특수관계법인에 대한 대여금 일부와 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 확정판결이 있는 경우 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1978년 설립되어 자동차용 안전벨트 및 유아용 카시트 등을 제조․판매하고 있는 회사로, 특수관계법인인 주식회사 a(이하 “a”라 한다)및 주식회사 b(이하 “b”이라 한다)에 대한 대여금(약 OOO원)이 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당한다고 보아 2014〜2021사업연도 법인세 신고 시 법인세법 제15조 및 제28조에 따라 관련 인정이자의 익금산입 및 지급이자의 손금불산입 세무조정을 하였다.
• 나. a와 b은 2021년경 청구법인을 상대로 위 대여금의 소멸시효가 완성되어 채무가 존재하지 않는다는 이유로 채무부존재확인소송을 제기하였고, 동 소송은 2023년 1월경 대법원 판결 등에 따라 청구법인이 최종 패소하였다.
• 다. 청구법인은 위 대법원 판결 후, 2023.4.9. 특수관계인에 대한 대여금의 소멸시효가 완성되어 존재하지 않았던 것으로 보아 2014〜2021사업연도의 관련 가지급금 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 세무조정 항목에 대하여 국세기본법 제45조의2 에 따라 이를 손금에 산입하여 법인세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 대여금의 소멸시효가 완성되지 않았다고 보아 2023.12.27. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 동일인에 대한 일련의 채권 중 가장 나중에 발생한 채권에 대한 채무부존재확인소송 결과에 따라 청구법인의 대여금이 소멸되어 존재하지 않음이 확인되었으므로 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하여 그 사유가 있음을 안 날부터 3개월 이내에 경정청구가 가능하다. (가) 동일인에 대하여 반복적으로 발생한 대여금 중 가장 마지막에 발생한 대여금의 소멸시효 완성이 판결로 확인되었다면, 해당 판결로써 그 이전에 발생한 대여금의 소멸시효도 완성된 것으로 보아야 한다. (나) 청구법인은 2014〜2021사업연도 법인세 신고 당시 a 및 b에 대한 대여금이 존재한다고 보아 세무조정을 하였으나, 최초 법인세 신고 당시 가장 마지막 발생 대여금의 소멸시효가 이미 완성되었음이 관련 소송의 판결로 확정되었으므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따라 판결이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 세액의 경정을 청구할 수 있다. 그럼에도 불구하고 처분청은 단순히 일부 채권만 법원의 확인판결을 받았다는 이유로 이 건 경정청구를 거부하였는데, 이는 부당하다. 설령 후발적 경정청구 사유에 해당되지 않는 것으로 보더라도 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구(법정신고기한이 지난 후 5년 이내)가 가능하다. (가) 소멸시효 완성의 효력은 법원의 판결에 의한 것이 아니고, 민법·상법상 소멸시효가 완성되었다면 채권이 소멸되는 것으로서 법원의 판결은 채권의 소멸시효가 완성되었다는 법률효과에 대한 확인행위에 불과하다. (나) 청구법인은 동일인에 대한 일련의 대여금 중 가장 마지막에 발생한 채권의 소멸시효 완성을 법원 판결로 확인받았으므로, 시간 순서에 따라 그보다 먼저 발생한 대여금의 소멸시효는 법률상 이미 완성된 것이 당연하다. (다) 청구법인이 채권의 소멸시효 완성으로 인한 경정청구를 하였음에도 처분청이 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 의 적용 여부를 살피지 않고, 일부 대여금에 대한 판결만으로는 같은 조 제2항 제1호에 해당하지 않는다는 사유를 들어 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 후발적 경정청구사유 중 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미하는바, 청구법인은 a 및 b에 대한 대여금을 세무상 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금으로 보고 매 사업연도 법인세 신고 시 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 등의 세무조정을 하여 법인세를 신고ㆍ납부하여 왔는데, 이 건 채무부존재확인소송 과정에서 당초신고 내용의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것(거래의 무효, 계약의 해제 등)으로 확정된 바가 없으므로 청구법인의 경정청구는 후발적 사유가 있다고 볼 수 없다. 청구법인의 2022사업연도 주주현황을 보면, 대표이사 c이 최대주주(49.3%)이고, 동생인 d는 2대주주(34.82%)이며, a는 d가 최대주주(70.38%)이고, 청구법인이 2대주주(19.63%)이며, c이 3대주주(7.13%)이다. 그리고 b은 d가 단일 최대주주(100%)로서 청구법인, a 및 b은 모두 특수관계에 해당하는데, 이 건 소송의 진행경과 등을 보면, 청구법인의 대여금에 대한 소멸시효 완성 등을 인정하기 어려우므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다. (가) a 및 b이 제기한 채무부존재확인소송에 대한 내용을 보면, 먼저 a가 제기한 소송에서 1심 재판부는 “피고(청구법인)는 채무승인(상환 약속 포함), 변제 독촉 등을 이유로 소멸시효 진행이 중단되었다고 주장하나, 그 주장을 뒷받침할 아무런 증거 없음”을 적시하여 원고의 주장을 인용하였고, 후속 2심 및 3심까지 추가 증빙 제출 등 변동사유가 없어 결국 청구법인은 패소하였다. (나) b이 제기한 소송에서 1심 재판부는 “원고가 제출한 증거에 의하더라도 원고는 최근까지 그의 회계장부에 이 사건 대여금 채무를 포함한 피고에 대한 채무를 표시하고 이를 대외적으로 공시하여온 사실이 인정되는바, 위와 같은 사실에 비추어 원고가 피고에 대하여도 이 사건 대여금 채무에 관한 승인의 의사표시를 하여왔음을 추단할 수 있다(원·피고는 그 본점이 동일한 곳에 위치하고 있을 뿐만 아니라 그 대표자가 혈연관계에 있는 등, 밀접한 관계를 형성하여 온 것으로 보인다). 이처럼 이 사건 대여금에 관하여 소멸시효 중단사유에 해당하는 원고의 채무승인이 있었고, 원고가 제출한 증거만으로는 위 채무승인 시점으로부터 5년의 시효기간이 경과하였음을 인정하기에 부족”하다는 이유로 기각되었으나, 이후 2심에서는 “원고가 자신의 회계장부에 이 사건 대여금 채무를 기재하였다 하여 피고에게 위 대여금 채무가 있음을 알고 있다는 뜻을 표시하였다 볼 수 없고(중략)”, “피고는 원고의 담당자들에게 전화 또는 대면으로 수시로 이 사건 대여금의 상환을 요청했고, 원고 담당자들도 여력이 되는대로 위 대여금을 갚을 것이라고 했으므로, 이 사건 대여금 채무의 상환 최고(민법 제174조)로 인하여 그 소멸시효가 중단되었다는 취지로도 주장하나, 피고가 원고에게 이 사건 대여금의 상환을 최고하였음을 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다”라는 사유로 패소하였으며, 3심은 청구법인이 소제기 실익이 없다고 판단하여 동 소송은 2심 판결로서 최종 확정되었다. (다) 위 내용과 같이 청구법인은 원고의 채무승인(상환 약속 포함)이 있었거나, 구두(전화 또는 대면)로 채무의 상환 최고를 하였으므로 그 소멸시효가 중단되었다고 주장하였으나, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 일반적으로 채권자가 독촉수단으로 사용하는 내용증명 우편 같은 공적 증빙이나 근거가 남는 전자메일 또는 문자발송에 의한 독촉 내역 등 객관적인 증빙을 제시한 바 없어 결국 채무의 상환 최고를 뒷받침할 아무런 증거 없음을 사유로 패소한 것이 확인된다. (라) 청구법인은 2022사업연도 기준 매출액은 OOO원이고, 직원 수가 173명에 달하는 법인으로서 각 부서의 업무가 정립되어 있고, 내부통제가 충분할 정도의 규모로서, 이에 a 및 b에 대한 대여금은 총 OOO여원에 달하는 거액임에도 채무의 상환 최고에 의한 소멸시효 중단을 판단할 근거로 구두 독촉 외에는 객관적·구체적 증빙이 전무하다고 나타난 점은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 납득하기 어렵다. (마) 청구법인은 채무부존재확인소송 시 채권자로서 적극적인 주장·입증책임을 부담함에도 불구하고, 위에서 본 바와 같이 전화 또는 구두로만 독촉하였다고 주장할 뿐 소멸시효 중단을 입증할 만한 객관적 증빙을 전혀 제출하지 않은 점, b 관련 소송의 경우 1심에서 승소하였으나 2심에서 패소한 후 3심 소송을 스스로 포기한 점 등 전체적으로 소극적 대응으로 일관한 것으로 보여 당해 소송의 실체가 청구법인의 의제자백 행위에 의한 패소일 수도 있는바, 청구법인의 이 건 대여금에 대한 소멸시효 완성은 인정하기 어렵다. 한편, 청구법인의 이 건 소송은 대여금 채권의 일부(OOO원)에 대한 것으로서, 설령 일부 채무에 대하여 소멸시효 완성 효력을 인정한다고 하더라도 이를 대여금 전체(OOO원)에 대한 것으로 간주할 수는 없으므로 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 특수관계법인에 대한 대여금 일부와 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 확정판결이 있는 경우 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

② 대여금에 관한 채무부존재확인소송 결과에 따라 일반적 경정청구(5년)가 가능한지 여부

③ 대여금 일부에 대한 소송 결과를 대여금 전체에 적용하여 경정청구가 가능한지 여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

(2) 법인세법 제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산하여 같은 조 제1항에 따른 세액공제의 대상이 되는 금액

3. 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 소득금액

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조 제1호에 해당하는 자산
• 나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 법인세법 시행령 제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

9. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

• 가. 제2조 제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)
• 나. 제2조 제8항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자 제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

(4) 민사소송법 제150조(자백간주) ① 당사자가 변론에서 상대방이 주장하는 사실을 명백히 다투지 아니한 때에는 그 사실을 자백한 것으로 본다. 다만, 변론 전체의 취지로 보아 그 사실에 대하여 다툰 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 상대방이 주장한 사실에 대하여 알지 못한다고 진술한 때에는 그 사실을 다툰 것으로 추정한다.

③ 당사자가 변론기일에 출석하지 아니하는 경우에는 제1항의 규정을 준용한다. 다만, 공시송달의 방법으로 기일통지서를 송달받은 당사자가 출석하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 제257조(변론 없이 하는 판결) ① 법원은 피고가 제256조 제1항의 답변서를 제출하지 아니한 때에는 청구의 원인이 된 사실을 자백한 것으로 보고 변론 없이 판결할 수 있다. 다만, 직권으로 조사할 사항이 있거나 판결이 선고되기까지 피고가 원고의 청구를 다투는 취지의 답변서를 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 피고가 청구의 원인이 된 사실을 모두 자백하는 취지의 답변서를 제출하고 따로 항변을 하지 아니한 때에는 제1항의 규정을 준용한다.

③ 법원은 피고에게 소장의 부본을 송달할 때에 제1항 및 제2항의 규정에 따라 변론 없이 판결을 선고할 기일을 함께 통지할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청과 청구법인이 제출한 경정청구서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) a 및 b은 청구법인을 상대로 각 2021.12.10., 2021.12.16. 대여금에 관한 채무부존재확인소송을 제기하였고, 동 소송은 2023.1.12. 대법원 확정판결(심리불속행, a) 및 2023.1.27. 상고 포기(b)로 최종 확정(청구법인 패소)되었는데, 소제기 내용과 법원 판결 주요내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 대여금 관련 채무부존재확인 소제기 및 판결내용 (나) 청구법인은 위 소송결과를 토대로 2023.4.9. 위 소송 관련 대여금 등을 포함하여 a(약 OOO원) 및 b(약 OOO원)에 보유하고 있던 대여금이 각 2016.9.9., 2014.6.30. 이전에 소멸시효 등이 완성된 것으로 보아 2014〜2021사업연도의 법인세 계산 시 가지급금 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 세무조정 사항에 대해 경정청구를 하였는데, 세부내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 경정청구 내용 (단위: 백만원) (다) 청구법인이 2014사업연도 법인세 신고 시 처분청에 제출한 표준재무상태표를 보면, 단기대여금(관계회사)이 OOO원으로 나타난다. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①ㆍ②에 대하여 살펴본다. 국세기본법제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’라고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 규정하고 있는바, 이러한 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있고, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011.7.28 선고 2009두22379 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 a와 b이 제기한 채무부존재확인소송 결과 청구법인이 패소하였으므로 동 판결 등은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 규정한 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 설령 후발적 경정청구 사유가 존재하지 아니한다고 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항 의 기간(5년) 내 사업연도에 대한 경정청구는 가능하다고 주장한다. 그러나 청구법인은 2014년 당시 특수관계회사인 a와 b에 대하여 약 OOO원의 대여금을 보유한 것으로 나타나고 이를 상환받은 사실은 확인되지 아니한 점, 채무부존재확인소송의 1심 판결문 등을 보면, 청구법인은 피소 내용에 대하여 적극적으로 대응하지 아니한 것으로 보이고, a와 b은 2021사업연도 당시 청구법인의 이 건 대여금 등을 회계장부상 차용금 채무로 계상해 온 사실이 나타나는데, 이와 달리 청구주장과 같이 2016.9.9., 2014.6.30. 이전에 이 건 대여금의 소멸시효 등이 완성된 것으로 볼만한 구체적ㆍ객관적 증빙이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 대여금 등의 소멸시효가 완성되지 않은 것으로 보아 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점③에 관하여 살펴본다. 청구법인은 2014〜2021사업연도 법인세 신고 당시 대여금이 존재한다고 보아 세무조정을 하였으나, 최초 신고 당시 가장 마지막에 발생한 대여금의 소멸시효가 이미 완성되어 대여금 전체가 존재하지 않았음이 법원의 판결로 확정되었으므로 전체 채권의 소멸시효가 완성된 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인의 이 건 대여금의 소멸시효가 완성된 것으로 볼 수 없고, 설령 일부 채권에 대하여 소멸시효 완성 효력을 인정한다고 하더라도 채권자인 청구법인이 채권에 대한 적극적 권리를 주장하지 아니하였을 뿐만 아니라 소송에서 다루지 않은 나머지 채권에 대해서 소멸시효가 완성되었다고 볼 수는 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.