회피가 발생할 수 있으므로, 각 사업연도 법인세에 더하여 별개의 세금을 내도록 하고 있다. 위와 같이 세 가지 세금의 목적상 차이는 다음과 같은 세액계산 과정에서도 판이하게 구별된다.
3. 미환류소득 법인세는 ‘환류기준액’에서 ‘환류액’을 공제하여 (+)인 미환류소득이 발생하면 여기에 20% 세율을 곱하여 산출세액을 산정한다. 납세의무자가 투자환류액을 포함시킬 경우, 기업소득의 65%를 환류기준액을 보고, 여기에 환류액(투자환류액, 임금증가 환류액, 상생협력 환류액)을 공제하여 미환류소득을 계산하는 1안과 투자환류액을 포함시키기 않을 경우, 기업소득의 15%를 환류기준액으로 보고, 여기에 환류액(임금증가환류액, 상생협력환류액)을 빼서 미환류소득을 계산하는 2안을 선택할 수 있다. 환류액이 환류기준액을 초과하는 (-) 초과환류소득이 발생할 경우에는 차기에 이월하여 다음 사업연도에 미환류소득에서 차감할 수 있다. 한편 ‘기업소득’은 법인세법상 각 사업연도의 소득금액을 기준으로 하지만, ‘법인 내 사내유보금을 억제하고 투자와 임금 증가’를 도모하는 미환류소득 법인세의 목적에 맞추어 각 사업연도 소득의 익금 및 손금산입과 다르게 ‘자산이 현실적인 투자재원이 되는지 여부’에 기준을 두고 산정한다. 예컨대 국세의 과오납금 환급금에 대한 이자는 조세정책상 익금불산입하고, 내국법인의 수입배당금액 익금불산입액도 이중과세 방지를 위하여 익금불산입하지만, 미환류소득 법인세의 기업소득에는 가산항목에 포함한다. 반면, 각 사업연도의 법인세나 상법에 따라 의무적으로 적립하는 이익준비금은 각 사업연도 법인세의 목적상 손금에 산입될 수 없으나, 기업소득을 산정할 때 이러한 항목들은 법인이 현실적으로 임금이나 투자에 사용할 수 없는 재원이므로 차감항목에 포함한다.
4. 또한, 각 과세단위가 대상으로 하는 소득도 달리하고 있는데, 각 사업연도 법인세는 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.”고 하여 그 사업연도에 법인의 소득 그 자체를 과세물건으로 삼고 있다. 반면, 미환류소득 법인세는 기업소득의 일정 비율에서 환류소득을 공제하여 산출되는 ‘미환류소득’을 과세대상으로 하고 있고, 기업소득도 각 사업연도의 소득과 다르게 ‘현실적으로 투자하거나 지출할 수 있는 재원’인지 여부를 기준으로 하고 있고, 산출세액의 계산에 있어서도 각 사업연도 법인세의 경우 위 각 사업연도의 소득에 대해 법인세법 제55조 제1항 에 따른 세율을 곱하여 산출되고, 그 세율은 누진세율로 구성되어 있으나, 미환류소득 법인세는 미환류소득에 100분의 20을 곱하여 산출되도록 하여 각 사업연도 법인세와는 다른 세율을 정하고 있고, 그 세율은 고정세율로 구성되어 각 사업연도 법인세와는 다른 계산방법을 취하고 있다.
5. 법인세법에서도 산출세액을 산정할 때에는 각 사업연도 법인세를 일단 계산한 후 미환류소득 법인세를 별도로 더하도록 정하고, 감면 및 세액공제액을 계산함에 있어서는 각 사업연도 법인세만을 대상으로 하며 미환류소득 법인세에는 그 적용을 제외하고 있으며, 성실신고확인서 제출 불성실 가산세의 ‘법인세 산출세액’에는 미환류소득 법인세를 제외하도록 하는 등 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세를 구분하여 정하고 있다. 다만, 미환류소득 법인세에서는 차기환류적립금을 공제하거나, 초과환류액을 공제하는 등 각 사업연도 법인세와는 별도의 감면 및 세액공제 제도를 마련하고 있다. 또한 6개월마다 납부하는 중간예납세액에서도 각 사업연도 법인세에 한정하고 있고, 미환류소득에 대한 법인세는 제외하고 있다.
6. 한편, 구 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정된 것) 제56조 제1항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액(주: 각 사업연도 법인세)에 추가하여 납부하여야 한다.”고 정하여 각 사업연도 법인세와 구분되는 미환류소득 법인세가 ‘추가하여 납부’되는 것임이 문언상 분명하였다. 이처럼 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세는 조세의 목적, 과세대상이 되는 소득, 세율, 감면 및 세액공제, 가산세 등에 있어 별개의 과세요건을 갖고 부과되는 세금으로서 독립한 과세단위에 해당한다. (나) 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에서도 법인세 내에서 ‘각 사업연도 법인세’와 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세(특별부가세)’ 및 ‘미환류소득 법인세’는 전혀 별개의 과세표준으로서 각각의 산정과정을 거쳐 최종납부세액을 산출하고 있고, 법인세를 구성하는 위 세 가지 종류의 세금은 가산세액의 계산도 별도로 이루어 지도록 되어 있다. 각 사업연도 법인세는 무신고가산세, 과소신고가산세, 납부지연가산세 및 각종 협력의무불이행으로 인한 가산세를 두고 있고, 토지 등 양도소득에 대한 법인세(특별부가세)와 미환류소득에 대한 법인세 모두 유사한 세율로 무신고가산세, 과소신고가산세 및 납부지연가산세의 계산항목을 별도로 두고 있다. 만약 신고납부세액을 동일한 차원에서 통산하는 것이라면, 위와 같이 별도로 계산할 필요는 없을 것이다. (다) 구 법인세법 제60조 제1항 은 ‘각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세의무지 관할 세무서장에게 신고’할 의무를 부여하고 있다. 그런데 미환류소득 법인세에 대한 구 법인세법 제56조 제2항 은 ‘제1항 각호에 따른 내국법인은 다음 각호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액을 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’고 별도로 규정하고 있다. 이후 시행된 조특법 제100조의 32 제2항도 위 법인세법 조항과 유사하게 내국법인의 미환류소득 법인세 과세표준과 세액에 대한 신고의무를 규정하고 있다. 위와 같이 각 사업연도 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 별개의 조항으로 신고의무를 규정하고 있으므로, 국세기본법 제47조 의 3 제1항에서 말하는 ‘해당 세액을 신고할 의무’란 구 법인세법 제60조 제1항 과 구 법인세법 제56조 제2항 등에서 정해진 별개의 신고의무를 상정하고 있는 것이다. 따라서 두 가지 세금의 신고의무 이행 여부는 독립하여 판정하여야 하고, 양자를 뭉뚱그려서 판정할 수는 없다.
1. 마찬가지로 구 법인세법 제64조 제1항 은 각 사업연도 법인세의 납부의무를 규정하고 있는데, 구 법인세법 제56조 제1항 은 ‘내국법인이 투자, 임금, 배당 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다’고 규정하여 두 가지의 세금의 납부의무 역시 별도로 규정하고 있다. 조특법 제100조의32 제1항도 위 법인세법 조항과 유사하게 내국법인의 미환류소득 법인세의 납부의무를 규정하고 있다.
2. 이전의 “특별부가세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 그 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 그 양도시기를 기준으로 판정하여야 하고(대법원 1995.3.24. 선고 94누6871 판결 등 참조), 부칙 제2조 단서에서도 특별부가세에 관한 개정규정은 개정 후 시행령의 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 점, 부칙 제8조 제3항은 법인세에 있어 취득가액 산정에 관한 제72조 개정규정의 개별적 적용시기를 규정한 것일 뿐 법인세(각 사업연도 법인세를 뜻한다)와는 별개의 과세단위를 이루고 있는 특별부가세에 관한 규정이 아닌 점, 특별부가세에 관한 개정규정인 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호는 특별부가세의 취득가액을 산정함에 있어 제72조의 계산방식만을 준용하고 있는 점 등을 종합하면, 개정 후 시행령의 시행 전에 취득한 토지라 하더라도 그 시행 후에 양도된 경우 특별부가세의 과세표준 계산에 있어서 그 취득가액의 산정에는 개정 후 시행령 제140조 제2항 제1호를 적용하여야 한다.”고 하여 특별부가세가 각 사업연도 법인세와는 별개의 과세단위를 이루고 있다고 명시적으로 판시한바 있다.
3. 나아가 대법원 2005.11.10. 선고 2003두681 판결에 따르면, “특별부가세의 납세의무가 있는 법인은 법 제59조의5의 규정에 의한 과세표준신고서는 물론이고 소정의 서식에 따른 '특별부가세 과세표준 및 세액계산서'를 함께 제출하여야 할 것인데, 만일 법인이 '법인세 과세표준 및 세액신고서'의 특별부가세 과세표준 및 산출세액란 등에 모두 'OOO'이라고 기재한 다음, 이에 첨부된 '특별부가세 과세표준 및 세액계산서'의 자산의 양도와 관련된 해당 항목과 과세표준 및 세액 계산에 필요한 항목을 모두 공란으로 하여 제출하였다면, 이는 당해 사업연도에 특별부가세 과세대상인 자산의 거래가 있었으나 당해 자산의 양도가 비과세 혹은 면제대상에 해당하거나 또는 양도차익이 없는 경우에 해당하여, 그 과세표준과 세액을 'OOO'원으로 신고한 의미가 아니라 당해 사업연도에는 특별부가세의 과세대상인 자산의 거래 자체가 없었다는 사실을 신고한 것으로 보는 것이 거래통념이나 경험칙에 부합하고, 따라서 법인이 당해 사업연도에 자산의 양도가 있어 특별부가세의 납세의무가 성립하였음에도 '법인세 과세표준 및 세액신고서'에 특별부가세 과세표준 및 산출세액 등을 'OOO'이라고 기재한 다음, 함께 제출된 '특별부가세 과세표준 및 세액계산서'에 자산의 양도 및 세액 계산에 관련된 해당 항목을 모두 공란으로 남겨 두었다면 이 경우에는 특별부가세의 과세표준과 세액을 신고하지 아니한 것으로 봄이 상당하다고 할 것이다.”라고 판시하여 양도차익에 대한 각 사업연도 법인세 과세표준금액은 신고하였으나 특별부가세 과세표준금액을 신고하지 아니한 사안에 관하여 특별부가세 과세표준의 ‘무신고가산세’가 적용된다고 판단한바 있다.
4. 위와 같은 특별부가세는 양도차익에 대해 이미 각 사업연도 법인세를 부과한 다음, 다시 정책적 목적에 따라 같은 양도차익에 대해 별도의 요건으로 부과하고 있어, 각 사업연도 소득에 대해 각 사업연도 법인세가 부과된 다음, 다시 정책적 목적에 따라 각 사업연도 소득에 대해 별도의 요건으로 부과되는 미환류소득 법인세와 동일한 구조를 가지고 있다. 따라서 특별부가세에 대하여 별도로 신고납부가 이루어지지 않는다면, 거기에 무신고가산세가 부과되는 것이 이론상 타당하고, 미환류소득 법인세에도 같은 법리가 적용된다고 할 것이다. (라) 가산세란 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말하고, 가산세는 ‘가산할 국세’의 납세의무가 성립하는 때에 성립하는 것이므로 가산세는 과세단위 별로 부과된다.
1. 서울지방국세청장의 조사결과에 따른 처분청의 각 사업연도 법인세 부과처분은 이전가격, 자산부채 평가, 과다경비 등 부인, 감가상각비, 세액공제, 세액감면, 수익·비용 귀속시기 오류 등을 항목으로 하여 이루어진 것이니, 청구법인은 이러한 항목들에 대하여 신고의무와 납부의무를 게을리한 것이다. 반면, 청구법인에 대하여 이루어진 미환류소득 법인세의 환급은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 세무조사 당시 적출된 사유와는 무관한 이유로 이루어졌다. 그렇다면 청구법인이 각 사업연도 법인세에 한하여는 불성실한 신고와 납부를 한 것이 분명하고, 미환류소득 법인세에서 환급사유가 발생하였다는 우연한 사정으로 인하여 청구인이 당초에 이행하지 않았던 각 사업연도 법인세의 신고 및 납부의무를 사후적으로 이행한 것처럼 간주하는 것은 불합리하다.
2. 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세는 조세의 목적, 납세의무자, 과세대상이 되는 소득, 세율, 감면 및 세액공제, 가산세 등이 전혀 다른 조세이고, 이는 법령을 통해서도 쉽게 알 수 있는 것이므로 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세를 납부하면서, 각 사업연도 법인세의 납부의무를 이행한다는 인식이 있었다고도 볼 수 없다. 특히, 각 사업연도 법인세가 산출된 후에야 미환류소득 법인세가 산출될 수 있고, 신고서에도 각 사업연도 법인세와 별개의 항목으로 기재하게 되므로 청구법인으로서는 신고 당시 위 각 세금이 별개의 세금임을 분명히 알고서 신고하였다고 할 것이다.
3. 대법원 2017.1.25. 선고 2016두52552 판결은 하나의 기초적 사실관계를 바탕으로 하였지만, 납세의무자가 소득의 법적 성격을 잘못 파악하여 과세단위가 다른 세금으로 신고납부한 경우에 기납부세액 공제를 인정할 수 없다고 한 사안으로, 이 건은 과세단위가 다름은 물론, 청구법인에게 각 사업연도 법인세 부과처분이 이루어진 기초적 사실관계와 미환류소득 법인세의 환급이 이루어진 기초적 사실관계 자체가 다르므로, 단순히 법률적 성격을 잘못 파악하여 세금을 잘못 신고한 위 대법원 판결 사안에 비하여 오히려 보호가치가 적은 경우이고, 또한 세법상 의무위반의 태양에 따라 여러 종류의 가산세가 규정되어 있고, 그 성립 요건도 다르므로 종류가 다른 가산세 부과처분은 별개의 독립된 부과처분이라고 해야 하고(대법원 2004.10.15. 선고 2003두7064 판결 참조), 나아가 가산세의 종류는 같지만, 의무위반의 주체, 대상, 시간, 장소 등이 다른 가산세의 경우 별개의 독립된 처분으로 보아야할 것이므로(대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조), 이 건과 같이 각 사업연도 법인세 부과처분과 미환류소득 법인세 경정처분의 기초적 사실관계가 다른 사안에서는 더욱이 각 사업연도 법인세에 대한 가산세에 있어 미환류소득 법인세의 기납부세액을 고려할 것은 아니다. 또한 가산세의 측면에서, 당초의 납세신고나 당초처분이 적법한 과세신고가 된 경우에나 위와 같은 기납부세액의 공제가 이루어질 수 있는 것이지 과세요건인 납세의무자와 과세대상에 관한 기초적 사실관계가 제대로 신고되지 않았다면 이에 대한 기납부세액 공제는 이루어질 수 없다. (마) 청구법인의 주장대로라면 종합소득세, 퇴직소득세 및 양도소득세 모두 국세기본법에서 ‘소득세’로 규정하고 있으므로 같은 과세단위에 해당한다는 것이나,
1. 종합소득세, 퇴직소득세 및 양도소득세가 별개의 과세단위에 해당하는 것은 너무나 당연하므로 청구법인의 주장은 이유 없고, 국세징수사무처리규정은 내국세, 교통·에너지·환경세, 교육세, 농어촌특별세, 종합부동산세 및 세외수입의 징수사무처리 전반에 걸쳐 필요한 사항을 규정함으로써 효율적인 징수업무 처리에 기여함을 목적으로 하는 행정규칙에 불과한 것인데, “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”는 헌법 제59조가 정한 조세법률주의의 원칙이 비추어 법률인 법인세법이 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세를 별개의 과세단위로 규정하고 있는 이상 그보다 하위규정인 국세징수사무처리 규정에 ‘법인세’라는 하나의 세목코드를 두었으므로 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세가 하나의 과세단위에 해당한다는 주장은 조세법률주의와 부합한다고 보기도 어려울 것이다.
2. 국세징수사무처리규정에서 위와 같이 하나의 세목코드를 사용하고 있는 것은 하나의 법인이 각 사업연도 법인세에 대한 납세의무와 미환류소득에 대한 법인세 납세의무를 겸유하고 있을 때, 해당 법인의 신고 편의와 과세관청의 징수 편의를 위한 것일 뿐이다. 또한, 미환류소득 법인세가 구 법인세법에 규정되어있었다고 하더라도 그 구조가 현행 미환류소득 법인세와 크게 다르지 아니하므로 그 이유만으로 같은 과세단위라고 할 수는 없다. 오히려 같은 법인세법 내에서 규정되어 있고, 그 구조도 미환류소득 법인세와 유사한 특별부가세에 대해서는 대법원에서 명시적으로 다른 과세단위라고 판단하고 있는 점에 비추어 미환류소득 법인세 역시도 별개의 과세단위라고 보는 것이 타당하다.
3. 청구법인은 양도소득세 감액경정으로 인하여 추가된 농어촌특별세에 대해 양도소득세 환급세액을 농어촌특별세에 대한 기납부세액으로 공제하여야 한다거나, 양도소득세 증액경정으로 인하여 발생한 농어촌특별세 환급세액을 양도소득세에 대한 기납부세액으로 공제하여야 한다는 예규 및 심판례를 근거로 들고 있으나, 양도소득세와 농어촌특별세는 먼저 과세단위가 다른 이상, 양도소득세로 납부된 세액을 농어촌특별세로 납부된 세액으로 볼 수 없으므로 이론상으로는 정당화되기 어렵다. 다만, 농어촌특별세는 법인세나 양도소득세 등이 감면될 경우 해당 감면세액의 일정비율을 과세하는 세목이므로 양도소득세가 감면으로 줄어들 경우 농어촌특별세가 증가하고, 양도소득세가 감면되지 아니하여 늘어날 경우 농어촌특별세는 감소하는 긴밀한 연관관계를 형성하고, ‘하나의 기초적 사실관계’를 두고 그 증감이 상호간에 연동되는 것이므로 과세실무가 특별하게 취급하는 예외에 불과하다. 이와 달리 각 사업연도 법인세를 산정하는 요소와 미환류소득 법인세를 산정하는 요소가 전혀 다르고, 기초적 사실관계도 전혀 별개이므로, 이러한 과세실무가 이 사건에까지 확장되어 적용될 수는 없다.
4. 나아가 농어촌특별세의 경우 양도소득세 중 일부가 조특법 등에 따라 감면되었을 때 그 감면세액에 100분의 20을 곱하여 산출되는 것으로, 원래 납세의무자는 양도소득세 전액의 납부를 예상하였으나, 정책적 사유로 인하여 감면 받고 다시 감면 받은 부분 중 일부를 세금으로 내는 것이므로 납세의무자의 신뢰에 측면에서도 원래 예상하였던 세액의 범위 내에 있는 것이나, 미환류소득 법인세는 각 사업연도 법인세를 산출한 후 다시 이에 더하여 각 사업연도 법인세와 별개의 과세단위로서 ‘추가하여 납부’하는 구조를 갖고 있으므로 납세의무자의 신뢰와는 무관하다고 할 것이다. 따라서 청구법인이 주장하는 예규 및 심판례는 이 건에서 문제되는 세금과 다른 구조의 세금에 관한 것이고, 그 사실관계도 다르므로 이 건에 적용될 수는 없다고 할 것이고, 오히려 위 예규 및 심판례에 따르더라도 청구법인이 기납부세액 공제를 주장할 부분이 없음은 더욱 분명하다고 할 것이다. (바) 청구법인은 조특법 제100조의 32 제4항은 ‘제2항에 따라 신고하지 않는 경우에는 대통령령이 정하는 방법 중 하나를 선택하여 신고한 것으로 보도록’ 규정하고 있으므로, 위 규정은 신고의무에 관한 규정이 아니라, 미환류소득의 계산방법에 관한 규정에 불과하다고 주장하나, 위 조항은 “내국법인은 다음 각호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있고, 그 구체적인 신고서 양식이 ‘미환류소득에 대한 법인세 신고서’이다. 신고의무에 관한 규정이 명백하게 존재함에도 불구하고, 위 규정이 신고의무에 관한 규정이 아니라 미환류소득의 계산방법에 관한 규정이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
1. 다만, 같은 조 제4항은 법인이 자발적으로 신고를 하지 않을 경우에도 미환류소득을 산출하기 위한 2가지 방법 중 하나를 정하는 것이 불가피하므로, 조특법 시행령 조항에 따라 특정한 방식을 선택한 것으로 간주하고 일정한 기간 동안 계속 같은 방식을 적용하도록 강제하는 규정에 불과하다. 한편 법인세법 제60조 제1항 은 “납세의무가 있는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있으므로, 미환류소득에 대한 법인세는 위 조항에 의한 신고의 대상이 될 수 없다. 법인세법 시행령 제97조 제1항 에서도 ‘각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액’을 규정하고 있을 뿐, 조특법 제100조의 32가 규정한 미환류소득에 대한 법인세를 전혀 언급하고 있지 않다.
2. 관련 선결정례(조심 2017서2648, 2018.2.22.)에서도 “ 법인세법 제56조 제2항 에서 미환류소득에 대하여 신고의무를 규정하고 있고...”라고 판단하였고, 법인세법과 조특법 모두 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 별도로 두고 있다. 이러한 서식의 존재를 통해 각 사업연도 소득이나 토지 등 양도소득과 달리 미환류소득에 대한 별도의 신고의무를 부과하고 있음을 알 수 있다. (사) 청구법인은 법인세법 제55조 제1항 이 규정한 ‘산출세액’에는 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세가 모두 포함되는 것으로 규정하고 있으므로, 국세기본법상 가산세 부과기준이 되는 정당한 법인세액에 관하여도 각 사업연도 소득 법인세와 미환류소득 법인세액이 모두 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 위 제55조 제1항 본문을 자세히 살펴보면, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 세율을 곱한 금액이라고 규정하고 있고, 다만 입법기술상 편의를 위하여 산출세액에 미환류소득에 대한 법인세를 포함한다고 규정하고 있을 뿐이다. 즉, 제55조 제1항 본문에서 말하고 있는 법인세는 여전히 각 사업연도 법인세만을 지칭하는 것으로 볼 수 있으므로, 법인세법 제55조 제1항 의 문언은 각 사업연도 법인세와 미환류소득 법인세가 동일한 과세단위에 포함된다는 근거가 될 수는 없다.
1. 또한, 청구법인은, 종합소득세에서 종합소득, 양도소득이 구별되는 것은 소득원천설에 따라 소득이 구분되므로 근거가 있지만, 법인세법은 순자산증가설에 기초하고 있으므로 각 사업연도 소득 법인세와 미환류소득 법인세가 과세단위에서 구분될 수 없다고 주장하나, 소득원천설과 순자산증가설에 대한 논의는 과세단위를 판정하는 기준과 무관하다. 순자산증가설 자체도 각 사업연도 소득에 대한 법인세에 한정된 이론으로, 미환류소득에 대한 법인세나 토지등 양도소득에 대한 법인세는 그 과세요건이 법률로 특정되어 있다는 점에서 법에 열거되어 있지 않더라도 순자산의 증가(자산의 증가, 부채의 감소)만 있으면 이를 소득으로 보아 과세할 수 있다는 순자산증가설과는 직접 관계가 없기 때문이다.
2. 청구법인이 제시한 법인세법 시행규칙 [별지 제1호서식]의 ‘차감납부할 세액’ 항목에서 각 사업연도 소득 법인세와 미환류소득 법인세는 별도로 계산하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 청구법인이 지적하는 세액은 각 차감납부할 세액을 단순히 합산한 ‘계’에 불과하다. 오히려 [별지 제9호서식] ‘가산세액계산서’는 세 가지 종류의 법인세에 대한 가산세를 모두 별도로 산정하도록 구성되어 있다.
3. 청구법인은 처분청의 입장을 미환류소득에 대한 법인세를 별도로 신고하지 않는 경우 무신고가산세가 적용되어야 한다는 취지라고 보고 있으나, 이는 처분청의 의견을 오해한 것이다. 물론 각 사업연도 소득 법인세와 미환류소득 법인세의 신고의무에 관한 규정이 별도로 존재하는 이상, 각 사업연도 소득 법인세에 관해서만 신고하고, 미환류소득 법인세를 신고하지 않는 경우 이론적으로는 무신고가산세를 부과할 수 있을 것이나, 주된 세금인 각 사업연도 소득 법인세에 관하여 신고납부가 이루어졌음에도 파생적 세금인 미환류소득 법인세에 대하여 무신고를 전제로 20%의 가산세율을 적용하는 것은 가혹하다고 보아, 이러한 경우 정책적으로 10%의 과소신고가산세율을 적용하는 것은 실무상 가능하다. 나아가 조특법 제100조의 32 제2항에서 미환류소득 법인세에 대한 신고의무를 별도로 규정하면서도, 법인이 별도로 신고하지 않을 경우, 같은 조 제4항에서 시행령에 따라 특정한 방식을 선택한 것으로 의제하는 규정이 있다는 점에서 더욱 그렇게 볼 수 있다. 당초부터 각 사업연도 소득 법인세에 대하여 과소하게 신고납부하였음에도, 파생적 법인세인 미환류소득 법인세에서 우연히 환급세액이 발생하였다는 이유로 이를 각 사업연도 법인세에서 신고납부세액으로 취급하자는 것은 전혀 다른 차원의 문제이다.
(1) 처분청은 서울지방국세청장의 법인세통합조사 결과에 따라 아래 <표>와 같이 2018사업연도부터 2020사업연도까지 법인세 합계 OOO원(과소신고가산세 및 납부지연가산세 합계 OOO원 포함)을 경정·고지하였다. <표> 처분청의 경정·고지 내역 (단위: 원)
(2) 청구법인은 법인세법 시행규칙 별지 제1호의 ‘법인세 과세표준 및 세액신고서’상에도 세액에는 미환류소득에 대한 법인세를 포함하고 있다고 주장하고, 처분청은 각 사업연도 소득에 대한 법인세, 토지 등 양도소득에 대한 법인세, 미환류소득에 대한 법인세가 과세단위 별로 구분된다는 의견이다. <법인세 과세표준 및 세액신고서 서식>
(3) 처분청은 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에서도 법인세 내에서 ‘각 사업연도 법인세’와 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세(특별부가세)’ 및 ‘미환류소득 법인세’는 전혀 별개의 과세표준으로서 각각의 산정과정을 거쳐 최종납부세액을 산출하고 있으므로, 별개의 과세단위에 해당한다는 의견이다. <법인세 과세표준 및 세액조정계산서> <법인세 과세표준 및 세액조정계산서> <가산세액 계산서>
(4) 청구법인은 2017∼2020사업연도 법인세 신고시 투자제외방식으로 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였으나, 기계장치 등 자산에 대한 투자합계액을 미환류 과세대상 소득에서 공제하는 방식(투자포함방식)으로 변경하는 경정청구를 하여 OOO원을 환급받은 것으로 확인되고, 쟁점세무조사와는 별개인 것으로 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국세기본법상 가산세는 ‘신고·납부하여야 할 세액’보다 적게 신고·납부한 경우에 가산세를 부과하므로 경정청구를 통해 환급받은 법인세 금액이 세무조사시 추가로 부과·고지한 각 사업연도 소득에 대한 법인세 금액보다 커서, 결과적으로는 가산세 부과 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이고, 가산세는 본세의 산정방법과 달리 거래금액·산출세액·외형금액·미납금액 등에 일정한 비율 등을 곱하여 산정되는 등 가산세의 부과처분은 별개의 독립된 부과처분에 해당하는바(대법원 2004.10.15. 선고 2003두7064 판결, 같은 뜻임), 쟁점가산세 중 신고불성실가산세의 경우 쟁점세무조사 결과에 따라 이전가격조정, 과다경비 부인, 수익·비용 귀속시기 오류 등 청구법인의 신고의무 위반에 따라 부과된 것으로, 이러한 사항들은 당초 법인세 신고 시에 포함하여 과세표준 및 세액을 신고할 의무가 있었음에도 이를 누락한 것이므로, 이후 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세 계산방법의 변경에 따른 경정청구로 인해 쟁점환급액이 환급되었다 하더라도, 이는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 관련이 없는 별개의 사항인 것으로 보이는 점, 이 건과 같이 처분청의 감액경정이 선행되어 증액경정된 과세표준 및 세액이 당초 신고한 과세표준 및 세액에 미달한다는 사유를 들어 신고불성실가산세 부과대상에서 제외할 경우, 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재인 가산세의 성격에 부합하지 않는 결과에 이르게 되는 점 등에 비추어, 처분청이 신고불성실가산세에 대해 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 그러나, 쟁점가산세 중 납부지연가산세의 경우 국세기본법 제47조의4 의 규정에 따르면, 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 과소납부분 세액을 기준으로 계산한 산식에 따라 납부지연가산세를 부과하는 것으로 규정되어 있는바, 가산세 부과 기준이 되는 정당한 법인세액은 법인세법상 납부세액을 의미하고, 법인세 납부세액은 산출세액을 기초로 계산되는데, 이때의 법인세 산출세액은 각사업연도 소득에 대한 법인세액에 조특법 제100조의32에 따른 미환류소득에 대한 법인세액을 포함하여 계산하도록 되어 있으므로, 국세기본법상 납부하여야 할 정당한 세액에는 ‘미환류소득에 대한 법인세액’이 포함되는 것이고, 결론적으로 이 건의 경우 과소납부한 세액은 없는 점, 청구법인이 납부하여야 할 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 과소납부하였다고 하더라도 다른 (미환류)소득에 대한 법인세를 과다납부를 한 결과, 법인세 전체에 대한 정당한 납부세액이 같거나 이를 넘어서는 경우에 과다납부한 부분은 무시하고 과소납부한 부분만을 들어 납부지연가산세를 부과하는 것은 납세자에게 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구 중 납부지연가산세의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령
(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.
③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32 제2항 에 따른 미환류소득 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제55조(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액 및 조세특례제한법 제100조의32 에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 제64조(납부) ① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.
2. 제63조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액
3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액
4. 제73조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액 (3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 법률 제28640호로 일부개정된 것) 제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.
④ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (4) 법인세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 일부개정된 것) 제82조(서식) ① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다.
1. 영 제97조 제2항의 규정에 의한 별지 제1호서식의 법인세 과세표준 및 세액신고서
3. 영 제97조 제4항에 따른 별지 제3호서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서
(5) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것) 제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(법인세법 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법
2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 <가산세액 계산서>
(4) 청구법인은 2017∼2020사업연도 법인세 신고시 투자제외방식으로 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하였으나, 기계장치 등 자산에 대한 투자합계액을 미환류 과세대상 소득에서 공제하는 방식(투자포함방식)으로 변경하는 경정청구를 하여 OOO원을 환급받은 것으로 확인되고, 쟁점세무조사와는 별개인 것으로 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국세기본법상 가산세는 ‘신고·납부하여야 할 세액’보다 적게 신고·납부한 경우에 가산세를 부과하므로 경정청구를 통해 환급받은 법인세 금액이 세무조사시 추가로 부과·고지한 각 사업연도 소득에 대한 법인세 금액보다 커서, 결과적으로는 가산세 부과 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이고, 가산세는 본세의 산정방법과 달리 거래금액·산출세액·외형금액·미납금액 등에 일정한 비율 등을 곱하여 산정되는 등 가산세의 부과처분은 별개의 독립된 부과처분에 해당하는바(대법원 2004.10.15. 선고 2003두7064 판결, 같은 뜻임), 쟁점가산세 중 신고불성실가산세의 경우 쟁점세무조사 결과에 따라 이전가격조정, 과다경비 부인, 수익·비용 귀속시기 오류 등 청구법인의 신고의무 위반에 따라 부과된 것으로, 이러한 사항들은 당초 법인세 신고 시에 포함하여 과세표준 및 세액을 신고할 의무가 있었음에도 이를 누락한 것이므로, 이후 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세 계산방법의 변경에 따른 경정청구로 인해 쟁점환급액이 환급되었다 하더라도, 이는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 관련이 없는 별개의 사항인 것으로 보이는 점, 이 건과 같이 처분청의 감액경정이 선행되어 증액경정된 과세표준 및 세액이 당초 신고한 과세표준 및 세액에 미달한다는 사유를 들어 신고불성실가산세 부과대상에서 제외할 경우, 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재인 가산세의 성격에 부합하지 않는 결과에 이르게 되는 점 등에 비추어, 처분청이 신고불성실가산세에 대해 환급해 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 그러나, 쟁점가산세 중 납부지연가산세의 경우 국세기본법 제47조의4 의 규정에 따르면, 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 과소납부분 세액을 기준으로 계산한 산식에 따라 납부지연가산세를 부과하는 것으로 규정되어 있는바, 가산세 부과 기준이 되는 정당한 법인세액은 법인세법상 납부세액을 의미하고, 법인세 납부세액은 산출세액을 기초로 계산되는데, 이때의 법인세 산출세액은 각사업연도 소득에 대한 법인세액에 조특법 제100조의32에 따른 미환류소득에 대한 법인세액을 포함하여 계산하도록 되어 있으므로, 국세기본법상 납부하여야 할 정당한 세액에는 ‘미환류소득에 대한 법인세액’이 포함되는 것이고, 결론적으로 이 건의 경우 과소납부한 세액은 없는 점, 청구법인이 납부하여야 할 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 과소납부하였다고 하더라도 다른 (미환류)소득에 대한 법인세를 과다납부를 한 결과, 법인세 전체에 대한 정당한 납부세액이 같거나 이를 넘어서는 경우에 과다납부한 부분은 무시하고 과소납부한 부분만을 들어 납부지연가산세를 부과하는 것은 납세자에게 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구 중 납부지연가산세의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령
(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.
③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32 제2항 에 따른 미환류소득 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제55조(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 표의 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액 및 조세특례제한법 제100조의32 에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다)
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 제64조(납부) ① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.
2. 제63조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액
3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액
4. 제73조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액 (3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 법률 제28640호로 일부개정된 것) 제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고를 함에 있어서 그 신고서에는 법 제112조의 규정에 의한 기장에 따라 법 제14조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 기타 필요한 사항을 기재하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.
④ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의한 세무조정계산서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조정계산서로 한다. (4) 법인세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 일부개정된 것) 제82조(서식) ① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다.
1. 영 제97조 제2항의 규정에 의한 별지 제1호서식의 법인세 과세표준 및 세액신고서
3. 영 제97조 제4항에 따른 별지 제3호서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서
(5) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것) 제100조의32(투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인(대통령령으로 정하는 중소기업은 제외한다)
독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인
② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(법인세법 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 해당 사업연도(2020년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법
2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법
결정 내용은 붙임과 같습니다.