[요지] 이 건 경정청구의 취지는 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 세액을 증액 경정한 부분에 대하여 위법하다는 것이므로 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 규정에 의하여 납세고지서를 받은 날(2022.11.15.)부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 할 것이나 그 청구기간(90일)을 경과하여 제기하였음
[요지] 이 건 경정청구의 취지는 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 세액을 증액 경정한 부분에 대하여 위법하다는 것이므로 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 규정에 의하여 납세고지서를 받은 날(2022.11.15.)부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 할 것이나 그 청구기간(90일)을 경과하여 제기하였음
[참조결정] 국심2005서4430 / 조심2021부1607
[주 문] 심판청구를 각하한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구인의 양도소득세 신고를 부인하고 1세대 3주택에 해당한다고 보아 2022.12.7. 이 건 양도소득세를 증액경정하였는데, 청구인은 ‘당초 임대주택사업자의 거주주택 양도에 대하여는 비과세가 되고 또한 거주주택을 옮기는 과정에서 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우에도 비과세가 된다’고 알고 있었기에 처분청의 이 건 처분에 대하여 대단히 부당하다고 생각하였으나 처분청 담당자와의 통화 결과 이의제기 시 가산세만 증가하고 승소가능성이 없다는 안내를 받아 조기결정 신청서를 작성하고 불복을 포기하였다. 그러던 중 우연히 신문에서 짧은 기간 3주택이었던 경우 양도소득세 부과처분이 취소된 사안을 접하고 2023.9.11. 경정청구를 제기하게 되었다. 판례에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 3년의 경정청구 기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없고(대법원 2014.6.26 선고 2012두12822 판결), 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초 신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 판결). 이 건의 경우 2020.11.11. 청구인의 2020년 귀속 양도소득세 신고로 OOO원의 납세의무는 국세기본법 제22조 제2항 본문에 따라 확정되었으나 2022.12.7. 처분청의 OOO원(가산세 포함)의 이 건 증액처분으로 인해 당초 신고는 이 건 증액처분에 흡수되고 과세표준을 OOO원으로, 세액을 OOO원(가산세 제외)으로 하는 2020년 귀속 양도소득세 납세의무가 다시 확정되었다. 청구인은 2023.9.11.자 경정청구를 통하여 쟁점주택의 양도에는 중과세율이 적용되어서는 안 될 것이기 때문에 이 건 증액처분이 전부 위법하다는 점을 주장하였다. 다만, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 정한 바에 따라 90일의 불복기한이 경과한 증액된 세액 상당액에 대하여는 다툴 수 없으므로, 위법한 OOO원 상당액의 처분 중 아직 불가쟁력이 발생하지 아니하여 경정청구가 가능한 OOO원의 범위 내에서는 경정청구가 인정된다고 보아야 할 것이어서 청구인은 그 범위 내에서 경정청구하여 환급을 요청하였다. 그러나 처분청이 청구인의 경정청구를 전부 거부한바, 이는 잘못이다.
(2) 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택에 해당하므로 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하였으나, 투기목적이 없고 대체주택 취득 후 종전주택 양도 시까지의 기간이 일시적인 임대사업자의 종전주택의 양도에는 중과세가 적용되지 않아야 한다. (가) 청구인은 임대주택을 보유하고 있으나 이는 청구인이 대학생에서 사회초년생 시절 실제로 거주했던 소형 원룸(24.45㎡)에 불과하고 해당 주택을 매도하고자 하였으나 매수인이 없는 상태에서 2018년 장기 민간임대사업자로 등록한 것일 뿐이므로 임대주택 보유를 주택투기로 볼 수 없다. (나) 그리고 청구인은 2년 이상 거주하던 쟁점주택을 양도하고 대체주택으로 이사까지 하여 현재 대체주택에서 거주하고 있는데, 이는 임대주택 외에 살던 집 하나가 다른 집으로 바뀐 것에 지나지 않으므로 도저히 쟁점주택의 양도에 투기목적이 있다고 할 수 없다. 청구인은 거주하던 쟁점주택을 2020.9.28. 양도하였는데, 대체주택의 취득시기는 2020.8.28.로 대체주택을 취득한 후 종전주택인 쟁점주택을 양도하기까지 소요된 기간이 겨우 31일에 불과하다. 특히 청구인이 대체주택을 취득할 때 매도인 C은 다른 주택으로 빨리 이사를 가야하니 잔금 지급시기를 서둘러 달라고 강하게 요청하였고 갑작스러운 부동산 시장의 혼란기에 처음 부동산을 매도 및 매수하는 과정에서 대체주택을 매수하지 못할 것 같은 불안함에 청구인은 매도인 C의 요청을 무시할 수 없어 대체주택의 잔금을 일찍 지급해 준 것이다. 통상적인 경우라면 매도한 주택의 잔금을 받아서 매수한 주택의 잔금을 치르게 되지만 청구인은 선의로 C의 편의를 봐주다가 거액의 세금을 부과받게 되었다. 이러한 사실은 당시 거래를 담당하였던 공인중개사로부터 사실을 확인받았고 매도인 C(1930년생)으로부터도 확인받고자 하였으나 그는 2023년 여름경 사망하여 만나지 못하였다. 그에 더하여 청구인은 2020.6.21. 쟁점주택 매도계약 체결 후 받은 계약금 OOO원으로 2020.6.29. 대체주택 매수계약을 체결하여 계약금 OOO원을 지급한 것이기에 쟁점주택과 대체주택을 동시에 소유한 것으로 볼 수 없다. 또한 대체주택이 쟁점주택 보다 고가이기에 청구인의 배우자가 추가로 대출을 받은 점을 고려하면 쟁점주택을 팔아서 세금을 납부할만한 현금이 남은 것도 아니다. 청구인은 실제로 임대주택 외에는 살던 집 하나가 다른 집으로 바뀐 것에 불과하고 투기목적이 없는 청구인에게 중과세율을 적용함에 더하여 장기보유특별공제까지 적용을 배제하는 것은 너무도 지나친 처분이다. 청구인의 쟁점주택의 양도는 2014년 판례에 따라 중과대상이라고 할 수 없다.
(1) 청구인은 ‘당초 신고뿐 아니라 추가로 결정한 고지처분에 대한 세액을 모두 포함하여 적법한 과세내용을 판단하여야 하고 납세의무자는 증액 경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액 경정 사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다 신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다’고 주장하면서 경정청구 거부처분에 대한 취소를 요청하고 있다. 그러나 당초 신고가 과다하게 신고되었다는 청구인의 주장 내용은 없다. 이 건 과세처분 OOO원은 청구인의 당초 신고에 대하여 3주택 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하는 것이 적법하다고 본 것으로서, 당초 신고한 과세대상 양도소득금액은 동일하고 중과세율 및 장기보유특별공제 적용 배제 후 청구인이 기 신고․납부한 세액 OOO원을 기납부세액으로 차감하여 결정하였으므로 경정청구 거부처분에 대한 취소사유에는 해당하지 않는다.
(2) 청구인은 대체주택을 쟁점주택 양도 이전에 취득하여 일시적으로 3주택이 되었지만 이는 ‘사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우’로서 3주택에 해당하지 않으므로 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제한 과세처분은 잘못이라고 주장하나, 양도소득에 대한 세율은 주택의 수에 따라 결정되고 실제 소유한 모든 주택을 대상으로 하며 소득세법 시행령 제167조의3 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) 내용을 보면 주택 수 제외 사유에 적용되는 주택은 해당 없으므로 청구인은 1세대 3주택으로 확인된다. 양도소득세 세율은 소득세법제104조에 따라 계산하게 되는바, 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있다. 청구인의 경우 위 소득세법제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하므로 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
① 적법한 청구인지 여부
② 쟁점주택의 양도가 1세대 3주택의 양도에 해당하는지 여부
(1) 심리자료에 의하면 쟁점주택 양도 당시 청구인의 주택 보유 내역은 다음과 같이 나타난다. (가) 청구인은 2016.4.7. 서울특별시 성북구 보문동2가 OOO(임대주택)를 취득하고 2018.7.9. 관할 지방자치단체와 세무서에 장기일반민간임대주택 등록(2018-송파구-임대사업자-18*) 및 사업자등록(770-97-***)을 하여 주택임대사업을 영위해 오고 있다. (나) 청구인은 2016.10.28. 쟁점주택을 취득한 후 2020.6.21. A․B에게 OOO원에 매도하는 계약을 체결하고 2020.9.28. 잔금을 수령하여 쟁점주택을 양도하였으며, 주민등록초본상 쟁점주택에서의 거주기간은 2016.10.31.～2019.1.15.이고 양도 당시 그 소재지는 조정대상지역으로 지정되었다. (다) 청구인은 쟁점주택을 양도하면서 대체주택으로서 2020.6.29. C으로부터 서울특별시 송파구 문정동 OOO를 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였고 2020.8.28. 잔금을 지급하여 대체주택을 취득하였으며 2020.12.10. 전입하였다.
(2) 이 건 경정청구 거부 과정은 다음과 같이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세로 하여 고가주택 부분에 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다. (나) 처분청은 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 1세대 3주택으로 보아 쟁점주택에 대하여 20% 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제를 내용으로 하여 경정결의하였고 2022.11.8. 과세예고통지 후 청구인으로부터 조기결정신청을 받아 2022.12.7. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. (다) 청구인은 위 경정처분일로부터 90일이 경과한 2023.9.11. 증액 경정처분이 위법하다는 취지로 경정청구를 제기하였고 처분청은 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 이를 거부하였다.
(3) 청구인은 청구주장을 입증하기 위해 공인중개사 D의 사실확인서(2023.12.15.), 청구인 배우자의 대체주택 취득 자금 대출 및 완납 서류 등을 제출하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법제45조의2 제1항 단서에 따라 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 경정청구를 제기할 수 있는바, 이 건 경정청구의 취지는 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 세액을 증액 경정한 부분에 대하여 위법하다는 것이므로 국세기본법제45조의2 제1항 단서 규정에 의하여 납세고지서를 받은 날(2022.12.7.)부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 할 것이나 그 청구기간(90일)을 경과하여 제기하였으므로 적법한 경정청구로 볼 수 없다(국심 2005서4430, 2006.9.14. 합동회의 및 2021부1607, 2021.8.26. 등 같은 뜻임)고 판단된다. 따라서 처분청의 이에 대한 거부통지는 단순한 민원회신으로서의 사실행위에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없으므로 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법하므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률
(1) 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
(2) 소득세법 (2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택