청구인이 양도자와 계약을 체결한 현재 쟁점토지에 대한 지적재조사 사업이 완료되어 양도자에게 조정금 납부고지가 발부된 상태였고, 쟁점부동산의 소유권이 청구인으로 이전등기 되기 전에 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 지적재조사 완료를 원인으로 면적이 변경된 후 쟁점토지의 소유권이 청구인으로 이전등기가 된 점, 청구인과 양도자가 쟁점부동산 매매계약을 체결할 당시 지적재조사사업이 완료되어 있었고 공부상 증가된 토지면적을 포함하여 취득하는 것으로 계약하여 쟁점부동산의 매매대금으로 지급한 금액과 쟁점지적재조사조정금을 쟁점부동산의 취득대가로 지급한 것으로 볼 수 있는 점, 지적재조사사업에 따른 쟁점지적재조사조정금은 양도자가 부담하여야 할 것을 청구인이 양도자를 대신하여 납부한 것으로 일반적인 토지의 보유기간 중에 지적재조사로 인해 토지의 소유자가 부담하는 지적재조사조정금과는 달리 일종의 채무의 인수로 인한 부담으로도 볼 수 있어 취득가액의 성격이 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] OO세무서장이 2023.8.11. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 쟁점지적재조사조정금은 쟁점토지의 매매대가로 취득가액에 포함하여야 한다. (가)소득세법제97조 제1항은 양도차익을 계산할 때 취득가액에서 공제할 필요경비를 열거하면서 제1호에 취득가액을 규정하고, 괄호에 “지적재조사에 관한 특별법(이하 “지적재조사법”이라 한다) 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다”라고 규정하고 있고, 지적재조사 사업은 지적공부를 디지털화하면서 지적공부의 등록사항이 토지의 실제 현황과 일치하지 아니하는 경우 이를 바로잡는 사업으로(지적재조사법 제2조), 재조사로 인하여 공부상 면적과 실제의 면적이 다른 경우 실제의 면적에 따라 공부상 면적이 증감되는 경우에는 필지별 면적 증감내역을 기준으로 조정금을 산정하여 징수하거나 지급하는 것이므로(지적재조사법 제20조), 소득세법제97조 제1항 제1호 괄호의 의미는 실제 면적이 공부상 면적보다 넓어 공부상 면적이 증가됨에 따라 조정금을 징수하는 경우 이 금액을 토지의 취득가액으로 보지 않는다는 것이다. (나) 이는 토지를 보유하고 있는 상태에서 지적재조사로 인하여 공부상 면적이 달라짐에 따라 부담한 조정금은 토지의 취득가액에 포함되지 아니한다는 뜻이므로, 토지의 취득 이전에 지적재조사사업이 완료되어 공부상 면적이 실제 면적에 맞게 조정된 후에 매매당사자가 이 증가된 면적을 거래수량으로 고려하여 거래한 경우에는 그 거래금액에 계산편의상 지적재조사 조정금이 포함되어 있다고 하여 취득가액(매매가액)에서 제외할 것은 아니다. (다) 청구인이 양도자와 쟁점부동산 매매계약을 체결할 당시에 지적재조사사업이 마무리 단계에 이르러 지적재조사로 증가할 면적과 부담할 조정금이 확정된 상태였고, 2016.12.13. 지적재조사로 증가된 면적(12.3㎡)이 등기부상 면적변경 등기가 완료되었으므로, 매매계약서에는 거래면적이 지적재조사로 증가한 면적이 포함된 106.3㎡로 표기되었고, 매매대금은 양도자에게 지급하는 OOO원 외에 국가에게 납부할 쟁점지적재조사조정금을 청구인이 지급하는 것으로 합의하여, 청구인은 2016.12.20. 잔금을 지급하고 2016.12.21. 소유권이전등기를 완료하였다. (라) 청구인은 지적재조사사업이 완료되어 실제 면적이 공부상 반영된 106.3㎡를 양도자로부터 취득하여 그 면적에 따른 매매대금을 지급한 것이고, 다만 지적재조사사업에 따른 조정금액만 납부되지 않은 상태였기 때문에 양도자가 부담할 쟁점지적재조사조정금을 청구인이 승계하여 납부한 것일 뿐이므로, 토지 보유기간 중에 지적재조사로 토지 소유자가 부담하는 일반적인 지적재조사조정금과 달리, 쟁점지적재조사조정금은 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 전에 쟁점토지에 이미 반영된 금액으로, 매매대금에 포함되는 금액이다.
(2) 쟁점지적재조사조정금은 기타필요경비에 해당한다. (가) (지적재조사조정금에 대한 세법 개정 및 해석 변화) 소득세법이 2018.12.31. 개정되기 이전까지, 과세당국은 지적재조사사업으로 공부상 증가된 면적을 새로운 토지의 취득으로 보아, 부담한 조정금을 취득가액으로 인정하고 새로운 취득일을 기준으로 장기보유특별공제율을 적용하고(서면-2018-법령해석재산-3652, 2019.8.21.), 지적재조사사업으로 공부상 면적이 감소됨에 따라 지급받은 조정금에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니 하는 것으로 해석하였다(기획재정부 재산세제과-1131, 2018.12.31.). (나) 그 후 2018.12.31. 소득세법을 개정하면서 지적재조사사업으로 공부상 면적이 감소됨에 따라 지급받은 조정금에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니하는 것(비과세 양도소득)으로 규정(소득세법제89조 제1항 제5호)하는 한편, 지적재조사사업으로 공부상 면적이 증가됨에 따라 징수당한 조정금은 취득가액에서 제외한다고 규정하였고(소득세법제97조 제1항 제1호 괄호), 그 후 국세청은 2019.1.1. 이후에 양도하는 경우 지적재조사사업으로 공무상 면적이 증가함에 따라 받은 조정금은 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다고 해석하고 있다(사전-2021-법령해석재산-1404, 2021.
10. 25.). (다) 소득세법제88조는 양도란 “자산을 사실상 이전하는 것”이라고 정의하고 있고, 지적재조사는 실제 면적을 반영하지 못한 공부상 기록을 실제에 맞게 정정하는 것이므로, 경계의 변경이 없는 지적재조사로 인한 공부상 면적의 변경은 자산의 이전(추가적 취득 또는 양도)로 볼 수 없어, 소득세법상 양도에 해당하지 않는다. (라) 따라서 지급받거나 징수한 지적재조사조정금은 양도나 취득의 대가로 볼 수 없으므로, 2018.12.31. 개정된 소득세법제89조 제1항 제5호 및 제97조 제1항 제1호 괄호 규정은 당연한 법리를 명문화한 것이고, 법 개정 전후로 조정금의 성격이 달라지는 것은 아니다. (마) 법문은 지적재조사조정금을 취득가액에 제외한다고 규정하고 있는데, 기타 필요경비에서도 제외되어야 하는지는 별도의 해석이 필요하다.
1. 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비로 취득가액(제1호) 외에 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”(제2호)을 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제3항은 “양도자산의 용도 변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용”(제3호) 및 “이에 준하는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것”(제4호)을 필요경비로 열거하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제79조 제1항은 “그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용”(제1호), “토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용”(제2호), “이와 유사한 비용”(제6호)을 필요경비로 열거하고 있다.
2. 토지는 그 위치와 구조 및 지정된 구획을 전체로서 평가하여 거래되고 있으나, 공부상 면적은 구획된 구역의 크기를 평가하는 기준으로 사용되고 있으므로, 공부상 기록이 실제 면적을 반영하지 못하는 경우 토지의 가치를 정확하게 평가하는데 장애요소가 되고, 실제 면적보다 적게 기록된 공부상 면적을 실제 면적에 맞추어 증가하는 정정은 권리장애 요소를 제거하여 토지의 사용가치 및 교환가치를 증가시키는 기능을 하게 된다.
3. 지적재조사조정금은 새로운 토지의 취득과 관련한 비용은 아닐지라도 공부상 권리장애 요인을 제거하나 개선함에 따른 비용이므로 이용편의를 위하여 지출한 비용 또는 이와 유사한 비용에 해당하거나, 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용 또는 이와 유사한 비용에 해당하므로 이른바 기타 필요경비에 해당한다.
4. 소득세법제97조 제1항은 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 취득가액과 이른바 기타 필요경비로 구분하여 열거하고 있고, 지적재조사로 징수한 조정금은 취득가액에서 제외한다고 규정하고 있을 뿐 자본적 지출 등 기타 필요경비에서 제외한다고 규정하고 있지는 않으며, 조세법규는 문언대로 해석하는 것이 원칙이고 함부로 유추해석하거나 확대해석하여서는 아니 되므로, 소득세법제97조 제1항 제1호의 괄호규정을 문언대로 해석할 경우 지적재조사조정금을 취득가액에서 제외한다는 것이지 취득가액 외 기타 필요경비에서 제외한다고 해석할 이유는 없다.
5. 2018.12.31. 소득세법개정 당시 개정이유에 “지적공부상의 면적이 감소하여 지급받은 조정금은 양도소득세 비과세하고, 지적공부상의 면적이 증가하여 납부한 조정금은 양도소득 필요경비에서 제외함”이라고 규정하고 있어, 지적재조사조정금을 기타 필요경비에서 제외하는 것이 입법의도라고 주장할 여지는 있으나, 지급받는 조정금에 대하여는 비과세하여 세금혜택을 주면서, 징수당한 조정금에 대하여는 필요경비에서 제외하여 세금불이익을 주는 것은 상호연관성도 없을 뿐만 아니라 납세자를 이유 없이 차별하는 것으로 과세형평에도 맞지 않는 주장이다.
6. 설령 납부한 조정금을 기타 필요경비에서도 제외하는 것이 입법의도라고 한다 해도, 법문의 문언적 의미가 입법의도를 반영하지 못하는 경우 법문은 문언적 의미대로 해석하여야 할 것이지 입법의도를 고려하여 문언적 의미를 넘어서는 확대해석을 하여서는 안되고, 더구나 그러한 확대 해석은 토지와 관련하여 법률에 따라 부담한 회피할 수 없는 비용을 필요경비로 인정하지 아니하는 것으로, 이는 조세평등권에 반하고 납세자의 재산권을 과대하게 침해하는 위헌적 해석이 된다.
(3) 처분청은 양도자가 양도소득세 신고시 쟁점지적재조사조정금을 제외한 금액을 양도가액으로 신고하여, 취득가액(매매가액)에서 제외된다는 의견이나, 이 건의 쟁점은 청구인의 취득가액에 쟁점지적재조사조정금이 포함되는지 여부로, 쟁점지적재조사조정금을 쟁점토지의 취득대가로 볼 수 있는지를 판단해야 한다. (가) 청구인은 쟁점부동산 중 쟁점토지의 면적을 106.3㎡로 평가하여 계약서에 표기하고 지상건물과 함께 양도자로부터 취득하였으므로, 쟁점토지 106.3㎡를 취득하기 위하여 지급한 대가는 모두 취득가액에 포함되어야 할 금액이다. 처분청이 확인한 바와 같이 쟁점부동산 매매계약 당시 쟁점지적재조사조정금의 납부의무자는 양도자로 특정되어 있었고, 청구인은 토지 106.3㎡와 그 지상건물을 매수한 것이며, 그 대가를 산정함에 있어 관공서에 지급할 쟁점지적재조사조정금의 납부시기가 도래하지 아니하여 매수자인 청구인이 이를 승계하여 납부하기로 하고, 그 외 매매당사자가 사인 간에 정산할 금액 OOO원을 계약서상에 표기하여 매매계약을 체결한 것이므로, 쟁점지적재조사조정금은 토지 106.3㎡의 취득대가의 일부 금액으로 볼 수밖에 없다. (나) 그렇지 않고 토지 106.3㎡와 지상건물의 매매대금이 OOO원으로 한정된 것으로 본다면, 청구인으로서는 추가로 쟁점지적재조사조정금을 납부할 이유가 없으며, 조정금은 지적재조사로 증가하는 토지면적에 대한 부담금인데, 이미 토지 106.3㎡를 취득한 청구인으로서는 취득 후 공부상 토지 면적이 전혀 증가한 바가 없어 부담금을 납부할 이유가 없기 때문이다.
(1) 청구인은 쟁점지적재조사조정금을 대납한 것이 아닌, 의무를 승계하여 납부하였으므로, 쟁점지적재조사조정금은 취득가액에서 제외된다. (가) 소득세법제97조 제1항 제1호는 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액에서 “ 지적재조사법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다”고 단서 규정을 두고 있고, 지적재조사법 제20조 및 제21조에는 조정금 산정에 관한 사항과 구체적인 지급·징수 또는 공탁의 방법을 규정하면서, 제21조 제8항에서 지적재조사지구 지정이 있은 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 제1항에 따른 조정금 또는 제7항에 따른 공탁금을 수령하거나 납부한다고 규정하고 있다. (나) 쟁점토지는 황학제1지적재조사 사업지구(지정고시일 2014.11.6.)에 포함되어 있고, 청구인은 2016.10.30. 양도자와 쟁점부동산 매매계약을 체결하면서, 특약사항에 “조정금 납부할 금액은 매수자가 지불하기로 한다”고 기재하여, 쟁점지적재조사조정금은 청구인에게 의무가 승계되었다. (다) 또한 지적소관청인 중구청에서 조정금을 승계하는 조건으로 매매계약하여 소유권을 취득한 것을 사유로 양도자에게 한 납부고지를 취소하고 청구인에게 다시 고지하였으므로, 청구인은 쟁점지적재조사조정금을 양도자 명의로 단순히 대납한 것이 아니라, 쟁점지적재조사조정금을 승계한 납세자로 납부한 것이다. (라) 따라서 당초 쟁점지적재조사조정금의 납부의무자가 양도자일지라도 매매 당사자간 특약사항에 의해 승계하기로 합의하였으므로, 지적재조사법 제21조 제8항 에 따라 지적재조사지구 지정이 있은 후 권리의 변동으로 그 권리를 승계한 청구인이 쟁점지적재조사조정금을 납부한 것이므로, 소득세법제97조 제1항 제1호 단서규정에 의해 취득가액에서 제외하여야 한다. (마) 설령 청구인의 주장대로 쟁점지적재조사조정금이 소득세법제97조 제1항 제1호의 단서 규정의 취득가액에서 제외되는 조정금이 아니라 일반적 취득가액에 포함되는 매매가액이라면, 양도자가 양도가액에 포함하였어야 하나 양도자가 쟁점지적재조사조정금을 제외한 OOO원을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
(2) 쟁점지적재조사조정금은 취득가액을 포함한 필요경비로 인정되지 않는다. (가) 소득세법제89조 및 제97조의 개정(2018.12.31.) 취지는 지적재조사 사업으로 지급받는 조정금은 양도소득세를 비과세하고, 납부한 조정금은 필요경비 불산입하고자 하는 것으로, 지적공부상의 면적이 증감되어 징수하거나 지급하는 조정금을 본래의 토지와 별개로 취급하여 양도가액 및 취득가액, 필요경비에 포함하지 않음으로써 이와 관련한 효과를 배제하고자 한 것이다. (나) 또한 국세청은 “ 지적재조사법 제18조 에 따른 지적재조사사업에 의한 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 그 증가된 면적에 해당하는 토지를 2019.1.1. 이후에 양도하는 경우, 소득세법제97조 제1항에 따른 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다”고 해석(사전-2021-법령해석재산-1404, 2021.10.25.)하여, 법령을 보완하고 있다. 따라서 쟁점지적재조사조정금은 취득가액을 포함한 필요경비 자체로 인정되지 않는 것으로 해석하는 것이 법령의 취지에 부합하고, 국세청의 사전답변을 통한 공식적 의견인 것이다.
(3) 청구인은 쟁점지적재조사조정금의 납부시기가 도래하지 아니하여 청구인이 이를 승계․납부하였다고 주장하나, 서울특별시 중구청에서 회신한 공문 등 자료에 따르면, 중구청에서는 쟁점지적재조사조정금을 산정하고 조정금 조서를 작성하여 양도자에게 조정금액을 통보하였으며, 2016.10.14. 조정금 납부고지를 하였고, 납부고지를 받은 자는 부과일로부터 6개월 이내에 조정금을 납부하여야 하므로 매매계약일 당시 납부시기는 도래하지 않았으나, 조정금 납부금액 및 납부시기 등 모두 확정된 상태였다. (가) 양도자가 쟁점지적재조사조정금을 납부할 수 있었음에도 매매계약 시 거래당사자가 합의하여 매수인인 청구인에게 납부의무를 승계하였고, 이에 따라 중구청에서도 양도자에게 한 납부고지를 취소하고 청구인에게 다시 납부고지를 한 것으로, 이는 매수인인 청구인이 정당하게 그 권리를 승계받아 납부한 것이지 단순히 양도자가 납부할 조정금을 대납한 것이라 볼 수 없다. (나) 청구인은 사인 간에 정산할 금액 OOO원을 계약서상에 표기하여 매매계약을 체결한 것이므로, 쟁점지적재조사조정금은 토지 106.3㎡의 취득대가의 일부 금액으로 볼 수밖에 없다고도 주장하나, 매매계약서상에 쟁점지적재조사조정금을 매수자가 부담하는 것으로 기재되어 있고 그대로 이행하였다면 매수자가 부담하기로 한 조정금 상당액은 부동산의 양도와 대가관계에 있다고 보아 양도가액에 가산하여야 하며, 이는 거래당사자 간 계약내용에 따라 결정되는 것이나, 쟁점부동산의 양도자가 양도가액을 쟁점지적재조사조정금을 제외한 금액으로 신고한 사실을 통해 당사자 간의 계약 내용을 간접적으로 확인할 수 있다. 소득세법제97조 제1항 제1호에 따라 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액에서 제외하는 것은 지적재조사법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적 공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금이고, 지적재조사법에서 지적재조사지구 지정이 있은 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 조정금 또는 공탁금을 수령하거나 납부한다고 규정하고 있어, 양도자가 토지를 소유한 상태에서 면적이 증가하여 산정된 조정금과 그 이후에 권리를 승계받아 납부한 조정금 모두 지적재조사법에 따른 조정금이므로, 소득세법제97조 제1항 제1호의 단서규정에 따라 취득가액에서 제외하여야 할 조정금에 해당하는 것이다.
① 쟁점지적재조사조정금을 청구인의 취득가액(매매가액)에 포함할 수 있는지 여부
② 취득가액에 포함될 사항이 아니라면, 기타 필요경비에 해당한다는 청구주장의 당부
5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득
2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득
5. 지적재조사에 관한 특별법제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다) 3의2. ｢개발이익환수에 관한 법률｣에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. ｢재건축초과이익 환수에 관한 법률｣에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. (3) 소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산 등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1. ｢하천법｣ㆍ｢댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률｣ 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비
4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 (4) 지적재조사에 관한 특별법 제1조【목적】이 법은 토지의 실제 현황과 일치하지 아니하는 지적공부(地籍公簿)의 등록사항을 바로 잡고 종이에 구현된 지적(地籍)을 디지털 지적으로 전환함으로써 국토를 효율적으로 관리함과 아울러 국민의 재산권 보호에 기여함을 목적으로 한다. 제18조【경계의 확정】① 지적재조사사업에 따른 경계는 다음 각 호의 시기에 확정된다.
1. 제17조 제1항에 따른 이의신청 기간에 이의를 신청하지 아니하였을 때
2. 제17조 제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 대하여 60일 이내에 불복의사를 표명하지 아니하였을 때
3. 제16조 제3항에 따른 경계에 관한 결정이나 제17조 제4항에 따른 이의신청에 대한 결정에 불복하여 행정소송을 제기한 경우에는 그 판결이 확정되었을 때
② 제1항에 따라 경계가 확정되었을 때에는 지적소관청은 지체 없이 경계점표지를 설치하여야 하며, 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 지상경계점등록부를 작성하고 관리하여야 한다. 이 경우 제1항에 따라 확정된 경계가 제15조 제1항 및 제3항에 따라 설정된 경계와 동일할 때에는 같은 조 제1항 및 제3항에 따른 임시경계점표지를 경계점표지로 본다.
③ 누구든지 제2항에 따른 경계점표지를 이전 또는 파손하거나 그 효용을 해치는 행위를 하여서는 아니 된다. 제20조【조정금의 산정】① 지적소관청은 제18조에 따른 경계 확정으로 지적공부상의 면적이 증감된 경우에는 필지별 면적 증감내역을 기준으로 조정금을 산정하여 징수하거나 지급한다.
② 제1항에도 불구하고 국가 또는 지방자치단체 소유의 국유지ㆍ공유지 행정재산의 조정금은 징수하거나 지급하지 아니한다.
③ 조정금은 제18조에 따라 경계가 확정된 시점을 기준으로 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가액으로 산정한다. 다만, 토지소유자협의회가 요청하는 경우에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별공시지가로 산정할 수 있다.
④ 지적소관청은 제3항에 따라 조정금을 산정하고자 할 때에는 제30조에 따른 시ㆍ군ㆍ구 지적재조사위원회의 심의를 거쳐야 한다.
⑤ 제2항부터 제4항까지에 규정된 것 외에 조정금의 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제21조【조정금의 산정】① 조정금은 현금으로 지급하거나 납부하여야 한다.
② 지적소관청은 제20조 제1항에 따라 조정금을 산정하였을 때에는 지체 없이 조정금조서를 작성하고, 토지소유자에게 개별적으로 조정금액을 통보하여야 한다.
③ 지적소관청은 제2항에 따라 조정금액을 통지한 날부터 10일 이내에 토지소유자에게 조정금의 수령통지 또는 납부고지를 하여야 한다.
④ 지적소관청은 제3항에 따라 수령통지를 한 날부터 6개월 이내에 조정금을 지급하여야 한다.
⑤ 제3항에 따라 납부고지를 받은 자는 그 부과일부터 6개월 이내에 조정금을 납부하여야 한다. 다만, 지적소관청은 1년의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 조정금을 분할납부하게 할 수 있다.
⑥ 지적소관청은 조정금을 납부하여야 할 자가 기한까지 납부하지 아니할 때에는 ｢지방행정제재ㆍ부과금의 징수 등에 관한 법률｣에 따라 징수할 수 있다.
⑦ 지적소관청은 조정금을 지급하여야 하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 조정금을 지급받을 자의 토지 소재지 공탁소에 그 조정금을 공탁할 수 있다.
1. 조정금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 주소 불분명 등의 이유로 조정금을 수령할 수 없을 때
2. 지적소관청이 과실 없이 조정금을 받을 자를 알 수 없을 때
3. 압류 또는 가압류에 따라 조정금의 지급이 금지되었을 때
⑧ 지적재조사지구 지정이 있은 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 제1항에 따른 조정금 또는 제7항에 따른 공탁금을 수령하거나 납부한다. 제23조【사업완료 공고 및 공람 등】① 지적소관청은 지적재조사지구에 있는 모든 토지에 대하여 제18조에 따른 경계 확정이 있었을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업완료 공고를 하고 관계 서류를 일반인이 공람하게 하여야 한다. 제25조【등기촉탁】① 지적소관청은 제24조에 따라 새로이 지적공부를 작성하였을 때에는 지체 없이 관할등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다. 이 경우 그 등기촉탁은 국가가 자기를 위하여 하는 등기로 본다.
(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인과 양도자가 2016.10.30. 체결한 쟁점부동산 매매계약서에 매매대금은 ‘OOO원’, 특약사항에 ‘본 물건지는 지적재조사하여 조정금조서의 면적을 포함한 매매이며, 조정금 납부할 금액은 매수자가 지불한다(조정금조서 첨부)’, 조정금조서에 조정금 OOO원이 기재되어 있다. OOO (나) 쟁점토지가 포함된 황학제1지적재조사사업지구는 2014.11.6. 지정 고시되었고, 2016.10.31. 사업완료 공고되었다. (다) 처분청이 서울특별시 중구청에 공문으로 의뢰하여 회신받은 자료에 따르면, 서울특별시 중구청은 양도자에게 쟁점지적재조사조정금을 2016.10.14. 고지한 후, 청구인에게 2017.4.21. 납부기한으로 하여 고지한 사실이 확인되고, 처분청 담당자는 서울특별시 중구청에 유선으로 ‘양도자에 대한 고지는 2017.4.6. 취소, 청구인에게 2017.4.13. 고지’한 사실을 확인하였다. OOO (라) 청구인이 2017.8.23. 쟁점지적재조사조정금을 납부한 사실이 확인된다. OOO (마) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인이 쟁점토지를 취득(소유권이전 접수일 2016.12.21. 등기원인일 2016.10.30.)하기 전인 2016.12.13. ‘지적재조사 완료’를 원인으로 쟁점토지의 면적이 106.3㎡로 변경(변경 전 94㎡)되었고, 매매목록에 쟁점부동산의 거래가액이 OOO원인 사실이 확인된다. OOO
(2) 2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 소득세법제89조 제1항 제1호 및 제97조 제1항 제1호의 개정 당시의 개정이유(법제처 정보센터)에 “지적공부상의 면적이 감소하여 지급받은 조정금은 양도소득세 비과세하고, 지적공부상의 면적이 증가하여 납부한 조정금은 양도소득 필요경비에서 제외함”이 입법취지로 되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점지적재조사조정금이 취득가액에서 제외되어야 한다는 의견인데,소득세법제97조 제1항 제1호에서 지적재조사법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 취득가액에서 제외한다고 규정하고 있어 처분청 의견과 같이 원칙적으로 지적재조사조정금은 취득가액에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이나, 청구인이 양도자와 계약을 체결한 2016.10.30. 현재 쟁점토지에 대한 지적재조사 사업이 완료되어 2016.10.14. 양도자에게 조정금 납부고지가 발부된 상태였고, 쟁점부동산의 소유권이 청구인으로 이전등기 되기 전인 2016.12.13. 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 지적재조사 완료를 원인으로 면적이 106.3㎡로 변경된 후인 2016.12.21. 쟁점토지의 소유권이 청구인으로 이전등기가 된 점, 청구인과 양도자가 쟁점부동산 매매계약을 체결한 2016.10.30. 당시에 지적재조사사업이 완료되어 있었고 공부상 증가된 토지면적 12.3㎡를 포함하여 106.3㎡를 취득하는 것으로 계약하여 쟁점부동산의 매매대금으로 지급한 OOO원과 쟁점지적재조사조정금을 쟁점부동산의 취득대가로 지급한 것으로 볼 수 있는 점, 지적재조사사업에 따른 쟁점지적재조사조정금은 양도자가 부담하여야 할 것을 청구인이 양도자를 대신하여 2017.8.23. 납부한 것으로 일반적인 토지의 보유기간 중에 지적재조사로 인해 토지의 소유자가 부담하는 지적재조사조정금과는 달리 일종의 채무의 인수로 인한 부담으로도 볼 수 있어 취득가액의 성격이 있는 점 등에 비추어 쟁점지적재조사조정금은 소득세법제97조 제1항 제1호 괄호의 취득가액에서 제외되는 조정금에 해당하지 않는 청구인의 실제 취득가액에 포함되는 매매대가에 해당한다 할 것이므로 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(4) 다음으로 쟁점②는 쟁점①의 인용으로 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.