3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도에는 쟁점부칙에 따라 1세대 3주택 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법률: <별지>에 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 2012.7.27. 쟁점부동산을 신축하여 보유하다 2021.9.7. 양도한바, 쟁점부동산은 아래 <표>의 일반건축물대장의 내용과 같이 2012.7.25. 신축 당시 근린생활시설 및 교육연구시설로 사용승인되었으나 2012.8.30. 주거용(원룸)으로 무단용도변경된 것으로 기재되어 있다. <표> 일반건축물 대장 내용
(2) 쟁점부동산의 2021.9.7. 양도 당시 청구인과 청구인 세대의 주택 보유 현황은 아래 <표>와 같은바, 청구인과 처분청은 쟁점부동산이 이 건 신설규정에서 정하는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당한다는 점’에 대하여는 다툼이 없다. <표> 청구인의 주택 보유 내역 부동산소재지 소유자 청구인과 관계 취득일 공부상 구분 비고 서울 강서구 등촌동 OOO 청구인 1/2 본인 2012.7.27. 일반건축물 쟁점부동산 경기도 고양시 일산동구 식사동 OOO, OOO 처 2011.7.22. 주택 서울시 금천구 독산동 OOO 처 2018.11.22. 주택 경기도 포천시 소홀읍 소재 다수 주택 청구인 본인 2017.8.29.외 주택
(3) 쟁점부동산의 양도와 관련하여 청구인의 양도소득세 신고내역(2021.11.30.)과 경정청구 내역(2023.6.23.)은 아래 <표>와 같다. <표> 신고 및 경정청구 내역 (단위: 천원) 구분 최초신고 경정청구 비고 세목 양도소득세 양도소득세 과세표준 OOO OOO 세율 75% 45% 일반세율 + 30% 산출세액 OOO OOO 공제 및 감면세액 납부할 세액 OOO OOO
(4) 쟁점부동산이 2009.3.16.∼2012.12.31. 취득된 자산이고 양도시에 주택임에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 취득 시 현황에 대하여는 다음과 같은 사정이 나타난다. (가) 청구인은 “관할관청의 허가를 받지 아니하고 2012.7.25.경 쟁점부동산 중 건물 2층부터 9층까지 근린생활시설 및 교육연구시설 용도인 1,902.69㎡를 주거용 원룸으로 개조, 사용하여 그 용도를 변경하였다”는 건축법 위반 공소사실로 2013.6.24. 기소(2013년 형제18056호)되어 2013.6.28. 의정부지방법원 고양지원으로부터 소환장을 받았다. (나) 서울특별시 강서구청장은 건축법 위반사항(무단용도변경, 위반면적 1,902.69㎡)에 대한 건축이행강제금 OOO원에 대하여 2013.7.8. 청구인에게 납부독촉 및 압류예고 통지를 하였다. (다) 청구인이 제출한 2013.1.9. 기준 전입세대열람 내역에 의하면 2012.8.30.∼2012.12.12.까지 67명이 쟁점부동산 소재지로 전입신고하였고, 청구인은 이 중 403호(21.0㎡)에 대한 임대차 계약서 2부[2012.8.21.자에는 임차인이 ‘관세법인 형도’, 용도가 ‘근린생활시설’로, 2013.4.26.자에는 임차인이 ‘D’, 용도가 ‘근린생활시설(주거용)’으로 각 기재됨]를 제출하였다. (라) 쟁점부동산의 임대에 대한 부가가치세 관련 내역은 다음과 같다.
1. 청구인은 쟁점부동산 신축 후 양도시까지 쟁점부동산을 임대사업장으로 하여 아래 <표>와 같이 임대료 매출세금계산서 총 41매, 공급가액 합계 OOO원을 발급하였다. <표> 쟁점부동산 임대료 매출세금계산서 발급내역
2. 청구인은 쟁점부동산을 주택으로 보아 다주택자 중과세율을 적용하여 2021.11.30. 양도소득세 신고하면서 당시 첨부서류로 쟁점부동산 신축비용과 관련하여 아래 <표>와 같은 ‘2012년 하반기 공통매입세액정산’ 자료를 제출하였다. <표> 2012년 하반기 공통매입세액 정산 (5) 「소득세법」 제104조 의 1세대 3주택 이상자에 대한 중과세율 적용에 관한 주요 개정 연혁을 살펴보면 다음과 같다. (가) 최초개정(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것) 개인의 경우 1세대 3주택 이상자에 대하여 60%의 세율을 2004.1.1. 이후 양도분부터 적용하였다. 다만, 부칙에 의하여 이 법 시행 전에 취득한 주택을 2004.12.31. 이전에 양도하는 경우에는 개정규정을 적용하지 아니하였다. (나) 1차 개정(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 2008년 말 「소득세법」을 개정하여 2008.12.31. 이전에 취득한 주택을 2009.1.1.부터 2010.12.31.까지 양도하는 경우로서 1세대 3주택 이상자는 45%의 세율을 적용하는 것으로 개정하였다. 또한, 2009.1.1.부터 2010.12.31.까지 취득한 주택은 양도시기와 관계없이 1세대 3주택 이상자는 45%의 세율을 적용하는 것으로 부칙 제14조에 규정하여 수요를 진작할 수 있도록 하였다. (다) 2차 및 3차 개정(2009.5.21. 법률 제9672호 및 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것) 개인의 경우 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 양도분에 대하여 1세대 3주택 이상에 해당하여도 일반세율로 과세하되 투기지정지역에 소재하는 주택에 대하여는 100분의 10의 세율을 가산하도록 개정하였다. 이때 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택은 양도시기와 관계없이 2년 이상 보유한 경우 1세대 3주택자에 해당하여도 일반세율을 적용하도록 부칙 제14조(쟁점부칙)도 개정하였다. (라) 4차 개정(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 2012.12.31.까지의 중과 유예조치를 2013.12.31. 양도분까지로 1년 연장하여 중과제도를 유예하였다. 다만, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득분에 대하여 일반세율을 적용하는 특례(쟁점부칙)는 개정되지 아니하였다. (마) 5차 개정(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것) 2014.1.1. 이후 양도분부터 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도를 폐지하고 다만, 투기지정지역 내 3주택 이상자에 대하여 일반세율에 100분의 10의 세율을 추가과세하는 제도를 항구화하였다. (바) 6차 개정(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 「소득세법」 제104조 제4항 에서 규정하는 일반세율에 100분의 10을 추가과세하는 대상에서 투기지정지역 내 3주택 이상자를 삭제하는 대신 제7항을 신설하여 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하는 것으로 개정하였고, 동 개정법률은 부칙에 따라 2018.4.1. 시행되었다. (사) 7차 개정(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정된 것) 제104조 제7항에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 일반세율에 100분의 30을 더한 세율을 적용하는 것으로 개정하였고, 동 개정법률은 부칙에 따라 2021.6.1.부터 시행되었다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산의 양도는 쟁점부칙 이후 개정된 이 건 신설규정에 따른 중과대상이므로 쟁점부칙이 적용되지 아니하고, 또한 쟁점부동산은 취득시 공부상 근린생활시설이므로 쟁점부칙의 적용대상이라고 할 수 없다는 의견이다. (가) 먼저 쟁점부동산의 양도에 대하여 이 건 신설규정이 쟁점부칙에 우선하여 적용되어야 하는지 보면, 쟁점부칙은 그 자체에서 효력이 유지되는 기간 내지 적용기한을 정하고 있지 않고, 쟁점부칙이 신설된 후 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 쟁점부칙을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바, 쟁점부칙은 현재까지 그대로 존속하고 있다고 볼 수 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율을 정한 소득세법 제104조 의 개정연혁은 ① 당초 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여는 모두 중과세율이 적용되도록 하였다가, ② 부동산 시장 정상화를 위하여 ‘특정 기간 양도분’ 자산에 대한 특례규정 및 ‘특정 기간 취득분’ 자산에 대한 특례규정을 각 도입하였고, ③ 그 후 2014.1.1. 개정(법률 제12169호)으로 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세 규정이 삭제되면서 종전에 ‘특정기간 양도분’ 자산에 대한 특례규정의 일부 수정 규정이던 ‘지정지역 안의 부동산’에 대한 규정만 양도기간 제한 부분이 삭제된 채 유지되다가, ④ 2017.12.19. 개정(법률 제15225호)시 이 건 신설규정으로 위치를 옮겨 규정하게 된 것인바, 이와 같이 다주택자에 대한 중과제도가 원칙적 적용에서 특례 규정 도입을 통한 예외 인정을 거쳐 조정대상지역에 있는 경우에 한정한 예외적 적용으로 순차 변경된 과정을 고려하면, 이 건 신설규정을 이유로 중과세율을 적용하기 위해서는 쟁점부칙을 개정 또는 폐지하거나 위 신설규정의 적용을 위한 별도의 경과조치를 두는 것이 필요하다고 보는 것이 타당할 것인 점(수원고등법원 2023.6.1. 선고 2022누13942 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점부칙이 정한 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점부동산의 양도에는 이 건 신설규정이 아니라 실효되지 아니하여 효력이 있는 쟁점부칙이 우선하여 적용되어야 한다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점부동산이 쟁점부칙의 적용대상인 주택에 해당하는지 보면, 주택의 구분은 사실상 사용하는 용도에 따라 구분하는 것이고 사실상의 용도가 불분명한 경우에는 공부상의 용도에 따르는 것이며, 건물에 대한 공부상의 용도를 부인하는 근거를 구체적이고 객관적인 증거자료에 의하여 입증하지 않는 이상 공부상의 용도로 보는 것이 합당하다 할 것인바(조심 2021중4636, 2021.11.10. 같은 뜻임), 청구인이 제출한 건축물대장, 공소장 및 건축이행강제금 독촉장 등에 의하면 사용승인(2012.7.25.)과 동시에 쟁점부동산의 2∼9층 근린생활시설 및 교육연구시설(1,902.69㎡)이 주거용(원룸)으로 무단용도 변경된 것으로 나타나고 있고, 이는 공부상 용도를 부인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증거자료라 할 것인 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부칙 적용기간 내에 주택을 취득한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다. 따라서 쟁점부동산의 양도에는 쟁점부칙에 따라 일반세율이 적용되어야 할 것임에도 처분청이 이 건 신설규정에 따라 중과세율이 적용되어야 한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 데에는 잘못이 있다고 판단된다.