[요지] 도 고시 등에 따르면 쟁점토지는 사업인정고시일 이후 구역계 형상변경이 발생하여 사업개발기간이 약 2년이 연장된 것으로 나타나는데 이와 관련하여 과세전적부심사결정서를 살펴보면 사업시행자의 업무담당자는 위의 도청의 고시일 이후 산업단지 개발계획이 대폭 변경되어 이로 인해 토지보상금 지급 일정도 불가피하게 지연되었다는 취지로 진술하고 있는 점 등에 비추어 쟁점토지가 주거지역 등의 편입일부터 3년이 경과한 이후에 양도된 것에 대해 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기 어려워 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우에 해당한다고 보이므로 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] 양천세무서장이 2023.10.16. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목에 해당되는 ‘기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유’로 인해 보상이 지연되었으므로 단순히 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지났다고 하여 양도소득세 감면을 배제 하는 처분은 위법․부당하다. 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목에 따르면 ① 사업시행자가 공공기관으로서 개발사업지역 안에서 ② 개발사업의 시행으로 인하여 편입된 ③ 농지의 보상이 부득이하게 지연되었다면 편입된 날로부터 3년이 경과하였다고 하더라도 양도소득세 감면을 적용할 수 있다고 명시되어 있다. 상기 법령의 취지는 구체적인 개발 사업이 시행됨에 따라 사업시행자가 수용 권한을 취득하였음에도 불구하고 사업시행자의 책임으로 인해 수용 절차 등을 지연되는 경우 농지소유자가 당해 농지를 3년 이내에 매도하지 못하게 되는 사정을 고려하기 위함이다. 토지보상 업무가 이루어지는 기간 즉, 일반적인 토지수용의 처리기간은 수용재결까지 1년 이내이다. 그러나, 이 건의 경우에는 사업인정고시일 이후 구역계 형상 변경이 발생하여 사업개발기간을 2019.4.30.부터 2022.12.31.까지에서 2019.4.30.부터 2024.12.31.까지로 연장되었고(2020.OOO자 경기도 고시 제2020-OOO호) 그 결과 사업인정고시일로부터 보상계획공고까지 1년 8개월이 걸렸으며, 감정평가 및 보상액산정까지는 2년 2개월이 소요되었다. 또한, 2019.10.4. OOO일반산업단지, 유통단지 및 이 건 사업의 토지보상이 당초 예정과 다르게 내년으로 미루어진다는 기사가 있었으나 1년 뒤인 2020.11.20. 기사에서는 또 다시 내년 3월에 협의보상을 시작할 예정이라고 되어 있으나, 이 건 사업의 협의보상은 마지막 기사가 작성된 2021년 3월보다 3개월 후인 2021.6.23. 시작되었다. 청구인은 본인의 의사와 상관없이 사업개발기간의 연장 등으로 인해 보상협의까지 이미 2년 6개월 이상을 기다렸고, 사업시행자 사무소에 여러 차례 방문하여 이 건 사업의 절차를 신속하게 진행할 것을 요청함과 동시에 사업 지연에 대한 불만을 제기하였으나, 청구인의 소유 토지는 이 건 사업대상 토지 가운데 0.12%(592㎡/493,745㎡)에 불과하여 청구인의 영향력은 미약하였다. 비록 사업시행자는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 사업기간 내에 적법한 절차를 통해 토지수용을 진행하였지만 조특법 제69조에서 규정한 3년이라는 기간 중 사업시행자가 업무지연 등으로 인해 약 2년 6개월(2019.4.30.부터 2021.10.18.까지)을 소요한 것은 명백한 사실이므로 사업인정고시일로부터 3년이 경과한 사유에 대해서 사업시행자에게 책임이 없다고 할 수는 없다. 따라서, 쟁점토지는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정된다고 판단되므로 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목에 해당되는 ‘기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유’로 인해 보상이 지연되었으므로 단순히 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지났다고 하여 양도소득세 감면을 배제 하는 처분은 위법·부당하다.
(2) 청구인의 의사와 상관없이 사업시행자 임의로 재결시기를 조정하였기 때문에 양도일(공탁일)이 사업인정고시일로부터 3년 이내에 귀속되지 못하였으므로 단순히국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지났다고 하여 양도소득세 감면을 배제한 처분은 받아들이기 어렵다. 경기도 지방토지수용위원회 재결서 정본에 따르면 청구인은 4차 수용재결신청자 명단에 있다. 해당 수용 재결신청은 사업시행자가 업무편의상 임의대로 토지소유자들을 1차〜4차로 그룹화를 하여 진행하였다. 물론 이러한 과정에서 청구인 등 토지소유자의 의견 반영절차는 없었다. 또한, 청구인은 차수에 따른 양도소득세 감면의 불이익 등 발생할 수 있다는 안내도 받지 못하였다. 만약 청구인이 1차, 2차 또는 3차에 배정되었다면 수용 재결신청으로 인한 공탁일이 사업인정고시일로부터 3년 이내에 귀속되므로 조특법 제69조를 적용받아 양도소득세의 감면을 받을 수 있었다. 그러나, 청구인은 불운하게도 본인의 의지와 상관없이 4차에 해당되게 되어 사업지정일로부터 3년이 경과한 날(2022.4.30.)로부터 9일이 경과한 2022.5.9. 재결되었으며 공탁일이 사업인정고시일로부터 3년 이후에 해당하게 되었다. 만약, 청구인에게 신청 차수를 선택할 수 있는 권리가 주어졌다거나 최소한 차수에 따른 양도소득세 감면의 불이익 등 발생할 수 있다는 안내를 받았다면 분명하게 본인에게 불리한 4차를 선택하지 않았을 것이다.
(3) 관련 법령 등에 따르면 토지소유자들도 재결신청을 청구할 수 있으나 사업시행자로 인하여 많은 기간을 소비하고 보유 토지 면적이 작은 청구인에게는 사실상 재결신청 청구 기회가 부여되지 않은 것인바, 청구인에게 해당 귀책 사유를 물어 양도소득세 감면을 배제하는 처분은 위법ㆍ부당하다. 공익사업을 위한 토지 등 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라 한다) 제30조에 따르면 토지소유자들도 재결신청을 청구 할 수 있는 권한이 존재하나, 해당 법조문에서 ‘사업인정고시가 된 후 협의가 성립되지 아니하였을 때’라고 선행요건이 충족되어야 함을 명시하고 있으므로 청구인이 재결을 신청할 수 있는 청구권은 사업인정고시일로부터 2년 6개월이 지난 2021.10.18.에 발생하였다. 그러나, 사업시행자는 청구인에게 ‘협의불성립된 토지소유자들은 일괄적으로 사업시행자가 수용재결을 신청할 것’이라고 안내하였기에 청구인은 재결신청을 청구하지 않았고 실제로도 이 건 사업과 관련하여 협의불성립된 토지소유자들 가운데 재결신청을 청구한 사람이 없었다. 토지보상법 제30조에 따르면 토지소유자가 사업시행자에게 재결을 신청할 것을 청구하면 사업시행자는 그 청구를 받은 날부터 60일 이내에 재결을 신청하여야 한다. 만약 토지소유자들에게 재결신청을 청구할 기회가 주어졌다면 해당 재결은 토지소유자들의 청구일로부터 60일 이내에 신청되었을 것이고 당연히 사업인정고시일로부터 3년 이내에 재결이 완료되었을 것이다. 그러나 이 건 사업은 사업시행자가 재결신청을 일괄적으로 하기로 하였으므로 사실상 토지소유자 및 청구인에게 재결신청을 청구할 기회가 있었다고 보기 어렵다. 협의 여부는 토지소유자가 갖고 있는 당연한 자유이며 감정평가로 인한 보상금산정에 대해 토지소유자가 불만족한다면 협의하지 않을 수 있다. 물론 토지보상법 시행령 제28조에서 사업시행자가 보상계획을 공고할 때 토지 소유자도 감정평가법인을 추천할 수 있는 기회가 있었음에도 불구하고 토지 소유자가 감정평가로 인한 보상금산정에 불만족하는 것이 이상해 보일 수 있다. 다만, ‘OOO 도시첨단 산업단지 보상계획 및 열람공고’에 따르면 토지소유자가 토지보상법 제68조 및 같은 법 시행령 제28조에 따라 감정평가법인을 추천하고자 하는 경우에는 보상대상 토지면적의 2분의 1이상에 해당하는 토지소유자와 보상대상 토지의 소유자 총수의 과반수의 동의를 받은 사실을 증명하는 서류를 첨부해 보상계획열람기간 만료일로부터 30일 이내에 사업시행자에 제출하여야 한다고 안내되고 있다. 이 건 사업의 토지 중에서 0.12%의 토지를 소유한 청구인은 감정평가법인을 추천할 수 있는 요건을 갖추지 못하였다. 또한, 과세전적부심사청구에 대한 통지관서 의견서에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률제22조에 따라 재결신청은 사업기간 내 언제든지 할 수 있으므로 재결신청을 하지 않은 청구인에게 귀책사유가 있는 것처럼 기재하였으나, 같은 법 제1항 및 제4항에 따르면 사업시행자가 개발구역 토지 면적의 100분의 50이상에 해당하는 토지를 확보한 후에 재결신청을 할 수 있으므로 산업입지 및 개발에 관한 법률제22조는 청구인이 아닌 사업시행자에게 적용되어야 하는 법률이다. 이론상으로는 청구인에게 재결신청을 청구할 수 있는 권리가 있는 것처럼 보이나 사실상 사업시행자로 인하여 이미 너무 많은 기간을 소비하였고, 토지의 면적이 작은 청구인에게는 재결신청청구 기회가 부여되지 않은 것과 다름이 없다. 따라서, 청구인에게 재결신청의 청구를 하지 않았다는 귀책사유를 들어 양도소득세 감면을 배제하는 것은 지나치게 위법·부당한 처분이다. 즉, 양도소득세 감면을 배제하는 처분으로 인해 청구인은 증액된 보상금의 3배에 가까운 금액을 양도소득세로 추징당하는 상황이므로 이는 납세자에게 지나치게 가혹하고 불리한 처분이다. 청구인은 본인의 의사와 상관없이 사업개발기간 연장 등으로 인해 이미 너무 많은 시간(2년 6개월)을 앞 단계에서 소요하게 되어 재결신청 및 이의재결신청이 아무리 빨리 진행되었어도 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지나게 되었고, 이에 따라 양도소득세 감면이 배제되는 처분을 받아 증액된 보상금의 3배에 가까운 금액을 양도소득세액으로 추징당하는 것은 매우 억울한 처사이다. 청구인이 수용 절차에 따라 재결 및 이의재결을 신청하는 것은 토지의 소유자로서 고유한 권리이므로 충분히 존중받아야 하고, 심지어 본인의 의사와 상관없이 사업시행자로 인해 보상이 지연되었음에도 불구하고 양도소득세 감면을 배제하는 처분은 납세자에게 지나치게 가혹하고 불리한 것이므로 받아들이기 어렵다. 따라서, 청구인이 이 건 처분은 취소되어야 하는 것으로 주장하는 이유는 ① 쟁점토지는 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목에 해당되는 ‘기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유’로 인해 보상이 지연되었으므로 단순히 편입된 날로부터 3년이 지났다고 하여 양도소득세 감면을 배제 하는 처분은 위법·부당하고, ② 청구인의 의사와 상관없이 사업시행자 임의로 재결시기를 조정하였기 때문에 양도일이 사업인정고시일로부터 3년 이내에 귀속되지 못하였으므로 단순히 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 주거지역 등에 편입된 날로부터 3년이 지났다고 하여 양도소득세 감면을 배제하는 처분은 위법·부당하다. ③ 관련 법령에 따르면 토지소유자들도 재결 신청을 청구할 수 있으나 사업시행자로 인하여 많은 기간을 소비하고 보유 토지 면적이 작은 청구인에게는 사실상 재결 신청을 청구할 기회가 부여되지 않은 것이므로 청구인에게 해당 귀책사유를 묻기 어렵고, ④ 양도소득세 감면을 배제하는 처분으로 인해 청구인은 증액된 보상금의 3배에 가까운 금액을 양도소득세로 추징당하는 상황이므로 이는 납세자에게 지나치게 가혹하고 불리한 처분이다. 처분청이 제시한 근거 가운데 중 심사결정례(심사양도 2008-165, 2008.10.22.)의 상세내용을 살펴보면 ‘보상금 지급 지연 등의 귀책사유로 인해 주거지역 등 편입일로부터 3년을 도과하여 양도하게 되었다’는 내용은 청구주장에 불과하고, 위원회는 보상금 지급 지연 등의 귀책사유가 아닌 주거지역 편입일의 기준점을 근거로 삼아 청구인의 주장을 기각하였다. 또한, 판결(OOO 판결)에서는 개발사업의 시행이 구체적으로 발생하지 않았고, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것이라고 볼만한 증거가 없기 때문에 기각되었다. 다른 심사 결정례(심사양도 2014-210, 2015.3.16.)는 개발계획에 대한 승인을 양도일까지 받지 않았고, 양도 당시 해당 토지를 포함한 지역의 개발에 대한 실시계획 수립 및 사업시행자 지정이 없었기 때문에 귀책사유를 다투기 어려워서 기각되었다. 처분청이 제시한 선결정례나 판례 등은 각기 다른 이유로 인해 청구주장이 기각되었을 뿐, ‘보상금 지급 지연 등의 귀책사유’가 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 인정되는 사유에 해당되는지 여부에 대해서는 어떠한 판단도 하지 않았다. 이 건 사업에 대한 심판청구는 비록 쟁점토지가 주거지역 등 편입일로부터 3년을 도과하여 양도하였지만 그 사유가 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제5항에서 명시하는 “사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유”에 해당하는지에 대한 판단을 청구하는 목적에 있으므로 처분청에서 제시한 판례를 적용하기는 어렵다. 다음으로 사업시행자는 청구인에게 4차례에 걸쳐서 보상협의요청을 하였으나 청구인이 협의를 거부하였으므로 귀책사유가 사업시행자에게 있다고 보기 어렵다고 주장하나, 그 사실관계를 살펴보면 사업시행자는 청구인에게 우편으로 동일한 내용의 보상협의 요청 안내문을 4번 보냈을 뿐이고, 경기주택도시공사에 문의한 결과 손실보상협의요청은 최종적으로 10월 18일까지 진행되었음에도 불구하고 사업시행자는 8월까지만 청구인에게 보상협의 요청 안내문을 보낸 뒤 이 건 사업에 대한 재결 신청은 사업시행자가 일괄적으로 할 예정이라고 청구인에게 안내하였다. 청구인은 사업시행자의 약속을 신뢰하였고 실제 이 건 사업과 관련하여 협의불성립된 토지소유자 중 재결 신청을 청구한 사람이 없었다. 청구인은 토지 소유자이므로 보상금에 대해 불만족할 수 있다. 그러나, 관련 사실관계에 비추어 보았을 때 사업시행자는 청구인과 보상협의에 대해 엄청난 노력을 기울였다고 보기 어렵다고 판단된다. 또한, 일반적인 토지수용 및 보상절차 과정에서 손실보상협의 기간은 2개월 정도 걸리는 것에 반해 이 건 사업은 손실보상협의 기간이 6월부터 10월까지 총 4개월 정도 걸린 것으로 파악되고 있으므로 청구인의 의지와 상관없이 사업이 지연되었던 것은 명백하다. 처분청은 다른 납세자와의 형평성과 법령의 형해화를 우려하여 당초 처분의 정당성을 주장하나, 조특법 제66조 제4항 제1호 나목에 대해서 ‘각 목에서 정한 사유에 해당하는 경우에는, 구체적인 개발사업이 시행됨에 따라 사업시행자가 수용권한을 취득하였음에도 그 수용절차 등을 지연함으로써 농지소유자가 당해 농지를 3년 이내에 매도하지 못하게 된 사정을 고려하여 양도소득세 감면을 허용하고자 하는데 입법취지가 있다 할 것이다 이 건 사업은 그 사업인정고시일 이후 구역계 형상 변경으로 인해 사업개발기간이 2년이나 연장되었고, 일반적으로 토지수용 관련 보상업무절차에서 보상계획 공고까지 7개월에서 8개월 정도 소요되는 것에 반해 이 건 사업은 보상계획 공고까지 1년 6개월 이상 소요되었는바, 이 건 사업은 사업시행자가 수용권한을 취득한 이후 사업기본조사, 보상계획공고, 보상액 산정 등 사전절차에만 2년 이상 소요하였으므로 일반적인 토지 수용절차 과정에 비해 지연되었음이 명확하고 해당 법령의 입법취지 및 목적을 고려한 합목적적 해석에 따라 토지소유자의 억울한 사정을 고려하여 양도소득세 감면을 허용해야 한다.
3. 심리 및 판단 등
(1) 쟁점토지가 공업지역 편입일(2019.4.30.)부터 3년이 경과한 2022.6.23. 양도된 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 세무조사 결과통지를 살펴보면 처분청은 2023.7.25. 청구인에게 쟁점토지 양도소득세 세무조사의 결과 양도소득세액에 대한 계산상의 오류가 확인되어 2022년 귀속 양도소득세 예상고지세액을 85백만원 경정할 것임을 통지하였다. (나) ‘OOO 도시첨단 산업단지’ 손실보상 협의요청 안내를 보면, 경기주택도시공사(사업시행자)는 총 4차례에 걸쳐 손실보상 협의요청 안내를 한 것으로 나타난다. (다) 이 건과 관련한 경기도시주택공사(사업시행자)의 홈페이지에 게재된 사업추진 경과는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 쟁점토지에 대한 보상 관련하여 이의신청을 접수한 이후 중앙토지수용위원회로부터 받은 재결서(재결일: 2022.12.23.)를 살펴보면, 지장물 보상과 관련된 내용은 아래와 같다(발췌본). ㅇㅇㅇ (마) 쟁점토지에 대한 중앙토지수용위원회에 접수된 재결 신청의 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (바) 경기도 고시(제2020-OOO호, 2020.OOO)을 살펴보면 사업시행자가 경기도시공사에서 경기주택도시공사로, 산업단지명칭은“OOO첨단R＆D도시첨단단지”에서“OOO도시첨단단지”로,산업단지개발기간은당초2019.4.30.〜2022.12.31.에서2019.4.30.〜2024.12.31.로 변경된 것으로 나타난다. (사) 청구인이 과세전적부심사청구(2023.10.11. 결정) 당시 제출한 한국토지보상지원센터 홈페이지상 2019.8.6. 확인된 토지보상절차는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 처분청의 심리자료 등에 따르면, 쟁점토지와 관련한 일자별 주요 진행현황은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점토지 수용 관련 일자별 진행현황 ㅇㅇㅇ
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호에 따르면 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지의 경우에는 감면대상에서 제외하도록 규정하되, 같은 호 나목에서 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 제외하도록 규정하고 있고, 조특법 시행규칙 제27조 제5항에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 “사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점토지가 주거지역 등 편입일부터 3년 경과 후 양도된 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 양도소득세를 부과한 처분이 정당하다는 의견이나, 청구인이 비록 쟁점토지에 대한 보상과 관련하여 의견을 제기하는 등의 이유로 사업시행자가 최초로 손실보상협의 요청서를 발송한 이후로 쟁점토지가 수용되기까지 약 1년이 소요되기는 하였으나, 이는 청구인과 같은 토지소유자가 보유한 토지가 산업단지에 포함되게 되어 쟁점토지의 소유자인 청구인이 사업시행자에게 토지보상에 대한 의견을 제기(제시)하기 위한 기간이 포함된 것으로 나타나는바, 이러한 절차는 토지소유자로서 기본적인 권리의 행사(재산권 행사)를 위해 필요한 것으로 보이는 점, 토지의 수용 등과 관련한 손실보상절차에 따르면 사업인정고시일부터 보상계획의 공고일까지 통상 약 6개월 내외의 시간이 걸리는데 반해, 이 건의 경우 약 20개월 소요되는 등 사업계획 과정에서 일반적인 경우보다 많은 시간이 걸리게 됨에 따라 쟁점토지가 주거지역 등에 편입된 날부터 약 3년 2개월이 경과하여 쟁점토지의 수용이 이루어지게 된 것으로 나타나는 점, 경기도 고시(제2020-OOO호, 2020.OOO) 등에 따르면 쟁점토지는 사업인정고시일 이후 구역계 형상변경이 발생하여 사업개발기간이 당초에는 2019.4.30.부터 2022.12.31.까지에서 2019.4.30.부터 2024.12.31.까지로 약 2년이 연장된 것으로 나타나는데 이와 관련하여 과세전적부심사결정서(2023.10.11.)를 살펴보면 사업시행자의 업무담당자는 위의 경기도청의 고시일(2020.OOO) 이후 산업단지 개발계획이 대폭 변경되어 이로 인해 토지보상금 지급 일정도 불가피하게 지연되었다는 취지로 진술하고 있는 점 등에 비추어 쟁점토지가 주거지역 등의 편입일부터 3년이 경과한 이후에 양도된 것에 대해 청구인에게 귀책사유가 있다고 보기 어려워 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제5항의 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 경우에 해당한다고 보이므로 처분청이 조특법 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
(3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.
(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “광역도시계획”이란 제10조에 따라 지정된 광역계획권의 장기발전방향을 제시하는 계획을 말한다.
2. “도시ㆍ군계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군(광역시의 관할 구역에 있는 군은 제외한다. 이하 같다)의 관할 구역에 대하여 수립하는 공간구조와 발전방향에 대한 계획으로서 도시ㆍ군기본계획과 도시ㆍ군관리계획으로 구분한다.
3. “도시ㆍ군기본계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 관할 구역에 대하여 기본적인 공간구조와 장기발전방향을 제시하는 종합계획으로서 도시ㆍ군관리계획 수립의 지침이 되는 계획을 말한다.
4. “도시ㆍ군관리계획”이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 개발ㆍ정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 복지, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.
5. “지구단위계획”이란 도시ㆍ군계획 수립 대상지역의 일부에 대하여 토지 이용을 합리화하고 그 기능을 증진시키며 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하며, 그 지역을 체계적ㆍ계획적으로 관리하기 위하여 수립하는 도시ㆍ군관리계획을 말한다. 5의2. “입지규제최소구역계획”이란 입지규제최소구역에서의 토지의 이용 및 건축물의 용도ㆍ건폐율ㆍ용적률ㆍ높이 등의 제한에 관한 사항 등 입지규제최소구역의 관리에 필요한 사항을 정하기 위하여 수립하는 도시ㆍ군관리계획을 말한다. 5의3. “성장관리계획”이란 성장관리계획구역에서의 난개발을 방지하고 계획적인 개발을 유도하기 위하여 수립하는 계획을 말한다.
6. “기반시설”이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.
7. “도시ㆍ군계획시설”이란 기반시설 중 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 시설을 말한다.
8. “광역시설”이란 기반시설 중 광역적인 정비체계가 필요한 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.
9. “공동구”란 전기ㆍ가스ㆍ수도 등의 공급설비, 통신시설, 하수도시설 등 지하매설물을 공동 수용함으로써 미관의 개선, 도로구조의 보전 및 교통의 원활한 소통을 위하여 지하에 설치하는 시설물을 말한다.
10. “도시ㆍ군계획시설사업”이란 도시ㆍ군계획시설을 설치ㆍ정비 또는 개량하는 사업을 말한다.
11. “도시ㆍ군계획사업”이란 도시ㆍ군관리계획을 시행하기 위한 다음 각 목의 사업을 말한다.
12. “도시ㆍ군계획사업시행자”란 이 법 또는 다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 하는 자를 말한다.
13. “공공시설”이란 도로ㆍ공원ㆍ철도ㆍ수도, 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공용 시설을 말한다.
14. “국가계획”이란 중앙행정기관이 법률에 따라 수립하거나 국가의 정책적인 목적을 이루기 위하여 수립하는 계획 중 제19조제1항제1호부터 제9호까지에 규정된 사항이나 도시ㆍ군관리계획으로 결정하여야 할 사항이 포함된 계획을 말한다.
15. “용도지역”이란 토지의 이용 및 건축물의 용도, 건폐율(건축법 제55조의 건폐율을 말한다. 이하 같다), 용적률(건축법 제56조의 용적률을 말한다. 이하 같다), 높이 등을 제한함으로써 토지를 경제적ㆍ효율적으로 이용하고 공공복리의 증진을 도모하기 위하여 서로 중복되지 아니하게 도시ㆍ군관리계획으로 결정하는 지역을 말한다. (중략) 제42조【다른 법률에 따라 지정된 지역의 용도지역 지정 등의 의제】 ① 다음 각 호의 어느 하나의 구역 등으로 지정ㆍ고시된 지역은 이 법에 따른 도시지역으로 결정ㆍ고시된 것으로 본다.
1. 항만법 제2조제4호에 따른 항만구역으로서 도시지역에 연접한 공유수면
2. 어촌ㆍ어항법 제17조제1항에 따른 어항구역으로서 도시지역에 연접한 공유수면
3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제8호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 국가산업단지, 일반산업단지 및 도시첨단산업단지 제95조【토지 등의 수용 및 사용】① 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자는 도시ㆍ군계획시설사업에 필요한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 수용하거나 사용할 수 있다.
1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건
2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리
② 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자는 사업시행을 위하여 특히 필요하다고 인정되면 도시ㆍ군계획시설에 인접한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 일시 사용할 수 있다.
1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건
2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리 제96조【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】① 제95조에 따른 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.
② 제1항에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용할 때에 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. 다만, 재결 신청은 같은 법 제23조 제1항과 제28조 제1항에도 불구하고 실시계획에서 정한 도시ㆍ군계획시설사업의 시행기간에 하여야 한다.
(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “공장”이란 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 공장을 말한다.
2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다.
3. “문화산업”이란 문화산업진흥 기본법 제2조 제1호에 따른 문화산업을 말한다.
4. “정보통신산업”이란 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업을 말한다.
5. “재활용산업”이란 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률 제2조 제11호에 따른 재활용산업을 말한다.
6. “자원비축시설”이란 석탄, 석유, 원자력, 천연가스 등 에너지자원의 비축ㆍ저장ㆍ공급 등을 위한 시설과 이에 관련된 시설을 말한다.
7. “물류시설”이란 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 시설(물류단지는 제외한다)을 말한다. 7의2. “산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다. 7의3. “복합용지”란 제7호의2와 제9호나목부터 자목까지의 시설을 하나의 용지에 일부 또는 전부를 설치하기 위한 용지를 말한다.
8. “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.
② 인구의 과밀 방지 등을 위하여 서울특별시 등 대통령령으로 정하는 지역에는 도시첨단산업단지를 지정할 수 없다.
③ 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항 본문에 따라 시ㆍ도지사에게 도시첨단산업단지의 지정을 신청하려는 경우에는 산업단지개발계획을 작성하여 제출하여야 한다.(중략)
(6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제30조【재결 신청의 청구】① 사업인정고시가 된 후 협의가 성립되지 아니하였을 때에는 토지소유자와 관계인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 사업시행자에게 재결을 신청할 것을 청구할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항에 따른 청구를 받았을 때에는 그 청구를 받은 날부터 60일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청하여야 한다. 이 경우 수수료에 관하여는 제28조제2항을 준용한다.
③ 사업시행자가 제2항에 따른 기간을 넘겨서 재결을 신청하였을 때에는 그 지연된 기간에 대하여 소송촉진 등에 관한 특례법 제3조에 따른 법정이율을 적용하여 산정한 금액을 관할 토지수용위원회에서 재결한 보상금에 가산(加算)하여 지급하여야 한다. 제45조【권리의 취득ㆍ소멸 및 제한】① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.
② 사업시행자는 사용의 개시일에 토지나 물건의 사용권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 사용 기간 중에는 행사하지 못한다.
③ 토지수용위원회의 재결로 인정된 권리는 제1항 및 제2항에도 불구하고 소멸되거나 그 행사가 정지되지 아니한다. 제68조(보상액의 산정) ① 사업시행자는 토지등에 대한 보상액을 산정하려는 경우에는 감정평가법인등 3인(제2항에 따라 시ㆍ도지사와 토지소유자가 모두 감정평가법인등을 추천하지 아니하거나 시ㆍ도지사 또는 토지소유자 어느 한쪽이 감정평가법인등을 추천하지 아니하는 경우에는 2인)을 선정하여 토지등의 평가를 의뢰하여야 한다. 다만, 사업시행자가 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 직접 보상액을 산정할 수 있을 때에는 그러하지 아니하다.
② 제1항 본문에 따라 사업시행자가 감정평가법인등을 선정할 때 해당 토지를 관할하는 시ㆍ도지사와 토지소유자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감정평가법인등을 각 1인씩 추천할 수 있다. 이 경우 사업시행자는 추천된 감정평가법인등을 포함하여 선정하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 평가 의뢰의 절차 및 방법, 보상액의 산정기준 등에 관하여 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다.
(7) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 시행령 제28조【시ㆍ도지사와 토지소유자의 감정평가법인 등 추천】① 사업시행자는 법 제15조 제1항에 따른 보상계획을 공고할 때에는 시ㆍ도지사와 토지소유자가 감정평가법인 등(감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호의 감정평가법인 등을 말하며, 이하 “감정평가법인 등”이라 한다)을 추천할 수 있다는 내용을 포함하여 공고하고, 보상 대상 토지가 소재하는 시ㆍ도의 시ㆍ도지사와 토지소유자에게 이를 통지해야 한다.
② 법 제68조 제2항에 따라 시ㆍ도지사와 토지소유자는 법 제15조 제2항에 따른 보상계획의 열람기간 만료일부터 30일 이내에 사업시행자에게 감정평가법인 등을 추천할 수 있다.
③ 제2항에 따라 시ㆍ도지사가 감정평가법인 등을 추천하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 지켜야 한다.
1. 감정평가 수행능력, 소속 감정평가사의 수, 감정평가 실적, 징계 여부 등을 고려하여 추천대상 집단을 선정할 것
2. 추천대상 집단 중에서 추첨 등 객관적이고 투명한 절차에 따라 감정평가법인 등을 선정할 것
3. 제1호의 추천대상 집단 및 추천 과정을 이해당사자에게 공개할 것
4. 보상 대상 토지가 둘 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우에는 관계 시ㆍ도지사가 협의하여 감정평가법인 등을 추천할 것(중략)