조세심판원 심판청구 종합부동산세

민간임대주택법의 개정으로 과세기준일 현재 임대사업자 등록이 자동말소된 민간임대주택이 종부세 합산배제 대상인지 여부 등

사건번호 조심-2024-서-2033 선고일 2024.05.21

임대사업자등록이 자동말소되어, 쟁점주택은 종부세 과세기준일 현재 종부세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2021.6.1. 및 2022.6.1. 현재 서울특별시 송파구 OOO 외에 서울특별시 중구 OOO(203․204․206․304․404․502호, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 소유하고 있고, 쟁점주택(위의 연립주택 6호)에 대하여 2006.5.11. 서울특별시 중구청에 매입임대주택으로 임대사업자등록(2006-중구-임대사업자-)을 하였다가 주소지 이전 등에 따라 서울특별시 송파구청에 변경신고(2018-송파구-임대사업자-16)하고 주택임대사업을 유지하여 왔으나, 2020.8.18. 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다)의 개정으로 단기민간임대주택 제도가 폐지됨에 따라 서울특별시 송파구청장은 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 2020.10.20. 청구인의 임대사업자 등록을 말소하였으며, 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고기간 종료일인 2021.9.30. 및 2022.9.30.이 경과한 2022.10.14. 쟁점임대주택에 대하여 장기일반 민간임대주택(10년)으로 서울특별시 송파구청에게 다시 임대사업자등록을 하였다.
  • 나. 처분청은 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 사후관리를 점검한 결과 쟁점주택이 2021년 및 2022년 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 합산배제 임대주택에 해당되지 않는 것으로 보아 쟁점주택을 종합부동산세 주택분 과세대상 물건에 포함하여 청구인에게 2023.9.6. 종합부동산세 등 합계 OOO원(2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원)을 각각 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.10.30. 이의신청을 거쳐 2024.2.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택은 2006.5.11. 종전 임대주택법에 따라 등록된 ‘매입임대주택’으로 2015.8.28. 신설된 민간임대주택법에 따른 단기임대주택이 아니므로 잘못된 직권말소 처분을 근거로 한 이 건 종합부동산세 부과처분은 취소되어야 한다. 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 민간임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자 등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택을 그 조건으로 한다. 처분청은 송파구청이 쟁점주택을 직권말소함에 따라 과세기준일(6.1.) 현재 청구인이 임대등록이 된 자가 아니라는 의견이나, 쟁점주택은 민간임대주택법이 시행(2015년)되기 훨씬 이전인 2006.5.11. 등록된 구 임대 주택법 제2조 제3호 의 적용을 받는 ‘매입임대주택’으로 단기임대주택이 아니다. 이는 민간임대주택법 신설에 따른 민간임대주택법 부칙(2015.8.28. 제13499호) 제1조 제2항에 ‘매입임대주택에 관한 이 법의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 민간매입임대주택으로 등록되어 공급되는 경우부터 적용한다’고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제3조(이미 등록된 임대주택에 관한 특례) 제2항 또한 ‘종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다’고 하고 있고, 부칙 제9조(임대사업자에 대한 경과조치)에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 임대 주택법 제6조 에 따라 등록한 임대사업자는 이 법에 따른 일반형 임대사업자로 본다’고 되어 있을 뿐 민간임대주택법 제2조 제6호 에 단기임대주택으로 본다는 규정은 없다. 일반적으로 이렇게 부칙에 경과규정을 두는 입법형식을 취하는 것은 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두고 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하여 불측의 불이익을 배제하기 위한 것이다(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결, 참조). 따라서, 쟁점주택은 위의 부칙에 따라 ‘단기민간임대주택’에 해당하지 아니하고 같은 법 제2조 제1호 및 제7호에 따른 일반형 임대사업자에 해당하여 직권말소 대상 자체가 아니므로 위법한 직권말소를 근거로 한 이 건 부과처분은 부당하다. 또한, 2018.5.9. 주소지 이전에 따라 청구인의 주소지 소재 송파구청에서 민간임대주택법 제5조 및 같은 법 시행령 제4조 제5항에 따라 새로 발급한 임대사업자등록증(2018-송파구-임대사업자-16***)에는 주택종류를 ‘매입임대주택’으로 등록증을 발급하였고, 단기임대주택으로 발급하지는 않았다. 그러므로, 송파구청의 직권말소는 청구인의 임대사업등록증을 행정기관의 착오로 무단 직권말소한 것으로 당초부터 무효이므로 청구인의 임대주택사업자 등록은 계속 유효한 것이므로 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 합산배제 임대주택 요건을 충족하므로 민간매입임대주택인 쟁점주택은 과세표준 합산대상에서 제외되어야 한다. 조세법률주의 원칙상 과세대상은 법에 의해 명확히 명시되고 그 정의에 부합하여야 하는바, 처분청의 의견대로 쟁점주택을 신법에 의한 단기임대주택으로 보려면 그렇게 본다는 규정을 명확히 제시하여야 하나 그러한 규정은 어디에도 찾아 볼 수 없고, 오히려 장·단기개념이 도입된 민간임대주택법 부칙(2015.8.28) 제3조는 경과규정으로 ‘구법에 의한 기 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용’하도록 명확히 밝히고 있다. 만일 법 규정이 과거 매입임대주택을 단기임대주택으로 본다는 규정을 신설한다 하더라도 이는 소급입법의 소지가 있고, 처분청이 2013년 개정된 임대주택법에서 임대의무기간이 단기임대주택 5년, 장기임대주택 10년이라는 이유로 쟁점주택을 단기임대주택으로 간주한다고 하고 있다. 그러나, 이는 법 규정에도 없는 처분청의 자의적인 확장해석이고, 조세법률주의에도 어긋난다. 2006.5.11. 최초 임대등록 당시의 법에는 10년 기준 장·단기라는 개념 자체가 없었고, 오히려 최초 입법 당시 5년의 임대의무기간도 그 당시 입법자에게는 장기로 볼 수도 있었다. 따라서, 법의 개정연혁 및 취지로 볼 때 현재 매입임대주택의 종류를 굳이 구분하자면 구법에 의한 매입임대주택, 신법(민간임대주택법)에 의한 단기임대주택과 장기임대주택 등 3가지로 구분할 수 있다. 결국, 신설된 법 규정에서 구법의 매입임대주택을 단기임대주택으로 본다는 별도의 규정이 없는 한 쟁점주택은 부칙의 경과규정에 의거 단기임대주택이 아닌 별도의 매입임대주택으로 보아야 한다.

(2) 쟁점주택은 단기임대주택으로 본다고 하더라도 2018.5.9. 청구인은 주소의 이전으로 민간임대주택법 제5조 에 따라 송파구청에 임대등록하고 임대사업등록증을 새로 발급을 받았기에 단기임대주택 말소기준인 최소 임대의무기간(5년)이 지나지 않아 직권말소 대상에 해당하지 않는다. 민간임대주택법에서 ‘임대사업자’란 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 목적으로 하여 같은 법 제5조에 따라 등록한 자로 규정하고 있고, 청구인은 6호(쟁점주택)의 민간임대주택이 2006.5.11. 중구청에 최초 등록한 후 장기간(12년) 임대하여 오다가 2018.5.9. 주소 이전으로 같은 법 제5조에 따라 송파구청에 임대사업자로 등록하면서 새로운 사업자 등록번호(등록번호 2018-송파구-임대사업자-16)를 부여받았다. 송파구청이 발급한 청구인의 임대사업자 등록증에는 ‘민간주택임대법 제5조(임대사업자 등록), 같은 법 시행령 제4조 제5항에 따라 위와 같이 등록되었음을 증명합니다’라고 기재되어 있고, 동 등록증란 주택구분은 ‘매입’, 주택종류는 ‘매입임대주택’, 등록 이력에는 ‘최초’로 기재되어 있다. 구 민간임대주택법 제2조 제6호 에서 ‘단기임대주택’이란 ‘일반형 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.’라고 되어 있고 비록 청구인에게 새로 발급된 임대등록증상에 명시도 안 된 단기임대주택자로 본다고 하더라도 청구인은 2018.5.9. 민간임대주택법 제5조 및 같은 법 시행령 제4조 제5항에 따라 주소 이전으로 송파구청에서 새로운 임대사업등록증(등록번호 2018-송파구-임대사업자-16)을 받은 임대사업자이다. 임대의무기간 기산일과 관련하여 종합부동산세법 시행령(대통령령 제21085호, 2020.10.7. 개정) 부칙 제3조(의무임대기간에 대한 적용례)에는 “제3조 제1항 제7호 나목 및 같은 항 제8호 가목 2)의 개정규정은 민간임대주택법 제5조 제1항 에 따라 등록신청(같은 조 제3항에 따라 등록사항의 변경신고를 포함한다)한 경우부터 적용한다.”라고 규정하고 있어 송파구청이 새로 발급한 등록증을 신규 발급이 아닌 변경신고로 본다 하더라도 명확하게 등록신청은 ‘같은 법 제5조 제3항’의 등록사항의 변경 신고까지 포함한다고 명확히 규정하고 있다. 따라서, 송파구청이 발급한 등록증상 발급일을 기준으로 의무임대기간을 다시 계산하는 것이 합리적이다. 이는 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에서 ‘5년 이상 계속하여 임대하는 것’의 임대기간을 계산할 때 같은 법 시행령 부칙은 등록신청일부터 적용하도록 하고 있다. 그러므로 청구인에게는 최소 임대의무기간 5년을 적용하여 2023.5.9.부터 직권말소 하거나 같은 법 제49조 제4항에 따라 임대계약상 임대의무기간이 종료되는 날인 2023.6.1. 이후에 직권등록말소 함이 합리적임에도 송파구청이 2020.10.20. 직권말소한 것은 명백한 법률 위반이고 잘못된 행정처분을 근거로 한 이 건 부과처분도 위법하다. 2015년 시행된 구 민간임대주택법 제5조 제2항 에 따라 지방자치단체는 임대사업등록 시 단기임대주택 등을 구분표시하게 하고 있으나, 지방자치단체가 청구인에게 발급한 2018.5.9. 등록증상에는 주택구분이 ‘매입’, 주택종류는 ‘매입임대주택’, 등록이력에는 ‘최초’로 기재되어 있을 뿐 법에 의한 ‘단기임대주택’ 구분 표시를 하지 않아 당초부터 송파구청은 쟁점주택을 구 민간임대주택법 적용대상으로 보아 단기임대주택으로 보지 않았음을 의미한다. 따라서, 과세기준일 현재 위법한 직권말소를 취소할 경우 청구인의 임대사업자등록은 계속 유효한 것이고, 직권말소로 등재한 관할구청의 행정 착오 또는 오류는 민원인의 이익에 반하여 잘못된 것이므로 관할구청의 잘못된 민원처리 결과만을 그대로 수용한 이 건 종합부동산세 부과처분은 신의성실의 원칙 및 법적안정성과 예측가능성을 위반하여 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 위법한 과세처분이다.

(3) 쟁점주택은 15년 이상 장기간 임대해 온 주택으로 임대계약이 현재에도 유효하게 진행 중에 있어 직권말소 요건인 임대의무기간이 아직 종료되지 않았으므로 이를 근거로 한 종합부동산세 과세표준 합산배제대상 제외는 부당하다. 민간임대주택법은 민간임대주택의 건설·공급 및 관리와 민간 주택임대사업자 육성 등에 관한 사항을 정함으로써 민간임대주택의 공급을 촉진하고 국민의 주거생활을 안정시키는 목적으로 하는 법률로서 민간임대주택법 제43조 에서 임대의무기간을 규정하고 있는 입법취지는 무주택 임차가구 보호 강화를 위힌 것으로 보아야 한다. 민간임대주택법 제2조 제6호 에서 “단기임대주택”이란 일반형 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다고 하였고, 청구인의 임대주택은 직권 말소 당시까지 15년 이상을 장기 임대해 온 사실상 10년 이상 임대목적을 가진 장기임대사업자에 해당한다. 의무임대기간과 관련하여 ‘임대의무가 종료되는 날’의 구체적인 의미는 민간임대주택법 제49조 제4항 에서 ‘임대의무기간이 종료되는 날에 임대 중인 경우에는 임대차계약이 종료되는 날로 한다’고 규정되어 있다. 그러므로, 최소 4년을 넘어 15년이 지난 현재까지도 임대차계약이 계속 진행 중인 쟁점주택의 경우 법의 신설 목적으로 감안할 때 단순히 민간임대주택 최초 등록일부터 최소 임대의무기간을 계산할 것이 아니라 최소의무기간이 종료되어도 법에 따라 임차인과의 임대차계약이 계속 유효하게 진행 중인 경우 임대의무기간이 아직 종료되지 않은 것으로 보는 것이 합리적인 법률 해석이며, 민간임대주택의 공급을 촉진하고 국민의 주거생활을 안정시키려는 같은 법의 취지와도 일치한다 할 것이다. 더욱이 민간임대주택법 제6조 제6항 에서도 ‘제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.’고 규정하고 있다. 위의 규정은 민간임대주택법의 입법 취지에 보듯이 무주택 임차 가구의 보호를 강화하기 위한 것으로 임대차계약 기간이 끝날 때까지 쌍방의 형평성을 감안하여 이 법에 따른 임대사업자로 보는 것이 합리적이며 국세기본법 제14조 의 실질과세 규정에 의거하더라도 사실상의 임대의무 기간의 종료 시점은 사실상 임대계약이 만료된 시점이고쟁점주택은 아직도 임대주택으로 활용 및 진행 중에 있어 사실상 임대등록이 말소되지 않았다고 봄이 타당하다. 법은 실질과세의 원칙에 따라 해석되어야 하고, 청구인은 종전 임대주택법에 따라 최초 등록한 시점부터 10년 이상 계속 임대하였고, 지방자치단체에서도 이를 계속 용인한 경우 상호 간의 신뢰에 기초한 단기임대가 아닌 실질상 장기임대사업자로 보아 직권말소를 철회하여야 한다. 청구인은 연립주택을 당초 2006.5.11. ‘매입일반임대주택’으로 등록하여 최초 4년을 넘어 현재 15년 이상을 장기간 임대해왔고, 지방자치단체 또한 최근 말소 전까지 이를 용인해 왔으며, 2018.5.9. 소유주의 주소 이전으로 임대등록증을 정정 및 재교부까지 해주며 임대사업을 계속 유지하게 한 것은 정부가 쟁점주택을 구 임대주택법에 따라 장기임대주택으로 간주ㆍ용인해 왔음을 알 수 있다. 그럼에도 송파구청은 일방적으로 직권말소 대상임을 일반우편을 통해 고지하여 15년 이상 장기간 임대해 온 쟁점주택의 임대등록을 위법하게 직권말소한 것으로 처분청도 이러한 상황에 대해 사실 확인도 하지 않은 채 과세한 것은 잘못된 부과처분이다. 법의 해석은 그 개정 취지를 살펴 이를 해석하여야 하고, 당초 민간임대주택법의 개정 취지는 아파트 값의 급등으로 인한 부동산 투기를 억제하고자 함이 목적이었으나, 그와 상관없는 선량한 청구인의 쟁점주택이 규정 대상이 된 것은 지방자치단체의 일방적인 행위로 너무 가혹한 처사이다. 또한, 지방자치단체(송파구청)은 재산상 중요한 사건임에도 일반우편에 의해 직권말소 대상임을 안내하여 평상시와 같이 청구인의 우편함에는 많은 광고지와 함께 파묻혀 있었고, 이를 미처 확인하지 못해 재등록 신청 기회를 놓쳤다. 이는 단순 부주의 행위임에 대해 똑같은 주택임대 타 사업자에 비해 너무 과중한 세금을 부과 받게 한 것은 과세형평성에도 크게 어긋나는 것으로 그 사실상의 내용을 보아 실제 장기임대주택이 합당하다면 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

(4) 종합부동산세는 재산세의 후행 세목이 아니므로 처분청은 지방자치단체의 지방세 과세대상 분류가 정확한지 사실관계를 조사하여 종합부동산세 과세 여부를 결정하여야 한다. 종합부동산세법 제17조 제3항 에 따르면 관할세무서장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다고 규정하고 있고, 이 건과 같이 지방자치단체의 법 적용 착오로 잘못 통보된 과세대상 분류를 최초 결정권자인 처분청이 그대로 따를 것이 아니라 같은 법 시행령 제9조 제2항에 따라 사실관계를 확인하는 등 실질조사를 하여 정당하게 과세하여야 한다. 종합부동산세는 과세기술의 측면에서 재산세에 그 기반을 두고 있을 뿐 지방세인 재산세의 부가세(Sur-tax)가 아닌 별개의 독립된 국세의 하나에 해당하고, 부과 주체ㆍ요건ㆍ절차 등도 서로 다르므로 만일 지방세 행정처분에 오류가 있다면 실제 현장을 확인하여 잘못이 있다면 재산세와 별도로 경정이 가능하고, 이 때 그 경정순서가 정해져 있는 것은 아니므로 재산세 경정 여부와 무관하게 이 건 종합부동산세 과세처분의 적법 여부가 판단되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주택이 종전의 임대주택법에 따라 등록된 매입임대주택으로 단기임대주택이 아니므로 직권말소 대상이 아니라고 주장하나, 청구인이 2006.5.11. 최초로 임대사업자로 등록할 당시 임대주택법제2조에 따르면 임대주택은 건설임대주택 및 매입입대주택을 말하며 같은 법 제12조 및 같은 법 시행령 제9조에 따라 매입임대주택의 임대의무기간을 5년으로 규정하고 있다. 또한, 2013년 개정된임대주택법에서 매입임대주택 외에 10년 이상 임대할 것을 요건으로 하는 ‘준공공임대주택’의 개념이 처음 등장하였고 민간임대주택법으로 개정되며 “장기일반민간임대주택”을 도입하였으나, 청구인은 이 건 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 준공공임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 등록한 사실을 확인할 수 없으므로 쟁점주택은 기존의 임대의무기간(5년)이 적용된 단기임대주택으로 판단된다.

(2) 청구인은 쟁점주택이 단기임대주택이라고 하더라도 임대사업자 등록증을 새로 발급받아 직권말소 대상이 아니라고 주장하나, 송파구청으로부터 발급받은 임대사업자 등록증 상의 최초등록일이 2006.5.11.로 되어 있고, 종합부동산세법 시행령 부칙 제3조(의무임대기간에 대한 적용례)에 따르면 단순한 변경신고가 아닌 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다고 명확하게 규정하고 있다. 즉, 청구인은 임대물건을 추가하기 위해 변경신고를 한 것이 아니라 주소지의 이전에 따른 사업자 변경사항에 대한 신고이므로 해당 사항이 없음을 쉽게 파악할 수 있다. 따라서, 임대사업자 등록증 상의 최초등록일인 2006.5.11.로부터 임대의무기간을 기산하므로 2020.10.20. 임대사업자 등록말소 당시 이미 임대의무기간이 경과한 것으로 보인다. 결국, 쟁점주택에 대한 임대사업자 등록말소는 2020.8.18. 민간임대주택법의 개정으로 인하여 장기일반민간임대주택 외에 임대의무기간이 지난 단기임대주택에 대한 임대사업자 등록이 자동말소된 것으로 청구인의 쟁점임대주택이 직권말소 대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 종합부동산세법제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조에 따르면, 합산배제 임대주택의 요건으로 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택으로 규정하고 있는바, 종합부동산세법 시행령제3조가 적용되기 위해서는 임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 그 요건으로 한다(조심 2022구2453, 2022.10.4. 참조). 청구인은 2020.10.20. 관할 지방자치단체인 송파구청의 임대사업자 등록이 자동말소되었고, 2022.10.14. 장기일반민간임대주택(10년)으로 재등록하였으므로 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 종합부동산세 과세표준에서 합산배제되는 임대주택 요건을 충족하지 못하는 것으로 나타난다. 이를 종합하여 볼 때 관할 지방자치단체의 임대사업자 등록말소가 명백하게 위법·무효라고 볼 만한 명확한 근거가 없고, 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다 등의 특별한 사정이 없는 한 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 등에 있어서 납세자가 애초의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어렵다 할 것이다(헌법재판소 2008.9.25. 선고 2007헌바74 결정 및 서울고등법원 2020.7.3. 선고 2019누67557 판결 등, 참조). 국세기본법제26조의2에 따라 국세의 부과제척기간 내 당초 결정 또는 경정에 오류가 있음을 발견하고 이러한 착오 과세를 바로잡아 과세한 처분은 신의성실 원칙에 위배되지 아니한다 할 것(조심 2011서1357, 2011.10.19. 외 다수, 참조)이고, 임대사업자 등록이 말소된 경우 실질적으로 계속 임대하고 있더라도 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(심사종부 2022-36, 2022.3.30. 참조). 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하고자 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372)하는 점 등을 고려하면 청구인의 쟁점주택을 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 주택분 과세대상 물건으로 보아 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점주택이 종전의 임대주택법에 따라 등록된 매입임대주택으로 단기임대주택에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 쟁점주택은 단기임대주택 말소기준인 최소 임대의무기간(5년)이 경과하지 않았다는 청구주장의 당부

③ 주택임대사업자 등록이 말소되었다 하더라도 실질적으로 계속 임대 중일 경우 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 청구인의 임대주택법상 임대사업자등록이 말소(2020.10.20. 말소등록)된 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 이 건 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 청구인이 소유하고 있는 주택현황과, 임대주택법상 임대사업자 등록 및 말소내역은 아래의 <표1> 및 <표2>와 같다. <표1> 청구인의 주택보유현황(이 건 과세기준일 현재) ㅇㅇㅇ <표2> 청구인의 임대사업자 등록 및 말소내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인의 임대사업자 등록증 및 임대사업자 등록사항 변경내역을 보면 청구인은 쟁점주택에 대해 2018.5.9. 임대사업자 변경등록(2018-송파구-임대사업자-16)을 하였고, 2020.10.20. 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따른 폐지유형으로 ‘자동말소’(2020.8.18.) 등록된 것으로 나타난다. (다) 청구인이 제출한 임대사업자 등록증을 살펴보면, 청구인은 2023.7.28. ‘장기일반민간임대주택(10년)’으로 하여 쟁점주택에 대해 임대사업자 등록(2022-송파구-임대사업자-1)을 하였고, 최초 등록일은 2022.10.14.자로 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 종전의 임대주택법에 따른 등록된 ‘매입임대주택’으로 단기임대주택이 아니므로 직권말소 대상이 아니라고 주장하나, 종합부동산세법령에 따르면 종합부동산세 합산배제 임대주택은 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 법인세법 또는 소득세법 상의 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택으로 규정하고 있는바, 청구인은 이 건 과세기준일 현재 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있지 않으므로(등록말소) 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 대상으로 보기 어렵고 청구인이 쟁점주택을 ‘준공공임대주택’이나 ‘장기일반민간임대주택’으로 변경등록한 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점주택은 기존 5년의 임대의무기간이 적용된 단기임대주택에 해당되는 것으로 보이며, 서울특별시 송파구청장이 한 청구인에 대한 임대사업자 등록말소가 명백하게 위법하거나 무효로 보기 어려운 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 2018.5.9. 주소 이전으로 새롭게 임대사업자등록증을 발급받아 단기임대주택 말소기준인 최소 임대의무기간(5년)이 경과하지 않았다고 주장하나, 종합부동산세법 시행령 부칙 제3조의 의무임대기간에 대한 적용례를 살펴보면, 단순한 변경 신고가 아닌 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경 신고를 포함한다고 명시적으로 규정하고 있는바, 이 건과 같이 단지 임대사업자에 대한 주소 변경 등록신청은 해당 조항의 변경신고에 해당되지 아니하여 주소 변경 등록일을 새로운 기산일로 보기 어렵고 임대인의 주소가 변경될 때마다 최소 의무임대기간이 계속 늘어나게 될 경우 불합리한 결과를 초래할 것으로 보이며, 실제 임대인(청구인)의 주소와 임대인(청구인)이 보유한 쟁점주택에 대한 의무임대기간에는 관련성도 없어 보이는 점 등에 비추어 청구인의 주소 이전으로 인한 임대사업자 변경등록일을 기준으로 의무임대기간 (5년)을 새롭게 기산하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장하고자 유추하는 것은 허용되지 아니하고 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정에 해당하는 것은 엄격하게 해석하여야 하는 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인은 임대사업자등록이 말소되었다 하더라도 실질적으로 계속 임대 중일 경우 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하나, 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 법인세법 또는 소득세법 상의 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 주택이어야 하는 것인바, 이 건 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1. 및 2022.6.1.) 현재 청구인은 서울특별시 송파구청장에 의해 임대사업자 등록이 말소된 경우이므로 비록 청구인이 실질적으로 쟁점주택을 계속하여 임대하고 있다고 하더라도 위의 법령에 따른 합산배제 임대주택에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 주택분 과세대상 물건에 포함하여 청구인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 종합부동산세법 제3조【과세기준일】종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제7조【납세의무자】① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시 가격을 합산한 금액과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (3) 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (중략)

2. 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 공공주택 특별법제49조 제4항에 따라 임대료 등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

  • 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것
  • 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
  • 다. 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료 등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법제44조제4항 및 공공주택 특별법 시행령제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다. (중략)

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택 등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

  • 가. 적용요건

1. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

2. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 민간임대주택에 관한 특별법제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3. 임대료 등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료 등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

  • 나. 제외되는 주택

3. 2020년 7월 11일 이후 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제1항 에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

4. 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 에 따른 단기민간 임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택 부칙 <대통령령 제30921호, 2020.8.7.> 제3조(의무임대기간에 대한 적용례) 제3조 제1항 제7호 나목 및 같은 항 제8호 가목 2)의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제1항 에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다)한 경우부터 적용한다. 제4조(의무임대기간에 관한 경과조치) 2020년 8월 18일 전에 종전의 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조 제1항에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다)한 경우의 의무임대기간에 관하여는 제3조 제1항 제7호 나목 및 같은 항 제8호 가목 2)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(4) 지방세법 제114조【과세기준일】재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다] 으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. (중략)

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. (중략)

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.(중략)

7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하“시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. (중략)

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 (중략) 제6조【임대사업자 등록의 말소】⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. 부칙 <제17482호, 2020.8.18.> 제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제7조 (자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

(6) 임대주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

  • 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
  • 나. 주택법 제9조 의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택 중 사용검사 시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. “매입임대주택”이라 함은 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가・지방자치단체・대한주택공사・ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다) 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. 제16조【임대주택의 매각 제한 등】① 임대주택은 다음 각 호의 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다)이 지나지 아니하면 매각할 수 없다.

1. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정으로 건설하는 임대주택 또는 국민주택기금의 자금을 지원받아 영구적인 임대를 목적으로 건설한 임대주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 50년

2. 건설임대주택 중 국가나 지방자치단체의 재정과 국민주택기금의 자금을 지원받아 건설되는 임대주택은 임대개시일부터 30년 2의2. 장기전세주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 20년

3. 제1호와 제2호 외의 건설임대주택 중 제26조에 따라 임대 조건을 신고할 때 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 주택은 그 임대주택의 임대개시일부터 10년

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 건설임대주택 및 매입임대주택은 대통령령으로 정하는 기간

(7) 임대 주택법 시행령 제13조【임대주택의 임대의무기간 등】① 법 제16조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 준공공임대주택으로 등록한 민간건설임대주택 또는 매입임대주택: 준공공임대주택의 임대 개시일부터 10년. 이 경우 임대사업자가 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대하고 있는 주택을 법 제6조의2 제1항 및 이 영 제8조의2 제1호에 따라 준공공임대주택으로 등록한 경우에는 5년의 범위에서 준공공임대주택으로 등록하기 전에 임대한 기간의 2분의 1에 해당하는 기간을 임대의무기간에 포함하여 산정한다.

2. 그 밖의 임대주택: 임대개시일부터 5년

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)