[요지] 청구법인이 오염된 쟁점토지를 원상회복하기 위해 토지복원 공사비 등으로 지출한 쟁점매입세액은 자산의 용도변경이나 개조, 이용의 편의 등을 위해 지출한 비용으로서 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용으로 보기는 어려운 점, 쟁점토지(부동산)에 대한 매매계약은 토양오염이 없음을 전제로 매매가격 등을 산정하여 이루어졌고, 이후 발견된 오염토양 정화 비용을 매도인측이 부담하기로 한 것으로 나타나며, 1심 법원도 청구법인이 부담한 오염토양 정화비용을 매도인이 보전해야 한다고 판결한 사실이 있는바, 쟁점매입세액이 “자본적 지출액”에 해당한다거나 쟁점토지의 매매가액이 변동되어 취득가액에 합산된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 청구법인의 이 건 부가가치세 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2021서3671 / 조심2023서9318 / 조심2020서8583 / 조심2013전0603 / 조심2018서0834
[주 문] 종로세무서장이 2023.11.22. 청구법인에게 한 2022년 제1기〜2023년 제2기(예정) 과세기간의 부가가치세 합계 OOO원(초과환급신고 가산세 포함)에 대한 환급 거부처분은 이를 각 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세액은 과세사업자인 청구법인이 자기의 과세사업인 c에 대한 토지 정화용역 제공에 대하여 사용할 목적으로 공급받은 용역에 대한 부가가치세액으로서 매입세액공제 대상이다. (가) 청구법인이 체결한 이 건 매매계약서 제11조 제4항에 의하면, ‘쟁점토지에 토양환경보전법에 따른 오염물질이 존재하여 관련 비용 등이 발생하는 경우 매도인인 c의 부담 및 책임으로 한다’라고 정하고 있고, 토양오염이 발견된 이후 매매계약의 당사자인 e과 c는 2022.1.26. 위 토양오염 정화에 따른 비용과 책임을 분담하고자 부속합의서를 작성하였으며, 부속합의서 제1조 제3항에 의하면 ‘매도인인 c는 자신의 책임과 비용으로 쟁점토지의 오염토양을 모두 정화’하기로 약정하였는데, 쟁점토지에 존재하는 오염토양을 정화하는 책임은 온전히 c에게 있었다. (나) A가 법률상ㆍ계약상 책임을 부담함에도 불구하고, B가 해당 책임을 대신 이행하고 A에게 해당 대금을 청구한다면, 부가가치세법상 B는 A에게 용역을 공급한 것으로 보게 된다. 조세심판원은 임대인이 토지정화 책임을 부담함에도 임차인이 용역업체를 선정하여 토지정화를 한 사안에서, 토양환경보전법 관련 토양오염검사수수료, 토양 반출 및 정화비용은 토지 관련 자본적 지출이 아니어서 매입세액공제 대상으로 적정하고, 임차인은 토지 정화용역을 임대인에게 공급한 것으로 하여 부가가치세 납세의무를 부담한다고 결정한 바 있다(조심 2013전603, 2013.6.17.). (다) 또한, 공동으로 책임을 부담하는 자들 중 1인이 구성원 모두를 위하여 용역을 공급받고 다른 구성원들에게 이를 청구하는 경우, 그 1인은 다른 구성원에게 세금계산서를 발급할 수 있고, 그와 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다. 부가가치세법은 재화나 용역이 간접적으로 제공된 경우 세금계산서를 발급할 수 있는 특례를 두고 있다. 즉, 부가가치세법은 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급받는 경우 등으로서 재화나 용역을 공급받는 명의자와 실제로 이를 소비하는 자가 서로 다른 경우, 재화나 용역을 공급하는 자가 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고, 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 이를 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급할 수 있도록 하고 있다(부가가치세법 시행령 제69조 제14항, 제15항). 이에 따라 기존 국세청 유권해석은 공동으로 책임을 부담하는 자들 중 1인이 구성원 모두를 위하여 용역을 공급받고, 다른 구성원들은 이러한 비용을 보전하여 주는 경우, 그 1인은 부가가치세법 시행령 제69조 제15항에 따라 다른 구성원들에게 세금계산서를 발급할 수 있고, 그와 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다는 입장을 취하여 왔고, 그 외에도 오염토양을 복구할 의무가 있는 사업자가 이를 이행하지 아니하여 정부가 이를 대행함으로써 그 사업비를 분담하는 경우 부가가치세법 시행령 제69조의 공동매입규정을 적용할 수 있다고 유권해석 하였다(법규부가2014-36, 2014.3.13.).
(2) 쟁점매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 아니므로 매입세액 공제 대상에 해당한다. (가) 부가가치세법이 토지와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화여서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도 시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수가 되기 때문이다(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결). 또한, 부가가치세법에서의 ‘토지에 대한 자본적 지출’이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다(대법원 1999.11.12. 선고 98두15290 판결). (나) 토양오염을 정화하는 것은 토지를 ‘원상회복’하기 위한 비용일 뿐, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 ‘자본적 지출’에는 해당하지 아니한다. 조세심판원은 토양환경보전법에 따라 지출한 정화비용을 토지의 원상회복을 위한 비용으로 보는 것이 합리적이라고 결정한 바 있고(조심 2021서3671, 2021.10.18.), 이는 소득세법 제97조 제1항 제2호에서 규정하는 양도차익 계산 시 공제하는 자본적 지출액에 해당하지 않고, 오염된 토지를 오염 이전의 원상태로 복구하는데 든 비용에 해당한다고 결정한 바 있으며(조심 2023서9318, 2024.1.10., 조심 2020서8583, 2021.1.27., 조심 2018소4635, 2018.12.18., 조심 2018서834, 2018.4.11.), 기획재정부는 토양환경보전법에 따라 오염 토지 정화 조치로 지출한 정화비용은 소득세법상 자본적 지출에 해당하지 않는다고 해석한 바 있다(기획재정부 조세법령운용과-553, 2021.6.22.). 국세청 또한 소득세법과 법인세법 관련 유권해석에서 토양환경보전법에 따라 오염 토지 정화 조치로 지출한 비용은 각 법에서 규정하는 자본적 지출에 해당하지 아니하다고 해석하였다(서면-2020-부동산-2559, 2020.8.31., 재산세과-2601, 2008.9.2., 서면-2015-법인-22287, 2015.6.15.). (다) 추가로 국세청은 오염토양 정화 시정명령에 따라 복원공사 검사 및 공사 관련 매입세액의 부가가치세 매입세액 공제여부를 질의한 사안에서 해당 매입세액은 부가가치세법상 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 회신한 바 있고(서면-2016-부가-3576, 2016.5.18.), 토양환경보전법에 따른 토양오염검사 및 오염된 토지의 원상회복을 위한 복원공사와 관련된 매입세액에 대하여 토지 관련 매입세액에 해당하지 않고 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당한다고 하였으며(서면인터넷방문상담3팀-1739, 2004.8.25.), 토양환경보전법에 따른 오염토양 개선명령을 받은 사업자가 수행한 오염된 그린 및 벙커의 복원공사를 함에 있어서 시설의 위치 및 구조 등의 변경 없이 오염된 표토층을 제거하고 모래를 교체하는 등의 복원공사의 경우에는 동 공사와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이라고 해석한 바 있다(서면인터넷방문상담3팀-2182, 2004.10.27.). (라) 따라서 이 건 정화용역계약 등에 따라 제공받은 용역은 오염된 토지를 정화하여 토지 본연의 기능으로의 원상회복을 위한 용역에 불과한 것으로서 조세심판원, 기획재정부, 국세청은 일관되게 토양오염을 제거하고 토지를 원상에 회복시키는 것은 ‘자본적 지출’에 해당하지 않는다는 입장을 취하여 왔으므로 이 건 토지정화 비용은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’에 해당하지 아니하여 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되는 것으로 보아야 한다.
(1) “과세사업을 영위하는 사업자가 토양환경보전법에서 규정한 토양오염의 우려기준을 초과하여 관할구청으로부터 토양환경보전법 제15조 규정에 의하여 오염토양 개선명령을 받고 오염된 그린 및 벙커의 복원공사를 함에 있어 동 시설의 위치 및 구조변경 등으로 골프장의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용은 골프장 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다”는 질의답변(서면인터넷방문상담3팀-2182, 2004.10.27.)이 있고, “골프장 조성공사를 하면서 잔디․수목 식재공사와 그린․티․벙커 조성공사를 한 것은 골프장 용지의 조성에 필수불가결한 것으로서 그 공사로 식재 또는 조성된 잔디․수목, 그린․티․벙커는 당해 골프장의 토지에 부합되어 토지와 일체를 이룸으로써 골프장용지의 구성부분이 되는 것이며, 그와 같은 토지의 개량을 통해 토지의 가치는 현실적으로 증가되었다고 할 것이므로, 원고가 골프장 조성공사에 지출한 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당(대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844 판결)되어 이를 매출세액에서 공제할 수 없다”는 판례가 있는 바, 이 건 정화용역은 토지관련 매입비용으로 부가가치세 매입세액 불공제 대상으로 보는 것이 타당하다.
(2) 또한 관련 판례 및 유권해석 사례 등을 검토한 바, 수익적 지출로 본 사례들은 대부분 기존 자신의 사업을 영위하던 중 보유단계에서 계속적·반복적으로 발생하는 토양오염을 정화하는 명령으로, 당사자 등을 보면 주유소, 골프장 등 토양오염 유발시설 설치 사업자들이 토지를 원상으로 회복하기 위한 것으로서 이 건에 적용하기에는 부합하지 않는 면이 있고, 법인세법 기본통칙 23-31…1【고정자산에 대한 자본적 지출의 범위】10호를 보면, 목장용 토지(초지)의 조성비 중 최초의 조성비는 토지에 대한 자본적 지출로 한다는 내용이 있는데, 세법에서 ‘수익적 지출’과 ‘자본적 지출’을 구분 짓는 입법취지에서 볼 때, 사업을 영위하는 중의 계속적·반복적·소규모 지출 등에 대한 원상회복의 개념에서 ‘수익적 지출’의 개념을 적용하고 있으며, 사업의 최초·대규모 자본 지출 등에는 ‘자본적 지출’의 개념을 적용하는 것을 볼 수 있다. 이러한 관점에서 볼 때, 청구법인이 쟁점과세기간 중 지출한 쟁점비용은 총 OOO원으로서 총 매입가액의 34%를 차지하는바, 이는 단순히 수익적 지출로 판단하기에는 통상적인 범위를 벗어난 금액이며 계속적·반복적·소규모라기보다는 사업초기의 대규모 자본적 지출이라고 봄이 상당하다.
(3) 관할구청인 인천광역시 미추홀구청장의 토양환경보전법 위반에 따른 행정처분(정화 조치명령) 공문 내용에서는 원상회복의 정도라는 청구법인의 주장을 입증할 수 있는 내용을 찾아볼 수 없는데, 쟁점비용이 원상회복 정도의 지출로서 토지의 수익적 지출이라는 청구법인의 주장은 자의적 판단으로 처분청이 수용하기에는 무리가 있다. 또한 부가가치세법 시행령 제80조 제1호 및 제3호에 따라 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 및 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 토지 조성에 관한 매입으로 토지의 취득과 관련한 비용으로 보는 것이 타당하며, 건물이 있는 토지를 취득하여 토지만을 사용하기 위하여 그 건축물을 철거하는 과정에서 관할 지방자치단체의 요구로 토양정밀조사 용역과 오염토양 반출정화용역을 제공받고 대가를 지급하면서 부담한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이라는 질의답변(부가가치세과-584, 2012.5.24.)이 있다.
(4) 따라서 이 건 정화용역은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 택지의 조성 등을 위한 토지의 자본적 지출에 해당하므로 이에 대한 매입세액은 부가가치세법의 “공제하지 아니하는 매입세액”에 해당하는바 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
(2) 부가가치세법 시행령 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(3) 토양환경보전법 제11조(토양오염의 신고 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 관할 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.
1. 토양오염물질을 생산ㆍ운반ㆍ저장ㆍ취급ㆍ가공 또는 처리하는 자가 그 과정에서 토양오염물질을 누출ㆍ유출한 경우
2. 토양오염관리대상시설을 소유ㆍ점유 또는 운영하는 자가 그 소유ㆍ점유 또는 운영 중인 토양오염관리대상 시설이 설치되어 있는 부지 또는 그 주변지역의 토양이 오염된 사실을 발견한 경우
3. 토지의 소유자 또는 점유자가 그 소유 또는 점유 중인 토지가 오염된 사실을 발견한 경우
② 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 신고를 받거나, 토양오염물질이 누출ㆍ유출된 사실을 발견하거나 그 밖에 토양오염이 발생한 사실을 알게 된 경우에는 소속 공무원으로 하여금 해당 토지에 출입하여 오염 원인과 오염도에 관한 조사를 하게 할 수 있다.
③ 제2항의 조사를 한 결과 오염도가 우려기준을 넘는 토양(이하 “오염토양”이라 한다)에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 정화책임자에게 토양관련전문기관에 의한 토양정밀조사의 실시, 오염토양의 정화 조치를 할 것을 명할 수 있다.
④ 토양관련전문기관은 제3항에 따라 토양정밀조사를 하였을 때에는 조사 결과를 관할 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 지체 없이 통보하여야 한다.
⑤ 제2항에 따라 타인의 토지에 출입하려는 공무원은 그 권한을 나타내는 증표를 지니고 이를 관계인에게 보여주어야 한다.
⑥ 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제2항에 따라 소속 공무원으로 하여금 해당 토지에 출입하여 오염 원인과 오염도에 관한 조사를 하게 한 경우에는 그 사실을 지방환경관서의 장에게 지체 없이 알려야 한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 부동산 매매계약서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2022.1.24. e으로부터 쟁점토지에 대한 매수인 지위를 이전받기로 하는 계약을 체결하여 2022.2.24. 잔금을 치른 후 소유권을 취득하였고, 토지 취득 후 2022년 4월〜2023년 9월 기간 동안 오염토양 정화용역을 관련 업체로부터 공급받은 것으로 보이는데, 세부사업 진행경과는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점토지 취득 및 정화작업 세부경과
① c와 e간에 매매계약 체결 (토지 OOO원, 건물 OOO원)
② 토양오염 발견 및 신고 (미추홀구청장 2021.12.13. 오염토양 정밀조사명령, 2022.4.29. 오염토양 정화조치명령)
③ c와 e간에 오염토양 정화 등에 관한 합의서 작성
④ 청구법인은 e으로부터 매수인 지위승계 및 잔금 지급
⑤ 청구법인은 정화용역계약 체결 후 사업진행 (나) 청구법인은 2022년 4월〜2023년 9월 기간 동안 주식회사 g, OOO 등과 쟁점토지의 오염정화에 관한 용역계약을 체결하여 동 기간에 공급가액 약 OOO원의 세금계산서를 수취한 후 부가가치세 (환급)신고를 하였으나, 처분청은 2023년 11월 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제 경정하였는데, 세부내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 부가가치세 신고 및 경정 내용 (단위: 원) (다) 처분청은 2023.9.25. 쟁점매입세액의 매입세액공제 가능 여부에 대하여 서울지방국세청장에게 과세사실판단 자문신청을 하였는데, 서울지방국세청장은 2023.10.11. “과세여부 등을 명확히 판단할 수 있는 사안인 경우”에 해당한다는 이유로 심의제외 결정․통보를 하였다.
(2) 한편, 청구법인은 2022.9.16. c를 상대로 하여 오염토양 정화비용과 관련한 소송(서울중앙지방법원 2022가합550314 손해배상 청구의 소)을 제기하였고, 법원은 2024.5.31. c가 청구법인에게 약 OOO원을 지급할 것을 판결하였다.
(3) 부가가치세법상 토지 관련 매입금액 관련 법령에 관한 헌법재판소 결정내용을 보면, 헌법재판소는 골프장 사업자가 제기한 구부가가치세법(1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되고, 2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호 중 “대통령으로 정하는 토지 관련 매입세액” 조문의 헌법 위반 여부를 다룬 사건에서, “토지 관련 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출”이라 함은 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출을 의미한다’라고 판시하였는데, 결정문 주요내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 헌법재판소 2010.6.24. 선고 2007헌바125 전원재판부 결정 일부
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 쟁점매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따른 토지에 관련된 매입세액으로서 청구법인의 부가가치세 환급 신고세액 중 쟁점매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 부가가치세 환급을 거부한 처분은 정당하다는 의견이다. 그러나, 사업자가 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니라고 할 것(대법원 2016.2.18. 선고 2012두22447 판결, 같은 뜻임)이고, 토지의 경우 영구성을 갖는 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 생각하기 어려우므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출을 의미하며, ‘토지 관련 매입세액’은 그에 대응하는 매출세액이 면제되는 경우로서, ‘토지 관련 지출’은 토지의 취득원가에 산입되는 자본적 지출을 의미하는 것(헌법재판소 2010.6.24. 선고 2007헌바125 전원재판부 결정 참조)인바, 청구법인이 오염된 쟁점토지를 원상회복하기 위해 토지복원 공사비 등으로 지출한 비용은 자산의 용도변경이나 개조, 이용의 편의 등을 위해 지출한 비용으로서 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용으로 보기는 어려운 점, c와 e의 쟁점토지(부동산) 매매계약서, (오염토양 정화를 위한) 합의서 및 청구법인과의 매수인 지위 이전계약서 등에 관한 내용을 보면, 쟁점토지(부동산)에 대한 매매계약은 토양오염이 없음을 전제로 매매가격 등을 산정하여 이루어졌고, 이후 발견된 오염토양 정화 비용을 매도인 측이 부담하기로 한 것으로 나타나며, 1심 법원도 청구법인이 부담한 오염토양 정화비용을 매도인이 보전해야 한다고 판결한 사실이 있는바, 해당 비용이 “자본적 지출액”에 해당한다거나 쟁점토지의 매매가액이 변동되어 취득가액에 합산된다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지 취득 후 해당 부지에 물류센터를 신축․임대하는 개발(과세)사업을 영위하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 청구법인의 이 건 부가가치세 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.